ruby-boost-regex 1.0.0

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  1. data/.document +5 -0
  2. data/.gitignore +4 -0
  3. data/LICENSE +20 -0
  4. data/README.markdown +105 -0
  5. data/Rakefile +53 -0
  6. data/VERSION +1 -0
  7. data/benchmark/benchmark.rb +71 -0
  8. data/benchmark/fasta.input +2500 -0
  9. data/ext/ruby-boost-regex/extconf.rb +5 -0
  10. data/ext/ruby-boost-regex/regexp.cpp +340 -0
  11. data/lib/ruby-boost-regex.rb +3 -0
  12. data/lib/ruby-boost-regex/ruby-parts.rb +25 -0
  13. data/spec/ruby-boost-regex_spec.rb +299 -0
  14. data/spec/spec.opts +1 -0
  15. data/spec/spec_helper.rb +22 -0
  16. metadata +105 -0
data/.document ADDED
@@ -0,0 +1,5 @@
1
+ README.rdoc
2
+ lib/**/*.rb
3
+ bin/*
4
+ features/**/*.feature
5
+ LICENSE
data/.gitignore ADDED
@@ -0,0 +1,4 @@
1
+ *.bundle
2
+ *.o
3
+ *.log
4
+ *Makefile
data/LICENSE ADDED
@@ -0,0 +1,20 @@
1
+ Copyright (c) 2009 Michael Edgar
2
+
3
+ Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining
4
+ a copy of this software and associated documentation files (the
5
+ "Software"), to deal in the Software without restriction, including
6
+ without limitation the rights to use, copy, modify, merge, publish,
7
+ distribute, sublicense, and/or sell copies of the Software, and to
8
+ permit persons to whom the Software is furnished to do so, subject to
9
+ the following conditions:
10
+
11
+ The above copyright notice and this permission notice shall be
12
+ included in all copies or substantial portions of the Software.
13
+
14
+ THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND,
15
+ EXPRESS OR IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF
16
+ MERCHANTABILITY, FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND
17
+ NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE
18
+ LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION
19
+ OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING FROM, OUT OF OR IN CONNECTION
20
+ WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER DEALINGS IN THE SOFTWARE.
data/README.markdown ADDED
@@ -0,0 +1,105 @@
1
+ # ruby-boost-regex
2
+
3
+ Wraps the Boost.Regex library to provide Boost regexes. Why? Why not!
4
+ (Plus, it's worth seeing if it's faster.)
5
+
6
+ I'm trying to match the API to be at least completely compatible with
7
+ normal `Regexp`s, and then add Boost features. So far...
8
+
9
+ ## Features
10
+
11
+ * Matches set global special variables like $`, $1-$9, $&, and so on
12
+ * Supports `=~` operator, `===` operator (for `case...when`)
13
+ * Supports `#match` method as in normal Regexps, returning the same
14
+ type of object (`MatchData`).
15
+ * Spiffy monkey patch (see below)
16
+
17
+ ## Cool monkey patch
18
+
19
+ So monkey patching is bad, right? Right. And rubyists monkey patch all the time,
20
+ which makes us bad people. Well, this module adds a new, alternate regex, but
21
+ Ruby has a syntax for regexes already:
22
+
23
+ reg = /\d{3}/
24
+
25
+ This is nice because we don't have to escape the backslashes, plus it looks really
26
+ nice with syntax highlighting. With these boost regexes, you'll either have to do
27
+
28
+ reg = Boost::Regexp.new("\\d{3}")
29
+ # or
30
+ reg = Boost::Regexp.new(/\d{3}/)
31
+
32
+ Why do all that typing? We have a literal regex syntax! But it creates normal regexes.
33
+ So, we have a compromise:
34
+
35
+ Boost::Regexp.enable_monkey_patch! # only have to do this once
36
+ reg = /\d{3}/.boost!
37
+ reg.class # ==> Boost::Regexp
38
+
39
+ Cool, eh?
