@delta-infra/cli 1.0.76 → 1.0.77

package/skills/pubchem/references/endpoints.md

@@ -1,122 +1,122 @@
-# PubChem Endpoint Reference
-
-在 Memento 中只能通过 `delta-science/scripts/invoke.py` 调用。wrapper 已解包服务
-信封，因此以下文档所说的业务 `data` 在 wrapper 结果中就是 `result["native"]`
-顶层；禁止再读取 `result["native"]["data"]`。本文件中的 URL 只用于说明 endpoint
-schema，不授权直接 HTTP。
-
-All paths are relative to `http://111.2.199.31:52317/api/v1`.
-
-Namespaces: `cid`, `name`, `smiles`, `inchi`, `inchikey`, `formula`.
-
-## Health
-
-`GET /chem/pubchem/health`
-
-## Resolve CIDs
-
-`POST /chem/pubchem/compound/resolve-cids`
-
-```json
-{"identifier": "aspirin", "namespace": "name", "max_records": 20}
-```
-
-`max_records`: 1-100.
-
-## Properties
-
-`POST /chem/pubchem/compound/properties`
-
-```json
-{
-  "identifier": "2244",
-  "namespace": "cid",
-  "properties": ["MolecularFormula", "MolecularWeight", "CanonicalSMILES", "IUPACName"]
-}
-```
-
-Allowed properties include `MolecularFormula`, `MolecularWeight`,
-`CanonicalSMILES`, `IsomericSMILES`, `SMILES`, `ConnectivitySMILES`,
-`IUPACName`, `InChI`, `InChIKey`, `XLogP`, `TPSA`, `HBondDonorCount`,
-`HBondAcceptorCount`, `RotatableBondCount`, `ExactMass`, `MonoisotopicMass`,
-`Charge`, `HeavyAtomCount`, `Complexity`, `CovalentUnitCount`,
-`DefinedAtomStereoCount`, `UndefinedAtomStereoCount`, `DefinedBondStereoCount`,
-`UndefinedBondStereoCount`, and `IsotopeAtomCount`.
-
-## Synonyms
-
-`POST /chem/pubchem/compound/synonyms`
-
-```json
-{"identifier": "2244", "namespace": "cid", "max_synonyms": 50}
-```
-
-`max_synonyms`: 1-500.
-
-## Summary
-
-`POST /chem/pubchem/compound/summary`
-
-```json
-{
-  "identifier": "aspirin",
-  "namespace": "name",
-  "properties": ["MolecularFormula", "MolecularWeight", "CanonicalSMILES", "IUPACName"],
-  "synonym_limit": 20
-}
-```
-
-`synonym_limit`: 0-100. Use this endpoint for general compound lookup because
-it resolves CID, selected properties, and synonyms in one call.
-
-Response fields include `valid`, `cid`, `properties`, `properties_raw`,
-`aliases`, `synonyms`, and `metadata`. Numeric properties are coerced to JSON
-numbers when possible. Requested SMILES aliases are filled when PubChem returns
-an equivalent key such as `ConnectivitySMILES`.
