@delta-infra/cli 1.0.81 → 1.0.83

package/skills/delta-science/references/lammps.md

@@ -1,6 +1,6 @@
 # LAMMPS 详细规则
 
-所有调用只走统一 wrapper。LAMMPS 不从化学式、CIF 或 POSCAR 自动推断 data、原子
+所有调用直接使用 `delta-cli science invoke`。LAMMPS 不从化学式、CIF 或 POSCAR 自动推断 data、原子
 类型、势函数与边界条件。成功执行不表示物理收敛或生产可用。
 
 ## Health
@@ -60,7 +60,7 @@ Notes:
 - Force-field choice is caller responsibility. The service executes explicit
   LAMMPS input and does not infer potentials from formulas or structures.
 
-最终只复制当前 native 的 `last_thermo`、final step/temperature/total energy、
+最终只复制当前业务响应的 `last_thermo`、final step/temperature/total energy、
 warnings 和用户要求的输出文件摘要。禁止把总能量除以原子数、替换步数、换算单位或
 推测收敛性、稳定性。最小示例必须先调用 `lj-melt-example`，再把其
-`native["request"]` 原样交给 `run`；不得传 wrapper 外层 envelope。
+当前业务响应的 `request` 原样交给 `run`；不得传 CLI 外层 envelope。

package/skills/delta-science/references/ldm-bo.md

@@ -1,6 +1,6 @@
 # LDM-BO 详细规则
 
-所有调用只走统一 wrapper，不是本地 PDF2Dock runner。仅用于小分子 SMILES；
+所有调用直接使用 `delta-cli science invoke`，不是本地 PDF2Dock runner。仅用于小分子 SMILES；
 抗体、CDRH3 或 AntBO 场景必须使用 AntBO 能力边界。
 provider、模型路径、Vina/ReaSyn/GPU/LLM 配置由服务端注入，不放入请求 JSON。
 
@@ -33,7 +33,7 @@ Typical payload:
 }
 ```
 
-Typical native response inside gateway `data`:
+Typical business response inside the documented gateway `data`:
 
 ```json
 {
@@ -43,12 +43,12 @@ Typical native response inside gateway `data`:
 }
 ```
 
-LDM methods may include an `llm` diagnostics object.
-
-`acquisition_values` 只能按 native 原值报告。除非当前 native 明确给出字段定义，否则
-不得把它描述为预测 Vina、预测 objective、不确定性、置信度、expected improvement，
-也不得自行判断“越大/越小越好”。服务未返回推荐理由时，明确写“服务未返回推荐
-理由”，不得根据分子骨架、杂原子或模型机制补写解释。
+LDM methods may include an `llm` diagnostics object.
+
+`acquisition_values` 只能按业务响应原值报告。除非当前业务响应明确给出字段定义，否则
+不得把它描述为预测 Vina、预测 objective、不确定性、置信度、expected improvement，
+也不得自行判断“越大/越小越好”。服务未返回推荐理由时，明确写“服务未返回推荐
+理由”，不得根据分子骨架、杂原子或模型机制补写解释。
 
 ## Full Trajectory
 
@@ -69,7 +69,7 @@ Small smoke payload:
 }
 ```
 
-Typical native response inside gateway `data`:
+Typical business response inside the documented gateway `data`:
 
 ```json
 {
@@ -83,7 +83,7 @@ LDM methods may include `llm_trajectory`.
 
 ## Error Handling
 
-The service maps native `bo_api` error JSON to an upstream failure. The gateway
+The service maps `bo_api` error JSON to an upstream failure. The gateway
 returns a standard error envelope:
 
 ```json
@@ -126,5 +126,4 @@ llm_base_url
 llm_api_key
 ```
 
-The wrapper intentionally preserves user payloads and lets `bo_api` own native
-defaults and schema behavior.
+The CLI forwards the user payload; `bo_api` owns business defaults and schema behavior.

