@bohuyeshan/openagent-labforge-core 3.11.5 → 3.13.0

package/README.zh-cn.md

@@ -1,547 +1,231 @@
-> [!WARNING]
-> **临时通知（本周）：维护者响应延迟说明**
->
-> 核心维护者 Q 因受伤，本周 issue/PR 回复和发布可能会延迟。
-> 感谢你的耐心与支持。
-
-> [!NOTE]
-> **衍生项目说明**
-> 
-> 本项目是 `code-yeongyu/openagent-labforge`（原 `openagent-labforge`）的克隆/衍生版本。
-> 我们已对项目进行重命名，并新增了以“用户可控模型路由”和“科研工作流”为核心的功能与配置选项。
-> 许可与来源请见 `LICENSE.md`、`NOTICE`、`THIRD_PARTY_NOTICES.md` 与 `docs/licensing.md`。
->
-> [![Sisyphus Labs - Sisyphus is the agent that codes like your team.](./.github/assets/sisyphuslabs.png?v=2)](https://sisyphuslabs.ai)
-> > **我们正在构建 Sisyphus 的完全产品化版本，以定义前沿智能体 (Frontier Agents) 的未来。<br />[在此处](https://sisyphuslabs.ai)加入候补名单。**
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-> [!TIP]
-> 加入我们！
->
-> | [<img alt="Discord link" src="https://img.shields.io/discord/1452487457085063218?color=5865F2&label=discord&labelColor=black&logo=discord&logoColor=white&style=flat-square" width="156px" />](https://discord.gg/PUwSMR9XNk) | 加入我们的 [Discord 社区](https://discord.gg/PUwSMR9XNk)，与贡献者及其他 `openagent-labforge` 用户交流。 |
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-> | [<img alt="X link" src="https://img.shields.io/badge/Follow-%40justsisyphus-00CED1?style=flat-square&logo=x&labelColor=black" width="156px" />](https://x.com/justsisyphus) | 关于 `openagent-labforge` 的新闻和更新过去发布在我的 X 账号上。<br /> 因为账号被意外停用，现在由 [@justsisyphus](https://x.com/justsisyphus) 代为发布更新。 |
-> | [<img alt="GitHub Follow" src="https://img.shields.io/github/followers/code-yeongyu?style=flat-square&logo=github&labelColor=black&color=24292f" width="156px" />](https://github.com/code-yeongyu) | 在 GitHub 上关注 [@code-yeongyu](https://github.com/code-yeongyu) 获取更多项目信息。 |
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-[![OpenAgent Labforge](./.github/assets/hero.jpg)](https://github.com/code-yeongyu/openagent-labforge#openagent-labforge)
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-[![Preview](./.github/assets/omo.png)](https://github.com/code-yeongyu/openagent-labforge#openagent-labforge)
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-> 这是类固醇式编程。不是一个模型的类固醇——而是整个药库。
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-> 用 Claude 做编排，用 GPT 做推理，用 Kimi 提速度，用 Gemini 处理视觉。模型正在变得越来越便宜，越来越聪明。没有一个提供商能够垄断。我们正在为那个开放的市场而构建。Anthropic 的牢笼很漂亮。但我们不住那。
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-[![GitHub Release](https://img.shields.io/github/v/release/code-yeongyu/openagent-labforge?color=369eff&labelColor=black&logo=github&style=flat-square)](https://github.com/code-yeongyu/openagent-labforge/releases)
-[![npm downloads](https://img.shields.io/npm/dt/openagent-labforge?color=ff6b35&labelColor=black&style=flat-square)](https://www.npmjs.com/package/openagent-labforge)
-[![GitHub Contributors](https://img.shields.io/github/contributors/code-yeongyu/openagent-labforge?color=c4f042&labelColor=black&style=flat-square)](https://github.com/code-yeongyu/openagent-labforge/graphs/contributors)
-[![GitHub Forks](https://img.shields.io/github/forks/code-yeongyu/openagent-labforge?color=8ae8ff&labelColor=black&style=flat-square)](https://github.com/code-yeongyu/openagent-labforge/network/members)
