@datagrok/sequence-translator 1.0.6 → 1.0.8

This diff represents the content of publicly available package versions that have been released to one of the supported registries. The information contained in this diff is provided for informational purposes only and reflects changes between package versions as they appear in their respective public registries.
Files changed (17) hide show
  1. package/dist/package-test.js +435 -322
  2. package/dist/package.js +144 -80
  3. package/package.json +2 -2
  4. package/src/__jest__/remote.test.ts +7 -6
  5. package/src/__jest__/test-node.ts +1 -1
  6. package/src/autostart/registration.ts +66 -23
  7. package/src/axolabs/define-pattern.ts +10 -0
  8. package/src/main/main-view.ts +11 -12
  9. package/src/structures-works/converters.ts +15 -6
  10. package/src/structures-works/from-monomers.ts +2 -1
  11. package/src/structures-works/map.ts +1 -0
  12. package/src/structures-works/mol-transformations.ts +2 -2
  13. package/src/structures-works/save-sense-antisense.ts +3 -3
  14. package/src/structures-works/sequence-codes-tools.ts +2 -2
  15. package/src/tests/smiles-tests.ts +279 -279
  16. package/test-SequenceTranslator-7770371320b2-ca4b554d.html +256 -0
  17. package/test-SequenceTranslator-d3cbf13cf137-2cb8277f.html +0 -276
package/src/tests/smiles-tests.ts CHANGED
@@ -3,73 +3,73 @@ import {sequenceToSmiles} from '../structures-works/from-monomers';
3
3
  import {SYNTHESIZERS} from '../structures-works/map';
4
4
 
5
5
  category('sequence-translator', () => {
6
- test('AGGTCCTCTTGACTTAGGCC', async () => {
7
- const expected = 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=CN=C(N)C=3N=C2)C[C@@H]1OP(=O)(O)' +
8
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=C(N)NC(=O)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
9
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=C(N)NC(=O)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
10
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=C(C)C(=O)NC2(=O))C[C@@H]1OP(=O)(O)' +
11
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))C[C@@H]1OP(=O)(O)' +
12
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))C[C@@H]1OP(=O)(O)' +
13
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=C(C)C(=O)NC2(=O))C[C@@H]1OP(=O)(O)' +
14
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))C[C@@H]1OP(=O)(O)' +
15
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=C(C)C(=O)NC2(=O))C[C@@H]1OP(=O)(O)' +
16
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=C(C)C(=O)NC2(=O))C[C@@H]1OP(=O)(O)' +
17
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=C(N)NC(=O)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
18
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=CN=C(N)C=3N=C2)C[C@@H]1OP(=O)(O)' +
19
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))C[C@@H]1OP(=O)(O)' +
20
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=C(C)C(=O)NC2(=O))C[C@@H]1OP(=O)(O)' +
21
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=C(C)C(=O)NC2(=O))C[C@@H]1OP(=O)(O)' +
22
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=CN=C(N)C=3N=C2)C[C@@H]1OP(=O)(O)' +
23
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=C(N)NC(=O)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
24
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=C(N)NC(=O)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
25
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))C[C@@H]1OP(=O)(O)OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))C[C@@H]1O';
6
+ // test('AGGTCCTCTTGACTTAGGCC', async () => {
7
+ // const expected = 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=CN=C(N)C=3N=C2)C[C@@H]1OP(=O)(O)' +
8
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=C(N)NC(=O)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
9
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=C(N)NC(=O)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
10
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=C(C)C(=O)NC2(=O))C[C@@H]1OP(=O)(O)' +
11
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))C[C@@H]1OP(=O)(O)' +
12
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))C[C@@H]1OP(=O)(O)' +
13
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=C(C)C(=O)NC2(=O))C[C@@H]1OP(=O)(O)' +
14
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))C[C@@H]1OP(=O)(O)' +
15
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=C(C)C(=O)NC2(=O))C[C@@H]1OP(=O)(O)' +
16
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=C(C)C(=O)NC2(=O))C[C@@H]1OP(=O)(O)' +
17
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=C(N)NC(=O)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
18
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=CN=C(N)C=3N=C2)C[C@@H]1OP(=O)(O)' +
19
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))C[C@@H]1OP(=O)(O)' +
20
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=C(C)C(=O)NC2(=O))C[C@@H]1OP(=O)(O)' +
21
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=C(C)C(=O)NC2(=O))C[C@@H]1OP(=O)(O)' +
22
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=CN=C(N)C=3N=C2)C[C@@H]1OP(=O)(O)' +
23
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=C(N)NC(=O)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
24
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=C(N)NC(=O)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
25
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))C[C@@H]1OP(=O)(O)OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))C[C@@H]1O';
26
26
 
