@bgicli/bgicli 2.4.0 → 2.4.2

package/README.md

@@ -5,7 +5,7 @@
 - ✅ **开箱即用** — `npm install -g @bgicli/bgicli` 即可
 - ✅ **内置 889 个技能** — 21 个生信工作流 + 868 个 OpenClaw 医学技能，自动安装
 - ✅ **智能技能路由** — 描述任务自动激活对应技能，无需手动搜索
-- ✅ **中国 AI 服务商** — 百炼(DashScope)聚合：Qwen3.5、DeepSeek、Kimi、MiniMax 等 20+ 模型
+- ✅ **中国 AI 服务商** — 百炼(DashScope)聚合：Qwen、DeepSeek、Kimi、MiniMax 等 20+ 模型
 - ✅ **真实工具调用** — 执行 bash、读写文件、运行 R/Python 脚本
 - ✅ **内网支持** — 可接入公司私有化部署的大模型
 
@@ -91,7 +91,7 @@ bgi                    # 启动
 ### 服务商 / 模型
 | 命令 | 说明 |
 |------|------|
-| `/provider <name>` | 切换服务商 (`bailian` / `intranet` / `custom`) |
+| `/provider <name>` | 切换服务商（`bailian` / `intranet` / `custom`） |
 | `/model <name>` | 切换模型 |
 | `/models` | 列出当前服务商所有可用模型 |
 | `/providers` | 列出所有服务商 |
@@ -116,6 +116,34 @@ bgi                    # 启动
 | `/save [文件名]` | 保存对话为 Markdown 文件 |
 | `/think [on\|off]` | 切换思考模式（Qwen3 `/think` 前缀） |
 
+### 断点与恢复
+| 命令 | 说明 |
+|------|------|
+| `/checkpoint` | 保存当前对话断点（含激活的技能） |
+| `/checkpoint save [标签]` | 保存断点并指定标签 |
+| `/checkpoint list` | 列出本次会话所有断点 |
+| `/checkpoint restore <id>` | 恢复到指定断点 |
+
+> 适合长时间分析任务中途保存进度，防止意外中断丢失上下文。
+
+### 数据库管理
+| 命令 | 说明 |
+|------|------|
+| `/db list` | 列出已注册的参考数据库 |
+| `/db add <路径> [基因组] [类型] [说明]` | 手动注册数据库路径 |
+| `/db scan [目录]` | 自动扫描文件系统查找已知数据库 |
+| `/db rm <id>` | 删除数据库记录 |
+| `/db download [名称]` | 显示标准数据库下载命令 |
+
+> 注册后 AI 可自动引用正确路径，无需每次手动指定。支持 hg38/hg19/mm10 基因组、STAR/HISAT2 索引、GTF 注释等。
+
+### 安全扫描
+| 命令 | 说明 |
+|------|------|
+| `/scan <命令>` | 扫描命令安全风险，输出 CRITICAL / HIGH / MEDIUM / LOW 等级 |
+
+> AI 执行每条 bash 命令前均自动扫描；CRITICAL 级别命令将被拦截。
+
 ### 文件与目录
 | 命令 | 说明 |
 |------|------|
@@ -124,11 +152,27 @@ bgi                    # 启动
 | `/tools` | 列出 AI 可调用的工具 |
 | `@路径` | 消息中内嵌文件内容（如 `@data.csv 里有什么?`） |
 
+### 会话报告与记忆
+退出时（双击 Ctrl+C 或输入 `exit`）自动显示会话报告：
+- 运行时长
+- 消耗 Token（输入 / 输出）
+- 执行命令成功 / 失败次数
+- 可选保存会话记忆到 `~/.bgicli/memory/`
+
 ### 其他
 | 命令 | 说明 |
 |------|------|
 | `/help` | 显示帮助 |
-| `exit` / `quit` / `q` | 退出 |
+| `exit` / `quit` / `q` | 退出（显示会话报告） |
+
+---
+
+## 快捷键
+
+| 快捷键 | 说明 |
+|--------|------|
+| `Ctrl+C`（单次） | 中断当前 AI 任务（保留对话历史） |
+| `Ctrl+C`（连按两次） | 退出程序（显示会话报告） |
 