-
-## Batch Summary
-
-`POST /chem/pubchem/compound/batch-summary`
-
-```json
-{
-  "identifiers": ["aspirin", "ibuprofen", "caffeine"],
-  "namespace": "name",
-  "properties": ["MolecularFormula", "MolecularWeight", "CanonicalSMILES", "XLogP", "TPSA"],
-  "synonym_limit": 5
-}
-```
-
-Limits: 1-100 identifiers. The response preserves input order and includes
-per-item errors:
-
-```json
-{
-  "valid": false,
-  "namespace": "name",
-  "properties_requested": ["CanonicalSMILES"],
-  "results": [
-    {
-      "input": "aspirin",
-      "valid": true,
-      "cid": 2244,
-      "properties": {
-        "CanonicalSMILES": "CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O",
-        "ConnectivitySMILES": "CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O",
-        "_aliases": {"CanonicalSMILES": "ConnectivitySMILES"},
-        "properties_raw": {}
-      },
-      "properties_raw": {},
-      "aliases": {"CanonicalSMILES": "ConnectivitySMILES"},
-      "synonyms": []
-    },
-    {
-      "input": "bad-name",
-      "valid": false,
-      "error": "not found"
-    }
-  ],
-  "count": 2,
-  "failed_count": 1
-}
-```
+# PubChem Endpoint Reference
+
+在 Memento 中只能通过 `delta-science/scripts/invoke.py` 调用。wrapper 已解包服务
+信封，因此以下文档所说的业务 `data` 在 wrapper 结果中就是 `result["native"]`
+顶层；禁止再读取 `result["native"]["data"]`。本文件中的 URL 只用于说明 endpoint
+schema，不授权直接 HTTP。
+
+All paths are relative to `http://111.2.199.31:52317/api/v1`.
+
+Namespaces: `cid`, `name`, `smiles`, `inchi`, `inchikey`, `formula`.
+
+## Health
+
+`GET /chem/pubchem/health`
+
+## Resolve CIDs
+
+`POST /chem/pubchem/compound/resolve-cids`
+
+```json
+{"identifier": "aspirin", "namespace": "name", "max_records": 20}
+```
+
+`max_records`: 1-100.
+
+## Properties
+
+`POST /chem/pubchem/compound/properties`
+
+```json
+{
+  "identifier": "2244",
+  "namespace": "cid",
+  "properties": ["MolecularFormula", "MolecularWeight", "CanonicalSMILES", "IUPACName"]
+}
+```
+
+Allowed properties include `MolecularFormula`, `MolecularWeight`,
+`CanonicalSMILES`, `IsomericSMILES`, `SMILES`, `ConnectivitySMILES`,
+`IUPACName`, `InChI`, `InChIKey`, `XLogP`, `TPSA`, `HBondDonorCount`,
+`HBondAcceptorCount`, `RotatableBondCount`, `ExactMass`, `MonoisotopicMass`,
+`Charge`, `HeavyAtomCount`, `Complexity`, `CovalentUnitCount`,
+`DefinedAtomStereoCount`, `UndefinedAtomStereoCount`, `DefinedBondStereoCount`,
+`UndefinedBondStereoCount`, and `IsotopeAtomCount`.
+
+## Synonyms
+
+`POST /chem/pubchem/compound/synonyms`
+
+```json
+{"identifier": "2244", "namespace": "cid", "max_synonyms": 50}
+```
+
+`max_synonyms`: 1-500.
+
+## Summary
+
+`POST /chem/pubchem/compound/summary`
+
+```json
+{
+  "identifier": "aspirin",
+  "namespace": "name",
+  "properties": ["MolecularFormula", "MolecularWeight", "CanonicalSMILES", "IUPACName"],
+  "synonym_limit": 20
+}
+```
+
+`synonym_limit`: 0-100. Use this endpoint for general compound lookup because
+it resolves CID, selected properties, and synonyms in one call.
+
+Response fields include `valid`, `cid`, `properties`, `properties_raw`,
+`aliases`, `synonyms`, and `metadata`. Numeric properties are coerced to JSON
+numbers when possible. Requested SMILES aliases are filled when PubChem returns
+an equivalent key such as `ConnectivitySMILES`.