package/skills/delta-science/references/ldm.md

@@ -1,72 +1,73 @@
-# LDM 科研工作流
-
-这里的 **LDM / 大发现模型** 是用户可见的科研工作流名称，不是可以直接访问网关的
-tool。在线计算必须先按任务语义选择 `ldm-bo`、`strbo` 或 `antbo`，再通过统一 wrapper
-调用 Delta CLI；禁止运行旧 `large-discovery-model` Skill、`run_ldm_loop.py`、gateway
-backend、`stream_widget` 中的联网命令或任何 HTTP 客户端。
-
-## 路由
-
-| 用户目标 | 实际 tool | 需要同时读取 |
-| --- | --- | --- |
-| 在给定 SMILES 候选池中推荐下一批，或运行 PDF2Dock/Vina+NN 轨迹 | `ldm-bo` | `references/ldm-bo.md` |
-| 围绕服务端固定 KRAS G12D 生成、评估并迭代小分子 | `strbo` | `references/strbo.md` |
-| 为指定抗原生成、评估并迭代 11-aa CDRH3 | `antbo` | `references/antbo.md` |
-
-不得因为用户只说“LDM”“药物发现”就自动选择后端。根据实体、已有数据和目标判断；
-仍无法区分时，结束并说明需要用户确认“小分子候选池、KRAS G12D 生成优化或抗体
-CDRH3”中的哪一种。
-
-## 最小执行范围
-
-- 用户只要求检查参数时，只调用相应 `*-validate` operation。
-- 用户只要求评估已有候选时，只调用 evaluate，不生成新候选。
-- 用户只要求推荐下一批且已经给出历史记录时，只调用 suggest/recommend。
-- 用户明确要求“完整迭代优化”时，才运行初始化、评估、建议、再评估的闭环。
-- 用户未给轮数时，STRBO/AntBO 最多执行一个建议轮次；不得沿用旧 Skill 的 6/8 轮
-  隐式默认值。LDM-BO `trajectory` 的评估次数必须来自用户，缺失时先要求确认。
-
-生成、评估、建议和 trajectory 都会消耗远端资源。一次自然语言中的“帮我优化”视为
-执行授权，但不得擅自扩大候选数、轮数或切换后端。
-
-## STRBO 完整闭环
-
-1. 调用 `molecules-init` 或 `molecules-init-job`，取得初始 SMILES。
-2. 调用 `molecules-evaluate` 或对应异步 operation，取得 `[vina, activity]`。
-3. 使用当前成功 native 中的 SMILES 和 scores 构造 `history_xs/history_ys`。
-4. 调用一次 `molecules-suggest-job`，按 STRBO reference 轮询至成功。
-5. 只评估新建议，并把结果与当前任务内历史合并后返回。
-
-提交 operation 不得重试。任一步失败、超时或返回数量不一致，立即结束；不得用旧
-gateway、离线 mock、本地 RDKit/Vina 或模型猜测补全。
-
-## AntBO 完整闭环
-
-1. 用户必须提供抗原；未提供时不得替用户选择。
-2. 必要时调用一次 `ldm-health`，确认抗原与 CDRH3 长度约束。
-3. 调用 `ldm-init` 取得初始 CDRH3，再调用 `evaluate` 取得结合能。
-4. 使用当前成功 native 构造一维 `history_ys`，调用一次 `ldm-suggest`。
-5. 只评估新建议，并返回当前任务内的候选与结合能。
-
-不得把 AntBO 的一维 score 改成 STRBO 的二维 score，也不得把 CDRH3 交给小分子
-LDM-BO。
-
-## 固定候选池与轨迹
-
-- 已有候选池和历史分数，要求下一批：使用 `ldm-bo/recommend`。
-- 用户明确要求完整 PDF2Dock/Vina+NN 搜索并给出评估次数：使用
-  `ldm-bo/trajectory`。
-- 不得把 `ldm-bo` 的 provider、模型路径、密钥、GPU 或 Vina 配置放进请求；这些由
-  Science Server 管理。
-
-## 结果与展示
-
-只报告当前 Delta CLI native 中真实存在的候选、目标值、warnings、job_id、状态和
-服务端 provenance。不得自行添加相似度阈值、机制解释、湿实验结论或“最优”断言；
-只有在方向明确且比较集合完整时，才能按实际目标值指出当前集合中的最好候选。
-推荐结果中的 acquisition value 不是预测目标值、置信度或推荐理由；除非 native
-明确给出语义和方向，否则只作为原始采集函数值报告。
-
-LDM 的仪表盘是展示层，不是计算入口。用户明确要求图表时，先完成一次 CLI 计算，
-再让外层使用同一份已验证结果绘图；禁止为了仪表盘再次提交远端任务。普通请求直接
-返回简洁文本。
