@bgicli/bgicli 2.3.9 → 2.4.1

package/README.md

@@ -5,7 +5,7 @@
 - ✅ **开箱即用** — `npm install -g @bgicli/bgicli` 即可
 - ✅ **内置 889 个技能** — 21 个生信工作流 + 868 个 OpenClaw 医学技能，自动安装
 - ✅ **智能技能路由** — 描述任务自动激活对应技能，无需手动搜索
-- ✅ **中国 AI 服务商** — 百炼(DashScope)聚合：Qwen3.5、DeepSeek、Kimi、MiniMax 等 20+ 模型
+- ✅ **中国 AI 服务商** — 百炼(DashScope)聚合：Qwen、DeepSeek、Kimi、MiniMax 等 20+ 模型
 - ✅ **真实工具调用** — 执行 bash、读写文件、运行 R/Python 脚本
 - ✅ **内网支持** — 可接入公司私有化部署的大模型
 
@@ -91,7 +91,7 @@ bgi                    # 启动
 ### 服务商 / 模型
 | 命令 | 说明 |
 |------|------|
-| `/provider <name>` | 切换服务商 (`bailian` / `intranet` / `custom`) |
+| `/provider <name>` | 切换服务商（`bailian` / `intranet` / `custom`） |
 | `/model <name>` | 切换模型 |
 | `/models` | 列出当前服务商所有可用模型 |
 | `/providers` | 列出所有服务商 |
@@ -116,6 +116,34 @@ bgi                    # 启动
 | `/save [文件名]` | 保存对话为 Markdown 文件 |
 | `/think [on\|off]` | 切换思考模式（Qwen3 `/think` 前缀） |
 
+### 断点与恢复
+| 命令 | 说明 |
+|------|------|
+| `/checkpoint` | 保存当前对话断点（含激活的技能） |
+| `/checkpoint save [标签]` | 保存断点并指定标签 |
+| `/checkpoint list` | 列出本次会话所有断点 |
+| `/checkpoint restore <id>` | 恢复到指定断点 |
+
+> 适合长时间分析任务中途保存进度，防止意外中断丢失上下文。
+
+### 数据库管理
+| 命令 | 说明 |
+|------|------|
+| `/db list` | 列出已注册的参考数据库 |
+| `/db add <路径> [基因组] [类型] [说明]` | 手动注册数据库路径 |
+| `/db scan [目录]` | 自动扫描文件系统查找已知数据库 |
+| `/db rm <id>` | 删除数据库记录 |
+| `/db download [名称]` | 显示标准数据库下载命令 |
+
+> 注册后 AI 可自动引用正确路径，无需每次手动指定。支持 hg38/hg19/mm10 基因组、STAR/HISAT2 索引、GTF 注释等。
+
+### 安全扫描
+| 命令 | 说明 |
+|------|------|
+| `/scan <命令>` | 扫描命令安全风险，输出 CRITICAL / HIGH / MEDIUM / LOW 等级 |
+
+> AI 执行每条 bash 命令前均自动扫描；CRITICAL 级别命令将被拦截。
+
 ### 文件与目录
 | 命令 | 说明 |
 |------|------|
@@ -124,11 +152,27 @@ bgi                    # 启动
 | `/tools` | 列出 AI 可调用的工具 |
 | `@路径` | 消息中内嵌文件内容（如 `@data.csv 里有什么?`） |
 
+### 会话报告与记忆
+退出时（双击 Ctrl+C 或输入 `exit`）自动显示会话报告：
+- 运行时长
+- 消耗 Token（输入 / 输出）
+- 执行命令成功 / 失败次数
+- 可选保存会话记忆到 `~/.bgicli/memory/`
+
 ### 其他
 | 命令 | 说明 |
 |------|------|
 | `/help` | 显示帮助 |
-| `exit` / `quit` / `q` | 退出 |
+| `exit` / `quit` / `q` | 退出（显示会话报告） |
+
+---
+
+## 快捷键
+
+| 快捷键 | 说明 |
+|--------|------|
+| `Ctrl+C`（单次） | 中断当前 AI 任务（保留对话历史） |
+| `Ctrl+C`（连按两次） | 退出程序（显示会话报告） |
 
 ---
 
@@ -195,14 +239,16 @@ npm link
 
 ```
 bgi
-├── src/index.ts       — CLI 主入口、命令处理、智能路由
-├── src/chat.ts        — 流式对话引擎（工具调用循环）
-├── src/tools.ts       — 工具实现（bash / read_file / write_file 等）
-├── src/skillRouter.ts — 关键词路由表（35个核心技能自动匹配）
-├── src/prompt.ts      — 生物信息学系统提示
-├── src/providers.ts   — 中国 AI 服务商配置
-├── src/config.ts      — 配置管理（~/.bgicli/config.json）
-└── data/              — 内置数据（工作流 + Skills + Python 工具）
+├── src/index.ts        — CLI 主入口、命令处理、智能路由、会话管理
+├── src/chat.ts         — 流式对话引擎（工具调用循环、进度渲染）
+├── src/tools.ts        — 工具实现（bash / read_file / write_file 等）
+├── src/security.ts     — 命令安全扫描（CRITICAL / HIGH / MEDIUM / LOW）
+├── src/databases.ts    — 参考数据库注册与管理
+├── src/skillRouter.ts  — 关键词路由表（35个核心技能自动匹配）
+├── src/prompt.ts       — 生物信息学系统提示
+├── src/providers.ts    — 中国 AI 服务商配置
+├── src/config.ts       — 配置管理（~/.bgicli/config.json）
+└── data/               — 内置数据（工作流 + Skills + Python 工具）
 ```
 
