t2-web 0.1.4 → 0.1.5

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Files changed (25) hide show
  1. data/CHANGES +3 -0
  2. data/README +1 -1
  3. data/Rakefile +1 -1
  4. data/bin/t2_webapp.rb +1 -1
  5. data/public/t2web/tmp/outputs/00406c1e-1793-435c-a8ab-f25cb85a7895/UniProtID +185 -0
  6. data/public/t2web/tmp/outputs/00406c1e-1793-435c-a8ab-f25cb85a7895/ValidatedProtein +10 -0
  7. data/public/t2web/tmp/outputs/5d0e7c19-70d6-4dad-bbbe-5a59e7146afc/Pathway +1 -0
  8. data/public/t2web/tmp/outputs/5d0e7c19-70d6-4dad-bbbe-5a59e7146afc/geneList +184 -0
  9. data/public/t2web/tmp/outputs/5d0e7c19-70d6-4dad-bbbe-5a59e7146afc/image +0 -0
  10. data/public/t2web/tmp/outputs/5d0e7c19-70d6-4dad-bbbe-5a59e7146afc/url +1 -0
  11. data/public/t2web/tmp/outputs/7d102979-f494-45e7-a837-561bdf490055/UniProtID +185 -0
  12. data/public/t2web/tmp/outputs/7d102979-f494-45e7-a837-561bdf490055/ValidatedProtein +10 -0
  13. data/public/t2web/tmp/outputs/841115fa-ff34-4960-bb78-c1d64a052e50/UniProtID +185 -0
  14. data/public/t2web/tmp/outputs/841115fa-ff34-4960-bb78-c1d64a052e50/ValidatedProtein +10 -0
  15. data/public/t2web/tmp/outputs/ad2cdddc-7cce-48b2-8c7f-411e7fc55a3f/Pathway +1 -0
  16. data/public/t2web/tmp/outputs/ad2cdddc-7cce-48b2-8c7f-411e7fc55a3f/geneList +184 -0
  17. data/public/t2web/tmp/outputs/ad2cdddc-7cce-48b2-8c7f-411e7fc55a3f/image +0 -0
  18. data/public/t2web/tmp/outputs/ad2cdddc-7cce-48b2-8c7f-411e7fc55a3f/url +1 -0
  19. data/public/t2web/tmp/outputs/b7a8e0d0-fcf5-4d8e-bee1-27704167c828/SummedSimilarity +2 -0
  20. data/public/t2web/tmp/outputs/b7a8e0d0-fcf5-4d8e-bee1-27704167c828/TopContributingConcepts +49 -0
  21. data/public/t2web/tmp/outputs/b7a8e0d0-fcf5-4d8e-bee1-27704167c828/TopMatchingConcepts +2 -0
  22. data/public/t2web/tmp/outputs/b7a8e0d0-fcf5-4d8e-bee1-27704167c828/contributionTable_xml +34 -0
  23. data/public/t2web/tmp/outputs/d1461a45-200f-4f48-84a8-d01ca3e79b0b/UniProtID +185 -0
  24. data/public/t2web/tmp/outputs/d1461a45-200f-4f48-84a8-d01ca3e79b0b/ValidatedProtein +10 -0
  25. metadata +23 -3
data/CHANGES CHANGED
@@ -1,5 +1,8 @@
1
1
  = Changes log for the Taverna via the Web Gem
2
2
 
3
+ == Version 0.1.5
4
+ * Improved checking of mime-type for outputs for specific image types!