40
+
41
+ Of course, Boost gives us lots of crazy flags:
42
+
43
+ reg = /abc(def)/.boost!(Boost::Regexp::NO_SUBS & Boost::Regexp::IGNORECASE)
44
+ reg =~ "zzzABCDEF" # ==> 3
45
+ puts $1 # ==> nil
46
+
47
+ ## Benchmarks
48
+
49
+ I adapted the [ruby-benchmark-suite](http://github.com/acangiano/ruby-benchmark-suite)'s bm\_regex\_dna
50
+ benchmark, which is used in the Computer Language Shootout. However, it uses str.scan(), which will fail
51
+ if confronted with a non-standard Regexp. So I had to write my own, which is less optimized. The
52
+ [benchmark code](http://github.com/michaeledgar/ruby-boost-regex/blob/master/benchmark/benchmark.rb) is
53
+ free to be scrutinized! It uses the standard benchmark module because lifting the spiffy one from ruby-benchmark-suite
54
+ proved to be too much of a hassle for now.
55
+
56
+ Anyway, here's some results:
57
+
58
+ DNA-Matching (Computer Language Shootout)
59
+ =========================================
60
+ Rehearsal ------------------------------------------------
61
+ Normal regex 17.190000 0.020000 17.210000 ( 17.278168)
62
+ Boost regex 12.120000 0.030000 12.150000 ( 12.213959)
63
+ -------------------------------------- total: 29.360000sec
64
+
65
+ user system total real
66
+ Normal regex 17.050000 0.020000 17.070000 ( 17.082539)
67
+ Boost regex 12.000000 0.030000 12.030000 ( 12.040932)
68
+
69
+ Failing to match a phone number in a big string of text
70
+ =======================================================
71
+ Rehearsal ------------------------------------------------
72
+ Normal regex 0.070000 0.000000 0.070000 ( 0.070072)
73
+ Boost regex 0.030000 0.000000 0.030000 ( 0.034858)
74
+ --------------------------------------- total: 0.100000sec
75
+
76
+ user system total real
77
+ Normal regex 0.070000 0.000000 0.070000 ( 0.070087)
78
+ Boost regex 0.040000 0.000000 0.040000 ( 0.035052)
79
+
80
+
81
+ ## Usage
82
+
83
+ Don't have it as a gem yet. Sorry! But you could do this in theory:
84
+
85
+ r = Boost::Regexp.new("(\\d{3})-(\\d{3})-(\\d{4})")
86
+ r =~ "555-123-4567"
87
+ p $1 # ==> "555"
88
+ matches = r.match("123-456-7890")
89
+ p matches[2] # ==> "456"
90
+
91
+
92
+ ## Note on Patches/Pull Requests
93
+
94
+ * Fork the project.
95
+ * Make your feature addition or bug fix.
96
+ * Add tests for it. This is important so I don't break it in a
97
+ future version unintentionally.
98
+ * Commit, do not mess with rakefile, version, or history.
99
+ (if you want to have your own version, that is fine but
100
+ bump version in a commit by itself I can ignore when I pull)
101
+ * Send me a pull request. Bonus points for topic branches.
102
+
103
+ ## Copyright
104
+
105
+ Copyright (c) 2010 Michael Edgar. See LICENSE for details.
