@delta-infra/cli 1.0.81 → 1.0.82

package/README.md

@@ -251,9 +251,9 @@ delta-cli sandbox kill <sandbox_id>
 | `delta-cli science invoke --tool <tool_name> --endpoint <endpoint_name> [--data '{"key":"value"}'] [--params '{"key":"value"}']` | 调用工具端点 |
 | `delta-cli science endpoints list <tool_name>` | 列出指定工具的所有端点 |
 
-`tools.name` 和 `tool_endpoints.name` 是 Science 工具调用的唯一权威名称。
-`science list` 与 `science endpoints list` 原样展示服务端数据库中的启用项，
-`science invoke` 原样传递 `--tool` 和 `--endpoint`，不执行别名映射或旧名称兼容。
+`tools.name` 和 `tool_endpoints.name` 是 Science 工具调用的唯一权威名称。
+`science list` 与 `science endpoints list` 原样展示服务端数据库中的启用项，
+`science invoke` 原样传递 `--tool` 和 `--endpoint`，不执行别名映射或旧名称兼容。
 
 ## 输出格式
 
@@ -302,13 +302,13 @@ Memento 等宿主只需要选择 `delta-science`。Skill 根据自然语言科
 operation，并且只加载当前工具对应的 reference，避免大量独立 Skill 给规划器增加
 负担。升级时会自动移除旧版独立 Science Skill。
 
-### 添加 Science tool 或 operation
-
-工具目录由 Science Server 数据库维护。新增工具时配置 `tools` 记录及对应的
-`tool_endpoints` 记录；停用时设置 `status=false`。CLI 无需同步任何静态表或重新增加
-命令。若需要让 AI 根据自然语言自动选择新工具并安全组装请求，再更新
-`skills/delta-science/references/<tool>.md` 和路由文档；数据库中的 name 与 reference
-必须完全一致。
+### 添加 Science tool 或 operation
+
+工具目录由 Science Server 数据库维护。新增工具时配置 `tools` 记录及对应的
+`tool_endpoints` 记录；停用时设置 `status=false`。CLI 无需同步任何静态表或重新增加
+命令。若需要让 AI 根据自然语言自动选择新工具并安全组装请求，再更新
+`skills/delta-science/references/<tool>.md` 和路由文档；数据库中的 name 与 reference
+必须完全一致。
 
 ## 开发
 
@@ -394,7 +394,7 @@ make release
 ```bash
 export GH_TOKEN=<your-github-pat>
 export NPM_TOKEN=<your-npm-token>
-./release.sh v1.0.79
+./release.sh v1.0.80
 ```
 
 脚本执行步骤：

package/checksums.txt

@@ -1,5 +1,5 @@
-0d86f1066505df453830ae5b19c3b55a6af1fb7e1e206f908dc44323b2e237a2  delta-cli-darwin-amd64.tar.gz
-6b236939d3190c15620f88b87313f91f3363268fe53ff53d08cb7a57b97f3cad  delta-cli-darwin-arm64.tar.gz
-3ca40e569e1a99435957d4ece538c572115f532b468d2aebe79bdc296150140b  delta-cli-linux-amd64.tar.gz
-77874bf11260ad88206fd0ac24f93a47dbb1484cdc209f9f17583f862fb8a0a5  delta-cli-linux-arm64.tar.gz
-98b014367262b8a280b308976a9cbc54a4b0489d61216010417242dbd6f46daa  delta-cli-windows-amd64.zip
+705303628538b7aba8fa01f531d5e4fe06403e86be6a64e4ce0484ba95ec0630 *delta-cli-darwin-amd64.tar.gz
+2ffb29cf38a30b748be88bc9da32f437fd5a85f997945aa1fd8b1a71a0ce3d46 *delta-cli-darwin-arm64.tar.gz
+f417d66f5758d0363374867655ad6e711580b1e47f09853652997acd09fee0a6 *delta-cli-linux-amd64.tar.gz
+6716889450082c2734918bd3887974c97c6cd758929f00b75b3ff8c842637ff0 *delta-cli-linux-arm64.tar.gz
+b3352e9b456ea994c6f7e631bae59aece1d9bb3dc118637f425e4e2a0010ddbc *delta-cli-windows-amd64.zip

package/package.json

@@ -1,6 +1,6 @@
 {
   "name": "@delta-infra/cli",
-  "version": "1.0.81",
+  "version": "1.0.82",
   "description": "Delta Infra CLI for sandbox compute and science tools.",
   "bin": {
     "delta-cli": "scripts/run.js"