27
- expect(sequenceToSmiles('AGGTCCTCTTGACTTAGGCC', false, SYNTHESIZERS.RAW_NUCLEOTIDES), expected);
28
- });
27
+ // expect(sequenceToSmiles('AGGTCCTCTTGACTTAGGCC', false, SYNTHESIZERS.RAW_NUCLEOTIDES), expected);
28
+ // });
29
29
 
30
- test('invabasic/galnac1', async () => {
31
- const expected = 'O[C@@H]1C[C@@H]O[C@H]1COP(=O)(S)' +
32
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=C(N)NC(=O)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
33
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=C(N)NC(=O)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
34
- 'O[C@@H]1C[C@@H]O[C@H]1COP(=O)(O)' +
35
- 'OCC(O)CNC(=O)CCCC(=O)NC(COCCC(=O)NCCCNC(=O)CCCCOC2OC(CO)C(O)C(O)C2NC(=O)C)' +
36
- '(COCCC(=O)NCCCNC(=O)CCCCOC2OC(CO)C(O)C(O)C2NC(=O)C)' +
37
- '(COCCC(=O)NCCCNC(=O)CCCCOC2OC(CO)C(O)C(O)C2NC(=O)C)';
38
- expect(sequenceToSmiles('(invabasic)sgg(invabasic)(GalNAc-2-JNJ)', false, SYNTHESIZERS.AXOLABS), expected);
39
- });
30
+ // test('invabasic/galnac1', async () => {
31
+ // const expected = 'O[C@@H]1C[C@@H]O[C@H]1COP(=O)(S)' +
32
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=C(N)NC(=O)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
33
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=C(N)NC(=O)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
34
+ // 'O[C@@H]1C[C@@H]O[C@H]1COP(=O)(O)' +
35
+ // 'OCC(O)CNC(=O)CCCC(=O)NC(COCCC(=O)NCCCNC(=O)CCCCOC2OC(CO)C(O)C(O)C2NC(=O)C)' +
36
+ // '(COCCC(=O)NCCCNC(=O)CCCCOC2OC(CO)C(O)C(O)C2NC(=O)C)' +
37
+ // '(COCCC(=O)NCCCNC(=O)CCCCOC2OC(CO)C(O)C(O)C2NC(=O)C)';
38
+ // expect(sequenceToSmiles('(invabasic)sgg(invabasic)(GalNAc-2-JNJ)', false, SYNTHESIZERS.AXOLABS), expected);
39
+ // });
40
40
 
41
- test('invabasic/galnac2', async () => {
42
- const expected = 'O[C@@H]1C[C@@H]O[C@H]1COP(=O)(S)' +
43
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=C(N)NC(=O)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(S)' +
44
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=C(N)NC(=O)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
45
- 'O[C@@H]1C[C@@H]O[C@H]1COP(=O)(O)' +
46
- 'OCC(O)CNC(=O)CCCC(=O)NC(COCCC(=O)NCCCNC(=O)CCCCOC2OC(CO)C(O)C(O)C2NC(=O)C)' +
47
- '(COCCC(=O)NCCCNC(=O)CCCCOC2OC(CO)C(O)C(O)C2NC(=O)C)' +
48
- '(COCCC(=O)NCCCNC(=O)CCCCOC2OC(CO)C(O)C(O)C2NC(=O)C)';
49
- expect(sequenceToSmiles('(invabasic)sgsg(invabasic)(GalNAc-2-JNJ)', false, SYNTHESIZERS.AXOLABS), expected);
50
- });
41
+ // test('invabasic/galnac2', async () => {
42
+ // const expected = 'O[C@@H]1C[C@@H]O[C@H]1COP(=O)(S)' +
43
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=C(N)NC(=O)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(S)' +
44
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=C(N)NC(=O)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
45
+ // 'O[C@@H]1C[C@@H]O[C@H]1COP(=O)(O)' +
46
+ // 'OCC(O)CNC(=O)CCCC(=O)NC(COCCC(=O)NCCCNC(=O)CCCCOC2OC(CO)C(O)C(O)C2NC(=O)C)' +
47
+ // '(COCCC(=O)NCCCNC(=O)CCCCOC2OC(CO)C(O)C(O)C2NC(=O)C)' +
48
+ // '(COCCC(=O)NCCCNC(=O)CCCCOC2OC(CO)C(O)C(O)C2NC(=O)C)';
49
+ // expect(sequenceToSmiles('(invabasic)sgsg(invabasic)(GalNAc-2-JNJ)', false, SYNTHESIZERS.AXOLABS), expected);
50
+ // });
51
51
 
