@campfire-app/cli 0.0.0-stage → 0.1.0

package/package.json

@@ -1,6 +1,50 @@
 {
   "name": "@campfire-app/cli",
-  "version": "0.0.0-stage",
-  "stub": true,
-  "description": "Temporary package placeholder for staged publishing"
-}
+  "version": "0.1.0",
+  "type": "module",
+  "description": "Campfire CLI — hooky Claude Code ho volají místo curl (brief, check-file, stop-summary).",
+  "bin": {
+    "campfire": "./dist/index.js"
+  },
+  "files": [
+    "dist",
+    "templates"
+  ],
+  "scripts": {
+    "build": "node scripts/build.mjs",
+    "typecheck": "tsc -p tsconfig.json --noEmit",
+    "dev": "tsx --conditions=development src/index.ts",
+    "prepublishOnly": "node scripts/build.mjs"
+  },
+  "dependencies": {
+    "commander": "^15.0.0"
+  },
+  "devDependencies": {
+    "esbuild": "^0.28.2",
+    "tsx": "^4.23.15",
+    "@campfire/shared": "workspace:*"
+  },
+  "license": "MIT",
+  "repository": {
+    "type": "git",
+    "url": "git+https://github.com/TotallyNotApi/campfire.git",
+    "directory": "packages/cli"
+  },
+  "homepage": "https://github.com/TotallyNotApi/campfire#readme",
+  "bugs": {
+    "url": "https://github.com/TotallyNotApi/campfire/issues"
+  },
+  "keywords": [
+    "claude-code",
+    "mcp",
+    "agents",
+    "campfire",
+    "hooks"
+  ],
+  "engines": {
+    "node": ">=22"
+  },
+  "publishConfig": {
+    "access": "public"
+  }
+}

package/templates/.claude/agents/domain.md

@@ -0,0 +1,32 @@
+---
+name: domain
+description: Onkologická doména — TNM, ICD-O-3, MKN-10, morfologie, biomarkery, pole REDCapu. Použij, když potřebuješ vysvětlit nebo validovat doménový pojem, místo abys ho hádal.
+---
+
+# Doménový agent
+
+Tvoje jediná znalostní báze je `docs/hub/domain.md` v tomhle repu. Přečti si ho
+vždy na začátku, než odpovíš.
+
+## Pravidla
+
+1. **Odpovídej jen to, co stojí v `docs/hub/domain.md`.** Když tam odpověď není,
+   řekni to výslovně a zavolej `hub_ask(tag="domain")`. Odpověď dá medik nebo
+   mentor a při příštím startu ji budeš mít.
+
+2. **Nikdy si nedomýšlej kódy ani jména polí.** Konkrétní kód ICD-O, hodnotu
+   TNM nebo jméno pole v REDCapu buď víš z `domain.md`, nebo ne. Vymyšlený kód
+   projde validací a rozbije export.
+
+3. **U každé odpovědi uveď, odkud je** — sekce `domain.md`, nebo „odpověď
+   mentora z <datum>“.
+
+4. **Rozlišuj klinickou a patologickou klasifikaci.** `cT2` a `pT2` nejsou
+   totéž a v extrakci se nesmí slít.
+
+5. **Stadium neodvozuj z TNM, dokud nemáš tabulku pro tu konkrétní diagnózu.**
+   Pravidla se mezi diagnózami liší.
+
+## Co nedělat
+
+Nepiš kód a needituj soubory. Jsi slovník, ne vrstva.