package/skills/delta-science/SKILL.md

@@ -1,61 +1,45 @@
 ---
 name: delta-science
-description: "公司在线 Science 能力的统一入口，所有调用都经 Delta CLI。凡是查询具体化合物/CID/SMILES/分子性质、计算分子描述符或相似度、解析晶体/CIF/空间群、模拟或精修 XRD、执行 LAMMPS、根据实验数据做贝叶斯优化、反应条件优化，以及任何 LDM/大发现模型、KRAS G12D 小分子生成优化、固定候选池/PDF2Dock 轨迹或抗体 CDRH3 优化任务，都必须使用本 Skill；不得调用旧 large-discovery-model Skill、旧 gateway 脚本、网页搜索或本地科学库绕过 Delta CLI。普通查询、比较或校验默认直接返回文本，不要主动增加 JSON/CSV、报告、图片或图表步骤；只有用户明确要求保存、导出、绘图或生成文件时才创建产物。"
----
+description: "公司在线 Science 能力的统一入口，所有调用都经 Delta CLI。凡是查询具体化合物/CID/SMILES/分子性质、计算分子描述符或相似度、解析晶体/CIF/空间群、模拟或精修 XRD、执行 LAMMPS、根据实验数据做贝叶斯优化、反应条件优化，以及任何 LDM/大发现模型、KRAS G12D 小分子生成优化、固定候选池/PDF2Dock 轨迹或抗体 CDRH3 优化任务，都必须使用本 Skill；不得调用旧 large-discovery-model Skill、旧 gateway 脚本、网页搜索或本地科学库绕过 Delta CLI。普通查询、比较或校验默认直接返回文本，不要主动增加 JSON/CSV、报告、图片或图表步骤；只有用户明确要求保存、导出、绘图或生成文件时才创建产物。"
+---
 
 # Delta Science
 
 把自然语言科研任务转换为最少数量、可验证的 Delta CLI Science 调用。只暴露本
 Skill；工具选择、operation、参数、跨工具交接和结果校验都在本 Skill 内完成。
 
