scbi_fastq 0.0.18 → 0.0.19

This diff represents the content of publicly available package versions that have been released to one of the supported registries. The information contained in this diff is provided for informational purposes only and reflects changes between package versions as they appear in their respective public registries.
Files changed (33) hide show
  1. checksums.yaml +5 -13
  2. data/.gitignore +14 -0
  3. data/Gemfile +4 -0
  4. data/LICENSE.txt +22 -0
  5. data/{README.rdoc → README.md} +8 -24
  6. data/Rakefile +8 -26
  7. data/lib/scbi_fastq.rb +3 -4
  8. data/lib/scbi_fastq/fastq_file.rb +8 -5
  9. data/lib/scbi_fastq/version.rb +3 -0
  10. data/scbi_fastq.gemspec +24 -0
  11. data/test/final.fastq.gz +0 -0
  12. data/test/fq_all2std.pl +194 -0
  13. data/test/gz.rb +11 -0
  14. data/test/h1.fastq.gz +0 -0
  15. data/test/h2.fastq.gz +0 -0
  16. data/test/minitest.fastq.gz +0 -0
  17. data/test/prueba.rb +8 -0
  18. data/test/sanger.fastq +3996 -0
  19. data/test/sanger.fastq.gz +0 -0
  20. data/test/sanger2.fastq +400 -0
  21. data/test/sanger2.fastq.gz +0 -0
  22. data/test/sanger_all.fastq.gz +0 -0
  23. data/test/scbi_fastq_test.rb +262 -0
  24. data/test/solexa.fastq +20 -0
  25. metadata +62 -45
  26. data/.gemtest +0 -0
  27. data/History.txt +0 -23
  28. data/Manifest.txt +0 -12
  29. data/PostInstall.txt +0 -7
  30. data/script/console +0 -10
  31. data/script/destroy +0 -14
  32. data/script/generate +0 -14
  33. data/test/test_scbi_fastq.rb +0 -223
data/test/sanger.fastq.gz ADDED
Binary file
data/test/sanger2.fastq ADDED
@@ -0,0 +1,400 @@
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+ ACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTG
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+ ACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTG
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+ ACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTG
387
+ +SEQ97 comments
388
+ @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
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+ @SEQ98 comments
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+ ACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTG
391
+ +SEQ98 comments
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393
+ @SEQ99 comments
394
+ ACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTG
395
+ +SEQ99 comments
396
+ @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
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+ @SEQ100 comments
398
+ ACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTGACTG
399
+ +SEQ100 comments
400
+ @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
data/test/sanger2.fastq.gz ADDED
Binary file
data/test/sanger_all.fastq.gz ADDED
Binary file
data/test/scbi_fastq_test.rb ADDED
@@ -0,0 +1,262 @@
1
+ require File.dirname(__FILE__) + '/test_helper.rb'
2
+
3
+ class TestScbiFastq < Test::Unit::TestCase
4
+
5
+ def setup
6
+ @test_file='/tmp/sanger.fastq';
7
+ @test_file_gz='/tmp/sanger.fastq.gz';
8
+
9
+
10
+ @seq_fasta='ACTG'
11
+ @seq_qual=[31]
12
+ @seq_name='SEQ'
13
+
14
+ end
15
+
16
+ def test_gz_sanger
17
+
18
+ fqr=FastqFile.new(File.join(File.dirname(__FILE__),'sanger2.fastq.gz'))
19
+
20
+ i=1
21
+
22
+ fqr.each do |n,s,q|
23
+
24
+ assert_equal(@seq_name+i.to_s,n)
25
+ assert_equal(@seq_fasta*i,s)
26
+ assert_equal((@seq_qual*i*@seq_fasta.length),q)
27
+
28
+ i+=1
29
+ end
30
+
31
+ fqr.close
32
+
33
+
34
+ end
35
+
36
+
37
+ def test_mini_multi_gz_reader
38
+
39
+ file=MultiGzReader.new(File.join(File.dirname(__FILE__),'minitest.fastq.gz'))
40
+
41
+ i=0
42
+
43
+ loop do
44
+ res=file.readline
45
+ #puts "LINE: #{res}"
46
+ break if res.nil?
47
+ i=i+1
48
+ end
49
+
50
+ file.close
51
+
52
+ assert_equal(i,28)
53
+
54
+ end
55
+
56
+ def test_mini_multi_gz_reader_EOF_while
57
+
58
+ # test a file with multiple gz streams
59
+
60
+ fqr=FastqFile.new(File.join(File.dirname(__FILE__),'minitest.fastq.gz'))
61
+
62
+ i=0
63
+
64
+ fqr.each do |n,s,q|
65
+ if !n.nil?
