@delta-infra/cli 1.0.79 → 1.0.81

package/skills/delta-science/SKILL.md

@@ -1,171 +1,150 @@
+---
+name: delta-science
+description: "公司在线 Science 能力的统一入口，所有调用都经 Delta CLI。凡是查询具体化合物/CID/SMILES/分子性质、计算分子描述符或相似度、解析晶体/CIF/空间群、模拟或精修 XRD、执行 LAMMPS、根据实验数据做贝叶斯优化、反应条件优化，以及任何 LDM/大发现模型、KRAS G12D 小分子生成优化、固定候选池/PDF2Dock 轨迹或抗体 CDRH3 优化任务，都必须使用本 Skill；不得调用旧 large-discovery-model Skill、旧 gateway 脚本、网页搜索或本地科学库绕过 Delta CLI。普通查询、比较或校验默认直接返回文本，不要主动增加 JSON/CSV、报告、图片或图表步骤；只有用户明确要求保存、导出、绘图或生成文件时才创建产物。"
 ---
-name: delta-science
-description: "Delta Science 的内部共享运行时与跨服务编排参考。不要把普通用户步骤直接路由到本 Skill；规划器必须按科学目标选择 pubchem、rdkit、pymatgen、gsasii、lammps、delta-bo、ldm-bo、synbo-service、antbo-service 或 antbo-ldm-guard，并把跨服务任务拆成具名 Skill 步骤。"
-metadata:
-  allowed-tools:
-    - read_file
-    - python_repl
-    - step_finish
----
-
-# Delta Science
-
-把普通的人类科学任务转换为一个或多个经过验证的 Delta CLI 调用。用户只需描述科学目标；本 Skill 负责选择工具和 operation、构造参数、执行、校验并简洁报告结果。
-
-## 强制调用链
-
-- 每个在线 Science 操作都必须由所选的具名 service Skill 直接执行本 Skill 的
-  `scripts/invoke.py`，最终通过 Delta CLI。禁止把 Science 步骤派发给
-  `task[general-purpose]`、通用 subagent 或自由文本子任务。
-- 第一个且唯一的实时执行工具是 `python_repl`。禁止 Bash、`list_dir`、
-  `read_file`、`which`、`where`、`ls` 和路径探测；禁止执行字面命令
-  `CLI science invoke`、`CLI`、`cli` 或 `delta-cli`。
-- `python_repl` 的工具参数对象只能包含 `code`；禁止传入 `deps`、
-  `dependencies`、`packages` 或任何其他参数。
-- `SKILLS_ROOT` 只在 Python 中通过 `os.environ["SKILLS_ROOT"]` 读取，不能把
-  `@SKILLS_ROOT` 当作文件路径。
-- 禁止使用 `httpx`、`requests`、`curl`、PowerShell Web 命令或浏览器直接访问公司网关、PubChem 或业务服务。
-- CLI 调用失败时，禁止改用本地 RDKit、pymatgen 或直接 HTTP；如实报告 CLI 或服务端错误。
-- 每次调用都使用 `scripts/invoke.py`。它负责解析 CLI 路径、安全传递 JSON、校验响应信封并记录调用链证据。
-- 不要预先检查 wrapper 源码。在 Memento 中，必须在一个 `python_repl` 中用 `subprocess.run(..., shell=False)` 和 argv 列表执行。
-- 用户请求中不需要出现 CLI 语法、operation、URL 或 JSON 字段；根据本 Skill 和 references 自动推断。
-
-固定执行形式如下：
-
-```python
-import json, os, subprocess, sys
-wrapper = os.path.join(os.environ["SKILLS_ROOT"], "delta-science", "scripts", "invoke.py")
-payload = {"identifier": "aspirin", "namespace": "name"}
-p = subprocess.run(
-    [sys.executable, wrapper, "--tool", "pubchem", "--endpoint", "compound-summary",
-     "--data-json", json.dumps(payload)],
-    capture_output=True, text=True,
-)
-result = json.loads(p.stdout)
-```
-
-每次调用只替换 tool、endpoint 和 payload。只有 references 明确说明是查询参数时才使用 `--params-json`，否则使用 `--data-json`。必须满足 `result["ok"] is True` 且 `result["transport"] == "delta-cli"`，之后业务结果直接使用 `result["native"]`；wrapper 已完成信封解包，禁止再读取 `result["native"]["data"]`。
-
-传给 wrapper 的 tool 和 endpoint 始终使用 references 中的规范名称，例如
-`pymatgen/health`、`pymatgen/composition-parse`、`synbo/optimize`。不得自行改写为