-## 强制调用链
-
-- 所有在线 Science 操作必须走
-  `宿主 shell/Python -> delta-science/scripts/invoke.py -> delta-cli science invoke -> Science Server`。
-- 用宿主可用的 shell 或 Python 定位当前 Skill 的 `SKILL.md` 所在目录，再以该目录下的
-  `scripts/invoke.py` 的绝对路径执行 wrapper。Claude Code 可使用
-  `CLAUDE_SKILL_DIR`；Codex 应以当前已加载 Skill 的目录为工作目录，或在已安装的 Skills
-  目录中查找精确的 `delta-science/scripts/invoke.py`。不得依赖宿主私有环境变量。
-- 禁止直接执行 `delta-cli`、`curl`、`requests`、`httpx`、浏览器和 PowerShell Web 命令；
-  禁止直接访问公司网关或业务服务 URL。
-- 禁止使用本地 RDKit、pymatgen、LAMMPS、BO、回归或 sandbox 冒充 Science 结果。
-- 执行前读取对应 reference，并从中逐字选择 operation 和请求字段；禁止凭记忆创造字段或
-  枚举值。不得读取或修改 wrapper 源码、runtime 或配置文件。
-- `tools.name` 和 `tool_endpoints.name` 是唯一权威调用名称。传给 wrapper 的 tool 和
-  endpoint 必须与当前数据库目录完全一致；CLI 和 wrapper 都不做别名映射、前缀裁剪、
-  profile 判断或 `not_found` 后改名重试。reference 与目录不一致时终止并报告配置问题。
-- 业务结果直接位于 `result["native"]`。禁止读取 `native.data` 或递归搜索结果。
-- 只有子进程退出码为 0、`result["ok"] is True` 且
-  `result["transport"] == "delta-cli"` 时，才能报告业务成功。
-
-固定 Python 模板（将 `wrapper` 替换为已定位的绝对路径）：
-
-```python
-import json, subprocess, sys
-
-wrapper = "/absolute/path/to/delta-science/scripts/invoke.py"
-
-def invoke(tool, endpoint, data=None, params=None, timeout=150):
-    argv = [sys.executable, wrapper, "--tool", tool, "--endpoint", endpoint]
-    if data is not None:
-        argv += ["--data-json", json.dumps(data, ensure_ascii=False)]
-    if params is not None:
-        argv += ["--params-json", json.dumps(params, ensure_ascii=False)]
-    p = subprocess.run(
-        argv, capture_output=True, text=True, encoding="utf-8",
-        errors="replace", shell=False, timeout=timeout
-    )
-    if p.returncode != 0:
-        raise RuntimeError(p.stderr or p.stdout)
-    result = json.loads(p.stdout)
-    if result.get("ok") is not True or result.get("transport") != "delta-cli":
-        raise RuntimeError(result)
-    return result
+## 调用链
+
+- 所有在线 Science 操作必须走
+  `宿主 shell/Python -> delta-cli science invoke -> Science Server`。
+- 直接执行已安装的 `delta-cli`，使用 CLI 的标准认证与 `science_base_url` 配置。不得通过
+  环境变量、命令参数或业务 URL 改写服务路由。
+- 禁止使用 `curl`、`requests`、`httpx`、浏览器和 PowerShell Web 命令直接访问公司网关或
+  业务服务 URL。
+- 不得将本地 RDKit、pymatgen、LAMMPS、BO、回归或 sandbox 结果冒充为 Science 结果。
+  本地工具可用于格式转换、文件解析或展示，但必须明确其来源，并与 CLI 结果分开。
+- 执行前读取对应 reference，并按其选择 operation 和请求字段；reference 缺失、过期或与
+  当前目录不一致时，可查询实时目录。禁止凭记忆创造字段或枚举值。
+- `tools.name` 和 `tool_endpoints.name` 是唯一权威调用名称。传给 CLI 的 tool 和
+  endpoint 必须与当前数据库目录完全一致；CLI 不做别名映射、前缀裁剪、
+  profile 判断或 `not_found` 后改名重试。reference 与目录不一致时终止并报告配置问题。
+- 只有 CLI 子进程退出码为 0 且输出 JSON 顶层 `ok` 为 `true` 时，才能报告调用成功。
+  CLI 顶层 `data` 保存服务响应；仅按对应 reference 说明的信封和业务结构读取字段，
+  不得递归搜索看似合理的值，也不得把 `valid:false` 等业务结果误报为传输失败。
+
+调用模板：
+
+```text
+delta-cli science invoke --tool TOOL --endpoint ENDPOINT --data JSON
 ```
 
+仅当 reference 明确将字段定义为查询参数时使用 `--params JSON`。不要将 JSON 拼接为 shell
+代码；由宿主 shell 的安全参数传递机制传入单个 JSON 参数。
+
 只调用完成目标所需的 operation。跨工具任务在同一个 Skill 执行中按依赖顺序调用，
-下游只能使用上一步已验证的 `native`。已知工具不要额外调用 health、schema、
-catalog、render、descriptors 或文件操作，除非用户确实要求对应结果。
+下游只能使用上一步已验证的业务字段。已知工具默认不要额外调用 health、schema、
+catalog、render、descriptors 或文件操作；用户请求、诊断需要或 reference 与实时目录不一致时，
+可执行最少的只读调用。
 
 ## 选择工具
 
@@ -66,39 +50,39 @@ catalog、render、descriptors 或文件操作，除非用户确实要求对应
 | 无机化学式、CIF/POSCAR、晶体结构、空间群 | `pymatgen` | [pymatgen.md](references/pymatgen.md) |
 | 粉末衍射模拟、Rietveld 精修 | `gsasii` | [gsasii.md](references/gsasii.md) |
 | 分子动力学、最小化、thermo 与输出文件 | `lammps` | [lammps.md](references/lammps.md) |
-| 通用数值/整数/分类实验变量优化 | `delta-bo` | [delta-bo.md](references/delta-bo.md) |
-| 固定候选池 next-SMILES、PDF2Dock、分子 BO 轨迹 | `ldm-bo` | [ldm-bo.md](references/ldm-bo.md) |
-| KRAS G12D 小分子生成、vina/activity 多目标迭代 | `strbo` | [strbo.md](references/strbo.md) |
-| 反应条件初始化、基于真实得率推荐下一批实验 | `synbo` | [synbo.md](references/synbo.md) |
-| 抗体 CDRH3 生成/评估及 AntBO 作业管理 | `antbo` | [antbo.md](references/antbo.md) |
-
-用户使用 “LDM”“大发现模型”“小分子药 LDM” 或 “抗体 LDM” 表述完整科研流程时，
-先读取 [ldm.md](references/ldm.md)，再只读取其中选定后端对应的一个 reference。
-`ldm.md` 是编排规则，不是 tool，不得把 `ldm` 当作 `--tool` 参数。
-
-工具明确时直接读取所选 tool 的 reference，其中已经包含 operation、参数和最小场景；
-不要读取其他工具文档。只有任务在两个或多个工具之间存在歧义时，才先读
-[routing-index.md](references/routing-index.md)。跨工具任务再读
-[workflows.md](references/workflows.md)。
-
-本表是经过验证的科研路由，不是服务端工具清单。若用户明确点名本表之外的新工具，
-允许通过宿主 shell/Python 运行同目录的 `scripts/catalog.py --tools`，再使用目录返回
-的精确 tool name 运行一次 `catalog.py --endpoints <tool>`；两次读取都必须满足
-`transport="delta-cli"`。不得用空 body、错误参数、health、help、源码、wrapper 或
