@bgicli/bgicli 2.2.0 → 2.2.1

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  1. package/README.md +152 -74
  2. package/dist/bgi.js +100 -1
  3. package/package.json +1 -1
package/README.md CHANGED
@@ -1,12 +1,13 @@
1
1
  # BGI CLI
2
2
 
3
- **BGI CLI** 是一个独立的生物信息学 AI 终端工具，专为中国研究者设计。
3
+ **BGI CLI** 是面向中国生物学研究者的 AI 终端工具，开箱即用，无需额外配置。
4
4
 
5
- - ✅ **独立工具** — 无需安装 OpenCode 或其他 AI 工具
6
- - ✅ **中国 AI 服务商** — DeepSeek、Kimi、通义千问、MiniMax
7
- - ✅ **21 个预装工作流** — 覆盖转录组、基因组、表观基因组、临床分析
8
- - ✅ **真正的工具调用** — 执行 bash 命令、读写文件、运行 R/Python 脚本
9
- - ✅ **单一命令** — 直接运行 `bgi`
5
+ - ✅ **开箱即用** — `npm install -g @bgicli/bgicli` 即可
6
+ - ✅ **内置 889 个技能** — 21 个生信工作流 + 868 个 OpenClaw 医学技能，自动安装
7
+ - ✅ **智能技能路由** — 描述任务自动激活对应技能，无需手动搜索
8
+ - ✅ **中国 AI 服务商** — 百炼(DashScope)聚合：Qwen3.5、DeepSeek、Kimi、MiniMax 等 20+ 模型
9
+ - ✅ **真实工具调用** — 执行 bash、读写文件、运行 R/Python 脚本
10
+ - ✅ **内网支持** — 可接入公司私有化部署的大模型
10
11
 
11
12
  ---
12
13
 
@@ -14,96 +15,178 @@
14
15
 
15
16
  ```bash
16
17
  # 需要 Node.js 18+
17
- npm install -g @bgicli/bgicli
18
+ npm install -g @bgicli/bgicli --registry https://registry.npmjs.org
19
+ ```
18
20
 
19
- # 或从源码安装
20
- git clone https://github.com/zja2004/BGI-CLI.git
21
- cd BGI-CLI
22
- npm install
23
- npm run build
24
- npm link
21
+ 首次运行自动初始化工作流和技能库（约 16MB），无需额外操作。
22
+
23
+ ```bash
24
+ bgi
25
25
  ```
26
26
 
27
+ ---
28
+
29
+ ## 卸载
30
+
31
+ ```bash
32
+ # 卸载 npm 包
33
+ npm uninstall -g @bgicli/bgicli
34
+
35
+ # 删除本地数据（配置、工作流、技能库）
36
+ # Linux / macOS
37
+ rm -rf ~/.bgicli
38
+
39
+ # Windows PowerShell
40
+ Remove-Item -Recurse -Force "$env:USERPROFILE\.bgicli"
41
+ ```
42
+
43
+ ---
44
+
27
45
  ## 快速开始
28
46
 
29
47
  ```bash
30
- bgi
48
+ bgi # 启动
49
+ /connect # 首次配置 API Key
50
+ /cat # 浏览技能分类目录
51
+ /sk deseq2 # 搜索并激活 DESeq2 工作流
52
+ /help # 查看全部命令
31
53
  ```
32
54
 
33
- 首次运行会提示选择 AI 服务商并输入 API Key。
55
+ 首次运行提示配置百炼 (DashScope) API Key：
56
+ - 获取地址：[bailian.console.aliyun.com](https://bailian.console.aliyun.com/) → API Key 管理
34
57
 