 ---
 
@@ -195,14 +239,16 @@ npm link
 
 ```
 bgi
-├── src/index.ts       — CLI 主入口、命令处理、智能路由
-├── src/chat.ts        — 流式对话引擎（工具调用循环）
-├── src/tools.ts       — 工具实现（bash / read_file / write_file 等）
-├── src/skillRouter.ts — 关键词路由表（35个核心技能自动匹配）
-├── src/prompt.ts      — 生物信息学系统提示
-├── src/providers.ts   — 中国 AI 服务商配置
-├── src/config.ts      — 配置管理（~/.bgicli/config.json）
-└── data/              — 内置数据（工作流 + Skills + Python 工具）
+├── src/index.ts        — CLI 主入口、命令处理、智能路由、会话管理
+├── src/chat.ts         — 流式对话引擎（工具调用循环、进度渲染）
+├── src/tools.ts        — 工具实现（bash / read_file / write_file 等）
+├── src/security.ts     — 命令安全扫描（CRITICAL / HIGH / MEDIUM / LOW）
+├── src/databases.ts    — 参考数据库注册与管理
+├── src/skillRouter.ts  — 关键词路由表（35个核心技能自动匹配）
+├── src/prompt.ts       — 生物信息学系统提示
+├── src/providers.ts    — 中国 AI 服务商配置
+├── src/config.ts       — 配置管理（~/.bgicli/config.json）
+└── data/               — 内置数据（工作流 + Skills + Python 工具）
 ```
 
 ---

package/dist/bgi.js

@@ -13605,10 +13605,12 @@ var BGI_DIR = (0, import_path2.join)((0, import_os.homedir)(), ".bgicli");
 var WORKFLOWS_DIR = (0, import_path2.join)(BGI_DIR, "workflows");
 var TOOLS_DIR = (0, import_path2.join)(BGI_DIR, "tools");
 var SKILLS_DIR = (0, import_path2.join)(BGI_DIR, "skills");
+var USER_SKILLS_DIR = (0, import_path2.join)(BGI_DIR, "user-skills");
 var DATABASES_FILE = (0, import_path2.join)(BGI_DIR, "databases.json");
+var DATA_VERSION_FILE = (0, import_path2.join)(BGI_DIR, ".data-version");
 var CONFIG_FILE = (0, import_path2.join)(BGI_DIR, "config.json");
 function ensureDirs() {
-  for (const dir of [BGI_DIR, WORKFLOWS_DIR, TOOLS_DIR, SKILLS_DIR]) {
+  for (const dir of [BGI_DIR, WORKFLOWS_DIR, TOOLS_DIR, SKILLS_DIR, USER_SKILLS_DIR]) {
     if (!(0, import_fs2.existsSync)(dir)) (0, import_fs2.mkdirSync)(dir, { recursive: true });
   }
 }
@@ -15999,7 +16001,7 @@ function clearCheckpoints(sessionId) {
 