66
+ i+=1
67
+ end
68
+ end
69
+
70
+ fqr.close
71
+
72
+ assert_equal(7,i)
73
+
74
+ end
75
+
76
+ def fill_file(n,offset=33)
77
+ f=FastqFile.new(@test_file,'w')
78
+
79
+ n.times do |c|
80
+ i = c+1
81
+
82
+ name = "#{@seq_name+i.to_s}"
83
+ f.write_seq(name,@seq_fasta*i,(@seq_qual*i*@seq_fasta.length),'comments')
84
+ # f.puts('@'+name)
85
+ # f.puts(@seq_fasta*i)
86
+ # f.puts('+'+name)
87
+ # f.puts((@seq_qual*i*@seq_fasta.length).map{|e| (e+offset).chr}.join)
88
+ end
89
+
90
+ f.close
91
+ end
92
+
93
+ def fill_file_no_qual(n,offset=33)
94
+ f=FastqFile.new(@test_file,'w')
95
+
96
+ n.times do |c|
97
+ i = c+1
98
+
99
+ name = "#{@seq_name+i.to_s}"
100
+ f.write_seq(name,@seq_fasta*i,'','comments')
101
+ # f.puts('@'+name)
102
+ # f.puts(@seq_fasta*i)
103
+ # f.puts('+'+name)
104
+ # f.puts((@seq_qual*i*@seq_fasta.length).map{|e| (e+offset).chr}.join)
105
+ end
106
+
107
+ f.close
108
+ end
109
+
110
+
111
+ def test_each
112
+
113
+ # make new file and fill with data
114
+ fill_file(100)
115
+
116
+
117
+ fqr=FastqFile.new(@test_file)
118
+
119
+ i=1
120
+
121
+ fqr.each do |n,s,q|
122
+
123
+ assert_equal(@seq_name+i.to_s,n)
124
+ assert_equal(@seq_fasta*i,s)
125
+ assert_equal((@seq_qual*i*@seq_fasta.length),q)
126
+
127
+ i+=1
128
+ end
129
+
130
+ fqr.close
131
+ end
132
+
133
+ def test_each_comments
134
+
135
+ # make new file and fill with data
136
+ fill_file(100)
137
+
138
+
139
+ fqr=FastqFile.new(@test_file)
140
+
141
+ i=1
142
+
143
+ fqr.each do |n,s,q,c|
144
+
145
+ assert_equal(@seq_name+i.to_s,n)
146
+ assert_equal(@seq_fasta*i,s)
147
+ assert_equal((@seq_qual*i*@seq_fasta.length),q)
148
+ assert_equal('comments',c)
149
+
150
+ i+=1
151
+ end
152
+
153
+ fqr.close
154
+ end
155
+
156
+ def test_next_seq_comments
157
+
158
+ # make new file and fill with data
159
+ fill_file(100)
160
+
161
+
162
+ fqr=FastqFile.new(@test_file)
163
+
164
+ i=1
165
+
166
+ begin
167
+ n,s,q,c = fqr.next_seq
168
+
169
+ if !n.nil?
170
+ assert_equal(@seq_name+i.to_s,n)
171
+ assert_equal(@seq_fasta*i,s)
172
+ assert_equal((@seq_qual*i*@seq_fasta.length),q)
173
+ assert_equal('comments',c)
174
+
175
+ i+=1
176
+ end
177
+ end until n.nil?
178
+
179
+ fqr.close
180
+ end
181
+
182
+ def test_to_fastq
183
+ puts FastqFile.to_fastq(@seq_name,@seq_fasta*10,'','')
184
+
185
+ end
186
+
187
+ def test_each_no_qual
188
+
189
+ # make new file and fill with data
190
+ fill_file_no_qual(100)
191
+
192
+
193
+ fqr=FastqFile.new(@test_file,'r',:sanger, false,false)
194
+
195
+ i=1
196
+
197
+ fqr.each do |n,s,q|
198
+ # puts n,s,q
199
+ assert_equal(@seq_name+i.to_s,n)
200
+ assert_equal(@seq_fasta*i,s)
201
+ # assert_equal((@seq_qual*i*@seq_fasta.length),q)
202
+
203
+ i+=1
204
+ end
205
+
206
+ fqr.close
207
+ end
208
+
209
+
210
+ def fill_file_gz(n,offset=33)
211
+ f=FastqFile.new(@test_file_gz,'w.gz')
212
+ puts "FILE GZ"
213
+ n.times do |c|
214
+ i = c+1
215
+
216
+ name = "#{@seq_name+i.to_s}"
217
+ f.write_seq(name,@seq_fasta*i,(@seq_qual*i*@seq_fasta.length),'comments')
218
+ # f.puts('@'+name)
219
+ # f.puts(@seq_fasta*i)
220
+ # f.puts('+'+name)
221
+ # f.puts((@seq_qual*i*@seq_fasta.length).map{|e| (e+offset).chr}.join)
222
+ end
223
+
224
+ f.close
225
+ end
226
+
227
+ def test_each_gz
228
+ # make new file and fill with data
229
+ fill_file_gz(100)
230
+
231
+
232
+ fqr=FastqFile.new(@test_file_gz)
233
+
234
+ i=1
235
+
236
+ fqr.each do |n,s,q|
237
+
238
+ assert_equal(@seq_name+i.to_s,n)
239
+ assert_equal(@seq_fasta*i,s)
240
+ assert_equal((@seq_qual*i*@seq_fasta.length),q)
241
+
242
+ i+=1
243
+ end
244
+ assert_equal(i,101)
245
+
246
+ fqr.close
247
+ end
248
+
249
+
250
+ # def test_open_file
251
+ # fill_file(100)
252
+ # fq=FastqFile.new('test/sanger.fastq')
253
+ #
254
+ # fq.each do |n,f,q|
255
+ # puts n,f,q
256
+ # puts fq.num_seqs
257
+ # end
258
+ #
259
+ # fq.close
260
+ #
261
+ # end
262
+ end