5
+
3
6
  == Version 0.1.4
4
7
  * Workflow results are now stored in the public_folder
5
8
  * We now support image results (not list of images in one taverna output yet)
data/README CHANGED
@@ -2,7 +2,7 @@
2
2
 
3
3
 
4
4
  Authors:: Konstantinos Karasavvas
5
- Gem Version:: 0.1.4
5
+ Gem Version:: 0.1.5
6
6
  Contact:: mailto:kostas.karasavvas@nbic.nl
7
7
  Licence:: MIT (See LICENCE or http://www.opensource.org/licenses/mit-license)
8
8
  Copyright:: (c) 2012 Netherlands Bioinformatics Centre, The Netherlands
data/Rakefile CHANGED
@@ -12,7 +12,7 @@ require 'rdoc/task'
12
12
 
13
13
  spec = Gem::Specification.new do |s|
14
14
  s.name = 't2-web'
15
- s.version = '0.1.4'
15
+ s.version = '0.1.5'
16
16
  s.extra_rdoc_files = ['README', 'LICENSE', 'CHANGES']
17
17
  s.summary = 'Web application that generates a Web UI form for a Taverna2 workflow, given its myExperiment id, for ease of execution. The only requirement for the user is a web browser.'
18
18
  s.description = s.summary
data/bin/t2_webapp.rb CHANGED
@@ -321,7 +321,7 @@ END
321
321
  # work with one image since flatten_list_results only deals with multi-line strings
322
322
  # and single strings or single images (indirectly!)
323
323
  mime_type = %x( file --mime-type #{settings.public_folder}/#{WEB_APP_NAME}/tmp/outputs/#{run_uuid}/#{t2_output} )
324
- if mime_type.include?("image/")
324
+ if mime_type =~ /image\/png|image\/jpg|image\/gif|image\/bmp/
325
325
  generate_image_result("/#{WEB_APP_NAME}/tmp/outputs/#{run_uuid}/#{t2_output}")
326
326
  else
327
327
  generate_html_result(data)
data/public/t2web/tmp/outputs/00406c1e-1793-435c-a8ab-f25cb85a7895/UniProtID ADDED
@@ -0,0 +1,185 @@
1
+ P70386
2
+ Q02527
3
+ Q09327
4
+ Q10470
5
+ Q14CK5
6
+ Q6IC49
7
+ Q9UH32
8
+ P70386
9
+ Q02527
10
+ Q09327
11
+ Q10470
12
+ Q14CK5
13
+ Q6IC49
14
+ Q9UH32
15
+ P70386
16
+ Q02527
17
+ Q09327
18
+ Q10470
19
+ Q14CK5
20
+ Q6IC49
21
+ Q9UH32
22
+ P70386
23
+ Q02527
24
+ Q09327
25
+ Q10470
26
+ Q14CK5
27
+ Q6IC49
28
+ Q9UH32
29
+ A8K7C2
30
+ O73815
31
+ P02571
32
+ P02579
33
+ P12714
34
+ P14104
35
+ P53478
36
+ P60010
37
+ P63259
38
+ P63260
39
+ P63261
40
+ P99022
41
+ Q5U032
42
+ Q6P3K9
43
+ Q7ZVI7
44
+ Q96E67
45
+ Q9P3X6
46
+ Q9P3X7
47
+ P15943
48
+ Q06335
49
+ Q06481
50
+ Q13861
51
+ Q14594
52
+ Q14662
53
+ Q71U10
54
+ Q7M4L3
55
+ Q9BT36
56
+ Q9TVV0
57
+ Q9U4H3
58
+ Q9W5F1
59
+ P05067
60
+ P08592
61
+ P09000
62
+ P12023