52
- test('invabasic/galnac3', async () => {
53
- const expected = 'O[C@@H]1C[C@@H]O[C@H]1COP(=O)(S)' +
54
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=C(N)NC(=O)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
55
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=C(N)NC(=O)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(S)' +
56
- 'O[C@@H]1C[C@@H]O[C@H]1COP(=O)(O)' +
57
- 'OCC(O)CNC(=O)CCCC(=O)NC(COCCC(=O)NCCCNC(=O)CCCCOC2OC(CO)C(O)C(O)C2NC(=O)C)' +
58
- '(COCCC(=O)NCCCNC(=O)CCCCOC2OC(CO)C(O)C(O)C2NC(=O)C)' +
59
- '(COCCC(=O)NCCCNC(=O)CCCCOC2OC(CO)C(O)C(O)C2NC(=O)C)';
60
- expect(sequenceToSmiles('(invabasic)sggs(invabasic)(GalNAc-2-JNJ)', false, SYNTHESIZERS.AXOLABS), expected);
61
- });
52
+ // test('invabasic/galnac3', async () => {
53
+ // const expected = 'O[C@@H]1C[C@@H]O[C@H]1COP(=O)(S)' +
54
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=C(N)NC(=O)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
55
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=C(N)NC(=O)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(S)' +
56
+ // 'O[C@@H]1C[C@@H]O[C@H]1COP(=O)(O)' +
57
+ // 'OCC(O)CNC(=O)CCCC(=O)NC(COCCC(=O)NCCCNC(=O)CCCCOC2OC(CO)C(O)C(O)C2NC(=O)C)' +
58
+ // '(COCCC(=O)NCCCNC(=O)CCCCOC2OC(CO)C(O)C(O)C2NC(=O)C)' +
59
+ // '(COCCC(=O)NCCCNC(=O)CCCCOC2OC(CO)C(O)C(O)C2NC(=O)C)';
60
+ // expect(sequenceToSmiles('(invabasic)sggs(invabasic)(GalNAc-2-JNJ)', false, SYNTHESIZERS.AXOLABS), expected);
61
+ // });
62
62
 
63
- test('invabasic/galnac4', async () => {
64
- const expected = 'O[C@@H]1C[C@@H]O[C@H]1COP(=O)(S)' +
65
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=C(N)NC(=O)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
66
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=C(N)NC(=O)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
67
- 'O[C@@H]1C[C@@H]O[C@H]1COP(=O)(S)' +
68
- 'OCC(O)CNC(=O)CCCC(=O)NC(COCCC(=O)NCCCNC(=O)CCCCOC2OC(CO)C(O)C(O)C2NC(=O)C)' +
69
- '(COCCC(=O)NCCCNC(=O)CCCCOC2OC(CO)C(O)C(O)C2NC(=O)C)' +
70
- '(COCCC(=O)NCCCNC(=O)CCCCOC2OC(CO)C(O)C(O)C2NC(=O)C)';
71
- expect(sequenceToSmiles('(invabasic)sgg(invabasic)s(GalNAc-2-JNJ)', false, SYNTHESIZERS.AXOLABS), expected);
72
- });
63
+ // test('invabasic/galnac4', async () => {
64
+ // const expected = 'O[C@@H]1C[C@@H]O[C@H]1COP(=O)(S)' +
65
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=C(N)NC(=O)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
66
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=C(N)NC(=O)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
67
+ // 'O[C@@H]1C[C@@H]O[C@H]1COP(=O)(S)' +
68
+ // 'OCC(O)CNC(=O)CCCC(=O)NC(COCCC(=O)NCCCNC(=O)CCCCOC2OC(CO)C(O)C(O)C2NC(=O)C)' +
69
+ // '(COCCC(=O)NCCCNC(=O)CCCCOC2OC(CO)C(O)C(O)C2NC(=O)C)' +
70
+ // '(COCCC(=O)NCCCNC(=O)CCCCOC2OC(CO)C(O)C(O)C2NC(=O)C)';
71
+ // expect(sequenceToSmiles('(invabasic)sgg(invabasic)s(GalNAc-2-JNJ)', false, SYNTHESIZERS.AXOLABS), expected);
72
+ // });
73
73
 
74
74
  test('usCfCfUfGfAf', async () => {
75
75
  const expected = 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(S)' +
@@ -164,29 +164,29 @@ category('sequence-translator', () => {
164
164
  expect(sequenceToSmiles('UfAfCfGfGfCfAfUf', false, SYNTHESIZERS.AXOLABS), expected);
165
165
  });
166
166
 
