@delta-infra/cli 1.0.76 → 1.0.78

package/skills/delta-science/SKILL.md

@@ -1,4 +1,4 @@
----
+---
 name: delta-science
 description: "Delta Science 的内部共享运行时与跨服务编排参考。不要把普通用户步骤直接路由到本 Skill；规划器必须按科学目标选择 pubchem、rdkit、pymatgen、gsasii、lammps、delta-bo、ldm-bo、synbo-service、antbo-service 或 antbo-ldm-guard，并把跨服务任务拆成具名 Skill 步骤。"
 metadata:
@@ -7,165 +7,165 @@ metadata:
     - python_repl
     - step_finish
 ---
-
-# Delta Science
-
-把普通的人类科学任务转换为一个或多个经过验证的 Delta CLI 调用。用户只需描述科学目标；本 Skill 负责选择工具和 operation、构造参数、执行、校验并简洁报告结果。
-
-## 强制调用链
-
-- 每个在线 Science 操作都必须由所选的具名 service Skill 直接执行本 Skill 的
-  `scripts/invoke.py`，最终通过 Delta CLI。禁止把 Science 步骤派发给
-  `task[general-purpose]`、通用 subagent 或自由文本子任务。
-- 第一个且唯一的实时执行工具是 `python_repl`。禁止 Bash、`list_dir`、
-  `read_file`、`which`、`where`、`ls` 和路径探测；禁止执行字面命令
-  `CLI science invoke`、`CLI`、`cli` 或 `delta-cli`。
-- `python_repl` 的工具参数对象只能包含 `code`；禁止传入 `deps`、
-  `dependencies`、`packages` 或任何其他参数。
-- `SKILLS_ROOT` 只在 Python 中通过 `os.environ["SKILLS_ROOT"]` 读取，不能把
-  `@SKILLS_ROOT` 当作文件路径。
-- 禁止使用 `httpx`、`requests`、`curl`、PowerShell Web 命令或浏览器直接访问公司网关、PubChem 或业务服务。
-- CLI 调用失败时，禁止改用本地 RDKit、pymatgen 或直接 HTTP；如实报告 CLI 或服务端错误。
-- 每次调用都使用 `scripts/invoke.py`。它负责解析 CLI 路径、安全传递 JSON、校验响应信封并记录调用链证据。
-- 不要预先检查 wrapper 源码。在 Memento 中，必须在一个 `python_repl` 中用 `subprocess.run(..., shell=False)` 和 argv 列表执行。
-- 用户请求中不需要出现 CLI 语法、operation、URL 或 JSON 字段；根据本 Skill 和 references 自动推断。
-
-固定执行形式如下：
-
-```python
-import json, os, subprocess, sys
-wrapper = os.path.join(os.environ["SKILLS_ROOT"], "delta-science", "scripts", "invoke.py")
-payload = {"identifier": "aspirin", "namespace": "name"}
-p = subprocess.run(
-    [sys.executable, wrapper, "--tool", "pubchem", "--endpoint", "compound-summary",
-     "--data-json", json.dumps(payload)],
-    capture_output=True, text=True,
-)
-result = json.loads(p.stdout)
-```
-
-每次调用只替换 tool、endpoint 和 payload。只有 references 明确说明是查询参数时才使用 `--params-json`，否则使用 `--data-json`。必须满足 `result["ok"] is True` 且 `result["transport"] == "delta-cli"`，之后业务结果直接使用 `result["native"]`；wrapper 已完成信封解包，禁止再读取 `result["native"]["data"]`。
-
-传给 wrapper 的 tool 和 endpoint 始终使用 references 中的规范名称，例如
-`pymatgen/health`、`pymatgen/composition-parse`、`synbo/optimize`。不得自行改写为
-`chem_pymatgen_health` 等旧数据库名称；wrapper 会根据 `science_base_url` 自动选择