+
+## Batch Summary
+
+`POST /chem/pubchem/compound/batch-summary`
+
+```json
+{
+  "identifiers": ["aspirin", "ibuprofen", "caffeine"],
+  "namespace": "name",
+  "properties": ["MolecularFormula", "MolecularWeight", "CanonicalSMILES", "XLogP", "TPSA"],
+  "synonym_limit": 5
+}
+```
+
+Limits: 1-100 identifiers. The response preserves input order and includes
+per-item errors:
+
+```json
+{
+  "valid": false,
+  "namespace": "name",
+  "properties_requested": ["CanonicalSMILES"],
+  "results": [
+    {
+      "input": "aspirin",
+      "valid": true,
+      "cid": 2244,
+      "properties": {
+        "CanonicalSMILES": "CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O",
+        "ConnectivitySMILES": "CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O",
+        "_aliases": {"CanonicalSMILES": "ConnectivitySMILES"},
+        "properties_raw": {}
+      },
+      "properties_raw": {},
+      "aliases": {"CanonicalSMILES": "ConnectivitySMILES"},
+      "synonyms": []
+    },
+    {
+      "input": "bad-name",
+      "valid": false,
+      "error": "not found"
+    }
+  ],
+  "count": 2,
+  "failed_count": 1
+}
+```

package/skills/pubchem/references/operations.md

@@ -1,41 +1,41 @@
-# PubChem operation 契约
-
-先使用 `SKILL.md` 的唯一 wrapper 模板。下面每行都是对应 operation 的最小设置；
-wrapper 成功后的业务结果均为 `r["native"]`，不是 `native.data`。执行一次后调用
-`step_finish`，不得重复调用。
-
-## health
-
-- 情景：用户明确询问 PubChem 服务是否可用。
-- 代码：`endpoint="health"; data=None; params=None`
-- 投影：只保留 `status`、可用性、metadata、limits、warnings 中实际存在的字段。
-
-## compound-resolve-cids
-
-- 情景：把名称、SMILES、InChI 等标识符解析为 CID 列表。
-- 代码：`endpoint="compound-resolve-cids"; data={"identifier":"aspirin","namespace":"name","max_records":20}; params=None`
-- 投影：输入标签、有效性、CID 列表和错误。
-
-## compound-properties
-
-- 情景：已有标识符，只要求指定 PubChem 属性。
-- 代码：`endpoint="compound-properties"; data={"identifier":"aspirin","namespace":"name","properties":["MolecularFormula","MolecularWeight"]}; params=None`
-- 投影：只复制本次返回的 CID、请求属性、aliases、valid/error。
-
-## compound-synonyms
-
-- 情景：查询一个化合物的同义词。
-- 代码：`endpoint="compound-synonyms"; data={"identifier":"aspirin","namespace":"name","max_synonyms":5}; params=None`
-- 投影：CID、有效性和最多用户要求数量的 synonyms。
-
-## compound-summary
-
-- 情景：一个已命名分子的 CID、SMILES、分子式、分子量等基础属性。
-- 代码：`endpoint="compound-summary"; data={"identifier":"aspirin","namespace":"name"}; params=None`
-- 投影：`native.valid`、`native.cid` 与 `native.properties` 中用户要求的键。
-
-## compound-batch-summary
-
-- 情景：一次解析两个或更多名称，供后续比较或 RDKit 使用。
-- 代码：`endpoint="compound-batch-summary"; data={"identifiers":["aspirin","caffeine"],"namespace":"name"}; params=None`
-- 投影：`native.results[*]` 的 `input`、valid/error 及嵌套 `properties`；不得加 `properties` 或 `synonym_limit` 请求字段。
+# PubChem operation 契约
+
+先使用 `SKILL.md` 的唯一 wrapper 模板。下面每行都是对应 operation 的最小设置；
+wrapper 成功后的业务结果均为 `r["native"]`，不是 `native.data`。执行一次后调用
+`step_finish`，不得重复调用。