63
+ P78438
64
+ P97487
65
+ P97942
66
+ Q10651
67
+ Q13764
68
+ Q13778
69
+ Q13793
70
+ Q16011
71
+ Q16014
72
+ Q16019
73
+ Q16020
74
+ Q18583
75
+ Q547B7
76
+ Q6GSC0
77
+ Q8WZ99
78
+ Q95ZX1
79
+ Q99K32
80
+ Q9BT38
81
+ Q9UC33
82
+ Q9UCA9
83
+ Q9UCB6
84
+ Q9UCC8
85
+ Q9UCD1
86
+ Q9UQ58
87
+ P15943
88
+ Q06335
89
+ Q06481
90
+ Q13861
91
+ Q14594
92
+ Q14662
93
+ Q71U10
94
+ Q7M4L3
95
+ Q9BT36
96
+ Q9TVV0
97
+ Q9U4H3
98
+ Q9W5F1
99
+ P05067
100
+ P08592
101
+ P09000
102
+ P12023
103
+ P78438
104
+ P97487
105
+ P97942
106
+ Q10651
107
+ Q13764
108
+ Q13778
109
+ Q13793
110
+ Q16011
111
+ Q16014
112
+ Q16019
113
+ Q16020
114
+ Q18583
115
+ Q547B7
116
+ Q6GSC0
117
+ Q8WZ99
118
+ Q95ZX1
119
+ Q99K32
120
+ Q9BT38
121
+ Q9UC33
122
+ Q9UCA9
123
+ Q9UCB6
124
+ Q9UCC8
125
+ Q9UCD1
126
+ Q9UQ58
127
+ P15943
128
+ Q06335
129
+ Q06481
130
+ Q13861
131
+ Q14594
132
+ Q14662
133
+ Q71U10
134
+ Q7M4L3
135
+ Q9BT36
136
+ Q9TVV0
137
+ Q9U4H3
138
+ Q9W5F1
139
+ P05067
140
+ P08592
141
+ P09000
142
+ P12023
143
+ P78438
144
+ P97487
145
+ P97942
146
+ Q10651
147
+ Q13764
148
+ Q13778
149
+ Q13793
150
+ Q16011
151
+ Q16014
152
+ Q16019
153
+ Q16020
154
+ Q18583
155
+ Q547B7
156
+ Q6GSC0
157
+ Q8WZ99
158
+ Q95ZX1
159
+ Q99K32
160
+ Q9BT38
161
+ Q9UC33
162
+ Q9UCA9
163
+ Q9UCB6
164
+ Q9UCC8
165
+ Q9UCD1
166
+ Q9UQ58
167
+ P08396
168
+ P08397
169
+ P19356
170
+ P22907
171
+ P28789
172
+ Q16012
173
+ Q2VQW9
174
+ Q08AP2
175
+ Q08AP3
176
+ Q15439
177
+ Q15440
178
+ Q15441
179
+ Q60721
180
+ Q60722
181
+ Q62211
182
+ Q62655
183
+ Q64072
184
+ Q80UE8
185
+ Q99N33
data/public/t2web/tmp/outputs/00406c1e-1793-435c-a8ab-f25cb85a7895/ValidatedProtein ADDED
@@ -0,0 +1,10 @@
1
+ GnT-III
2
+ GnT-III
3
+ GnT-III
4
+ GnT-III
5
+ gamma-actin
6
+ APP
7
+ APP
8
+ APP
9
+ UPS
10
+ TFE
data/public/t2web/tmp/outputs/5d0e7c19-70d6-4dad-bbbe-5a59e7146afc/Pathway ADDED
@@ -0,0 +1 @@
1
+ path:hsa05016 Huntington's disease - Homo sapiens (human)
data/public/t2web/tmp/outputs/5d0e7c19-70d6-4dad-bbbe-5a59e7146afc/geneList ADDED
@@ -0,0 +1,184 @@
1
+ 100532726
2
+ 10105
3
+ 10126
4
+ 10476
5
+ 10488
6
+ 10540
7
+ 10891
8
+ 10975
9
+ 1173
10
+ 1175
11
+ 1211
12
+ 1212
13
+ 1213
14
+ 125965
15
+ 126328
16
+ 1327
17
+ 1329
18
+ 1337
19
+ 1339
20
+ 1340
21
+ 1345
22
+ 1346
23
+ 1347
24
+ 1349
25
+ 1350
26
+ 1351
27
+ 1385
28
+ 1387
29
+ 146754
30
+ 148327
31
+ 1537
32
+ 160
33
+ 161
34
+ 163
35
+ 1639
36
+ 170712
37
+ 1742
38