data/Rakefile ADDED
@@ -0,0 +1,53 @@
1
+ require 'rubygems'
2
+ require 'rake'
3
+
4
+ begin
5
+ require 'jeweler'
6
+ Jeweler::Tasks.new do |gem|
7
+ gem.name = "ruby-boost-regex"
8
+ gem.summary = %Q{Wraps Boost.Regex in a Ruby binding}
9
+ gem.description = %Q{Provides a complete drop-in replacement for Regexp based on the C++ Boost library's Regex } +
10
+ %Q{class. Enables access to a wide variety of configuration flags that Boost uses.}
11
+ gem.email = "michael.j.edgar@dartmouth.edu"
12
+ gem.homepage = "http://github.com/michaeledgar/ruby-boost-regex"
13
+ gem.authors = ["Michael Edgar"]
14
+ gem.add_development_dependency "rspec", ">= 1.2.9"
15
+ gem.add_development_dependency "lorem", ">= 0.1.2"
16
+
17
+ gem.extensions = ["ext/ruby-boost-regex/extconf.rb"]
18
+ # gem is a Gem::Specification... see http://www.rubygems.org/read/chapter/20 for additional settings
19
+ end
20
+ Jeweler::GemcutterTasks.new
21
+ rescue LoadError
22
+ puts "Jeweler (or a dependency) not available. Install it with: sudo gem install jeweler"
23
+ end
24
+
25
+ require 'spec/rake/spectask'
26
+ Spec::Rake::SpecTask.new(:spec) do |spec|
27
+ spec.libs << 'lib' << 'spec'
28
+ spec.spec_files = FileList['spec/**/*_spec.rb']
29
+ end
30
+
31
+ Spec::Rake::SpecTask.new(:rcov) do |spec|
32
+ spec.libs << 'lib' << 'spec'
33
+ spec.pattern = 'spec/**/*_spec.rb'
34
+ spec.rcov = true
35
+ end
36
+
37
+ task :spec => :check_dependencies
38
+
39
+ task :default => :spec
40
+
41
+ task :benchmark do
42
+ ruby "benchmark/benchmark.rb"
43
+ end
44
+
45
+ require 'rake/rdoctask'
46
+ Rake::RDocTask.new do |rdoc|
47
+ version = File.exist?('VERSION') ? File.read('VERSION') : ""
48
+
49
+ rdoc.rdoc_dir = 'rdoc'
50
+ rdoc.title = "ruby-boost-regex #{version}"
51
+ rdoc.rdoc_files.include('README*')
52
+ rdoc.rdoc_files.include('lib/**/*.rb')
53
+ end
data/VERSION ADDED
@@ -0,0 +1 @@
1
+ 1.0.0
data/benchmark/benchmark.rb ADDED
@@ -0,0 +1,71 @@
1
+ #!/usr/bin/env ruby
2
+
3
+ # The Computer Language Shootout
4
+ # http://shootout.alioth.debian.org/
5
+ #
6
+ # contributed by jose fco. gonzalez
7
+ # Adapted for the Ruby Benchmark Suite.
8
+ require 'benchmark'
9
+ require 'rubygems'
10
+ require 'ruby-boost-regex'
11
+ require 'lorem'
12
+
13
+ fname = File.dirname(__FILE__) + "/fasta.input"
14
+ seq = File.read(fname)
15
+ seq.gsub!(/>.*\n|\n/,"")
16
+
17
+ def fair_scan(string, regex)
18
+ result = []
19
+ idx = -1
20
+ while idx
21
+ match = regex.match(string[(idx + 1)..-1])
22
+ break unless match
23
+ idx += match.begin(0) + 1
24
+ result << match.to_a
25
+ end
26
+ result
27
+ end
28
+
29
+
30
+ regexes = [
31
+ /agggtaaa|tttaccct/i,
32
+ /[cgt]gggtaaa|tttaccc[acg]/i,
33