+# LDM 科研工作流
+
+这里的 **LDM / 大发现模型** 是用户可见的科研工作流名称，不是可以直接访问网关的
+tool。在线计算必须先按任务语义选择 `ldm-bo`、`strbo` 或 `antbo`，再通过
+`delta-cli science invoke`
+调用 Delta CLI；禁止运行旧 `large-discovery-model` Skill、`run_ldm_loop.py`、gateway
+backend、`stream_widget` 中的联网命令或任何 HTTP 客户端。
+
+## 路由
+
+| 用户目标 | 实际 tool | 需要同时读取 |
+| --- | --- | --- |
+| 在给定 SMILES 候选池中推荐下一批，或运行 PDF2Dock/Vina+NN 轨迹 | `ldm-bo` | `references/ldm-bo.md` |
+| 围绕服务端固定 KRAS G12D 生成、评估并迭代小分子 | `strbo` | `references/strbo.md` |
+| 为指定抗原生成、评估并迭代 11-aa CDRH3 | `antbo` | `references/antbo.md` |
+
+不得因为用户只说“LDM”“药物发现”就自动选择后端。根据实体、已有数据和目标判断；
+仍无法区分时，结束并说明需要用户确认“小分子候选池、KRAS G12D 生成优化或抗体
+CDRH3”中的哪一种。
+
+## 最小执行范围
+
+- 用户只要求检查参数时，只调用相应 `*-validate` operation。
+- 用户只要求评估已有候选时，只调用 evaluate，不生成新候选。
+- 用户只要求推荐下一批且已经给出历史记录时，只调用 suggest/recommend。
+- 用户明确要求“完整迭代优化”时，才运行初始化、评估、建议、再评估的闭环。
+- 用户未给轮数时，STRBO/AntBO 最多执行一个建议轮次；不得沿用旧 Skill 的 6/8 轮
+  隐式默认值。LDM-BO `trajectory` 的评估次数必须来自用户，缺失时先要求确认。
+
+生成、评估、建议和 trajectory 都会消耗远端资源。一次自然语言中的“帮我优化”视为
+执行授权，但不得擅自扩大候选数、轮数或切换后端。
+
+## STRBO 完整闭环
+
+1. 调用 `molecules-init` 或 `molecules-init-job`，取得初始 SMILES。
+2. 调用 `molecules-evaluate` 或对应异步 operation，取得 `[vina, activity]`。
+3. 使用当前成功业务响应中的 SMILES 和 scores 构造 `history_xs/history_ys`。
+4. 调用一次 `molecules-suggest-job`，按 STRBO reference 轮询至成功。
+5. 只评估新建议，并把结果与当前任务内历史合并后返回。
+
+提交 operation 不得重试。任一步失败、超时或返回数量不一致，立即结束；不得用旧
+gateway、离线 mock、本地 RDKit/Vina 或模型猜测补全。
+
+## AntBO 完整闭环
+
+1. 用户必须提供抗原；未提供时不得替用户选择。
+2. 必要时调用一次 `ldm-health`，确认抗原与 CDRH3 长度约束。
+3. 调用 `ldm-init` 取得初始 CDRH3，再调用 `evaluate` 取得结合能。
+4. 使用当前成功业务响应构造一维 `history_ys`，调用一次 `ldm-suggest`。
+5. 只评估新建议，并返回当前任务内的候选与结合能。
+
+不得把 AntBO 的一维 score 改成 STRBO 的二维 score，也不得把 CDRH3 交给小分子
+LDM-BO。
+
+## 固定候选池与轨迹
+
+- 已有候选池和历史分数，要求下一批：使用 `ldm-bo/recommend`。
+- 用户明确要求完整 PDF2Dock/Vina+NN 搜索并给出评估次数：使用
+  `ldm-bo/trajectory`。
+- 不得把 `ldm-bo` 的 provider、模型路径、密钥、GPU 或 Vina 配置放进请求；这些由
+  Science Server 管理。
+
+## 结果与展示
+
+只报告当前 Delta CLI 业务响应中真实存在的候选、目标值、warnings、job_id、状态和
+服务端 provenance。不得自行添加相似度阈值、机制解释、湿实验结论或“最优”断言；
+只有在方向明确且比较集合完整时，才能按实际目标值指出当前集合中的最好候选。
+推荐结果中的 acquisition value 不是预测目标值、置信度或推荐理由；除非业务响应
+明确给出语义和方向，否则只作为原始采集函数值报告。
+
+LDM 的仪表盘是展示层，不是计算入口。用户明确要求图表时，先完成一次 CLI 计算，
+再让外层使用同一份已验证结果绘图；禁止为了仪表盘再次提交远端任务。普通请求直接
+返回简洁文本。

package/skills/delta-science/references/pubchem.md

@@ -1,13 +1,12 @@
