npm - @datagrok/bio - Versions diffs - 2.15.2 → 2.15.5 - Mend

@datagrok/bio 2.15.2 → 2.15.5

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package/src/utils/cyclized.ts +28 -14
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package/src/utils/helm-to-molfile/converter/monomer-wrapper.ts +2 -2
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package/src/utils/helm-to-molfile/converter/types.ts +0 -10
package/src/utils/helm-to-molfile/utils.ts +10 -7
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package/src/utils/monomer-lib/monomer-lib-base.ts +165 -0
package/src/utils/monomer-lib/monomer-lib.ts +19 -68
package/src/utils/monomer-lib/web-editor-monomer-dummy.ts +121 -0
package/src/utils/monomer-lib/web-editor-monomer-of-library.ts +102 -0
package/src/utils/save-as-fasta.ts +1 -1
package/src/utils/seq-helper/seq-helper.ts +20 -49
package/src/utils/sequence-to-mol.ts +24 -28
package/src/viewers/web-logo-viewer.ts +2 -1
package/src/widgets/composition-analysis-widget.ts +4 -3
package/src/widgets/representations.ts +8 -10
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package/dist/248.js.map +0 -1
package/src/utils/cell-renderer-consts.ts +0 -31

package/files/tests/to-atomic-level-msa-fasta-output.csv CHANGED Viewed

@@ -542,133 +542,133 @@ Datagrok macromolecule handler
 M  V30 BEGIN CTAB
 M  V30 COUNTS 124 125 0 0 0
 M  V30 BEGIN ATOM
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+M  V30 91 O 16.433 1.2376  0.000000 0
+M  V30 92 C 15.004 1.2376  0.000000 0
+M  V30 93 C 15.0041 0.4125  0.000000 0
 M  V30 94 N 14.2896 0  0.000000 0
-M  V30 95 C 15.7185 -0.0001  0.000000 0
-M  V30 96 O 16.433 -0.4127  0.000000 0
-M  V30 97 C 17.1474 3.3  0.000000 0
-M  V30 98 C 17.1475 2.475  0.000000 0
-M  V30 99 C 17.862 2.0625  0.000000 0
-M  V30 100 C 16.433 2.0625  0.000000 0
-M  V30 101 C 16.4331 1.2374  0.000000 0
-M  V30 102 N 15.7186 0.8249  0.000000 0
-M  V30 103 C 17.1475 0.825  0.000000 0
-M  V30 104 O 17.862 1.2376  0.000000 0
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-M  V30 109 C 17.8621 -0.4125  0.000000 0
+M  V30 95 C 15.7185 0.0001  0.000000 0
+M  V30 96 O 16.433 0.4127  0.000000 0
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+M  V30 99 C 17.862 -2.0625  0.000000 0
+M  V30 100 C 16.433 -2.0625  0.000000 0
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 M  V30 110 N 17.1476 0  0.000000 0
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 M  V30 124 O 20.0055 0.0001 0.000000 0
 M  V30 END ATOM
 M  V30 BEGIN BOND
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 M  V30 2 1 2 3
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 M  V30 4 2 4 5
@@ -676,22 +676,22 @@ M  V30 5 1 4 11
 M  V30 6 1 6 7
 M  V30 7 2 7 8
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+M  V30 9 1 10 9 CFG=3
 M  V30 10 1 10 11
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 M  V30 12 2 12 13
 M  V30 13 1 12 18
-M  V30 14 1 15 14 CFG=1
+M  V30 14 1 15 14 CFG=3
 M  V30 15 1 15 16
 M  V30 16 1 15 17
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+M  V30 17 1 17 18 CFG=1
 M  V30 18 1 17 19
 M  V30 19 2 19 20
 M  V30 20 1 19 25
-M  V30 21 1 22 21 CFG=3
+M  V30 21 1 22 21 CFG=1
 M  V30 22 1 22 23
 M  V30 23 1 22 24
-M  V30 24 1 24 25 CFG=1
+M  V30 24 1 24 25 CFG=3
 M  V30 25 1 24 26
 M  V30 26 2 26 27
 M  V30 27 1 26 35
@@ -700,7 +700,7 @@ M  V30 29 2 29 30
 M  V30 30 1 30 31
 M  V30 31 2 31 32
 M  V30 32 1 32 33
-M  V30 33 1 34 33 CFG=3
+M  V30 33 1 34 33 CFG=1
 M  V30 34 1 34 35
 M  V30 35 1 34 36
 M  V30 36 2 36 37
@@ -709,7 +709,7 @@ M  V30 38 2 38 39
 M  V30 39 1 29 39
 M  V30 40 1 36 40
 M  V30 41 1 41 40