-canonical 或 legacy catalog，并在结果中返回 `resolved_tool`、`resolved_endpoint` 和
-`catalog_profile` 作为调用证据。
-
-根据已加载的内容选择服务。执行任何 operation 前，读取
-[references/operation-contracts.md](references/operation-contracts.md) 中该 tool 的
-对应行；这里只读取已知资源，不进行目录探测。每行给出人类情景、最小代码和 native
-投影。更复杂字段才读取其他 reference。
-
-一次成功调用并显式打印有界 JSON 后，立即调用
-`step_finish(status="done", summary=<以“【最终答案，必须逐字转发】”开头的有界纯文本>)`
-恰好一次；纯文本中的值必须来自同一 JSON，不得加单位、链接、解释或改写字符串。
-Skill final_response 与外层 Memento 必须逐字复制该 summary，不能重新排版或补充。
-失败时调用
-`step_finish(status="failed", summary=<原始错误短摘要>)`。`step_finish` 后禁止输出
-自由文本或调用任何工具。具名 service Skill 成功返回后，外层代理必须直接使用其
-summary 完成当前计划步骤；如果存在 `output_ref`，最多对该精确路径做一次原子
-`read_file`。禁止 `python_repl`、`list_dir`、寻找 CLI 或重复 Science。
-
-## 执行流程
-
-1. 在内部重述科学目标；不要向用户追问本 Skill 已经定义的实现细节。
-2. 选择能完成任务的最窄服务，并严格保持用户请求范围。推断 operation 或参数不代表可以增加用户没有要求的图片、文件、健康检查、描述符探测、分析或交付物。
-3. 如果 Memento 仅为跨步骤传递已验证数据而要求文件，可以在完成在线调用的同一个 `python_repl` 中写一个有界的内部 JSON。不得为生成或检查交接文件而重复业务调用，也不要把内部交接文件描述成用户要求的产物。
-   交接文件必须位于当前 `WORKSPACE_ROOT`（即 `@ROOT`）内；忽略任何其他
-   workspace、runner 文件或历史结果文件，绝不能用它们补全当前会话。
-4. 已知标识符直接使用。普通分子名称先由 PubChem 解析，再把返回的 SMILES 交给 RDKit。
-5. 构造最小合法参数。对于模糊探索任务使用有界默认值，并在最终答案中说明会显著影响科学结论的假设。
-6. 通过 wrapper 调用，并保留 `transport` 与 native 结果。只有进程退出码和所有响应信封均成功时，才算调用成功。
-7. 单个已命名化合物的基础查询只调用一次 PubChem `compound-summary`；成功后直接完成，不得重放。
-8. 多个已命名化合物的性质与结构相似度比较，默认只做两个 Science 调用：
-   - PubChem `compound-batch-summary`
-   - RDKit `similarity-matrix`
-
-   不得额外调用 health、parse、descriptors、fingerprint、substructure 或 render，除非用户明确需要这些不同输出。
-
-   PubChem 默认请求体必须严格为：
-
-   ```json
-   {"identifiers":["aspirin","caffeine"],"namespace":"name"}
-   ```
-
-   不要添加 `properties`、`synonym_limit` 或 `CID`。默认响应已经包含基础字段，不支持的属性会导致响应校验失败。记录位于 `native["results"]`；用每条记录的 `input` 保留原始标签，并从嵌套的 `properties` 读取属性。
-
-   两个服务应在各自规定的单个 `python_repl` 中完成。不得打印原始 stdout、stderr、完整信封或完整 native 对象。RDKit 请求使用：
-
-   ```json
-   {
-     "molecules": [{"id":"aspirin","smiles":"..."}],
-     "fingerprint": {"type":"morgan","radius":2,"n_bits":2048},
-     "sanitize": true
-   }
-   ```
-
-   `similarity-matrix` 的 `native["ranked_pairs"]` 每项固定为
-   `{"a": <输入 id>, "b": <输入 id>, "similarity": <数值>}`，不是矩阵下标。
-   禁止读取 `i`、`j` 或 `score`。找某个目标分子的最近邻时，只筛选 `a` 或
-   `b` 等于该目标的记录，取最大 `similarity` 并返回另一侧 id。
-
-9. 下游调用只能使用上一步已验证的 native 输出。禁止伪造 CIF、SMILES、粉末衍射数据、历史实验或优化观测。
-   对无机材料化学式、组成或式量，首选 pymatgen `composition-parse`；不要把
