@andes/fhir 1.11.1

package/src/lib/document-reference.ts

@@ -0,0 +1,102 @@
+import * as moment from 'moment';
+import { makeUrl } from './config';
+
+export function encode(ID, author, organization, patient, binaryURL) {
+    return {
+        resourceType: 'DocumentReference',
+        id: ID,
+        meta: {
+            lastUpdated: moment().format()
+        },
+        contained: [
+            {
+                resourceType: 'Practitioner',
+                id: author.id,
+                identifier: [{
+                    system: makeUrl('Device'),
+                    value: author.id
+                }]
+            },
+            {
+                resourceType: 'Organization',
+                id: organization.id,
+                identifier: [{
+                    system: makeUrl('Organization'),
+                    value: organization.id
+                }]
+            }
+        ],
+        custodian: {
+            identifier: {
+                system: 'https://federador.msal.gob.ar/uri',
+                value: makeUrl('Organization', organization.id)
+            }
+        },
+        masterIdentifier: {
+            system: makeUrl('documentos_versiones'),
+            value: ID
+        },
+        identifier: [{
+            system: makeUrl('documentos'),
+            value: ID
+        }],
+        status: 'current',
+        type: {
+            coding: [
+                {
+                    system: 'http://loinc.org',
+                    code: '60591-5'
+                }
+            ]
+        },
+        subject: {
+            reference: makeUrl('Patient', patient.id),
+        },
+        // author: [
+        //     {
+        //         reference: makeUrl('Device', author.id),
+        //     },
+        //     {
+        //         reference: makeUrl('Organization', organization.id),
+        //     }
+        // ],
+        securityLabel: [{
+            coding: [{
+                system: 'https://saludddigital.gob.ar/nivelesconfidencialidad',
+                code: 'N'
+            }]
+        }],
+        content: [{
+            attachment: {
+                id: 'PRINCIPAL',
+                url: binaryURL
+            }
+        }],
+        context: {
+            event: [{
+                coding: [{
+                    system: 'https://saludddigital.gob.ar/tiposevento',
+                    code: 'CIR'
+                }]
+            }],
+            // period: {
+            //     start: '2019-04-03T10:30:00+03:00',
+            //     end: '2019-04-05T10:30:00+03:00'
+
+            // },
+            facilityType: {
+                coding: [{
+                    system: 'https://saludddigital.gob.ar/tipoprestador',
+                    code: 'INI'
+                }]
+            },
+            practiceSetting: {
+                coding: [{
+                    system: 'https://saludddigital.gob.ar/especialidades',
+                    code: 'CLM'
+                }]
+            }
+        }
+
+    };
+}

package/src/lib/immunization.ts

@@ -0,0 +1,64 @@
+
+/**
+ * Encode de Vacunas Nomivac from ANDES to FHIR
+ * @param {} nomivac
+ * [ASK] El code de extension puede ir en vaccineCode?
+ * [ASk] Location no se sabe. Solo esta el texto
+ */
+export function encode(patientReference, nomivac) {
+    return {
+        resourceType: 'Immunization',
+        id: nomivac.idvacuna,
+        extension: [
+            {
+                url: 'http://sisa/fhir/esquema',
+                valueCoding: {
+                    system: 'http://argentina.gob.ar/salud/NOMIVAC-esquemas',
+                    code: '0', // [TODO] Ver que code ponemos acá
+                    display: nomivac.vacuna
+                }
+            },
+            {
+                url: 'http://sisa/fhir/condicionAplicacion',
+                valueCoding: {
+                    system: 'http://argentina.gob.ar/salud/NOMIVAC-condicion',
+                    code: '17',
+                    display: 'Personal de Salud'
+                }
+            }
+        ],
+        status: 'completed',
+        notGiven: false,
+        vaccineCode: {
+            coding: [
+                {
+                    system: 'https://snomed.info/sct/11000221109/id/228100022110',
+                    code: nomivac.idvacuna,
+                    display: nomivac.vacuna
+                }
+            ]
+        },
+        patient: {
+            reference: patientReference
+        },
+        date: nomivac.fechaAplicacion,
+        primarySource: false,
+        location: {
+            reference: 'http://argentina.gob.ar/salud/refes/14999912399913'
+        },
+        // lotNumber: null,
+        vaccinationProtocol: [
+            {
+                doseSequence: 1,
+                doseStatus: {
+                    coding: [
+                        {
+                            system: 'http://hl7.org/fhir/vaccination-protocol-dose-status',
+                            code: nomivac.dosis
+                        }
+                    ]
+                }
+            }
+        ]
+    };
+}

