scbi_blast 0.0.32 → 0.0.33

data/History.txt

@@ -1,3 +1,7 @@
+=== 0.0.33 2011-07-06
+
+Added do_blast_cmd to launch any blast command
+
 === 0.0.32 2011-06-01
 
 Added merge support to hits

data/lib/scbi_blast/batch_blast.rb

@@ -60,22 +60,9 @@ class BatchBlast
     end
 
     cmd = get_blast_cmd(fmt)
-
-    res=''
-
-    # Ojo, que una vez nos ibamos a volver locos buscando porque esto no devolvia todos los hits que se  encontraban al ejecutar el blast a mano, y era porque en el blast a mano le estabamos pasando la secuencia completa mientras que en el MID le estabamos pasando solo los 20 primeros nt.
-    IO.popen(cmd,'w+') {|blast|
-      blast.sync = true
-      blast.write(seq_fasta)
-      blast.close_write
-      res = blast.readlines
-      blast.close_read
-    }
-
-    if !$?.exitstatus.nil? && $?.exitstatus>0
-      raise "Error doing blast #{cmd} to fasta: #{seq_fasta}"
-    end
-
+    
+    res = BatchBlast.do_blast_cmd(seq_fasta,cmd)
+    
     # check if all sequences where processed
     if parse_output
       if fmt == :table
@@ -101,6 +88,26 @@ class BatchBlast
       end
 
     end
+    
+    return res
+    
+  end
+  
+  def self.do_blast_cmd(seq_fasta, cmd)
+    res=''
+
+    # Ojo, que una vez nos ibamos a volver locos buscando porque esto no devolvia todos los hits que se  encontraban al ejecutar el blast a mano, y era porque en el blast a mano le estabamos pasando la secuencia completa mientras que en el MID le estabamos pasando solo los 20 primeros nt.
+    IO.popen(cmd,'w+') {|blast|
+      blast.sync = true
+      blast.write(seq_fasta)
+      blast.close_write
+      res = blast.readlines
+      blast.close_read
+    }
+
+    if !$?.exitstatus.nil? && $?.exitstatus>0
+      raise "Error doing blast #{cmd} to fasta: #{seq_fasta}"
+    end
 
     return res
 

data/lib/scbi_blast.rb

@@ -31,7 +31,7 @@ require 'blast_hit'
 require 'blast_table_result'
 
 module ScbiBlast
-   VERSION = '0.0.32'
+   VERSION = '0.0.33'
 end
 
 

metadata

@@ -2,7 +2,7 @@
 name: scbi_blast
 version: !ruby/object:Gem::Version 
   prerelease: 
-  version: 0.0.32
+  version: 0.0.33
 platform: ruby
 authors: 
 - Dario Guerrero & Almudena Bocinos
@@ -10,7 +10,7 @@ autorequire:
 bindir: bin
 cert_chain: []
 
-date: 2011-06-01 00:00:00 Z
+date: 2011-07-06 00:00:00 Z
 dependencies: 
 - !ruby/object:Gem::Dependency 
   name: hoe