-M  V30 42 1 41 42 CFG=1
+M  V30 42 1 41 42 CFG=3
 M  V30 43 1 42 43
 M  V30 44 1 43 44
 M  V30 45 1 44 45
@@ -718,7 +718,7 @@ M  V30 47 1 41 47
 M  V30 48 2 47 48
 M  V30 49 1 47 49
 M  V30 50 1 50 49
-M  V30 51 1 50 51 CFG=3
+M  V30 51 1 50 51 CFG=1
 M  V30 52 1 51 52
 M  V30 53 1 50 53
 M  V30 54 2 53 54
@@ -728,7 +728,7 @@ M  V30 57 2 56 57
 M  V30 58 1 57 58
 M  V30 59 2 58 59
 M  V30 60 1 59 60
-M  V30 61 1 61 60 CFG=1
+M  V30 61 1 61 60 CFG=3
 M  V30 62 1 61 62
 M  V30 63 1 61 63
 M  V30 64 2 63 64
@@ -742,7 +742,7 @@ M  V30 71 1 68 70
 M  V30 72 1 70 71
 M  V30 73 1 71 72
 M  V30 74 1 72 73
-M  V30 75 1 74 73 CFG=3
+M  V30 75 1 74 73 CFG=1
 M  V30 76 1 74 75
 M  V30 77 1 74 76
 M  V30 78 2 76 77
@@ -753,7 +753,7 @@ M  V30 82 1 79 81
 M  V30 83 1 81 82
 M  V30 84 1 82 83
 M  V30 85 1 83 84
-M  V30 86 1 85 84 CFG=1
+M  V30 86 1 85 84 CFG=3
 M  V30 87 1 85 86
 M  V30 88 1 85 87
 M  V30 89 2 87 88
@@ -761,7 +761,7 @@ M  V30 90 1 87 94
 M  V30 91 1 89 90
 M  V30 92 2 90 91
 M  V30 93 1 90 92
-M  V30 94 1 93 92 CFG=3
+M  V30 94 1 93 92 CFG=1
 M  V30 95 1 93 94
 M  V30 96 1 93 95
 M  V30 97 2 95 96
@@ -769,7 +769,7 @@ M  V30 98 1 95 102
 M  V30 99 1 97 98
 M  V30 100 1 98 99
 M  V30 101 1 98 100
-M  V30 102 1 101 100 CFG=1
+M  V30 102 1 101 100 CFG=3
 M  V30 103 1 101 102
 M  V30 104 1 101 103
 M  V30 105 2 103 104
@@ -777,7 +777,7 @@ M  V30 106 1 103 110
 M  V30 107 1 105 106
 M  V30 108 1 106 107
 M  V30 109 1 106 108
-M  V30 110 1 109 108 CFG=3
+M  V30 110 1 109 108 CFG=1
 M  V30 111 1 109 110
 M  V30 112 1 109 111
 M  V30 113 2 111 112
@@ -788,7 +788,7 @@ M  V30 117 1 114 116
 M  V30 118 1 116 117
 M  V30 119 1 117 118
 M  V30 120 1 118 119
-M  V30 121 1 120 119 CFG=1
+M  V30 121 1 120 119 CFG=3
 M  V30 122 1 120 121
 M  V30 123 1 120 122
 M  V30 124 2 122 123
@@ -816,118 +816,118 @@ M  V30 10 C 2.1434 1.2375  0.000000 0
 M  V30 11 N 1.429 0.825  0.000000 0
 M  V30 12 C 2.8579 0.825  0.000000 0
 M  V30 13 O 3.5724 1.2376  0.000000 0
-M  V30 14 C 4.2869 -1.6499  0.000000 0
-M  V30 15 C 3.5724 -1.2374  0.000000 0
-M  V30 16 O 2.858 -1.65  0.000000 0
-M  V30 17 C 3.5724 -0.4125  0.000000 0
+M  V30 14 C 4.2869 1.6499  0.000000 0
+M  V30 15 C 3.5724 1.2374  0.000000 0
+M  V30 16 O 2.858 1.65  0.000000 0
+M  V30 17 C 3.5724 0.4125  0.000000 0
 M  V30 18 N 2.8579 0  0.000000 0
-M  V30 19 C 4.2869 0.0001  0.000000 0
-M  V30 20 O 5.0013 -0.4124  0.000000 0
-M  V30 21 C 5.7159 2.475  0.000000 0
-M  V30 22 C 5.0014 2.0625  0.000000 0
-M  V30 23 O 4.287 2.4751  0.000000 0
-M  V30 24 C 5.0014 1.2376  0.000000 0
-M  V30 25 N 4.2869 0.8251  0.000000 0
-M  V30 26 C 5.7159 0.825  0.000000 0
-M  V30 27 O 6.4303 1.2375  0.000000 0
-M  V30 28 O 9.2883 -2.8874  0.000000 0
-M  V30 29 C 8.5739 -2.4749  0.000000 0
-M  V30 30 C 8.5738 -1.6499  0.000000 0
-M  V30 31 C 7.8593 -1.2375  0.000000 0
-M  V30 32 C 7.1449 -1.6499  0.000000 0
-M  V30 33 C 6.4304 -1.2374  0.000000 0
-M  V30 34 C 6.4304 -0.4125  0.000000 0
+M  V30 19 C 4.2869 -0.0001  0.000000 0
+M  V30 20 O 5.0013 0.4124  0.000000 0
+M  V30 21 C 5.7159 -2.475  0.000000 0
+M  V30 22 C 5.0014 -2.0625  0.000000 0
+M  V30 23 O 4.287 -2.4751  0.000000 0
+M  V30 24 C 5.0014 -1.2376  0.000000 0
+M  V30 25 N 4.2869 -0.8251  0.000000 0
+M  V30 26 C 5.7159 -0.825  0.000000 0
+M  V30 27 O 6.4303 -1.2375  0.000000 0
+M  V30 28 O 9.2883 2.8874  0.000000 0
+M  V30 29 C 8.5739 2.4749  0.000000 0
+M  V30 30 C 8.5738 1.6499  0.000000 0
+M  V30 31 C 7.8593 1.2375  0.000000 0
+M  V30 32 C 7.1449 1.6499  0.000000 0
+M  V30 33 C 6.4304 1.2374  0.000000 0
+M  V30 34 C 6.4304 0.4125  0.000000 0
 M  V30 35 N 5.7159 0  0.000000 0
