@delta-infra/cli 1.0.80 → 1.0.82

package/skills/delta-science/references/lammps.md

@@ -1,66 +1,66 @@
-# LAMMPS 详细规则
-
-所有调用只走统一 wrapper。LAMMPS 不从化学式、CIF 或 POSCAR 自动推断 data、原子
-类型、势函数与边界条件。成功执行不表示物理收敛或生产可用。
-
-## Health
-
-operation：`health`，无 body。
-
-Key response fields in `data`: `status`, `service`, `lammps_available`,
-`metadata`, and `limits`.
-
-只有用户明确要求健康检查时才调用；不要在模拟前自动增加 health。
-
-## Built-In Lennard-Jones Example
-
-operation：`lj-melt-example`。
-
-Returns a complete `request` payload for the `run` operation, plus workflow notes
-showing where pymatgen and GSAS-II fit around LAMMPS.
-
-## Run
-
-operation：`run`。
-
-```json
-{
-  "input_script": "<LAMMPS input script>",
-  "files": [
-    {"path": "system.data", "content": "<LAMMPS data file text>", "encoding": "text"}
-  ],
-  "timeout_seconds": 30,
-  "max_thermo_rows": 1000,
-  "log_tail_lines": 200,
-  "output_files": ["dump.lammpstrj", "final.data"],
-  "include_log": true,
-  "include_stdout": false,
-  "include_stderr": false
-}
-```
-
-`files` are written into a fresh job working directory before LAMMPS starts.
-`encoding` can be `text` or `base64`.
-
-The response includes parsed thermo rows, the final thermo row, atom count when
-detectable, log tail, warnings, and requested output files. Text output files
-return `content`; binary output files return `content_base64`.
-
-Notes:
-
-- Use relative file paths only.
-- The service rejects unsafe commands such as `shell`, `python`, `plugin`, and
-  `jump` by default.
-- `include <relative-file>` is allowed when the included file is supplied in
-  `files`; absolute paths, parent-directory traversal, URLs, and `jump` loops
-  are rejected.
-- Dump/data products are returned as raw requested output files, not structured
-  parsed atom-frame objects.
-- The gateway is synchronous; keep interactive runs short.
-- Force-field choice is caller responsibility. The service executes explicit
-  LAMMPS input and does not infer potentials from formulas or structures.
-
-最终只复制当前 native 的 `last_thermo`、final step/temperature/total energy、
-warnings 和用户要求的输出文件摘要。禁止把总能量除以原子数、替换步数、换算单位或
-推测收敛性、稳定性。最小示例必须先调用 `lj-melt-example`，再把其
-`native["request"]` 原样交给 `run`；不得传 wrapper 外层 envelope。
+# LAMMPS 详细规则
+
+所有调用直接使用 `delta-cli science invoke`。LAMMPS 不从化学式、CIF 或 POSCAR 自动推断 data、原子
+类型、势函数与边界条件。成功执行不表示物理收敛或生产可用。
+
+## Health
+
+operation：`health`，无 body。
+
+Key response fields in `data`: `status`, `service`, `lammps_available`,
+`metadata`, and `limits`.
+
+只有用户明确要求健康检查时才调用；不要在模拟前自动增加 health。
+
+## Built-In Lennard-Jones Example
+
+operation：`lj-melt-example`。
+
+Returns a complete `request` payload for the `run` operation, plus workflow notes
+showing where pymatgen and GSAS-II fit around LAMMPS.
+
+## Run
+
+operation：`run`。
+
+```json
+{
+  "input_script": "<LAMMPS input script>",
+  "files": [
+    {"path": "system.data", "content": "<LAMMPS data file text>", "encoding": "text"}
+  ],
+  "timeout_seconds": 30,
+  "max_thermo_rows": 1000,
+  "log_tail_lines": 200,
+  "output_files": ["dump.lammpstrj", "final.data"],
+  "include_log": true,
+  "include_stdout": false,
+  "include_stderr": false
+}
+```
+
+`files` are written into a fresh job working directory before LAMMPS starts.
+`encoding` can be `text` or `base64`.
+
+The response includes parsed thermo rows, the final thermo row, atom count when
+detectable, log tail, warnings, and requested output files. Text output files
+return `content`; binary output files return `content_base64`.
+
+Notes:
+
+- Use relative file paths only.
+- The service rejects unsafe commands such as `shell`, `python`, `plugin`, and
+  `jump` by default.
