scbi_zcat 0.0.1

checksums.yaml

@@ -0,0 +1,7 @@
+---
+SHA1:
+  metadata.gz: 7f0f075ece84bd24a7987b664873af612267364e
+  data.tar.gz: 67fbf0861aef9764e20e9f540fbb2f304bdf40e9
+SHA512:
+  metadata.gz: 1a90a7036bed5624776dab935c5d06d0c8efef59370fdeff3f709085084639e717486ea61212a7b93faac34b81b3a7ac895cde78c9128c459680eebfbfbfeb5e
+  data.tar.gz: 2131a6cb362f9538ef911f1b09e1a5d06449ebb4146e4cabb5eadf26d1a231a23b30b1fa26b17a4576562f928c2ff875e314bb7d155d02f1b6a86e26b05f05e7

data/.gitignore

@@ -0,0 +1,14 @@
+/.bundle/
+/.yardoc
+/Gemfile.lock
+/_yardoc/
+/coverage/
+/doc/
+/pkg/
+/spec/reports/
+/tmp/
+*.bundle
+*.so
+*.o
+*.a
+mkmf.log

data/Gemfile

@@ -0,0 +1,4 @@
+source 'https://rubygems.org'
+
+# Specify your gem's dependencies in scbi_zcat.gemspec
+gemspec

data/LICENSE.txt

@@ -0,0 +1,22 @@
+Copyright (c) 2015 dariogf
+
+MIT License
+
+Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining
+a copy of this software and associated documentation files (the
+"Software"), to deal in the Software without restriction, including
+without limitation the rights to use, copy, modify, merge, publish,
+distribute, sublicense, and/or sell copies of the Software, and to
+permit persons to whom the Software is furnished to do so, subject to
+the following conditions:
+
+The above copyright notice and this permission notice shall be
+included in all copies or substantial portions of the Software.
+
+THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND,
+EXPRESS OR IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF
+MERCHANTABILITY, FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND
+NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE
+LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION
+OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING FROM, OUT OF OR IN CONNECTION
+WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER DEALINGS IN THE SOFTWARE.

data/README.md

@@ -0,0 +1,31 @@
+# ScbiZcat
+
+TODO: Write a gem description
+
+## Installation
+
+Add this line to your application's Gemfile:
+
+```ruby
+gem 'scbi_zcat'
+```
+
+And then execute:
+
+    $ bundle
+
+Or install it yourself as:
+
+    $ gem install scbi_zcat
+
+## Usage
+
+TODO: Write usage instructions here
+
+## Contributing
+
+1. Fork it ( https://github.com/[my-github-username]/scbi_zcat/fork )
+2. Create your feature branch (`git checkout -b my-new-feature`)
+3. Commit your changes (`git commit -am 'Add some feature'`)
+4. Push to the branch (`git push origin my-new-feature`)
+5. Create a new Pull Request

data/Rakefile

@@ -0,0 +1,9 @@
+require "bundler/gem_tasks"
+
+require 'rake/testtask'
+
+Rake::TestTask.new do |t|
+  t.libs << 'test'
+  t.pattern = "test/*_test.rb"
+end
+

data/lib/scbi_zcat/scbi_zcat_file.rb

@@ -0,0 +1,51 @@
+
+class ScbiZcatFile
+
+	def self.gz_file?(file_name)
+		res=`file "#{File.expand_path(file_name)}"`
+
+		return !res.index('gzip').nil?
+	end
+
+	def initialize(file_name)
+		@file_name=file_name
+		open_file
+	end
+
+	def open_file
+		cmd="zcat \"#{File.expand_path(@file_name)}\""
+		#puts "OPEN: #{cmd}"
+		@file = IO.popen(cmd)
+		#@file.close_write
+		@eof=false
+	end
+
+	def readline
+		begin
+		res = @file.readline
+		rescue IOError
+			close
+		end
+
+		return res
+	end
+
+	def eof?
+		@file.eof?
+	end
+
+	def eof
+		eof?
+	end
+
+	def close
+		#@io.finish
+		@file.close if !@file.closed?
+	end
+
+	def rewind
+		close
+		open_file
+	end
+
+end

data/lib/scbi_zcat/version.rb

@@ -0,0 +1,3 @@
+module ScbiZcat
+  VERSION = "0.0.1"
+end

data/lib/scbi_zcat.rb

@@ -0,0 +1,6 @@
+require "scbi_zcat/version"
+require "scbi_zcat/scbi_zcat_file"
+
+module ScbiZcat
+  # Your code goes here...
+end

data/scbi_zcat.gemspec

@@ -0,0 +1,23 @@
+# coding: utf-8
+lib = File.expand_path('../lib', __FILE__)
+$LOAD_PATH.unshift(lib) unless $LOAD_PATH.include?(lib)
+require 'scbi_zcat/version'
+
+Gem::Specification.new do |spec|
+  spec.name          = "scbi_zcat"
+  spec.version       = ScbiZcat::VERSION
+  spec.authors       = ["dariogf"]
+  spec.email         = ["dariogf@gmail.com"]
+  spec.summary       = %q{Read files with readline from a zcat pipe of a gz file}
+  spec.description   = %q{Read files from a zcat pipe of a gz file. Useful to read multiple gz streams that are stored on the same file}
+  spec.homepage      = ""
+  spec.license       = "MIT"
+
+  spec.files         = `git ls-files -z`.split("\x0")
+  spec.executables   = spec.files.grep(%r{^bin/}) { |f| File.basename(f) }
+  spec.test_files    = spec.files.grep(%r{^(test|spec|features)/})
+  spec.require_paths = ["lib"]
+
+  spec.add_development_dependency "bundler", "~> 1.7"
+  spec.add_development_dependency "rake", "~> 10.0"
+end

