@datagrok/sequence-translator 1.0.13 → 1.0.14

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-M  V30 BEGIN COLLECTION
-M  V30 END COLLECTION
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-
-const THIOPHOSHATE = `
-Datagrok monomer library Nucleotides
-
-  0  0  0  0  0  0              0 V3000
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-M  V30 BEGIN COLLECTION
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-
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-Datagrok monomer library Nucleotides
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-M  V30 BEGIN COLLECTION
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-M  V30 END CTAB
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-
-const GALNAC = `
-Datagrok monomer library Nucleotides                            
-
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-M  V30 35 C -15.3032 9.9267 0 0
-M  V30 36 C -16.8098 9.6065 0 0
-M  V30 37 C -17.2856 8.1421 0 0
-M  V30 38 C -16.2552 6.9975 0 0
-M  V30 39 O -14.7486 7.3178 0 0
-M  V30 40 C -16.7312 5.5329 0 0
-M  V30 41 O -18.7918 7.8218 0 0
-M  V30 42 O -17.8404 10.751 0 0
-M  V30 43 N -14.8274 11.3914 0 0
-M  V30 44 C -15.7325 12.6372 0 0
-M  V30 45 C -15.2567 14.1018 0 0
-M  V30 46 O -17.2537 12.3963 0 0
-M  V30 47 O -18.2628 5.372 0 0
-M  V30 48 O 4.9494 3.4885 0 0
-M  V30 49 C 4.521 -0.0673 0 0
-M  V30 50 C 1.9414 -0.2026 0 0
-M  V30 51 C 0.6077 0.5674 0 0
-M  V30 52 C -0.726 -0.2026 0 0
-M  V30 53 N -2.0596 0.5674 0 0
-M  V30 54 C -3.3933 -0.2026 0 0
-M  V30 55 C -4.7271 0.5674 0 0
-M  V30 56 C -6.0606 -0.2026 0 0
-M  V30 57 N -7.3943 0.5674 0 0
-M  V30 58 C -8.7281 -0.2026 0 0
-M  V30 59 C -10.0618 0.5674 0 0
-M  V30 60 C -11.3953 -0.2026 0 0
-M  V30 61 C -14.0628 -0.2026 0 0
-M  V30 62 O -15.3964 0.5674 0 0
-M  V30 63 O -0.726 -1.7426 0 0
-M  V30 64 O -8.7281 -1.7426 0 0
-M  V30 65 C -16.7301 -0.2026 0 0
-M  V30 66 C -18.0638 0.5676 0 0
-M  V30 67 C -19.3976 -0.2026 0 0
-M  V30 68 C -19.3974 -1.7426 0 0
-M  V30 69 C -18.0638 -2.5126 0 0
-M  V30 70 O -16.7301 -1.7426 0 0
-M  V30 71 C -18.064 -4.0526 0 0
-M  V30 72 O -20.7311 -2.5126 0 0
-M  V30 73 O -20.7313 0.5674 0 0
-M  V30 74 N -18.0638 2.1076 0 0
-M  V30 75 C -19.3096 3.0127 0 0
-M  V30 76 C -19.3096 4.5527 0 0
-M  V30 77 O -20.6818 2.3135 0 0
-M  V30 78 O -19.4709 -4.6791 0 0
-M  V30 79 O 3.1872 0.7027 0 0
-M  V30 80 C -12.7291 0.5674 0 0
-M  V30 81 C 3.919 -3.2277 0 0
-M  V30 82 C 2.4126 -2.9076 0 0
-M  V30 83 C 1.3822 -4.0519 0 0
-M  V30 84 N -0.1242 -3.7317 0 0
-M  V30 85 C -1.1546 -4.8762 0 0
-M  V30 86 C -2.661 -4.5561 0 0
-M  V30 87 C -3.6914 -5.7005 0 0
-M  V30 88 N -5.1978 -5.3804 0 0
-M  V30 89 C -6.2282 -6.5248 0 0
-M  V30 90 C -7.7346 -6.2045 0 0
-M  V30 91 C -8.765 -7.349 0 0
-M  V30 92 C -10.2714 -7.0288 0 0
-M  V30 93 C -11.3018 -8.1733 0 0
-M  V30 94 O -12.8082 -7.8532 0 0
-M  V30 95 O 1.858 -5.5167 0 0
-M  V30 96 O -5.7524 -7.9894 0 0
