vasputils 0.0.3 → 0.0.4

data/lib/vasputils/poscar.rb

@@ -18,151 +18,151 @@ require "crystalcell/cell.rb"
 # VASP 5 系を使うようになれば事情が変わるだろう。
 class Poscar
 
-	class ElementMismatchError < Exception; end
-	class ParseError < Exception; end
-
-	# io を読み込んで Cell クラスインスタンスを返す。
-	# 構文解析できなければ例外 Poscar::ParseError を投げる。
-	def self.parse(io)
-		# analyze POSCAR.
-
-		begin
-			#line 1: comment (string)
-			comment = io.readline.chomp
-
-			#line 2: universal scaling factor (float)
-			scale = io.readline.to_f
-			raise "Poscar.load_file cannot use negative scaling factor.\n" if scale < 0
-
-			#line 3-5: axes (3x3 Array of float)
-			axes = []
-			3.times do |i| #each axis of a, b, c.
-				vec = io.readline.strip.split(/\s+/) #in x,y,z directions
-				axes << vec.collect! { |i| i.to_f * scale } #multiply scaling factor
-			end
-
-			#line 6: numbers of elements. e.g.,[1, 1, 2]
-			nums_elements = io.readline.strip.split( /\s+/ ).map{|i| i.to_i}
-
-			#line 7-(8): 'Selective dynamics' or not (bool)
-			line = io.readline
-			if line =~ /^\s*s/i
-				selective_dynamics = true
-				line = io.readline    # when this situation, reading one more line is nessesarry
-			end
-
-			if (line =~ /^\s*d/i ) # allow only 'Direct' now
-				direct = true
-			else
-				raise "Not 'direct' indication."
-			end
-
-			#line 9(8): position
-			#e.g., positions_of_elements
-			#e.g., movable_flags_of_elements
-
-			atoms = []
-			nums_elements.size.times do |elem_index|
-				nums_elements[elem_index].times do |index|
-				items = io.readline.strip.split( /\s+/ )
-				pos = items[0..2].map {|coord| coord.to_f}
-				#pp pos
-
-				mov_flags = []
-				if items.size >= 6 then
-					items[3..5].each do |i|
-						( i =~ /^t/i ) ? mov_flags << true : mov_flags << false
-					end
-					atoms << Atom.new(elem_index, pos, mov_flags)
-				else
-					atoms << Atom.new(elem_index, pos)
-				end
-				end
-			end
-		rescue EOFError
-			raise ParseError, "end of file reached"
-		end
-
-		cell = Cell.new(axes, atoms )
-		cell.comment = comment
-		cell
-	end
-
-	# file で与えられた名前のファイルを読み込んで Cell クラスインスタンスを返す。
-	# 構文解析できなければ例外 Poscar::ParseError を投げる。
-	def self.load_file(file)
-		io = File.open(file, "r")
-		self.parse(io)
-	end
-
-	# POSCAR 形式で書き出す。
-	# cell は Cell クラスインスタンスと同等のメソッドを持つもの。
-	# elems は書き出す元素の順番。
-	# 	elems が cell の持つ元素リストとマッチしなければ
-	# 	例外 Poscar::ElementMismatchError を投げる。
-	# io は書き出すファイルハンドル。
-	def self.dump(cell, elems, io)
-		unless (Mapping::map?(cell.elements.uniq, elems){ |i, j| i == j })
-			raise ElementMismatchError,
-			"elems [#{elems.join(",")}] mismatches to cell.elements [#{cell.elements.join(",")}."
-		end
-
-		io.puts cell.comment
-		io.puts "1.0" #scale
-		3.times do |i|
-			io.printf( "  % 18.15f  % 18.15f  % 18.15f\n", cell.axes[i][0], cell.axes[i][1], cell.axes[i][2]
-			)
-		end
-
-		# collect information
-		elem_list = Hash.new
-		elems.each do |elem|
-			elem_list[ elem ] = cell.atoms.select{ |atom| atom.element == elem }
-		end
-		io.puts(elems.map { |elem| elem_list[elem].size }.join(" "))
-
-		# Selective dynamics
-		# どれか1つでも getMovableFlag が真であれば Selective dynamics をオンにする
-		selective_dynamics = false
-		cell.atoms.each do |atom|
-			if atom.movable_flags
-				selective_dynamics = true
-				io.puts "Selective dynamics"
-				break
-			end
-		end
-
-		elems.each do |elem|
-			elem_list[ elem ].each do |atom|
-				if atom.movable_flags
-					selective_dynamics = true
-					break
-				end
-			end
-			break if selective_dynamics
-		end
-
-		io.puts "Direct"
-
-		# positions of atoms
-		elems.each do |elem|
-			elem_list[ elem ].each do |atom|
-				tmp =  sprintf(
-					"  % 18.15f  % 18.15f  % 18.15f",
-					* atom.position )
-				if selective_dynamics
-					if atom.movable_flags == nil
-						tmp += " T T T"
-					else
-						atom.movable_flags.each do |mov|
-							( mov == true ) ?  tmp += " T" : tmp += " F"
-						end
-					end
-				end
-				io.puts tmp
-			end
-		end
-	end
+  class ElementMismatchError < Exception; end
+  class ParseError < Exception; end
+
+  # io を読み込んで Cell クラスインスタンスを返す。
