roebe 0.5.191 → 0.6.5
Sign up to get free protection for your applications and to get access to all the features.
- checksums.yaml +4 -4
- data/README.md +89 -41
- data/bin/create_my_directories +2 -2
- data/bin/{ruby_dhcpcd → dhcpcd_wrapper} +1 -1
- data/bin/start_lighty +1 -1
- data/doc/README.gen +78 -15
- data/doc/core/array.md +24 -23
- data/doc/core/gem_and_gemspec.md +12 -11
- data/doc/core/hash.md +6 -0
- data/doc/core/misc.md +23 -20
- data/doc/core/regex.md +1 -1
- data/doc/core/stderr.md +16 -0
- data/doc/deprecations/deprecations.md +2 -1
- data/doc/statistics/statistics.md +1 -0
- data/lib/roebe/actions/actions.rb +80 -0
- data/lib/roebe/base/colours.rb +52 -19
- data/lib/roebe/base/misc.rb +30 -1
- data/lib/roebe/base/opnn.rb +7 -0
- data/lib/roebe/browser/output_url_then_open_in_browser.rb +18 -15
- data/lib/roebe/classes/alltagsgeschichte.rb +1 -1
- data/lib/roebe/classes/at.rb +2 -2
- data/lib/roebe/classes/auto_rename_file_based_on_its_creation_date.rb +24 -12
- data/lib/roebe/classes/books/books.rb +234 -142
- data/lib/roebe/classes/books/finished_books/finished_books.rb +10 -3
- data/lib/roebe/classes/books/menu.rb +25 -16
- data/lib/roebe/classes/books/sanitize_this_book_path/sanitize_this_book_path.rb +0 -1
- data/lib/roebe/classes/check_yaml.rb +15 -11
- data/lib/roebe/classes/compile_kernel.rb +3 -1
- data/lib/roebe/classes/contacts/contacts.rb +104 -0
- data/lib/roebe/classes/contacts/gui/universal_widgets/contacts.rb +168 -0
- data/lib/roebe/classes/contacts/shared_code.rb +344 -0
- data/lib/roebe/classes/copy_kernel_config.rb +5 -3
- data/lib/roebe/classes/create_desktop_file.rb +1 -1
- data/lib/roebe/classes/create_file_skeleton/constants.rb +1 -1
- data/lib/roebe/classes/create_file_skeleton/generate_ruby_string.rb +20 -20
- data/lib/roebe/classes/create_file_skeleton/reset.rb +19 -16
- data/lib/roebe/classes/create_my_directories.rb +12 -10
- data/lib/roebe/classes/dhcpcd/{dhcpcd.rb → dhcpcd_wrapper.rb} +137 -95
- data/lib/roebe/classes/dhcpcd/kill_dhcpcd.rb +2 -2
- data/lib/roebe/classes/do_install.rb +7 -6
- data/lib/roebe/classes/done.rb +1 -1
- data/lib/roebe/classes/downcase_extension.rb +4 -4
- data/lib/roebe/classes/email.rb +44 -40
- data/lib/roebe/classes/enable.rb +1 -1
- data/lib/roebe/classes/generate_alsa_conf.rb +4 -4
- data/lib/roebe/classes/generate_overview_of_the_locally_available_books.rb +5 -3
- data/lib/roebe/classes/github.rb +1 -1
- data/lib/roebe/classes/kde/install_this_konsole_theme.rb +1 -1
- data/lib/roebe/classes/{handle_lighttpd.rb → lighttpd/lighttpd_wrapper.rb} +55 -47
- data/lib/roebe/classes/make_gem.rb +49 -35
- data/lib/roebe/classes/mbl.rb +6 -4
- data/lib/roebe/classes/readme_generator/readme_generator.rb +597 -1
- data/lib/roebe/classes/remove_trailing_newline.rb +82 -0
- data/lib/roebe/classes/report_how_many_files_are_in_this_directory.rb +83 -0
- data/lib/roebe/classes/rxinitrc/constants.rb +7 -5
- data/lib/roebe/classes/rxinitrc/rxinitrc.rb +8 -4
- data/lib/roebe/classes/set_background.rb +14 -0
- data/lib/roebe/classes/show_ten_aliases.rb +15 -3
- data/lib/roebe/classes/simple_boot_script.rb +1 -1
- data/lib/roebe/classes/size_of.rb +9 -7
- data/lib/roebe/classes/tales_from_the_crypt.rb +1 -1
- data/lib/roebe/classes/update.rb +4 -11
- data/lib/roebe/classes/upload_to_imgur.rb +64 -35
- data/lib/roebe/commandline/misc.rb +28 -28
- data/lib/roebe/constants/array_install_these_gem_projects.rb +1 -1
- data/lib/roebe/constants/constants.rb +8 -1
- data/lib/roebe/constants/emojis.rb +0 -19
- data/lib/roebe/constants/file_and_directory_constants.rb +2 -2
- data/lib/roebe/constants/misc.rb +10 -2
- data/lib/roebe/constants/roebe.rb +2 -0
- data/lib/roebe/custom_methods/module.rb +45 -16
- data/lib/roebe/fonts/fonts.rb +39 -0
- data/lib/roebe/gui/universal_widgets/books/books.rb +232 -0
- data/lib/roebe/hello_world/hello_world.rb +0 -0
- data/lib/roebe/irb/clean_irbrc +1 -0
- data/lib/roebe/math/log10.rb +3 -3
- data/lib/roebe/math/the_collatz_problem.rb +104 -0
- data/lib/roebe/{toplevel_methods/lighttpd.rb → requires/require_lighttpd.rb} +2 -2
- data/lib/roebe/shell/shell/shell.rb +6 -6
- data/lib/roebe/shell_scripts/README.md +0 -0
- data/lib/roebe/shell_scripts/bashrc +0 -0
- data/lib/roebe/shell_scripts/konsole_tabs.sh +6 -0
- data/lib/roebe/shell_scripts/lfs/001_binutils_1.sh +10 -2
- data/lib/roebe/shell_scripts/lfs/002_gcc_1.sh +33 -3
- data/lib/roebe/shell_scripts/lfs/003_linux_1.sh +1 -0
- data/lib/roebe/shell_scripts/lfs/004_glibc_1.sh +5 -2
- data/lib/roebe/shell_scripts/lfs/005_libstdc++_1.sh +8 -1
- data/lib/roebe/shell_scripts/lfs/007_ncurses_2.sh +5 -2
- data/lib/roebe/shell_scripts/lfs/020_xz_2.sh +5 -4
- data/lib/roebe/shell_scripts/lfs/022_gcc_2.sh +15 -1
- data/lib/roebe/shell_scripts/lfs/025_ruby_2.sh +13 -0
- data/lib/roebe/shell_scripts/lfs/README.md +0 -0
- data/lib/roebe/shell_scripts/lfs/lfs_build_variables.sh +56 -16
- data/lib/roebe/toplevel_methods/module_methods.rb +5 -3
- data/lib/roebe/toplevel_methods/to_mp3.rb +1 -1
- data/lib/roebe/version/version.rb +2 -2
- data/lib/roebe/wasm/README.md +7 -0
- data/lib/roebe/wasm/enable_simple_puts_output.rb +9 -0
- data/lib/roebe/wasm/wasm_examples.html +43 -0
- data/lib/roebe/www/LEDS/LEDS.rb +35 -25
- data/lib/roebe/www/RNA/RNA.cgi +42 -1
- data/lib/roebe/www/algorithms/algorithms.rb +40 -0
- data/lib/roebe/www/analytical_chemistry/content.md +6 -0
- data/lib/roebe/www/animals/animals.cgi +25 -0
- data/lib/roebe/www/bioanalytik/bioanalytik.cgi +90 -0
- data/lib/roebe/www/biotechnology/biotechnology.rb +39 -3
- data/lib/roebe/www/cellbiology/cellbiology.rb +19 -2
- data/lib/roebe/www/chemistry/S/303/244uren_Basen_und_der_pH_Wert/S/303/244uren_Basen_und_der_pH_Wert.cgi +242 -0