-M  V30 36 C 7.1449 0.0001  0.000000 0
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-M  V30 40 N 7.1449 0.8251  0.000000 0
-M  V30 41 C 7.8593 1.2376  0.000000 0
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-M  V30 43 C 8.5738 2.4751  0.000000 0
-M  V30 44 C 8.5738 3.3002  0.000000 0
-M  V30 45 C 9.2883 3.7127  0.000000 0
-M  V30 46 N 9.2882 4.5377  0.000000 0
-M  V30 47 C 8.5738 0.8252  0.000000 0
-M  V30 48 O 9.2883 1.2377  0.000000 0
-M  V30 49 N 10.0026 -2.475  0.000000 0
-M  V30 50 C 10.0027 -1.65  0.000000 0
-M  V30 51 O 10.7172 -1.2375  0.000000 0
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-M  V30 54 N 8.5738 0.0001  0.000000 0
+M  V30 36 C 7.1449 -0.0001  0.000000 0
+M  V30 37 O 7.8593 0.4124  0.000000 0
+M  V30 38 C 7.1449 2.4749  0.000000 0
+M  V30 39 C 7.8594 2.8874  0.000000 0
+M  V30 40 N 7.1449 -0.8251  0.000000 0
+M  V30 41 C 7.8593 -1.2376  0.000000 0
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+M  V30 43 C 8.5738 -2.4751  0.000000 0
+M  V30 44 C 8.5738 -3.3002  0.000000 0
+M  V30 45 C 9.2883 -3.7127  0.000000 0
+M  V30 46 N 9.2882 -4.5377  0.000000 0
+M  V30 47 C 8.5738 -0.8252  0.000000 0
+M  V30 48 O 9.2883 -1.2377  0.000000 0
+M  V30 49 N 10.0026 2.475  0.000000 0
+M  V30 50 C 10.0027 1.65  0.000000 0
+M  V30 51 O 10.7172 1.2375  0.000000 0
+M  V30 52 C 9.2882 1.2375  0.000000 0
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@@ -963,7 +963,7 @@ M  V30 29 2 29 30
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@@ -972,7 +972,7 @@ M  V30 38 2 38 39
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@@ -983,7 +983,7 @@ M  V30 49 1 47 54
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@@ -993,7 +993,7 @@ M  V30 59 2 58 59
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@@ -1007,7 +1007,7 @@ M  V30 73 1 70 72
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@@ -1018,7 +1018,7 @@ M  V30 84 1 81 83
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@@ -1026,7 +1026,7 @@ M  V30 92 1 89 96
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@@ -1034,7 +1034,7 @@ M  V30 100 1 97 104
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@@ -1042,7 +1042,7 @@ M  V30 108 1 105 112
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@@ -1053,7 +1053,7 @@ M  V30 119 1 116 118
 M  V30 120 1 118 119
 M  V30 121 1 119 120
 M  V30 122 1 120 121
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 M  V30 124 1 122 123
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 M  V30 126 2 124 125
@@ -1068,127 +1068,127 @@ Datagrok macromolecule handler
 M  V30 BEGIN CTAB
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 M  V30 BEGIN ATOM
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+M  V30 2 C 0.7144 0.4125  0.000000 0
 M  V30 3 N 0 0  0.000000 0
 M  V30 4 C 1.4289 0  0.000000 0
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+M  V30 94 C 15.004 -2.8874  0.000000 0
+M  V30 95 C 15.0041 -2.0623  0.000000 0
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+M  V30 99 C 17.1474 1.6502  0.000000 0
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+M  V30 118 O 18.5765 -0.8248 0.000000 0
 M  V30 END ATOM
 M  V30 BEGIN BOND
-M  V30 1 1 2 1 CFG=3
+M  V30 1 1 2 1 CFG=1
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 M  V30 4 2 4 5
@@ -1557,123 +1557,123 @@ Datagrok macromolecule handler
 M  V30 BEGIN CTAB
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 M  V30 BEGIN ATOM
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 M  V30 END ATOM
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@@ -1704,7 +1704,7 @@ M  V30 28 2 28 29