package/templates/.claude/settings.json

@@ -0,0 +1,39 @@
+{
+  "hooks": {
+    "SessionStart": [
+      {
+        "hooks": [
+          {
+            "type": "command",
+            "command": "campfire brief",
+            "timeout": 10,
+            "statusMessage": "Campfire brief"
+          }
+        ]
+      }
+    ],
+    "PreToolUse": [
+      {
+        "matcher": "Edit|Write|MultiEdit",
+        "hooks": [
+          {
+            "type": "command",
+            "command": "campfire check-file",
+            "timeout": 5
+          }
+        ]
+      }
+    ],
+    "Stop": [
+      {
+        "hooks": [
+          {
+            "type": "command",
+            "command": "campfire stop-summary",
+            "timeout": 15
+          }
+        ]
+      }
+    ]
+  }
+}

package/templates/.mcp.json

@@ -0,0 +1,11 @@
+{
+  "mcpServers": {
+    "campfire": {
+      "type": "http",
+      "url": "https://campfire.fly.dev/mcp",
+      "headers": {
+        "Authorization": "Bearer ${CAMPFIRE_TOKEN}"
+      }
+    }
+  }
+}

package/templates/CLAUDE.md

@@ -0,0 +1,56 @@
+# Projekt
+
+@docs/hub/zadani.md
+@docs/hub/architecture.md
+@docs/hub/domain.md
+@docs/hub/conventions.md
+
+## Stack a příkazy
+
+<!-- Doplň v pátek dopoledne, až bude jasné, co stavíme. -->
+
+| Co | Příkaz |
+| --- | --- |
+| Testy | `TODO` |
+| Lint | `TODO` |
+| Dev server | `TODO` |
+
+## Campfire
+
+Tenhle repo sdílí čtyři agenti. Stav drží Campfire — MCP server, který máš
+připojený jako `campfire`. Hooky ti samy stáhnou brief na začátku session a
+vyžádají si status na konci, takže na hub nemusíš myslet. Čtyři pravidla ale
+hooky nenahradí:
+
+1. **`hub_claim` jen na to, co je sdílené — ne na svou vrstvu.** `contracts/`,
+   konfiguraci, `scripts/`. Vrstvy jsou disjunktní, takže claim na vlastní
+   modul je obřad bez odměny; kolize nastane přesně ve sdílených souborech,
+   kde dva lidi legitimně potřebují sáhnout. Claim je cesta nebo glob, např.
+   `contracts/**` nebo `scripts/synth.py`. Když vrátí konflikt, soubor právě
+   drží někdo jiný — napiš mu `hub_post` nebo si vyber jinou práci. Na konci
+   `hub_release`.
+
+   **Cizí vrstvu needituj na vlastní pěst**, ani když na ní není claim —
+   claimy na vrstvy záměrně nejsou, takže tě hook nezastaví. Potřebuješ-li
+   tam změnu, napiš `hub_post` vlastníkovi.
+
+   **Co vrací cizí vrstva, si přečti v `contracts/`, neptej se kolegy.** Když
+   to tam není, je to chyba kontraktu — ohlas ji přes `hub_contract_change`.
+
+2. **Pokud si nejsi jistý doménovým pojmem, zavolej `hub_ask(tag="domain")` a
+   pokračuj s explicitní TODO poznámkou; nehádej.** TNM, ICD-O, morfologie a
+   pole REDCapu jsou věci, kde je odhad horší než prázdné místo. Odpověď od
+   medika nebo mentora ti přijde v dalším briefu i s hotovým odstavcem do
+   `docs/hub/domain.md`.
+
+3. **Breaking změnu kontraktu nikdy necommituj bez `hub_contract_change`.**
+   Všechno v `contracts/` je rozhraní mezi čtyřmi vrstvami. Ohlas diff a
+   `breaking: true/false` dřív, než to půjde do mainu; breaking změnu
+   integrátor nemergne, dokud ji ostatní neodkývají.
+
+4. **Do hubu nikdy neposílej obsah pacientských dokumentů, jen cesty, schémata
+   a syntetické příklady.** Server payload nad 4 kB a cokoliv, co vypadá jako
+   rodné číslo, odmítne — ale spoléhat se na to není plán.
+
+Rozhodnutí, která ovlivní ostatní, zapiš přes `hub_decide`. Server ti vrátí
+číslo ADR, cestu a hotový markdown; soubor commitneš ty.