-`chem_pymatgen_health` 等旧数据库名称；wrapper 会根据 `science_base_url` 自动选择
-canonical 或 legacy catalog，并在结果中返回 `resolved_tool`、`resolved_endpoint` 和
-`catalog_profile` 作为调用证据。
-
-根据已加载的内容选择服务。执行任何 operation 前，读取
-[references/operation-contracts.md](references/operation-contracts.md) 中该 tool 的
-对应行；这里只读取已知资源，不进行目录探测。每行给出人类情景、最小代码和 native
-投影。更复杂字段才读取其他 reference。
-
-一次成功调用并显式打印有界 JSON 后，立即调用
-`step_finish(status="done", summary=<以“【最终答案，必须逐字转发】”开头的有界纯文本>)`
-恰好一次；纯文本中的值必须来自同一 JSON，不得加单位、链接、解释或改写字符串。
-Skill final_response 与外层 Memento 必须逐字复制该 summary，不能重新排版或补充。
-失败时调用
-`step_finish(status="failed", summary=<原始错误短摘要>)`。`step_finish` 后禁止输出
-自由文本或调用任何工具。具名 service Skill 成功返回后，外层代理必须直接使用其
-summary 完成当前计划步骤；如果存在 `output_ref`，最多对该精确路径做一次原子
-`read_file`。禁止 `python_repl`、`list_dir`、寻找 CLI 或重复 Science。
-
-## 执行流程
-
-1. 在内部重述科学目标；不要向用户追问本 Skill 已经定义的实现细节。
-2. 选择能完成任务的最窄服务，并严格保持用户请求范围。推断 operation 或参数不代表可以增加用户没有要求的图片、文件、健康检查、描述符探测、分析或交付物。
-3. 如果 Memento 仅为跨步骤传递已验证数据而要求文件，可以在完成在线调用的同一个 `python_repl` 中写一个有界的内部 JSON。不得为生成或检查交接文件而重复业务调用，也不要把内部交接文件描述成用户要求的产物。
-   交接文件必须位于当前 `WORKSPACE_ROOT`（即 `@ROOT`）内；忽略任何其他
-   workspace、runner 文件或历史结果文件，绝不能用它们补全当前会话。
-4. 已知标识符直接使用。普通分子名称先由 PubChem 解析，再把返回的 SMILES 交给 RDKit。
-5. 构造最小合法参数。对于模糊探索任务使用有界默认值，并在最终答案中说明会显著影响科学结论的假设。
-6. 通过 wrapper 调用，并保留 `transport` 与 native 结果。只有进程退出码和所有响应信封均成功时，才算调用成功。
-7. 单个已命名化合物的基础查询只调用一次 PubChem `compound-summary`；成功后直接完成，不得重放。
-8. 多个已命名化合物的性质与结构相似度比较，默认只做两个 Science 调用：
-   - PubChem `compound-batch-summary`
-   - RDKit `similarity-matrix`
-
-   不得额外调用 health、parse、descriptors、fingerprint、substructure 或 render，除非用户明确需要这些不同输出。
-
-   PubChem 默认请求体必须严格为：
-
-   ```json
-   {"identifiers":["aspirin","caffeine"],"namespace":"name"}
-   ```
-
-   不要添加 `properties`、`synonym_limit` 或 `CID`。默认响应已经包含基础字段，不支持的属性会导致响应校验失败。记录位于 `native["results"]`；用每条记录的 `input` 保留原始标签，并从嵌套的 `properties` 读取属性。
-
-   两个服务应在各自规定的单个 `python_repl` 中完成。不得打印原始 stdout、stderr、完整信封或完整 native 对象。RDKit 请求使用：
-
-   ```json
-   {
-     "molecules": [{"id":"aspirin","smiles":"..."}],
-     "fingerprint": {"type":"morgan","radius":2,"n_bits":2048},
-     "sanitize": true
-   }
-   ```
-
-   `similarity-matrix` 的 `native["ranked_pairs"]` 每项固定为
-   `{"a": <输入 id>, "b": <输入 id>, "similarity": <数值>}`，不是矩阵下标。
-   禁止读取 `i`、`j` 或 `score`。找某个目标分子的最近邻时，只筛选 `a` 或
-   `b` 等于该目标的记录，取最大 `similarity` 并返回另一侧 id。
-
-9. 下游调用只能使用上一步已验证的 native 输出。禁止伪造 CIF、SMILES、粉末衍射数据、历史实验或优化观测。
-   对无机材料化学式、组成或式量，首选 pymatgen `composition-parse`；不要把
-   PubChem 的 `not_found`/404 改写为 CID、名称或式量，也不要用本地元素周期表补算。
-10. 跨服务比较时保留数据来源。例如 PubChem `XLogP` 与 RDKit `MolLogP` 使用不同模型，不得相互覆盖。