 # PubChem 详细规则
 
-只能通过当前 Skill 目录下的 `scripts/invoke.py` 调用。wrapper 已解包服务
-信封，因此以下文档所说的业务 `data` 在 wrapper 结果中就是 `result["native"]`
-顶层；禁止再读取 `result["native"]["data"]`。本文件中的 URL 只用于说明 endpoint
-schema，不授权直接 HTTP。普通名称基础查询只调用一次 `compound-summary`；多个名称
+只能通过 `delta-cli science invoke` 调用。本文件中的业务响应位于 CLI 顶层 `data`；
+只按本文件说明读取字段，不得递归搜索。本文件中的 URL 只用于说明 endpoint schema，
+不授权直接 HTTP。普通名称基础查询只调用一次 `compound-summary`；多个名称
 只调用一次 `compound-batch-summary`，默认 body 仅包含 `identifiers` 和
 `namespace:"name"`，不得先调用 health/schema。
 
-结果直接从 `native` 投影。批量记录位于 `native.results[*]`，原始标签在 `input`，
+结果直接从 `data` 投影。批量记录位于 `data.results[*]`，原始标签在 `input`，
 属性在嵌套 `properties`。SMILES 回退顺序固定为
 `CanonicalSMILES -> ConnectivitySMILES -> SMILES -> IsomericSMILES`。
 PubChem `XLogP` 与 RDKit `MolLogP` 不得互换；not_found 不得用本地计算补值。

package/skills/delta-science/references/pymatgen.md

@@ -1,6 +1,6 @@
 # pymatgen 详细规则
 
-所有调用只走统一 wrapper。无机化学式、组成和式量优先使用 pymatgen，不用 PubChem
+所有调用直接使用 `delta-cli science invoke`。无机化学式、组成和式量优先使用 pymatgen，不用 PubChem
 或本地元素表替代。结构 operation 必须发送完整结构文本，不能发送本地文件路径；
 支持 `cif`、`poscar`、`json`、`cssr`、`xsf`，不接收 LAMMPS data/dump。
 

package/skills/delta-science/references/rdkit.md

@@ -1,15 +1,14 @@
 # RDKit 详细规则
 
-只能通过当前 Skill 目录下的 `scripts/invoke.py` 调用。wrapper 已解包服务
-信封，因此以下业务响应在 wrapper 结果中位于 `result["native"]` 顶层；禁止读取
-`result["native"]["data"]`。这里只记录 operation schema，不授权直接 HTTP。
+只能通过 `delta-cli science invoke` 调用。以下业务响应位于 CLI 顶层 `data`；只按本文件
+说明读取字段，不得递归搜索。这里只记录 operation schema，不授权直接 HTTP。
 
 一个请求只执行完成目标所需的最少调用。同时校验、规范化并计算基础描述符时使用一次
 `batch-parse-describe`，payload 使用 `molecules:[{id,smiles}]`，不得拆成 parse 和
 descriptors。多个分子的全对相似度使用一次 `similarity-matrix`；排名字段固定为
 `a`、`b`、`similarity`，不是 `i`、`j`、`score`。
 
-只报告 native 实际存在的描述符。渲染 PNG 时只解码文档指定字段，并验证字节以
+只报告业务响应实际存在的描述符。渲染 PNG 时只解码文档指定字段，并验证字节以
 `89 50 4e 47 0d 0a 1a 0a` 开头；不得把 JSON envelope 保存成图片。
 
 ## Health

package/skills/delta-science/references/routing-index.md

@@ -1,36 +1,36 @@
-# Delta Science 路由索引
-
-本文件只描述稳定的科研意图边界，不复制 Science Server 的工具和 endpoint 清单。
-实际可用工具以 `delta-cli science list` 和 `delta-cli science endpoints list` 返回的
-实时目录为准。
-
-## 路由优先级
-
-- 普通化合物名称、CID 和公共属性使用 PubChem；已有 SMILES/InChI 且需要结构计算时
-  使用 RDKit。
-- 无机化学式、组成、CIF、POSCAR 和空间群使用 pymatgen；粉末衍射模拟或 Rietveld
-  精修使用 GSAS-II。
