@bgicli/bgicli 2.1.0 → 2.2.0

package/data/skills/tcga-preprocessing/SKILL.md

@@ -0,0 +1,49 @@
+---
+name: tcga-bulk-data-preprocessing-with-omicverse
+title: TCGA bulk data preprocessing with omicverse
+description: Guide Claude through ingesting TCGA sample sheets, expression archives, and clinical carts into omicverse, initialising survival metadata, and exporting annotated AnnData files.
+---
+
+# TCGA bulk data preprocessing with omicverse
+
+## Overview
+Follow this skill to recreate the preprocessing routine from [`t_tcga.ipynb`](../../omicverse_guide/docs/Tutorials-bulk/t_tcga.ipynb). It automates loading TCGA downloads, generating raw/normalised matrices, initialising metadata, and running survival analyses through `ov.bulk.pyTCGA`.
+
+## Instructions
+1. **Gather required downloads**
+   - Confirm the user has:
+     - `gdc_sample_sheet.<date>.tsv` from the TCGA Sample Sheet export.
+     - The decompressed `gdc_download_xxxxx` directory containing expression archives.
+     - The `clinical.cart.<date>` directory with clinical XML/JSON files.
+   - Mention that sample data are available under [`omicverse_guide/docs/Tutorials-bulk/data/TCGA_OV/`](../../omicverse_guide/docs/Tutorials-bulk/data/TCGA_OV/).
+2. **Initialise the TCGA helper**
+   - Import `omicverse as ov` (and `scanpy as sc` if plotting) then call `ov.plot_set()`.
+   - Instantiate `aml_tcga = ov.bulk.pyTCGA(sample_sheet_path, download_dir, clinical_dir)`.
+   - Run `aml_tcga.adata_init()` to build the AnnData object with raw counts, FPKM, and TPM layers.
+3. **Persist the dataset**
+   - Encourage saving the initial AnnData: `aml_tcga.adata.write_h5ad('data/TCGA_OV/ov_tcga_raw.h5ad', compression='gzip')`.
+   - When reloading, reconstruct the class with the same paths and call `aml_tcga.adata_read(<path>)`.
+4. **Initialise metadata and clinical information**
+   - Populate sample metadata using `aml_tcga.adata_meta_init()` to convert gene IDs to symbols and attach patient info.
+   - Add survival attributes via `aml_tcga.survial_init()` (note the intentional spelling in the API).
+5. **Perform survival analyses**
+   - Plot gene-level survival curves with `aml_tcga.survival_analysis('GENE', layer='deseq_normalize', plot=True)`.
+   - To process all genes, call `aml_tcga.survial_analysis_all()`; warn that it may take time.
+6. **Export results**
+   - Save enriched metadata to a new AnnData file (`aml_tcga.adata.write_h5ad('.../ov_tcga_survial_all.h5ad', compression='gzip')`).
+   - Suggest exporting summary tables (e.g., survival statistics) if users need to share outputs outside Python.
+7. **Troubleshooting tips**
+   - Ensure TCGA archives are fully extracted; missing XML/TSV files trigger parsing errors.
+   - The helper expects matching case IDs between the sample sheet and expression files—direct users to re-download if IDs do not
+ align.
+   - Survival plots require clinical dates; if absent, instruct users to check the `clinical_cart` contents.
+
+## Examples
+- "Read my TCGA OV download, initialise metadata, and plot MYC survival curves using DESeq-normalised counts."
+- "Reload a saved AnnData file, attach survival annotations, and export the updated `.h5ad`."
+- "Run survival analysis for all genes and store the enriched dataset."
