vasputils 0.0.11 → 0.0.12

data/lib/vasputils/conditionvarier.rb

@@ -0,0 +1,157 @@
+#! /usr/bin/env ruby
+# coding: utf-8
+
+#
+#
+#
+class VaspUtils::ConditionVarier
+    class InvalidOptionError < Exception; end
+    class ArgumentError < Exception; end
+
+    #
+    def initialize(standard_vaspdir, options)
+        @standard_vaspdir = VaspUtils::VaspDir.new(standard_vaspdir)
+        self.class.check_sanity_options(options)
+
+        @options = {}
+        [:ka, :kb, :kc, :kab, :kbc, :kca, :kabc].each do |key|
+            next unless options[key]
+            @options[key] = self.class.integers(options[key])
+        end
+        [:encut].each do |key|
+            next unless options[key]
+            @options[key] = self.class.floats(options[key])
+        end
+        
+    end
+
+    def self.integers(str)
+        str.split(",").map{|val| val.to_i}
+    end
+
+    def self.floats(str)
+        str.split(",").map{|val| val.to_f}
+    end
+
+    def self.check_sanity_options(options)
+        counts = {:a => 0, :b => 0, :c => 0}
+        if options.keys.include?(:ka)
+            counts[:a] += 1
+        end
+        if options.keys.include?(:kb)
+            counts[:b] += 1
+        end
+        if options.keys.include?(:kc)
+            counts[:c] += 1
+        end
+        if options.keys.include?(:kab)
+            counts[:a] += 1
+            counts[:b] += 1
+        end
+        if options.keys.include?(:kbc)
+            counts[:b] += 1
+            counts[:c] += 1
+        end
+        if options.keys.include?(:kca)
+            counts[:c] += 1
+            counts[:a] += 1
+        end
+        if options.keys.include?(:kabc)
+            counts[:a] += 1
+            counts[:b] += 1
+            counts[:c] += 1
+        end
+
+        if counts[:a] > 1
+            raise InvalidOptionError,  "Error: ka mesh is duplicated."
+        end
+        if counts[:b] > 1
+            raise InvalidOptionError,  "Error: kb mesh is duplicated."
+        end
+        if counts[:c] > 1
+            raise InvalidOptionError,  "Error: kc mesh is duplicated."
+        end
+    end
+
+    # Argument 'ary' is Array of Integer's.
+    # Return all variation of integers less than Integer's.
+    def self.mesh_points(ary)
+        raise ArgumentError, "Argument ary is empty: #{ary.inspect}" if ary.empty?
+        raise ArgumentError, "Argument ary is not Array: #{ary.inspect}" unless ary.is_a? Array
+
+        if ary.size == 1
+            results = Array.new
+            ary[0].times do |i|
+                results[i] = [i]
+            end
+            return results
+        elsif ary.size > 1
+            variation = ary.shift
+            right_ary = self.mesh_points(ary)
+
+            results = Array.new
+            variation.times do |i|
+                right_ary.each do |ary|
+                    #p [i, *ary]
+                    results.push([i, *ary])
+                end
+            end
+            return results
+        else
+            raise RuntimeError, "Must not happen!"
+        end
+    end
+
+    def self.hash_to_s(hash)
+        result = []
+        hash.keys.sort.each do |key|
+            result.push( key.to_s + "_" + hash[key].to_s)
+        end
+        result = result.join(",")
+        #pp result
+        result
+    end
+
+    def generate_condition_dirs(tgt_dir = ".")
+        keys = @options.keys.sort
+        # as order of 'keys'
+
+        sizes = []
+        keys.each do |key|
+            sizes.push( @options[key].size)
+        end
+
+        mesh_indices = self.class.mesh_points(sizes)
+
+        #p @options
+        #p keys
+        #p sizes
+        #p mesh_indices
+
+        conditions_list = []
+        mesh_indices.each do |ary|
+            conditions = {}
+            keys.size.times do |i|
+                key = keys[i]
+                conditions[key] = @options[key][ary[i]]
+            end
+            conditions_list << conditions
+        end
+        #pp conditions_list
+
+        conditions_list.each do |conditions|
+            dirname = self.class.hash_to_s(conditions)
+            #pp conditions.to_s
+            if File.exist? dirname
+                puts "#{dirname} is already exist."
+                next
+            end
+            #pp conditions
+            #pp dirname
+            dirname = tgt_dir + "/" + dirname
+            @standard_vaspdir.mutate(dirname, conditions)
+        end
+    end
+
+end
+

data/lib/vasputils/incar.rb

@@ -1,65 +1,62 @@
 #! /usr/bin/env ruby
 # coding: utf-8
 
-require "vasputils.rb"
+#require "vasputils.rb"
 