- data/lib/roebe/www/chemistry/chemistry.rb +10 -258
- data/lib/roebe/www/chemistry/css_rules.css +67 -0
- data/lib/roebe/www/chemistry/die_quantenzahlen/die_quantenzahlen.cgi +123 -0
- data/lib/roebe/www/chemistry/funktionelle_gruppen_in_der_chemie/funktionelle_gruppen_in_der_chemie.cgi +52 -0
- data/lib/roebe/www/chrome_and_chromium/chrome_and_chromium.rb +37 -42
- data/lib/roebe/www/chromium +1 -0
- data/lib/roebe/www/cognitive_biology/cognitive_biology.cgi +18 -3
- data/lib/roebe/www/erste_hilfe/erste_hilfe.cgi +215 -62
- data/lib/roebe/www/fonts/fonts.cgi +245 -0
- data/lib/roebe/www/genomics/genomics.rb +4 -0
- data/lib/roebe/www/hardware/computersysteme/computersysteme.rb +117 -102
- data/lib/roebe/www/hardware/netzteile/netzteile.cgi +94 -0
- data/lib/roebe/www/immunology/immunology.rb +131 -7
- data/lib/roebe/www/insekten/insekten.md +27 -0
- data/lib/roebe/www/lighttpd/autogenerated_lighttpd.conf +7 -3
- data/lib/roebe/www/lighttpd/configuration/index.conf +7 -4
- data/lib/roebe/www/lighttpd/lighttpd.rb +6 -6
- data/lib/roebe/www/linux/antiX/antiX.rb +7 -4
- data/lib/roebe/www/linux/linux.rb +9 -11
- data/lib/roebe/www/linux/linuxmint/linuxmint.rb +33 -0
- data/lib/roebe/www/linux/slackware/slackware.rb +136 -27
- data/lib/roebe/www/linux/void/void.rb +34 -8
- data/lib/roebe/www/linux_commands/linux_commands.rb +6 -6
- data/lib/roebe/www/lyrics/lyrics.rb +1 -1
- data/lib/roebe/www/metabolic_pathways/metabolic_pathways.rb +5 -1
- data/lib/roebe/www/microbiology/microbiology.rb +17 -2
- data/lib/roebe/www/mikrobielle_physiologie/mikrobielle_physiologie.cgi +1086 -2
- data/lib/roebe/www/mitochondria/mitochondria.cgi +16 -2
- data/lib/roebe/www/module_www.rb +2 -3
- data/lib/roebe/www/neurobiology/neurobiology.rb +20 -3
- data/lib/roebe/www/pdf/pdf.rb +13 -0
- data/lib/roebe/www/physics/physics.rb +20 -4
- data/lib/roebe/www/physiology/physiology.rb +5 -1
- data/lib/roebe/www/play_this_video_file/play_this_video_file.cgi +1 -1
- data/lib/roebe/www/programming_advice/programming_advice.cgi +36 -0
- data/lib/roebe/www/programming_advice/programming_advice.md +358 -0
- data/lib/roebe/www/psychologie/psychologie.rb +7 -1
- data/lib/roebe/www/science/science.rb +6 -0
- data/lib/roebe/www/sex_and_reproduction/sex_and_reproduction.cgi +18 -2
- data/lib/roebe/www/statistik/statistik.rb +6 -1
- data/lib/roebe/www/structural_biology/structural_biology.cgi +18 -0
- data/lib/roebe/www/the_cell_cycle/the_cell_cycle.cgi +27 -0
- data/lib/roebe/www/video/video.rb +1 -1
- data/lib/roebe/www/virology/virology.rb +12 -1
- data/lib/roebe/www/war_in_Ukraine_2022/war_in_Ukraine_2022.rb +70 -28
- data/lib/roebe/www/waschmaschinen/waschmaschinen.rb +5 -4
- data/lib/roebe/www/xfce/xfce.cgi +5 -4
- data/lib/roebe/www/xorg/xorg.rb +3 -202
- data/lib/roebe/www/yeast/yeast.rb +4 -2
- data/lib/roebe/www/yubiko/yubiko.cgi +49 -0
- data/lib/roebe/yaml/{autostart_these_programs.yml → autostart_these_programs/autostart_these_programs.yml} +7 -6
- data/lib/roebe/yaml/books/favourite_books.yml +11 -9
- data/lib/roebe/yaml/directory_structure.yml +2 -0
- data/lib/roebe/yaml/use_this_editor/use_this_editor.yml +1 -0
- metadata +39 -20
- data/lib/roebe/classes/readme_generator/constants.rb +0 -21
- data/lib/roebe/classes/readme_generator/initialize.rb +0 -38
- data/lib/roebe/classes/readme_generator/misc.rb +0 -548
- data/lib/roebe/classes/readme_generator/reset.rb +0 -28
- data/lib/roebe/classes/readme_generator/run.rb +0 -20
- data/lib/roebe/shell_scripts/lfs/lfs_variables.sh +0 -31
- data/lib/roebe/www/cognitive_biology/cognitive_biology.html +0 -40634
- data/lib/roebe/www/mikrobielle_physiologie/mikrobielle_physiologie.rb +0 -1055
- data/lib/roebe/www/programming_advice/programming_advice.yml +0 -31
- data/lib/roebe/yaml/main_editor.yml +0 -1
@@ -1,1055 +0,0 @@
|
|
1
|
-
require 'roebe/www/module_www.rb'
|
2
|
-
|
3
|
-
german('Mikrobielle Physiologie') {
|
4
|
-
autoextend
|
5
|
-
ruby_favicon
|
6
|
-
default_template '
|
7
|
-
|
8
|
-
p.default {
|
9
|
-
margin-left: 1em;
|
10
|
-
padding: 0.5em;
|
11
|
-
}
|
12
|
-
|
13
|
-
a,
|
14
|
-
a:link {
|
15
|
-
text-decoration: none;
|
16
|
-
}
|
17
|
-
|
18
|
-
a:hover {
|
19
|
-
text-decoration: underline;
|
20
|
-
}
|
21
|
-
|
22
|
-
'
|
23
|
-
body_css_class 'mar0px s2px padt2px VERDANAs'
|
24
|
-
body_css_style 'background-color: #d3d2d1;'
|
25
|
-
default_font_size_and_hyperlinks
|
26
|
-
pull_in Roebe::WWW
|
27
|
-
|
28
|
-
# =========================================================================== #
|
29
|
-
# === COMMON_CSS_CLASS
|
30
|
-
# =========================================================================== #
|
31
|
-
COMMON_CSS_CLASS = 'mars2em BOLD'
|
32
|
-
|
33
|
-
# =========================================================================== #
|
34
|
-
# === MAIN_DOCU_CSS_CLASS
|
35
|
-
# =========================================================================== #
|
36
|
-
MAIN_DOCU_CSS_CLASS = 'mar0px pad0px s0_5em marr2em'
|
37
|
-
doc_smaller_preferred_width(MAIN_DOCU_CSS_CLASS) {
|
38
|
-
h1 dot(106, 'marr8px')+
|
39
|
-
string_span(
|
40
|
-
'Mikrobielle Physiologie',
|
41
|
-
css_class: 's4px BOLD',
|
42
|
-
css_style: 'border-bottom: 2px dotted royalblue'
|
43
|
-
), 'mart1px marb0_5em'
|
44
|
-
# ========================================================================= #
|
45
|
-
# === Introduction
|
46
|
-
# ========================================================================= #
|
47
|
-
p_default_le {
|
48
|
-
e 'Die <b>mikrobielle Physiologie</b> beschäftigt sich mit den
|
49
|
-
<b>Grundmechanismen des Stoffwechsels und der Energieumwandlung
|
50
|
-
in Mikroorganismen</b>.'