+
+## health
+
+- 情景：用户明确询问 PubChem 服务是否可用。
+- 代码：`endpoint="health"; data=None; params=None`
+- 投影：只保留 `status`、可用性、metadata、limits、warnings 中实际存在的字段。
+
+## compound-resolve-cids
+
+- 情景：把名称、SMILES、InChI 等标识符解析为 CID 列表。
+- 代码：`endpoint="compound-resolve-cids"; data={"identifier":"aspirin","namespace":"name","max_records":20}; params=None`
+- 投影：输入标签、有效性、CID 列表和错误。
+
+## compound-properties
+
+- 情景：已有标识符，只要求指定 PubChem 属性。
+- 代码：`endpoint="compound-properties"; data={"identifier":"aspirin","namespace":"name","properties":["MolecularFormula","MolecularWeight"]}; params=None`
+- 投影：只复制本次返回的 CID、请求属性、aliases、valid/error。
+
+## compound-synonyms
+
+- 情景：查询一个化合物的同义词。
+- 代码：`endpoint="compound-synonyms"; data={"identifier":"aspirin","namespace":"name","max_synonyms":5}; params=None`
+- 投影：CID、有效性和最多用户要求数量的 synonyms。
+
+## compound-summary
+
+- 情景：一个已命名分子的 CID、SMILES、分子式、分子量等基础属性。
+- 代码：`endpoint="compound-summary"; data={"identifier":"aspirin","namespace":"name"}; params=None`
+- 投影：`native.valid`、`native.cid` 与 `native.properties` 中用户要求的键。
+
+## compound-batch-summary
+
+- 情景：一次解析两个或更多名称，供后续比较或 RDKit 使用。
+- 代码：`endpoint="compound-batch-summary"; data={"identifiers":["aspirin","caffeine"],"namespace":"name"}; params=None`
+- 投影：`native.results[*]` 的 `input`、valid/error 及嵌套 `properties`；不得加 `properties` 或 `synonym_limit` 请求字段。

package/skills/pymatgen/SKILL.md

@@ -1,4 +1,4 @@
----
+---
 name: pymatgen
 description: 当用户需要解析材料化学式与组成、计算式量、解析或总结 CIF/POSCAR/JSON/CSSR/XSF 晶体结构、转换结构格式或分析空间群和对称性时使用。所有实时请求只走 Delta CLI wrapper；无机化学式优先使用本 Skill，不用 PubChem 或本地元素表替代。
 metadata:
@@ -7,48 +7,48 @@ metadata:
     - python_repl
     - step_finish
 ---
-
-# pymatgen 服务
-
-## 强制规则
-
-- 第一个且唯一实时执行工具是 `python_repl`；直接执行
-  `$SKILLS_ROOT/delta-science/scripts/invoke.py`，tool 固定为 `pymatgen`。
-- `python_repl` 工具参数只能包含 `code`，禁止 `deps/dependencies/packages`。
-- `SKILLS_ROOT` 只通过 `os.environ` 读取。禁止 Bash、目录/路径探测、字面 CLI
-  命令、直接 HTTP 和本地 pymatgen。
-- wrapper 成功后的业务结果是 `r["native"]` 顶层，禁止 `native.data`。
-- 结构接口必须发送完整结构文本，不能发送本地文件路径；只支持
-  `cif/poscar/json/cssr/xsf`，不接收 LAMMPS data/dump。
-
-## wrapper 模板
-
-```python
-import json, os, subprocess, sys
-wrapper=os.path.join(os.environ["SKILLS_ROOT"],"delta-science","scripts","invoke.py")
-p=subprocess.run([sys.executable,wrapper,"--tool","pymatgen","--endpoint",endpoint,
-                  "--data-json",json.dumps(payload)],capture_output=True,text=True,shell=False)
-if p.returncode != 0: raise RuntimeError(p.stderr or p.stdout)
-r=json.loads(p.stdout)
-if r.get("ok") is not True or r.get("transport")!="delta-cli": raise RuntimeError(r)
-n=r["native"]
-print(json.dumps(out,ensure_ascii=False))
-```
-
-`out` 必须从 `n` 投影，不得用记忆补值。
-
-## operation 选择
-
-- `health`：明确健康检查；省略 `--data-json`。
-- `composition-parse`：`{"formula":"LiFePO4","format":"formula"}`。
-- `structure-parse`：`{"input":结构文本,"format":"cif","primitive":false}`。