 # see http://cms.mpi.univie.ac.at/vasp/vasp/INCAR_File.html
 #
 # INCAR のフォーマット
-#   - 基本 1行 1項目。
-#   - = 区切りで左辺の項目名に対して右辺の値になる。
-#   - 半角＃ のあと、コメント
+#       - 基本 1行 1項目。
+#       - = 区切りで左辺の項目名に対して右辺の値になる。
+#       - 半角＃ のあと、コメント
 #
 # TODO, Future feature
 # INCAR のフォーマット
-#   - 右辺のあとの文字列は、セミコロンでなければ無視される。
-#   - ; 区切りで1行に複数の項目を設定できる。
-#   - \ で次の行に設定を続けることができる。
+#       - 右辺のあとの文字列は、セミコロンでなければ無視される。
+#       - ; 区切りで1行に複数の項目を設定できる。
+#       - \ で次の行に設定を続けることができる。
 
 # Class to utilize INCAR file of VASP.
 # まず、自分で使う範囲だけ作る。
 # あとで余力があれば精密化する。
 module VaspUtils::Incar
-  #
-  #def initialize()
-  #end
-  
-  # 与えられた IO を読み込み、INCAR として解析したハッシュを返す。
-  def self.parse(io)
-    results = {}
-    io.each_line do |line|
-      line.sub!(/\#.*/, "") # コメント文字以降を削除
-      next unless /=/ =~ line
-      if /(.*)=(.*)/ =~ line
-        key = $1.strip
-        val = $2.strip
-        val.sub!(/\s.*$/, "")
-        next if key.empty?
-        results[key] = val
-      end
+    
+    # 与えられた IO を読み込み、INCAR として解析したハッシュを返す。
+    def self.parse(io)
+        results = {}
+        io.each_line do |line|
+            line.sub!(/\#.*/, "") # コメント文字以降を削除
+            next unless /=/ =~ line
+            if /(.*)=(.*)/ =~ line
+                key = $1.strip
+                val = $2.strip
+                val.sub!(/\s.*$/, "")
+                next if key.empty?
+                results[key] = val
+            end
+        end
+        return results
     end
-    return results
-  end
 
-  # 与えられた名前のファイルを INCAR として解析したハッシュを返す。
-  def self.load_file(file)
-    io = File.open(file, "r")
-    return self.parse(io)
-  end
+    # 与えられた名前のファイルを INCAR として解析したハッシュを返す。
+    def self.load_file(file)
+        io = File.open(file, "r")
+        return self.parse(io)
+    end
 
-  # 与えられたデータ対(ハッシュ)を io に書き出す。
-  # io が nil の場合は INCAR 形式文字列を返す。
-  # (改行文字を埋め込んでおり、配列化していない)
-  def self.dump(pairs, io = nil)
-    result = pairs.map { |key, val|
-      "#{key} = #{val}"
-    }.join("\n")
+    # 与えられたデータ対(ハッシュ)を io に書き出す。
+    # io が nil の場合は INCAR 形式文字列を返す。
+    # (改行文字を埋め込んでおり、配列化していない)
+    def self.dump(pairs, io = nil)
+        result = pairs.map { |key, val|
+            "#{key} = #{val}"
+        }.join("\n")
 
-    if io # is defined
-      io.print result
-    else
-      return result
+        if io # is defined
+            io.print result
+        else
+            return result
+        end
     end
-  end
 end
 

data/lib/vasputils/kpoints.rb

@@ -1,45 +1,43 @@
 #! /usr/bin/env ruby
 # coding: utf-8
 
-require "vasputils.rb"
+#require "vasputils.rb"
 