-M  V30 97 C -13.8386 -8.9976 0 0
-M  V30 98 C -15.345 -8.6773 0 0
-M  V30 99 C -16.3756 -9.8219 0 0
-M  V30 100 C -15.8996 -11.2863 0 0
-M  V30 101 C -14.3934 -11.6068 0 0
-M  V30 102 O -13.3628 -10.4622 0 0
-M  V30 103 C -13.9176 -13.0714 0 0
-M  V30 104 O -16.93 -12.4308 0 0
-M  V30 105 O -17.882 -9.5018 0 0
-M  V30 106 N -15.8208 -7.2127 0 0
-M  V30 107 C -17.2856 -6.7367 0 0
-M  V30 108 C -17.7614 -5.2721 0 0
-M  V30 109 O -18.3744 -7.8257 0 0
-M  V30 110 O -15.062 -14.1018 0 0
-M  V30 111 O 4.8241 -1.9817 0 0
-M  V30 END ATOM
-M  V30 BEGIN BOND
-M  V30 1 1 2 3
-M  V30 2 1 3 4
-M  V30 3 1 6 7
-M  V30 4 1 7 8
-M  V30 5 1 8 9
-M  V30 6 1 9 10
-M  V30 7 1 1 2
-M  V30 8 1 3 12
-M  V30 9 1 4 5
-M  V30 10 1 5 6
-M  V30 11 2 6 13
-M  V30 12 1 10 11
-M  V30 13 1 11 15
-M  V30 14 1 15 16
-M  V30 15 1 15 17
-M  V30 16 2 10 14
-M  V30 17 1 18 19
-M  V30 18 1 19 20
-M  V30 19 1 22 23
-M  V30 20 1 23 24
-M  V30 21 1 26 27
-M  V30 22 1 27 28
-M  V30 23 1 28 29
-M  V30 24 1 29 30
-M  V30 25 2 26 33
-M  V30 26 2 20 32
-M  V30 27 1 20 21
-M  V30 28 1 21 22
-M  V30 29 1 24 25
-M  V30 30 1 25 26
-M  V30 31 1 30 31
-M  V30 32 1 31 34
-M  V30 33 1 35 36
-M  V30 34 1 36 37
-M  V30 35 1 37 38
-M  V30 36 1 34 35
-M  V30 37 1 38 39
-M  V30 38 1 34 39
-M  V30 39 1 38 40
-M  V30 40 1 35 43
-M  V30 41 1 43 44
-M  V30 42 1 44 45
-M  V30 43 2 44 46
-M  V30 44 1 36 42
-M  V30 45 1 37 41
-M  V30 46 1 40 47
-M  V30 47 1 18 48
-M  V30 48 1 15 49
-M  V30 49 1 50 51
-M  V30 50 1 51 52
-M  V30 51 1 54 55
-M  V30 52 1 55 56
-M  V30 53 1 58 59
-M  V30 54 1 59 60
-M  V30 55 2 58 64
-M  V30 56 2 52 63
-M  V30 57 1 52 53
-M  V30 58 1 53 54
-M  V30 59 1 56 57
-M  V30 60 1 57 58
-M  V30 61 1 61 62
-M  V30 62 1 62 65
-M  V30 63 1 66 67
-M  V30 64 1 67 68
-M  V30 65 1 68 69
-M  V30 66 1 65 66
-M  V30 67 1 69 70
-M  V30 68 1 65 70
-M  V30 69 1 69 71
-M  V30 70 1 66 74
-M  V30 71 1 74 75
-M  V30 72 1 75 76
-M  V30 73 2 75 77
-M  V30 74 1 67 73
-M  V30 75 1 68 72
-M  V30 76 1 71 78
-M  V30 77 1 50 79
-M  V30 78 1 49 79
-M  V30 79 1 60 80
-M  V30 80 1 80 61
-M  V30 81 1 81 82
-M  V30 82 1 82 83
-M  V30 83 1 85 86
-M  V30 84 1 86 87
-M  V30 85 1 89 90
-M  V30 86 1 90 91
-M  V30 87 1 91 92
-M  V30 88 1 92 93
-M  V30 89 2 89 96
-M  V30 90 2 83 95
-M  V30 91 1 83 84
-M  V30 92 1 84 85
-M  V30 93 1 87 88
-M  V30 94 1 88 89
-M  V30 95 1 93 94
-M  V30 96 1 94 97
-M  V30 97 1 98 99
-M  V30 98 1 99 100
-M  V30 99 1 100 101
-M  V30 100 1 97 98
-M  V30 101 1 101 102
-M  V30 102 1 97 102
-M  V30 103 1 101 103
-M  V30 104 1 98 106
-M  V30 105 1 106 107
-M  V30 106 1 107 108
-M  V30 107 2 107 109
-M  V30 108 1 99 105
-M  V30 109 1 100 104
-M  V30 110 1 103 110
-M  V30 111 1 81 111
-M  V30 112 1 16 111
-M  V30 113 1 17 48
-M  V30 END BOND
-M  V30 END CTAB
-M  END`;
-
-export function getNucleotidesMol(smilesCodes: string[]) {
+export function getNucleotidesMol(codes: string[]) {
   const molBlocks: string[] = [];
 