-   PubChem 的 `not_found`/404 改写为 CID、名称或式量，也不要用本地元素周期表补算。
-10. 跨服务比较时保留数据来源。例如 PubChem `XLogP` 与 RDKit `MolLogP` 使用不同模型，不得相互覆盖。
-11. 大型或二进制产物只能从文档明确的 native 字段解码。PNG 必须验证文件头为 PNG magic bytes，不能把以 `{` 开头的 JSON 保存成图片。
-12. 先报告科学结果，再列出使用的服务与 CLI 调用链证据。失败和被阻塞的后续步骤必须明确说明。
-13. 当前调用的 `native` 响应是 Skill 和 Memento 最终答案的完整证据边界。禁止补充当前结果未返回的记忆知识、机制推测、临床结论、单位、引用或链接。若规划要求了服务不支持的字段，写明“当前 Science 工具未返回该字段”，然后停止补充。
-
-14. 反应优化必须由 SynBO 或 Delta-BO 的当前 CLI `recommendations` 支持。若
-    `optimize` 返回数组维度错误、超时、空 recommendations 或失败，写入有界错误
-    交接并报告“未产生推荐”；禁止改用本地 GP、UCB、响应面、随机采样或人工排序。
-15. AntBO 启动属于远端变更。只有当前 native 同时返回 `started=true`、`pid` 与
-    `log_name` 或 `log_path` 时，才能声称作业已启动；将这些字段写入
-    `@ROOT/antbo_submission.json` 后由主代理读取。字段缺失时不得编造或重复提交。
-16. LAMMPS 最终答复只读取本次 `@ROOT/lammps_result.json`。逐字保留
-    `final_step`、`final_temperature`、`final_total_energy` 和 `last_thermo`；
-    禁止将总能量除以原子数、替换步数、换算单位或推测物理收敛性。
-17. 如果请求的 operation 不在当前 CLI catalog 中，不调用工具、不探测路径、不直连
-    HTTP，直接说明该 operation 尚未暴露且“未发送远端请求”。AntBO 当前支持
-    `health/run-default-job/run/log/jobs/stop`；`ldm/suggest` 不可由 Skill 补齐，
-    也不得改用小分子 LDM-BO。
-
-每次 Skill 回答结尾都保留以下中文交接信息：
-
-```text
-证据边界：仅限当前 Delta CLI native 结果
-调用链：delta-cli
-禁止补充未返回内容：是
-```
-
-## 服务选择
-
-| 用户需求 | 服务 |
-| --- | --- |
-| 化合物身份、CID、名称、同义词和公共属性 | PubChem |
-| SMILES 校验、描述符、渲染、相似度和 SMARTS | RDKit |
-| 化学式、组成、CIF/POSCAR、晶体结构和对称性 | pymatgen |
-| 粉末衍射模拟或精修 | GSAS-II |
-| 有界分子动力学或能量最小化 | LAMMPS |
-| 通用实验参数优化 | Delta-BO |
-| 分子 next-SMILES 推荐或 BO 轨迹 | LDM-BO |
-| 分类反应条件初始化或优化 | SynBO |
-| 抗体优化作业 | AntBO |
-
-## 安全与重试
-
-- AntBO 启动/停止、Delta-BO 有状态命令和结果不明确的长任务属于远端变更。没有用户明确授权时不得执行或重试。
-- health、查询、解析、描述符和 dry-run 属于只读操作。
-- 参数校验错误不要重试；只读请求遇到临时网络错误最多重试一次；超时的变更操作绝不自动重试。
-- 重型服务串行运行。客户端超时不代表远端计算已取消。
-- 已经取得所需信息后，不要探测未记录的枚举值或替代参数。参数实验属于独立回归任务，不属于普通用户请求。
-- SynBO `optimize` 当前存在已知的后端数组维度问题，常规回归中跳过；只有用户明确要求时才测试。
-
-## 完成标准
-
-只有同时满足以下条件，任务才算完成：
-
-- 每个声称的科学数值都来自当前运行；
-- 每个在线操作都有 `transport="delta-cli"` 的 wrapper 证据；
-- 依赖调用使用了真实的上游 native 输出；
-- 失败被归类为 CLI/配置、Science Server、公司后端、参数校验或超时；
-- 没有使用直接 HTTP 或本地科学库替代。
+
+# Delta Science
+
+把普通的人类科学任务转换为一个或多个经过验证的 Delta CLI 调用。用户只需描述科学目标；本 Skill 负责选择工具和 operation、构造参数、执行、校验并简洁报告结果。
+
+## 强制调用链
+
+- 每个在线 Science 操作都必须由所选的具名 service Skill 直接执行本 Skill 的
+  `scripts/invoke.py`，最终通过 Delta CLI。禁止把 Science 步骤派发给
+  `task[general-purpose]`、通用 subagent 或自由文本子任务。