-[![GitHub Stars](https://img.shields.io/github/stars/code-yeongyu/openagent-labforge?color=ffcb47&labelColor=black&style=flat-square)](https://github.com/code-yeongyu/openagent-labforge/stargazers)
-[![GitHub Issues](https://img.shields.io/github/issues/code-yeongyu/openagent-labforge?color=ff80eb&labelColor=black&style=flat-square)](https://github.com/code-yeongyu/openagent-labforge/issues)
-[![License](https://img.shields.io/badge/license-SUL--1.0-white?labelColor=black&style=flat-square)](https://github.com/code-yeongyu/openagent-labforge/blob/dev/LICENSE.md)
-[![Ask DeepWiki](https://deepwiki.com/badge.svg)](https://deepwiki.com/code-yeongyu/openagent-labforge)
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-[English](README.md) | [한국어](README.ko.md) | [日本語](README.ja.md) | [简体中文](README.zh-cn.md)
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-## 评价
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-> “因为它，我取消了 Cursor 的订阅。开源社区正在发生令人难以置信的事情。” - [Arthur Guiot](https://x.com/arthur_guiot/status/2008736347092382053?s=20)
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-> “如果人类需要 3 个月完成的事情 Claude Code 需要 7 天，那么 Sisyphus 只需要 1 小时。它会一直工作直到任务完成。它是一个极度自律的智能体。” <br/>- B, 量化研究员
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-> “用 OpenAgent Labforge 一天之内解决了 8000 个 eslint 警告。” <br/>- [Jacob Ferrari](https://x.com/jacobferrari_/status/2003258761952289061)
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-> “我用 Ohmyopencode 和 ralph loop 花了一晚上的时间，把一个 45k 行代码的 tauri 应用转换成了 SaaS Web 应用。从面试模式开始，让它对我提供的提示词进行提问和提出建议。看着它工作很有趣，今早醒来看到网站基本已经跑起来了，太震撼了！” - [James Hargis](https://x.com/hargabyte/status/2007299688261882202)
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-> “用 openagent-labforge 吧，你绝对回不去了。” <br/>- [d0t3ch](https://x.com/d0t3ch/status/2001685618200580503)
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-> “我很难准确描述它到底哪里牛逼，但开发体验已经达到完全不同的维度了。” - [苔硯:こけすずり](https://x.com/kokesuzuri/status/2008532913961529372?s=20)
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-> “这周末我用 open code、OpenAgent Labforge 和 supermemory 瞎折腾一个像我的世界/魂系一样的怪物游戏。吃完午饭去散步前，我让它把下蹲动画加进去。[视频]” - [MagiMetal](https://x.com/MagiMetal/status/2005374704178373023)
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-> “你们真该把这个合并到核心代码里，然后把他招安了。说真的，这东西实在太牛了。” <br/>- Henning Kilset
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-> “如果你们能说服 @yeon_gyu_kim，赶紧招募他。这个人彻底改变了 opencode。” <br/>- [mysticaltech](https://x.com/mysticaltech/status/2001858758608376079)
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-> “OpenAgent Labforge 简直疯了。” - [YouTube - Darren Builds AI](https://www.youtube.com/watch?v=G_Snfh2M41M)
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-# OpenAgent Labforge
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-我们最初把这叫做“给 Claude Code 打类固醇”。那是低估了它。
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-不是只给一个模型打药。我们在运营一个联合体。Claude、GPT、Kimi、Gemini——各司其职，并行运转，永不停歇。模型每个月都在变便宜，没有任何提供商能够垄断。我们已经活在那个世界里了。
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-脏活累活我们替你干了。我们测试了一切，只留下了真正有用的。
-
-安装 OmO。敲下 `ultrawork`。疯狂地写代码吧。
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-## 变更摘要 (Labforge)