 // src/index.ts
 var import_fs7 = require("fs");
-var VERSION2 = "2.4.0";
+var VERSION2 = "2.4.2";
 var SKILLHUB_HUBS = {
   bgi: { label: "BGI\u5185\u7F51", apiBase: "https://clawhub.ai", backend: "clawhub" },
   clawhub: { label: "clawhub.ai", apiBase: "https://clawhub.ai", backend: "clawhub" },
@@ -16146,6 +16148,8 @@ function installBundledData() {
   const bundledData = (0, import_path6.join)(__dirname, "..", "data");
   if (!(0, import_fs6.existsSync)(bundledData)) return;
   ensureDirs();
+  const installedDataVersion = (0, import_fs6.existsSync)(DATA_VERSION_FILE) ? (0, import_fs6.readFileSync)(DATA_VERSION_FILE, "utf8").trim() : "";
+  const needsUpdate = installedDataVersion !== VERSION2;
   const targets = [
     { src: (0, import_path6.join)(bundledData, "workflows"), dest: WORKFLOWS_DIR, name: "Skills (\u751F\u4FE1\u5DE5\u4F5C\u6D41)" },
     { src: (0, import_path6.join)(bundledData, "skills"), dest: SKILLS_DIR, name: "Skills (\u533B\u5B66\u4E13\u79D1)" },
@@ -16155,18 +16159,24 @@ function installBundledData() {
   for (const { src, dest, name } of targets) {
     if (!(0, import_fs6.existsSync)(src)) continue;
     const isEmpty = !(0, import_fs6.existsSync)(dest) || (0, import_fs6.readdirSync)(dest).length === 0;
-    if (isEmpty) {
+    if (isEmpty || needsUpdate) {
       (0, import_fs6.mkdirSync)(dest, { recursive: true });
-      (0, import_fs6.cpSync)(src, dest, { recursive: true });
+      (0, import_fs6.cpSync)(src, dest, { recursive: true, force: true });
       if (!installed) {
-        process.stdout.write(source_default.dim("\u6B63\u5728\u521D\u59CB\u5316\u5185\u7F6E\u6570\u636E...\n"));
+        process.stdout.write(source_default.dim(needsUpdate && !isEmpty ? `\u66F4\u65B0\u5185\u7F6E\u6570\u636E\u5230 v${VERSION2}...
+` : "\u6B63\u5728\u521D\u59CB\u5316\u5185\u7F6E\u6570\u636E...\n"));
         installed = true;
       }
-      process.stdout.write(source_default.green(`  \u2713 ${name} \u5DF2\u5B89\u88C5
+      process.stdout.write(source_default.green(`  \u2713 ${name} \u5DF2${needsUpdate && !isEmpty ? "\u66F4\u65B0" : "\u5B89\u88C5"}
 `));
     }
   }
-  if (installed) console.log();
+  if (installed) {
+    (0, import_fs6.writeFileSync)(DATA_VERSION_FILE, VERSION2, "utf8");
+    console.log();
+  } else if (needsUpdate) {
+    (0, import_fs6.writeFileSync)(DATA_VERSION_FILE, VERSION2, "utf8");
+  }
 }
 function printBanner() {
   console.log(source_default.cyan.bold(`
@@ -16347,6 +16357,7 @@ function collectAllSkills() {
   };
   addFrom(SKILLS_DIR, "skill");
   addFrom(WORKFLOWS_DIR, "skill");
+  addFrom(USER_SKILLS_DIR, "user");
   return entries;
 }
 function listSkills(keyword) {
@@ -17173,7 +17184,7 @@ ${paramSummary}
       const isGitHub = installArg.includes("github.com") || installArg.includes("gitlab") || installArg.includes("bitbucket") || /^[^/]+\/[^/]+$/.test(installArg);
       if (!isGitHub && !installArg.startsWith("http")) {
         const slug = installArg.trim();
-        const installTarget2 = (0, import_path6.join)(SKILLS_DIR, slug);
+        const installTarget2 = (0, import_path6.join)(USER_SKILLS_DIR, slug);
         if ((0, import_fs6.existsSync)(installTarget2)) {
           console.log(source_default.yellow(`Skill "${slug}" \u5DF2\u5B58\u5728\uFF0C\u5982\u9700\u66F4\u65B0\u8BF7\u5148 /uninstall ${slug}`));