+ 2033
39
+ 23186
40
+ 23236
41
+ 246721
42
+ 25942
43
+ 25981
44
+ 27019
45
+ 27089
46
+ 27113
47
+ 2776
48
+ 2876
49
+ 2902
50
+ 2904
51
+ 291
52
+ 2911
53
+ 2915
54
+ 292
55
+ 293
56
+ 29796
57
+ 3064
58
+ 3065
59
+ 3066
60
+ 3092
61
+ 317
62
+ 341947
63
+ 3708
64
+ 374291
65
+ 387332
66
+ 440567
67
+ 4508
68
+ 4509
69
+ 4512
70
+ 4513
71
+ 4514
72
+ 4519
73
+ 4694
74
+ 4695
75
+ 4696
76
+ 4697
77
+ 4698
78
+ 4700
79
+ 4701
80
+ 4702
81
+ 4704
82
+ 4705
83
+ 4706
84
+ 4707
85
+ 4708
86
+ 4709
87
+ 4710
88
+ 4711
89
+ 4712
90
+ 4713
91
+ 4714
92
+ 4715
93
+ 4716
94
+ 4717
95
+ 4718
96
+ 4719
97
+ 4720
98
+ 4722
99
+ 4723
100
+ 4724
101
+ 4725
102
+ 4726
103
+ 4728
104
+ 4729
105
+ 4731
106
+ 4899
107
+ 498
108
+ 506
109
+ 509
110
+ 51079
111
+ 51164
112
+ 513
113
+ 514
114
+ 515
115
+ 516
116
+ 517
117
+ 518
118
+ 522
119
+ 5330
120
+ 5331
121
+ 5332
122
+ 539
123
+ 54205
124
+ 5430
125
+ 5431
126
+ 5432
127
+ 5433
128
+ 5434
129
+ 5435
130
+ 5436
131
+ 5437
132
+ 5438
133
+ 5439
134
+ 5440
135
+ 5441
136
+ 54539
137
+ 5468
138
+ 548644
139
+ 55081
140
+ 55567
141
+ 55967
142
+ 56901
143
+ 581
144
+ 5978
145
+ 627
146
+ 6389
147
+ 6390
148
+ 6391
149
+ 6392
150
+ 64446
151
+ 64764
152
+ 6647
153
+ 6648
154
+ 6667
155
+ 6874
156
+ 6875
157
+ 6908
158
+ 7019
159
+ 7052
160
+ 7157
161
+ 7350
162
+ 7381
163
+ 7384
164
+ 7385
165
+ 7386
166
+ 7388
167
+ 7416
168
+ 7417
169
+ 7419
170
+ 7802
171
+ 8218
172
+ 83447
173
+ 83544
174
+ 836
175
+ 841
176
+ 842
177
+ 84699
178
+ 84701
179
+ 9001
180
+ 90993
181
+ 9167
182
+ 9377
183
+ 9519
184
+ 9586
data/public/t2web/tmp/outputs/5d0e7c19-70d6-4dad-bbbe-5a59e7146afc/url ADDED
@@ -0,0 +1 @@
1
+ http://soap.genome.jp/tmp/mark_pathway_www_api.13346589784086/hsa05016.png
data/public/t2web/tmp/outputs/7d102979-f494-45e7-a837-561bdf490055/UniProtID ADDED
@@ -0,0 +1,185 @@
1
+ P70386
2
+ Q02527
3
+ Q09327
4
+ Q10470
5
+ Q14CK5
6
+ Q6IC49
7
+ Q9UH32
8
+ P70386
9
+ Q02527
10
+ Q09327
11
+ Q10470
12
+ Q14CK5
13
+ Q6IC49
14
+ Q9UH32
15
+ P70386
16
+ Q02527
17
+ Q09327
18
+ Q10470
19
+ Q14CK5
20
+ Q6IC49
21
+ Q9UH32
22
+ P70386
23
+ Q02527
24
+ Q09327
25
+ Q10470
26
+ Q14CK5
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@@ -0,0 +1,49 @@
1
+ Set of ErrorDocumentS to follow.
2
+ ErrorDocument 1
3
+ Set of ErrorDocumentS to follow.
4
+ ErrorDocument 1
5
+ Set of ErrorDocumentS to follow.
6
+ ErrorDocument 1
7
+ Set of ErrorDocumentS to follow.
