@andes/fhir 1.12.0 → 1.12.1-beta.2

package/src/lib/organization.ts

@@ -1,89 +0,0 @@
-import { getDominio, makeUrl } from './config';
-
-/**
- * Encode a organization from ANDES to FHIR
- * @param {} organization
- */
-export function encode(organization) {
-    let data = organization;
-    if (data) {
-        let identificadores: any[] = data.codigo.sisa ? [{
-            assigner: 'sisa',
-            value: data.codigo.sisa
-        }] : [];
-        if (data.codigo.cuie) {
-            identificadores.push({
-                assigner: 'cuie',
-                value: data.codigo.cuie
-            });
-        }
-        if (data.codigo.remediar) {
-            identificadores.push({
-                assigner: 'remediar',
-                value: data.codigo.remediar
-            });
-        }
-        if (data.codigo.sips) {
-            identificadores.push({
-                assigner: 'sips',
-                value: data.codigo.sips
-            });
-        }
-        identificadores.push({
-            system: makeUrl('Organization'),
-            value: data._id
-        });
-
-        let contactos = data.contacto ? data.contacto.map(unContacto => {
-            let cont = {
-                resourceType: 'ContactPoint',
-                value: unContacto.valor,
-                rank: unContacto.ranking,
-            };
-            switch (unContacto.tipo) {
-                case 'fijo':
-                    cont['system'] = 'phone';
-                    break;
-                case 'celular':
-                    cont['system'] = 'phone';
-                    break;
-                case 'email':
-                    cont['system'] = 'email';
-                    break;
-            }
-            return cont;
-        }) : [];
-        // Parsea direcciones
-        let direcciones = data.direccion ? [{
-            resourceType: 'Address',
-            postalCode: data.direccion.codigoPostal ? data.direccion.codigoPostal : '',
-            line: [data.direccion.valor],
-            city: data.direccion.ubicacion.localidad ? data.direccion.ubicacion.localidad.nombre : '',
-            state: data.direccion.ubicacion.provincia ? data.direccion.ubicacion.provincia.nombre : '',
-            country: data.direccion.ubicacion.pais ? data.direccion.ubicacion.pais.nombre : '',
-        }] : [];
-
-        // Armamos la organizacion FHIR
-        let organizacionFHIR = {
-            id: data.id,
-            resourceType: 'Organization',
-            identifier: identificadores,
-            active: data.activo ? data.activo : null,
-            type: [{
-                resourceType: 'CodeableConcept',
-                text: data.tipoEstablecimiento ? data.tipoEstablecimiento.nombre : null,
-            }],
-            name: data.nombre ? data.nombre : null, // Name used for the organization
-        };
-        if (contactos.length > 0) { // A contact detail for the organization
-            organizacionFHIR['telecom'] = contactos;
-        }
-
-        if (direcciones) { // 	An address for the organization
-            organizacionFHIR['address'] = direcciones;
-        }
-        return organizacionFHIR;
-    } else {
-        return null;
-    }
-}

package/src/lib/patient.test.ts

@@ -1,101 +0,0 @@
-import * as patient from '../data/patient.json';
-import { decode, encode } from './patient';
-import { createPatient } from '../helpers/patientFactory';
-
-const pacienteFhir = encode(patient);
-
-describe('encode patient from ANDES to FHIR R4', () => {
-    test('Verify basic data', () => {
-        expect(pacienteFhir.resourceType).toBe('Patient');
-        const ident = pacienteFhir.identifier;
-        const id = ident?.find(t => t.system === 'http://www.renaper.gob.ar/dni');
-        expect(id?.value).toBe('42910660');
-        expect(id?.system).toBe('http://www.renaper.gob.ar/dni');
-        expect(pacienteFhir.active).toBe(true);
-        expect(pacienteFhir.name[0].use).toBe('official');
-        expect(pacienteFhir.name[0].resourceType).toBe('HumanName');
-        expect(pacienteFhir.name[0].family).toContain('PERINGA');
-        expect(pacienteFhir.name[0].family).toContain('PONCE');
-        expect(pacienteFhir.name[0].given).toContain('AGUSTIN');