           break;
@@ -17213,7 +17224,7 @@ ${paramSummary}
         repoUrl = `https://github.com/${repoUrl}`;
       }
       const repoName = repoUrl.replace(/\.git$/, "").split("/").pop() ?? "unknown-skill";
-      const installTarget = (0, import_path6.join)(SKILLS_DIR, repoName);
+      const installTarget = (0, import_path6.join)(USER_SKILLS_DIR, repoName);
       if ((0, import_fs6.existsSync)(installTarget)) {
         console.log(source_default.yellow(`Skill "${repoName}" \u5DF2\u5B58\u5728\uFF0C\u5982\u9700\u66F4\u65B0\u8BF7\u5148 /uninstall ${repoName}`));
         break;
@@ -17246,7 +17257,7 @@ ${paramSummary}
         console.log("\u7528\u6CD5: /uninstall <skill-id>");
         break;
       }
-      const uninstallPath = (0, import_path6.join)(SKILLS_DIR, arg);
+      const uninstallPath = (0, import_fs6.existsSync)((0, import_path6.join)(USER_SKILLS_DIR, arg)) ? (0, import_path6.join)(USER_SKILLS_DIR, arg) : (0, import_path6.join)(SKILLS_DIR, arg);
       if (!(0, import_fs6.existsSync)(uninstallPath)) {
         console.log(source_default.red(`\u672A\u627E\u5230\u5DF2\u5B89\u88C5\u7684 Skill: ${arg}`));
         console.log(source_default.dim("\u6CE8\u610F: \u53EA\u80FD\u5378\u8F7D\u901A\u8FC7 /install \u5B89\u88C5\u7684\u7B2C\u4E09\u65B9 Skill"));
@@ -17651,11 +17662,14 @@ async function main() {
   await firstRunIfNeeded(rl);
   const cfg = loadConfig();
   const prov = PROVIDERS[cfg.provider];
-  const totalSkills = collectAllSkills().length;
+  const allSkillsList = collectAllSkills();
+  const totalSkills = allSkillsList.length;
+  const userSkillCount = allSkillsList.filter((e2) => e2.tag === "user").length;
+  const skillsLabel = totalSkills > 0 ? source_default.green(`${totalSkills} \u4E2A`) + (userSkillCount > 0 ? source_default.dim(` (\u542B ${userSkillCount} \u4E2A\u7528\u6237\u5B89\u88C5)`) : "") : source_default.yellow("\u672A\u5B89\u88C5");
   console.log(source_default.bold.cyan("\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500"));
   console.log(`  ${source_default.bold("\u670D\u52A1\u5546:")}  ${prov?.name ?? cfg.provider}`);
   console.log(`  ${source_default.bold("\u6A21\u578B:")}    ${source_default.green(cfg.model)}`);
-  console.log(`  ${source_default.bold("Skills:")}  ${totalSkills > 0 ? source_default.green(`${totalSkills} \u4E2A`) : source_default.yellow("\u672A\u5B89\u88C5")}  ${source_default.dim("(/sk \u641C\u7D22  /cat \u5206\u7C7B\u76EE\u5F55)")}`);
+  console.log(`  ${source_default.bold("Skills:")}  ${skillsLabel}  ${source_default.dim("(/sk \u641C\u7D22  /cat \u5206\u7C7B\u76EE\u5F55)")}`);
   console.log(`  ${source_default.bold("\u5DE5\u5177:")}    bash \xB7 read_file \xB7 write_file \xB7 list_dir \xB7 search_files`);
   console.log(`  ${source_default.bold("\u65B0\u529F\u80FD:")}  /sessions /resume /checkpoint /run /check-env /install /diff`);
   console.log(source_default.bold.cyan("\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500"));

package/package.json

@@ -1,6 +1,6 @@
 {
   "name": "@bgicli/bgicli",
-  "version": "2.4.0",
+  "version": "2.4.2",
   "description": "BGI CLI — Bioinformatics AI terminal for Chinese researchers (百炼/DeepSeek/Kimi/Qwen)",
   "bin": {
     "bgi": "dist/bgi.js"