-11. 大型或二进制产物只能从文档明确的 native 字段解码。PNG 必须验证文件头为 PNG magic bytes，不能把以 `{` 开头的 JSON 保存成图片。
-12. 先报告科学结果，再列出使用的服务与 CLI 调用链证据。失败和被阻塞的后续步骤必须明确说明。
-13. 当前调用的 `native` 响应是 Skill 和 Memento 最终答案的完整证据边界。禁止补充当前结果未返回的记忆知识、机制推测、临床结论、单位、引用或链接。若规划要求了服务不支持的字段，写明“当前 Science 工具未返回该字段”，然后停止补充。
-
-14. 反应优化必须由 SynBO 或 Delta-BO 的当前 CLI `recommendations` 支持。若
-    `optimize` 返回数组维度错误、超时、空 recommendations 或失败，写入有界错误
-    交接并报告“未产生推荐”；禁止改用本地 GP、UCB、响应面、随机采样或人工排序。
-15. AntBO 启动属于远端变更。只有当前 native 同时返回 `started=true`、`pid` 与
-    `log_name` 或 `log_path` 时，才能声称作业已启动；将这些字段写入
-    `@ROOT/antbo_submission.json` 后由主代理读取。字段缺失时不得编造或重复提交。
-16. LAMMPS 最终答复只读取本次 `@ROOT/lammps_result.json`。逐字保留
-    `final_step`、`final_temperature`、`final_total_energy` 和 `last_thermo`；
-    禁止将总能量除以原子数、替换步数、换算单位或推测物理收敛性。
-17. 如果请求的 operation 不在当前 CLI catalog 中，不调用工具、不探测路径、不直连
-    HTTP，直接说明该 operation 尚未暴露且“未发送远端请求”。AntBO 当前支持
-    `health/run-default-job/run/log/jobs/stop`；`ldm/suggest` 不可由 Skill 补齐，
-    也不得改用小分子 LDM-BO。
-
-每次 Skill 回答结尾都保留以下中文交接信息：
-
-```text
-证据边界：仅限当前 Delta CLI native 结果
-调用链：delta-cli
-禁止补充未返回内容：是
-```
-
-## 服务选择
-
-| 用户需求 | 服务 |
-| --- | --- |
-| 化合物身份、CID、名称、同义词和公共属性 | PubChem |
-| SMILES 校验、描述符、渲染、相似度和 SMARTS | RDKit |
-| 化学式、组成、CIF/POSCAR、晶体结构和对称性 | pymatgen |
-| 粉末衍射模拟或精修 | GSAS-II |
-| 有界分子动力学或能量最小化 | LAMMPS |
-| 通用实验参数优化 | Delta-BO |
-| 分子 next-SMILES 推荐或 BO 轨迹 | LDM-BO |
-| 分类反应条件初始化或优化 | SynBO |
-| 抗体优化作业 | AntBO |
-
-## 安全与重试
-
-- AntBO 启动/停止、Delta-BO 有状态命令和结果不明确的长任务属于远端变更。没有用户明确授权时不得执行或重试。
-- health、查询、解析、描述符和 dry-run 属于只读操作。
-- 参数校验错误不要重试；只读请求遇到临时网络错误最多重试一次；超时的变更操作绝不自动重试。
-- 重型服务串行运行。客户端超时不代表远端计算已取消。
-- 已经取得所需信息后，不要探测未记录的枚举值或替代参数。参数实验属于独立回归任务，不属于普通用户请求。
-- SynBO `optimize` 当前存在已知的后端数组维度问题，常规回归中跳过；只有用户明确要求时才测试。
-
-## 完成标准
-
-只有同时满足以下条件，任务才算完成：
-
-- 每个声称的科学数值都来自当前运行；
-- 每个在线操作都有 `transport="delta-cli"` 的 wrapper 证据；
-- 依赖调用使用了真实的上游 native 输出；
-- 失败被归类为 CLI/配置、Science Server、公司后端、参数校验或超时；
-- 没有使用直接 HTTP 或本地科学库替代。
+
+# Delta Science
+
+把自然语言科研任务转换为最少数量、可验证的 Delta CLI Science 调用。只暴露本
+Skill；工具选择、operation、参数、跨工具交接和结果校验都在本 Skill 内完成。
+
+## 强制调用链
+
+- 所有在线 Science 操作必须走
+  `宿主 shell/Python -> delta-science/scripts/invoke.py -> delta-cli science invoke -> Science Server`。
+- 用宿主可用的 shell 或 Python 定位当前 Skill 的 `SKILL.md` 所在目录，再以该目录下的
+  `scripts/invoke.py` 的绝对路径执行 wrapper。Claude Code 可使用
+  `CLAUDE_SKILL_DIR`；Codex 应以当前已加载 Skill 的目录为工作目录，或在已安装的 Skills
+  目录中查找精确的 `delta-science/scripts/invoke.py`。不得依赖宿主私有环境变量。
+- 禁止直接执行 `delta-cli`、`curl`、`requests`、`httpx`、浏览器和 PowerShell Web 命令；
+  禁止直接访问公司网关或业务服务 URL。
+- 禁止使用本地 RDKit、pymatgen、LAMMPS、BO、回归或 sandbox 冒充 Science 结果。
+- 执行前读取对应 reference，并从中逐字选择 operation 和请求字段；禁止凭记忆创造字段或