+- 第一个且唯一的实时执行工具是 `python_repl`。禁止 Bash、`list_dir`、
+  `read_file`、`which`、`where`、`ls` 和路径探测；禁止执行字面命令
+  `CLI science invoke`、`CLI`、`cli` 或 `delta-cli`。
+- `python_repl` 的工具参数对象只能包含 `code`；禁止传入 `deps`、
+  `dependencies`、`packages` 或任何其他参数。
+- `SKILLS_ROOT` 只在 Python 中通过 `os.environ["SKILLS_ROOT"]` 读取，不能把
+  `@SKILLS_ROOT` 当作文件路径。
+- 禁止使用 `httpx`、`requests`、`curl`、PowerShell Web 命令或浏览器直接访问公司网关、PubChem 或业务服务。
+- CLI 调用失败时，禁止改用本地 RDKit、pymatgen 或直接 HTTP；如实报告 CLI 或服务端错误。
+- 每次调用都使用 `scripts/invoke.py`。它负责解析 CLI 路径、安全传递 JSON、校验响应信封并记录调用链证据。
+- 不要预先检查 wrapper 源码。在 Memento 中，必须在一个 `python_repl` 中用 `subprocess.run(..., shell=False)` 和 argv 列表执行。
+- 用户请求中不需要出现 CLI 语法、operation、URL 或 JSON 字段；根据本 Skill 和 references 自动推断。
+
+固定执行形式如下：
+
+```python
+import json, os, subprocess, sys
+wrapper = os.path.join(os.environ["SKILLS_ROOT"], "delta-science", "scripts", "invoke.py")
+payload = {"identifier": "aspirin", "namespace": "name"}
+p = subprocess.run(
+    [sys.executable, wrapper, "--tool", "pubchem", "--endpoint", "compound-summary",
+     "--data-json", json.dumps(payload)],
+    capture_output=True, text=True,
+)
+result = json.loads(p.stdout)
+```
+
+每次调用只替换 tool、endpoint 和 payload。只有 references 明确说明是查询参数时才使用 `--params-json`，否则使用 `--data-json`。必须满足 `result["ok"] is True` 且 `result["transport"] == "delta-cli"`，之后业务结果直接使用 `result["native"]`；wrapper 已完成信封解包，禁止再读取 `result["native"]["data"]`。
+
+传给 wrapper 的 tool 和 endpoint 始终使用 references 中的规范名称，例如
+`pymatgen/health`、`pymatgen/composition-parse`、`synbo/optimize`。不得自行改写为
+`chem_pymatgen_health` 等旧数据库名称；wrapper 会根据 `science_base_url` 自动选择
+canonical 或 legacy catalog，并在结果中返回 `resolved_tool`、`resolved_endpoint` 和
+`catalog_profile` 作为调用证据。
+
+根据已加载的内容选择服务。执行任何 operation 前，读取
+[references/operation-contracts.md](references/operation-contracts.md) 中该 tool 的
+对应行；这里只读取已知资源，不进行目录探测。每行给出人类情景、最小代码和 native
+投影。更复杂字段才读取其他 reference。
+
+一次成功调用并显式打印有界 JSON 后，立即调用
+`step_finish(status="done", summary=<以“【最终答案，必须逐字转发】”开头的有界纯文本>)`
+恰好一次；纯文本中的值必须来自同一 JSON，不得加单位、链接、解释或改写字符串。
+Skill final_response 与外层 Memento 必须逐字复制该 summary，不能重新排版或补充。
+失败时调用
+`step_finish(status="failed", summary=<原始错误短摘要>)`。`step_finish` 后禁止输出
+自由文本或调用任何工具。具名 service Skill 成功返回后，外层代理必须直接使用其
+summary 完成当前计划步骤；如果存在 `output_ref`，最多对该精确路径做一次原子
+`read_file`。禁止 `python_repl`、`list_dir`、寻找 CLI 或重复 Science。