+- `include <relative-file>` is allowed when the included file is supplied in
+  `files`; absolute paths, parent-directory traversal, URLs, and `jump` loops
+  are rejected.
+- Dump/data products are returned as raw requested output files, not structured
+  parsed atom-frame objects.
+- The gateway is synchronous; keep interactive runs short.
+- Force-field choice is caller responsibility. The service executes explicit
+  LAMMPS input and does not infer potentials from formulas or structures.
+
+最终只复制当前业务响应的 `last_thermo`、final step/temperature/total energy、
+warnings 和用户要求的输出文件摘要。禁止把总能量除以原子数、替换步数、换算单位或
+推测收敛性、稳定性。最小示例必须先调用 `lj-melt-example`，再把其
+当前业务响应的 `request` 原样交给 `run`；不得传 CLI 外层 envelope。

package/skills/delta-science/references/ldm-bo.md

@@ -1,130 +1,129 @@
-# LDM-BO 详细规则
-
-所有调用只走统一 wrapper，不是本地 PDF2Dock runner。仅用于小分子 SMILES；
-抗体、CDRH3 或 AntBO 场景必须使用 AntBO 能力边界。
-provider、模型路径、Vina/ReaSyn/GPU/LLM 配置由服务端注入，不放入请求 JSON。
-
-## Health
-
-operation：`health`，无 body。
-
-The response reports whether the adapter can see the mounted PDF2Dock
-interpreter, `bo_api.py`, Vina binary, ReaSyn repo/interpreter/checkpoints, NN
-model files, cache directory, GPU settings, and LLM configuration. Missing LLM
-settings degrade health because LDM methods need them.
-
-## One-Step Recommend
-
-operation：`recommend`。
-
-Wraps `bo_api.recommend_next_smiles`.
-
-Typical payload:
-
-```json
-{
-  "method": "bo-tanimoto",
-  "pool": ["CCO", "CCN", "CCC"],
-  "history": [
-    {"smiles": "CCO", "scores": [-7.1]},
-    {"smiles": "CCN", "scores": [-6.8]}
-  ],
-  "batch_size": 1
-}
-```
-
-Typical native response inside gateway `data`:
-
-```json
-{
-  "recommendations": ["CCC"],
-  "acquisition_values": [0.12],
-  "n_objectives": 1
-}
-```
-
-LDM methods may include an `llm` diagnostics object.
-
-`acquisition_values` 只能按 native 原值报告。除非当前 native 明确给出字段定义，否则
-不得把它描述为预测 Vina、预测 objective、不确定性、置信度、expected improvement，
-也不得自行判断“越大/越小越好”。服务未返回推荐理由时，明确写“服务未返回推荐
-理由”，不得根据分子骨架、杂原子或模型机制补写解释。
-
-## Full Trajectory
-
-operation：`trajectory`。
-
-Wraps `bo_api.run_search_trajectory`.
-
-Small smoke payload:
-
-```json
-{
-  "method": "bo-tanimoto",
-  "seed": 42,
-  "seed-smiles": "CCO,CCN,CCC",
-  "num-evaluations": 4,
-  "batch-size": 1,
-  "objective": "vina+nn"
-}
-```
-
-Typical native response inside gateway `data`:
-
-```json
-{
-  "config": {},
-  "history": [],
-  "summary": {}
-}
-```
-
-LDM methods may include `llm_trajectory`.
-
-## Error Handling
-
-The service maps native `bo_api` error JSON to an upstream failure. The gateway
-returns a standard error envelope:
-
-```json
-{
-  "code": 1,
-  "message": "AutoDock Vina executable not found...",
-  "data": {
-    "endpoint": "/v1/trajectory",
-    "ldm_bo_response": {
-      "error": "...",
-      "error_type": "ValueError",
-      "traceback": "Traceback ..."
-    }
-  }
-}
-```
-
-Common causes are missing Vina, missing ReaSyn, wrong Python interpreter, CUDA
-device mismatch, missing LLM credentials for LDM methods, or an unwritable Vina
-cache directory.
-
-## Provider Settings
-
-Do not send provider settings in request JSON. The adapter reads these from
-deployment config and passes them as Python kwargs to `bo_api`:
-
-```text
-vina_bin
-vina_cache_dir
-vina_max_workers
-gp_device
-reasyn_repo
-reasyn_python_bin
-reasyn_model_path
-reasyn_devices
-nn_model_path
-nn_metadata_path
-llm_model
-llm_base_url
-llm_api_key
-```
-
-The wrapper intentionally preserves user payloads and lets `bo_api` own native
-defaults and schema behavior.