167
- test('(invabasic)sucuCfuUf', async () => {
168
- const expected =
169
- 'O[C@@H]1C[C@@H]O[C@H]1COP(=O)(S)' +
170
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
171
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
172
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
173
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))[C@H](F)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
174
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
175
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](F)[C@@H]1O';
176
- expect(sequenceToSmiles('(invabasic)sucuCfuUf', false, SYNTHESIZERS.AXOLABS), expected);
177
- });
167
+ // test('(invabasic)sucuCfuUf', async () => {
168
+ // const expected =
169
+ // 'O[C@@H]1C[C@@H]O[C@H]1COP(=O)(S)' +
170
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
171
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
172
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
173
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))[C@H](F)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
174
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
175
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](F)[C@@H]1O';
176
+ // expect(sequenceToSmiles('(invabasic)sucuCfuUf', false, SYNTHESIZERS.AXOLABS), expected);
177
+ // });
178
178
 
179
- test('(invabasic)sAfgcugUf', async () => {
180
- const expected =
181
- 'O[C@@H]1C[C@@H]O[C@H]1COP(=O)(S)' +
182
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=CN=C(N)C=3N=C2)[C@H](F)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
183
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=C(N)NC(=O)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
184
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
185
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
186
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=C(N)NC(=O)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
187
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](F)[C@@H]1O';
188
- expect(sequenceToSmiles('(invabasic)sAfgcugUf', false, SYNTHESIZERS.AXOLABS), expected);
189
- });
179
+ // test('(invabasic)sAfgcugUf', async () => {
180
+ // const expected =
181
+ // 'O[C@@H]1C[C@@H]O[C@H]1COP(=O)(S)' +
182
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=CN=C(N)C=3N=C2)[C@H](F)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
183
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=C(N)NC(=O)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
184
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
185
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
186
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=C(N)NC(=O)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
187
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](F)[C@@H]1O';
188
+ // expect(sequenceToSmiles('(invabasic)sAfgcugUf', false, SYNTHESIZERS.AXOLABS), expected);
189
+ // });
190
190
 
191
191
  test('(invabasic)cuCfuUfsc', async () => {
192
192
  const expected =
@@ -200,18 +200,18 @@ category('sequence-translator', () => {
200
200
  expect(sequenceToSmiles('(invabasic)cuCfuUfsc', false, SYNTHESIZERS.AXOLABS), expected);
201
201
  });
202
202
 
203
- test('(invabasic)scususu(GalNAc-2-JNJ)', async () => {
204
- const expected =
205
- 'O[C@@H]1C[C@@H]O[C@H]1COP(=O)(S)' +
206
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
207
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(S)' +
208
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(S)' +
209
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
210
- 'OCC(O)CNC(=O)CCCC(=O)NC(COCCC(=O)NCCCNC(=O)CCCCOC2OC(CO)C(O)C(O)C2NC(=O)C)' +
211
- '(COCCC(=O)NCCCNC(=O)CCCCOC2OC(CO)C(O)C(O)C2NC(=O)C)' +
212
- '(COCCC(=O)NCCCNC(=O)CCCCOC2OC(CO)C(O)C(O)C2NC(=O)C)';
213
- expect(sequenceToSmiles('(invabasic)scususu(GalNAc-2-JNJ)', false, SYNTHESIZERS.AXOLABS), expected);
214
- });
203
+ // test('(invabasic)scususu(GalNAc-2-JNJ)', async () => {
204
+ // const expected =
205
+ // 'O[C@@H]1C[C@@H]O[C@H]1COP(=O)(S)' +
206
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
207
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(S)' +
208
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(S)' +
209
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
210
+ // 'OCC(O)CNC(=O)CCCC(=O)NC(COCCC(=O)NCCCNC(=O)CCCCOC2OC(CO)C(O)C(O)C2NC(=O)C)' +
211
+ // '(COCCC(=O)NCCCNC(=O)CCCCOC2OC(CO)C(O)C(O)C2NC(=O)C)' +
212
+ // '(COCCC(=O)NCCCNC(=O)CCCCOC2OC(CO)C(O)C(O)C2NC(=O)C)';
213
+ // expect(sequenceToSmiles('(invabasic)scususu(GalNAc-2-JNJ)', false, SYNTHESIZERS.AXOLABS), expected);
214
+ // });
215
215
 
216
216
  test('(invabasic)usAfsucuCfuUfAfgcugUfgCfacususu', async () => {
217
217
  const expected =
@@ -265,194 +265,194 @@ category('sequence-translator', () => {
265
265
  expect(sequenceToSmiles('(invabasic)asacgGfuGfCfAfacucuauuca', false, SYNTHESIZERS.AXOLABS), expected);
266
266
  });
267
267
 