|
51
|
-
br
|
52
|
-
e 'Mikroorganismen sind generell betrachtet die größten Chemiker auf
|
53
|
-
dem Planeten Erde. Ohne sie wäre höheres Leben auf dem Planeten
|
54
|
-
nicht möglich - der Sauerstoff ist, um ein Beispiel zu
|
55
|
-
bringen, das Ergebnis mikrobiellen Stoffwechsels.'
|
56
|
-
br
|
57
|
-
ee 'Auch für die Biotechnologie sind Mikroorganismen wichtig -
|
58
|
-
siehe Gärungsprozesse in der Lebensmittelbiotechnologie.'
|
59
|
-
}
|
60
|
-
# ========================================================================= #
|
61
|
-
# === Die metabolischen Eigenschaften der Clostridien
|
62
|
-
#
|
63
|
-
# Clostridium und dessen metabolische Eigenschaften, mitsamt
|
64
|
-
# Buttersäuregärung.
|
65
|
-
#
|
66
|
-
# Zwei Substratgruppen der Clostridien + Gärungsverlauf aller
|
67
|
-
# Gärungsprodukte wie gehabt mit Strukturformeln, Enzymen etc.
|
68
|
-
# Physiologie von Clostridien:
|
69
|
-
#
|
70
|
-
# - Beschreibung von Clostridien (Taxonomie und Merkmale). (2 Punkte)
|
71
|
-
# - Wie und woraus können Clostridien angereichert werden? (1 Punkt)
|
72
|
-
# - Welche Substrate können Clostridien verwerten? Jeweils ein
|
73
|
-
# Bakterium aus jeder Substratgruppe nennen (3 Punkte)
|
74
|
-
# - Beschreiben Sie detailliert den Gärungsverlauf von Clostridien
|
75
|
-
# der zwei gängigsten Substratgruppen (samt Enzymen, Strukturformeln
|
76
|
-
# aller Intermediate und Bilanz). (8 Punkte)
|
77
|
-
# - Welche Effekte haben Clostridien aus diesen Substratgruppen auf
|
78
|
-
# die menschliche Gesundheit? Nennen Sie die betreffenden Bakterien.
|
79
|
-
# (1 Punkt)
|
80
|
-
# - Detailliert den Gärungsverlauf von Clostridien der zwei
|
81
|
-
# gängigsten Substratgruppen beschreiben (Bilanz, Enzyme,
|
82
|
-
# Strukturformel aller Intermediäre) (11 Punkte)
|
83
|
-
# - Welche Effekte haben Clostridien aus diesen substratgruppen auf
|
84
|
-
# die menschliche Gesundheit? Betreffenden Bakterien benennen. (1 Punkt)
|
85
|
-
# Oxidation von molekularem Wasserstoff zur Energie- Generation bei Prokaryonten
|
86
|
-
# - Welche Bakterien können durch Ox zu mol Wasserstoff Energie
|
87
|
-
# generieren? Wie heißen diese Bakterien? 2 Vertreter
|
88
|
-
# nennen. (1 Punkt)
|
89
|
-
# - Die zugrunde liegende Bioenergetik beschreiben (2 Punkte)
|
90
|
-
#
|
91
|
-
# ========================================================================= #
|
92
|
-
# http://localhost/programming/ruby/src/roebe/lib/roebe/www/mikrobielle_physiologie/mikrobielle_physiologie.cgi#clostridium_und_dessen_metabolische_eigenschaften_mitsamt_butters%C3%A4ureg%C3%A4rung
|
93
|
-
# ========================================================================= #
|
94
|
-
fancy2 'Clostridium und dessen metabolische Eigenschaften, mitsamt Buttersäuregärung'
|
95
|
-
p_default_le {
|
96
|
-
e '<i>Clostridien</i> sind <b>grampositive</b>, Sporen-bildende Bakterien
|
97
|
-
aus der Familie der <i>Clostridiaceae</i>. Die meisten Clostridien
|
98
|
-
sind <b>strikte Anaerobier</b> (und somit obligate Gärer). Zudem können
|
99
|
-
Clostridien nicht bei einem sauren pH-Wert wachsen.'
|
100
|
-
br
|
101
|
-
e 'Die <b>Endosporen</b> der Clostridien sind hitzeresistent und können
|
102
|
-
in siedendem Wasser viele Stunden überleben.'
|
103
|
-
br
|
104
|
-
e 'Ein bekannter Vertreter ist <i>Clostridium botulinum</i> -
|
105
|
-
bekannt aufgrund des Botulinus-Toxins.'
|
106
|
-
br
|
107
|
-
e 'Unter dem Aspekt ihrer bevorzugten Energiequelle können
|
108
|
-
Clostridien in drei große Gruppen eingeteilt werden:'
|
109
|
-
br; reset_the_counter
|
110
|
-
counter '<b>Proteolytische Clostridien</b>: Spaltung von
|
111
|
-
Eiweißen und/oder paarweise Umsetzung von Aminosäuren','mars3em'
|
112
|
-
counter '<b>Harnsäure-spaltende Clostridien</b>, zum Beispiel
|
113
|
-
<i>Clostridium acidi-urici</i>','mars3em'
|
114
|
-
counter '<b>Saccharolytische Clostridien</b>: Vergärung von
|
115
|
-
Kohlenhydraten (Zucker, Zellulose, Stärke)','mars3em'
|
116
|
-
br
|
117
|
-
e 'Hauptgärungsprodukte der saccharolytischen Clostridien sind
|
118
|
-
<b>Buttersäure</b>, <b>Aceton</b>, <b>Butanol</b>, <b>Kohlenstoffdioxid</b>
|
119
|
-
und <b>molekularer Wasserstoff</b> (<b>H₂</b>).'
|
120
|
-
br
|
121
|
-
e '<i>Clostridium ljungdahlii</i> wird in der Biotechnologie für
|
122
|
-
die Produktion von <b>Synthesegas</b> eingesetzt.
|
123
|
-
Synthesegas besteht aus Kohlenmonoxid (CO), Wasserstoff
|
124
|
-
(H₂) und Kohlendioxid (CO₂).'
|
125
|
-
br
|
126
|
-
e 'Es gibt zudem Vertreter von <i>Clostridien</i> die Stickstoff
|
127
|
-
fixieren können. Ein Beispiel hierzu ist <i>Clostridium
|
128
|
-
pasteurianum</i>.'
|
129
|
-
br
|
130
|
-
e 'Clostridien sind für die <b>Buttersäuregärung</b> berühmt.
|
131
|
-
Hierbei wird Zucker zu Buttersäure (Butyrat; Summenformel: C₄H₈O₂),
|
132
|
-
elementarem Wasserstoff (H₂) und Kohlenstoffdioxid (CO₂) abgebaut.'
|
133
|
-
br
|
134
|
-
e 'Buttersäuregärer können eingeteilt werden in
|
135
|
-
<b>saccharolytische Arten</b> (diese vergären
|
136
|
-
Kohlehydrate) oder in <b>peptolytische Arten</b> (diese
|
137
|
-
vergären Aminosäuren).'