 # Module dearing with KPOINTS.
 # This can deal with only Automatic mesh style of KPOINTS,
 # i.e., this cannot deal with other various styles of KPOINTS.
 module VaspUtils::Kpoints
-  def self.parse(io)
-    results = {}
-    results[:comment] = io.readline.chomp
-
-    raise "Not automatic generating KPOINTS! 2nd line must be 0." unless io.readline == "0\n"
-
-    line = io.readline
-    case line
-    when /^m/i; then; results[:type] = :monkhorst
-    when /^g/i; then; results[:type] = :gamma_center
-    else
-      raise "Kpoints module can deal with only monkhorst and gamma-center."
+    def self.parse(io)
+        results = {}
+        results[:comment] = io.readline.chomp
+
+        raise "Not automatic generating KPOINTS! 2nd line must be 0." unless io.readline =~ /^0$/
+
+        line = io.readline
+        case line
+        when /^m/i; then; results[:type] = :monkhorst
+        when /^g/i; then; results[:type] = :gamma_center
+        else
+            raise "Kpoints module can deal with only monkhorst and gamma-center."
+        end
+
+        results[:mesh] = io.readline.strip.split(/\s+/).map{|i| i.to_i}
+        results[:shift] = io.readline.strip.split(/\s+/).map{|i| i.to_f}
+
+        return results
     end
 
-    #pp io.readline.strip.split(/\s+/).map{|i| i.to_i}
-    results[:mesh] = io.readline.strip.split(/\s+/).map{|i| i.to_i}
-    #pp io.readline.strip.split(/\s+/).map{|i| i.to_f}
-    results[:shift] = io.readline.strip.split(/\s+/).map{|i| i.to_f}
-
-    return results
-  end
-
-  # 
-  def self.load_file(file)
-    self.parse(File.open(file, "r"))
-  end
-
-  def self.dump(data, io)
-    io.puts "Automatic mesh"
-    io.puts "0"
-    io.puts data[:type].to_s.capitalize
-    io.puts data[:mesh].join(" ")
-    io.puts data[:shift].join(" ")
-  end
+    # 
+    def self.load_file(file)
+        self.parse(File.open(file, "r"))
+    end
+
+    def self.dump(data, io)
+        io.puts "Automatic mesh"
+        io.puts "0"
+        io.puts data[:type].to_s.capitalize
+        io.puts data[:mesh].join(" ")
+        io.puts data[:shift].join(" ")
+    end
 end
 

data/lib/vasputils/outcar.rb

@@ -1,74 +1,74 @@
-require "vasputils.rb"
+#require "vasputils.rb"
 
 # OUTCAR をパースする。
 # 精確には行わず、必要な情報だけをピックアップする感じ。
 #
 # あまり頑張らないことにした理由は以下。
-#   OUTCAR がどう出力されるのかがよくわからない。
-#   本来は vasp のソースを見て決めるべきだろう。
-#   やるとすればかなり大掛かりなプロジェクトになるが、そのわりには旨味が少ない。
-#   grep でなんとかなるし。
+#       OUTCAR がどう出力されるのかがよくわからない。
+#       本来は vasp のソースを見て決めるべきだろう。
+#       やるとすればかなり大掛かりなプロジェクトになるが、そのわりには旨味が少ない。
+#       grep でなんとかなるし。
 #
 # 基本的に終了した計算から情報を取り出すには vasprun.xml を読む。
 # OUTCAR は終了する前も含めてなんか簡単に見るために使う、という位置付けで。
 module VaspUtils::Outcar
-  #toten は全 electronic and ionic steps のを flat に並べただけのもの。
-  #必要なら構造化するが、現状その予定はない。
-  #attr_reader :name
-  #attr_reader :ionic_steps, :electronic_steps, :totens, :volumes, :elapsed_time
+    #toten は全 electronic and ionic steps のを flat に並べただけのもの。
+    #必要なら構造化するが、現状その予定はない。
+    #attr_reader :name
+    #attr_reader :ionic_steps, :electronic_steps, :totens, :volumes, :elapsed_time
 
-  def self.load_file(file)
-    raise Errno::ENOENT unless File.exist?(file)
+    def self.load_file(file)
+        raise Errno::ENOENT unless File.exist?(file)
 