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-- 以衍生项目形式重命名，并补充第三方来源与许可说明。
-- 恢复轻量 plan/build 默认行为，并提供显式开关。
-- 新增 Model Governor AUTO，用于模型发现、类别默认与回退链。
-- 强制尊重用户手动模型选择，避免越权改写。
-- 增加智能体名称多语言与 SOUL 规则注入控制。
-- 新增 DOCX、PDF、PPTX、XLSX、网页检索、数据分析等内置技能。
-- 新增科研导向 MCP 默认策略、显式 MCP policy，以及默认关闭但可见的研究型 MCP。
-- 新增统一的 `full` / `paper` skills bundle，并用来源前缀解决外部 skill 同名冲突。
-- 通过 metadata-first 预览与按需 merged-skill 获取，降低 skills 初始化负担。
-- 收紧 todo continuation 行为，更尊重真正等待用户输入的场景。
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-## 科研导向设计
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-- 该衍生版本在保留原始编程能力的基础上，直接在核心中加入科研导向增强。
-- 核心已内置：模型治理、SOUL 规则注入控制、文档/研究技能默认能力。
-- Skills 现已支持统一功能目录、metadata-first 预览，以及按需正文懒加载。
-- Skills 默认整理为 `paper` / `full` 两套 bundle，降低运行时 token 噪音。
-- 建议配合以下子插件以获得更强科研工作流：
-  - `opencode-agent-bio-paper`
-  - `opencode-mcp-paper-search`
-- `full` 与 `paper-only` 组合策略见 `plugins/BUNDLES.md`。
-
-## 统一 Skills Catalog
-
-- 生成统一功能化 catalog：
-
-```bash
-bun run build:skills-catalog
-```
-
-- 运行时通过 bundle 快捷方式加载：
-
-```jsonc
-{
-  "skills": {
-    "bundle": "full"
-  }
-}
-```
-
-或：
-
-```jsonc
-{
-  "skills": {
-    "bundle": "paper"
-  }
-}
-```
-
-- 生成产物：
-  - `generated/skills-bundles/catalog.json`
-  - `generated/skills-bundles/full/INDEX.md`
-  - `generated/skills-bundles/paper/INDEX.md`
-
-模型现在会先看 skill 的 `name`、`description`、`category`，只有真正需要时才读取完整 skill 指令正文。
-
-说明：为避免不同来源 skill 同名冲突，外部 bundle skill 会使用来源前缀命名（例如 `openai-curated/openai-docs`、`anthropic/mcp-builder`）；builtin skill 保持原始稳定命名。
-
-## 模型选择保证
-
-- 用户手动选择的模型在 build/plan 及所有新增 agent 场景下均为最高优先级。
-- AUTO 以显式入口（`auto` provider）提供，不会覆盖用户显式固定模型。
-- 默认开启严格锁定，可配置：
-
-```jsonc
-{
-  "experimental": {
-    "strict_user_model_priority": true
-  }
-}
-```
-
-
-
-## 安装
-
-### 当前发布包
-
-- 核心包：`@bohuyeshan/openagent-labforge-core`
-- 当前已发布版本线：`3.11.x`
-- `@labforge/...` 现在仅作为历史文档和迁移兼容说明保留
-
-## 当前分发策略
-
-- 当前推荐使用方式：**直接通过 npm 安装已发布包**
-- 本地编译 + 本地安装仍保留给开发调试场景
-- 上游发布工作流差异记录见：`docs/release/upstream-publish-notes.md`
-
-## 当前推荐使用方式
-
-1. 通过 npm 安装：
-
-```bash
-npm install --prefix ~/.config/opencode @bohuyeshan/openagent-labforge-core@latest
-```
-
-2. 在 `opencode.json` 中注册插件：
-
-```jsonc
-{
-  "plugin": ["@bohuyeshan/openagent-labforge-core"]
-}
-```
-
-3. 插件配置文件使用：
-
-```bash
-bun run build:skills-catalog
-bun run build
-```
-
-```jsonc
-{
-  "skills": {
-    "bundle": "full"
-  }
-}
-```
-
-4. 默认推荐先用 `full` bundle；如只做论文/科研轻量工作流，可改 `paper`。
-
-5. 本地开发安装路径（可选）：
-
-```bash
-bun run build:skills-catalog
-bun run build
-npm pack
-npm install --prefix ~/.config/opencode /absolute/path/to/openagent-labforge-core-<version>.tgz
-```
-
-## 当前运行时行为
-
-- 用户手动选中的模型在多会话、多 agent 场景下仍为最高优先级。
-- `gmn` 这类 OpenAI-compatible provider 建议只保留单个 GPT 模型定义（例如 `gmn/gpt-5.3-codex`），思考深度交给 OpenCode UI 控制。
-- `skills.bundle = "full"` 当前会加载完整 curated bundle（builtin + 精选 external skills）。
-- 外部 bundle skill 为避免与 builtin 同名冲突，会使用来源前缀命名，例如：
-  - `openai-curated/openai-docs`
-  - `anthropic/mcp-builder`
-- Todo continuation 现在更保守：
-  - 需要连续两次 idle 才会继续注入
-  - 优先尊重 `question` 工具
-  - 也会识别常见“等待用户确认/输入”的文本模式
-  - 避免刚结束输出就立刻重复注入
-
-## 当前已知限制
-
-- 多窗口 / 多仓库切换仍然部分受 OpenCode 宿主初始化模型影响。