+
+## References
+- Tutorial notebook: [`t_tcga.ipynb`](../../omicverse_guide/docs/Tutorials-bulk/t_tcga.ipynb)
+- Sample dataset: [`data/TCGA_OV/`](../../omicverse_guide/docs/Tutorials-bulk/data/TCGA_OV/)
+- Quick copy/paste commands: [`reference.md`](reference.md)

package/data/skills/tcm-constitution-analyzer/SKILL.md

@@ -0,0 +1,664 @@
+---
+name: tcm-constitution-analyzer
+description: 分析中医体质数据、识别体质类型、评估体质特征,并提供个性化养生建议。支持与营养、运动、睡眠等健康数据的关联分析。
+allowed-tools: Read, Grep, Glob, Write
+---
+
+# 中医体质辨识分析器技能
+
+分析中医体质数据,识别体质类型,评估体质特征,并提供个性化养生改善建议。
+
+## 功能
+
+### 1. 体质辨识评估
+
+基于《中医体质分类与判定》标准进行体质辨识。
+
+**评估维度**:
+- 9种体质类型评分(平和质、气虚质、阳虚质、阴虚质、痰湿质、湿热质、血瘀质、气郁质、特禀质)
+- 主体质判定
+- 兼夹体质识别
+- 体质特征分析
+
+**评估方法**:
+- 60题标准化问卷
+- 5分制评分(没有/很少/有时/经常/总是)
+- 转化分数计算(0-100分)
+
+**输出**:
+- 体质类型判定结果
+- 各体质评分
+- 体质特征描述
+- 个体化养生建议
+
+### 2. 体质特征分析
+
+综合评估用户的体质特征。
+
+**分析内容**:
+- **形体特征**:
+  - 体型特点
+  - 面色表现
+  - 舌象脉象
+
+- **心理特征**:
+  - 性格特点
+  - 情绪倾向
+
+- **发病倾向**:
+  - 易感疾病
+  - 健康风险
+
+- **适应能力**:
+  - 环境适应
+  - 季节适应
+
+**输出**:
+- 体质类型分类
+- 特征描述
+- 风险评估
+- 调理优先级
+
+### 3. 体质变化趋势分析
+
+追踪体质变化,评估调理效果。
+
+**分析内容**:
+- 多次评估对比
+- 评分变化趋势
+- 体质稳定性分析
+- 调理效果评估
+
+**输出**:
+- 趋势图表
+- 改善幅度
+- 稳定性评估
+- 继续调理建议
+
+### 4. 相关性分析
+
+分析体质与其他健康指标的相关性。
+
+**支持的相关性分析**:
+- **体质 ↔ 营养**:
+  - 体质类型与饮食偏好的关系
+  - 营养状况对体质的影响
+  - 个性化饮食建议
+
+- **体质 ↔ 运动**:
+  - 不同体质适合的运动类型
+  - 运动对体质改善的作用
+
+- **体质 ↔ 睡眠**:
+  - 体质与睡眠质量的关系
+  - 睡眠对体质的影响
+
+- **体质 ↔ 慢性病**:
+  - 不同体质易患疾病
+  - 体质与疾病的关系
+
+**输出**:
+- 相关系数
+- 相关性强度
+- 统计显著性
+- 实践建议
+
+### 5. 个性化建议生成
+
+基于体质类型生成个性化养生建议。
+
+**建议类型**:
+- **饮食调养**:
+  - 宜食食物清单
+  - 忌食食物清单
+  - 推荐食谱
+  - 饮食原则
+
+- **起居调摄**:
+  - 作息建议
+  - 环境要求
+  - 生活习惯
+
+- **运动锻炼**:
+  - 推荐运动类型
+  - 运动频次和强度
+  - 注意事项
+
+- **情志调摄**:
+  - 情绪管理
+  - 心理调节
+
+- **穴位保健**:
+  - 推荐穴位
+  - 按摩方法
+  - 艾灸建议
+
+- **中药调理**:
+  - 推荐方剂
+  - 方剂组成
+  - 用法用量
+  - 注意事项
+
+**建议依据**:
+- 中医体质理论
+- 用户体质类型
+- 季节因素
+- 用户健康状况
+
+---
+
+## 使用说明
+
+### 触发条件
+
+当用户请求以下内容时触发本技能:
+- 中医体质辨识评估
+- 体质类型查询
+- 体质特征分析
+- 中医养生建议
+- 体质趋势分析
+- 体质与其他健康指标的关联分析
+
+### 执行步骤
+
+#### 步骤 1: 确定分析范围
+
+明确用户请求的分析类型:
+- 体质辨识评估
+- 体质特征查询
+- 养生建议获取
+- 趋势分析
+- 相关性分析
+
+#### 步骤 2: 读取数据
+
+**主要数据源**:
+1. `data/constitutions.json` - 体质知识库
+2. `data/constitution-recommendations.json` - 养生建议库