8
+ ErrorDocument 1
9
+ java.lang.NullPointerException
10
+ org.apache.axis.message.SOAPFaultBuilder.createFault(SOAPFaultBuilder.java:222)
11
+ org.apache.axis.message.SOAPFaultBuilder.endElement(SOAPFaultBuilder.java:129)
12
+ org.apache.axis.encoding.DeserializationContext.endElement(DeserializationContext.java:1087)
13
+ org.apache.xerces.parsers.AbstractSAXParser.endElement(unknown file)
14
+ org.apache.xerces.impl.XMLNSDocumentScannerImpl.scanEndElement(unknown file)
15
+ org.apache.xerces.impl.XMLDocumentFragmentScannerImpl$FragmentContentDispatcher.dispatch(unknown file)
16
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17
+ org.apache.xerces.parsers.XML11Configuration.parse(unknown file)
18
+ org.apache.xerces.parsers.XML11Configuration.parse(unknown file)
19
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20
+ org.apache.xerces.parsers.AbstractSAXParser.parse(unknown file)
21
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22
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23
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24
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25
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26
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27
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28
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29
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30
+ org.apache.axis.client.Call.invoke(Call.java:1910)
31
+ net.sf.taverna.wsdl.soap.WSDLSOAPInvoker.invokeCall(WSDLSOAPInvoker.java:198)
32
+ net.sf.taverna.wsdl.soap.WSDLSOAPInvoker.invoke(WSDLSOAPInvoker.java:139)
33
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34
+ net.sf.taverna.t2.activities.wsdl.WSDLActivity$1.run(WSDLActivity.java:289)
35
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36
+
37
+
38
+
39
+
40
+ serotonin
41
+ candidate disease gene
42
+ Genetic Polymorphism
43
+ Genotype
44
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45
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46
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47
+ BDNF
48
+ all nervous tissue
49
+ Nerve Tissue
data/public/t2web/tmp/outputs/b7a8e0d0-fcf5-4d8e-bee1-27704167c828/TopMatchingConcepts ADDED
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2
+ <http://rdf.biosemantics.org/owl/concept#3099696/>
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@@ -0,0 +1,34 @@
1
+ Set of ErrorDocumentS to follow.
2
+ ErrorDocument 1
3
+ Set of ErrorDocumentS to follow.
4
+ ErrorDocument 1
5
+ java.lang.NullPointerException
6
+ org.apache.axis.message.SOAPFaultBuilder.createFault(SOAPFaultBuilder.java:222)
7
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8
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9
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10
+ org.apache.xerces.impl.XMLNSDocumentScannerImpl.scanEndElement(unknown file)
11
+ org.apache.xerces.impl.XMLDocumentFragmentScannerImpl$FragmentContentDispatcher.dispatch(unknown file)
12
+ org.apache.xerces.impl.XMLDocumentFragmentScannerImpl.scanDocument(unknown file)
13
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14
+ org.apache.xerces.parsers.XML11Configuration.parse(unknown file)
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17
+ org.apache.xerces.jaxp.SAXParserImpl$JAXPSAXParser.parse(unknown file)
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19
+ org.apache.axis.encoding.DeserializationContext.parse(DeserializationContext.java:227)
20
+ org.apache.axis.SOAPPart.getAsSOAPEnvelope(SOAPPart.java:696)
21
+ org.apache.axis.Message.getSOAPEnvelope(Message.java:435)
22
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23
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24
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25
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26
+ org.apache.axis.client.Call.invoke(Call.java:1910)
27
+ net.sf.taverna.wsdl.soap.WSDLSOAPInvoker.invokeCall(WSDLSOAPInvoker.java:198)
28
+ net.sf.taverna.wsdl.soap.WSDLSOAPInvoker.invoke(WSDLSOAPInvoker.java:139)
29
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30
+ net.sf.taverna.t2.activities.wsdl.WSDLActivity$1.run(WSDLActivity.java:289)
31
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32
+
33
+
34