+  枚举值。不得读取或修改 wrapper 源码、runtime 或配置文件。
+- `tools.name` 和 `tool_endpoints.name` 是唯一权威调用名称。传给 wrapper 的 tool 和
+  endpoint 必须与当前数据库目录完全一致；CLI 和 wrapper 都不做别名映射、前缀裁剪、
+  profile 判断或 `not_found` 后改名重试。reference 与目录不一致时终止并报告配置问题。
+- 业务结果直接位于 `result["native"]`。禁止读取 `native.data` 或递归搜索结果。
+- 只有子进程退出码为 0、`result["ok"] is True` 且
+  `result["transport"] == "delta-cli"` 时，才能报告业务成功。
+
+固定 Python 模板（将 `wrapper` 替换为已定位的绝对路径）：
+
+```python
+import json, subprocess, sys
+
+wrapper = "/absolute/path/to/delta-science/scripts/invoke.py"
+
+def invoke(tool, endpoint, data=None, params=None, timeout=150):
+    argv = [sys.executable, wrapper, "--tool", tool, "--endpoint", endpoint]
+    if data is not None:
+        argv += ["--data-json", json.dumps(data, ensure_ascii=False)]
+    if params is not None:
+        argv += ["--params-json", json.dumps(params, ensure_ascii=False)]
+    p = subprocess.run(
+        argv, capture_output=True, text=True, encoding="utf-8",
+        errors="replace", shell=False, timeout=timeout
+    )
+    if p.returncode != 0:
+        raise RuntimeError(p.stderr or p.stdout)
+    result = json.loads(p.stdout)
+    if result.get("ok") is not True or result.get("transport") != "delta-cli":
+        raise RuntimeError(result)
+    return result
+```
+
+只调用完成目标所需的 operation。跨工具任务在同一个 Skill 执行中按依赖顺序调用，
+下游只能使用上一步已验证的 `native`。已知工具不要额外调用 health、schema、
+catalog、render、descriptors 或文件操作，除非用户确实要求对应结果。
+
+## 选择工具
+
+| 科研目标 | tool | 详细规则 |
+| --- | --- | --- |
+| 化合物身份、CID、同义词、公共属性、名称转 SMILES | `pubchem` | [pubchem.md](references/pubchem.md) |
+| SMILES/InChI、描述符、指纹、相似度、渲染、子结构 | `rdkit` | [rdkit.md](references/rdkit.md) |
+| 无机化学式、CIF/POSCAR、晶体结构、空间群 | `pymatgen` | [pymatgen.md](references/pymatgen.md) |
+| 粉末衍射模拟、Rietveld 精修 | `gsasii` | [gsasii.md](references/gsasii.md) |
+| 分子动力学、最小化、thermo 与输出文件 | `lammps` | [lammps.md](references/lammps.md) |
+| 通用数值/整数/分类实验变量优化 | `delta-bo` | [delta-bo.md](references/delta-bo.md) |
+| 固定候选池 next-SMILES、PDF2Dock、分子 BO 轨迹 | `ldm-bo` | [ldm-bo.md](references/ldm-bo.md) |
+| KRAS G12D 小分子生成、vina/activity 多目标迭代 | `strbo` | [strbo.md](references/strbo.md) |
+| 反应条件初始化、基于真实得率推荐下一批实验 | `synbo` | [synbo.md](references/synbo.md) |
+| 抗体 CDRH3 生成/评估及 AntBO 作业管理 | `antbo` | [antbo.md](references/antbo.md) |
+
+用户使用 “LDM”“大发现模型”“小分子药 LDM” 或 “抗体 LDM” 表述完整科研流程时，
+先读取 [ldm.md](references/ldm.md)，再只读取其中选定后端对应的一个 reference。
+`ldm.md` 是编排规则，不是 tool，不得把 `ldm` 当作 `--tool` 参数。
+
+工具明确时直接读取所选 tool 的 reference，其中已经包含 operation、参数和最小场景；
+不要读取其他工具文档。只有任务在两个或多个工具之间存在歧义时，才先读
+[routing-index.md](references/routing-index.md)。跨工具任务再读