+# LDM-BO 详细规则
+
+所有调用直接使用 `delta-cli science invoke`，不是本地 PDF2Dock runner。仅用于小分子 SMILES；
+抗体、CDRH3 或 AntBO 场景必须使用 AntBO 能力边界。
+provider、模型路径、Vina/ReaSyn/GPU/LLM 配置由服务端注入，不放入请求 JSON。
+
+## Health
+
+operation：`health`，无 body。
+
+The response reports whether the adapter can see the mounted PDF2Dock
+interpreter, `bo_api.py`, Vina binary, ReaSyn repo/interpreter/checkpoints, NN
+model files, cache directory, GPU settings, and LLM configuration. Missing LLM
+settings degrade health because LDM methods need them.
+
+## One-Step Recommend
+
+operation：`recommend`。
+
+Wraps `bo_api.recommend_next_smiles`.
+
+Typical payload:
+
+```json
+{
+  "method": "bo-tanimoto",
+  "pool": ["CCO", "CCN", "CCC"],
+  "history": [
+    {"smiles": "CCO", "scores": [-7.1]},
+    {"smiles": "CCN", "scores": [-6.8]}
+  ],
+  "batch_size": 1
+}
+```
+
+Typical business response inside the documented gateway `data`:
+
+```json
+{
+  "recommendations": ["CCC"],
+  "acquisition_values": [0.12],
+  "n_objectives": 1
+}
+```
+
+LDM methods may include an `llm` diagnostics object.
+
+`acquisition_values` 只能按业务响应原值报告。除非当前业务响应明确给出字段定义，否则
+不得把它描述为预测 Vina、预测 objective、不确定性、置信度、expected improvement，
+也不得自行判断“越大/越小越好”。服务未返回推荐理由时，明确写“服务未返回推荐
+理由”，不得根据分子骨架、杂原子或模型机制补写解释。
+
+## Full Trajectory
+
+operation：`trajectory`。
+
+Wraps `bo_api.run_search_trajectory`.
+
+Small smoke payload:
+
+```json
+{
+  "method": "bo-tanimoto",
+  "seed": 42,
+  "seed-smiles": "CCO,CCN,CCC",
+  "num-evaluations": 4,
+  "batch-size": 1,
+  "objective": "vina+nn"
+}
+```
+
+Typical business response inside the documented gateway `data`:
+
+```json
+{
+  "config": {},
+  "history": [],
+  "summary": {}
+}
+```
+
+LDM methods may include `llm_trajectory`.
+
+## Error Handling
+
+The service maps `bo_api` error JSON to an upstream failure. The gateway
+returns a standard error envelope:
+
+```json
+{
+  "code": 1,
+  "message": "AutoDock Vina executable not found...",
+  "data": {
+    "endpoint": "/v1/trajectory",
+    "ldm_bo_response": {
+      "error": "...",
+      "error_type": "ValueError",
+      "traceback": "Traceback ..."
+    }
+  }
+}
+```
+
+Common causes are missing Vina, missing ReaSyn, wrong Python interpreter, CUDA
+device mismatch, missing LLM credentials for LDM methods, or an unwritable Vina
+cache directory.
+
+## Provider Settings
+
+Do not send provider settings in request JSON. The adapter reads these from
+deployment config and passes them as Python kwargs to `bo_api`:
+
+```text
+vina_bin
+vina_cache_dir
+vina_max_workers
+gp_device
+reasyn_repo
+reasyn_python_bin
+reasyn_model_path
+reasyn_devices
+nn_model_path
+nn_metadata_path
+llm_model
+llm_base_url
+llm_api_key
+```
+
+The CLI forwards the user payload; `bo_api` owns business defaults and schema behavior.