-- `structure-summary`：同上，用于 formula、density、volume、lattice、species。
-- `structure-convert`：`{"input":结构文本,"input_format":"cif","output_format":"poscar","primitive":false}`。
-- `structure-symmetry`：`{"input":结构文本,"format":"cif","primitive":false,"symprec":0.01,"angle_tolerance":5.0}`。
-
-详细 native 字段见 `references/endpoints.md`。一个请求只调用所需 operation；无机式量
-只报告当前 native 的 `weight`，PubChem not_found 不得改写或本地补算。
-
-成功打印有界 JSON 后立即调用 `step_finish(status="done", summary=<同一 JSON>)`
-恰好一次；失败时调用 `step_finish(status="failed", summary=<原始错误短摘要>)`。
-调用后不得输出自由文本或使用其他工具。
+
+# pymatgen 服务
+
+## 强制规则
+
+- 第一个且唯一实时执行工具是 `python_repl`；直接执行
+  `$SKILLS_ROOT/delta-science/scripts/invoke.py`，tool 固定为 `pymatgen`。
+- `python_repl` 工具参数只能包含 `code`，禁止 `deps/dependencies/packages`。
+- `SKILLS_ROOT` 只通过 `os.environ` 读取。禁止 Bash、目录/路径探测、字面 CLI
+  命令、直接 HTTP 和本地 pymatgen。
+- wrapper 成功后的业务结果是 `r["native"]` 顶层，禁止 `native.data`。
+- 结构接口必须发送完整结构文本，不能发送本地文件路径；只支持
+  `cif/poscar/json/cssr/xsf`，不接收 LAMMPS data/dump。
+
+## wrapper 模板
+
+```python
+import json, os, subprocess, sys
+wrapper=os.path.join(os.environ["SKILLS_ROOT"],"delta-science","scripts","invoke.py")
+p=subprocess.run([sys.executable,wrapper,"--tool","pymatgen","--endpoint",endpoint,
+                  "--data-json",json.dumps(payload)],capture_output=True,text=True,shell=False)
+if p.returncode != 0: raise RuntimeError(p.stderr or p.stdout)
+r=json.loads(p.stdout)
+if r.get("ok") is not True or r.get("transport")!="delta-cli": raise RuntimeError(r)
+n=r["native"]
+print(json.dumps(out,ensure_ascii=False))
+```
+
+`out` 必须从 `n` 投影，不得用记忆补值。
+
+## operation 选择
+
+- `health`：明确健康检查；省略 `--data-json`。
+- `composition-parse`：`{"formula":"LiFePO4","format":"formula"}`。
+- `structure-parse`：`{"input":结构文本,"format":"cif","primitive":false}`。
+- `structure-summary`：同上，用于 formula、density、volume、lattice、species。
+- `structure-convert`：`{"input":结构文本,"input_format":"cif","output_format":"poscar","primitive":false}`。
+- `structure-symmetry`：`{"input":结构文本,"format":"cif","primitive":false,"symprec":0.01,"angle_tolerance":5.0}`。
+
+详细 native 字段见 `references/endpoints.md`。一个请求只调用所需 operation；无机式量
+只报告当前 native 的 `weight`，PubChem not_found 不得改写或本地补算。
+
+成功打印有界 JSON 后立即调用 `step_finish(status="done", summary=<同一 JSON>)`
+恰好一次；失败时调用 `step_finish(status="failed", summary=<原始错误短摘要>)`。
+调用后不得输出自由文本或使用其他工具。

package/skills/pymatgen/agents/openai.yaml

@@ -1,4 +1,4 @@
-interface:
-  display_name: "pymatgen 材料分析"
-  short_description: "通过 Delta CLI 解析材料组成、晶体结构和空间群"
-  default_prompt: "使用 $pymatgen 分析这个材料的组成或晶体结构。"
+interface:
+  display_name: "pymatgen 材料分析"
+  short_description: "通过 Delta CLI 解析材料组成、晶体结构和空间群"
+  default_prompt: "使用 $pymatgen 分析这个材料的组成或晶体结构。"

package/skills/pymatgen/references/endpoints.md

@@ -1,68 +1,68 @@
-# pymatgen Endpoint Reference
-
-All paths are relative to `http://111.2.199.31:52317/api/v1`.