-- 明确的 LAMMPS input、data 和力场任务使用 LAMMPS；不得从化学式或 CIF 猜测势函数。
-- 通用数值、整数或分类实验变量优化使用 Delta-BO。
-- 固定 SMILES 候选池或 PDF2Dock 轨迹使用 LDM-BO；固定 KRAS G12D 生成式优化使用
-  STRBO；反应条件与真实历史得率使用 SynBO；抗体 CDRH3 使用 AntBO。
-- “LDM/大发现模型”是跨上述三类能力的工作流意图，先读取 `ldm.md` 决定唯一后端，
-  不是服务端 tool，也不得路由到旧 `large-discovery-model` Skill。
-
-## 已验证 reference
-
-- [pubchem.md](pubchem.md)
-- [rdkit.md](rdkit.md)
-- [pymatgen.md](pymatgen.md)
-- [gsasii.md](gsasii.md)
-- [lammps.md](lammps.md)
-- [delta-bo.md](delta-bo.md)
-- [ldm-bo.md](ldm-bo.md)
-- [ldm.md](ldm.md)
-- [strbo.md](strbo.md)
-- [synbo.md](synbo.md)
-- [antbo.md](antbo.md)
-
-以上 reference 是已验证参数契约，不是服务端完整目录。用户明确点名新工具时，按
-`SKILL.md` 的实时 catalog 流程发现工具和 endpoint；若目录未返回请求 schema，不猜测
-请求体。
+# Delta Science 路由索引
+
+本文件只描述稳定的科研意图边界，不复制 Science Server 的工具和 endpoint 清单。
+实际可用工具以 `delta-cli science list` 和 `delta-cli science endpoints list` 返回的
+实时目录为准。
+
+## 路由优先级
+
+- 普通化合物名称、CID 和公共属性使用 PubChem；已有 SMILES/InChI 且需要结构计算时
+  使用 RDKit。
+- 无机化学式、组成、CIF、POSCAR 和空间群使用 pymatgen；粉末衍射模拟或 Rietveld
+  精修使用 GSAS-II。
+- 明确的 LAMMPS input、data 和力场任务使用 LAMMPS；不得从化学式或 CIF 猜测势函数。
+- 通用数值、整数或分类实验变量优化使用 Delta-BO。
+- 固定 SMILES 候选池或 PDF2Dock 轨迹使用 LDM-BO；固定 KRAS G12D 生成式优化使用
+  STRBO；反应条件与真实历史得率使用 SynBO；抗体 CDRH3 使用 AntBO。
+- “LDM/大发现模型”是跨上述三类能力的工作流意图，先读取 `ldm.md` 决定唯一后端，
+  不是服务端 tool，也不得路由到旧 `large-discovery-model` Skill。
+
+## 已验证 reference
+
+- [pubchem.md](pubchem.md)
+- [rdkit.md](rdkit.md)
+- [pymatgen.md](pymatgen.md)
+- [gsasii.md](gsasii.md)
+- [lammps.md](lammps.md)
+- [delta-bo.md](delta-bo.md)
+- [ldm-bo.md](ldm-bo.md)
+- [ldm.md](ldm.md)
+- [strbo.md](strbo.md)
+- [synbo.md](synbo.md)
+- [antbo.md](antbo.md)
+
+以上 reference 是已验证参数契约，不是服务端完整目录。用户明确点名新工具时，按
+`SKILL.md` 的实时 catalog 流程发现工具和 endpoint；若目录未返回请求 schema，不猜测
+请求体。

package/skills/delta-science/references/strbo.md

@@ -1,87 +1,87 @@
-# STRBO 详细规则
-
-STRBO 用于服务端固定 **KRAS G12D** 靶点的小分子生成式多目标优化。目标顺序固定为
-`[vina, activity]`：vina 越低越好，activity 越高越好。`task` 只引导候选生成，
-不会更换靶点；不得声称支持用户自定义受体。
-
-所有调用均使用 `tool="strbo"`。生成、建议、评估和提交 job 都会消耗远端资源，只在
-用户确实要求执行相应科研任务时调用；请求结果未知或超时时不得重试。
-
-## 初始化
-
-- 同步 operation：`molecules-init`
-- 异步 operation：`molecules-init-job`
-- 仅校验 operation：`molecules-init-validate`
-
-```json
-{
-  "task": "为 KRAS G12D 生成兼顾结合与活性的候选小分子",
-  "num_initial": 3,
-  "seed": 42
-}
-```
-