package/src/lib/medication.ts

@@ -0,0 +1,61 @@
+/**
+ * Encode de Medicamentos from ANDES to FHIR
+ * @param {} medication
+ */
+export function encode(medication) {
+    // Falta completar con más detalle
+    return {
+        resourceType: 'Medication',
+        id: medication.conceptId, // Es el id del medicamento, en este caso usamos el código de snomed (ver si sería correcto)
+        meta: {
+            profile: [
+                'http://hl7.org/fhir/uv/ips/StructureDefinition/medication-ips'
+            ]
+        },
+        identifier: medication.moduleId, // Acá va el serial number del medicamento.
+        code: {
+            coding: [
+                {
+                    system: 'http://snomed.info/sct',
+                    display: medication.term,
+                    code: medication.conceptId
+                }
+            ],
+            text: medication.fsn
+        },
+        status: medication.active === true ? 'active' : 'inactive',
+        // manufacturer: null,
+        // form: null,
+        // amount: null,
+        // ingredient: null,
+        // ingredient: [ // ejemplo
+        //     {
+        //         code: {
+        //             coding: [
+        //                 {
+        //                     system: "http://snomed.info/sct",
+        //                     display: "salbutamol (sustancia)",
+        //                     code: "372897005"
+        //                 }
+        //             ]
+        //         },
+        //         isActive: true,
+        //         strength: {
+        //             numerator: {
+        //                 value: 200,
+        //                 unit: "mcg"
+        //             },
+        //             denominator: {
+        //                 value: 1,
+        //                 unit: "disparo"
+        //             }
+        //         }
+        //     }
+        // ],
+        text: {
+            status: 'generated',
+            div: `<div xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml"><p><b>Generated Narrative with Details</b></p><p><b>id</b>: Medicacion</p><p><b>meta</b>: </p><p><b>text</b>: ${medication.pt.term}</p></div>`
+        }
+    };
+}
+