-        expect(pacienteFhir.name[0].text).toBe('HUGO AGUSTIN PERINGA PONCE');
-        expect(pacienteFhir.gender).toBe('male');
-        expect(pacienteFhir.birthDate).toBe('1979-11-14');
-    });
-    test('Verify patient with contact information', () => {
-        //  Phone;
-        expect(pacienteFhir.telecom[0].resourceType).toBe('ContactPoint');
-        expect(pacienteFhir.telecom[0].value).toBe('4462221');
-        expect(pacienteFhir.telecom[0].system).toBe('phone');
-        //   Address;
-        expect(pacienteFhir.address[0].resourceType).toBe('Address');
-        expect(pacienteFhir.address[0].postalCode).toBe('8300');
-        expect(pacienteFhir.address[0].line).toContain('Enrique Santos Discepolo 1856');
-        expect(pacienteFhir.address[0].city).toBe('NEUQUEN');
-        expect(pacienteFhir.address[0].state).toBe('Neuquén');
-        expect(pacienteFhir.address[0].country).toBe('Argentina');
-    });
-    test('Verify patient with relationships', () => {
-        expect(pacienteFhir.contact[0].relationship[0].text).toBe('hijo/a');
-        expect(pacienteFhir.contact[0].name.resourceType).toBe('HumanName');
-        expect(pacienteFhir.contact[0].name.family).toContain('PERINGA');
-        expect(pacienteFhir.contact[0].name.given).toContain('JOSEFINA');
-    });
-
-    test('Maneja paciente con estado validado', () => {
-        const paciente = createPatient({ estado: 'validado' });
-        const fhir = encode(paciente);
-        expect(fhir.extension?.some(t => t.valueCode === 'validado')).toBeTruthy();
-    });
-
-    test('Maneja paciente con estado temporal', () => {
-        const paciente = createPatient({ estado: 'temporal' });
-        const fhir = encode(paciente);
-        expect(fhir.extension?.some(t => t.valueCode === 'temporal')).toBeTruthy();
-    });
-
-    test('Maneja paciente con estado nulo', () => {
-        const paciente = createPatient({ estado: null });
-        const fhir = encode(paciente);
-        expect(fhir.extension?.some(t => t.valueCode === 'temporal')).toBeTruthy();
-    });
-
-    it('Verifica organización que crea paciente', () => {
-        const fhir = pacienteFhir;
-        expect(fhir.managingOrganization.display).toContain('LABORATORIO');
-    });
-
-    it('Verifica dni extranjero', () => {
-        const paciente = createPatient({ tipoIdentificacion: 'dni extranjero', numeroIdentificacion: 'ABC123' });
-        const fhir = encode(paciente);
-        const id = fhir.identifier?.find(t => t.system === 'andes.gob.ar/sid/foreign-id');
-        expect(id?.value).toBe('ABC123');
-        expect(id?.system).toBe('andes.gob.ar/sid/foreign-id');
-    });
-
-    it('Verifica pasaporte', () => {
-        const paciente = createPatient({ tipoIdentificacion: 'pasaporte', numeroIdentificacion: 'ABC123CD' });
-        const fhir = encode(paciente);
-        const id = fhir.identifier?.find(t => t.system === 'andes.gob.ar/sid/passport');
-        expect(id?.value).toBe('ABC123CD');
-        expect(id?.system).toBe('andes.gob.ar/sid/passport');
-    });
-});
-
-describe('decode patient from FHIR R4 to ANDES', () => {
-    it('Verifica dni extranjero', () => {
-        const paciente = createPatient({ tipoIdentificacion: 'dni extranjero', numeroIdentificacion: 'ABC123' });
-        const fhirEncode = encode(paciente);
-        const fhirDecode = decode(fhirEncode);
-        expect(fhirDecode?.tipoIdentificacion).toBe('dni extranjero');
-        expect(fhirDecode?.numeroIdentificacion).toBe('ABC123');
-    });
-
-    it('Verifica pasaporte', () => {
-        const paciente = createPatient({ tipoIdentificacion: 'pasaporte', numeroIdentificacion: 'ABC123CD' });
-        const fhirEncode = encode(paciente);
-        const fhirDecode = decode(fhirEncode);
-        expect(fhirDecode?.tipoIdentificacion).toBe('pasaporte');
-        expect(fhirDecode?.numeroIdentificacion).toBe('ABC123CD');
-        expect(fhirDecode?.estado).toBe('temporal');
-    });
-});

package/src/lib/patient.ts

@@ -1,411 +0,0 @@
-
-import { getDominio, makeUrl } from './config';
-
-/**
- * Encode a patient from ANDES to FHIR
- * @param {} patient
- */
-export function encode(patient) {
-    if (patient) {