-只需检查参数时使用 validate；正式执行不要先 validate 再提交，避免无必要调用。
-成功结果应包含与 `num_initial` 数量一致的候选 SMILES。
-
-## 建议下一批候选
-
-- 同步 operation：`molecules-suggest`
-- 异步 operation：`molecules-suggest-job`（重型任务优先）
-- 仅校验 operation：`molecules-suggest-validate`
-
-```json
-{
-  "task": "继续改善 KRAS G12D 的结合与活性",
-  "history_xs": ["CCO", "CCN", "CCC"],
-  "history_ys": [
-    [-6.8, 0.31],
-    [-7.1, 0.42],
-    [-6.5, 0.28]
-  ],
-  "num_suggestions": 2,
-  "seed": 42
-}
-```
-
-`history_xs` 与 `history_ys` 必须等长；每个 `history_ys` 元素必须是两个有限数值，
-顺序严格为 `[vina, activity]`。不得把预测值伪装成湿实验结果。
-
-## 评估候选
-
-- 同步 operation：`molecules-evaluate`
-- 异步 operation：`molecules-evaluate-job`
-- 仅校验 operation：`molecules-evaluate-validate`
-
-```json
-{
-  "designs": ["CCO", "CCN"]
-}
-```
-
-成功结果中的 score 数量必须与 designs 一致，每行必须恰好有两个有限数值。任一 item
-明确失败时，本轮整体按失败处理，不得只报告成功子集。
-
-## 异步作业
-
-提交异步 operation 后，从当前 native 读取非空 `job_id`，再轮询：
-
-```python
-invoke("strbo", "job-status", params={"job_id": job_id})
-```
-
-只有状态变为 `succeeded` 后才读取：
-
-```python
-invoke("strbo", "job-result", params={"job_id": job_id})
-```
-
-`queued` 或 `running` 不是完成；`failed` 立即结束。状态查询可按 5 秒左右间隔重复，
-但提交 operation 绝不重复。单次用户任务的总等待上限为 15 分钟；超限后报告作业仍
-未完成并保留 job_id，不得声称远端已取消。
-
-## 完整科研流程
-
-用户明确要求完整迭代时按 `初始化 → 评估 → 建议 → 评估` 串行执行。每一步只使用本次
-调用已验证的 native 作为下一步输入。用户只要求生成初始候选或评估给定 SMILES 时，
-不得擅自扩展为完整循环。
+# STRBO 详细规则
+
+STRBO 用于服务端固定 **KRAS G12D** 靶点的小分子生成式多目标优化。目标顺序固定为
+`[vina, activity]`：vina 越低越好，activity 越高越好。`task` 只引导候选生成，
+不会更换靶点；不得声称支持用户自定义受体。
+
+所有调用均使用 `tool="strbo"`。生成、建议、评估和提交 job 都会消耗远端资源，只在
+用户确实要求执行相应科研任务时调用；请求结果未知或超时时不得重试。
+
+## 初始化
+
+- 同步 operation：`molecules-init`
+- 异步 operation：`molecules-init-job`
+- 仅校验 operation：`molecules-init-validate`
+
+```json
+{
+  "task": "为 KRAS G12D 生成兼顾结合与活性的候选小分子",
+  "num_initial": 3,
+  "seed": 42
+}
+```
+
+只需检查参数时使用 validate；正式执行不要先 validate 再提交，避免无必要调用。
+成功结果应包含与 `num_initial` 数量一致的候选 SMILES。
+
+## 建议下一批候选
+
+- 同步 operation：`molecules-suggest`
+- 异步 operation：`molecules-suggest-job`（重型任务优先）
+- 仅校验 operation：`molecules-suggest-validate`
+
+```json
+{
+  "task": "继续改善 KRAS G12D 的结合与活性",
+  "history_xs": ["CCO", "CCN", "CCC"],
+  "history_ys": [
+    [-6.8, 0.31],
+    [-7.1, 0.42],
+    [-6.5, 0.28]
+  ],
+  "num_suggestions": 2,
+  "seed": 42
+}
+```
+
+`history_xs` 与 `history_ys` 必须等长；每个 `history_ys` 元素必须是两个有限数值，