-直接 HTTP 探测。实时 endpoint 元数据若没有足够的请求字段契约，应说明“目录已发现，
-但服务端未提供可安全构造请求的 schema”，不得猜 body、模糊匹配或转换名称。新增工具
-因此无需修改 CLI；只有需要自然语言自动选路或自动组装参数时，才补充对应 reference。
+| 通用数值/整数/分类实验变量优化 | `delta-bo` | [delta-bo.md](references/delta-bo.md) |
+| 固定候选池 next-SMILES、PDF2Dock、分子 BO 轨迹 | `ldm-bo` | [ldm-bo.md](references/ldm-bo.md) |
+| KRAS G12D 小分子生成、vina/activity 多目标迭代 | `strbo` | [strbo.md](references/strbo.md) |
+| 反应条件初始化、基于真实得率推荐下一批实验 | `synbo` | [synbo.md](references/synbo.md) |
+| 抗体 CDRH3 生成/评估及 AntBO 作业管理 | `antbo` | [antbo.md](references/antbo.md) |
+
+用户使用 “LDM”“大发现模型”“小分子药 LDM” 或 “抗体 LDM” 表述完整科研流程时，
+先读取 [ldm.md](references/ldm.md)，再只读取其中选定后端对应的一个 reference。
+`ldm.md` 是编排规则，不是 tool，不得把 `ldm` 当作 `--tool` 参数。
+
+工具明确时直接读取所选 tool 的 reference，其中已经包含 operation、参数和最小场景；
+不要读取其他工具文档。只有任务在两个或多个工具之间存在歧义时，才先读
+[routing-index.md](references/routing-index.md)。跨工具任务再读
+[workflows.md](references/workflows.md)。
+
+本表是经过验证的科研路由，不是服务端工具清单。若用户点名本表之外的新工具，或 reference
+缺失、过期或与 CLI 返回不一致，允许运行 `delta-cli science list`，再使用目录返回的精确 tool name 运行一次
+`delta-cli science endpoints list <tool>`；两次输出都必须满足退出码为 0 且顶层
+`ok:true`。不得用空 body、错误参数、源码或直接 HTTP 探测。实时 endpoint
+元数据若没有足够的请求字段契约，应说明“目录已发现，
+但服务端未提供可安全构造请求的 schema”，不得猜 body、模糊匹配或转换名称。新增工具
+因此无需修改 CLI；只有需要自然语言自动选路或自动组装参数时，才补充对应 reference。
 
 ## 路由边界
 
 - 普通分子名称先用 PubChem；只有需要结构计算时才把成功返回的 SMILES 交给 RDKit。
 - 无机化学式、组成和式量优先 pymatgen，不用 PubChem 或本地元素表补算。
-- 通用实验变量使用 Delta-BO；已有固定 SMILES 候选池或 PDF2Dock 轨迹使用 LDM-BO；
-  围绕服务端固定 KRAS G12D 生成并迭代小分子使用 STRBO；偶联反应、反应条件和历史
-  得率使用 SynBO；抗体/CDRH3 使用 AntBO，不得混用。
-- 在线 LDM、STRBO、AntBO 和 LDM-BO 任务不得转交旧 `large-discovery-model` Skill，
-  不得运行其 gateway 脚本或内置服务地址。离线演示不属于公司 Science 结果；只有用户
-  明确要求“不调用公司资源”时才能说明该边界，但本 Skill 仍不得运行旧 Skill。
+- 通用实验变量使用 Delta-BO；已有固定 SMILES 候选池或 PDF2Dock 轨迹使用 LDM-BO；
+  围绕服务端固定 KRAS G12D 生成并迭代小分子使用 STRBO；偶联反应、反应条件和历史
+  得率使用 SynBO；抗体/CDRH3 使用 AntBO，不得混用。
+- 在线 LDM、STRBO、AntBO 和 LDM-BO 任务不得转交旧 `large-discovery-model` Skill，
+  不得运行其 gateway 脚本或内置服务地址。离线演示不属于公司 Science 结果；只有用户
+  明确要求“不调用公司资源”时才能说明该边界，但本 Skill 仍不得运行旧 Skill。
 - GSAS-II 精修必须有真实粉末数据、仪器参数和 phase CIF。LAMMPS 必须有明确的
   input/data/force-field；禁止编造实验数据、CIF、力场、历史观测或优化结果。
 
@@ -106,45 +90,47 @@ catalog、render、descriptors 或文件操作，除非用户确实要求对应
 
 - `run-default-job`、`run`、`stop` 等远程变更必须由用户明确授权。结果未知、超时或
   断连时不得重试，因为远端操作可能已经发生。
-- 参数校验、502、504、timeout、空 recommendations 和后端失败均按本次失败结束。
-  SynBO 每个用户任务最多一次业务调用；不得换模型、换 acquisition 或改用本地算法。
-- wrapper 第一次返回失败后立即向用户返回原始错误的短摘要（包含 `stage` 和
-  `error_type`）。不得读取 wrapper/runtime/config、不得运行 `delta-cli config/auth/help`、
-  不得修改环境变量、
-  不得伪造 UID、令牌或 API Key，也不得改 operation、参数或调用链重试。
-- `X-User-Uid`、登录、quota 或 permission 错误属于终止性认证错误；只转发原始错误和
-  登录提示。Skill 绝不自行登录、检查凭据、猜测用户标识或尝试绕过 quota。
-- 重型调用串行执行。客户端超时不代表远端计算已取消。
-- 用户未要求文件时不创建 CSV、图片或报告。内部交接文件只能写入当前
-  `WORKSPACE_ROOT`，不得读取其他会话 workspace 或历史结果补全当前任务。
-- 外层规划器自动附加的路径、JSON、图表或报告不等同于用户明确要求。若任务本质只是
-  查询、比较或校验，直接返回最小文本结果；不得为了满足附加产物而重复 Science 调用。
-- 二进制产物只解码文档明确的字段；PNG 必须验证 magic bytes。
-
-## 输出
-
-将当前 `native` 投影为用户要求的最小结果；逐字保留字符串、数值、警告和来源。
-不得补充 native 未返回的单位、机制、引用、链接、预测值或记忆知识。预测结果不得
-描述为实测结果。
-成功取得最后一个所需 native 后，直接将其投影为最终答复。禁止为了排序、排版、生成
-表格或摘要再次执行 wrapper，也禁止把 native 手工复制成新的 Python/JSON 字面量；简单
-筛选、比较和文本组织直接在最终答复中完成。
-
-成功时只返回由当前 native 生成的有界纯文本；失败时只返回包含 `stage`、`error_type` 的
-原始错误短摘要。完成后不得重新计算、改写或用手工建议替代成功/失败的 Science 结果。
+- 参数校验、空 recommendations 和业务后端失败均按本次失败结束。对 `health`、目录和其他
+  明确只读、幂等的 operation，网络类 502、504 或 timeout 可按相同参数最多重试一次。
+  SynBO 每个用户任务最多一次业务调用；不得换模型、换 acquisition 或改用本地算法。
+- CLI 首次返回失败后应返回原始错误短摘要。用户明确要求排障时，可运行只读的
+  `delta-cli auth status`、`delta-cli config show` 或 `delta-cli ... --help`；不得自行登录、
+  修改配置或环境变量、伪造 UID、令牌或 API Key，也不得改变 operation、参数或调用链重试。
+- `X-User-Uid`、登录、quota 或 permission 错误属于终止性认证错误；只转发原始错误和
+  登录提示。Skill 绝不自行登录、检查凭据、猜测用户标识或尝试绕过 quota。
+- 重型调用串行执行。客户端超时不代表远端计算已取消。
+- 用户未要求文件时不创建 CSV、图片或报告。内部交接文件只能写入当前
+  `WORKSPACE_ROOT`，不得读取其他会话 workspace 或历史结果补全当前任务。
+- 外层规划器自动附加的路径、JSON、图表或报告不等同于用户明确要求。若任务本质只是
+  查询、比较或校验，直接返回最小文本结果；不得为了满足附加产物而重复 Science 调用。
+- 二进制产物只解码文档明确的字段；PNG 必须验证 magic bytes。
+- 用户明确要求公开背景资料或文献时，可进行网页检索，但不得将其作为 Science 服务调用或
+  用其替代 CLI 结果；分别标明来源。
+
+## 输出
+
+将当前 CLI `data` 中、由对应 reference 定义的业务响应投影为用户要求的最小结果；逐字保留字符串、数值、警告和来源。
+不得补充服务未返回的单位、机制、引用、链接、预测值或记忆知识。预测结果不得
+描述为实测结果。
+成功取得最后一个所需业务结果后，直接将其投影为最终答复。禁止为了排序、排版、生成
+表格或摘要再次执行 CLI，也禁止把结果手工复制成新的 Python/JSON 字面量；简单
+筛选、比较和文本组织直接在最终答复中完成。
+
+成功时只返回由当前 CLI 业务结果生成的有界纯文本；失败时只返回 CLI 原始错误短摘要。
+完成后不得重新计算、改写或用手工建议替代成功/失败的 Science 结果。
 
 每次成功结果保留：
 