|
138
|
-
br
|
139
|
-
selfy_newtab 'https://www.chemie.de/lexikon/Butters%C3%A4ureg%C3%A4rung.html',
|
140
|
-
css_class: COMMON_CSS_CLASS
|
141
|
-
}
|
142
|
-
# ========================================================================= #
|
143
|
-
# === Der KDPG Weg (KDPG tag)
|
144
|
-
# ========================================================================= #
|
145
|
-
# http://localhost/programming/ruby/src/roebe/lib/roebe/www/mikrobielle_physiologie/mikrobielle_physiologie.cgi#der_kdpg_weg
|
146
|
-
# ========================================================================= #
|
147
|
-
fancy2 'Der KDPG Weg'
|
148
|
-
p_default_le {
|
149
|
-
e 'Der KDPG Weg wird auch <b>Entner-Doudoroff-Weg</b> genannt. Benannt
|
150
|
-
wurde dieser Weg nach den amerikanischen Biochemikern <b>N. Entner</b>
|
151
|
-
und <b>M. Doudoroff</b>. Beim KDPG-Weg handelt es sich um einen
|
152
|
-
<b>Hexose-Abbauweg</b>.'
|
153
|
-
br
|
154
|
-
e '<b>KDPG</b> steht für die Substanz
|
155
|
-
<b><a href="https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fbioe.2020.00185/full">
|
156
|
-
2-Keto-3-desoxy-6-phosphogluconat</a></b>.'
|
157
|
-
br
|
158
|
-
e 'Der <b>KDPG Weg</b> kommt ausschließlich bei einigen Bakterien vor,
|
159
|
-
insbesondere bei den <b>Pseudomonaden</b> und bei <b>Zymomonas</b>, aber
|
160
|
-
auch bei <i>Rhizobium</i>, <i>Azotobacter</i> sowie <i>Agrobacterium</i>;
|
161
|
-
bei den <b>Pseudomonaden</b> ist der KDPG-Weg sogar die Hauptroute des
|
162
|
-
Glucose-Katabolismus, da sie die Glykolyse nicht verwenden können. Diesen
|
163
|
-
Bakterien fehlen oft bestimmte Enzyme, wie die <b>Phosphofructokinase-1</b>.
|
164
|
-
In <b>Zymomonas</b> ist der KDPG Weg überhaupt nur der einzige Weg für
|
165
|
-
den Abbau von Glucose.'
|
166
|
-
br
|
167
|
-
e 'Nur wenige gram-positive Bakterien verwenden den KDPG Weg. Ein
|
168
|
-
Beispiel für ein gram-positives Bakterium, welches den KDPG Weg
|
169
|
-
verwendet, ist <i>Enterococcus faecalis</i>.'
|
170
|
-
br
|
171
|
-
e 'Der KDPG Weg ist eine <b>Alternative</b> zum <b>Embden-Meyerhof-Weg</b>
|
172
|
-
(== der <b>klassischen Glykolyse</b>).'
|
173
|
-
br
|
174
|
-
e 'Die Energieausbeute in Form von Adenosintriphosphat (ATP) beträgt
|
175
|
-
jedoch nur <b>1 ATP pro Glucose</b> (<i>net yield of 1 ATP per every one
|
176
|
-
glucose molecule processed</i>); im Embden-Meyerhof Weg werden
|
177
|
-
hingegen <b>2 ATP pro Glucose</b> gewonnen. Auch 1x NADH und
|
178
|
-
1x NADPH werden pro Zyklus im KDPG Weg gewonnen.'
|
179
|
-
br
|
180
|
-
boldbr 'Die <b>Nettobilanz</b> des KDPG Wegs geht wie folgt:'
|
181
|
-
br
|
182
|
-
cmd2 'D-Glucose + NADP⁺ + NAD⁺ + ADP + P<sub>i</sub> '+
|
183
|
-
gleichgewicht+' 2 Pyruvat + NADPH + NADH + ATP + 2 H⁺ + H₂O',
|
184
|
-
'darkblue mars3em BOLD'
|
185
|
-
br
|
186
|
-
e 'Folgendes Bild zeigt die wichtigsten Schritte des KDPG Wegs
|
187
|
-
an:'
|
188
|
-
br
|
189
|
-
dimg find_image('KDPG_Pathway'),
|
190
|
-
'round_black2 mars3em'
|
191
|
-
br
|
192
|
-
dimg find_image('colourized_KDPG_pathway'),
|
193
|
-
'round_black3 mars3em'
|
194
|
-
brbr
|
195
|
-
e 'Im ersten Schritt des KDPG Wegs wird <b>D-Glucose</b> zu
|
196
|
-
<b>Glucose-6-phosphat</b> (über die <b>Hexokinase</b>)
|
197
|
-
konvertiert. Hierbei wird <b>ATP verbraucht</b>.
|
198
|
-
<b>Glucose-6-phosphat</b> kann als Eintrittsmolekül
|
199
|
-
in den Zyklus aufgefasst werden.'
|
200
|
-
br
|
201
|
-
e 'Glucose-6-phosphat wird danach zu 6-Phosphogluconat dehydrogeniert,
|
202
|
-
über das Enzym <b>Glucose-6-phosphat-Dehydrogenase</b>.'
|
203
|
-
br
|
204
|
-
e 'Das nächste Substrat ist <b>6-Phosphogluconat</b>. Danach konvertiert
|
205
|
-
die Phosphogluconat-Dehydratase <b>6-Phosphogluconat</b> zu KDPG
|
206
|
-
(<b>2-Keto-3-desoxy-6-phosphogluconat</b>). Es entsteht danach
|
207
|
-
<b>Glycerinaldehyd-3-phosphat</b> (<b>GAP</b>) (synthetisiert durch das
|
208
|
-
Enzym <b>KDPG-Aldolase</b>) und schließlich <b>Pyruvat</b>. Das hierbei
|
209
|
-
entstehende Pyruvat kann dann, zum Beispiel von <i>Zymomonas mobilis</i>,
|
210
|
-
für die <b>alkoholische Gärung</b> (= Entstehung von Ethanol) verwendet
|
211
|
-
werden (über Acetaldehyd als Zwischenschritt).
|
212
|
-
Generell ist der KPDG-Weg ein Einstieg in den Gärungsstoffwechsel
|
213
|
-
mancher Bakterien.'
|
214
|
-
br
|
215
|
-
e 'Der KDPG Weg besitzt <b>zwei Schlüsselenzyme</b>:'
|
216
|
-
br; reset_the_counter
|
217
|
-
counter_li '6-PG-Dehydrogenase','mars3em'
|
218
|
-
counter_li 'KDPG-Aldolase','mars3em'
|
219
|
-
br
|
220
|
-
e 'Manche Bakterien, wie zum Beispiel <i>Escherichia coli</i>, nutzen
|
221
|
-
sowohl den <b>KDPG Weg</b> als auch die klassische Form der Glykolyse.'
|
222
|
-
br
|
223
|
-
e 'Wie gelangt <b>D-Glucose</b> in die bakterielle Zelle?'
|
224
|
-
br
|
225
|
-
e 'Dies geschieht über einen <b>H⁺-Symporter</b>, oder - bei
|
226
|
-
<i>Zymomonas mobilis</i> - durch <b>erleichterte Diffusion</b>.'
|
227
|
-
br
|
228
|
-
e 'Der KDPG Weg erlaubt die Verstoffwechslung von Gluconat,
|
229
|
-
sowie verwandter organischer Säuren, die in die Glykolyse nicht
|
230
|
-
eintreten können. In <i>E. coli</i> können die beteiligten Gene
|
231
|
-
(wie zum Beispiel die <i>gluconate permease</i>)
|
232
|
-
durch Wachstum auf Gluconat als Substrat eingeschaltet
|
233
|
-
werden (== <i>induced by growth on gluconate</i>).'