35
58
  ---
36
59
 
37
60
  ## 支持的 AI 服务商
38
61
 
39
- | 服务商 | 命令 | 获取 API Key |
40
- |--------|------|-------------|
41
- | **DeepSeek** (默认) | `/provider deepseek` | [platform.deepseek.com](https://platform.deepseek.com/api_keys) |
42
- | **Kimi** | `/provider kimi` | [platform.moonshot.cn](https://platform.moonshot.cn/console/api-keys) |
43
- | **通义千问** | `/provider qwen` | [dashscope.aliyuncs.com](https://dashscope.aliyuncs.com) |
44
- | **MiniMax** | `/provider minimax` | [platform.minimax.chat](https://platform.minimax.chat) |
62
+ ### 百炼 · 阿里云 (DashScope) — 默认
63
+ 通过百炼统一接入多个国内主流模型：
64
+
65
+ | 模型 | 命令 |
66
+ |------|------|
67
+ | Qwen3.5-plus（默认） | `/model qwen3.5-plus` |
68
+ | Qwen3-235B | `/model qwen3-235b-a22b` |
69
+ | DeepSeek-R1 | `/model deepseek-r1` |
70
+ | DeepSeek-V3 | `/model deepseek-v3` |
71
+ | Kimi-K2.5 | `/model kimi-k2.5` |
72
+ | MiniMax-M2.5 | `/model MiniMax-M2.5` |
73
+ | QwQ-Plus（推理） | `/model qwq-plus` |
74
+
75
+ 获取 API Key：[bailian.console.aliyun.com](https://bailian.console.aliyun.com/)
76
+
77
+ ### 内网私有化部署
78
+ ```bash
79
+ /provider intranet # 切换到内网 Qwen3-235B（无需 Key）
80
+ ```
81
+
82
+ ### 自定义 OpenAI 兼容服务
83
+ ```bash
84
+ /connect custom # 配置任意 vLLM / Ollama / FastChat 地址
85
+ ```
45
86
 
46
87
  ---
47
88
 
48
89
  ## 命令参考
49
90
 
91
+ ### 服务商 / 模型
50
92
  | 命令 | 说明 |
51
93
  |------|------|
52
- | `/provider <name>` | 切换 AI 服务商 |
94
+ | `/provider <name>` | 切换服务商 (`bailian` / `intranet` / `custom`) |
53
95
  | `/model <name>` | 切换模型 |
54
- | `/models` | 列出当前服务商的可用模型 |
96
+ | `/models` | 列出当前服务商所有可用模型 |
55
97
  | `/providers` | 列出所有服务商 |
56
98
  | `/connect [provider]` | 配置 API Key |
57
99
  | `/status` | 显示当前配置 |
58
- | `/clear` | 清空对话历史 |
59
- | `/help` | 显示帮助 |
60
- | `exit` / `quit` | 退出 |
61
100
 
62
- ---
63
-
64
- ## 预装工作流 (21个)
65
-
66
- 运行分析时，BGI CLI 自动读取对应的 SKILL.md 工作流指南：
101
+ ### 技能与工作流
102
+ | 命令 | 说明 |
103
+ |------|------|
104
+ | `/cat` | 按领域浏览技能分类目录（11个领域） |
105
+ | `/sk` | 列出全部技能（工作流 + OpenClaw Medical） |
106
+ | `/sk <关键词>` | 搜索并激活技能（如 `/sk deseq2`、`/sk alphafold`） |
107
+ | `/wf` | 同 `/sk`，别名 |
67
108
 
68
- ### 转录组学
69
- - `bulk-rnaseq-counts-to-de-deseq2` — DESeq2 差异表达分析
70
- - `bulk-omics-clustering` — 样本/特征聚类
71
- - `scrnaseq-scanpy-core-analysis` — 单细胞分析 (Scanpy/Python)
72
- - `scrnaseq-seurat-core-analysis` — 单细胞分析 (Seurat/R)
73
- - `spatial-transcriptomics` — 空间转录组
74
- - `coexpression-network` — 共表达网络 (WGCNA)
75
- - `functional-enrichment-from-degs` — 功能富集 (GO/KEGG/GSEA)
76
- - `grn-pyscenic` — 基因调控网络 (pySCENIC)
109
+ > **智能路由**：直接描述任务，BGI CLI 自动识别并激活对应技能。
77
110
 
78
- ### 基因组学
79
- - `genetic-variant-annotation` — 变异注释
80
- - `gwas-to-function-twas` — GWAS → TWAS
81
- - `mendelian-randomization-twosamplemr` — 孟德尔随机化
82
- - `polygenic-risk-score-prs-catalog` — 多基因风险评分
83
- - `pooled-crispr-screens` — CRISPR 文库筛选
111
+ ### 对话管理
112
+ | 命令 | 说明 |
113
+ |------|------|
114
+ | `/clear` | 清空对话历史（重置激活的技能） |
115
+ | `/history` | 查看对话统计（轮次 / Token 估算） |
116
+ | `/save [文件名]` | 保存对话为 Markdown 文件 |
117
+ | `/think [on\|off]` | 切换思考模式（Qwen3 `/think` 前缀） |
84
118
 