+
+## 执行流程
+
+1. 在内部重述科学目标；不要向用户追问本 Skill 已经定义的实现细节。
+2. 选择能完成任务的最窄服务，并严格保持用户请求范围。推断 operation 或参数不代表可以增加用户没有要求的图片、文件、健康检查、描述符探测、分析或交付物。
+3. 如果 Memento 仅为跨步骤传递已验证数据而要求文件，可以在完成在线调用的同一个 `python_repl` 中写一个有界的内部 JSON。不得为生成或检查交接文件而重复业务调用，也不要把内部交接文件描述成用户要求的产物。
+   交接文件必须位于当前 `WORKSPACE_ROOT`（即 `@ROOT`）内；忽略任何其他
+   workspace、runner 文件或历史结果文件，绝不能用它们补全当前会话。
+4. 已知标识符直接使用。普通分子名称先由 PubChem 解析，再把返回的 SMILES 交给 RDKit。
+5. 构造最小合法参数。对于模糊探索任务使用有界默认值，并在最终答案中说明会显著影响科学结论的假设。
+6. 通过 wrapper 调用，并保留 `transport` 与 native 结果。只有进程退出码和所有响应信封均成功时，才算调用成功。
+7. 单个已命名化合物的基础查询只调用一次 PubChem `compound-summary`；成功后直接完成，不得重放。
+8. 多个已命名化合物的性质与结构相似度比较，默认只做两个 Science 调用：
+   - PubChem `compound-batch-summary`
+   - RDKit `similarity-matrix`
+
+   不得额外调用 health、parse、descriptors、fingerprint、substructure 或 render，除非用户明确需要这些不同输出。
+
+   PubChem 默认请求体必须严格为：
+
+   ```json
+   {"identifiers":["aspirin","caffeine"],"namespace":"name"}
+   ```
+
+   不要添加 `properties`、`synonym_limit` 或 `CID`。默认响应已经包含基础字段，不支持的属性会导致响应校验失败。记录位于 `native["results"]`；用每条记录的 `input` 保留原始标签，并从嵌套的 `properties` 读取属性。
+
+   两个服务应在各自规定的单个 `python_repl` 中完成。不得打印原始 stdout、stderr、完整信封或完整 native 对象。RDKit 请求使用：
+
+   ```json
+   {
+     "molecules": [{"id":"aspirin","smiles":"..."}],
+     "fingerprint": {"type":"morgan","radius":2,"n_bits":2048},
+     "sanitize": true
+   }
+   ```
+
+   `similarity-matrix` 的 `native["ranked_pairs"]` 每项固定为
+   `{"a": <输入 id>, "b": <输入 id>, "similarity": <数值>}`，不是矩阵下标。
+   禁止读取 `i`、`j` 或 `score`。找某个目标分子的最近邻时，只筛选 `a` 或
+   `b` 等于该目标的记录，取最大 `similarity` 并返回另一侧 id。
+
+9. 下游调用只能使用上一步已验证的 native 输出。禁止伪造 CIF、SMILES、粉末衍射数据、历史实验或优化观测。
+   对无机材料化学式、组成或式量，首选 pymatgen `composition-parse`；不要把
+   PubChem 的 `not_found`/404 改写为 CID、名称或式量，也不要用本地元素周期表补算。
+10. 跨服务比较时保留数据来源。例如 PubChem `XLogP` 与 RDKit `MolLogP` 使用不同模型，不得相互覆盖。
+11. 大型或二进制产物只能从文档明确的 native 字段解码。PNG 必须验证文件头为 PNG magic bytes，不能把以 `{` 开头的 JSON 保存成图片。
+12. 先报告科学结果，再列出使用的服务与 CLI 调用链证据。失败和被阻塞的后续步骤必须明确说明。
+13. 当前调用的 `native` 响应是 Skill 和 Memento 最终答案的完整证据边界。禁止补充当前结果未返回的记忆知识、机制推测、临床结论、单位、引用或链接。若规划要求了服务不支持的字段，写明“当前 Science 工具未返回该字段”，然后停止补充。
+
+14. 反应优化必须由 SynBO 或 Delta-BO 的当前 CLI `recommendations` 支持。若
+    `optimize` 返回数组维度错误、超时、空 recommendations 或失败，写入有界错误
+    交接并报告“未产生推荐”；禁止改用本地 GP、UCB、响应面、随机采样或人工排序。
+15. AntBO 启动属于远端变更。只有当前 native 同时返回 `started=true`、`pid` 与
+    `log_name` 或 `log_path` 时，才能声称作业已启动；将这些字段写入