|
234
|
-
br
|
235
|
-
selfy_newtab 'https://ocm.govtsciencecollegedurg.ac.in/Document/595_101944.pdf',
|
236
|
-
css_class: COMMON_CSS_CLASS
|
237
|
-
}
|
238
|
-
# ========================================================================= #
|
239
|
-
# === Stickstofffixierung und Symbiose (stickstoff tag)
|
240
|
-
#
|
241
|
-
# Auch das Enzym im Detail hierzu genau beschreiben.
|
242
|
-
# ========================================================================= #
|
243
|
-
# http://localhost/programming/ruby/src/roebe/lib/roebe/www/mikrobielle_physiologie/mikrobielle_physiologie.cgi#stickstofffixierung
|
244
|
-
# ========================================================================= #
|
245
|
-
fancy2('Stickstofffixierung - eine symbiotische Beziehung, als '\
|
246
|
-
'Teil des Stickstoffkreislaufs')
|
247
|
-
p_default_le(id: 'stickstofffixierung') {
|
248
|
-
e 'Einige Bakterien können <b>atmosphärischen Stickstoff</b> (N₂) fixieren
|
249
|
-
(= <i>"nitrogen fixation"</i>), sprich, in Assoziation mit Pflanzen
|
250
|
-
<b class="darkblue">(bio)verfügbar</b> machen, als Teil des
|
251
|
-
<b>Stickstoffkreislaufs</b> auf dem Planeten Erde. Dabei entsteht
|
252
|
-
üblicherweise <b>Ammoniak</b> (<b>NH₃</b>) beziehungsweise
|
253
|
-
eigentlich <b>Ammonium-Ionen</b> (<b>NH₄⁺</b>).'
|
254
|
-
br
|
255
|
-
e 'Chemisch betrachtet ist diese Fixierung schwierig, da <b>N₂</b> aufgrund seiner
|
256
|
-
<b>Dreifachbindung</b> sehr <b class="italic underline">reaktionsträge</b> ist -
|
257
|
-
also <b>chemisch relativ inert</b> ist. Dies bedingt daher das die Fixierung
|
258
|
-
von Stickstoff für das Bakterium äußerst <b>energieaufwändig</b> ist.'
|
259
|
-
br
|
260
|
-
dimg2 'science/plants/leguminosen_und_knöllchen_für_die_stickstoffixierung.png',
|
261
|
-
'https://i.imgur.com/BQcbdH1.png',
|
262
|
-
'marl5em rounded_black3'
|
263
|
-
dimg 'science/chemistry/N2.jpg','round_black2 marl1em'
|
264
|
-
dimg 'science/plants/Root_Nodules.jpg','round_black2 marl1em'
|
265
|
-
brbr # Freilebende versus symbiontische stickstofffixierende Bakterien
|
266
|
-
br
|
267
|
-
e 'Das Enzym, das für die Stickstofffixierung verwendet wird
|
268
|
-
(die Nitrogenase) wird an späterer Stelle genauer beschrieben.'
|
269
|
-
br
|
270
|
-
e 'Generell kann man stickstofffixierende Bakterien einteilen in
|
271
|
-
<b>freilebende Bakterien</b> und <b>symbiontische Bakterien</b>. Letztere
|
272
|
-
fixieren deutlich mehr Stickstoff als die freilebenden Bakterien.
|
273
|
-
In Summe werden in etwa 10¹¹ kg N₂ pro Jahr von Bakterien fixiert.'
|
274
|
-
br
|
275
|
-
e 'Bakterien die atmosphärischen Stickstoff fixieren können, wie zum
|
276
|
-
Beispiel die <i class="BOLD"> <a href="https://en.wikipedia.org/wiki/Rhizobia">Rhizobia</a></i>,
|
277
|
-
nennt man <b class="italic">diazotroph</b>. Ein englischer Name hierfür,
|
278
|
-
welcher recht gut zu merken ist, ist <b class="italic">Bacterial fertilizers</b>.'
|
279
|
-
br
|
280
|
-
e 'Es handelt sich hierbei um eine <b>Symbiose</b>, die diese stickstofffixierende
|
281
|
-
Bakterien mit <b>Leguminosen</b> - wie zum Beispiel der <b>Sojabohne</b>
|
282
|
-
(<i>Glycine max</i>) - eingehen. Ohne diese Symbiose könnte <i>Rhizobia</i>
|
283
|
-
keinen Stickstoff fixieren. <i>Rhizobia</i> erhält hier von der Wirtspflanze
|
284
|
-
<b>Kohlenhydrate</b> und <b>Nährstoffe</b>, und versorgt seinerseits die Pflanze
|
285
|
-
eben mit diesem <b>fixierten Stickstoff</b>. Für die Leguminosen wiederum
|
286
|
-
gibt es auch einen <b>Selektionsvorteil</b>: sie können dank dieser Symbiose
|
287
|
-
auch <b>in unfruchtbaren Böden gedeihen</b>.'
|
288
|
-
br
|
289
|
-
e 'Die Rhizobien werden durch Substanzen von der Pflanze angelockt
|
290
|
-
und können sich - Dank ihrer Geisseln - zu der Pflanze hinbewegen.
|
291
|
-
Danach bilden sie sogenannte "<i class="BOLD">root nodules</i>" in
|
292
|
-
der Pflanze, wie am Bild oben zu sehen ist.'
|
293
|
-
br
|
294
|
-
e '<b>Stickstoff</b> ist für eine Pflanze eminent wichtig - es wirkt
|
295
|
-
oft als <b>ein <u>wachstumslimitierender Faktor</u></b>.'
|
296
|
-
br
|
297
|
-
e 'Auch Bäume gehen solche Symbiosen mit stickstofffixierenden
|
298
|
-
Mikroorganismen ein, wie zum Beispiel die <b>'+
|
299
|
-
string_link(:die_erle, content: 'Erle')+'</b>.'
|
300
|
-
br
|
301
|
-
dimg 'science/biology/Heterocyst_from_Anabaena.jpg',
|
302
|
-
'round_black2 mar0_5em mart2px'
|
303
|
-
e '<b>'+slink(:die_cyanobakterien, content: 'Cyanobakterien')+
|
304
|
-
'</b> die Stickstoff fixieren können bilden spezialisierte
|
305
|
-
Zellen aus: die sogenannten <b>Heterozysten</b>.
|
306
|
-
Man findet Cyanobakterien meistens im Wasser - insbesonders im Ozean,
|
307
|
-
aber auch in der Landwirtschaft (Reisenbau in den Tropen).
|
308
|
-
Auch Flechten sollten an dieser Stelle genannt werden, als
|
309
|
-
Beispiel für eine symbiotische Vergesellschaftung zwischen
|
310
|
-
einem Cyanobakterium und einem Pilz. Flechten sind oft die
|
311
|
-
Erstbesiedler einer unfruchtbaren Umgebung und ebnen den
|
312
|
-
Weg für eine spätere Ansiedlung von Pflanzen, die
|
313
|
-
einen anspruchsvolleren Nahrungsbedarf haben.'
|
314
|
-
br
|
315
|
-
e 'Die Gattung <b>Frankia</b> findet man oft bei verholzenden
|
316
|
-
Pflanzen, wie zum Beispiel bei <b>Erlen</b>.'
|
317
|
-
br
|
318
|
-
e 'Bei anderen Bakterien entstehen im Zuge dieser Symbiosen
|
319
|
-
<b>Wurzelknöllchen</b> in der Pflanze selbst, wo dann die
|
320
|
-
<b>Stickstofffixierung</b> stattfindet.'
|
321
|
-
br
|
322
|
-
e 'Ein Beispiel für freilebende N₂-Fixierer ist <b>
|
323
|
-
Azotobacter</b>. Azotobacter sind obligate Aerobier.'