package/templates/README.md

@@ -0,0 +1,110 @@
+# Campfire v tomhle repu
+
+Tenhle repo sdílí několik agentů Claude Code. Jejich stav drží Campfire — malý
+MCP server se dashboardem. Co tady leží:
+
+| Soubor | K čemu je |
+| --- | --- |
+| `CLAUDE.md` | pravidla pro agenty; importuje `docs/hub/*.md` |
+| `.mcp.json` | adresa Campfire serveru; klíč jde z prostředí, ne odtud |
+| `.claude/settings.json` | tři hooky — brief na startu, kontrola claims před editací, shrnutí na konci |
+| `.claude/agents/domain.md` | doménový subagent nad `docs/hub/domain.md` |
+| `docs/hub/` | statická znalost: architektura, doména, konvence, ADR |
+| `contracts/` | rozhraní mezi vrstvami; mění se jen přes `hub_contract_change` |
+
+## Nejrychlejší cesta (jeden příkaz)
+
+Claude Code umí přidat MCP server sám. V dashboardu Campfire si v **Nastavení →
+Připojit agenta** vygeneruj klíč a zkopíruj hotový příkaz:
+
+```bash
+claude mcp add --transport http campfire https://campfire.fly.dev/mcp \
+  --header "Authorization: Bearer cf_..."
+```
+
+Spusť ho v repu, na kterém budeš pracovat. Pak v Claude Code napiš `/mcp` —
+`campfire` musí být `connected`. Hotovo: devět toolů je k dispozici.
+
+Co tím **nezískáš**: hooky. Brief se ti sám nestáhne na startu session a nic ti
+nepohlídá editaci cizího modulu. Na to je plné nastavení níže. Pro rychlé
+vyzkoušení nebo pro pátého člověka, který se přidá na hodinu, to ale stačí.
+
+## Plné nastavení pro tým (5 minut)
+
+**1. Nainstaluj CLI globálně.**
+
+```bash
+pnpm add -g @campfire-app/cli
+```
+
+Globální instalace, ne `npx`. Hook `PreToolUse` běží před **každou** editací
+souboru a `npx` by u každé řešil resolving balíčku; spec na tenhle hook dává
+dvě sekundy a žádné síťové volání. Pokud globální instalaci nechceš, přepiš
+`command` v `.claude/settings.json` na `npx -y @campfire-app/cli …` a počítej s
+latencí.
+
+**2. Vygeneruj si klíč.** V dashboardu Campfire otevři svůj projekt → API klíče
+→ „Vygenerovat“. Klíč se zobrazí **jednou**.
+
+**3. Dej URL a klíč do prostředí.** Do `~/.zshrc` nebo `~/.bashrc`:
+
+```bash
+export CAMPFIRE_URL=https://campfire.fly.dev
+export CAMPFIRE_TOKEN=cf_...
+```
+
+Klíč patří do prostředí, ne do repa — proto `.mcp.json` obsahuje jen
+`${CAMPFIRE_TOKEN}` a repo zůstává sdílitelné.
+
+**4. Ověř.**
+
+```bash
+campfire whoami
+# OK: jsi Petr v projektu MDT asistent.
+```
+
+**5. Spusť Claude Code.** Hook `SessionStart` ti sám stáhne brief.
+
+## Když expanze `${CAMPFIRE_TOKEN}` nefunguje
+
+Některé verze Claude Code neexpandují proměnné v `.mcp.json`. Poznáš to tak, že
+MCP server `campfire` se nepřipojí a `campfire whoami` přitom funguje. Řešení:
+
+```bash
+campfire init --url "$CAMPFIRE_URL" --token "$CAMPFIRE_TOKEN" --inline-token --force
+```
+
+Klíč se zapíše přímo do `.mcp.json` a ten se přidá do `.gitignore`. Necommituj ho.
+
+## Co hooky dělají
+
+| Hook | Kdy | Co |
+| --- | --- | --- |
+| `SessionStart` | start session | `campfire brief` — digest do kontextu a obnovení `.campfire/claims.json` |
+| `PreToolUse` na `Edit\|Write\|MultiEdit` | před každou editací | `campfire check-file` — porovná cestu s lokální cache; cizí claim zablokuje. Bez sítě. |
+| `Stop` | konec odpovědi | `campfire stop-summary` — vyzve k `hub_status`, a když se měnilo `contracts/` bez ohlášení, připomene `hub_contract_change` |
+
+Všechny tři degradují mlčky: když je hub nedostupný, session funguje dál.
+
+## Devět toolů
+
+| Tool | Kdy ho zavolat |
+| --- | --- |
+| `hub_brief` | automaticky hookem; ručně kdykoliv chceš vědět, co je nového |
+| `hub_status` | po dokončení kroku |
+| `hub_claim` / `hub_release` | před a po práci na **sdíleném** souboru (`contracts/`, konfigurace, `scripts/`) — ne na své vrstvě |
+| `hub_post` | zpráva kolegovi, nebo `kind="ack"` u breaking změny |
+| `hub_contract_change` | před commitem čehokoliv v `contracts/` |
+| `hub_decide` | rozhodnutí, které ovlivní ostatní |
+| `hub_ask` | doménová otázka, místo hádání |
+| `hub_charter` | zadání projektu: cíl, demo, „hotovo, když“, mimo rozsah |
+
+## Řešení problémů
+
+| Příznak | Co s tím |
+| --- | --- |
+| brief se nezobrazil | `campfire brief` ručně — vypíše, co mu chybí |
+| „Campfire nedostupný“ | zkontroluj `CAMPFIRE_URL`; hub možná běží lokálně u leada přes Tailscale |
+| „Campfire odmítl klíč“ | klíč byl zrušený nebo patří jinému projektu; vygeneruj nový |
+| hook blokuje editaci sdíleného souboru | to je záměr; drží ho někdo jiný — napiš mu `hub_post`, nebo si vyber jinou práci |
+| hook blokuje furt dokola | `campfire claims-sync`; cache starší 15 minut se ignoruje sama |