-        const identificadores: any = [];
-        identificadores.push({
-            system: getDominio(),
-            value: patient._id
-        });
-        if (patient.documento) {
-            identificadores.push({
-                system: 'http://www.renaper.gob.ar/dni',
-                value: patient.documento
-            });
-        }
-        if (patient.cuil) {
-            identificadores.push({
-                system: 'http://www.renaper.gob.ar/cuil',
-                value: patient.cuil
-            });
-        }
-        if (patient.numeroIdentificacion) {
-            if (patient.tipoIdentificacion === 'dni extranjero') {
-                identificadores.push({
-                    system: 'andes.gob.ar/sid/foreign-id',
-                    value: patient.numeroIdentificacion
-                });
-            }
-            if (patient.tipoIdentificacion === 'pasaporte') {
-                identificadores.push({
-                    system: 'andes.gob.ar/sid/passport',
-                    value: patient.numeroIdentificacion
-                });
-            }
-        }
-        // Parsea contactos
-        let contactos = patient.contacto ? patient.contacto.filter(c => c.valor).map(unContacto => {
-            let cont = {
-                resourceType: 'ContactPoint',
-                value: unContacto.valor,
-                rank: unContacto.ranking,
-            };
-            switch (unContacto.tipo) {
-                case 'fijo':
-                    cont['system'] = 'phone';
-                    break;
-                case 'celular':
-                    cont['system'] = 'phone';
-                    break;
-                case 'email':
-                    cont['system'] = 'email';
-                    break;
-            }
-            return cont;
-        }) : [];
-        // Parsea direcciones
-        let direcciones = patient.direccion ? patient.direccion.filter(dir => dir.ubicacion.localidad).map(unaDireccion => {
-            let direc = {
-                resourceType: 'Address',
-                postalCode: unaDireccion.codigoPostal ? unaDireccion.codigoPostal : '',
-                line: [unaDireccion.valor],
-                city: unaDireccion.ubicacion.localidad ? unaDireccion.ubicacion.localidad.nombre : '',
-                state: unaDireccion.ubicacion.provincia ? unaDireccion.ubicacion.provincia.nombre : '',
-                country: unaDireccion.ubicacion.pais ? unaDireccion.ubicacion.pais.nombre : '',
-            };
-            return direc;
-        }) : [];
-        // Parsea relaciones
-        let relaciones = patient.relaciones ? patient.relaciones.filter(r => !!r.relacion).map(unaRelacion => {
-            let relacion = {
-                relationship: [{
-                    text: unaRelacion.relacion.nombre
-                }], // The kind of relationship
-                name: {
-                    resourceType: 'HumanName',
-                    family: unaRelacion.apellido.split(' '), // Family name (often called 'Surname')
-                    given: unaRelacion.nombre.split(' '), // Given names (not always 'first'). Includes middle names
-                }
-            };
-            return relacion;
-        }) : [];
-        let genero;
-        switch (patient.genero) {
-            case 'femenino':
-                genero = 'female';
-                break;
-            case 'masculino':
-                genero = 'male';
-                break;
-            case 'otro':
-                genero = 'other';
-                break;
-        }
-        let pacienteFHIR: any = {
-            resourceType: 'Patient',
-            id: patient._id,
-            identifier: identificadores,
-            active: patient.activo ? patient.activo : null, // Whether this patient's record is in active use
-            name: [{
-                use: 'official',
-                resourceType: 'HumanName',
-                family: patient.apellido.split(' '),
-                given: patient.nombre.split(' '),
-                text: `${patient.nombre} ${patient.apellido}`
-            }],
-            gender: genero, // male | female | other | unknown