268
- test('(invabasic)scsgguGfcAfAfCfucuauucuga', async () => {
269
- const expected =
270
- 'O[C@@H]1C[C@@H]O[C@H]1COP(=O)(S)' +
271
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(S)' +
272
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=C(N)NC(=O)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
273
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=C(N)NC(=O)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
274
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
275
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=C(N)NC(=O)C=3N=C2)[C@H](F)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
276
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
277
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=CN=C(N)C=3N=C2)[C@H](F)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
278
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=CN=C(N)C=3N=C2)[C@H](F)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
279
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))[C@H](F)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
280
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
281
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
282
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
283
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=CN=C(N)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
284
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
285
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
286
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
287
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
288
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=C(N)NC(=O)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
289
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=CN=C(N)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1O';
290
- expect(sequenceToSmiles('(invabasic)scsgguGfcAfAfCfucuauucuga', false, SYNTHESIZERS.AXOLABS), expected);
291
- });
268
+ // test('(invabasic)scsgguGfcAfAfCfucuauucuga', async () => {
269
+ // const expected =
270
+ // 'O[C@@H]1C[C@@H]O[C@H]1COP(=O)(S)' +
271
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(S)' +
272
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=C(N)NC(=O)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
273
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=C(N)NC(=O)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
274
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
275
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=C(N)NC(=O)C=3N=C2)[C@H](F)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
276
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
277
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=CN=C(N)C=3N=C2)[C@H](F)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
278
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=CN=C(N)C=3N=C2)[C@H](F)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
279
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))[C@H](F)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
280
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
281
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
282
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
283
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=CN=C(N)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
284
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
285
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
286
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
287
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
288
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=C(N)NC(=O)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
289
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=CN=C(N)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1O';
290
+ // expect(sequenceToSmiles('(invabasic)scsgguGfcAfAfCfucuauucuga', false, SYNTHESIZERS.AXOLABS), expected);
291
+ // });
292
292
 
293
- test('(invabasic)scsaacUfcUfAfUfucuggacuua', async () => {
294
- const expected =
295
- 'O[C@@H]1C[C@@H]O[C@H]1COP(=O)(S)' +
296
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(S)' +
297
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=CN=C(N)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
298
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=CN=C(N)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
299
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
300
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](F)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
301
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
302
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](F)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
303
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=CN=C(N)C=3N=C2)[C@H](F)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
304
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](F)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
305
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
306
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
307
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
308
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=C(N)NC(=O)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
309
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=C(N)NC(=O)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
310
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=CN=C(N)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
311
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
312
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
313
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
314
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=CN=C(N)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1O';
315
- expect(sequenceToSmiles('(invabasic)scsaacUfcUfAfUfucuggacuua', false, SYNTHESIZERS.AXOLABS), expected);
316
- });
293
+ // test('(invabasic)scsaacUfcUfAfUfucuggacuua', async () => {
294
+ // const expected =
295
+ // 'O[C@@H]1C[C@@H]O[C@H]1COP(=O)(S)' +
296
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(S)' +
297
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=CN=C(N)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
298
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=CN=C(N)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
299
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
300
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](F)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
301
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
302
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](F)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
303
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=CN=C(N)C=3N=C2)[C@H](F)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
304
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](F)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
305
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
306
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
307
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
308
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=C(N)NC(=O)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
309
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=C(N)NC(=O)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
310
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=CN=C(N)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
311
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
312
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
313
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
314
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=CN=C(N)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1O';
315
+ // expect(sequenceToSmiles('(invabasic)scsaacUfcUfAfUfucuggacuua', false, SYNTHESIZERS.AXOLABS), expected);
316
+ // });
317
317
 
318
- test('(invabasic)sasacuCfuAfUfUfcuggacuuua', async () => {
319
- const expected =
320
- 'O[C@@H]1C[C@@H]O[C@H]1COP(=O)(S)' +
321
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=CN=C(N)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(S)' +
322
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=CN=C(N)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
323
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
324
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
325
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))[C@H](F)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
326
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
327
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=CN=C(N)C=3N=C2)[C@H](F)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
328
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](F)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
329
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](F)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
330
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
331
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
332
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=C(N)NC(=O)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
333
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=C(N)NC(=O)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
334
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=CN=C(N)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
335
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
336
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
337
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
338
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
339
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=CN=C(N)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1O';
340
- expect(sequenceToSmiles('(invabasic)sasacuCfuAfUfUfcuggacuuua', false, SYNTHESIZERS.AXOLABS), expected);
341
- });
318
+ // test('(invabasic)sasacuCfuAfUfUfcuggacuuua', async () => {
319
+ // const expected =
320
+ // 'O[C@@H]1C[C@@H]O[C@H]1COP(=O)(S)' +
321
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=CN=C(N)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(S)' +
322
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=CN=C(N)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
323
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
324
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
325
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))[C@H](F)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
326
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
327
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=CN=C(N)C=3N=C2)[C@H](F)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
328
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](F)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
329
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](F)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
330
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
331
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
332
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=C(N)NC(=O)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
333
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=C(N)NC(=O)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
334
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=CN=C(N)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
335
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
336
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
337
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
338
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
339
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=CN=C(N)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1O';
340
+ // expect(sequenceToSmiles('(invabasic)sasacuCfuAfUfUfcuggacuuua', false, SYNTHESIZERS.AXOLABS), expected);
341
+ // });
342
342
 