-    results = {}
-    results[:name] = file
-    #results[:irreducible_kpoints] = nil
-    #results[:electronic_steps   ] = 0
-    #results[:ionic_steps        ] = 0
-    #results[:totens             ] = []
-    #results[:volumes            ] = []
-    results[:elapsed_time       ] = nil
-    results[:normal_ended       ] = false
+        results = {}
+        results[:name] = file
+        #results[:irreducible_kpoints] = nil
+        #results[:electronic_steps   ] = 0
+        #results[:ionic_steps                ] = 0
+        #results[:totens                         ] = []
+        #results[:volumes                        ] = []
+        results[:elapsed_time               ] = nil
+        results[:normal_ended               ] = false
 
-    #lines = File.readlines(file)
-    #lines.each do |line|
-    #  #if /Found\s+(\d+)\s+irreducible k-points/i =~ line
-    #  #  results[:irreducible_kpoints] = $1.to_i
-    #  #end
+        #lines = File.readlines(file)
+        #lines.each do |line|
+        #    #if /Found\s+(\d+)\s+irreducible k-points/i =~ line
+        #    #  results[:irreducible_kpoints] = $1.to_i
+        #    #end
 
-    #  #if /^-* Iteration\s+(\d+)/ =~ line
-    #  #  results[:ionic_steps     ] = $1.to_i
-    #  #  results[:electronic_steps] += 1
-    #  #end
+        #    #if /^-* Iteration\s+(\d+)/ =~ line
+        #    #  results[:ionic_steps         ] = $1.to_i
+        #    #  results[:electronic_steps] += 1
+        #    #end
 
-    #  ##if /free\s+energy\s+TOTEN\s+=\s(.*)\s+eV/ =~ line
-    #  #if /TOTEN\s+=\s(.*)\s+eV/ =~ line
-    #  #  results[:totens] << $1.to_f
-    #  #end
+        #    ##if /free\s+energy\s+TOTEN\s+=\s(.*)\s+eV/ =~ line
+        #    #if /TOTEN\s+=\s(.*)\s+eV/ =~ line
+        #    #  results[:totens] << $1.to_f
+        #    #end
 
-    #  #if /volume of cell :\s+(\d+\.\d+)$/ =~ line
-    #  #  results[:volumes] << $1.to_f
-    #  #end
-    #end
+        #    #if /volume of cell :\s+(\d+\.\d+)$/ =~ line
+        #    #  results[:volumes] << $1.to_f
+        #    #end
+        #end
 
-    lines = `grep Iteration #{file}`.split("\n")
-    results[:electronic_steps] = lines.size
-    /^-* Iteration\s+(\d+)/ =~ lines[-1]
-    results[:ionic_steps     ] = $1.to_i
+        lines = `grep Iteration #{file}`.split("\n")
+        results[:electronic_steps] = lines.size
+        /^-* Iteration\s+(\d+)/ =~ lines[-1]
+        results[:ionic_steps         ] = $1.to_i
 
-    results[:totens] = `grep TOTEN #{file}`.split("\n").map do |line|
-      /TOTEN\s+=\s(.*)\s+eV/ =~ line
-      $1.to_f
-    end
+        results[:totens] = `grep TOTEN #{file}`.split("\n").map do |line|
+            /TOTEN\s+=\s(.*)\s+eV/ =~ line
+            $1.to_f
+        end
 
-    line = `tail -q -n 8 #{file}| head -n 1`
-    if (/Elapsed time \(sec\):\s+(\d+\.\d+)/ =~ line)
-      results[:elapsed_time] = $1.to_f
-    end
+        line = `tail -q -n 8 #{file}| head -n 1`
+        if (/Elapsed time \(sec\):\s+(\d+\.\d+)/ =~ line)
+            results[:elapsed_time] = $1.to_f
+        end
 
-    line = `tail -q -n 1 #{file}`
-    results[:normal_ended] = true if (/Voluntary context switches:/ =~ line)
+        line = `tail -q -n 1 #{file}`
+        results[:normal_ended] = true if (/Voluntary context switches:/ =~ line)
 
-    results
-  end
+        results
+    end
 end