-- 插件已经减少了若干重复扫描，但在超大工作区或长期使用导致宿主数据目录很大时，冷启动仍可能有明显成本。
-- OpenCode 宿主数据目录很大、旧会话状态较重或工作区极大时，会话恢复体感可能仍明显慢于裸启动。
-
-## Provider 配置说明
-
-对 `gmn` 这类 OpenAI-compatible provider，推荐配置形态如下：
-
-```jsonc
-{
-  "provider": {
-    "gmn": {
-      "npm": "@ai-sdk/openai",
-      "options": {
-        "baseURL": "https://gmn.chuangzuoli.com/v1"
-      },
-      "models": {
-        "gpt-5.3-codex": {
-          "name": "GPT-5.3 Codex",
-          "limit": {
-            "context": 400000,
-            "output": 128000
-          }
-        }
-      }
-    }
-  },
-  "model": "gmn/gpt-5.3-codex"
-}
-```
-
-思考深度建议直接在 OpenCode 的 UI 中选择，不要再手工拆成 `low` / `medium` / `high` 多个模型别名。
-
-### 给人类看的
-
-复制并粘贴以下提示词到你的 LLM Agent (Claude Code, AmpCode, Cursor 等):
-
-```
-Install and configure @bohuyeshan/openagent-labforge-core by following the instructions here:
-https://raw.githubusercontent.com/code-yeongyu/openagent-labforge/refs/heads/dev/docs/guide/installation.md
-```
-
-或者你可以直接去读 [安装指南](docs/guide/installation.md)，但说真的，让 Agent 去干吧。人类配环境总是容易敲错字母。
-
-### 给 LLM Agent 看的
-
-获取安装指南并照做：
-
-```bash
-curl -s https://raw.githubusercontent.com/code-yeongyu/openagent-labforge/refs/heads/dev/docs/guide/installation.md
-```
-
----
-
-## 跳过这个 README 吧
-
-读文档的时代已经过去了。直接把下面这行发给你的 Agent：
-
-```
-Read this and tell me why it's not just another boilerplate: https://raw.githubusercontent.com/code-yeongyu/openagent-labforge/refs/heads/dev/README.md
-```
-
-## 核心亮点
-
-### 🪄 `ultrawork`
-
-你竟然还在往下读？真有耐心。
-
-安装。输入 `ultrawork` (或者 `ulw`)。搞定。
-
-下面的内容，包括所有特性、所有优化，你全都不需要知道，它自己就能完美运行。
-
-只需以下订阅之一，ultrawork 就能顺畅工作（本项目与它们没有任何关联，纯属个人推荐）：
-- [ChatGPT 订阅 ($20)](https://chatgpt.com/)
-- [Kimi Code 订阅 ($0.99) (*仅限本月*)](https://www.kimi.com/membership/pricing?track_id=5cdeca93-66f0-4d35-aabb-b6df8fcea328)
-- [GLM Coding 套餐 ($10)](https://z.ai/subscribe)
-- 如果你能使用按 token 计费的方式，用 kimi 和 gemini 模型花不了多少钱。
-
-|       | 特性                                                            | 功能说明                                                                                                                                                                        |
-| :---: | :-------------------------------------------------------------- | :------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ |
-|   🤖   | **自律军团 (Discipline Agents)**                                | Sisyphus 负责调度 Hephaestus、Oracle、Librarian 和 Explore。一支完整的 AI 开发团队并行工作。                                                                                    |
-|   ⚡   | **`ultrawork` / `ulw`**                                         | 一键触发，所有智能体出动。任务完成前绝不罢休。                                                                                                                                  |
-|   🚪   | **[IntentGate 意图门](https://factory.ai/news/terminal-bench)** | 真正行动前，先分析用户的真实意图。彻底告别被字面意思误导的 AI 废话。                                                                                                            |
-|   🔗   | **基于哈希的编辑工具**                                          | 每次修改都通过 `LINE#ID` 内容哈希验证、0% 错误修改。灵感来自 [oh-my-pi](https://github.com/can1357/oh-my-pi)。[马具问题 →](https://blog.can.ac/2026/02/12/the-harness-problem/) |