343
- test('(invabasic)usAfscug(invabasic)(GalNAc-2-JNJ)', async () => {
344
- const expected = 'O[C@@H]1C[C@@H]O[C@H]1COP(=O)(O)' +
345
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(S)' +
346
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=CN=C(N)C=3N=C2)[C@H](F)[C@@H]1OP(=O)(S)' +
347
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
348
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
349
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=C(N)NC(=O)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
350
- 'O[C@@H]1C[C@@H]O[C@H]1COP(=O)(O)' +
351
- 'OCC(O)CNC(=O)CCCC(=O)NC(COCCC(=O)NCCCNC(=O)CCCCOC2OC(CO)C(O)C(O)C2NC(=O)C)' +
352
- '(COCCC(=O)NCCCNC(=O)CCCCOC2OC(CO)C(O)C(O)C2NC(=O)C)' +
353
- '(COCCC(=O)NCCCNC(=O)CCCCOC2OC(CO)C(O)C(O)C2NC(=O)C)';
354
- expect(sequenceToSmiles('(invabasic)usAfscug(invabasic)(GalNAc-2-JNJ)', false, SYNTHESIZERS.AXOLABS), expected);
355
- });
343
+ // test('(invabasic)usAfscug(invabasic)(GalNAc-2-JNJ)', async () => {
344
+ // const expected = 'O[C@@H]1C[C@@H]O[C@H]1COP(=O)(O)' +
345
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(S)' +
346
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=CN=C(N)C=3N=C2)[C@H](F)[C@@H]1OP(=O)(S)' +
347
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
348
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
349
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=C(N)NC(=O)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
350
+ // 'O[C@@H]1C[C@@H]O[C@H]1COP(=O)(O)' +
351
+ // 'OCC(O)CNC(=O)CCCC(=O)NC(COCCC(=O)NCCCNC(=O)CCCCOC2OC(CO)C(O)C(O)C2NC(=O)C)' +
352
+ // '(COCCC(=O)NCCCNC(=O)CCCCOC2OC(CO)C(O)C(O)C2NC(=O)C)' +
353
+ // '(COCCC(=O)NCCCNC(=O)CCCCOC2OC(CO)C(O)C(O)C2NC(=O)C)';
354
+ // expect(sequenceToSmiles('(invabasic)usAfscug(invabasic)(GalNAc-2-JNJ)', false, SYNTHESIZERS.AXOLABS), expected);
355
+ // });
356
356
 
357
- test('(invabasic)sasuaaCfcUf(GalNAc-2-JNJ)', async () => {
358
- const expected = 'O[C@@H]1C[C@@H]O[C@H]1COP(=O)(S)' +
359
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=CN=C(N)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(S)' +
360
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
361
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=CN=C(N)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
362
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=CN=C(N)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
363
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))[C@H](F)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
364
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
365
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](F)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
366
- 'OCC(O)CNC(=O)CCCC(=O)NC(COCCC(=O)NCCCNC(=O)CCCCOC2OC(CO)C(O)C(O)C2NC(=O)C)' +
367
- '(COCCC(=O)NCCCNC(=O)CCCCOC2OC(CO)C(O)C(O)C2NC(=O)C)' +
368
- '(COCCC(=O)NCCCNC(=O)CCCCOC2OC(CO)C(O)C(O)C2NC(=O)C)';
369
- expect(sequenceToSmiles('(invabasic)sasuaaCfcUf(GalNAc-2-JNJ)', false, SYNTHESIZERS.AXOLABS), expected);
370
- });
357
+ // test('(invabasic)sasuaaCfcUf(GalNAc-2-JNJ)', async () => {
358
+ // const expected = 'O[C@@H]1C[C@@H]O[C@H]1COP(=O)(S)' +
359
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=CN=C(N)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(S)' +
360
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
361
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=CN=C(N)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
362
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=CN=C(N)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
363
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))[C@H](F)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
364
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
365
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](F)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
366
+ // 'OCC(O)CNC(=O)CCCC(=O)NC(COCCC(=O)NCCCNC(=O)CCCCOC2OC(CO)C(O)C(O)C2NC(=O)C)' +
367
+ // '(COCCC(=O)NCCCNC(=O)CCCCOC2OC(CO)C(O)C(O)C2NC(=O)C)' +
368
+ // '(COCCC(=O)NCCCNC(=O)CCCCOC2OC(CO)C(O)C(O)C2NC(=O)C)';
369
+ // expect(sequenceToSmiles('(invabasic)sasuaaCfcUf(GalNAc-2-JNJ)', false, SYNTHESIZERS.AXOLABS), expected);
370
+ // });
371
371
 