 ---

package/dist/bgi.js

@@ -13956,7 +13956,7 @@ var TOOL_DEFINITIONS = [
     }
   }
 ];
-async function executeTool(name, args, onStream) {
+async function executeTool(name, args, onStream, signal) {
   try {
     switch (name) {
       case "bash": {
@@ -13964,9 +13964,9 @@ async function executeTool(name, args, onStream) {
         const requestedTimeout = args["timeout_ms"] ?? 3e5;
         const isDownload = /\b(wget|curl|aria2c|axel|rsync)\b/.test(cmd);
         if (isDownload) {
-          return await toolBash(cmd, args["workdir"], 0, onStream, 6e5);
+          return await toolBash(cmd, args["workdir"], 0, onStream, 6e5, signal);
         }
-        return await toolBash(cmd, args["workdir"], requestedTimeout, onStream);
+        return await toolBash(cmd, args["workdir"], requestedTimeout, onStream, void 0, signal);
       }
       case "read_file":
         return toolReadFile(
@@ -14017,7 +14017,7 @@ function injectProgressFlags(cmd) {
   }
   return cmd;
 }
-async function toolBash(command, workdir, timeoutMs = 3e5, onStream, inactivityMs) {
+async function toolBash(command, workdir, timeoutMs = 3e5, onStream, inactivityMs, signal) {
   const scan = scanCommand(command);
   const criticals = scan.matches.filter((m2) => m2.pattern.level === "CRITICAL");
   if (criticals.length > 0) {
@@ -14067,6 +14067,17 @@ async function toolBash(command, workdir, timeoutMs = 3e5, onStream, inactivityM
     });
     let timedOut = false;
     let timedOutSecs = 0;
+    let aborted = false;
+    if (signal) {
+      if (signal.aborted) {
+        child.kill();
+        return resolve4({ output: "", error: "\u4EFB\u52A1\u5DF2\u4E2D\u65AD" });
+      }
+      signal.addEventListener("abort", () => {
+        aborted = true;
+        child.kill();
+      }, { once: true });
+    }
     const effectiveMs = inactivityMs ?? timeoutMs;
     let timer = setTimeout(() => {
       timedOut = true;
@@ -14088,7 +14099,9 @@ async function toolBash(command, workdir, timeoutMs = 3e5, onStream, inactivityM
     child.on("close", (code) => {
       clearTimeout(timer);
       const out = (decodeBuffer(Buffer.concat(outChunks)) + "\n" + decodeBuffer(Buffer.concat(errChunks))).trim();
-      if (timedOut) {
+      if (aborted) {
+        resolve4({ output: out, error: "\u4EFB\u52A1\u5DF2\u4E2D\u65AD" });
+      } else if (timedOut) {
         const msg = inactivityMs ? `\u4E0B\u8F7D\u505C\u6EDE \u2014 \u8D85\u8FC7 ${timedOutSecs}s \u65E0\u4EFB\u4F55\u8F93\u51FA\uFF08\u8FDE\u63A5\u53EF\u80FD\u5DF2\u65AD\u5F00\uFF09` : `Command timed out after ${timedOutSecs}s`;
         resolve4({ output: out, error: msg });
       } else if (code !== 0) {
@@ -14334,6 +14347,13 @@ ${label} `);
         };
         let lastChunkTime = t0;
         let heartbeat = null;
+        const clearHeartbeat = () => {
+          if (heartbeat) {
+            clearInterval(heartbeat);
+            heartbeat = null;
+          }
+        };
+        signal?.addEventListener("abort", clearHeartbeat, { once: true });
         const onStream = isBash ? (chunk) => {
           lastChunkTime = Date.now();
           if (!outputStarted) {
@@ -14382,11 +14402,9 @@ ${label} `);
             }
           }
         } : void 0;
-        const result = await executeTool(tc.name, args, onStream);
-        if (heartbeat) {
-          clearInterval(heartbeat);
-          heartbeat = null;
-        }
+        const result = await executeTool(tc.name, args, onStream, signal);
+        signal?.removeEventListener("abort", clearHeartbeat);
+        clearHeartbeat();
         if (partialLine) {
           if (streamedLines < MAX_STREAM_LINES) {
             process.stdout.write("\r" + source_default.dim("  \u2502 ") + partialLine + "\x1B[K\n");
@@ -15981,7 +15999,7 @@ function clearCheckpoints(sessionId) {
 
 // src/index.ts
 var import_fs7 = require("fs");
-var VERSION2 = "2.3.9";
+var VERSION2 = "2.4.1";
 var SKILLHUB_HUBS = {
   bgi: { label: "BGI\u5185\u7F51", apiBase: "https://clawhub.ai", backend: "clawhub" },
   clawhub: { label: "clawhub.ai", apiBase: "https://clawhub.ai", backend: "clawhub" },

package/package.json

@@ -1,6 +1,6 @@
 {
   "name": "@bgicli/bgicli",
-  "version": "2.3.9",
+  "version": "2.4.1",
   "description": "BGI CLI — Bioinformatics AI terminal for Chinese researchers (百炼/DeepSeek/Kimi/Qwen)",
   "bin": {
     "bgi": "dist/bgi.js"