+ /a[act]ggtaaa|tttacc[agt]t/i,
34
+ /ag[act]gtaaa|tttac[agt]ct/i,
35
+ /agg[act]taaa|ttta[agt]cct/i,
36
+ /aggg[acg]aaa|ttt[cgt]ccct/i,
37
+ /agggt[cgt]aa|tt[acg]accct/i,
38
+ /agggta[cgt]a|t[acg]taccct/i,
39
+ /agggtaa[cgt]|[acg]ttaccct/i
40
+ ]
41
+
42
+ boost_regexes = [
43
+ Boost::Regexp.new('agggtaaa|tttaccct', Boost::Regexp::IGNORECASE),
44
+ Boost::Regexp.new('[cgt]gggtaaa|tttaccc[acg]', Boost::Regexp::IGNORECASE),
45
+ Boost::Regexp.new('a[act]ggtaaa|tttacc[agt]t', Boost::Regexp::IGNORECASE),
46
+ Boost::Regexp.new('ag[act]gtaaa|tttac[agt]ct', Boost::Regexp::IGNORECASE),
47
+ Boost::Regexp.new('agg[act]taaa|ttta[agt]cct', Boost::Regexp::IGNORECASE),
48
+ Boost::Regexp.new('aggg[acg]aaa|ttt[cgt]ccct', Boost::Regexp::IGNORECASE),
49
+ Boost::Regexp.new('agggt[cgt]aa|tt[acg]accct', Boost::Regexp::IGNORECASE),
50
+ Boost::Regexp.new('agggta[cgt]a|t[acg]taccct', Boost::Regexp::IGNORECASE),
51
+ Boost::Regexp.new('agggtaa[cgt]|[acg]ttaccct', Boost::Regexp::IGNORECASE)
52
+ ]
53
+ puts "DNA-Matching (Computer Language Shootout)"
54
+ puts "========================================="
55
+ Benchmark.bmbm do |x|
56
+ x.report("Normal regex") { 100.times { regexes.each { |reg| fair_scan(seq, reg)}} }
57
+ x.report("Boost regex") { 100.times { boost_regexes.each { |reg| fair_scan(seq, reg)}} }
58
+ end
59
+
60
+
61
+ reg = /\d{3}-\d{3}-\d{4}/
62
+ boost_reg = Boost::Regexp.new('\d{3}-\d{3}-\d{4}')
63
+ text = Lorem::Base.new('paragraphs', 200).output
64
+
65
+ puts ""
66
+ puts "Failing to match a phone number in a big string of text"
67
+ puts "======================================================="
68
+ Benchmark.bmbm do |x|
69
+ x.report("Normal regex") { 100.times { fair_scan(text, reg)}}
70
+ x.report("Boost regex") { 100.times { fair_scan(text, boost_reg)}}
71
+ end
data/benchmark/fasta.input ADDED
@@ -0,0 +1,2500 @@
1
+ tgcaacgacatttgaccaacttgaccattcctgcttgtagaccgcgggaactcccctgca
2
+ cgcgactatagaagttggtggtggatgtggcttatgccgcaaatatggttttgaaaaaag
3
+ taatctattgcttgatacctgaattgagacatgtataagggctattgccagatgaaaaac
4
+ tgcatataaggtcaaacaatataagaacattatacataggatcttagcgttcctcaggat
5
+ ggtatacgctataaagtctagcttcagcagctaaggagttttgccagtgcggacttccgc
6
+ tggaagattaggtttaaccgccctgacatcttcataaggtcgggcctgattcaaacccct
7
+ ggagtgccgtctcatacttgaattaatcgatggaaaacttcttctagtctaatattatta
8
+ ttaacaaatgacggttcaataaataacaccgtaagggtgggaaactgttaagtgatgaat
9
+ cattttaacctatcatccattagctacagataatgataccccgatccgactagggggtaa
10
+ gtggttgttccgttaggataaaccatgtaaaacgttagagggtttgtagattaattggta
11
+ ttccagataaatgaggtcagggcgagtgatcaattacactgaaaaattgtcagcttgcgc
12
+ ggtagttgttaagacagtataaatgaaggggattcagaagcaagtttctcgattgactga
13
+ atttataaaccagtcgtcaatcatgatttttgtgtcgattaaagcctaaatggtaattta
14