|
324
|
-
br
|
325
|
-
e 'Das <b>Schlüsselenzym</b>, das hierbei bei der Stickstofffixierung zum
|
326
|
-
Einsatz kommt, ist die <b>'+string_href(:nitrogenase,
|
327
|
-
content: 'Nitrogenase')+'</b>. Erstmals wurde die <b>Nitrogenase</b>
|
328
|
-
im Jahre 1960 isoliert, aus dem Bakterium <i class="BOLD">Clostridium
|
329
|
-
pasteruianum</i>.'
|
330
|
-
br
|
331
|
-
e 'Die <b>Nitrogenase</b> selbst besteht aus <b>zwei Untereinheiten</b>:
|
332
|
-
<b>Dinitrogenase</b> sowie <b>Dinitrogenase Reduktase</b>. Beide
|
333
|
-
Untereinheiten enthalten <b>Eisen</b>; die <b>Dinitrogenase</b>
|
334
|
-
enthält zudem <b>Molybdän</b> sehr wichtigen Kofaktor <b>FeMo-co</b>,
|
335
|
-
der für die Reduktion von <b>N₂</b> zu <b>NH₃</b> (Ammoniak)
|
336
|
-
verantwortlich ist. Der FeMo-co cluster bindet <b>Homocitrat</b>
|
337
|
-
sowie zwei Aminosäuren der Nitrogenase (Histidin 442 und Cystein 275).
|
338
|
-
Man kann die Nitrogenase daher auch als Nitrogenase-Komplex
|
339
|
-
bezeichnen, als Enzymsystem. Dieses komplexe Enzymsystem
|
340
|
-
besitzt mehrere Redoxzentren.'
|
341
|
-
br
|
342
|
-
e 'Die Dinitrogenase ist sehr langsam: sie fixiert nur etwa
|
343
|
-
3 N₂ pro Sekunde.'
|
344
|
-
br
|
345
|
-
e 'Im Zuge der Reaktion, die die <b>Nitrogenase</b> durchführt,
|
346
|
-
bindet der <b>FeMo-co Kofaktor</b> 2x H⁺ und entlässt danach
|
347
|
-
(gasförmiges) <b>H₂</b>. Die Aufgabe der <b>Dinitrogenase Reduktase</b>
|
348
|
-
ist es Elektronen an die <b>Dinitrogenase</b> zu liefern.
|
349
|
-
Die <b>Hydrolyse von ATP</b> bewirkt hier eine
|
350
|
-
<b>Konformationsänderung</b>.'
|
351
|
-
dimg 'science/molecular_biology/nitrogenase_3D_structure.png',
|
352
|
-
'mar0_5em mars5em round_black3'
|
353
|
-
br
|
354
|
-
dimg 'science/biochemistry/nitrogen-fixation-formula.png',
|
355
|
-
'round_black3 mars5em marb0_5em'
|
356
|
-
br
|
357
|
-
e 'Die <b>Stickstofffixierung</b> wird über die <b>nif</b> Gene
|
358
|
-
kodiert. Die drei primären Strukturgene sind <b>nif-K</b> (grün),
|
359
|
-
<b>nif-D</b> (blau) sowie <b>nif-H</b> (rot) - siehe
|
360
|
-
das Bild oben. Die Gene <b>nif-K</b> (grün) und <b>nif-D</b>
|
361
|
-
(blau) kodieren für die beiden primären Untereinheiten der
|
362
|
-
Dinitrogenase.'
|
363
|
-
br
|
364
|
-
e 'Pro fixiertem N₂ verbraucht die Nitrogenase <b>16 ATP</b> -
|
365
|
-
es ist somit ein sehr kostenintensiver Prozess. Zudem werden
|
366
|
-
8 Elektronen benötigt.'
|
367
|
-
br
|
368
|
-
e 'Die <b>Elektronen für die Stickstoffixierung</b> werden
|
369
|
-
durch <b>Ferredoxin</b> (ein FeS-Protein) bereitgestellt;
|
370
|
-
<b>Ferredoxin</b> ist somit der eigentliche
|
371
|
-
<b>Elektronendonor</b>.'
|
372
|
-
br
|
373
|
-
e 'Für den Transfer eines Elektronenpaars weden <b>vier Moleküle
|
374
|
-
ATP</b> benötigt.'
|
375
|
-
br
|
376
|
-
e 'Die <b>Nitrogenase</b> ist gegenüber O₂ meistens sensitiv. Eine
|
377
|
-
Strategie gegen dieses Problem ist es eine <b>Schleimschicht</b> zu
|
378
|
-
bilden - dies wird von dem Bakterium <i>Azotobacter vinelandii</i>
|
379
|
-
eingesetzt. Beweisen kann man dies indem man das Bakterium bei
|
380
|
-
niedrigem O₂ Gehalt wachsen lässt, und dann im Vergleich hierzu
|
381
|
-
bei einem hohem O₂ Gehalt wachsen lässt. Man sieht dann das die
|
382
|
-
Schleimschicht wesentlich dicker ist.'
|
383
|
-
br
|
384
|
-
e 'Mikroorganismen verwenden verschiedene Strategien um
|
385
|
-
mit O₂ umzugehen. Eine Strategie ist die <u class="BOLD">Kompartimentierung</u>
|
386
|
-
der Stickstofffixierung: so führt <i>Anabaena spiroides</i>
|
387
|
-
die Stickstofffixierung in sogenannten <b>Heterocysten</b>
|
388
|
-
durch; hier ist somit ein räumlicher Schutz gegeben. In diesen
|
389
|
-
<b>Heterocysten</b> ist die Photosynthese abgeschalten, damit
|
390
|
-
die Nitrogenase <b>anaerob</b> arbeiten kann. Die Entwicklung
|
391
|
-
hin zu einter <b>Heterocyste</b> wird durch einen <b>Mangel an
|
392
|
-
Stickstoff</b> (genetisch) induziert.'
|
393
|
-
br # === Schutzsysteme für die Nitrogenase:
|
394
|
-
boldbr 'Schutzsysteme für die Nitrogenase:'
|
395
|
-
br
|
396
|
-
e 'Die Nitrogenase ist generell <b>sauerstoffempfindlich</b> -
|
397
|
-
Sauerstoff inaktiviert dieses Enzym irreversibel.'
|
398
|
-
br
|
399
|
-
e 'Azotobacter verwendet eine Schleimschicht als Strategie
|
400
|
-
um die Nitrogenase zu schützen.'
|
401
|
-
br
|
402
|
-
e 'Interessanterweise enthalten Rhizobien keine Hydrogenase. Sie
|
403
|
-
verwenden jedoch <b>Leghämoglobin</b> als Schutzsystem.'
|
404
|
-
br # === Nachweis von N₂-fixierenden Bakterien:
|
405
|
-
boldbr 'Nachweis von N₂-fixierenden Bakterien:'
|
406
|
-
br
|
407
|
-
e 'Die meisten Nitrogenasen können auch <b>Acetylene</b> reduzieren.
|
408
|
-
Dabei entsteht <b>Ethylene</b> (H₂C=CH₂). Diese Reaktion ist auch
|
409
|
-
Grundlage für den <i class="BOLD">acetylene reduction assay</i>,
|
410
|
-
mit Hilfe eines <b>Gaschromatographen</b> - somit können
|
411
|
-
Stickstoffixierende Bakterien nachgewiesen werden.'
|
412
|
-
br
|
413
|
-
e 'Ein weiteres Nebenprodukt der Nitrogenase ist Wasserstoffgas,
|
414
|
-
also H₂.'
|
415
|
-
br
|
416
|
-
e 'Die <b>Elektronen für die Stickstoffixierung</b> werden durch
|
417
|
-
<b>Ferredoxin</b> (einem <b>FeS-Protein</b>) bereitgestellt.'