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@@ -1713,7 +1713,7 @@ M  V30 37 2 37 38
 M  V30 38 1 28 38
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@@ -1724,7 +1724,7 @@ M  V30 48 1 46 53
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@@ -1734,7 +1734,7 @@ M  V30 58 2 57 58
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@@ -1748,7 +1748,7 @@ M  V30 72 1 69 71
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@@ -1759,7 +1759,7 @@ M  V30 83 1 80 82
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@@ -1767,7 +1767,7 @@ M  V30 91 1 88 95
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@@ -1775,7 +1775,7 @@ M  V30 99 1 96 103
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@@ -1783,7 +1783,7 @@ M  V30 107 1 104 111
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 M  V30 110 1 107 109
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+M  V30 111 1 110 109 CFG=1
 M  V30 112 1 110 111
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 M  V30 114 2 112 113
@@ -1798,109 +1798,109 @@ Datagrok macromolecule handler
 M  V30 BEGIN CTAB
 M  V30 COUNTS 100 101 0 0 0
 M  V30 BEGIN ATOM
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 M  V30 END ATOM
 M  V30 BEGIN BOND
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@@ -1917,7 +1917,7 @@ M  V30 14 2 14 15
 M  V30 15 1 15 16
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 M  V30 19 1 19 20
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@@ -1926,7 +1926,7 @@ M  V30 23 2 23 24
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+M  V30 27 1 26 27 CFG=3
 M  V30 28 1 27 28
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 M  V30 30 1 29 30
@@ -1937,7 +1937,7 @@ M  V30 34 1 32 39
 M  V30 35 1 34 35
 M  V30 36 2 35 36
 M  V30 37 1 35 37
-M  V30 38 1 38 37 CFG=3
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 M  V30 39 1 38 39
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@@ -1947,7 +1947,7 @@ M  V30 44 2 43 44
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@@ -1961,7 +1961,7 @@ M  V30 58 1 55 57
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 M  V30 60 1 58 59
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+M  V30 62 1 61 60 CFG=1
 M  V30 63 1 61 62
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@@ -1972,7 +1972,7 @@ M  V30 69 1 66 68
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@@ -1980,7 +1980,7 @@ M  V30 77 1 74 81
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 M  V30 80 1 77 79
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+M  V30 81 1 80 79 CFG=1
 M  V30 82 1 80 81
 M  V30 83 1 80 82
 M  V30 84 2 82 83
@@ -1988,7 +1988,7 @@ M  V30 85 1 82 89
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 M  V30 88 1 85 87
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+M  V30 89 1 88 87 CFG=3
 M  V30 90 1 88 89
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 M  V30 92 2 90 91
@@ -1996,7 +1996,7 @@ M  V30 93 1 90 97
 M  V30 94 1 92 93
 M  V30 95 1 93 94
 M  V30 96 1 93 95
-M  V30 97 1 96 95 CFG=3
+M  V30 97 1 96 95 CFG=1
 M  V30 98 1 96 97
 M  V30 99 1 96 98
 M  V30 100 2 98 99
@@ -2011,89 +2011,89 @@ Datagrok macromolecule handler
 M  V30 BEGIN CTAB
 M  V30 COUNTS 80 80 0 0 0
 M  V30 BEGIN ATOM
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 M  V30 END ATOM
 M  V30 BEGIN BOND
-M  V30 1 1 2 1 CFG=3
+M  V30 1 1 2 1 CFG=1
 M  V30 2 1 2 3
 M  V30 3 1 2 4
 M  V30 4 2 4 5
@@ -2101,7 +2101,7 @@ M  V30 5 1 4 10
 M  V30 6 1 6 7
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 M  V30 8 1 9 7
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+M  V30 9 1 9 10 CFG=3
 M  V30 10 1 9 11
 M  V30 11 2 11 12
 M  V30 12 1 11 13