-|   🛠️   | **LSP + AST-Grep**                                              | 工作区级别的重命名、构建前诊断、基于 AST 的重写。为 Agent 提供 IDE 级别的精度。                                                                                                 |
-|   🧠   | **后台智能体**                                                  | 同时发射 5+ 个专家并行工作。保持上下文干净，随时获取成果。                                                                                                                      |
-|   📚   | **内置 MCP**                                                    | Exa (网络搜索)、Context7 (官方文档)、Grep.app (GitHub 源码搜索)。默认开启。                                                                                                     |
-|   🔁   | **Ralph Loop / `/ulw-loop`**                                    | 自我引用闭环。达不到 100% 完成度绝不停止。                                                                                                                                      |
-|   ✅   | **Todo 强制执行**                                               | Agent 想要摸鱼？系统直接揪着领子拽回来。你的任务，必须完成。                                                                                                                    |
-|   💬   | **注释审查员**                                                  | 剔除带有浓烈 AI 味的冗余注释。写出的代码就像老练的高级工程师写的。                                                                                                              |
-|   🖥️   | **Tmux 集成**                                                   | 完整的交互式终端支持。跑 REPL、用调试器、用 TUI 工具，全都在实时会话中完成。                                                                                                    |
-|   🔌   | **Claude Code 兼容**                                            | 你现有的 Hooks、命令、技能、MCP 和插件？全都能无缝迁移过来。                                                                                                                    |
-|   🎯   | **技能内嵌 MCP**                                                | 技能自带其所需的 MCP 服务器。按需开启，不会撑爆你的上下文窗口。                                                                                                                 |
-|   📋   | **Prometheus 规划师**                                           | 动手写代码前，先通过访谈模式做好战略规划。                                                                                                                                      |
-|   🔍   | **`/init-deep`**                                                | 在整个项目目录层级中自动生成 `AGENTS.md`。不仅省 Token，还能大幅提升 Agent 理解力。                                                                                             |
-
-### 自律军团 (Discipline Agents)
-
-<table><tr>
-<td align="center"><img src=".github/assets/sisyphus.png" height="300" /></td>
-<td align="center"><img src=".github/assets/hephaestus.png" height="300" /></td>
-</tr></table>
-
-**Sisyphus** (`claude-opus-4-6` / **`kimi-k2.5`** / **`glm-5`**) 是你的主指挥官。他负责制定计划、分配任务给专家团队，并以极其激进的并行策略推动任务直至完成。他从不半途而废。
-
-**Hephaestus** (`gpt-5.3-codex`) 是你的自主深度工作者。你只需要给他目标，不要给他具体做法。他会自动探索代码库模式，从头到尾独立执行任务，绝不会中途要你当保姆。*名副其实的正牌工匠。*
-
-**Prometheus** (`claude-opus-4-6` / **`kimi-k2.5`** / **`glm-5`**) 是你的战略规划师。他通过访谈模式，在动一行代码之前，先通过提问确定范围并构建详尽的执行计划。
-
-每一个 Agent 都针对其底层模型的特点进行了专门调优。你无需手动来回切换模型。[阅读背景设定了解更多 →](docs/guide/overview.md)
-