 ```text
-证据边界：仅限当前 Delta CLI native 结果
+证据边界：仅限当前 Delta CLI `data` 中的业务结果
 调用链：delta-cli
 禁止补充未返回内容：是
 ```
 
 ## 完成标准
 
-- 每个在线操作都有 `transport="delta-cli"` 证据；
-- 每个科学数值来自当前调用的 native；
+- 每个在线操作都有 CLI 退出码为 0 且顶层 `ok:true` 的证据；
+- 每个科学数值来自当前调用 `data` 中、由 reference 定义的业务字段；
 - 下游输入来自当前任务中已验证的上游结果；
 - 失败准确归类为配置、CLI、参数、Science Server、业务服务或超时；
 - 没有直接 HTTP、本地科学库、跨会话文件或人工结果替代。

package/skills/delta-science/references/antbo.md

@@ -1,10 +1,10 @@
 # AntBO 详细规则
 
-在 `SKILL.md` 的 wrapper 模板中设置 `endpoint`、`data`、`params`。业务结果直接位于
-`r["native"]`。标为“变更”的 operation 只有用户明确授权时才能执行，且不得重试。
+直接用 `delta-cli science invoke` 设置 `endpoint`、`data`、`params`。按本文件定义的
+CLI 服务响应字段读取业务结果。标为“变更”的 operation 只有用户明确授权时才能执行，且不得重试。
 
-抗体/CDRH3 场景即使出现 “LDM” 也不得改用小分子 LDM-BO 或 STRBO。当前 catalog
-同时暴露 CDRH3 生成/建议/评估接口和传统 AntBO 作业管理接口。
+抗体/CDRH3 场景即使出现 “LDM” 也不得改用小分子 LDM-BO 或 STRBO。当前 catalog
+同时暴露 CDRH3 生成/建议/评估接口和传统 AntBO 作业管理接口。
 
 ## health（只读）
 
@@ -18,7 +18,7 @@
 - 代码：`endpoint="run-default-job"; data=None; params={"log_name":"antbo_<唯一时间戳>.log","append":False,"timeout_seconds":86400}`
 - 投影：started、pid、log_name/log_path、timeout_seconds；未知结果禁止重试。
 
-只有同一次 native 同时包含 `started=true`、非空 `pid` 以及 `log_name` 或
+只有同一次业务响应同时包含 `started=true`、非空 `pid` 以及 `log_name` 或
 `log_path` 时，才能声称作业已启动；字段缺失时标记为未验证，不得重复提交。
 
 ## run（重型变更）
@@ -45,56 +45,56 @@
 - 代码：`endpoint="stop"; data=None; params={"pid":12345}`
 - 投影：stopped、pid、message；不得盲目重试或在多任务时无参数调用。
 
-## CDRH3 生成与优化
-
-服务端支持的抗原由 health 的 `supported_antigens` 决定；不得猜测或把任意蛋白文件
-路径当成 antigen。部署通常支持 `1ADQ_A`、`1FBI_X`、`1H0D_C`、`1NSN_S`、
-`1OB1_C`，但执行前以当前服务响应和用户选择为准。
-
-### ldm-health（只读）
-
-- 代码：`endpoint="ldm-health"; data=None; params=None`
-- 投影：supported_antigens、cdrh3_length、objective、Absolut/模型真实性字段。
-
-### ldm-init / ldm-init-validate
-
-```json
-{
-  "task": "为指定抗原生成初始 CDRH3 候选",
-  "num_initial": 3,
-  "antigen": "1ADQ_A",
-  "seed": 42
-}
-```
-
-只校验参数时使用 `ldm-init-validate`；正式生成使用 `ldm-init`。成功候选必须是服务
-返回的 CDRH3 序列，不得由模型自行编造。
-
-### ldm-suggest / ldm-suggest-validate
-
-```json
-{
-  "task": "继续降低抗原结合能",
-  "history_xs": ["ARVGYSLYAMD", "AKYGGYDYAMD"],
-  "history_ys": [-18.2, -17.4],
-  "num_suggestions": 2,
-  "antigen": "1ADQ_A",
-  "seed": 42
-}
-```
-
-AntBO 是单目标，`history_ys` 必须是一维有限数值数组，并与 `history_xs` 等长。
-每条 CDRH3 必须是 11 个标准氨基酸字符；以 `ldm-health` 当前返回的
-`cdrh3_length` 为最终约束。
-
-### evaluate / evaluate-validate
-
-```json
-{
-  "designs": ["ARVGYSLYAMD", "AKYGGYDYAMD"],
-  "antigen": "1ADQ_A"
-}
-```
-
-成功 score 数量必须与 designs 一致；结合能越低越好。生成、建议和评估均为远端重型
-调用，结果未知或超时时不得重试，也不得用本地随机分数补全。
+## CDRH3 生成与优化
+
+服务端支持的抗原由 health 的 `supported_antigens` 决定；不得猜测或把任意蛋白文件
+路径当成 antigen。部署通常支持 `1ADQ_A`、`1FBI_X`、`1H0D_C`、`1NSN_S`、
+`1OB1_C`，但执行前以当前服务响应和用户选择为准。
+
+### ldm-health（只读）
+
+- 代码：`endpoint="ldm-health"; data=None; params=None`
+- 投影：supported_antigens、cdrh3_length、objective、Absolut/模型真实性字段。
+
+### ldm-init / ldm-init-validate
+
+```json
+{
+  "task": "为指定抗原生成初始 CDRH3 候选",
+  "num_initial": 3,
+  "antigen": "1ADQ_A",
+  "seed": 42
+}
+```
+
+只校验参数时使用 `ldm-init-validate`；正式生成使用 `ldm-init`。成功候选必须是服务
+返回的 CDRH3 序列，不得由模型自行编造。
+
+### ldm-suggest / ldm-suggest-validate
+
+```json
+{
+  "task": "继续降低抗原结合能",
+  "history_xs": ["ARVGYSLYAMD", "AKYGGYDYAMD"],
+  "history_ys": [-18.2, -17.4],
+  "num_suggestions": 2,
+  "antigen": "1ADQ_A",
+  "seed": 42
+}
+```
+
+AntBO 是单目标，`history_ys` 必须是一维有限数值数组，并与 `history_xs` 等长。
+每条 CDRH3 必须是 11 个标准氨基酸字符；以 `ldm-health` 当前返回的
+`cdrh3_length` 为最终约束。
+
+### evaluate / evaluate-validate
+
+```json
+{
+  "designs": ["ARVGYSLYAMD", "AKYGGYDYAMD"],
+  "antigen": "1ADQ_A"
+}
+```
+
+成功 score 数量必须与 designs 一致；结合能越低越好。生成、建议和评估均为远端重型
+调用，结果未知或超时时不得重试，也不得用本地随机分数补全。

package/skills/delta-science/references/cli-contract.md

@@ -1,83 +1,53 @@
 # Delta CLI 执行约定
 
-## 只能通过内置 wrapper 调用
-
-实时 Science 调用只能由宿主可用的 shell 或 Python 执行内置 wrapper。先定位当前
-`SKILL.md` 所在目录，再执行该目录下 `scripts/invoke.py` 的绝对路径；不得直接执行
-`delta-cli`，也不得改用直接 HTTP。Claude Code 可使用 `CLAUDE_SKILL_DIR` 定位当前
-Skill；Codex 应以当前已加载 Skill 的目录为工作目录，或在已安装的 Skills 目录中查找
-精确的 `delta-science/scripts/invoke.py`。不得依赖宿主私有环境变量。
-
-使用 Python 执行 wrapper。下面的 `wrapper` 必须是上述方法定位到的绝对路径：
-
-```python
-import json, subprocess, sys
-
-wrapper = "/absolute/path/to/delta-science/scripts/invoke.py"
-payload = {"input": "CCO", "format": "smiles"}
-completed = subprocess.run(
-    [sys.executable, wrapper, "--tool", "rdkit", "--endpoint", "parse",
-     "--data-json", json.dumps(payload, ensure_ascii=False)],
-    capture_output=True, text=True, encoding="utf-8", errors="replace",
-    timeout=150,
-)
-result = json.loads(completed.stdout)
-```
-
-不要把调用拼成 shell 命令字符串。禁止使用 `curl`、`httpx`、`requests`、`Invoke-RestMethod` 或业务服务 URL。
+## 直接调用 CLI
 
-wrapper 内部构造以下 argv：
+所有实时 Science 调用都直接执行已安装的 Delta CLI：
 