data/test/minitest.fastq

@@ -0,0 +1,28 @@
+@SEQ1 comments
+ACTG
++SEQ1 comments
+@@@@
+@SEQ2 comments
+ACTGACTG
++SEQ2 comments
+@@@@@@@@
+@SEQ3 comments
+ACTGACTGACTG
++SEQ98 comments
+@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
+@SEQ99 comments
+ACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTG
++SEQ99 comments
+@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
+@SEQ100 comments
+ACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTG
++SEQ100 comments
+@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
+@F1
+acactgcagtactcata
++
+#################
+@F2
+acactgcagtactcata
++
+#################

data/test/scbi_zcat_test.rb

@@ -0,0 +1,82 @@
+require File.dirname(__FILE__) + '/test_helper.rb'
+
+class ScbiMultiGzReaderTest < Test::Unit::TestCase
+
+  def setup
+
+  end
+
+  def test_zcat
+
+    # test a file with multiple gz streams
+
+    #file=ScbiZcatFile.new('/tmp/pair2.fastq.gz')
+    file=ScbiZcatFile.new(File.join(File.dirname(__FILE__),'minitest.fastq.gz'))
+    
+    i=0
+    printing=0
+
+    loop do
+      res=file.readline
+
+      break if res.nil?
+      # #puts res
+      # if res.index('M00707:28:000000000-AFRC1:1:1102:16433:15968')
+      #   printing=10
+      # end
+      # if printing>0
+      #   puts res
+      #   #sleep 2
+      #   printing-=1
+      # end
+
+      
+      i = i+1
+    end
+
+    file.close
+
+    #assert_equal(2813668,i)
+    assert_equal(28,i)
+
+  end
+  
+  def test_zcat_while
+
+    # test a file with multiple gz streams
+
+    #file=ScbiZcatFile.new('/tmp/pair2.fastq.gz')
+    file=ScbiZcatFile.new(File.join(File.dirname(__FILE__),'minitest.fastq.gz'))
+    
+    i=0
+    printing=0
+
+    begin
+      res=file.readline
+
+      assert_equal(false,res.nil?)
+      
+      i = i+1
+    end while !file.eof?
+
+    file.close
+
+    #assert_equal(2813668,i)
+    assert_equal(28,i)
+
+  end
+
+  def test_gz_file?
+
+    # test a file with multiple gz streams
+
+    res=ScbiZcatFile.gz_file?(File.join(File.dirname(__FILE__),'minitest.fastq.gz'))
+    assert_equal(true,res)
+    
+    res=ScbiZcatFile.gz_file?(File.join(File.dirname(__FILE__),'minitest.fastq'))
+    assert_equal(false,res)
+    
+
+  end
+  
+end

data/test/test_helper.rb

@@ -0,0 +1,3 @@
+require 'stringio'
+require 'test/unit'
+require File.dirname(__FILE__) + '/../lib/scbi_zcat/scbi_zcat_file'

metadata

@@ -0,0 +1,90 @@
+--- !ruby/object:Gem::Specification
+name: scbi_zcat
+version: !ruby/object:Gem::Version
+  version: 0.0.1
+platform: ruby
+authors:
+- dariogf
+autorequire: 
+bindir: bin
+cert_chain: []
+date: 2015-07-13 00:00:00.000000000 Z
+dependencies:
+- !ruby/object:Gem::Dependency
+  name: bundler
+  requirement: !ruby/object:Gem::Requirement
+    requirements:
+    - - "~>"
+      - !ruby/object:Gem::Version
+        version: '1.7'
+  type: :development
+  prerelease: false
+  version_requirements: !ruby/object:Gem::Requirement
+    requirements:
+    - - "~>"
+      - !ruby/object:Gem::Version
+        version: '1.7'
+- !ruby/object:Gem::Dependency
+  name: rake
+  requirement: !ruby/object:Gem::Requirement
+    requirements:
+    - - "~>"
+      - !ruby/object:Gem::Version
+        version: '10.0'
+  type: :development
+  prerelease: false
+  version_requirements: !ruby/object:Gem::Requirement
+    requirements:
+    - - "~>"
+      - !ruby/object:Gem::Version
+        version: '10.0'
+description: Read files from a zcat pipe of a gz file. Useful to read multiple gz
+  streams that are stored on the same file
+email:
+- dariogf@gmail.com
+executables: []
+extensions: []
+extra_rdoc_files: []
+files:
+- ".gitignore"
+- Gemfile
+- LICENSE.txt
+- README.md
+- Rakefile
+- lib/scbi_zcat.rb
+- lib/scbi_zcat/scbi_zcat_file.rb
+- lib/scbi_zcat/version.rb
+- scbi_zcat.gemspec
+- test/minitest.fastq
+- test/minitest.fastq.gz
+- test/scbi_zcat_test.rb
+- test/test_helper.rb
+homepage: ''
+licenses:
+- MIT
+metadata: {}
+post_install_message: 
+rdoc_options: []
+require_paths:
+- lib
+required_ruby_version: !ruby/object:Gem::Requirement
+  requirements:
+  - - ">="
+    - !ruby/object:Gem::Version
+      version: '0'
+required_rubygems_version: !ruby/object:Gem::Requirement
+  requirements:
+  - - ">="
+    - !ruby/object:Gem::Version
+      version: '0'
+requirements: []
+rubyforge_project: 
+rubygems_version: 2.4.4
+signing_key: 
+specification_version: 4
+summary: Read files with readline from a zcat pipe of a gz file
+test_files:
+- test/minitest.fastq
+- test/minitest.fastq.gz
+- test/scbi_zcat_test.rb
+- test/test_helper.rb