85
- ### 表观基因组
86
- - `chip-atlas-peak-enrichment / diff-analysis / target-genes` — ChIP-Atlas 分析
119
+ ### 文件与目录
120
+ | 命令 | 说明 |
121
+ |------|------|
122
+ | `/cd <路径>` | 更改工作目录 |
123
+ | `/cwd` | 显示当前工作目录 |
124
+ | `/tools` | 列出 AI 可调用的工具 |
125
+ | `@路径` | 消息中内嵌文件内容（如 `@data.csv 里有什么?`） |
87
126
 
88
- ### 临床与流行病学
89
- - `clinicaltrials-landscape`, `literature-preclinical`
90
- - `experimental-design-statistics`, `lasso-biomarker-panel`, `pcr-primer-design`
127
+ ### 其他
128
+ | 命令 | 说明 |
129
+ |------|------|
130
+ | `/help` | 显示帮助 |
131
+ | `exit` / `quit` / `q` | 退出 |
91
132
 
92
133
  ---
93
134
 
94
- ## 工作流安装
135
+ ## 内置技能库
136
+
137
+ ### 生物信息学工作流（21个）
138
+
139
+ #### 转录组学
140
+ | ID | 说明 |
141
+ |----|------|
142
+ | `bulk-rnaseq-counts-to-de-deseq2` | DESeq2 差异表达分析 |
143
+ | `bulk-omics-clustering` | 样本/特征聚类（K-Means / HDBSCAN） |
144
+ | `scrnaseq-scanpy-core-analysis` | 单细胞 RNA-seq（Scanpy/Python） |
145
+ | `scrnaseq-seurat-core-analysis` | 单细胞 RNA-seq（Seurat/R） |
146
+ | `spatial-transcriptomics` | 空间转录组（Visium） |
147
+ | `coexpression-network` | 共表达网络（WGCNA） |
148
+ | `functional-enrichment-from-degs` | 功能富集（GO / KEGG / GSEA） |
149
+ | `grn-pyscenic` | 基因调控网络（pySCENIC） |
150
+
151
+ #### 基因组学
152
+ | ID | 说明 |
153
+ |----|------|
154
+ | `genetic-variant-annotation` | VCF 变异注释（VEP / ANNOVAR） |
155
+ | `gwas-to-function-twas` | GWAS → TWAS 因果基因 |
156
+ | `mendelian-randomization-twosamplemr` | 孟德尔随机化 |
157
+ | `polygenic-risk-score-prs-catalog` | 多基因风险评分（PRS） |
158
+ | `pooled-crispr-screens` | CRISPR 文库筛选（MAGeCK / BAGEL2） |
159
+
160
+ #### 表观基因组
161
+ | ID | 说明 |
162
+ |----|------|
163
+ | `chip-atlas-peak-enrichment` | ChIP-seq 峰值富集 |
164
+ | `chip-atlas-diff-analysis` | 差异结合分析 |
165
+ | `chip-atlas-target-genes` | 转录因子靶基因鉴定 |
166
+
167
+ #### 临床与流行病学
168
+ | ID | 说明 |
169
+ |----|------|
170
+ | `clinicaltrials-landscape` | 临床试验格局分析 |
171
+ | `literature-preclinical` | 临床前文献系统提取 |
172
+ | `experimental-design-statistics` | 实验设计与统计检验 |
173
+ | `lasso-biomarker-panel` | LASSO 生物标志物筛选 |
174
+ | `pcr-primer-design` | PCR/qPCR 引物设计 |
175
+
176
+ ### OpenClaw Medical Skills（868个）
177
+
178
+ 覆盖结构生物学、单细胞、药物发现、抗体设计、文献检索等领域，使用 `/cat` 浏览分类目录。
95
179
 
96
- 将 21 个分析工作流部署到 `~/.bgicli/workflows/`：
97
-
98
- ```bash
99
- # 从 bgicli-opencode 目录复制（如果已克隆旧仓库）
100
- cp -r /path/to/old/workflows ~/.bgicli/workflows/
101
- ```
180
+ ---
102
181
 
103
- 或运行安装脚本（Linux/macOS）：
182
+ ## 从源码安装
104
183
 
105
184
  ```bash
106
- bash install.sh
185
+ git clone https://github.com/zja2004/BGI-CLI.git
186
+ cd BGI-CLI
187
+ npm install
188
+ npm run build
189
+ npm link
107
190
  ```
108
191
 