+[workflows.md](references/workflows.md)。
+
+本表是经过验证的科研路由，不是服务端工具清单。若用户明确点名本表之外的新工具，
+允许通过宿主 shell/Python 运行同目录的 `scripts/catalog.py --tools`，再使用目录返回
+的精确 tool name 运行一次 `catalog.py --endpoints <tool>`；两次读取都必须满足
+`transport="delta-cli"`。不得用空 body、错误参数、health、help、源码、wrapper 或
+直接 HTTP 探测。实时 endpoint 元数据若没有足够的请求字段契约，应说明“目录已发现，
+但服务端未提供可安全构造请求的 schema”，不得猜 body、模糊匹配或转换名称。新增工具
+因此无需修改 CLI；只有需要自然语言自动选路或自动组装参数时，才补充对应 reference。
+
+## 路由边界
+
+- 普通分子名称先用 PubChem；只有需要结构计算时才把成功返回的 SMILES 交给 RDKit。
+- 无机化学式、组成和式量优先 pymatgen，不用 PubChem 或本地元素表补算。
+- 通用实验变量使用 Delta-BO；已有固定 SMILES 候选池或 PDF2Dock 轨迹使用 LDM-BO；
+  围绕服务端固定 KRAS G12D 生成并迭代小分子使用 STRBO；偶联反应、反应条件和历史
+  得率使用 SynBO；抗体/CDRH3 使用 AntBO，不得混用。
+- 在线 LDM、STRBO、AntBO 和 LDM-BO 任务不得转交旧 `large-discovery-model` Skill，
+  不得运行其 gateway 脚本或内置服务地址。离线演示不属于公司 Science 结果；只有用户
+  明确要求“不调用公司资源”时才能说明该边界，但本 Skill 仍不得运行旧 Skill。
+- GSAS-II 精修必须有真实粉末数据、仪器参数和 phase CIF。LAMMPS 必须有明确的
+  input/data/force-field；禁止编造实验数据、CIF、力场、历史观测或优化结果。
+
+## 安全、重试与产物
+
+- `run-default-job`、`run`、`stop` 等远程变更必须由用户明确授权。结果未知、超时或
+  断连时不得重试，因为远端操作可能已经发生。
+- 参数校验、502、504、timeout、空 recommendations 和后端失败均按本次失败结束。
+  SynBO 每个用户任务最多一次业务调用；不得换模型、换 acquisition 或改用本地算法。
+- wrapper 第一次返回失败后立即向用户返回原始错误的短摘要（包含 `stage` 和
+  `error_type`）。不得读取 wrapper/runtime/config、不得运行 `delta-cli config/auth/help`、
+  不得修改环境变量、
+  不得伪造 UID、令牌或 API Key，也不得改 operation、参数或调用链重试。
+- `X-User-Uid`、登录、quota 或 permission 错误属于终止性认证错误；只转发原始错误和
+  登录提示。Skill 绝不自行登录、检查凭据、猜测用户标识或尝试绕过 quota。
+- 重型调用串行执行。客户端超时不代表远端计算已取消。
+- 用户未要求文件时不创建 CSV、图片或报告。内部交接文件只能写入当前
+  `WORKSPACE_ROOT`，不得读取其他会话 workspace 或历史结果补全当前任务。
+- 外层规划器自动附加的路径、JSON、图表或报告不等同于用户明确要求。若任务本质只是
+  查询、比较或校验，直接返回最小文本结果；不得为了满足附加产物而重复 Science 调用。
+- 二进制产物只解码文档明确的字段；PNG 必须验证 magic bytes。
+
+## 输出
+
+将当前 `native` 投影为用户要求的最小结果；逐字保留字符串、数值、警告和来源。
+不得补充 native 未返回的单位、机制、引用、链接、预测值或记忆知识。预测结果不得
+描述为实测结果。
+成功取得最后一个所需 native 后，直接将其投影为最终答复。禁止为了排序、排版、生成
+表格或摘要再次执行 wrapper，也禁止把 native 手工复制成新的 Python/JSON 字面量；简单
+筛选、比较和文本组织直接在最终答复中完成。
+
+成功时只返回由当前 native 生成的有界纯文本；失败时只返回包含 `stage`、`error_type` 的
+原始错误短摘要。完成后不得重新计算、改写或用手工建议替代成功/失败的 Science 结果。
+
+每次成功结果保留：
+
+```text
+证据边界：仅限当前 Delta CLI native 结果
+调用链：delta-cli
+禁止补充未返回内容：是
+```
+
+## 完成标准
+
+- 每个在线操作都有 `transport="delta-cli"` 证据；
+- 每个科学数值来自当前调用的 native；
+- 下游输入来自当前任务中已验证的上游结果；
+- 失败准确归类为配置、CLI、参数、Science Server、业务服务或超时；
+- 没有直接 HTTP、本地科学库、跨会话文件或人工结果替代。

package/skills/delta-science/agents/openai.yaml

@@ -1,4 +1,4 @@
-interface:
-  display_name: "Delta Science 公共运行时"
-  short_description: "为具名 Science Skill 提供共享 CLI 调用和交接契约"
-  default_prompt: "使用 $delta-science 规划跨服务 Science 流程并拆分为具名 Skill 步骤。"
+interface:
+  display_name: "Delta Science"