 ```text
 delta-cli science invoke --tool TOOL --endpoint ENDPOINT --data JSON
 ```
 
-只有明确记录为查询参数的 operation 才使用 `--params-json`。同一次调用不得同时发送 `--data-json` 和 `--params-json`。
-
-## 可执行文件与配置解析顺序
-
-wrapper 按以下顺序解析 `delta-cli`：
+`TOOL` 与 `ENDPOINT` 必须逐字使用当前 reference 或实时目录中的
+`tools.name`、`tool_endpoints.name`；不得增加别名映射、裁剪前缀或在 `not_found` 后改名重试。
+仅当 operation 文档明确要求查询参数时使用 `--params JSON`。不要同时传递 `--data` 和
+`--params`，也不要改用 `curl`、`httpx`、`requests`、`Invoke-RestMethod` 或业务服务 URL。
 
-1. `--cli`
-2. `DELTA_CLI_PATH`
-3. `SKILL.md` 同级、未纳入版本控制的 `runtime.local.json`
-4. `PATH` 中的 `delta-cli` 或 `delta-cli.exe`
-5. npm 包相邻的 `bin/delta-cli[.exe]`
+CLI 使用其标准认证和 `science_base_url` 配置。Skill 不得通过环境变量、命令参数或临时配置
+改写服务路由，也不读取、修改或伪造凭据。
 
-CLI 从 `~/.delta-infra/config.json` 读取 `science_base_url`。显式 `--science-base-url` 只用于测试覆盖，并通过 `DELTA_INFRA_SCIENCE_BASE_URL` 传给子进程。
+## 成功与结果
 
-## wrapper 返回结果
-
-成功输出格式：
+CLI 成功时输出单个 JSON 信封：
 