-
-## Health
-
-`GET /chem/pymatgen/health`
-
-## Composition Parse
-
-`POST /chem/pymatgen/composition/parse`
-
-```json
-{"formula": "LiFePO4", "format": "formula"}
-```
-
-Key response fields in `data`: `valid`, `formula`, `reduced_formula`,
-`alphabetic_formula`, `anonymous_formula`, `chemical_system`,
-`number_of_atoms`, `weight`, `element_amounts`, `atomic_fractions`,
-`weight_fractions`, `error`.
-
-## Structure Parse / Summary
-
-`POST /chem/pymatgen/structure/parse`
-
-`POST /chem/pymatgen/structure/summary`
-
-```json
-{"input": "<CIF text>", "format": "cif", "primitive": false}
-```
-
-Input formats: `cif`, `poscar`, `json`, `cssr`, `xsf`.
-
-Summary fields include `formula`, `reduced_formula`, `chemical_system`,
-`nsites`, `nelements`, `density`, `volume`, `lattice`, `element_amounts`, and
-`species`.
-
-## Structure Convert
-
-`POST /chem/pymatgen/structure/convert`
-
-```json
-{
-  "input": "<CIF text>",
-  "input_format": "cif",
-  "output_format": "poscar",
-  "primitive": false
-}
-```
-
-Output formats: `cif`, `poscar`, `json`, `cssr`, `xsf`.
-
-## Symmetry
-
-`POST /chem/pymatgen/structure/symmetry`
-
-```json
-{
-  "input": "<CIF text>",
-  "format": "cif",
-  "primitive": false,
-  "symprec": 0.01,
-  "angle_tolerance": 5.0
-}
-```
-
+# pymatgen Endpoint Reference
+
+All paths are relative to `http://111.2.199.31:52317/api/v1`.
+
+## Health
+
+`GET /chem/pymatgen/health`
+
+## Composition Parse
+
+`POST /chem/pymatgen/composition/parse`
+
+```json
+{"formula": "LiFePO4", "format": "formula"}
+```
+
+Key response fields in `data`: `valid`, `formula`, `reduced_formula`,
+`alphabetic_formula`, `anonymous_formula`, `chemical_system`,
+`number_of_atoms`, `weight`, `element_amounts`, `atomic_fractions`,
+`weight_fractions`, `error`.
+
+## Structure Parse / Summary
+
+`POST /chem/pymatgen/structure/parse`
+
+`POST /chem/pymatgen/structure/summary`
+
+```json
+{"input": "<CIF text>", "format": "cif", "primitive": false}
+```
+
+Input formats: `cif`, `poscar`, `json`, `cssr`, `xsf`.
+
+Summary fields include `formula`, `reduced_formula`, `chemical_system`,
+`nsites`, `nelements`, `density`, `volume`, `lattice`, `element_amounts`, and
+`species`.
+
+## Structure Convert
+
+`POST /chem/pymatgen/structure/convert`
+
+```json
+{
+  "input": "<CIF text>",
+  "input_format": "cif",
+  "output_format": "poscar",
+  "primitive": false
+}
+```
+
+Output formats: `cif`, `poscar`, `json`, `cssr`, `xsf`.
+
+## Symmetry
+
+`POST /chem/pymatgen/structure/symmetry`
+
+```json
+{
+  "input": "<CIF text>",
+  "format": "cif",
+  "primitive": false,
+  "symprec": 0.01,
+  "angle_tolerance": 5.0
+}
+```
+
 Returns `space_group_symbol`, `space_group_number`, `crystal_system`,
 `point_group_symbol`, `hall`, and `nsites`.