package/src/lib/medicationRequest.ts

@@ -0,0 +1,100 @@
+/**
+ * Encode medicationRequest from ANDES to FHIR
+ * @param {} medicationRequest
+ */
+
+import * as moment from 'moment';
+
+// Muy incompleto hay que mejorarlo mucho todavía
+
+export function encode(patientReference, practitionerReference, medicationFHIR, data) {
+    return {
+        resourceType: 'MedicationRequest',
+        id: data.registro._id, // id de la prescripción completa
+        text: {
+            status: 'generated',
+            // div: `<div xmlns=\"http://www.w3.org/1999/xhtml\"><p><b>Generated Narrative with Details</b></p><p><b>id</b>: Medicacion </p><p><b>meta</b>: </p><p><b>text</b>: ${'DEFINIR'}</p></div>`
+        },
+        contained: [
+            medicationFHIR
+        ],
+        identifier: [  // Ver bien que sería el array de identifiers
+            {
+                use: 'official',
+                system: 'http://app.andes.gob.ar/prescriptions',  // Es el id de la prestación completa
+                value: data.registro.id
+            }
+        ],
+        // active | on-hold | cancelled | completed | entered-in-error | stopped | draft | unknown
+        status: (data.prestacion.estadoActual.tipo === 'validada') ? 'active' : 'on-hold',  // Lo mejor sería enviar el estado de la receta desde la prestación
+        // intent: proposal | plan | order | original-order | reflex-order | filler-order | instance-order | option
+        intent: 'order', // Ya que no tenemos este dato, ver como sería en caso de recetas prolongadas si puede ir como plan
+        // category: {
+        //     coding: [
+        //         {
+        //             system: '',
+        //             display: '',
+        //             code: ''
+        //         }
+        //     ]
+        // },
+        // priority: routine | urgent | asap | stat
+        priority: 'routine',
+        doNotPerform: false,
+        // Se puede usar medicationCodeableConcept o medicationReference, vamos a usar esta última.
+        medicationReference: {
+            reference: medicationFHIR.id,
+            display: medicationFHIR.code.text
+        },
+        subject: {
+            reference: patientReference  // podría ser una reference a un group también
+        },
+        // encounter: Por ahora lo dejo pendiente. Podría ponerse una referencia a otra prestación o al informe del encuentro.
+        authoredOn: moment(data.registro.createdAt).format('YYYY-MM-DD'),
+        // requester & performer: pueden ser  Reference(Practitioner|PractitionerRole|Organization|Patient|Device|RelatedPerson|CareTeam)
+        // por el momento vamos a tomar al profesional porque no tenemos otra info en la prestación
+        requester: {
+            reference: practitionerReference
+        },
+        // performer: {
+        //     reference: practitionerReference
+        // },
+        // performerType: Lo dejamos pendiente
+        // recorder: {
+        //     reference: practitionerReference
+        // },
+        // instantiatesCanonical: null, // ["<canonical>"], // Instantiates FHIR protocol or definition
+        // instantiatesUri: null, // ["<uri>"], // Instantiates external protocol or definition
+        basedOn: data.prestacion.id, // Vamos a usar el id de la prestación donde esta todo [{ Reference(CarePlan|MedicationRequest|ServiceRequest| ImmunizationRecommendation) }], // What request fulfills
+        // groupIdentifier: null, // { Identifier }, // Composite request this is part of
+        // courseOfTherapyType: null, // { CodeableConcept }, // Overall pattern of medication administration
+        // insurance: null, // [{ Reference(Coverage|ClaimResponse) }], // Associated insurance coverage
+        note: null, // De donde sacamos las notas? [{ Annotation }], // Information about the prescription
+        dosageInstruction: null, // [{ Dosage }], // How the medication should be taken
+        // Medication supply authorization: Hay que ver esta parte
+        /*
+        dispenseRequest: { // Medication supply authorization
+            initialFill: { // First fill details
+                quantity: { Quantity(SimpleQuantity) }, // First fill quantity
+                duration: { Duration } // First fill duration
+            },
+            dispenseInterval: { Duration }, // Minimum period of time between dispenses
+            validityPeriod: { Period }, // Time period supply is authorized for
+            numberOfRepeatsAllowed: "<unsignedInt>", // Number of refills authorized
+            quantity: { Quantity(SimpleQuantity) }, // Amount of medication to supply per dispense
+            expectedSupplyDuration: { Duration }, // Number of days supply per dispense
+            performer: { Reference(Organization) } // Intended dispenser
+        },
+        */
+        substitution: { // Any restrictions on medication substitution
+            // allowed[x]: Whether substitution is allowed or not. One of these 2:
+            allowedBoolean: true, // <boolean>,
+            // "allowedCodeableConcept" : { CodeableConcept },
+            reason: null // { CodeableConcept } // Why should (not) substitution be made
+        },
+        priorPrescription: null, // { Reference(MedicationRequest) }, // An order/prescription that is being replaced
+        detectedIssue: null, // [{ Reference(DetectedIssue) }], // Clinical Issue with action
+        eventHistory: null// [{ Reference(Provenance) }]
+    };
+}
+