+3. `data-example/tcm-constitution-tracker.json` - 体质追踪主数据
+4. `data-example/tcm-constitution-logs/YYYY-MM/YYYY-MM-DD.json` - 每日评估记录
+
+**关联数据源**:
+1. `data-example/profile.json` - 基础信息
+2. `data-example/nutrition-tracker.json` - 营养数据
+3. `data-example/fitness-tracker.json` - 运动数据
+4. `data-example/sleep-tracker.json` - 睡眠数据
+
+#### 步骤 3: 数据分析
+
+根据分析类型执行相应的分析算法:
+
+**体质评分算法**:
+```python
+def calculate_constitution_scores(answers):
+    """
+    基于《中医体质分类与判定》标准
+
+    计算公式:
+    转化分数 = [(原始分数 - 题目数) / (题目数 × 4)] × 100
+
+    其中:
+    - 原始分数 = 各题目得分之和
+    - 题目数 = 该体质的问题数量
+    """
+    scores = {}
+    for constitution, questions in CONSTITUTION_QUESTIONS.items():
+        original_score = sum(answers[q] for q in questions)
+        question_count = len(questions)
+        converted_score = ((original_score - question_count) / (question_count * 4)) * 100
+        scores[constitution] = round(converted_score, 1)
+    return scores
+```
+
+**体质判定算法**:
+```python
+def determine_constitution_type(scores):
+    """
+    判定逻辑:
+    1. 平和质判定:
+       - 得分 ≥ 60分
+       - 其他8种体质得分均 < 40分
+
+    2. 偏颇体质判定:
+       - 得分最高的体质为判定结果
+
+    3. 兼夹体质判定:
+       - 次高分的体质得分 ≥ 40分
+       - 则为兼夹体质
+    """
+    peaceful_score = scores['平和质']
+    other_scores = {k: v for k, v in scores.items() if k != '平和质'}
+
+    # 判定是否为平和质
+    if peaceful_score >= 60 and all(s < 40 for s in other_scores.values()):
+        return {
+            'primary': '平和质',
+            'secondary': [],
+            'type': 'balanced'
+        }
+
+    # 偏颇体质判定
+    sorted_scores = sorted(other_scores.items(), key=lambda x: x[1], reverse=True)
+    primary = sorted_scores[0][0]
+
+    # 判断兼夹体质
+    secondary = [k for k, v in sorted_scores[1:3] if v >= 40]
+
+    return {
+        'primary': primary,
+        'secondary': secondary,
+        'type': 'compound' if secondary else 'single'
+    }
+```
+
+**趋势分析算法**:
+- 线性回归计算趋势
+- 移动平均平滑波动
+- 统计显著性检验
+
+#### 步骤 4: 生成报告
+
+按照标准格式输出分析报告(见"输出格式"部分)
+
+---
+
+## 输出格式
+
+### 体质辨识评估报告
+
+```markdown
+# 中医体质辨识评估报告
+
+## 评估日期
+2025-06-20
+
+## 评估结果
+
+### 体质类型判定
+- **主体质**: 气虚质
+- **兼夹体质**: 阳虚质
+- **体质类型**: 兼夹体质
+
+### 各体质评分
+
+| 体质类型 | 评分 | 判定 |
+|---------|------|------|
+| 气虚质 | 78.5 | ⚠️ 偏颇 |
+| 阳虚质 | 62.3 | ⚠️ 偏颇 |