-> Anthropic [因为我们屏蔽了 OpenCode](https://x.com/thdxr/status/2010149530486911014)。这就是为什么我们将 Hephaestus 命名为“正牌工匠 (The Legitimate Craftsman)”。这是一个故意的讽刺。
->
-> 我们在 Opus 上运行得最好，但仅仅使用 Kimi K2.5 + GPT-5.3 Codex 就足以碾压原版的 Claude Code。完全不需要配置。
-
-### 智能体调度机制
-
-当 Sisyphus 把任务分配给子智能体时，他选择的不是具体的模型，而是 **类别 (Category)**。系统会自动将类别映射到最合适的模型：
-
-| 类别                 | 作用领域               |
-| :------------------- | :--------------------- |
-| `visual-engineering` | 前端、UI/UX、设计      |
-| `deep`               | 深度自主调研与执行     |
-| `quick`              | 单文件修改、修错字     |
-| `ultrabrain`         | 复杂硬核逻辑、架构决策 |
-
-智能体只需要说明要做什么类型的工作，框架就会挑选出最合适的模型去干。你完全不需要操心。
-
-### 模型治理 (AUTO)
-
-AUTO 会检测可用模型，分配类别默认模型，并生成回退链。
-它不会覆盖你手写的配置，也不会改写你在 UI 中手动选择的模型。
-
-配置示例：
-
-```jsonc
-{
-  "model_governor": {
-    "enabled": true,
-    "mode": "auto",
-    "report": { "enabled": true, "format": "md" }
-  }
-}
-```
-
-报告与规则文件将写入 OpenCode 配置目录：
-
-- `openagent-labforge.models.report.md`
-- `openagent-labforge.models.rules.jsonc`
-
-### 完全兼容 Claude Code
-
-你已经花了大力气调教好了 Claude Code 的配置？太好了。
-
-这里完美兼容所有的 Hook、命令、技能、MCP 以及插件。所有配置直接生效，包括插件系统。
-
-### 赋予 Agent 世界级的开发工具
-
-LSP、AST-Grep、Tmux、MCP 并不是用胶水勉强糊在一起的，而是真正深度的集成。
-
-- **LSP**: 支持 `lsp_rename`、`lsp_goto_definition`、`lsp_find_references` 和 `lsp_diagnostics`。给 Agent 提供 IDE 般的精准操作。
-- **AST-Grep**: 支持 25 种编程语言，能够理解语法树的模式匹配和代码重写。
-- **Tmux**: 真实的交互式终端环境，支持 REPL、调试器以及 TUI 工具。Agent 的进程持久运行。
-- **MCP**: 内置 Web 搜索、官方文档直连以及 GitHub 级代码搜索。
-
-### 技能专属的按需 MCP 服务器
-
-一堆全局 MCP 服务器极其消耗 Context 额度，我们修好了这个问题。
-
-现在每个技能 (Skill) 都带着自己的专属 MCP。只在执行该任务时启动，任务完成即刻销毁。Context 窗口始终清爽。
-
-### 拒绝瞎改：基于内容哈希的编辑工具 (Hash-Anchored Edits)
-
-Harness 问题是真的。绝大多数所谓的 Agent 故障，其实并不是大模型变笨了，而是他们用的文件编辑工具太烂了。
-
-> *“目前所有工具都无法为模型提供一种稳定、可验证的行定位标识……它们全都依赖于模型去强行复写一遍自己刚才看到的原文。当模型一旦写错——而且这很常见——用户就会怪罪于大模型太蠢了。”*
->
-> <br/>- [Can Bölük, The Harness Problem](https://blog.can.ac/2026/02/12/the-harness-problem/)
-
-受 [oh-my-pi](https://github.com/can1357/oh-my-pi) 的启发，我们实现了 **Hashline** 技术。Agent 读到的每一行代码，末尾都会打上一个强绑定的内容哈希值：
-
-```
-11#VK| function hello() {
-22#XJ|   return "world";
-33#MB| }
-```
-
-Agent 发起修改时，必须通过这些标签引用目标行。如果在此期间文件发生过变化，哈希验证就会失败，从而在代码被污染前直接驳回。不再有缩进空格错乱，彻底告别改错行的惨剧。
-
-在 Grok Code Fast 1 上，仅仅因为更换了这套编辑工具，修改成功率直接从 **6.7% 飙升至 68.3%**。
-
-### 深度上下文初始化：`/init-deep`
-
-执行一次 `/init-deep`。它会为你生成一个树状的 `AGENTS.md` 文件系统：
-
-```
-project/
-├── AGENTS.md              ← 全局级架构与约定
-├── src/
-│   ├── AGENTS.md          ← src 级规范
-│   └── components/
-│       └── AGENTS.md      ← 组件级详细说明
-```
-
-Agent 会自动顺藤摸瓜加载对应的 Context，免去了你所有的手动喂喂喂的麻烦。
-
-### 让 Agent 动手前先过脑子：Prometheus
-
-碰到了硬骨头？千万不要扔个 Prompt 就双手合十祈祷。
-
-输入 `/start-work`，召唤 Prometheus 出场。**他会像一个真实的主管那样去采访你**，主动深挖需求、指出模糊地带，并在改动哪怕一行代码之前产出经过严密论证的计划。你的 Agent 终于知道了自己在干嘛。
-
-### 技能系统 (Skills)
-
-这里的 Skills 绝不只是一段无脑的 Prompt 模板。它们包含了：
-
-- 面向特定领域的极度调优系统指令
-- 按需加载的独立 MCP 服务器
-- 对 Agent 能力边界的强制约束
-
-默认内置：`playwright`（极其稳健的浏览器自动化）、`git-master`（全自动的原子级提交及 rebase 手术）、`frontend-ui-ux`（设计感拉满的 UI 实现）。
-
-想加你自己的？放进 `.opencode/skills/*/SKILL.md` 或者 `~/.config/opencode/skills/*/SKILL.md` 就行。
-
-**想看所有的硬核功能说明吗？** 点击查看 **[详细特性文档 (Features)](docs/reference/features.md)** ，深入了解 Agent 架构、Hook 流水线、核心工具链和所有的内置 MCP 等等。
-
----
-