package/src/lib/medicationStatement.ts

@@ -0,0 +1,52 @@
+/**
+ * Encode de Medicamentos from ANDES to FHIR
+ * @param {} medicationStatement
+ */
+// Muy incompleto hay que mejorarlo mucho todavía
+export function encode(patientReference, medicationReference, prestacionMedicamento) {
+    return {
+        resourceType: 'MedicationStatement',
+        status: (prestacionMedicamento.valor.estado === 'activo') ? 'active' : 'inactive',
+        id: prestacionMedicamento._id,  // El código de la prestación donde está el registro del contexto de porque está consumiendo el medicamento
+        effectiveDateTime: prestacionMedicamento.createdAt,
+        medicationCodeableConcept: {
+            coding: [
+                {
+                    system: 'http://snomed.info/sct',
+                    code: prestacionMedicamento.concepto.conceptId,
+                    display: prestacionMedicamento.concepto.term
+                }
+            ]
+        },
+        meta: {
+            profile: [
+                'http://hl7.org/fhir/uv/ips/StructureDefinition/medication-ips'
+            ]
+        },
+        // extension: null,
+        // identifier: '', // Business identifier, not a resource identifier
+        subject: {
+            reference: patientReference
+        },
+        medicationReference: {
+            reference: medicationReference
+        },
+        // context: null, // Encounter | Episode of care (podría ser el informe del encuentro o lo que definamos que brinda más información sobre el por qué)
+        dosage: [
+            {
+                text: prestacionMedicamento.valor, // indicación
+                route: { coding: [{ system: 'http://standardterms.edqm.eu', code: prestacionMedicamento._id, display: prestacionMedicamento.nombre }] },
+                timing: { coding: { system: 'http://terminology.hl7.org/CodeSystem/v3-GTSAbbreviation', code: 'QD', display: 'Diario' } }
+            }
+        ],
+        // effectivePeriod: {     // Esta parte se podría calcular entre la fecha de la prestación y la cant. de tiempo que se indica, pero hay problemas
+        // en este registro ya que no siempre está la unidad de tiempo (dias, mes, etc) hay q ver si no es un bug.
+        //     start: '2015-03'
+        // },
+        text: {
+            status: 'generated',
+            div: `<div xmlns=\"http://www.w3.org/1999/xhtml\"><p><b>Generated Narrative with Details</b></p><p><b>id</b>: Medicacion </p><p><b>meta</b>: </p><p><b>text</b>: ${prestacionMedicamento.concepto.term}</p></div>`
+        }
+    };
+}
+