+  short_description: "通过 Delta CLI 统一调用并编排全部 Science 工具"
+  default_prompt: "使用 $delta-science 分析科研目标，选择合适工具并通过 Delta CLI 完成任务。"

package/skills/delta-science/references/antbo.md

@@ -0,0 +1,100 @@
+# AntBO 详细规则
+
+在 `SKILL.md` 的 wrapper 模板中设置 `endpoint`、`data`、`params`。业务结果直接位于
+`r["native"]`。标为“变更”的 operation 只有用户明确授权时才能执行，且不得重试。
+
+抗体/CDRH3 场景即使出现 “LDM” 也不得改用小分子 LDM-BO 或 STRBO。当前 catalog
+同时暴露 CDRH3 生成/建议/评估接口和传统 AntBO 作业管理接口。
+
+## health（只读）
+
+- 情景：检查远程 AntBO 环境是否可用。
+- 代码：`endpoint="health"; data=None; params=None`
+- 投影：status、antbo_available、metadata、limits、warnings。
+
+## run-default-job（变更）
+
+- 情景：用户明确要求启动标准后台续跑任务。
+- 代码：`endpoint="run-default-job"; data=None; params={"log_name":"antbo_<唯一时间戳>.log","append":False,"timeout_seconds":86400}`
+- 投影：started、pid、log_name/log_path、timeout_seconds；未知结果禁止重试。
+
+只有同一次 native 同时包含 `started=true`、非空 `pid` 以及 `log_name` 或
+`log_path` 时，才能声称作业已启动；字段缺失时标记为未验证，不得重复提交。
+
+## run（重型变更）
+
+- 情景：用户明确给出受限 AntBO 脚本、配置、抗原文件并要求同步执行。
+- 代码：`endpoint="run"; data={"script_path":"./bo/main.py","config_path":"./bo/config.yaml","n_trials":1,"seed":42,"antigens_file":"<项目根内路径>","extra_args":[],"timeout_seconds":86400,"cuda_visible_devices":"0","conda_env":"DGM","log_name":"antbo_custom.log","append":False}; params=None`
+- 投影：ok、returncode、timed_out、log_path、日志截断状态；不在最终答复展开完整日志。
+
+## log（只读）
+
+- 情景：用户提供已知 log_name 并要求查看尾部日志。
+- 代码：`endpoint="log"; data=None; params={"log_name":"antbo_run.log"}`
+- 投影：log_name、log、log_truncated；长日志只给有界尾部摘要。
+
+## jobs（只读）
+
+- 情景：查看当前 service 容器登记的活动作业。
+- 代码：`endpoint="jobs"; data=None; params=None`
+- 投影：jobs 中 pid、running、returncode、log_name、log_path。
+
+## stop（变更）
+
+- 情景：用户明确要求停止已确认 PID 的任务。
+- 代码：`endpoint="stop"; data=None; params={"pid":12345}`
+- 投影：stopped、pid、message；不得盲目重试或在多任务时无参数调用。
+
+## CDRH3 生成与优化
+
+服务端支持的抗原由 health 的 `supported_antigens` 决定；不得猜测或把任意蛋白文件
+路径当成 antigen。部署通常支持 `1ADQ_A`、`1FBI_X`、`1H0D_C`、`1NSN_S`、
+`1OB1_C`，但执行前以当前服务响应和用户选择为准。
+
+### ldm-health（只读）
+
+- 代码：`endpoint="ldm-health"; data=None; params=None`
+- 投影：supported_antigens、cdrh3_length、objective、Absolut/模型真实性字段。
+
+### ldm-init / ldm-init-validate
+
+```json
+{
+  "task": "为指定抗原生成初始 CDRH3 候选",
+  "num_initial": 3,
+  "antigen": "1ADQ_A",
+  "seed": 42
+}
+```
+
+只校验参数时使用 `ldm-init-validate`；正式生成使用 `ldm-init`。成功候选必须是服务
+返回的 CDRH3 序列，不得由模型自行编造。
+
+### ldm-suggest / ldm-suggest-validate
+
+```json
+{
+  "task": "继续降低抗原结合能",
+  "history_xs": ["ARVGYSLYAMD", "AKYGGYDYAMD"],
+  "history_ys": [-18.2, -17.4],
+  "num_suggestions": 2,
+  "antigen": "1ADQ_A",
+  "seed": 42
+}
+```
+
+AntBO 是单目标，`history_ys` 必须是一维有限数值数组，并与 `history_xs` 等长。