-  for (let i = 0; i < smilesCodes.length - 1; i++) {
-    smilesCodes[i] == 'OP(=O)(O)O' ? molBlocks.push(PHOSHATE) :
-      smilesCodes[i] == 'OP(=O)(S)O' ? molBlocks.push(THIOPHOSHATE) :
-        smilesCodes[i] == 'O[C@@H]1C[C@@H]O[C@H]1CO' ? molBlocks.push(rotateNucleotidesV3000(INVABASIC)) :
-          smilesCodes[i] == 'OCC(O)CNC(=O)CCCC(=O)NC(COCCC(=O)NCCCNC(=O)CCCCOC2OC(CO)C(O)C(O)C2NC(=O)C)(COCCC(=O)NCCCNC(=O)CCCCOC2OC(CO)C(O)C(O)C2NC(=O)C)(COCCC(=O)NCCCNC(=O)CCCCOC2OC(CO)C(O)C(O)C2NC(=O)C)' ? molBlocks.push(GALNAC) :
-            smilesCodes[i] == 'C(COCCC(=O)NCCCNC(=O)CCCCOC2OC(CO)C(O)C(O)C2NC(=O)C)(COCCC(=O)NCCCNC(=O)CCCCOC2OC(CO)C(O)C(O)C2NC(=O)C)(COCCC(=O)NCCCNC(=O)CCCCOC2OC(CO)C(O)C(O)C2NC(=O)C)NC(=O)CCCC(=O)NCC(O)CO' ? molBlocks.push(GALNACPRIME) :
-          molBlocks.push(rotateNucleotidesV3000(smilesCodes[i]));
+  // for (let i = 0; i < smilesCodes.length - 1; i++) {
+  //   smilesCodes[i] == 'OP(=O)(O)O' ? molBlocks.push(PHOSHATE) :
+  //     smilesCodes[i] == 'OP(=O)(S)O' ? molBlocks.push(THIOPHOSHATE) :
+  //       smilesCodes[i] == 'O[C@@H]1C[C@@H]O[C@H]1CO' ? molBlocks.push(rotateNucleotidesV3000(INVABASIC)) :
+  //         smilesCodes[i] == 'OCC(O)CNC(=O)CCCC(=O)NC(COCCC(=O)NCCCNC(=O)CCCCOC2OC(CO)C(O)C(O)C2NC(=O)C)(COCCC(=O)NCCCNC(=O)CCCCOC2OC(CO)C(O)C(O)C2NC(=O)C)(COCCC(=O)NCCCNC(=O)CCCCOC2OC(CO)C(O)C(O)C2NC(=O)C)' ? molBlocks.push(GALNAC) :
+  //           smilesCodes[i] == 'C(COCCC(=O)NCCCNC(=O)CCCCOC2OC(CO)C(O)C(O)C2NC(=O)C)(COCCC(=O)NCCCNC(=O)CCCCOC2OC(CO)C(O)C(O)C2NC(=O)C)(COCCC(=O)NCCCNC(=O)CCCCOC2OC(CO)C(O)C(O)C2NC(=O)C)NC(=O)CCCC(=O)NCC(O)CO' ? molBlocks.push(GALNACPRIME) :
+  //         molBlocks.push(rotateNucleotidesV3000(smilesCodes[i]));
+  // }
+
+  for (let i = 0; i < codes.length - 1; i++) {
+    if(codes[i].includes('MODIFICATION')) {
+      if(i == 0)
+        molBlocks.push(reflect(codes[i]));
+      else
+        molBlocks.push(codes[i]);
+    }
+    else
+      molBlocks.push(rotateNucleotidesV3000(codes[i]));
   }
 