package/src/lib/organization.ts

@@ -0,0 +1,89 @@
+import { getDominio, makeUrl } from './config';
+
+/**
+ * Encode a organization from ANDES to FHIR
+ * @param {} organization
+ */
+export function encode(organization) {
+    let data = organization;
+    if (data) {
+        let identificadores: any[] = data.codigo.sisa ? [{
+            assigner: 'sisa',
+            value: data.codigo.sisa
+        }] : [];
+        if (data.codigo.cuie) {
+            identificadores.push({
+                assigner: 'cuie',
+                value: data.codigo.cuie
+            });
+        }
+        if (data.codigo.remediar) {
+            identificadores.push({
+                assigner: 'remediar',
+                value: data.codigo.remediar
+            });
+        }
+        if (data.codigo.sips) {
+            identificadores.push({
+                assigner: 'sips',
+                value: data.codigo.sips
+            });
+        }
+        identificadores.push({
+            system: makeUrl('Organization'),
+            value: data._id
+        });
+
+        let contactos = data.contacto ? data.contacto.map(unContacto => {
+            let cont = {
+                resourceType: 'ContactPoint',
+                value: unContacto.valor,
+                rank: unContacto.ranking,
+            };
+            switch (unContacto.tipo) {
+                case 'fijo':
+                    cont['system'] = 'phone';
+                    break;
+                case 'celular':
+                    cont['system'] = 'phone';
+                    break;
+                case 'email':
+                    cont['system'] = 'email';
+                    break;
+            }
+            return cont;
+        }) : [];
+        // Parsea direcciones
+        let direcciones = data.direccion ? [{
+            resourceType: 'Address',
+            postalCode: data.direccion.codigoPostal ? data.direccion.codigoPostal : '',
+            line: [data.direccion.valor],
+            city: data.direccion.ubicacion.localidad ? data.direccion.ubicacion.localidad.nombre : '',
+            state: data.direccion.ubicacion.provincia ? data.direccion.ubicacion.provincia.nombre : '',
+            country: data.direccion.ubicacion.pais ? data.direccion.ubicacion.pais.nombre : '',
+        }] : [];
+
+        // Armamos la organizacion FHIR
+        let organizacionFHIR = {
+            id: data.id,
+            resourceType: 'Organization',
+            identifier: identificadores,
+            active: data.activo ? data.activo : null,
+            type: [{
+                resourceType: 'CodeableConcept',
+                text: data.tipoEstablecimiento ? data.tipoEstablecimiento.nombre : null,
+            }],
+            name: data.nombre ? data.nombre : null, // Name used for the organization
+        };
+        if (contactos.length > 0) { // A contact detail for the organization
+            organizacionFHIR['telecom'] = contactos;
+        }
+
+        if (direcciones) { // 	An address for the organization
+            organizacionFHIR['address'] = direcciones;
+        }
+        return organizacionFHIR;
+    } else {
+        return null;
+    }
+}

package/src/lib/patient.test.ts

@@ -0,0 +1,38 @@
+import * as patient from '../data/patient.json';
+import { encode } from './patient';
+describe('encode patient from ANDES to FHIR R4', () => {
+    test('Verify basic data', () => {
+        expect(encode(patient).resourceType).toBe('Patient');
+        expect(encode(patient).identifier[0].value).toBe('42910660');
+        expect(encode(patient).identifier[0].system).toBe('http://www.renaper.gob.ar/dni');
+        expect(encode(patient).active).toBe(true);
+        expect(encode(patient).name[0].use).toBe('official');
+        expect(encode(patient).name[0].resourceType).toBe('HumanName');
+        expect(encode(patient).name[0].family).toContain('PERINGA');
+        expect(encode(patient).name[0].family).toContain('PONCE');
+        expect(encode(patient).name[0].given).toContain('AGUSTIN');
+        expect(encode(patient).name[0].text).toBe('HUGO AGUSTIN PERINGA PONCE');
+        expect(encode(patient).gender).toBe('male');
+        expect(encode(patient).birthDate).toBe('1979-11-14');
+    });
+    test('Verify patient with contact information', () => {
+        //  Phone;
+        expect(encode(patient).telecom[0].resourceType).toBe('ContactPoint');
+        expect(encode(patient).telecom[0].value).toBe('4462221');
+        expect(encode(patient).telecom[0].system).toBe('phone');
+        //   Address;
+        expect(encode(patient).address[0].resourceType).toBe('Address');
+        expect(encode(patient).address[0].postalCode).toBe('8300');
+        expect(encode(patient).address[0].line).toContain('Enrique Santos Discepolo 1856');
+        expect(encode(patient).address[0].city).toBe('NEUQUEN');
+        expect(encode(patient).address[0].state).toBe('Neuquén');
+        expect(encode(patient).address[0].country).toBe('Argentina');
+    });
+    test('Verify patient with relationships', () => {
+        expect(encode(patient).contact[0].relationship[0].text).toBe('hijo/a');
+        expect(encode(patient).contact[0].name.resourceType).toBe('HumanName');
+        expect(encode(patient).contact[0].name.family).toContain('PERINGA');
+        expect(encode(patient).contact[0].name.given).toContain('JOSEFINA');
+    });
+});
+