@bgicli/bgicli 2.1.0
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- package/README.md +134 -0
- package/dist/bgi.js +15233 -0
- package/package.json +44 -0
package/README.md
ADDED
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@@ -0,0 +1,134 @@
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# BGI CLI
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**BGI CLI** 是一个独立的生物信息学 AI 终端工具，专为中国研究者设计。
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- ✅ **独立工具** — 无需安装 OpenCode 或其他 AI 工具
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- ✅ **中国 AI 服务商** — DeepSeek、Kimi、通义千问、MiniMax
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+
- ✅ **21 个预装工作流** — 覆盖转录组、基因组、表观基因组、临床分析
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- ✅ **真正的工具调用** — 执行 bash 命令、读写文件、运行 R/Python 脚本
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- ✅ **单一命令** — 直接运行 `bgi`
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---
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## 安装
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```bash
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# 需要 Node.js 18+
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npm install -g @bgicli/bgicli
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# 或从源码安装
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git clone https://github.com/zja2004/BGI-CLI.git
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cd BGI-CLI
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npm install
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npm run build
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+
npm link
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```
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+
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## 快速开始
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```bash
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bgi
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```
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+
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+
首次运行会提示选择 AI 服务商并输入 API Key。
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+
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## 支持的 AI 服务商
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+
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| 服务商 | 命令 | 获取 API Key |
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|--------|------|-------------|
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+
| **DeepSeek** (默认) | `/provider deepseek` | [platform.deepseek.com](https://platform.deepseek.com/api_keys) |
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| **Kimi** | `/provider kimi` | [platform.moonshot.cn](https://platform.moonshot.cn/console/api-keys) |
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| **通义千问** | `/provider qwen` | [dashscope.aliyuncs.com](https://dashscope.aliyuncs.com) |
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+
| **MiniMax** | `/provider minimax` | [platform.minimax.chat](https://platform.minimax.chat) |
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## 命令参考
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| 命令 | 说明 |
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|------|------|
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+
| `/provider <name>` | 切换 AI 服务商 |
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| `/model <name>` | 切换模型 |
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+
| `/models` | 列出当前服务商的可用模型 |
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| `/providers` | 列出所有服务商 |
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| `/connect [provider]` | 配置 API Key |
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| `/status` | 显示当前配置 |
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| `/clear` | 清空对话历史 |
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| `/help` | 显示帮助 |
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| `exit` / `quit` | 退出 |
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## 预装工作流 (21个)
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+
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运行分析时，BGI CLI 自动读取对应的 SKILL.md 工作流指南：
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### 转录组学
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- `bulk-rnaseq-counts-to-de-deseq2` — DESeq2 差异表达分析
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- `bulk-omics-clustering` — 样本/特征聚类
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+
- `scrnaseq-scanpy-core-analysis` — 单细胞分析 (Scanpy/Python)
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+
- `scrnaseq-seurat-core-analysis` — 单细胞分析 (Seurat/R)
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- `spatial-transcriptomics` — 空间转录组
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+
- `coexpression-network` — 共表达网络 (WGCNA)
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+
- `functional-enrichment-from-degs` — 功能富集 (GO/KEGG/GSEA)
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+
- `grn-pyscenic` — 基因调控网络 (pySCENIC)
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+
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+
### 基因组学
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- `genetic-variant-annotation` — 变异注释
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- `gwas-to-function-twas` — GWAS → TWAS
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- `mendelian-randomization-twosamplemr` — 孟德尔随机化
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- `polygenic-risk-score-prs-catalog` — 多基因风险评分
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- `pooled-crispr-screens` — CRISPR 文库筛选
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### 表观基因组
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- `chip-atlas-peak-enrichment / diff-analysis / target-genes` — ChIP-Atlas 分析
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### 临床与流行病学
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- `clinicaltrials-landscape`, `literature-preclinical`
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+
- `experimental-design-statistics`, `lasso-biomarker-panel`, `pcr-primer-design`
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+
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## 工作流安装
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将 21 个分析工作流部署到 `~/.bgicli/workflows/`：
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```bash
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# 从 bgicli-opencode 目录复制（如果已克隆旧仓库）
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cp -r /path/to/old/workflows ~/.bgicli/workflows/
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```
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或运行安装脚本（Linux/macOS）：
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```bash
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bash install.sh
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+
```
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+
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+
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+
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## 架构
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+
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+
```
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bgi (单一二进制)
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├── src/index.ts — CLI 主入口、命令处理、交互循环
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├── src/chat.ts — 流式对话引擎（支持工具调用）
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├── src/tools.ts — 工具实现 (bash, read_file, write_file, list_dir, search_files)
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├── src/prompt.ts — 嵌入式生物信息学系统提示 + 工作流索引
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├── src/providers.ts — 中国 AI 服务商配置
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└── src/config.ts — 配置管理 (~/.bgicli/config.json)
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```
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**工具调用流程**：
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1. 用户提问 → 发给 LLM（带工具定义）
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2. LLM 决定调用工具（bash/read_file 等）
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3. BGI CLI 执行工具，将结果返回给 LLM
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4. LLM 基于执行结果继续回答
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5. 循环直到 LLM 完成回答
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## License
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MIT
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