+每条 CDRH3 必须是 11 个标准氨基酸字符；以 `ldm-health` 当前返回的
+`cdrh3_length` 为最终约束。
+
+### evaluate / evaluate-validate
+
+```json
+{
+  "designs": ["ARVGYSLYAMD", "AKYGGYDYAMD"],
+  "antigen": "1ADQ_A"
+}
+```
+
+成功 score 数量必须与 designs 一致；结合能越低越好。生成、建议和评估均为远端重型
+调用，结果未知或超时时不得重试，也不得用本地随机分数补全。

package/skills/delta-science/references/cli-contract.md

@@ -1,84 +1,83 @@
-# Delta CLI 执行约定
-
-## 只能通过内置 wrapper 调用
-
-实时 Science 调用的第一个且唯一执行工具必须是 `python_repl`。禁止 Bash、
-`list_dir`、`read_file`、`which`、`where`、`ls` 或任何路径探测；禁止让通用
-subagent 执行 Science 步骤，也禁止运行字面命令 `CLI`、`cli`、`delta-cli`。
-`SKILLS_ROOT` 只能通过 Python 的 `os.environ["SKILLS_ROOT"]` 读取，
-`@SKILLS_ROOT` 不是可供文件工具访问的路径。
-
-使用 Python 执行 wrapper。在 Memento 中从 `SKILLS_ROOT` 获取路径：
-
-```python
-import json, os, subprocess, sys
-
-wrapper = os.path.join(os.environ["SKILLS_ROOT"], "delta-science", "scripts", "invoke.py")
-payload = {"input": "CCO", "format": "smiles"}
-completed = subprocess.run(
-    [sys.executable, wrapper, "--tool", "rdkit", "--endpoint", "parse",
-     "--data-json", json.dumps(payload, ensure_ascii=False)],
-    capture_output=True, text=True, encoding="utf-8", errors="replace",
-    timeout=150,
-)
-result = json.loads(completed.stdout)
-```
-
-不要把调用拼成 shell 命令字符串。禁止使用 `curl`、`httpx`、`requests`、`Invoke-RestMethod` 或业务服务 URL。
-
-wrapper 内部构造以下 argv：
-
-```text
-delta-cli science invoke --tool TOOL --endpoint ENDPOINT --data JSON
-```
-
-只有明确记录为查询参数的 operation 才使用 `--params-json`。同一次调用不得同时发送 `--data-json` 和 `--params-json`。
-
-## 可执行文件与配置解析顺序
-
-wrapper 按以下顺序解析 `delta-cli`：
-
-1. `--cli`
-2. `DELTA_CLI_PATH`
-3. `SKILL.md` 同级、未纳入版本控制的 `runtime.local.json`
-4. `PATH` 中的 `delta-cli` 或 `delta-cli.exe`
-5. npm 包相邻的 `bin/delta-cli[.exe]`
-
-CLI 从 `~/.delta-infra/config.json` 读取 `science_base_url`。显式 `--science-base-url` 只用于测试覆盖，并通过 `DELTA_INFRA_SCIENCE_BASE_URL` 传给子进程。
-
-## wrapper 返回结果
-
-成功输出格式：
-
-```json
-{
-  "ok": true,
+# Delta CLI 执行约定
+
+## 只能通过内置 wrapper 调用
+
+实时 Science 调用只能由宿主可用的 shell 或 Python 执行内置 wrapper。先定位当前
+`SKILL.md` 所在目录，再执行该目录下 `scripts/invoke.py` 的绝对路径；不得直接执行
+`delta-cli`，也不得改用直接 HTTP。Claude Code 可使用 `CLAUDE_SKILL_DIR` 定位当前
+Skill；Codex 应以当前已加载 Skill 的目录为工作目录，或在已安装的 Skills 目录中查找
+精确的 `delta-science/scripts/invoke.py`。不得依赖宿主私有环境变量。
+
+使用 Python 执行 wrapper。下面的 `wrapper` 必须是上述方法定位到的绝对路径：
+
+```python
+import json, subprocess, sys
+
+wrapper = "/absolute/path/to/delta-science/scripts/invoke.py"
+payload = {"input": "CCO", "format": "smiles"}
+completed = subprocess.run(
+    [sys.executable, wrapper, "--tool", "rdkit", "--endpoint", "parse",
+     "--data-json", json.dumps(payload, ensure_ascii=False)],