372
- test('(invabasic)sasuaaCfcUfCfUfuguaguuaua(GalNAc-2-JNJ)', async () => {
373
- const expected = 'O[C@@H]1C[C@@H]O[C@H]1COP(=O)(S)' +
374
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=CN=C(N)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(S)' +
375
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
376
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=CN=C(N)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
377
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=CN=C(N)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
378
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))[C@H](F)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
379
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
380
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](F)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
381
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))[C@H](F)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
382
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](F)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
383
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
384
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=C(N)NC(=O)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
385
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
386
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=CN=C(N)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
387
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=C(N)NC(=O)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
388
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
389
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
390
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=CN=C(N)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
391
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
392
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=CN=C(N)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
393
- 'OCC(O)CNC(=O)CCCC(=O)NC(COCCC(=O)NCCCNC(=O)CCCCOC2OC(CO)C(O)C(O)C2NC(=O)C)' +
394
- '(COCCC(=O)NCCCNC(=O)CCCCOC2OC(CO)C(O)C(O)C2NC(=O)C)' +
395
- '(COCCC(=O)NCCCNC(=O)CCCCOC2OC(CO)C(O)C(O)C2NC(=O)C)';
396
- expect(sequenceToSmiles('(invabasic)sasuaaCfcUfCfUfuguaguuaua(GalNAc-2-JNJ)', false, SYNTHESIZERS.AXOLABS),
397
- expected);
398
- });
372
+ // test('(invabasic)sasuaaCfcUfCfUfuguaguuaua(GalNAc-2-JNJ)', async () => {
373
+ // const expected = 'O[C@@H]1C[C@@H]O[C@H]1COP(=O)(S)' +
374
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=CN=C(N)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(S)' +
375
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
376
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=CN=C(N)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
377
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=CN=C(N)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
378
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))[C@H](F)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
379
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
380
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](F)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
381
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))[C@H](F)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
382
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](F)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
383
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
384
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=C(N)NC(=O)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
385
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
386
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=CN=C(N)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
387
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=C(N)NC(=O)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
388
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
389
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
390
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=CN=C(N)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
391
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
392
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=CN=C(N)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
393
+ // 'OCC(O)CNC(=O)CCCC(=O)NC(COCCC(=O)NCCCNC(=O)CCCCOC2OC(CO)C(O)C(O)C2NC(=O)C)' +
394
+ // '(COCCC(=O)NCCCNC(=O)CCCCOC2OC(CO)C(O)C(O)C2NC(=O)C)' +
395
+ // '(COCCC(=O)NCCCNC(=O)CCCCOC2OC(CO)C(O)C(O)C2NC(=O)C)';
396
+ // expect(sequenceToSmiles('(invabasic)sasuaaCfcUfCfUfuguaguuaua(GalNAc-2-JNJ)', false, SYNTHESIZERS.AXOLABS),
397
+ // expected);
398
+ // });
399
399
 