+ <ConceptContributionTable><ConceptContribution><conceptName>serotonin</conceptName><contribution>27.518025040626526</contribution><conceptId>4274509</conceptId></ConceptContribution><ConceptContribution><conceptName>candidate disease gene</conceptName><contribution>12.319853156805038</contribution><conceptId>1332838</conceptId></ConceptContribution><ConceptContribution><conceptName>Genetic Polymorphism</conceptName><contribution>5.391879379749298</contribution><conceptId>32529</conceptId></ConceptContribution><ConceptContribution><conceptName>Genotype</conceptName><contribution>4.17584702372551</contribution><conceptId>17431</conceptId></ConceptContribution><ConceptContribution><conceptName>Genes</conceptName><contribution>3.701891750097275</contribution><conceptId>17337</conceptId></ConceptContribution><ConceptContribution><conceptName>Cell membrane</conceptName><contribution>2.4947386234998703</contribution><conceptId>7603</conceptId></ConceptContribution><ConceptContribution><conceptName>Mental Depression</conceptName><contribution>1.722344383597374</contribution><conceptId>11570</conceptId></ConceptContribution><ConceptContribution><conceptName>BDNF</conceptName><contribution>1.4445194974541664</contribution><conceptId>3105912</conceptId></ConceptContribution><ConceptContribution><conceptName>all nervous tissue</conceptName><contribution>1.235499046742916</contribution><conceptId>1762608</conceptId></ConceptContribution><ConceptContribution><conceptName>Nerve Tissue</conceptName><contribution>1.2348570860922337</contribution><conceptId>27757</conceptId></ConceptContribution></ConceptContributionTable>
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9
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13
+ Q6IC49
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19
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20
+ Q6IC49
21
+ Q9UH32
22
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+ Q09327
25
+ Q10470
26
+ Q14CK5
27
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29
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30
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185
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2
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3
+ GnT-III
4
+ GnT-III
5
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6
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7
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8
+ APP
9
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10
+ TFE
metadata CHANGED
@@ -1,13 +1,13 @@
1
1
  --- !ruby/object:Gem::Specification
2
2
  name: t2-web
3
3
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4
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5
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6
6
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7
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8
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+ - 5
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11
11
  platform: ruby
12
12
  authors:
13
13
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121
121
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126
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125
131
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126
132
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@@ -129,6 +135,18 @@ files:
129
135
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130
136
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131
137
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141
+ - public/t2web/tmp/outputs/841115fa-ff34-4960-bb78-c1d64a052e50/UniProtID
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+ - public/t2web/tmp/outputs/ad2cdddc-7cce-48b2-8c7f-411e7fc55a3f/url
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146
+ - public/t2web/tmp/outputs/5d0e7c19-70d6-4dad-bbbe-5a59e7146afc/image
147
+ - public/t2web/tmp/outputs/5d0e7c19-70d6-4dad-bbbe-5a59e7146afc/url
148
+ - public/t2web/tmp/outputs/5d0e7c19-70d6-4dad-bbbe-5a59e7146afc/Pathway
149
+ - public/t2web/tmp/outputs/5d0e7c19-70d6-4dad-bbbe-5a59e7146afc/geneList
132
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  - public/t2web/tmp/outputs/9f15e720-87d0-439d-96c3-09f433435699/image
133
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  - public/t2web/tmp/outputs/9f15e720-87d0-439d-96c3-09f433435699/url
134
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  - public/t2web/tmp/outputs/9f15e720-87d0-439d-96c3-09f433435699/Pathway
@@ -141,6 +159,8 @@ files:
141
159
  - public/t2web/tmp/outputs/08620310-4804-4f85-9d49-692504c29efd/TopContributingConcepts
142
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  - public/t2web/tmp/outputs/08620310-4804-4f85-9d49-692504c29efd/TopMatchingConcepts
143
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  - public/t2web/tmp/outputs/08620310-4804-4f85-9d49-692504c29efd/SummedSimilarity
162
+ - public/t2web/tmp/outputs/d1461a45-200f-4f48-84a8-d01ca3e79b0b/ValidatedProtein
163
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144
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  - public/t2web/tmp/outputs/edf6bf6a-a530-49b9-acdf-52c490ba57c7/contributionTable_xml
145
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146
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