+  # 構文解析できなければ例外 Poscar::ParseError を投げる。
+  def self.parse(io)
+    # analyze POSCAR.
+
+    begin
+      #line 1: comment (string)
+      comment = io.readline.chomp
+
+      #line 2: universal scaling factor (float)
+      scale = io.readline.to_f
+      raise "Poscar.load_file cannot use negative scaling factor.\n" if scale < 0
+
+      #line 3-5: axes (3x3 Array of float)
+      axes = []
+      3.times do |i| #each axis of a, b, c.
+        vec = io.readline.strip.split(/\s+/) #in x,y,z directions
+        axes << vec.collect! { |i| i.to_f * scale } #multiply scaling factor
+      end
+
+      #line 6: numbers of elements. e.g.,[1, 1, 2]
+      nums_elements = io.readline.strip.split( /\s+/ ).map{|i| i.to_i}
+
+      #line 7-(8): 'Selective dynamics' or not (bool)
+      line = io.readline
+      if line =~ /^\s*s/i
+        selective_dynamics = true
+        line = io.readline    # when this situation, reading one more line is nessesarry
+      end
+
+      if (line =~ /^\s*d/i ) # allow only 'Direct' now
+        direct = true
+      else
+        raise "Not 'direct' indication."
+      end
+
+      #line 9(8): position
+      #e.g., positions_of_elements
+      #e.g., movable_flags_of_elements
+
+      atoms = []
+      nums_elements.size.times do |elem_index|
+        nums_elements[elem_index].times do |index|
+        items = io.readline.strip.split( /\s+/ )
+        pos = items[0..2].map {|coord| coord.to_f}
+        #pp pos
+
+        mov_flags = []
+        if items.size >= 6 then
+          items[3..5].each do |i|
+            ( i =~ /^t/i ) ? mov_flags << true : mov_flags << false
+          end
+          atoms << Atom.new(elem_index, pos, mov_flags)
+        else
+          atoms << Atom.new(elem_index, pos)
+        end
+        end
+      end
+    rescue EOFError
+      raise ParseError, "end of file reached"
+    end
+
+    cell = Cell.new(axes, atoms )
+    cell.comment = comment
+    cell
+  end
+
+  # file で与えられた名前のファイルを読み込んで Cell クラスインスタンスを返す。
+  # 構文解析できなければ例外 Poscar::ParseError を投げる。
+  def self.load_file(file)
+    io = File.open(file, "r")
+    self.parse(io)
+  end
+
+  # POSCAR 形式で書き出す。
+  # cell は Cell クラスインスタンスと同等のメソッドを持つもの。
+  # elems は書き出す元素の順番。
+  #   elems が cell の持つ元素リストとマッチしなければ
+  #   例外 Poscar::ElementMismatchError を投げる。
+  # io は書き出すファイルハンドル。
+  def self.dump(cell, elems, io)
+    unless (Mapping::map?(cell.elements.uniq, elems){ |i, j| i == j })
+      raise ElementMismatchError,
+      "elems [#{elems.join(",")}] mismatches to cell.elements [#{cell.elements.join(",")}."
+    end
+
+    io.puts cell.comment
+    io.puts "1.0" #scale
+    3.times do |i|
+      io.printf( "  % 18.15f  % 18.15f  % 18.15f\n", cell.axes[i][0], cell.axes[i][1], cell.axes[i][2]
+      )
+    end
+
+    # collect information
+    elem_list = Hash.new
+    elems.each do |elem|
+      elem_list[ elem ] = cell.atoms.select{ |atom| atom.element == elem }
+    end
+    io.puts(elems.map { |elem| elem_list[elem].size }.join(" "))
+
+    # Selective dynamics
+    # どれか1つでも getMovableFlag が真であれば Selective dynamics をオンにする
+    selective_dynamics = false
+    cell.atoms.each do |atom|
+      if atom.movable_flags
+        selective_dynamics = true
+        io.puts "Selective dynamics"
+        break
+      end
+    end
+
+    elems.each do |elem|
+      elem_list[ elem ].each do |atom|
+        if atom.movable_flags
+          selective_dynamics = true
+          break
+        end
+      end
+      break if selective_dynamics
+    end
+
+    io.puts "Direct"
+
+    # positions of atoms
+    elems.each do |elem|
+      elem_list[ elem ].each do |atom|
+        tmp =  sprintf(
+          "  % 18.15f  % 18.15f  % 18.15f",
+          * atom.position )
+        if selective_dynamics
+          if atom.movable_flags == nil
+            tmp += " T T T"
+          else
+            atom.movable_flags.each do |mov|
+              ( mov == true ) ?  tmp += " T" : tmp += " F"
+            end
+          end
+        end
+        io.puts tmp
+      end
+    end
+  end
 