|
418
|
-
br
|
419
|
-
e 'Es gibt auch <b>alternative Dinitrogenasen</b>. Diese verwenden
|
420
|
-
anstelle von Molybdän <b>Eisen</b> oder <b>Vanadium</b>.
|
421
|
-
Man kann sie als einen '+squote('zellulären Backup-Mechanismus')+
|
422
|
-
' ansehen. Ein Beispiel für einen Organismus der
|
423
|
-
eine alternative Nitrogenase verwendet ist
|
424
|
-
<i>Streptomyces thermoautotrophicus</i>. Dessen Nitrogenase
|
425
|
-
wird durch molekularen Sauerstoff <b>nicht</b> inhibiert.'
|
426
|
-
br
|
427
|
-
e 'Die Regulation der Stickstoff-Fixierung erfolgt hauptsächlich
|
428
|
-
auf Transkriptionsebene. Das NifA-Protein fungiert als
|
429
|
-
Transkriptionsfaktor und aktiviert Transkription der nif-Gene.'
|
430
|
-
br
|
431
|
-
boldbr 'Welche Mikroorganismen können Stickstoff fixieren?'
|
432
|
-
br
|
433
|
-
e 'Man kann hier unterscheiden zwischen:'
|
434
|
-
br
|
435
|
-
le2 '- <b>frei-lebenden</b>, nicht-symbiotischen Bakterien wie
|
436
|
-
die Cyanobakterien, aber auch <i>Anabaena</i> oder <i>Nostoc</i>'
|
437
|
-
br
|
438
|
-
le2 '- mutualistischen (symbiotischen) Bakterien wie
|
439
|
-
<i>Rhizobium</i>. Diese sind mit Leguminosen (Pflanzen)
|
440
|
-
vergesellschaftet. Weitere Beispiele inkludieren
|
441
|
-
<i>Azospirillum</i> und deren Symbiose mit Gräsern.'
|
442
|
-
br
|
443
|
-
e '<b>N₂-Fixierung</b> ist einer der energieaufwendigsten
|
444
|
-
Prozesse in der Natur.'
|
445
|
-
br
|
446
|
-
boldbr 'Links und Quellen:'
|
447
|
-
br
|
448
|
-
selfy 'https://www.britannica.com/science/nitrogen-fixation',
|
449
|
-
css_class: COMMON_CSS_CLASS
|
450
|
-
selfy 'https://www.youtube.com/watch?v=44g83bAB0FI',
|
451
|
-
css_class: COMMON_CSS_CLASS
|
452
|
-
}
|
453
|
-
# ========================================================================= #
|
454
|
-
# === Die Sulfatatmung (= dissimilatorische Sulfatreduktion = Desulfurikation)
|
455
|
-
# ========================================================================= #
|
456
|
-
# http://localhost/programming/ruby/src/roebe/lib/roebe/www/mikrobielle_physiologie/mikrobielle_physiologie.cgi#die_sulfatatmung
|
457
|
-
# ========================================================================= #
|
458
|
-
fancy2 'Die Sulfatatmung (= dissimilatorische Sulfatreduktion = Desulfurikation)'
|
459
|
-
p_default_le(id: 'sulfatatmung') {
|
460
|
-
e 'In anaeroben Meeressedimenten ist Sulfat ein fast unerschöpflicher
|
461
|
-
Elektronenakzeptor. Hier gibt es natürlich keinen Sauerstoff -
|
462
|
-
die Sulfatatmung ist daher eine Form der anaeroben Atmung.'
|
463
|
-
br
|
464
|
-
e 'Obligat anaerobe Bakterien können die Sulfatatmung durchführen,
|
465
|
-
insbesonders:'
|
466
|
-
br; reset_the_counter
|
467
|
-
counter 'Desulfovibrio'
|
468
|
-
counter 'Desulfomonas'
|
469
|
-
counter 'Desulfotomaculum'
|
470
|
-
br
|
471
|
-
e 'Das Hauptprodukt der Sulfat-Atmung ist <b>H₂S</b>.'
|
472
|
-
br
|
473
|
-
e 'Die Formel lautet:'
|
474
|
-
br
|
475
|
-
cmd ' 8 [H] + 2 H+ + SO₄²⁻ → H₂S + 4 H₂O'
|
476
|
-
br
|
477
|
-
e 'Durchgeführt wird die Sulfatatmung von
|
478
|
-
<b>obligat anaeroben Bakterien</b>.'
|
479
|
-
br
|
480
|
-
e 'Drei Genera sind zu nennen:'
|
481
|
-
br; reset_the_counter
|
482
|
-
counter 'Desulfovibrio'
|
483
|
-
counter 'Desulfobacter'
|
484
|
-
counter 'Desulfuromonas'
|
485
|
-
}
|
486
|
-
# ========================================================================= #
|
487
|
-
# === Autotrophe CO2-Fixierung
|
488
|
-
# ========================================================================= #
|
489
|
-
# http://localhost/programming/ruby/src/roebe/lib/roebe/www/mikrobielle_physiologie/mikrobielle_physiologie.cgi#auxotrophe_co2_fixierung
|
490
|
-
# ========================================================================= #
|
491
|
-
fancy2 'Autotrophe CO₂-Fixierung'
|
492
|
-
p_default_le(id: 'auxotrophe_co2_fixierung') {
|
493
|
-
le 'Mit der <b>Kohlenstoffdioxid-Assimilation</b> bezeichnet man bei
|
494
|
-
Lebewesen die Aufnahme von Kohlenstoff und Sauerstoff aus
|
495
|
-
Kohlenstoffdioxid (CO₂) zum Aufbau von organischen, körpereigenen
|
496
|
-
Kohlenstoffverbindungen.'
|
497
|
-
br
|
498
|
-
e 'Der erste Schritt dazu ist die Bildung einer Carboxygruppe. Da
|
499
|
-
Kohlenstoffdioxid hierbei in den organischen Stoffen gebunden
|
500
|
-
wird, spricht man auch von einer <b>Kohlenstoffdioxid-Fixierung</b>.'
|
501
|
-
br
|
502
|
-
e 'Man unterscheidet autotrophe und heterotrophe
|
503
|
-
Kohlenstoffdioxid-Assimilation. Bei autotrophen Lebewesen
|
504
|
-
ist Kohlenstoffdioxid die einzige Kohlenstoffquelle für den
|
505
|
-
Aufbau körpereigener Baustoffe. Heterotrophe Lebewesen
|
506
|
-
verwenden dagegen hauptsächlich organische Kohlenstoffverbindungen
|
507
|
-
als Baustoffquelle.'
|
508
|
-
br
|
509
|
-
e 'Pflanzen und Cyanobakterien verwenden den Calvin-Zyklus zur
|
510
|
-
auxotrophen CO₂-Fixierung.'
|
511
|
-
}
|
512
|
-
# ========================================================================= #
|
513
|
-
# === Calvin-Zyklus
|
514
|
-
# ========================================================================= #
|
515
|
-
# http://localhost/programming/ruby/src/roebe/lib/roebe/www/mikrobielle_physiologie/mikrobielle_physiologie.cgi#der_calvin_zyklus
|
516
|
-
# ========================================================================= #
|
517
|
-
show_calvin_cycle
|
518
|
-
# ========================================================================= #
|
519
|
-
# === (1) Die Knallgasreaktion und das Enzym Hydrogenase (hydrogenase tag)
|
520
|
-
#
|
521
|
-
# Knallgasbakterien: Lebensweise + Vertreter (3 Punkte)
|
522
|
-
# Welche Bakterien können durch Oxidation von molekularem
|
523
|
-
# Wasserstoff Energie generieren? Wie heißen sie? Vertreter?
|
524
|
-
# Beschreibe die zugrunde liegende Bioenergetik.
|
525
|
-
# ========================================================================= #
|
526
|
-
# http://localhost/programming/ruby/src/roebe/lib/roebe/www/mikrobielle_physiologie/mikrobielle_physiologie.cgi#die_knallgasreaktion_und_das_enzym_hydrogenase
|
527
|
-
# ========================================================================= #
|
528
|
-
fancy2 'Die Knallgasreaktion und das Enzym Hydrogenase'
|
529
|
-
p_default_le(id: 'knallgasreaktion') {
|
530
|
-
e '<b>Knallgasbakterien</b> werden eigentlich
|
531
|
-
<b>Wasserstoff-oxidierende Bakterien</b> genannt.