 ```json
 {
   "ok": true,
-  "transport": "delta-cli",
-  "tool": "rdkit",
-  "endpoint": "parse",
-  "elapsed_seconds": 1.23,
-  "envelope_depth": 2,
-  "native": {}
-}
-```
-
-`tools.name` 和 `tool_endpoints.name` 是唯一权威名称。Skill 代码始终把 reference 中的
-tool/operation 原样传给 CLI，CLI 再原样提交给 Science Server；任何一层都不执行旧
-名称映射、前缀裁剪、profile 判断或失败后的改名重试。若 reference 与数据库名称不一致，
-本次调用按 `not_found` 失败结束，应修正数据库配置或 reference，而不是在客户端添加映射。
-
-wrapper 校验 CLI 的 `{ok,data}` 信封，只解包已知的 Infra 转发结果
-`{status_code,headers,data}` 和业务服务信封 `{code,message,data}`。它不会在任意嵌套
-字段中搜索看似合理的结果。`ok=false` 会包含稳定的 `stage`、`error_type`、
-`cli_exit_code` 和错误文本。宿主 shell/Python 的进程成功状态不能覆盖这些字段。
-
-解包成功后，业务结果直接位于 `result["native"]` 顶层。禁止读取
-`result["native"]["data"]`，也禁止递归搜索字段。
-
-即使存在部分数据，`ok=false` 仍必须视为失败。禁止静默切换到其他调用链，也不得在
-最终统计中写“无错误”。业务成功后立即结束，不得为比较模型而追加请求。
+  "data": {}
+}
+```
+
+只有 CLI 退出码为 0 且顶层 `ok` 为 `true` 时，才能报告调用成功。顶层 `data` 保存服务响应。
+按 operation reference 规定的响应结构读取字段：若文档明确说明网关或业务信封的 `data`，
+可读取该已知层级；不得递归搜索字段，也不得将业务返回的 `valid:false`、空结果或警告误报为
+CLI 传输失败。
+
+退出码非 0 或顶层 `ok:false` 时，本次调用失败；转发 CLI 的原始错误短摘要，不得切换到
+其他调用链、修改参数或重试可能已执行的远程变更。
+
+## 实时目录
+
+当用户点名 reference 以外的新工具，或 reference 缺失、过期或与 CLI 返回不一致时，依次执行：
+
+```text
+delta-cli science list
+delta-cli science endpoints list TOOL
+```
+
+两次调用都必须满足成功条件。目录只用于获取精确名称；若其未提供足以安全构造请求的 schema，
+说明该限制而不要猜测请求体。
 