-            birthDate: patient.fechaNacimiento ? typeof patient.fechaNacimiento === 'string' ? new Date(patient.fechaNacimiento).toISOString().slice(0, 10) : patient.fechaNacimiento.toISOString().slice(0, 10) : null,
-            extension: [{
-                url: 'andes.gob.ar/fhir/StructureDefinition/patient-status',
-                valueCode: patient.estado ? patient.estado : 'temporal' // validado | temporal
-            }]
-        };
-        if (patient.fechaFallecimiento) {
-            pacienteFHIR.deceasedDateTime = typeof patient.fechaFallecimiento === 'string' ? new Date(patient.fechaFallecimiento.toISOString().slice(0, 10)) : patient.fechaFallecimiento.toISOString().slice(0, 10);
-        }
-        if (patient.estadoCivil) {
-            let estadoCivil;
-            switch (patient.estadoCivil) {
-                case 'casado':
-                    estadoCivil = 'Married';
-                    break;
-                case 'divorciado':
-                    estadoCivil = 'Divorced';
-                    break;
-                case 'viudo':
-                    estadoCivil = 'Widowed';
-                    break;
-                case 'soltero':
-                    estadoCivil = 'unmarried';
-                    break;
-                default:
-                    estadoCivil = 'unknown';
-                    break;
-            }
-            pacienteFHIR['maritalStatus'] = {
-                text: estadoCivil
-            };
-        }
-        if (patient.foto) {
-            pacienteFHIR['photo'] = [{
-                patient: patient.foto
-            }];
-        }
-        if (contactos.length > 0) { // A contact detail for the individual
-            pacienteFHIR['telecom'] = contactos;
-        }
-        if (direcciones.length > 0) { // Addresses for the individual
-            pacienteFHIR['address'] = direcciones;
-        }
-        if (relaciones.length > 0) { // A contact party (e.g. guardian, partner, friend) for the patient
-            pacienteFHIR['contact'] = relaciones;
-        }
-        let managingOrganization = {
-            reference: patient.createdBy.organizacion.id,
-            display: patient.createdBy.organizacion.nombre
-        };
-        pacienteFHIR['managingOrganization'] = managingOrganization;
-        return pacienteFHIR;
-    } else {
-        return null;
-    }
-}
-
-/**
- * Decode a patient from FHIR to ANDES
- * @param {} patient
- */
-export function decode(patient) {
-    let genero: string;
-    let sexo: string;
-    // Cuando el paciente viene por FHIR suponemos el valor del genero tanto para nuestro field genero como sexo
-    switch (patient.gender) {
-        case 'female':
-            genero = 'femenino';
-            sexo = 'femenino';
-            break;
-        case 'male':
-            genero = 'masculino';
-            sexo = 'masculino';
-            break;
-        case 'other':
-            genero = 'otro';
-            sexo = 'otro';
-            break;
-    }
-    function getValue(items, key) {
-        const element = items.find(el => el.system === key);
-        if (element) {
-            return element.value;
-        }
-    }
-    const tiposIdentificacion = ['andes.gob.ar/sid/foreign-id', 'andes.gob.ar/sid/passport'];
-    const tipoAndes = ['dni extranjero', 'pasaporte'];
-    let tipoIdentificacion;
-    let numeroIdentificacion;
-    for (let i = 0; i < tiposIdentificacion.length; i++) {
-        if (getValue(patient.identifier, tiposIdentificacion[i])) {
-            tipoIdentificacion = tipoAndes[i];
-            numeroIdentificacion = getValue(patient.identifier, tiposIdentificacion[i]);
-        }
-    }
-    let pacienteAndes = {
-        id: getValue(patient.identifier, makeUrl('Patient')),
-        documento: getValue(patient.identifier, 'http://www.renaper.gob.ar/dni'),
-        tipoIdentificacion,
-        numeroIdentificacion,
-        nombre: patient.name[0].given.join().replace(',', ' '),
-        apellido: Array.isArray(patient.name[0].family) ? patient.name[0].family.join().replace(',', ' ') : patient.name[0].family,
-        fechaNacimiento: patient.birthDate,
-        genero,
-        sexo,
-        estado: 'temporal', // Todos los pacientes que recibimos por Fhir son considerados temporales en su conversión.