   return linkV3000(molBlocks);
@@ -755,6 +212,14 @@ export function linkV3000(molBlocks: string[], useChirality: boolean = true) {
   let xShift = 0;
 
   for (let i = 0; i < molBlocks.length; i++) {
+    const isBoundary = molBlocks[i].includes('MODIFICATION') && i == 0;
+    let specLength = 0;
+    if (isBoundary) {
+      const coordinates = extractAtomDataV3000(molBlocks[i]);
+      specLength = coordinates.atomIndex.length;
+    }
+      
+
     molBlocks[i] = molBlocks[i].replaceAll('(-\nM  V30 ', '(')
       .replaceAll('-\nM  V30 ', '').replaceAll(' )', ')');
     const numbers = extractAtomsBondsNumbersV3000(molBlocks[i]);
@@ -770,7 +235,17 @@ export function linkV3000(molBlocks: string[], useChirality: boolean = true) {
         //rewrite atom number
         index = molBlocks[i].indexOf('V30', index) + 4;
         indexEnd = molBlocks[i].indexOf(' ', index);
-        const atomNumber = parseInt(molBlocks[i].substring(index, indexEnd)) + natom;
+        let atomNumber = 0;
+        if(isBoundary) {
+          atomNumber = parseInt(molBlocks[i].substring(index, indexEnd))
+          if(atomNumber == 1)
+            atomNumber = specLength;
+          else if(atomNumber == specLength)
+            atomNumber = 1;
+          atomNumber += natom;
+        } else {
+          atomNumber = parseInt(molBlocks[i].substring(index, indexEnd)) + natom;
+        }
         molBlocks[i] = molBlocks[i].slice(0, index) + atomNumber + molBlocks[i].slice(indexEnd);
 
         //rewrite coordinates
@@ -816,11 +291,32 @@ export function linkV3000(molBlocks: string[], useChirality: boolean = true) {
       index = molBlocks[i].indexOf(' ', index) + 1;
       index = molBlocks[i].indexOf(' ', index) + 1;
       indexEnd = molBlocks[i].indexOf(' ', index);
-      let atomNumber = parseInt(molBlocks[i].substring(index, indexEnd)) + natom;
+      let atomNumber = 0;
+      if(isBoundary) {
+        atomNumber = parseInt(molBlocks[i].substring(index, indexEnd))
+        if(atomNumber == 1)
+          atomNumber = specLength;
+        else if(atomNumber == specLength)
+          atomNumber = 1;
+        atomNumber += natom;
+      } else {
+        atomNumber = parseInt(molBlocks[i].substring(index, indexEnd)) + natom;
+      }
+
       molBlocks[i] = molBlocks[i].slice(0, index) + atomNumber + molBlocks[i].slice(indexEnd);
       index = molBlocks[i].indexOf(' ', index) + 1;
       indexEnd = Math.min(molBlocks[i].indexOf('\n', index), molBlocks[i].indexOf(' ', index));
-      atomNumber = parseInt(molBlocks[i].substring(index, indexEnd)) + natom;
+      atomNumber = 0;
+      if(isBoundary) {
+        atomNumber = parseInt(molBlocks[i].substring(index, indexEnd))
+        if(atomNumber == 1)
+          atomNumber = specLength;
+        else if(atomNumber == specLength)
+          atomNumber = 1;
+        atomNumber += natom;
+      } else {
+        atomNumber = parseInt(molBlocks[i].substring(index, indexEnd)) + natom;
+      }
       molBlocks[i] = molBlocks[i].slice(0, index) + atomNumber + molBlocks[i].slice(indexEnd);
 