+顺序严格为 `[vina, activity]`。不得把预测值伪装成湿实验结果。
+
+## 评估候选
+
+- 同步 operation：`molecules-evaluate`
+- 异步 operation：`molecules-evaluate-job`
+- 仅校验 operation：`molecules-evaluate-validate`
+
+```json
+{
+  "designs": ["CCO", "CCN"]
+}
+```
+
+成功结果中的 score 数量必须与 designs 一致，每行必须恰好有两个有限数值。任一 item
+明确失败时，本轮整体按失败处理，不得只报告成功子集。
+
+## 异步作业
+
+提交异步 operation 后，从当前业务响应读取非空 `job_id`，再轮询：
+
+```text
+delta-cli science invoke --tool strbo --endpoint job-status --params JSON
+```
+
+只有状态变为 `succeeded` 后才读取：
+
+```text
+delta-cli science invoke --tool strbo --endpoint job-result --params JSON
+```
+
+`queued` 或 `running` 不是完成；`failed` 立即结束。状态查询可按 5 秒左右间隔重复，
+但提交 operation 绝不重复。单次用户任务的总等待上限为 15 分钟；超限后报告作业仍
+未完成并保留 job_id，不得声称远端已取消。
+
+## 完整科研流程
+
+用户明确要求完整迭代时按 `初始化 → 评估 → 建议 → 评估` 串行执行。每一步只使用本次
+调用已验证的业务响应作为下一步输入。用户只要求生成初始候选或评估给定 SMILES 时，
+不得擅自扩展为完整循环。

package/skills/delta-science/references/synbo.md

@@ -1,7 +1,7 @@
 # SynBO operation 参考
 
-所有在线调用都通过 `delta-science/scripts/invoke.py` 和 Delta CLI，服务地址来自当前
-CLI 的 `science_base_url` 配置。这里的路径只说明业务 operation，不得据此直连 HTTP。
+所有在线调用都通过 `delta-cli science invoke`，服务地址来自 CLI 的标准
+`science_base_url` 配置。这里的路径只说明业务 operation，不得据此直连 HTTP。
 
 用户说“优化反应条件”“推荐下一批实验”“偶联反应怎么继续做”，或给出溶剂、温度、
 催化剂、碱、配体和历史得率时，即使没有提到 SynBO、BO、CLI 或字段名也使用本节。
@@ -140,8 +140,9 @@ SynBO 的 `condition_dict` 只接受显式列表，不接受连续范围对象
 - 每个条件值统一为字符串，objective metric 保持数值。
 - 每条 `previous_results` 中的条件值必须出现在对应 `condition_dict` 列表中。
 - 连续范围的离散网格必须包含用户上下界和全部历史观测值；最终答案必须说明实际网格。
-- wrapper 会在发送前完成字符串归一化、成员校验，并为未显式指定的小数据 CPU
-  `optimize` 补充 `tiny + RF + UCB + cpu` 默认值。
+- 将条件值显式序列化为字符串，并确保每条历史记录只使用 `condition_dict` 中列出的值。
+  如需小数据 CPU 设置，显式传递 `accuracy:"tiny"`、`surrogate_model:"RF"`、
+  `acq_func:"UCB"` 和 `device:"cpu"`；不得假定客户端会补充默认值。
 
 Useful optional fields:
 

package/skills/delta-science/references/workflows.md

@@ -1,10 +1,10 @@
 # 跨服务工作流
 
-整个流程由单一 `delta-science` Skill 编排。每一步都通过宿主可用的 shell/Python 调用
-当前 Skill 目录下的 `scripts/invoke.py`，禁止再派发到其他 Science Skill、通用 subagent
-或自由文本执行器；禁止直接 HTTP。wrapper 成功后每一步只消费 `result["native"]` 顶层。
-已知 reference 中没有目标 operation 时，不猜测相近
-endpoint；只有用户明确点名新工具时，才按 `SKILL.md` 的只读实时 catalog 流程确认。
+整个流程由单一 `delta-science` Skill 编排。线上调用最终执行
+`delta-cli science invoke`，禁止直接 HTTP。可使用 subagent 协助整理输入、核对 reference