-        createdBy: null
-    };
-    let contactos = patient.telecom ? patient.telecom.map(unContacto => {
-        let cont = {
-            valor: unContacto.value,
-            ranking: unContacto.rank
-        };
-        switch (unContacto.system) {
-            case 'phone':
-                cont['tipo'] = 'celular';
-                break;
-            case 'email':
-                cont['tipo'] = 'email';
-                break;
-        }
-        return cont;
-    }) : [];
-
-    let relaciones = patient.contact ? patient.contact.map(aContact => {
-        let relacion = {
-            relacion: {
-                nombre: aContact.relationship[0].text
-            },
-            nombre: aContact.name.given.join().replace(',', ' '),
-            apellido: aContact.name.family
-        };
-        return relacion;
-    }) : [];
-
-    if (patient.maritalStatus) {
-        let estadoCivil;
-        switch (patient.maritalStatus['text']) {
-            case 'Married':
-                estadoCivil = 'casado';
-                break;
-            case 'Divorced':
-                estadoCivil = 'divorciado';
-                break;
-            case 'Widowed':
-                estadoCivil = 'viudo';
-                break;
-            case 'unmarried':
-                estadoCivil = 'soltero';
-                break;
-            default:
-                estadoCivil = 'otro';
-                break;
-        }
-        pacienteAndes['estadoCivil'] = estadoCivil;
-    }
-
-    let direcciones = patient.address ? patient.address.map(unaDireccion => {
-        let dir = {
-            activo: true,
-            valor: unaDireccion.line,
-            codigoPostal: unaDireccion.postalCode,
-            // TODO: En un MATETIME ver si la información de pais, provincia, localidad
-            // se delega en el insert o update. Y este decoder sólo guarda la info tal cual viene.