+| 平和质 | 42.1 | 正常 |
+| 痰湿质 | 38.7 | 正常 |
+| 气郁质 | 35.2 | 正常 |
+| 阴虚质 | 32.1 | 正常 |
+| 湿热质 | 28.4 | 正常 |
+| 血瘀质 | 25.6 | 正常 |
+| 特禀质 | 18.3 | 正常 |
+
+---
+
+## 体质特征分析
+
+### 气虚质特征
+
+**形体特征**:
+- 肌肉松软
+- 容易疲乏
+- 声音低弱
+- 喜静懒言
+- 容易出汗
+
+**心理特征**:
+- 性格内向
+- 不喜冒险
+- 情绪不稳定
+
+**发病倾向**:
+- 易感冒
+- 易内脏下垂
+- 易疲劳
+
+**适应能力**:
+- 不耐受风、寒、暑、湿邪
+- 秋季易发病
+
+### 阳虚质特征
+
+**形体特征**:
+- 畏寒怕冷
+- 手足不温
+- 喜热饮食
+
+**心理特征**:
+- 性格多沉静
+- 内向
+
+**发病倾向**:
+- 易患痰饮、肿胀、腹泻
+- 易感寒邪
+
+**适应能力**:
+- 不耐寒邪,耐受夏热
+- 冬季易发病
+
+---
+
+## 养生建议
+
+### 饮食调养
+
+**原则**: 补气健脾,温补肾阳
+
+**宜食食物**:
+- 补气类: 山药、大枣、黄芪、人参、白术
+- 温阳类: 羊肉、韭菜、花椒、生姜、桂圆
+- 健脾类: 薏苡仁、茯苓、扁豆
+
+**忌食食物**:
+- 生冷寒凉: 冰淇淋、冰镇饮料、生鱼片
+- 油腻厚味: 油炸食品、肥肉
+- 辛辣燥热: 辣椒、花椒
+
+**推荐食谱**:
+1. 黄芪炖鸡
+2. 山药粥
+3. 红枣茯苓粥
+4. 当归生姜羊肉汤
+
+**饮食建议**:
+- 少食多餐,细嚼慢咽
+- 饮食宜温热,忌生冷
+- 饭后适当休息
+
+### 起居调摄
+
+**作息建议**:
+- 保证充足睡眠(8小时以上)
+- 早睡晚起
+- 避免熬夜
+
+**环境要求**:
+- 保持环境温暖干燥
+- 避免受风寒
+- 注意保暖,特别是腰腹部和脚部
+
+**生活习惯**:
+- 避免过度劳累
+- 劳逸结合
+- 可适当晒太阳
+- 温水泡脚
+
+### 运动锻炼
+
+**原则**: 温和运动,避免剧烈
+
+**推荐运动**:
+- 太极拳
+- 八段锦
+- 散步
+- 气功
+- 瑜伽
+
+**运动建议**:
+- 频率: 每日1-2次
+- 时长: 每次20-30分钟
+- 强度: 低至中等强度
+- 注意: 以不感到过度疲劳为宜
+
+**注意事项**:
+- 避免剧烈运动
+- 运动后及时休息
+- 循序渐进
+- 避免在寒冷环境中运动
+
+### 情志调摄
+
+**原则**: 保持心情舒畅,避免过度思虑
+
+**调摄方法**:
+- 保持积极乐观
+- 避免过度思虑
+- 适当参加社交活动
+- 学会放松
+
+**情绪管理**:
+- 培养兴趣爱好
+- 保持社交活动
+- 学会调节情绪
+
+### 穴位保健
+
+**推荐穴位**:
+
+#### 1. 足三里
+- **位置**: 小腿外侧,膝眼下3寸
+- **功效**: 健脾益气,强壮身体
+- **方法**: 每日按揉3-5分钟,可艾灸
+
+#### 2. 气海
+- **位置**: 肚脐下1.5寸
+- **功效**: 培补元气
+- **方法**: 每日按揉3-5分钟,可艾灸
+
+#### 3. 关元
+- **位置**: 肚脐下3寸
+- **功效**: 培元固本,温补肾阳
+- **方法**: 每日按揉3-5分钟,可艾灸10-15分钟
+
+### 中药调理
+
+⚠️ **重要提醒**: 以下内容仅供中医师参考,不可自行抓药服用
+
+**推荐方剂**: 四君子汤加减
+
+**方源**: 《太平惠民和剂局方》
+
+**方剂组成**:
+- 人参: 9-15g, 大补元气
+- 白术: 9-12g, 健脾益气
+- 茯苓: 9-15g, 健脾渗湿
+- 甘草: 6-9g, 调和诸药
+
+**随症加减**:
+- 气虚重者: 加黄芪 15-30g
+- 脾虚湿盛者: 加薏苡仁 15-30g, 扁豆 10-15g
+- 食少腹胀者: 加陈皮 6-9g, 砂仁 3-6g
+
+**用法**: 水煎服,日一剂,分早晚两次温服
+
+**注意事项**:
+- ⚠️ 需经专业中医师辨证后使用
+- ⚠️ 孕妇、儿童、体弱者需医师指导
+- ⚠️ 服药期间忌食生冷、油腻、辛辣食物
+- ⚠️ 感冒发烧时暂停服用
+- ⚠️ 服用期间出现不良反应立即停用并就医
+
+---
+
+## 季节调养建议
+
+### 春季调养
+- 养阳为主,顺应生发之气
+- 多食韭菜、菠菜、山药
+- 保持心情舒畅,适当运动
+- 注意防风保暖
+
+### 夏季调养
+- 清暑热,养心神
+- 多食绿豆、冬瓜、苦瓜
+- 注意防暑降温
+- 保持心情平和
+
+### 秋季调养
+- 养收润燥,养肺
+- 多食银耳、百合、梨
+- 注意保暖,避免受凉
+- 保持情绪稳定
+
+### 冬季调养
+- 养藏为主,温补肾阳
+- 多食羊肉、核桃、栗子
+- 注意保暖,特别是腰腹部
+- 早睡晚起,避免过度劳累