109
192
  ---
@@ -111,22 +194,17 @@ bash install.sh
111
194
  ## 架构
112
195
 
113
196
  ```
114
- bgi (单一二进制)
115
- ├── src/index.ts — CLI 主入口、命令处理、交互循环
116
- ├── src/chat.ts — 流式对话引擎（支持工具调用）
117
- ├── src/tools.ts — 工具实现 (bash, read_file, write_file, list_dir, search_files)
118
- ├── src/prompt.ts — 嵌入式生物信息学系统提示 + 工作流索引
119
- ├── src/providers.ts — 中国 AI 服务商配置
120
- └── src/config.ts — 配置管理 (~/.bgicli/config.json)
197
+ bgi
198
+ ├── src/index.ts — CLI 主入口、命令处理、智能路由
199
+ ├── src/chat.ts — 流式对话引擎（工具调用循环）
200
+ ├── src/tools.ts — 工具实现（bash / read_file / write_file 等）
201
+ ├── src/skillRouter.ts — 关键词路由表（35个核心技能自动匹配）
202
+ ├── src/prompt.ts — 生物信息学系统提示
203
+ ├── src/providers.ts — 中国 AI 服务商配置
204
+ ├── src/config.ts — 配置管理（~/.bgicli/config.json）
205
+ └── data/ — 内置数据（工作流 + Skills + Python 工具）
121
206
  ```
122
207
 
123
- **工具调用流程**：
124
- 1. 用户提问 → 发给 LLM（带工具定义）
125
- 2. LLM 决定调用工具（bash/read_file 等）
126
- 3. BGI CLI 执行工具，将结果返回给 LLM
127
- 4. LLM 基于执行结果继续回答
128
- 5. 循环直到 LLM 完成回答
129
-
130
208
  ---
131
209
 