-> **第一次用 openagent-labforge？** 阅读 **[概述](docs/guide/overview.md)** 了解你拥有哪些功能，或查看 **[编排指南](docs/guide/orchestration.md)** 了解 Agent 如何协作。
-
-## 如何卸载 (Uninstallation)
-
-要移除 openagent-labforge:
-
-1. **从你的 OpenCode 配置文件中去掉插件**
-
-   编辑 `~/.config/opencode/opencode.json` (或 `opencode.jsonc`) ，并把 `"openagent-labforge"` 从 `plugin` 数组中删掉：
-
-   ```bash
-   # 如果你有 jq 的话
-   jq '.plugin = [.plugin[] | select(. != "openagent-labforge")]' \
-       ~/.config/opencode/opencode.json > /tmp/oc.json && \
-       mv /tmp/oc.json ~/.config/opencode/opencode.json
-   ```
-
-2. **清除配置文件 (可选)**
-
-   ```bash
-   # 移除全局用户配置
-   rm -f ~/.config/opencode/openagent-labforge.json ~/.config/opencode/openagent-labforge.jsonc
-
-   # 移除当前项目的配置
-   rm -f .opencode/openagent-labforge.json .opencode/openagent-labforge.jsonc
-   ```
-
-3. **确认卸载成功**
-
-   ```bash
-   opencode --version
-   # 这个时候就应该没有任何关于插件的输出信息了
-   ```
-
-## 闲聊环节 (Author's Note)
-
-**想知道做这个插件的哲学理念吗？** 阅读 [Ultrawork 宣言](docs/manifesto.md)。
-
----
-
-我为了做个人项目，烧掉了整整 $24,000 的 LLM API Token 费用。我把市面上每个宣称好用的代码 Agent 全试了一遍，配置选项被我翻得底朝天。最后我得出了结论，OpenCode 赢了。
-
-我踩过的坑、撞过的南墙，它们的终极解法现在全都被硬编码到了这个插件里。你只需要安装，然后直接用。
-
-如果把 OpenCode 喻为底层的 Debian/Arch，那么 OmO 毫无疑问就是开箱即用的 Ubuntu/[Omarchy](https://omarchy.org/)。
-
-本项目受到 [AmpCode](https://ampcode.com) 和 [Claude Code](https://code.claude.com/docs/overview) 的深刻启发。我把他们好用的特性全都搬了过来，且在很多地方做了底层强化。它仍在活跃开发中，因为毕竟，这是 **Open**Code。
-
-其他调度框架只会给你画饼画一张很酷的 Multi-Agent 大饼。我们把饼烙出来了。不仅能用，而且极其稳定。所有的功能都不是为了炫技，而是真的能把任务干完。
-
-因为我自己就是这个项目最偏执、最神经质的极端用户：
-- 哪个模型在处理变态业务逻辑时最不容易晕？
-- 谁是修 Bug 的神？
-- 谁文笔最好、最不 AI 味？
-- 谁能在前端交互上碾压一切？
-- 后端性能谁来抗？
-- 谁又快又便宜适合打杂？
-- 竞争对手们今天又发了啥牛逼的功能，能抄吗？
-
-这个插件是以上一切的结晶 (Distillation)。直接拿走去用。如果有更好的点子，PR 大门永远敞开。
-
-**别再浪费时间去到处对比选哪个框架好了。**
-**我会去市面上调研，把最强的特性全偷过来，然后在这更新。**
-
-听起来很自大吗？如果你有更牛逼的实现思路，那就交 PR，热烈欢迎。
-
-郑重声明：本项目与文档中提及的任何框架/大模型供应商**均无利益相关**，这完完全全就是一次走火入魔的个人硬核实验成果。
-
-本项目 99% 的代码都是直接由 OpenCode 生成的。我本人其实并不懂 TypeScript。**但我以人格担保，这个 README 是我亲自审核并且大幅度重写过的。**
-
-## 以下公司的专业开发人员都在用
-
-- [Indent](https://indentcorp.com)
-  - 开发了 Spray - 意见领袖营销系统, vovushop - 跨境电商独立站, vreview - AI 赋能的电商买家秀营销解决方案
-- [Google](https://google.com)
-- [Microsoft](https://microsoft.com)
-- [ELESTYLE](https://elestyle.jp)
-  - 开发了 elepay - 全渠道移动支付网关, OneQR - 专为无现金社会打造的移动 SaaS 生态系统
-
-*特别感谢 [@junhoyeo](https://github.com/junhoyeo) 为我们设计的令人惊艳的首图（Hero Image）。*
-
+# OpenAgent Labforge
+
+OpenAgent Labforge 是一个面向 OpenCode 的插件分支，当前聚焦三件事：
+
+- 更强的工程化编排能力
+- 更明确、可检查的子会话委派
+- 以生物信息学为核心的专用工作流
+
+它衍生自 `code-yeongyu/oh-my-openagent`，并保留上游的许可与来源边界。
+详见 [LICENSE.md](LICENSE.md)、[NOTICE](NOTICE)、
+[THIRD_PARTY_NOTICES.md](THIRD_PARTY_NOTICES.md) 与
+[docs/licensing.md](docs/licensing.md)。
+
+## 这个分支现在是什么
+
+这份 README 只描述当前实际行为，不再保留旧路线图式的叙述。
+
+当前插件的核心定位是：
+
+- 以 `task(subagent_type=...)` 为规范委派路径
+- 面向新版 OpenCode 的稳定 plugin / agent / MCP 注入
+- 将搜索、文档、代码、论文检索明确拆层
+- 建设第一方生信 agent 与 skills 体系
+- 继续坚持本地优先安装与开发
+
+## 当前核心能力
+
+### 工程编排层
+
+- `sisyphus`：主调度器
+- `wase`：全自动调度器
+- `hephaestus`：深度编码执行者
+- `prometheus`：规划器
+- `atlas`：执行协调器
+- `metis`：规划前分析
+- `momus`：计划审查
+
+这些核心 agent 正在统一接入更强的工程能力：
+
+- 更严格的范围控制
+- 更强的验证要求
+- 更清晰的规划和审查标准
+- 更可执行的委派契约
+
+当前工程能力接入分层：
+
+- 强执行 + 强编排：`sisyphus`、`wase`
+- 强执行：`hephaestus`
+- 强编排：`atlas`