+
+---
+
+## 与其他健康指标的关联
+
+### 体质与营养
+- 气虚质、阳虚质: 宜温补饮食
+- 阴虚质、湿热质: 宜清淡饮食
+- 痰湿质: 宜低脂低糖,控制体重
+
+### 体质与运动
+- 气虚质、阳虚质: 温和运动为主
+- 湿热质、痰湿质: 适度加强运动强度
+- 阴虚质: 避免剧烈运动
+
+### 体质与睡眠
+- 气虚质、阳虚质: 保证充足睡眠
+- 阴虚质: 避免熬夜
+- 气郁质: 疏肝解郁,改善睡眠质量
+
+### 体质与慢性病
+- 痰湿质: 易患高血压、糖尿病、高脂血症
+- 湿热质: 易患代谢综合征
+- 血瘀质: 易患心血管疾病
+- 气郁质: 易患抑郁症、焦虑症
+
+---
+
+## 医学安全边界
+
+⚠️ **重要声明**
+
+本分析仅供健康参考,不构成医疗诊断或治疗建议。
+
+### 分析能力范围
+
+✅ **能做到**:
+- 中医体质辨识评估
+- 体质特征分析
+- 一般性养生建议
+- 中医知识普及
+- 体质趋势追踪
+
+❌ **不做到**:
+- 中医疾病诊断
+- 中药处方开具
+- 替代中医师诊疗
+- 针灸等治疗操作
+- 处理严重健康问题
+
+### 危险信号检测
+
+在分析过程中检测以下危险信号:
+
+1. **严重体质偏颇**:
+   - 单一偏颇体质得分 > 80分
+   - 多种偏颇体质兼夹
+
+2. **健康风险提示**:
+   - 痰湿质 → 高血压、糖尿病风险
+   - 湿热质 → 代谢综合征风险
+   - 血瘀质 → 心血管疾病风险
+   - 气郁质 → 抑郁症风险
+
+3. **就医引导**:
+   - 疑似疾病症状 → 建议就医
+   - 需要中药治疗 → 咨询中医师
+   - 体质调理无效 → 寻求专业帮助
+
+### 建议分级
+
+**Level 1: 一般性建议**
+- 基于中医体质理论
+- 适用于一般人群
+- 无需医疗监督
+
+**Level 2: 参考性建议**
+- 基于用户体质和健康状况
+- 需结合个人情况
+- 建议咨询中医师
+
+**Level 3: 医疗建议**
+- 涉及中药调理
+- 需中医师确认
+- 不得自行服用中药
+
+---
+
+## 数据结构
+
+### 体质评估记录
+
+```json
+{
+  "date": "2025-06-20",
+  "questionnaire": {
+    "questions": [
+      {
+        "id": 1,
+        "constitution": "气虚质",
+        "question": "您容易疲乏吗?",
+        "answer": 4,
+        "weight": 1.0
+      }
+    ],
+    "total_questions": 60
+  },
+  "results": {
+    "primary_constitution": "气虚质",
+    "secondary_constitutions": ["阳虚质"],
+    "constitution_scores": {
+      "平和质": 42.1,
+      "气虚质": 78.5,
+      "阳虚质": 62.3,
+      "阴虚质": 32.1,
+      "痰湿质": 38.7,
+      "湿热质": 28.4,
+      "血瘀质": 25.6,
+      "气郁质": 35.2,
+      "特禀质": 18.3
+    },
+    "constitution_type": "compound"
+  },
+  "characteristics": {
+    "physical": ["容易疲劳", "气短", "自汗"],
+    "psychological": ["性格内向", "不喜欢说话"]
+  },
+  "recommendations": {
+    "diet": {
+      "principles": ["补气健脾", "温补肾阳"],
+      "beneficial": ["山药", "大枣", "黄芪"],
+      "avoid": ["生冷寒凉", "油腻厚味"]
+    },
+    "exercise": "温和运动,如太极拳、散步",
+    "lifestyle": "规律作息,避免过度劳累",
+    "acupoints": ["足三里", "气海", "关元"]
+  }
+}
+```
+
+---
+
+## 参考资源
+
+### 中医体质理论
+- 《中医体质分类与判定》标准
+- 王琦九种体质学说
+- 《中医体质学》教材
+
+### 养生原则
+- 中医基础理论
+- 四季养生原则
+- 辨证施治原则
+
+### 中药方剂
+- 《方剂学》教材
+- 《太平惠民和剂局方》
+- 《金匮要略》
+
+---
+
+**技能版本**: v1.0
+**创建日期**: 2026-01-08
+**维护者**: WellAlly Tech