132
210
  ## License
package/dist/bgi.js CHANGED
@@ -13930,6 +13930,33 @@ async function streamOnce(client, messages, model) {
13930
13930
  finishReason
13931
13931
  };
13932
13932
  }
13933
+ async function compactMessages(messages, config) {
13934
+ const prov = PROVIDERS[config.provider];
13935
+ if (!prov) throw new Error(`Unknown provider: ${config.provider}`);
13936
+ const baseURL = config.provider === "custom" ? config.customUrl : prov.baseURL;
13937
+ const apiKey = getApiKey(config);
13938
+ const client = new openai_default({ apiKey: apiKey || "none", baseURL });
13939
+ const transcript = messages.filter((m2) => m2.role === "user" || m2.role === "assistant").map((m2) => `[${m2.role === "user" ? "\u7528\u6237" : "AI"}]: ${String(m2.content ?? "").slice(0, 2e3)}`).join("\n\n");
13940
+ const resp = await client.chat.completions.create({
13941
+ model: config.model,
13942
+ messages: [
13943
+ {
13944
+ role: "system",
13945
+ content: "\u4F60\u662F\u4E00\u4E2A\u5BF9\u8BDD\u6458\u8981\u52A9\u624B\u3002\u8BF7\u5C06\u4EE5\u4E0B\u5BF9\u8BDD\u5386\u53F2\u538B\u7F29\u4E3A\u7B80\u6D01\u7684\u4E2D\u6587\u6458\u8981\uFF0C\u4FDD\u7559\u6240\u6709\u5173\u952E\u6280\u672F\u4FE1\u606F\uFF1A\u6587\u4EF6\u8DEF\u5F84\u3001\u547D\u4EE4\u3001\u5206\u6790\u7ED3\u679C\u3001\u7528\u6237\u51B3\u7B56\u3001\u5DF2\u6FC0\u6D3B\u7684\u5DE5\u4F5C\u6D41/\u6280\u80FD\u3002\u6458\u8981\u5E94\u8BA9\u5BF9\u8BDD\u80FD\u591F\u65E0\u7F1D\u7EE7\u7EED\u3002"
13946
+ },
13947
+ {
13948
+ role: "user",
13949
+ content: `\u8BF7\u538B\u7F29\u4EE5\u4E0B\u5BF9\u8BDD\u5386\u53F2\uFF1A
13950
+
13951
+ ${transcript}
13952
+
13953
+ \u8F93\u51FA\u683C\u5F0F\uFF1A\u76F4\u63A5\u8F93\u51FA\u6458\u8981\u6587\u672C\uFF0C\u4E0D\u9700\u8981\u4EFB\u4F55\u524D\u7F00\u3002`
13954
+ }
13955
+ ],
13956
+ stream: false
13957
+ });
13958
+ return resp.choices[0]?.message?.content ?? "\uFF08\u5BF9\u8BDD\u5386\u53F2\u5DF2\u538B\u7F29\uFF09";
13959
+ }
13933
13960
  function getApiKey(cfg) {
13934
13961
  const prov = PROVIDERS[cfg.provider];
13935
13962
  if (prov?.envKey && process.env[prov.envKey]) return process.env[prov.envKey];
@@ -14707,6 +14734,7 @@ function printHelp() {
14707
14734
  console.log(source_default.bold.cyan("\u2500\u2500\u2500 \u5BF9\u8BDD\u7BA1\u7406 \u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500\u2500"));
14708
14735
  console.log(` ${source_default.cyan("/clear")} \u6E05\u7A7A\u5BF9\u8BDD\u5386\u53F2`);
14709
14736
  console.log(` ${source_default.cyan("/history")} \u67E5\u770B\u5BF9\u8BDD\u7EDF\u8BA1\uFF08\u8F6E\u6B21 / Token \u4F30\u7B97\uFF09`);
14737
+ console.log(` ${source_default.cyan("/compact")} \u7ACB\u5373\u538B\u7F29\u5BF9\u8BDD\u5386\u53F2\uFF08\u8D85 60k token \u81EA\u52A8\u89E6\u53D1\uFF09`);
14710
14738
  console.log(` ${source_default.cyan("/save")} [\u6587\u4EF6\u540D] \u4FDD\u5B58\u5BF9\u8BDD\u4E3A Markdown \u6587\u4EF6`);
14711
14739
  console.log(` ${source_default.cyan("/think")} [on|off] \u5207\u6362\u601D\u8003\u6A21\u5F0F (Qwen3 /think \u524D\u7F00)`);
14712
14740
  console.log();
@@ -14934,6 +14962,45 @@ ${msg.content}
14934
14962
  (0, import_fs4.writeFileSync)(outPath, lines.join("\n"), "utf8");
14935
14963
  console.log(source_default.green(`\u2713 \u5BF9\u8BDD\u5DF2\u4FDD\u5B58: ${outPath}`));
14936
14964
  }
14965
+ var COMPACT_TOKEN_THRESHOLD = 6e4;
14966
+ var COMPACT_KEEP_RECENT = 8;
14967
+ function estimateTokens(messages) {
14968
+ const chars = messages.reduce((n2, m2) => n2 + String(m2.content ?? "").length, 0);
14969
+ return Math.round(chars / 3.5);
14970
+ }
14971
+ async function maybeCompact(history, cfg) {
14972
+ const tokens = estimateTokens(history);
14973
+ if (tokens < COMPACT_TOKEN_THRESHOLD) return history;
14974
+ const recent = history.slice(-COMPACT_KEEP_RECENT);
14975
+ const old = history.slice(0, -COMPACT_KEEP_RECENT);
14976
+ if (old.length === 0) return history;
14977
+ process.stdout.write(source_default.dim(`
14978
+ [\u4E0A\u4E0B\u6587\u5DF2\u8FBE ~${Math.round(tokens / 1e3)}k tokens\uFF0C\u6B63\u5728\u81EA\u52A8\u538B\u7F29...]
14979
+ `));