+- 强规划：`prometheus`、`metis`
+- 强审查：`momus`
+
+这样分层是刻意的，后面如果 OpenCode 官方补上同类能力，我们更容易按块去重。
+
+### 专长 agent
+
+- `explore`：本地代码发现
+- `librarian`：单一库 / SDK / 框架研究
+- `github-scout`：仓库侦察与选型
+- `tech-scout`：生态、benchmark、发布分析
+- `article-writer`：公众技术写作
+- `scientific-writer`：科研 / 同行向技术写作
+- `multimodal-looker`：PDF / 图片 / 图表理解
+
+### 生物信息学体系
+
+当前已经形成明确的生信层级：
+
+- 主入口：
+  `bio-orchestrator` 负责综合协调
+  `bio-pipeline-operator` 负责执行型任务
+- 内部专家：
+  `bio-methodologist` 负责计算设计、QC、统计规划
+  `wet-lab-designer` 负责用户执行的湿实验验证设计
+  `paper-evidence-synthesizer` 负责跨论文证据矩阵与置信度分层
+
+这套体系不只是“泛泛做分析”，还包括：
+
+- 文献检索
+- 公共数据集发现
+- 计算分析
+- 为用户设计湿实验验证方案
+- 证据整合
+- 专业报告输出
+
+## 内置 Skills 方向
+
+当前内置 skill 已经覆盖通用工程和生信两条线。
+
+通用方向：
+
+- `playwright`
+- `frontend-ui-ux`
+- `git-master`
+- `docx-workbench`
+- `pdf-toolkit`
+- `xlsx-analyst`
+
+生信方向：
+
+- `bio-tools`
+- `bio-methods`
+- `wet-lab-design`
+- `bio-pipeline`
+- `paper-evidence`
+- `differential-expression`
+- `scrna-preprocessing`
+- `cell-annotation`
+- `pubmed-search`
+- `geo-query`
+- `sequence-analysis`
+- `structural-biology`
+- `bio-visualization`
+- `vector-design`
+
+这些生信 skill 都不是泛泛提示词，而是面向执行的技能说明，写明了：
+
+- 推荐工具
+- 常见命令或代码路径
+- 预期产物
+- 适用边界
+
+现在生信 agent 也带了明确的数据交互与环境安全能力：
+
+- 缺关键数据时会主动向用户索要“决定性输入”，而不是泛泛说“请提供数据”
+- 会区分必需输入和可选补充材料
+- Python 环境优先 `uv`
+- 混合原生工具栈优先 `conda`
+- 在 Windows 下会明确指出哪些场景实际上需要 WSL / Linux
+
+## 当前 MCP 集合
+
+内置 MCP 已经主动收口。
+
+保留并可见的内置 MCP：
+
+- `websearch`
+- `context7`
+- `grep_app`
+- `browser_puppeteer`
+- `chrome-devtools-mcp`
+- `deepwiki_mcp`（默认关闭）
+- `open_websearch_mcp`
+- `paper_search_mcp`
+- `semantic_scholar_fastmcp`
+
+已移除出内置可见集合：
+
+- `arxiv_mcp`
+- `fetch_browser`
+
+原因很简单：
+
+- 避免重复能力
+- 缩小 MCP 表面面积
+- `deepwiki_mcp` 改为用户按需开启，而不是默认打开
+
+## OpenCode 兼容迁移
+
+近期迁移重点是跟上新版 OpenCode 的行为。
+
+已对齐或强化的部分包括：
+
+- canonical + legacy 插件配置发现
+- builtin agent 保护与运行时注册
+- command 发现链：
+  - `.opencode/command`
+  - `.opencode/commands`
+  - 向上发现直到 worktree 根
+  - slash 风格嵌套命令名
+- `.agents/skills` 注入链
+- MCP 合并顺序与用户覆盖行为
+- todo continuation / compaction / stagnation 保护链
+
+上游迁移审计清单见：
+
+- [docs/release/upstream-oh-my-openagent-3.11-plus-audit.md](docs/release/upstream-oh-my-openagent-3.11-plus-audit.md)
+
+## 当前安装现实
+
+这个项目仍以本地优先为主。
+
+推荐流程：
+
+```bash
+bun run build:skills-catalog
+bun run build
+bun pm pack
+```
+
+然后参考：
+
+- [docs/guide/installation.md](docs/guide/installation.md)
+
+## 本地参考仓
+
+迁移和设计所需的参考仓统一放在 `Future/` 下。
+
+当前包括：
+
+- 上游 `oh-my-openagent`
+- `BioClaw`
+- `Geneclaw`
+- `codex-main`
+
+这些只是本地参考目录，不属于最终分发物。
+
+## 当前优先级
+
+当前工作顺序是：
+
+1. 收完上游 OpenCode 兼容特性迁移
+2. 强化核心 agent 的工程能力
+3. 继续优化生物信息学 agent 与 skills
+
+## 文档入口
+
+- [docs/guide/installation.md](docs/guide/installation.md)
+- [docs/guide/orchestration.md](docs/guide/orchestration.md)
+- [docs/guide/bio-skills.md](docs/guide/bio-skills.md)
+- [docs/guide/bio-paper-autonomous-flow-v1.md](docs/guide/bio-paper-autonomous-flow-v1.md)
+- [docs/reference/configuration.md](docs/reference/configuration.md)
+- [docs/reference/features.md](docs/reference/features.md)
+
+## 其他语言
+
+- [English](README.md)
+- [简体中文](README.zh-cn.md)
+- [日本語](README.ja.md)
+- [한국어](README.ko.md)
+- [Русский](README.ru.md)