+或展示结果，但主流程负责工具选择和所有线上调用。CLI 成功后每一步只消费对应 reference
+定义的 `data` 响应字段。已知 reference 中没有目标 operation 时，不猜测相近 endpoint；reference
+缺失、过期或与 CLI 返回不一致时，按 `SKILL.md` 的只读实时 catalog 流程确认。
 
 ## 单个已命名分子
 
@@ -17,7 +17,7 @@ endpoint；只有用户明确点名新工具时，才按 `SKILL.md` 的只读实
 ## 多分子比较
 
 1. 用 PubChem 批量解析全部名称，请求体只包含 `identifiers` 和 `namespace:"name"`。省略 `properties`。
-2. 从 `native.results[*]` 读取记录，并从每条记录的嵌套 `properties` 读取字段。
+2. 从业务响应的 `results[*]` 读取记录，并从每条记录的嵌套 `properties` 读取字段。
 3. 未解析成功的记录要排除，并明确说明原因。
 4. 使用 RDKit `similarity-matrix` 校验和排序两两相似度。它的 `sanitize` 已经校验输入，不要额外调用 parse。
 5. 用 PubChem 记录的原始 `input` 作为 molecule id，并按文档顺序从嵌套属性中提取 SMILES。
@@ -29,22 +29,22 @@ endpoint；只有用户明确点名新工具时，才按 `SKILL.md` 的只读实
 
 ## 材料工作流
 
-1. 使用 pymatgen 校验化学式/结构并转换 CIF；无机式量只能取当前 native `weight`。
+1. 使用 pymatgen 校验化学式/结构并转换 CIF；无机式量只能取当前业务响应 `weight`。
 2. GSAS-II 只能接收真实 CIF 文本后再做衍射计算。
 3. LAMMPS 只能在已有明确的力场、data 和脚本设置后运行；部署检查可以使用内置有界示例。
 4. 从 LAMMPS 返回 pymatgen 或 GSAS-II 前，需要从弛豫结果重新构造 CIF/POSCAR。不要直接传递 LAMMPS data/dump 文件。
 
-## 优化工作流
-
-- 通用数值或分类实验变量：Delta-BO
-- 固定 SMILES 候选池或 PDF2Dock/Vina+NN 轨迹：LDM-BO
-- 固定 KRAS G12D 的生成式小分子闭环：STRBO
-- 指定抗原的 11-aa CDRH3 闭环：AntBO
-- 偶联反应、反应条件和带真实历史得率的下一批实验推荐：SynBO
-
-用户以 “LDM/大发现模型” 描述任务时，必须先按 `SKILL.md` 读取 `ldm.md`，再读取唯一
-选定后端的 reference。LDM 是工作流意图，不是 tool；禁止旧
-`large-discovery-model`、`run_ldm_loop.py`、gateway backend 和直接 HTTP。
+## 优化工作流
+
+- 通用数值或分类实验变量：Delta-BO
+- 固定 SMILES 候选池或 PDF2Dock/Vina+NN 轨迹：LDM-BO
+- 固定 KRAS G12D 的生成式小分子闭环：STRBO
+- 指定抗原的 11-aa CDRH3 闭环：AntBO
+- 偶联反应、反应条件和带真实历史得率的下一批实验推荐：SynBO
+
+用户以 “LDM/大发现模型” 描述任务时，必须先按 `SKILL.md` 读取 `ldm.md`，再读取唯一
+选定后端的 reference。LDM 是工作流意图，不是 tool；禁止旧
+`large-discovery-model`、`run_ldm_loop.py`、gateway backend 和直接 HTTP。
 
 禁止为了让优化器运行而编造观测数据。用户没有提供测量结果时，只能使用初始化或随机建议模式，并明确说明它是待实验验证的建议，不是已经验证的最优条件。
 SynBO/Delta-BO 没有返回 recommendations 时，不得用本地回归、GP、UCB 或人工排序替代。
@@ -55,7 +55,7 @@ SynBO 只接受离散条件列表。用户给连续范围时，在一次调用
 2. 同一条件列在 `condition_dict` 与 `previous_results` 中统一为字符串。
 3. 得率等 objective metric 保持数值。
 4. 小数据 CPU 默认 `tiny + RF + UCB`，并在最终答案中报告实际离散网格。
-5. wrapper 返回失败或空 recommendations 时结束；不得连续尝试多种 payload 或模型。
+5. CLI 返回失败或业务响应为空 recommendations 时结束；不得连续尝试多种 payload 或模型。
 
 用户未要求文件时只返回 recommendations 文本，不创建输入 CSV。必须交接时，仅把本次
-成功 native 写入当前 `WORKSPACE_ROOT/synbo_result.json`。
+成功业务响应写入当前 `WORKSPACE_ROOT/synbo_result.json`。