 ## 二进制产物
 
-operation 返回 base64 数据时，只解码文档指定的 native 字段。PNG 文件必须以 `89 50 4e 47 0d 0a 1a 0a` 开头。以 `7b`（`{`）开头的是 JSON，不能描述成图片。
+operation 返回 base64 数据时，只解码 operation 文档指定的 `data` 字段。PNG 文件必须以
+`89 50 4e 47 0d 0a 1a 0a` 开头。以 `7b`（`{`）开头的是 JSON，不能描述成图片。

package/skills/delta-science/references/delta-bo.md

@@ -1,18 +1,17 @@
 # Delta-BO 详细规则
 
-所有在线调用只走统一 wrapper，tool 固定为 `delta-bo`。当前 CLI catalog 只暴露
+所有在线调用直接使用 `delta-cli science invoke`，tool 固定为 `delta-bo`。当前 CLI catalog 只暴露
 `commands` 和 `generate`；禁止根据旧 HTTP 文档猜测或直连 stateful command API。
 
 ## commands
 
 情景：用户要求查看当前部署支持的 Delta-BO 命令。
 
-```python
-result = invoke("delta-bo", "commands")
-native = result["native"]
+```text
+delta-cli science invoke --tool delta-bo --endpoint commands
 ```
 
-无 body。只报告当前 native 命令列表，不从历史文档补全。
+无 body。只报告当前业务响应中的命令列表，不从历史文档补全。
 
 ## generate
 
@@ -78,13 +77,13 @@ native = result["native"]
 }
 ```
 
-只报告 native 的 `suggestions`、`suggestion_metadata`、`warnings`、
+只报告业务响应的 `suggestions`、`suggestion_metadata`、`warnings`、
 `generated_candidate_count` 和 `diversity` 中实际存在的字段。空 suggestions 或失败
 不得用本地 GP、UCB 或随机数替代。
 
 ## 已知但未暴露的旧能力
 
 旧服务曾包含 session、space、objective、policy、suggest、observe、loop、status、
-best 等有状态命令，但它们不是当前 Delta CLI operation。本 Skill 只保留这条能力
-边界，不保留 URL 或 curl 示例，也不执行这些操作。需要扩展时，先由 Science Server
-暴露 operation 和请求 schema，再更新本 reference。
+best 等有状态命令，但它们不是当前 Delta CLI operation。本 Skill 只保留这条能力
+边界，不保留 URL 或 curl 示例，也不执行这些操作。需要扩展时，先由 Science Server
+暴露 operation 和请求 schema，再更新本 reference。

package/skills/delta-science/references/gsasii.md

@@ -1,6 +1,6 @@
 # GSAS-II 详细规则
 
-所有调用只走统一 wrapper。模拟必须使用真实 CIF；精修必须使用真实 powder data、
+所有调用直接使用 `delta-cli science invoke`。模拟必须使用真实 CIF；精修必须使用真实 powder data、
 instrument parameters 和 phase CIF，任何失败不得用合成数据补齐。输入不是 CIF 时，
 先使用当前任务中成功的 pymatgen `structure-convert` 结果。
 
@@ -111,6 +111,6 @@ Notes:
 
 ## 跨工具交接
 
-结构转换、衍射模拟和精修必须在本 Skill 内通过 wrapper 逐步完成：
+结构转换、衍射模拟和精修必须在本 Skill 内通过 CLI 逐步完成：
 `pymatgen structure-convert -> gsasii powder-simulate/powder-refine`。下游只使用上一步
-成功 native 中的结构文本或 profile；不得执行本地脚本或直连服务。
+成功业务响应中的结构文本或 profile；不得执行本地脚本或直连服务。