-            ubicacion: {
-                pais: unaDireccion.country,
-                provincia: unaDireccion.state,
-                localidad: unaDireccion.city
-            }
-        };
-        return dir;
-    }) : [];
-
-    pacienteAndes['direccion'] = direcciones;
-
-    if (patient.active) {
-        pacienteAndes['activo'] = patient.active;
-    }
-    if (contactos.length > 0) {
-        pacienteAndes['contacto'] = contactos;
-    }
-    if (patient.photo) { // Image of the patient
-        pacienteAndes['foto'] = patient.photo[0].data;
-    }
-
-    if (patient.contact) {
-        pacienteAndes['relaciones'] = relaciones;
-    }
-
-    if (patient.managingOrganization) {
-        pacienteAndes['createdBy'] = {
-            organizacion: {
-                id: patient.managingOrganization.reference,
-                nombre: patient.managingOrganization.display
-            }
-        };
-    }
-
-    return pacienteAndes;
-}
-
-/**
- * Verify if a patient has a FHIR format
- * @param {*} patient
- */
-export function verify(patient) {
-    let respuesta = true;
-    let fieldVerified = Object.keys(patient).every(pacienteFHIRFields);
-    // Verificamos que las key esten contenidas en los conjuntos mínimos pacienteFHIRField
-    if (fieldVerified) {
-        respuesta = ('resourceType' in patient) && patient.resourceType === 'Patient';
-        respuesta = respuesta && ('identifier' in patient);
-        if (patient.identifier.length > 0) {
-            patient.identifier.forEach(anIdentifier => respuesta = respuesta && Object.keys(anIdentifier).every(identifierFields));
-        }
-        patient.name.forEach(aName => respuesta = respuesta && validName(aName));
-        if (patient.active) {
-            respuesta = respuesta && (typeof patient.active === 'boolean');
-        }
-        if (patient.telecom) {
-            patient.telecom.forEach(aTelecom => respuesta = respuesta && Object.keys(aTelecom).every(telecomFields));
-        }
-        if (patient.gender) {
-            respuesta = respuesta && patient.gender.match('male|female|other|unknown') != null;
-        }
-        if (patient.birthDate) {
-            respuesta = respuesta && typeof patient.birthDate === 'string'; // TODO: Algun control de que tenga formato Date
-        }
-        if (patient.deceasedDateTime) {
-            respuesta = respuesta && typeof patient.deceasedDateTime === 'string'; // TODO: Algun control de que tenga formato DateTime
-        }
-        if (patient.address) {
-            patient.address.forEach(anAddress => respuesta = respuesta && Object.keys(anAddress).every(addressFields));
-        }
-        if (patient.maritalStatus && patient.maritalStatus.text) {
-            respuesta = respuesta && Object.keys(patient.maritalStatus).every(codingFields)
-                && typeof patient.maritalStatus.text === 'string'
-                && patient.maritalStatus.text.match('Married|Divorced|Widowed|unmarried|unknown') != null;
-        }
-        if (patient.photo) {
-            patient.photo.forEach(aPhoto => respuesta = respuesta && Object.keys(aPhoto).every(photoFields));
-        }
-        if (patient.contact) {
-            patient.contact.forEach(aContact => {
-                if (aContact.relationship) {
-                    aContact.relationship.forEach(aRelation => respuesta = respuesta && Object.keys(aRelation).every(codingFields));
-                }
-                if (aContact.name) {
-                    respuesta = respuesta && validName(aContact.name);
-                }
-            });
-        }
-    } else {
-        respuesta = fieldVerified; // No cumple con los campos estandar de FHIR
-    }
-    return respuesta;
-}
-
-function pacienteFHIRFields(elem) {
-    return elem.match('resourceType|identifier|active|name|telecom|gender|birthDate|deceasedBoolean|deceasedDateTime|address|maritalStatus|photo|contact') != null;
-}
-
-function identifierFields(elem) {
-    return elem.match('use|type|system|value|period|assigner') != null;
-}
-
-function nameFields(elem) {
-    return elem.match('resourceType|family|given') != null;
-}
-
-function telecomFields(elem) {
-    return elem.match('resourceType|system|value|use|rank|period') != null;
-}
-
-function addressFields(elem) {
-    return elem.match('resourceType|use|type|text|line|city|district|state|postalCode|country|period') != null;
-}
-
-function codingFields(elem) {
-    return elem.match('coding|text') != null;
-}
-
-function photoFields(elem) {
-    return elem.match('contentType|language|data|url|size|hash|title|creation') != null;
-}
-
-function contactFields(elem) {
-    return elem.match('relationship|name|telecom|address|gender|organization|period') != null;
-}
-
-function validName(aName) {
-    return Object.keys(aName).every(nameFields) && ('resourceType' in aName) && aName.resourceType === 'HumanName' &&
-        ('family' in aName) && Array.isArray(aName.family) && aName.family.every(areStrings) &&
-        ('given' in aName) && Array.isArray(aName.given) && aName.given.every(areStrings);
-}
-
-function areStrings(elem) {
-    return typeof elem === 'string';
-}
-