+    `@ROOT/antbo_submission.json` 后由主代理读取。字段缺失时不得编造或重复提交。
+16. LAMMPS 最终答复只读取本次 `@ROOT/lammps_result.json`。逐字保留
+    `final_step`、`final_temperature`、`final_total_energy` 和 `last_thermo`；
+    禁止将总能量除以原子数、替换步数、换算单位或推测物理收敛性。
+17. 如果请求的 operation 不在当前 CLI catalog 中，不调用工具、不探测路径、不直连
+    HTTP，直接说明该 operation 尚未暴露且“未发送远端请求”。AntBO 当前支持
+    `health/run-default-job/run/log/jobs/stop`；`ldm/suggest` 不可由 Skill 补齐，
+    也不得改用小分子 LDM-BO。
+
+每次 Skill 回答结尾都保留以下中文交接信息：
+
+```text
+证据边界：仅限当前 Delta CLI native 结果
+调用链：delta-cli
+禁止补充未返回内容：是
+```
+
+## 服务选择
+
+| 用户需求 | 服务 |
+| --- | --- |
+| 化合物身份、CID、名称、同义词和公共属性 | PubChem |
+| SMILES 校验、描述符、渲染、相似度和 SMARTS | RDKit |
+| 化学式、组成、CIF/POSCAR、晶体结构和对称性 | pymatgen |
+| 粉末衍射模拟或精修 | GSAS-II |
+| 有界分子动力学或能量最小化 | LAMMPS |
+| 通用实验参数优化 | Delta-BO |
+| 分子 next-SMILES 推荐或 BO 轨迹 | LDM-BO |
+| 分类反应条件初始化或优化 | SynBO |
+| 抗体优化作业 | AntBO |
+
+## 安全与重试
+
+- AntBO 启动/停止、Delta-BO 有状态命令和结果不明确的长任务属于远端变更。没有用户明确授权时不得执行或重试。
+- health、查询、解析、描述符和 dry-run 属于只读操作。
+- 参数校验错误不要重试；只读请求遇到临时网络错误最多重试一次；超时的变更操作绝不自动重试。
+- 重型服务串行运行。客户端超时不代表远端计算已取消。
+- 已经取得所需信息后，不要探测未记录的枚举值或替代参数。参数实验属于独立回归任务，不属于普通用户请求。
+- SynBO `optimize` 当前存在已知的后端数组维度问题，常规回归中跳过；只有用户明确要求时才测试。
+
+## 完成标准
+
+只有同时满足以下条件，任务才算完成：
+
+- 每个声称的科学数值都来自当前运行；
+- 每个在线操作都有 `transport="delta-cli"` 的 wrapper 证据；
+- 依赖调用使用了真实的上游 native 输出；
+- 失败被归类为 CLI/配置、Science Server、公司后端、参数校验或超时；
+- 没有使用直接 HTTP 或本地科学库替代。

package/skills/delta-science/agents/openai.yaml

@@ -1,4 +1,4 @@
-interface:
-  display_name: "Delta Science 公共运行时"
-  short_description: "为具名 Science Skill 提供共享 CLI 调用和交接契约"
-  default_prompt: "使用 $delta-science 规划跨服务 Science 流程并拆分为具名 Skill 步骤。"
+interface:
+  display_name: "Delta Science 公共运行时"
+  short_description: "为具名 Science Skill 提供共享 CLI 调用和交接契约"
+  default_prompt: "使用 $delta-science 规划跨服务 Science 流程并拆分为具名 Skill 步骤。"

package/skills/delta-science/references/cli-contract.md

@@ -1,84 +1,84 @@
-# Delta CLI 执行约定
-
-## 只能通过内置 wrapper 调用
-
-实时 Science 调用的第一个且唯一执行工具必须是 `python_repl`。禁止 Bash、
-`list_dir`、`read_file`、`which`、`where`、`ls` 或任何路径探测；禁止让通用
-subagent 执行 Science 步骤，也禁止运行字面命令 `CLI`、`cli`、`delta-cli`。
-`SKILLS_ROOT` 只能通过 Python 的 `os.environ["SKILLS_ROOT"]` 读取，
-`@SKILLS_ROOT` 不是可供文件工具访问的路径。
-
-使用 Python 执行 wrapper。在 Memento 中从 `SKILLS_ROOT` 获取路径：
-
-```python
-import json, os, subprocess, sys
-