package/templates/docs/hub/architecture.md

@@ -0,0 +1,31 @@
+# Architektura
+
+<!-- Vyplní lead v pátek dopoledne, 9:30–11:00, ještě před prvním řádkem kódu. -->
+
+## Vrstvy pipeline
+
+| Vrstva | Vlastník | Vstup → výstup | Moduly |
+| --- | --- | --- | --- |
+| 1. Ingest | TODO | dokumenty → `Document` | `ingest/**` |
+| 2. Extrakce | TODO | `Document` → `Finding`, `LabValue`, `TreatmentEvent` | `extraction/**`, `prompts/**` |
+| 3. Doména | TODO | entity → časová osa, trendy, validace | `domain/**`, `api/**` |
+| 4. UI | TODO | API → pohled lékaře | `web/**` |
+| Integrace | integrátor | větve → main, e2e | `tests/e2e/**`, `contracts/**` (jen review) |
+
+> Moduly níž jsou **vlastnictví, ne claimy.** Svou vrstvu neclaimuj — nikdo
+> jiný do ní nesahá, takže by to byl obřad bez odměny. `hub_claim` je na to,
+> co je sdílené: `contracts/`, konfigurace, `scripts/`.
+
+## Jak se vrstvy potkávají
+
+Jen přes `contracts/`. Nic jiného není sdílené rozhraní. Kontrakty píšeme
+společně na začátku a od té chvíle je mění jen `hub_contract_change`.
+
+## Hotovo, když
+
+| Vrstva | Kritérium |
+| --- | --- |
+| 1 | TODO |
+| 2 | TODO |
+| 3 | TODO |
+| 4 | TODO |