14980
+ try {
14981
+ const summary = await compactMessages(old, cfg);
14982
+ const compacted = [
14983
+ {
14984
+ role: "user",
14985
+ content: `[\u5BF9\u8BDD\u5386\u53F2\u6458\u8981 \u2014 \u8BF7\u5728\u6B64\u57FA\u7840\u4E0A\u7EE7\u7EED]
14986
+
14987
+ ${summary}`
14988
+ },
14989
+ {
14990
+ role: "assistant",
14991
+ content: "\u2713 \u5DF2\u7406\u89E3\u4E4B\u524D\u7684\u5BF9\u8BDD\u6458\u8981\uFF0C\u8BF7\u7EE7\u7EED\u3002"
14992
+ },
14993
+ ...recent
14994
+ ];
14995
+ const saved = estimateTokens(history) - estimateTokens(compacted);
14996
+ process.stdout.write(source_default.dim(`[\u538B\u7F29\u5B8C\u6210\uFF0C\u91CA\u653E\u7EA6 ~${Math.round(saved / 1e3)}k tokens]
14997
+
14998
+ `));
14999
+ return compacted;
15000
+ } catch {
15001
+ return history.slice(-COMPACT_KEEP_RECENT * 2);
15002
+ }
15003
+ }
14937
15004
  async function handleCommand(input, rl, history, thinkMode) {
14938
15005
  const [cmd, ...rest] = input.slice(1).trim().split(/\s+/);
14939
15006
  const arg = rest.join(" ");
@@ -15037,6 +15104,37 @@ async function handleCommand(input, rl, history, thinkMode) {
15037
15104
  saveConversation(history, arg || void 0);
15038
15105
  break;
15039
15106
  }
15107
+ case "compact": {
15108
+ const tokens = estimateTokens(history);
15109
+ if (history.length < 4) {
15110
+ console.log(source_default.dim("\u5BF9\u8BDD\u592A\u77ED\uFF0C\u65E0\u9700\u538B\u7F29"));
15111
+ break;
15112
+ }
15113
+ console.log(source_default.dim(`\u5F53\u524D\u5BF9\u8BDD\u7EA6 ~${Math.round(tokens / 1e3)}k tokens\uFF0C\u6B63\u5728\u538B\u7F29...`));
15114
+ try {
15115
+ const currentCfg = loadConfig();
15116
+ const recent = history.slice(-COMPACT_KEEP_RECENT);
15117
+ const old = history.slice(0, -COMPACT_KEEP_RECENT);
15118
+ if (old.length === 0) {
15119
+ console.log(source_default.dim("\u8FD1\u671F\u6D88\u606F\u4E0D\u8DB3\uFF0C\u65E0\u9700\u538B\u7F29"));
15120
+ break;
15121
+ }
15122
+ const summary = await compactMessages(old, currentCfg);
15123
+ const newHistory = [
15124
+ { role: "user", content: `[\u5BF9\u8BDD\u5386\u53F2\u6458\u8981 \u2014 \u8BF7\u5728\u6B64\u57FA\u7840\u4E0A\u7EE7\u7EED]
15125
+
15126
+ ${summary}` },
15127
+ { role: "assistant", content: "\u2713 \u5DF2\u7406\u89E3\u4E4B\u524D\u7684\u5BF9\u8BDD\u6458\u8981\uFF0C\u8BF7\u7EE7\u7EED\u3002" },
15128
+ ...recent
15129
+ ];
15130
+ const after = estimateTokens(newHistory);
15131
+ console.log(source_default.green(`\u2713 \u538B\u7F29\u5B8C\u6210: ${history.length} \u6761\u6D88\u606F \u2192 ${newHistory.length} \u6761\uFF0C~${Math.round(after / 1e3)}k tokens`));
15132
+ return { injectHistory: newHistory };
15133
+ } catch (err) {
15134
+ console.error(source_default.red(`\u538B\u7F29\u5931\u8D25: ${err instanceof Error ? err.message : String(err)}`));
15135
+ }
15136
+ break;
15137
+ }
15040
15138
  case "think": {
15041
15139
  const val = arg.toLowerCase();
15042
15140
  if (val === "on" || val === "1" || val === "true") {
@@ -15182,6 +15280,7 @@ async function main() {
15182
15280
  history = [];
15183
15281
  injectedSkills.clear();
15184
15282
  }
15283
+ if (result.injectHistory) history = result.injectHistory;
15185
15284
  if (result.thinkMode !== void 0) thinkMode = result.thinkMode;
15186
15285
  continue;
15187
15286
  }
@@ -15210,7 +15309,7 @@ ${expanded}` : expanded;
15210
15309
  const currentCfg = loadConfig();
15211
15310
  const reply = await chat(history, currentCfg, systemPrompt);
15212
15311
  history.push({ role: "assistant", content: reply });
15213
- if (history.length > 40) history = history.slice(-40);
15312
+ history = await maybeCompact(history, currentCfg);
15214
15313
  } catch (err) {
15215
15314
  const msg = err instanceof Error ? err.message : String(err);
15216
15315
  console.error(source_default.red(`
package/package.json CHANGED
@@ -1,6 +1,6 @@
1
1
  {
2
2
  "name": "@bgicli/bgicli",
3
- "version": "2.2.0",
3
+ "version": "2.2.1",
4
4
  "description": "BGI CLI — Bioinformatics AI terminal for Chinese researchers (百炼/DeepSeek/Kimi/Qwen)",
5
5
  "bin": {
6
6
  "bgi": "dist/bgi.js"