-wrapper = os.path.join(os.environ["SKILLS_ROOT"], "delta-science", "scripts", "invoke.py")
-payload = {"input": "CCO", "format": "smiles"}
-completed = subprocess.run(
-    [sys.executable, wrapper, "--tool", "rdkit", "--endpoint", "parse",
-     "--data-json", json.dumps(payload, ensure_ascii=False)],
-    capture_output=True, text=True, encoding="utf-8", errors="replace",
-    timeout=150,
-)
-result = json.loads(completed.stdout)
-```
-
-不要把调用拼成 shell 命令字符串。禁止使用 `curl`、`httpx`、`requests`、`Invoke-RestMethod` 或业务服务 URL。
-
-wrapper 内部构造以下 argv：
-
-```text
-delta-cli science invoke --tool TOOL --endpoint ENDPOINT --data JSON
-```
-
-只有明确记录为查询参数的 operation 才使用 `--params-json`。同一次调用不得同时发送 `--data-json` 和 `--params-json`。
-
-## 可执行文件与配置解析顺序
-
-wrapper 按以下顺序解析 `delta-cli`：
-
-1. `--cli`
-2. `DELTA_CLI_PATH`
-3. `SKILL.md` 同级、未纳入版本控制的 `runtime.local.json`
-4. `PATH` 中的 `delta-cli` 或 `delta-cli.exe`
-5. npm 包相邻的 `bin/delta-cli[.exe]`
-
-CLI 从 `~/.delta-infra/config.json` 读取 `science_base_url`。显式 `--science-base-url` 只用于测试覆盖，并通过 `DELTA_INFRA_SCIENCE_BASE_URL` 传给子进程。
-
-## wrapper 返回结果
-
-成功输出格式：
-
-```json
-{
-  "ok": true,
-  "transport": "delta-cli",
-  "tool": "rdkit",
-  "endpoint": "parse",
-  "resolved_tool": "rdkit",
-  "resolved_endpoint": "chem_rdkit_parse",
-  "catalog_profile": "legacy",
-  "elapsed_seconds": 1.23,
-  "envelope_depth": 2,
-  "native": {}
-}
-```
-
-Skill 代码始终传规范 tool/operation。默认旧 `/science_tool` 服务会自动把
-`pymatgen/health` 映射为 `pymatgen/chem_pymatgen_health`，并把 `synbo`、`antbo`
-分别映射为旧 catalog 的 `synbo-service`、`antbo-service`；不要在 Skill 示例中硬编码
-这些旧名称。新版 Science Server 保持规范名称。测试时可用
-`--catalog-profile canonical|legacy` 或 `runtime.local.json` 的 `catalog_profile`
-显式覆盖自动判断。
-
-wrapper 校验 CLI 的 `{ok,data}` 信封，只解包已知的 Infra 转发结果 `{status_code,headers,data}` 和业务服务信封 `{code,message,data}`。它不会在任意嵌套字段中搜索看似合理的结果。`ok=false` 会包含稳定的 `stage` 和错误文本。
-
-解包成功后，业务结果直接位于 `result["native"]` 顶层。禁止读取
-`result["native"]["data"]`，也禁止递归搜索字段。
-
-即使存在部分数据，`ok=false` 仍必须视为失败。禁止静默切换到其他调用链。
-
-## 二进制产物
-
-operation 返回 base64 数据时，只解码文档指定的 native 字段。PNG 文件必须以 `89 50 4e 47 0d 0a 1a 0a` 开头。以 `7b`（`{`）开头的是 JSON，不能描述成图片。
+# Delta CLI 执行约定
+
+## 只能通过内置 wrapper 调用
+
+实时 Science 调用的第一个且唯一执行工具必须是 `python_repl`。禁止 Bash、
+`list_dir`、`read_file`、`which`、`where`、`ls` 或任何路径探测；禁止让通用
+subagent 执行 Science 步骤，也禁止运行字面命令 `CLI`、`cli`、`delta-cli`。