+    capture_output=True, text=True, encoding="utf-8", errors="replace",
+    timeout=150,
+)
+result = json.loads(completed.stdout)
+```
+
+不要把调用拼成 shell 命令字符串。禁止使用 `curl`、`httpx`、`requests`、`Invoke-RestMethod` 或业务服务 URL。
+
+wrapper 内部构造以下 argv：
+
+```text
+delta-cli science invoke --tool TOOL --endpoint ENDPOINT --data JSON
+```
+
+只有明确记录为查询参数的 operation 才使用 `--params-json`。同一次调用不得同时发送 `--data-json` 和 `--params-json`。
+
+## 可执行文件与配置解析顺序
+
+wrapper 按以下顺序解析 `delta-cli`：
+
+1. `--cli`
+2. `DELTA_CLI_PATH`
+3. `SKILL.md` 同级、未纳入版本控制的 `runtime.local.json`
+4. `PATH` 中的 `delta-cli` 或 `delta-cli.exe`
+5. npm 包相邻的 `bin/delta-cli[.exe]`
+
+CLI 从 `~/.delta-infra/config.json` 读取 `science_base_url`。显式 `--science-base-url` 只用于测试覆盖，并通过 `DELTA_INFRA_SCIENCE_BASE_URL` 传给子进程。
+
+## wrapper 返回结果
+
+成功输出格式：
+
+```json
+{
+  "ok": true,
   "transport": "delta-cli",
   "tool": "rdkit",
   "endpoint": "parse",
-  "resolved_tool": "rdkit",
-  "resolved_endpoint": "chem_rdkit_parse",
-  "catalog_profile": "legacy",
   "elapsed_seconds": 1.23,
   "envelope_depth": 2,
   "native": {}
 }
 ```
 
-Skill 代码始终传规范 tool/operation。默认旧 `/science_tool` 服务会自动把
-`pymatgen/health` 映射为 `pymatgen/chem_pymatgen_health`，并把 `synbo`、`antbo`
-分别映射为旧 catalog 的 `synbo-service`、`antbo-service`；不要在 Skill 示例中硬编码
-这些旧名称。新版 Science Server 保持规范名称。测试时可用
-`--catalog-profile canonical|legacy` 或 `runtime.local.json` 的 `catalog_profile`
-显式覆盖自动判断。
-
-wrapper 校验 CLI 的 `{ok,data}` 信封，只解包已知的 Infra 转发结果 `{status_code,headers,data}` 和业务服务信封 `{code,message,data}`。它不会在任意嵌套字段中搜索看似合理的结果。`ok=false` 会包含稳定的 `stage` 和错误文本。
-
-解包成功后，业务结果直接位于 `result["native"]` 顶层。禁止读取
-`result["native"]["data"]`，也禁止递归搜索字段。
-
-即使存在部分数据，`ok=false` 仍必须视为失败。禁止静默切换到其他调用链。
-
-## 二进制产物
-
-operation 返回 base64 数据时，只解码文档指定的 native 字段。PNG 文件必须以 `89 50 4e 47 0d 0a 1a 0a` 开头。以 `7b`（`{`）开头的是 JSON，不能描述成图片。
+`tools.name` 和 `tool_endpoints.name` 是唯一权威名称。Skill 代码始终把 reference 中的
+tool/operation 原样传给 CLI，CLI 再原样提交给 Science Server；任何一层都不执行旧
+名称映射、前缀裁剪、profile 判断或失败后的改名重试。若 reference 与数据库名称不一致，
+本次调用按 `not_found` 失败结束，应修正数据库配置或 reference，而不是在客户端添加映射。
+
+wrapper 校验 CLI 的 `{ok,data}` 信封，只解包已知的 Infra 转发结果
+`{status_code,headers,data}` 和业务服务信封 `{code,message,data}`。它不会在任意嵌套
+字段中搜索看似合理的结果。`ok=false` 会包含稳定的 `stage`、`error_type`、
+`cli_exit_code` 和错误文本。宿主 shell/Python 的进程成功状态不能覆盖这些字段。
+
+解包成功后，业务结果直接位于 `result["native"]` 顶层。禁止读取
+`result["native"]["data"]`，也禁止递归搜索字段。
+
+即使存在部分数据，`ok=false` 仍必须视为失败。禁止静默切换到其他调用链，也不得在
+最终统计中写“无错误”。业务成功后立即结束，不得为比较模型而追加请求。
+
+## 二进制产物
+
+operation 返回 base64 数据时，只解码文档指定的 native 字段。PNG 文件必须以 `89 50 4e 47 0d 0a 1a 0a` 开头。以 `7b`（`{`）开头的是 JSON，不能描述成图片。