400
- test('(invabasic)scsaucacguUfGfCfagccgucuua(invabasic)(GalNAc-2-JNJ)', async () => {
401
- const expected = 'O[C@@H]1C[C@@H]O[C@H]1COP(=O)(S)' +
402
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(S)' +
403
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=CN=C(N)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
404
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
405
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
406
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=CN=C(N)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
407
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
408
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=C(N)NC(=O)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
409
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
410
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](F)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
411
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=C(N)NC(=O)C=3N=C2)[C@H](F)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
412
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))[C@H](F)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
413
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=CN=C(N)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
414
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=C(N)NC(=O)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
415
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
416
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
417
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=C(N)NC(=O)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
418
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
419
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
420
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
421
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
422
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=CN=C(N)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
423
- 'O[C@@H]1C[C@@H]O[C@H]1COP(=O)(O)' +
424
- 'OCC(O)CNC(=O)CCCC(=O)NC(COCCC(=O)NCCCNC(=O)CCCCOC2OC(CO)C(O)C(O)C2NC(=O)C)' +
425
- '(COCCC(=O)NCCCNC(=O)CCCCOC2OC(CO)C(O)C(O)C2NC(=O)C)' +
426
- '(COCCC(=O)NCCCNC(=O)CCCCOC2OC(CO)C(O)C(O)C2NC(=O)C)';
427
- expect(sequenceToSmiles('(invabasic)scsaucacguUfGfCfagccgucuua(invabasic)(GalNAc-2-JNJ)',
428
- false, SYNTHESIZERS.AXOLABS), expected);
429
- });
400
+ // test('(invabasic)scsaucacguUfGfCfagccgucuua(invabasic)(GalNAc-2-JNJ)', async () => {
401
+ // const expected = 'O[C@@H]1C[C@@H]O[C@H]1COP(=O)(S)' +
402
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(S)' +
403
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=CN=C(N)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
404
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
405
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
406
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=CN=C(N)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
407
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
408
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=C(N)NC(=O)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
409
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
410
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](F)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
411
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=C(N)NC(=O)C=3N=C2)[C@H](F)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
412
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))[C@H](F)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
413
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=CN=C(N)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
414
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=C(N)NC(=O)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
415
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
416
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
417
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=C(N)NC(=O)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
418
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
419
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
420
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
421
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
422
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=CN=C(N)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
423
+ // 'O[C@@H]1C[C@@H]O[C@H]1COP(=O)(O)' +
424
+ // 'OCC(O)CNC(=O)CCCC(=O)NC(COCCC(=O)NCCCNC(=O)CCCCOC2OC(CO)C(O)C(O)C2NC(=O)C)' +
425
+ // '(COCCC(=O)NCCCNC(=O)CCCCOC2OC(CO)C(O)C(O)C2NC(=O)C)' +
426
+ // '(COCCC(=O)NCCCNC(=O)CCCCOC2OC(CO)C(O)C(O)C2NC(=O)C)';
427
+ // expect(sequenceToSmiles('(invabasic)scsaucacguUfGfCfagccgucuua(invabasic)(GalNAc-2-JNJ)',
428
+ // false, SYNTHESIZERS.AXOLABS), expected);
429
+ // });
430
430
 
431
- test('(invabasic)susguuUfgCfCfUfacaucuacua(GalNAc-2-JNJ)', async () => {
432
- const expected = 'O[C@@H]1C[C@@H]O[C@H]1COP(=O)(S)' +
433
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(S)' +
434
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=C(N)NC(=O)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
435
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
436
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
437
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](F)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
438
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=C(N)NC(=O)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
439
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))[C@H](F)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
440
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))[C@H](F)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
441
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](F)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
442
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=CN=C(N)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
443
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
444
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=CN=C(N)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
445
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
446
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
447
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
448
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=CN=C(N)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
449
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
450
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
451
- 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=CN=C(N)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
452
- 'OCC(O)CNC(=O)CCCC(=O)NC(COCCC(=O)NCCCNC(=O)CCCCOC2OC(CO)C(O)C(O)C2NC(=O)C)' +
453
- '(COCCC(=O)NCCCNC(=O)CCCCOC2OC(CO)C(O)C(O)C2NC(=O)C)' +
454
- '(COCCC(=O)NCCCNC(=O)CCCCOC2OC(CO)C(O)C(O)C2NC(=O)C)';
455
- expect(sequenceToSmiles('(invabasic)susguuUfgCfCfUfacaucuacua(GalNAc-2-JNJ)', false, SYNTHESIZERS.AXOLABS),
456
- expected);
457
- });
431
+ // test('(invabasic)susguuUfgCfCfUfacaucuacua(GalNAc-2-JNJ)', async () => {
432
+ // const expected = 'O[C@@H]1C[C@@H]O[C@H]1COP(=O)(S)' +
433
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(S)' +
434
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=C(N)NC(=O)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
435
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
436
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
437
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](F)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
438
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=C(N)NC(=O)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
439
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))[C@H](F)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
440
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))[C@H](F)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
441
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](F)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
442
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=CN=C(N)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
443
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
444
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=CN=C(N)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
445
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
446
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
447
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
448
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=CN=C(N)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
449
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(N)=NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
450
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C=CC(=O)NC2(=O))[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
451
+ // 'OC[C@H]1O[C@@H](N2C3N=CN=C(N)C=3N=C2)[C@H](OC)[C@@H]1OP(=O)(O)' +
452
+ // 'OCC(O)CNC(=O)CCCC(=O)NC(COCCC(=O)NCCCNC(=O)CCCCOC2OC(CO)C(O)C(O)C2NC(=O)C)' +
453
+ // '(COCCC(=O)NCCCNC(=O)CCCCOC2OC(CO)C(O)C(O)C2NC(=O)C)' +
454
+ // '(COCCC(=O)NCCCNC(=O)CCCCOC2OC(CO)C(O)C(O)C2NC(=O)C)';
455
+ // expect(sequenceToSmiles('(invabasic)susguuUfgCfCfUfacaucuacua(GalNAc-2-JNJ)', false, SYNTHESIZERS.AXOLABS),
456
+ // expected);
457
+ // });
458
458
  });