package/templates/docs/hub/conventions.md

@@ -0,0 +1,33 @@
+# Konvence
+
+<!-- Dohodnout před hackathonem, ne během. -->
+
+## Commity
+
+`<typ>(<oblast>): <co se změnilo>` — např. `feat(ingest): parser PDF přes pdfplumber`.
+Typy: `feat`, `fix`, `refactor`, `test`, `docs`, `chore`.
+
+## Pojmenování
+
+- Soubory a moduly: `snake_case` v Pythonu, `camelCase` v TypeScriptu.
+- Typy z `contracts/` se nikde nekopírují, vždy importují.
+- Jedna vrstva = jeden adresář. Nic nepřesahuje do cizího.
+
+## Testy
+
+- Každý modul má alespoň jeden test na syntetických datech ze `scripts/synth.py`.
+- E2E běží na `main` a musí projít před demem. Integrátor je hlídá.
+- Test, který potřebuje reálná data, nepatří do repa.
+
+## Lint a formát
+
+| Jazyk | Nástroj |
+| --- | --- |
+| Python | `ruff` (lint + format) |
+| TypeScript | `eslint` + `prettier` |
+
+## Co se nikdy nedostane do repa
+
+- Pacientská data, ani anonymizovaná. Zůstávají v lokálním sandboxu toho, kdo
+  dělá extrakci.
+- API klíče. `.campfire/` a `.env.local` jsou v `.gitignore`.