 end
 

data/lib/vasputils/potcar.rb

@@ -2,17 +2,17 @@
 # Class for dealing with POTCAR.
 #
 module Potcar
-	def self.load_file(file)
-		results = {}
-		results[:name] = file
+  def self.load_file(file)
+    results = {}
+    results[:name] = file
 
-		elements = Array.new
-		File.open( file, "r" ).each do |line|
-			if line =~ /VRHFIN\s*=\s*([A-Za-z]*)/
-				elements << $1
-			end
-		end
-		results[:elements] = elements
-		results
-	end
+    elements = Array.new
+    File.open( file, "r" ).each do |line|
+      if line =~ /VRHFIN\s*=\s*([A-Za-z]*)/
+        elements << $1
+      end
+    end
+    results[:elements] = elements
+    results
+  end
 end

data/lib/vasputils/vaspdir.rb

@@ -4,10 +4,12 @@
 require "fileutils"
 require "pp"
 require "date"
+require "yaml"
 
 require "rubygems"
 gem "comana"
-require "comana.rb"
+require "comana/computationmanager.rb"
+require "comana/machineinfo.rb"
 
 require "vasputils/incar.rb"
 require "vasputils/outcar.rb"
@@ -29,6 +31,18 @@ require "vasputils/kpoints.rb"
 class VaspDir < Comana
   class InitializeError < Exception; end
 
+  #INCAR 解析とかして、モードを調べる。
+  #- 格子定数の構造最適化モード(ISIF = 3)
+  #- 格子定数を固定した構造最適化モード(ISIF = 2)
+  ##- k 点探索モードは無理だろう。
+  def initialize(dir)
+    super(dir)
+    %w(INCAR KPOINTS POSCAR POTCAR).each do |file|
+      infile = "#{@dir}/#{file}"
+      raise InitializeError, infile unless FileTest.exist? infile
+    end
+  end
+
   # 配下の OUTCAR を Outcar インスタンスにして返す。
   # 存在しなければ例外 Errno::ENOENT を返す。
   def outcar
@@ -54,6 +68,19 @@ class VaspDir < Comana
     Kpoints.load_file("#{@dir}/KPOINTS")
   end
 
+  # 正常に終了していれば true を返す。
+  # 実行する前や実行中、OUTCAR が完遂していなければ false。
+  #
+  # MEMO
+  # PI12345 ファイルは実行中のみ存在し、終了後 vasp (mpi？) に自動的に削除される。
+  def finished?
+    begin
+      return Outcar.load_file("#{@dir}/OUTCAR")[:normal_ended]
+    rescue Errno::ENOENT
+      return false
+    end
+  end
+
   private
 