+ aaccattgatatttatcgagtctataaatatctttggttgtatattacttcacaatcacc
15
+ aattctaaatgattcttccactgtgcgggtggagatatcaggacgggttaaggttgacct
16
+ acatcgttttgatacaacaaaaatcaaagcacatggctggggacttctcgatactatctt
17
+ tgagatagtacgggcaagagtgggtgacgcctccctacattttcaagtctatcggataac
18
+ ttctcggtaaaacgctcgcgatatagttttaaagcattgatttaatccacgcaggagcaa
19
+ gttttaccggtcgaatgagaaaattcaacgtaagtgtcatatccagtcatggttagccaa
20
+ aagcatgggttatccaaaaggaataaaacagctcttcaacaaagagatgaggcttcataa
21
+ cttcgatgaatgcgtatggttctgatatatagatcgatgcatgaggacactttattttag
22
+ ccggcgaattaatggaatccatacgttacttatttggacatgacttctaggtgtttttgc
23
+ tgtcccgtttagcgatatttacagattagtatttcgtttctcatagttaattgtatctag
24
+ atactaactcgttgaagacgcataccttgccatttgtacaggacttaactgttccgtgcg
25
+ taatttgaatttcttataggttcttcaaggcacgaatacctcactcatgaccgttcatac
26
+ tctagttaaggtcgggaatactacgtatgcagggaattgtaacctaggagatttacaact
27
+ ctttaaacaagagtcgctgaggtccaggatcaaaacactgaatctcctaacttcgggtgc
28
+ ctccgtaaatcacctagaaacctactcatacatttgcaattttgagatgtaggcgaaaga
29
+ gagaaatctgctttttaacggtatctcttgggattccttttaaaaacacataacgatagt
30
+ aatgtaccaagtaaccaaaagctgggatgtgtctgtgtactgatccgccgtgtcagagta
31
+ gtccgccatgaatattgacgtcaaggctagtgtcatcaggtattgatgttcattgtaaat
32
+ gaaggaatgaactaatgtcaccaagtaaagggggtgaaaatgctccccagggttctacag
33
+ acatagagatggtcagaacacgacccccctctcaacgcagtgtatttgaaatatatggac
34
+ atatctaccttattctgtaattttagatgtgttctgtgtataccgatattgataagtcaa
35
+ taggcttgattacgtatcttaagacaaatctgtttcgcaagtaggaccgcatctttcaga
36
+ ttgtttctttttatgccataacctgcccaggaattcaaaaggttatcgatacccgatatg
37
+ ctgtgaattattattctaatggccactcattcctgcttatatctggaattggcatgaata
38
+ tcttacaacctaaagtctggcgttgcgccagttctacttcgtaccggacaccatctccag
39
+ tcgttaaccgaaggtgggtacgtcacataaaagttcattagaccacactttgtgccgacg
40
+ tatatagatatattacacgtatagggaatgttttctcctaggtgacccgaccttctacta
41
+ aggttgtacatcgtataatggcccattaactacgaggaaagtggtattgacctggtaatg
42
+ cacgttcttcgatatataccgacgaggtaaagtctactattgcaaagtttgacgttatac
43
+ tgataagtttagatttccctggatcgcgcatgaacaatgtatgcgttatctgccatatat
44
+ aacatgttacaaatccttggggatactatcgctactatcatcggaccaaaattaaatagg
45
+ ctagtgtcttatcagaacatcatgtttaccgaactgatctattttccaatttaagctgat
46
+ attacgtccgcgtatttattttagttccccggatgacgattatctgagctacatcataca
47
+ agttagcatactcgccggtgcattgatttcttatttcgctatatcttcaagttcacaggc
48
+ ttcatatagttccaattagcagtataattaggttttgtaactttaaccatactttataaa
49
+ aggttatattgcacaactgatcaagcatccgctataacccgagctttaccagttagcggc
50
+ taataacaaataagatgacttcgtgtcatacgaccgtcatgatcatgctctaacttaggt
51
+ gggaaccaaatttaggcaatgggtagtaataagtataaaatgataccacatatactataa
52
+ caatgaaattatttgtaatccggtttgccaacgtatcccccttcgcgataaattaatgac
53
+ atagggtcatccatgtgccaatcgtgtgtgccaaaatctcaaattcaattatcatcaata
54
+ ttggccaagtgttataagcgttgaaagtgatataggccgccaaaaagtagtctacttaaa
55