+`SKILLS_ROOT` 只能通过 Python 的 `os.environ["SKILLS_ROOT"]` 读取，
+`@SKILLS_ROOT` 不是可供文件工具访问的路径。
+
+使用 Python 执行 wrapper。在 Memento 中从 `SKILLS_ROOT` 获取路径：
+
+```python
+import json, os, subprocess, sys
+
+wrapper = os.path.join(os.environ["SKILLS_ROOT"], "delta-science", "scripts", "invoke.py")
+payload = {"input": "CCO", "format": "smiles"}
+completed = subprocess.run(
+    [sys.executable, wrapper, "--tool", "rdkit", "--endpoint", "parse",
+     "--data-json", json.dumps(payload, ensure_ascii=False)],
+    capture_output=True, text=True, encoding="utf-8", errors="replace",
+    timeout=150,
+)
+result = json.loads(completed.stdout)
+```
+
+不要把调用拼成 shell 命令字符串。禁止使用 `curl`、`httpx`、`requests`、`Invoke-RestMethod` 或业务服务 URL。
+
+wrapper 内部构造以下 argv：
+
+```text
+delta-cli science invoke --tool TOOL --endpoint ENDPOINT --data JSON
+```
+
+只有明确记录为查询参数的 operation 才使用 `--params-json`。同一次调用不得同时发送 `--data-json` 和 `--params-json`。
+
+## 可执行文件与配置解析顺序
+
+wrapper 按以下顺序解析 `delta-cli`：
+
+1. `--cli`
+2. `DELTA_CLI_PATH`
+3. `SKILL.md` 同级、未纳入版本控制的 `runtime.local.json`
+4. `PATH` 中的 `delta-cli` 或 `delta-cli.exe`
+5. npm 包相邻的 `bin/delta-cli[.exe]`
+
+CLI 从 `~/.delta-infra/config.json` 读取 `science_base_url`。显式 `--science-base-url` 只用于测试覆盖，并通过 `DELTA_INFRA_SCIENCE_BASE_URL` 传给子进程。
+
+## wrapper 返回结果
+
+成功输出格式：
+
+```json
+{
+  "ok": true,
+  "transport": "delta-cli",
+  "tool": "rdkit",
+  "endpoint": "parse",
+  "resolved_tool": "rdkit",
+  "resolved_endpoint": "chem_rdkit_parse",
+  "catalog_profile": "legacy",
+  "elapsed_seconds": 1.23,
+  "envelope_depth": 2,
+  "native": {}
+}
+```
+
+Skill 代码始终传规范 tool/operation。默认旧 `/science_tool` 服务会自动把
+`pymatgen/health` 映射为 `pymatgen/chem_pymatgen_health`，并把 `synbo`、`antbo`
+分别映射为旧 catalog 的 `synbo-service`、`antbo-service`；不要在 Skill 示例中硬编码
+这些旧名称。新版 Science Server 保持规范名称。测试时可用
+`--catalog-profile canonical|legacy` 或 `runtime.local.json` 的 `catalog_profile`
+显式覆盖自动判断。
+
+wrapper 校验 CLI 的 `{ok,data}` 信封，只解包已知的 Infra 转发结果 `{status_code,headers,data}` 和业务服务信封 `{code,message,data}`。它不会在任意嵌套字段中搜索看似合理的结果。`ok=false` 会包含稳定的 `stage` 和错误文本。
+
+解包成功后，业务结果直接位于 `result["native"]` 顶层。禁止读取
+`result["native"]["data"]`，也禁止递归搜索字段。
+
+即使存在部分数据，`ok=false` 仍必须视为失败。禁止静默切换到其他调用链。
+
+## 二进制产物
+
+operation 返回 base64 数据时，只解码文档指定的 native 字段。PNG 文件必须以 `89 50 4e 47 0d 0a 1a 0a` 开头。以 `7b`（`{`）开头的是 JSON，不能描述成图片。