   # vasp を投げる。
@@ -68,7 +95,7 @@ class VaspDir < Comana
   # machinefile を生成しないとどのホストで計算するか、安定しない。
   # そのうち mpiexec from torque に対応するが、
   # まずは mpirun で動くように作る。
-  def send_command
+  def calculate
     #File.open(lock_file, "w") do |lock_io|
     #  lock_io.puts "HOST: #{ENV["HOST"]}"
     #  lock_io.puts "START: #{Time.now.to_s}"
@@ -85,89 +112,37 @@ class VaspDir < Comana
     #    io.puts "localhost:#{num_cores}"
     #  end
     #end
-    num_cores = 4
-    command = "cd #{@dir};" +
-      "/usr/local/calc/mpich-1.2.7-ifc7/bin/mpirun " +
-      "-np #{num_cores} " +
-      "-machinefile machines " +
-      "/usr/local/calc/vasp/vasp4631mpi" +
-      "> stdout"
-
-    if $TEST
-      generated_files = [
-        "CHG",
-        "CHGCAR",
-        "CONTCAR",
-        "DOSCAR",
-        "EIGENVAL",
-        "IBZKPT",
-        "OSZICAR",
-        "OUTCAR",
-        "PCDAT",
-        "WAVECAR",
-        "XDATCAR",
-        "machines",
-        "vasprun.xml",
-        "lock",
-      ]
-      generated_files.map!{|i| "#{@dir}/#{i}"}
-      command = "touch #{generated_files.join(" ")}"
-    end
-
-    system command
-    #status = system command
-    #if status
-    #  lock_io.puts "STATUS: normal ended."
-    #else
-    #  lock_io.puts "STATUS: irregular ended, status #{$?}."
-    #end
-  end
+    #num_cores = 4
 
-  #INCAR 解析とかして、モードを調べる。
-  #- 格子定数の構造最適化モード(ISIF = 3)
-  #- 格子定数を固定した構造最適化モード(ISIF = 2)
-  ##- k 点探索モードは無理だろう。
-  def set_parameters
-    #pp @dir; exit;
-    %w(INCAR KPOINTS POSCAR POTCAR).each do |file|
-      infile = "#{@dir}/#{file}"
-      raise InitializeError, infile unless FileTest.exist? infile
+    #settings = YAML.load_file("#{ENV["HOME"]}/.machineinfo")
+    #setting  = settings[ENV["HOST"]]
+    begin
+      hi = MachineInfo.load_file("#{ENV["HOME"]}/.machineinfo").get_host(ENV["HOST"])
+      vasp = hi["vasp"]
+    rescue
+      vasp = "vasp"
     end
+    command = "cd #{@dir};"
+    command += vasp
+    command += "> stdout"
 
-    #@incar = Incar.load_file("#{@dir}/INCAR")
-    #case @incar["IBRION"]
-    #when "-1"
-    #  @mode = :single_point
-    ##when "1"
-    ## @mode = :molecular_dynamics
-    #when "2"
-    #  if (@incar["ISIF"] == "2")
-    #    @mode = :geom_opt_atoms
-    #  elsif (@incar["ISIF"] == "3")
-    #    @mode = :geom_opt_lattice
-    #  else
-    #    @mode = :geom_opt
-    #  end
+    #if ENV["PBS_JOBID"]
+    #  command += "/usr/local/calc/mpiexec/bin/mpiexec /usr/local/calc/bin/vasp5212-mpich2"
     #else
-    #    @mode = nil
+    #  /usr/local/calc/bin/vasp5212-mpich2"
+    ##  command = "cd #{@dir};" +
+    ##    "/usr/local/calc/mpich-1.2.7-ifc7/bin/mpirun " +
+    ##    "-np #{num_cores} " +
+    ##    "-machinefile machines " +
+    ##    "/usr/local/calc/vasp/vasp4631mpi" +
+    ##    "> stdout"
     #end
 
-    @lockdir    = "lock"
-    @alive_time = 3600
-    @outfiles   = ["OUTCAR"] # Files only to output should be indicated.
+    system command
   end
 
-  # 正常に終了していれば true を返す。
-  # 実行する前や実行中、OUTCAR が完遂していなければ false。
-  #
-  # MEMO
-  # PI12345 ファイルは実行中のみ存在し、終了後 vasp (mpi？) に自動的に削除される。
-  def finished?
-    begin
-      return Outcar.load_file("#{@dir}/OUTCAR")[:normal_ended]
-    rescue Errno::ENOENT
-      return false
-    end
+  def prepare_next
+    #do_nothing
   end
 
 end