       index = molBlocks[i].indexOf('\n', index) + 1;
@@ -844,7 +340,10 @@ export function linkV3000(molBlocks: string[], useChirality: boolean = true) {
 
     natom += numbers.natom - 1;
     nbond += numbers.nbond;
-    xShift += coordinates.x[numbers.natom - 1] - coordinates.x[0];
+    if(isBoundary)
+      xShift += Math.max(...coordinates.x);
+    else
+      xShift += coordinates.x[numbers.natom - 1] - coordinates.x[0];
   }
 
   const entries = 4;
@@ -921,7 +420,11 @@ function rotateNucleotidesV3000(molecule: string) {
     angle = coordinates.x[indexFivePrime] > coordinates.x[indexThreePrime] ? Math.PI : 0;
   else {
     const derivative = coordinates.y[indexFivePrime]/coordinates.x[indexFivePrime];
-    angle = derivative > 0 ? Math.PI - Math.atan(derivative) : Math.atan(derivative);
+    angle = derivative > 0 ? Math.PI - Math.atan(derivative) : 
+            (coordinates.x[indexFivePrime] < 0 ? 
+              Math.atan(derivative) : 
+              - Math.PI - Math.atan(derivative)
+            );
   }
 
   const cos = Math.cos(angle);
@@ -959,6 +462,55 @@ function rotateNucleotidesV3000(molecule: string) {
   return molBlock;
 }
 
+function reflect(molecule: string) {
+  // @ts-ignore
+  let molBlock = molecule.includes('M  END') ? molecule : OCL.Molecule.fromSmiles(molecule).toMolfileV3();
+  const coordinates = extractAtomDataV3000(molBlock);
+  const natom = coordinates.atomIndex.length;
+
+  const indexFivePrime = coordinates.atomIndex.indexOf(1);
+  const indexThreePrime = coordinates.atomIndex.indexOf(natom);
+
+  const xCenter = (coordinates.x[indexThreePrime] + coordinates.x[indexFivePrime])/2;
+  const yCenter = (coordinates.y[indexThreePrime] + coordinates.y[indexFivePrime])/2;
+
+  //place to center
+  for (let i = 0; i < natom; i++) {
+    coordinates.x[i] -= xCenter;
+    coordinates.y[i] -= yCenter;
+  }
+
+  //place to center
+  for (let i = 0; i < natom; i++)
+    coordinates.x[i] = -coordinates.x[i];
+
+  //place to right
+  const xShift = coordinates.x[indexFivePrime];
+  for (let i = 0; i < natom; i++)
+    coordinates.x[i] -= xShift;
+
+  //rewrite molBlock
+  let index = molBlock.indexOf('M  V30 BEGIN ATOM'); // V3000 index for atoms coordinates
+  index = molBlock.indexOf('\n', index);
+  let indexEnd = index;
+  for (let i = 0; i < natom; i++) {
+    index = molBlock.indexOf('V30', index) + 4;
+    index = molBlock.indexOf(' ', index) + 1;
+    index = molBlock.indexOf(' ', index) + 1;
+    indexEnd = molBlock.indexOf(' ', index) + 1;
+    indexEnd = molBlock.indexOf(' ', indexEnd);
+
+    molBlock = molBlock.slice(0, index) +
+      coordinates.x[i] + ' ' + coordinates.y[i] +
+      molBlock.slice(indexEnd);
+
+    index = molBlock.indexOf('\n', index) + 1;
+  }
+
+  return molBlock;
+}
+
+
 function invertNucleotidesV3000(molecule: string) {
   // @ts-ignore
   let molBlock = molecule.includes('M  END') ? molecule : OCL.Molecule.fromSmiles(molecule).toMolfileV3();