package/templates/docs/hub/domain.md

@@ -0,0 +1,134 @@
+# Doménový slovník
+
+Onkologická doména pro tenhle projekt. Prázdná místa vyplňuje medik v týmu nebo
+mentor — buď přímo, nebo přes odpovědi na `hub_ask(tag="domain")`, které se sem
+připisují do sekce [Odpovědi mentorů](#odpovědi-mentorů).
+
+**Pravidlo:** když tady něco není, zavolej `hub_ask(tag="domain")` a pokračuj s
+TODO poznámkou. Nehádej.
+
+---
+
+## TNM (8. vydání)
+
+Staging systém UICC/AJCC. Tři složky plus prefixy a grading.
+
+| Složka | Co popisuje | Typické hodnoty |
+| --- | --- | --- |
+| **T** | rozsah primárního tumoru | `Tis`, `T0`, `T1`–`T4` (s podstupni `T1a`, `T1b`, …), `TX` = nelze určit |
+| **N** | regionální lymfatické uzliny | `N0`, `N1`–`N3` (s podstupni), `NX` |
+| **M** | vzdálené metastázy | `M0`, `M1` (s lokalizací `M1a`–`M1c`); `MX` se v 8. vydání už nepoužívá |
+
+### Prefixy
+
+| Prefix | Význam |
+| --- | --- |
+| `c` | klinická klasifikace (před léčbou, z vyšetření) |
+| `p` | patologická klasifikace (z resekátu) |
+| `yc` / `yp` | po neoadjuvantní léčbě |
+| `r` | recidiva |
+| `a` | z autopsie |
+
+Příklad: `pT2 pN1 M0` = patologicky potvrzený T2, jedna skupina pozitivních
+uzlin, bez vzdálených metastáz.
+
+### Grading
+
+| Hodnota | Význam |
+| --- | --- |
+| `G1` | dobře diferencovaný |
+| `G2` | středně diferencovaný |
+| `G3` | špatně diferencovaný |
+| `G4` | nediferencovaný |
+| `GX` | nelze určit |
+
+### Stadium
+
+Stadium (`0`, `I`–`IV`, s podstupni `IA`, `IIB`, …) se z TNM odvozuje podle
+tabulek specifických pro každou diagnózu. **Není to jedna univerzální tabulka** —
+pravidla pro kolorektální karcinom a pro karcinom prsu se liší.
+
+> TODO: doplnit tabulku stadia pro diagnózy, které náš projekt řeší.
+
+---
+
+## ICD-O-3
+
+Mezinárodní klasifikace nemocí pro onkologii. Nález má dvě nezávislé osi:
+
+| Osa | Formát | Příklad |
+| --- | --- | --- |
+| **Topografie** (lokalizace) | `C__._` | `C50.4` = horní vnitřní kvadrant prsu |
+| **Morfologie** (histologie) | `M____/_` | `M8140/3` = adenokarcinom, maligní |
+
+Poslední číslice morfologie je **chování**:
+
+| Kód | Chování |
+| --- | --- |
+| `/0` | benigní |
+| `/1` | nejisté / hraniční |
+| `/2` | in situ |
+| `/3` | maligní, primární |
+| `/6` | maligní, metastáza |
+| `/9` | maligní, nejisté zda primární nebo metastáza |
+
+---
+
+## MKN-10, kapitola novotvarů
+
+| Rozsah | Co pokrývá |
+| --- | --- |
+| `C00`–`C97` | zhoubné novotvary |
+| `C00`–`C14` | dutina ústní a hltan |
+| `C15`–`C26` | trávicí orgány |
+| `C30`–`C39` | dýchací soustava |
+| `C50` | prs |
+| `C51`–`C58` | ženské pohlavní orgány |
+| `C60`–`C63` | mužské pohlavní orgány |
+| `C64`–`C68` | močová soustava |
+| `C81`–`C96` | lymfatická a krvetvorná tkáň |
+| `D00`–`D09` | in situ |
+| `D37`–`D48` | novotvary nejistého chování |
+
+---
+
+## Biomarkery
+
+> TODO: doplnit podle vybrané výzvy. Níže jsou ty, které se objevují nejčastěji.
+
+| Marker | Kde | Hodnoty |
+| --- | --- | --- |
+| ER / PR | prs | `%` pozitivních jader, nebo Allred skóre |
+| HER2 | prs, žaludek | IHC `0`/`1+`/`2+`/`3+`; při `2+` ještě ISH |
+| Ki-67 | prs a další | `%` |
+| MSI / MMR | kolorektum, endometrium | `MSS` / `MSI-L` / `MSI-H`; MMR proteiny MLH1, MSH2, MSH6, PMS2 |
+| EGFR, ALK, ROS1 | plíce | mutace / fúze, s uvedením exonu |
+| BRAF | melanom, kolorektum | např. `V600E` |
+| PD-L1 | plíce a další | TPS / CPS v `%` |
+| BRCA1/2 | prs, ovarium | germinální / somatická, s variantou |
+
+---
+
+## Laboratorní hodnoty
+
+Každá hodnota potřebuje **číslo, jednotku a referenční rozmezí** laboratoře,
+která ji vydala. Jednotky se mezi laboratořemi liší; bez jednotky je číslo
+nepoužitelné.
+
+> TODO: doplnit, které analyty projekt sleduje a v jakých jednotkách.
+
+---
+
+## Pole REDCap
+
+> TODO: doplnit přesná jména polí z data dictionary, až ho budeme mít. Hádat
+> jména polí nemá smysl — REDCap je odmítne.
+
+---
+
+## Odpovědi mentorů
+
+Sem se připisují odpovědi na `hub_ask(tag="domain")`. Server vrátí hotový
+odstavec v briefu toho, kdo se ptal; ten ho sem připojí a commitne.
+
+<!-- campfire:answers -->

package/templates/docs/hub/zadani.md

@@ -0,0 +1,7 @@
+# Zadání projektu
+
+> Tenhle soubor generuje `hub_charter`. Neupravuj ho ručně — při příštím zápisu
+> se přepíše. Zadání se mění tak, že o tom řekneš svému agentovi, nebo ho
+> upravíš v Campfire v pohledu **Zadání**.
+
+Zadání ještě nikdo nenapsal.

package/README.md

@@ -1,3 +0,0 @@
-# Temporary Holding Version
-
-This version is a temporary placeholder for this package. An operational version to replace this has been submitted for review and is awaiting a staged release.