package/skills/delta-science/references/ldm.md

@@ -1,72 +1,73 @@
-# LDM 科研工作流
-
-这里的 **LDM / 大发现模型** 是用户可见的科研工作流名称，不是可以直接访问网关的
-tool。在线计算必须先按任务语义选择 `ldm-bo`、`strbo` 或 `antbo`，再通过统一 wrapper
-调用 Delta CLI；禁止运行旧 `large-discovery-model` Skill、`run_ldm_loop.py`、gateway
-backend、`stream_widget` 中的联网命令或任何 HTTP 客户端。
-
-## 路由
-
-| 用户目标 | 实际 tool | 需要同时读取 |
-| --- | --- | --- |
-| 在给定 SMILES 候选池中推荐下一批，或运行 PDF2Dock/Vina+NN 轨迹 | `ldm-bo` | `references/ldm-bo.md` |
-| 围绕服务端固定 KRAS G12D 生成、评估并迭代小分子 | `strbo` | `references/strbo.md` |
-| 为指定抗原生成、评估并迭代 11-aa CDRH3 | `antbo` | `references/antbo.md` |
-
-不得因为用户只说“LDM”“药物发现”就自动选择后端。根据实体、已有数据和目标判断；
-仍无法区分时，结束并说明需要用户确认“小分子候选池、KRAS G12D 生成优化或抗体
-CDRH3”中的哪一种。
-
-## 最小执行范围
-
-- 用户只要求检查参数时，只调用相应 `*-validate` operation。
-- 用户只要求评估已有候选时，只调用 evaluate，不生成新候选。
-- 用户只要求推荐下一批且已经给出历史记录时，只调用 suggest/recommend。
-- 用户明确要求“完整迭代优化”时，才运行初始化、评估、建议、再评估的闭环。
-- 用户未给轮数时，STRBO/AntBO 最多执行一个建议轮次；不得沿用旧 Skill 的 6/8 轮
-  隐式默认值。LDM-BO `trajectory` 的评估次数必须来自用户，缺失时先要求确认。
-
-生成、评估、建议和 trajectory 都会消耗远端资源。一次自然语言中的“帮我优化”视为
-执行授权，但不得擅自扩大候选数、轮数或切换后端。
-
-## STRBO 完整闭环
-
-1. 调用 `molecules-init` 或 `molecules-init-job`，取得初始 SMILES。
-2. 调用 `molecules-evaluate` 或对应异步 operation，取得 `[vina, activity]`。
-3. 使用当前成功 native 中的 SMILES 和 scores 构造 `history_xs/history_ys`。
-4. 调用一次 `molecules-suggest-job`，按 STRBO reference 轮询至成功。
-5. 只评估新建议，并把结果与当前任务内历史合并后返回。
-
-提交 operation 不得重试。任一步失败、超时或返回数量不一致，立即结束；不得用旧
-gateway、离线 mock、本地 RDKit/Vina 或模型猜测补全。
-
-## AntBO 完整闭环
-
-1. 用户必须提供抗原；未提供时不得替用户选择。
-2. 必要时调用一次 `ldm-health`，确认抗原与 CDRH3 长度约束。
-3. 调用 `ldm-init` 取得初始 CDRH3，再调用 `evaluate` 取得结合能。
-4. 使用当前成功 native 构造一维 `history_ys`，调用一次 `ldm-suggest`。
-5. 只评估新建议，并返回当前任务内的候选与结合能。
-
-不得把 AntBO 的一维 score 改成 STRBO 的二维 score，也不得把 CDRH3 交给小分子
-LDM-BO。
-
-## 固定候选池与轨迹
-
-- 已有候选池和历史分数，要求下一批：使用 `ldm-bo/recommend`。
-- 用户明确要求完整 PDF2Dock/Vina+NN 搜索并给出评估次数：使用
-  `ldm-bo/trajectory`。
-- 不得把 `ldm-bo` 的 provider、模型路径、密钥、GPU 或 Vina 配置放进请求；这些由
-  Science Server 管理。
-
-## 结果与展示
-
-只报告当前 Delta CLI native 中真实存在的候选、目标值、warnings、job_id、状态和
-服务端 provenance。不得自行添加相似度阈值、机制解释、湿实验结论或“最优”断言；
-只有在方向明确且比较集合完整时，才能按实际目标值指出当前集合中的最好候选。
-推荐结果中的 acquisition value 不是预测目标值、置信度或推荐理由；除非 native
-明确给出语义和方向，否则只作为原始采集函数值报告。
-
-LDM 的仪表盘是展示层，不是计算入口。用户明确要求图表时，先完成一次 CLI 计算，