+ aaccaatatttatcgttcgttattgctggtagtacaacatcacgagcatttctcttttga
56
+ gttgatttatactatatctgctgatgtgattatgtcccacttacccagaatattaagaaa
57
+ gtcctagattgtaggtatacttgactataaatataatttaagactatacaaataatctgg
58
+ ctacattatgccatcgtagaaactgataacgtagtaacgtcggacactagattttggtcg
59
+ gggagtaatctagcatactaacgaatttgttaaatccgctgaaagtatatgtcattacct
60
+ gcttggcctgtcttcaatacgtttagactattaaggactcatttcgagatccagtattaa
61
+ ttatacgcatccatatttatactgaagacggattgagttaggacgacaagctaaacaaat
62
+ attaagttaaggattagtattatattgtagaaactcgtcgggttggaacgattcatcatc
63
+ atagaatgcgttacttattcagagagacttaattcggttatgactggcagctcacctgga
64
+ aagtaggtgaaaggcaacagaagaatattgttgactgaattctacgggctacgaacgtaa
65
+ ttacaaagcggttcgtaaagagcataaagatcaatacaatggatctctacagtattacgt
66
+ aaataacatacataaacctggtgttgattcgactagctcatagattaatcattaattgaa
67
+ gctacgaagacgcggaagtctgcggagtgagcaaacagtaatcgactgataaatgcttat
68
+ aatatcgcgcttaaatgccgcatggtgtacattaacgtgggggtagtcaaaggaatatat
69
+ ttactaggaatattagttatgcaaatgttgtgtcaatgtgatgtgttttatccagacatt
70
+ ggatgcatggctgtgggggcacaggatacttaccattagttcacctacaagcggcgtgag
71
+ agggtctcagttttagccagcgcagagaagtacgggcctttagacgattaatgctagaat
72
+ tgtcataaacctcgtgaaaagctagttaataatcatggtgctagaagaacacaacttttc
73
+ tataaaccagttctcgactgacagtcgtaactcactatatcgccgctttgtactgtcgca
74
+ aaaaaacctcacatagaaagaaaaatctactgggtgcatcagtagagatcgtgttctgag
75
+ agataaatacaccggatacgatctgcatcgagttcatgtattaggtcaagcttgggactg
76
+ ttgtgccagtagcattttttaacagtcaaagtagggtgagacacgtcatatcataatata
77
+ tgccatcgaggtttaaagtttatatgataagctagcatgcgttgcaatcgtattcttgaa
78
+ tgctccgtggtttgtactaattcctttatagactgagtgtatcgtacactcggtacaatt
79
+ acaaaggatggaagagcaaataggtcttcaattataacagtaccccaccttaatctaaaa
80
+ accagcttcaattagtattaatttcgccaggagtatatatataaatatctaaagactaaa
81
+ agactcgtacttttacaacttacgtcgtagcataattaaatcatgggtaaatgtcatcag
82
+ taagtgcattagaaatactcctttgtaaggatacagtgaatgtgtctcagcaagtcagta
83
+ gaaatggaaattcatactcgattaaggcctataaaactgttgttggtatctacagagtga
84
+ ttaaaattagtgaatcagattacgaaaatgttttcccgctcgcacttacgcgtttagaca
85
+ aaagtacaggtggtacaattggctgtagtagaattttggtataaaataggtgataaaccg
86
+ gatgggtgtgggcgaattcaaaagcggtttttgttccatagaactatgtagttggttata
87
+ aaggttgtaatctcggagattaggttagggcttaatcagaatagtaacaatttctctatg
88
+ taaagtacagtgggtgatcgtatgagttcacgaactcttaatgccatgcctggacaggat
89
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1242
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1243
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1244
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1245
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1247
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1250
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2435
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