-再让外层使用同一份已验证结果绘图；禁止为了仪表盘再次提交远端任务。普通请求直接
-返回简洁文本。
+# LDM 科研工作流
+
+这里的 **LDM / 大发现模型** 是用户可见的科研工作流名称，不是可以直接访问网关的
+tool。在线计算必须先按任务语义选择 `ldm-bo`、`strbo` 或 `antbo`，再通过
+`delta-cli science invoke`
+调用 Delta CLI；禁止运行旧 `large-discovery-model` Skill、`run_ldm_loop.py`、gateway
+backend、`stream_widget` 中的联网命令或任何 HTTP 客户端。
+
+## 路由
+
+| 用户目标 | 实际 tool | 需要同时读取 |
+| --- | --- | --- |
+| 在给定 SMILES 候选池中推荐下一批，或运行 PDF2Dock/Vina+NN 轨迹 | `ldm-bo` | `references/ldm-bo.md` |
+| 围绕服务端固定 KRAS G12D 生成、评估并迭代小分子 | `strbo` | `references/strbo.md` |
+| 为指定抗原生成、评估并迭代 11-aa CDRH3 | `antbo` | `references/antbo.md` |
+
+不得因为用户只说“LDM”“药物发现”就自动选择后端。根据实体、已有数据和目标判断；
+仍无法区分时，结束并说明需要用户确认“小分子候选池、KRAS G12D 生成优化或抗体
+CDRH3”中的哪一种。
+
+## 最小执行范围
+
+- 用户只要求检查参数时，只调用相应 `*-validate` operation。
+- 用户只要求评估已有候选时，只调用 evaluate，不生成新候选。
+- 用户只要求推荐下一批且已经给出历史记录时，只调用 suggest/recommend。
+- 用户明确要求“完整迭代优化”时，才运行初始化、评估、建议、再评估的闭环。
+- 用户未给轮数时，STRBO/AntBO 最多执行一个建议轮次；不得沿用旧 Skill 的 6/8 轮
+  隐式默认值。LDM-BO `trajectory` 的评估次数必须来自用户，缺失时先要求确认。
+
+生成、评估、建议和 trajectory 都会消耗远端资源。一次自然语言中的“帮我优化”视为
+执行授权，但不得擅自扩大候选数、轮数或切换后端。
+
+## STRBO 完整闭环
+
+1. 调用 `molecules-init` 或 `molecules-init-job`，取得初始 SMILES。
+2. 调用 `molecules-evaluate` 或对应异步 operation，取得 `[vina, activity]`。
+3. 使用当前成功业务响应中的 SMILES 和 scores 构造 `history_xs/history_ys`。
+4. 调用一次 `molecules-suggest-job`，按 STRBO reference 轮询至成功。
+5. 只评估新建议，并把结果与当前任务内历史合并后返回。
+
+提交 operation 不得重试。任一步失败、超时或返回数量不一致，立即结束；不得用旧
+gateway、离线 mock、本地 RDKit/Vina 或模型猜测补全。
+
+## AntBO 完整闭环
+
+1. 用户必须提供抗原；未提供时不得替用户选择。
+2. 必要时调用一次 `ldm-health`，确认抗原与 CDRH3 长度约束。
+3. 调用 `ldm-init` 取得初始 CDRH3，再调用 `evaluate` 取得结合能。
+4. 使用当前成功业务响应构造一维 `history_ys`，调用一次 `ldm-suggest`。
+5. 只评估新建议，并返回当前任务内的候选与结合能。
+
+不得把 AntBO 的一维 score 改成 STRBO 的二维 score，也不得把 CDRH3 交给小分子
+LDM-BO。
+
+## 固定候选池与轨迹
+
+- 已有候选池和历史分数，要求下一批：使用 `ldm-bo/recommend`。
+- 用户明确要求完整 PDF2Dock/Vina+NN 搜索并给出评估次数：使用
+  `ldm-bo/trajectory`。
+- 不得把 `ldm-bo` 的 provider、模型路径、密钥、GPU 或 Vina 配置放进请求；这些由
+  Science Server 管理。
+
+## 结果与展示
+
+只报告当前 Delta CLI 业务响应中真实存在的候选、目标值、warnings、job_id、状态和
+服务端 provenance。不得自行添加相似度阈值、机制解释、湿实验结论或“最优”断言；
+只有在方向明确且比较集合完整时，才能按实际目标值指出当前集合中的最好候选。
+推荐结果中的 acquisition value 不是预测目标值、置信度或推荐理由；除非业务响应
+明确给出语义和方向，否则只作为原始采集函数值报告。
+
+LDM 的仪表盘是展示层，不是计算入口。用户明确要求图表时，先完成一次 CLI 计算，
+再让外层使用同一份已验证结果绘图；禁止为了仪表盘再次提交远端任务。普通请求直接
+返回简洁文本。