|
532
|
-
Im Englischen werden sie <b>Hydrogen-oxidizing bacteria</b>
|
533
|
-
genannt, oder, etwas kurios, <b>Knallgas bacteria</b>.
|
534
|
-
Es handelt sich hierbei um eine sehr <b>heterogene Gruppe</b>.'
|
535
|
-
br
|
536
|
-
e 'Ihnen dient <b>molekularer Wasserstoff</b> ('+wasserstoff+')
|
537
|
-
als Elektronen-Donor. Die bekannten Arten <b>wachsen relativ
|
538
|
-
schnell</b>, mit Verdopplungszeiten von 1–3 Stunden.'
|
539
|
-
br
|
540
|
-
e 'Sauerstoff (O₂) dient als der Elektronen-Akzeptor.'
|
541
|
-
br
|
542
|
-
e 'Die Reaktion wird auch <b>Knallgasreaktion</b> genannt.'
|
543
|
-
br
|
544
|
-
e 'Das Enzym <b>'+string_remote_link(:hydrogenase, 'Hydrogenase')+
|
545
|
-
'</b> führt folgende Reaktion durch:'
|
546
|
-
br
|
547
|
-
cmd2 ' H₂ + 1/2 O₂ → H₂O'
|
548
|
-
br
|
549
|
-
e 'Hierbei überführt die <b>Hydrogenase</b> die Elektronen von
|
550
|
-
H₂ auf einen <b>quinone</b> Akzeptor. Als Kofaktor verwendet
|
551
|
-
die Hydrogenase <b>Ni²⁺</b>. Die meisten Hydrogenasen
|
552
|
-
sind <b>sensitiv</b> (also <b>empfindlich</b>) gegenüber Sauerstoff.'
|
553
|
-
br
|
554
|
-
e 'Knallgasbaktieren bevorzugen ein <b>mikroaerophiles Milieu</b>:
|
555
|
-
also einen <b>O₂-Gehalt</b> zwischen <b>5 und 10%</b>.'
|
556
|
-
br
|
557
|
-
e 'Ein Beispiel für ein Bakterium welches die Hydrogenase verwendet,
|
558
|
-
und daher "<b>Knallgasbakterium</b>" genannt werden kann, ist <i class="BOLD">
|
559
|
-
Ralstonia eutropha</i> (auch <i>Alcaligenes eutrophus</i> genannt); hier erfolgt
|
560
|
-
die Reaktion bei Vorhandensein von molekularem Sauerstoff. Ein weiteres
|
561
|
-
Beispiel für einen Mikroorganismus der die Hydrogenase verwendet ist
|
562
|
-
<i class="BOLD"><a href="https://en.wikipedia.org/wiki/Acidovorax_facilis#History">
|
563
|
-
Pseudomonas facilis</a></i>. Auch Archaea verwenden diese Reaktion - so
|
564
|
-
zum Beispiel <i>Aquifex pyrophilus</i>.'
|
565
|
-
br
|
566
|
-
e 'Allgemein werden Bakterien, die diese Reaktion katalysieren
|
567
|
-
können, "<b class="italic">Hydrogen bacteria</b>" (auch
|
568
|
-
<b>Wasserstoffoxidierer</b>) genannt.'
|
569
|
-
br
|
570
|
-
e 'Aerobe Knallgasbakterien verwenden etwa ein Drittel des
|
571
|
-
H₂ zur Synthese von Zellmasse.'
|
572
|
-
br
|
573
|
-
e 'Die meisten der Bakterien die diese Reaktion durchführen können
|
574
|
-
auch <b>CO₂</b> fixieren - sie sind somit <b>autotroph</b> (=
|
575
|
-
"Carboxidotrophe Bakterien"). Bei dieser Reaktion wird Kohlenmonoxid
|
576
|
-
zu Kohlendioxid konvertiert. Das dadurch entstehende CO₂ wird
|
577
|
-
in den <b>Calvin Zyklus</b> eingespeist.'
|
578
|
-
br
|
579
|
-
e 'Interessanterweise gibt es <b>zwei Varianten an
|
580
|
-
Hydrogenasen</b>:'
|
581
|
-
br
|
582
|
-
le2 '- Die eine Variante ist <b>membrangebunden</b>. Diese Variante
|
583
|
-
ist <b>für die ATP-Synthese wichtig</b>, über den Aufbau der
|
584
|
-
<b class="italic">proton motife force</b>.'
|
585
|
-
le2 '- Die andere Variante ist <b>cytoplasmatisch</b> vorzufinden.
|
586
|
-
Sie verwendet <b>NAD⁺</b> als Kofaktor, der im Zuge der Reaktion
|
587
|
-
zu <b>NADH</b> reduziert wird. Dieses NADH wird danach zumindest
|
588
|
-
in <i>Ralstonia eutropha</i> für den Calvin Zyklus verwendet.
|
589
|
-
(Ralstonia hat sowohl eine membrangebundene Hydrogenase
|
590
|
-
als auch eine cytoplasmatische Hydrogenase.)'
|
591
|
-
br
|
592
|
-
e 'Die Reaktion der <b>cytoplasmatischen Hydrogenase</b> ist im
|
593
|
-
folgenden Bild dargestellt:'
|
594
|
-
|
595
|
-
dimg2 'science/microbiology/Cytosolic_Hydrogenase.jpg',
|
596
|
-
'https://i.imgur.com/61DznBf.jpg',
|
597
|
-
'round_black3 mar1em mars4em'
|
598
|
-
br
|
599
|
-
e 'Bis heute kennt man <b>drei Klassen an Hydrogenasen</b>
|
600
|
-
(<i>H₂asen</i>). Diese haben entweder einen <b>FeFe</b>, einen
|
601
|
-
<b>NiFe</b> oder einen <b>Fe Kern</b>.'
|
602
|
-
br
|
603
|
-
e 'Warum ist die Knallgasreaktion wichtig, aus Sicht der
|
604
|
-
mikrobiellen Physiologie?'
|
605
|
-
br
|
606
|
-
e '<b>'+wasserstoff+'</b> entsteht beim anaeroben Abbau
|
607
|
-
organischer Substanzen durch Gärer.'
|
608
|
-
br
|
609
|
-
boldbr 'Links und Quellen:'
|
610
|
-
br
|
611
|
-
selfy_newtab 'https://en.wikipedia.org/wiki/Hydrogen_oxidizing_bacteria',
|
612
|
-
css_class: COMMON_CSS_CLASS
|
613
|
-
selfy_newtab :article_hydrogenase_enzymes_2016,
|
614
|
-
css_class: COMMON_CSS_CLASS
|
615
|
-
selfy_newtab 'https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0048969722026559',
|
616
|
-
css_class: COMMON_CSS_CLASS # 20.08.2022
|
617
|
-
}
|
618
|
-
# ========================================================================= #
|
619
|
-
# === Energiegewinnung bei Escherichia coli und Enterobacter aerogenes
|
620
|
-
#
|
621
|
-
# - Beschreiben Sie die Gärungsphysiologien von Enterobacter aerogenes
|
622
|
-
# und
|
623
|
-
# Escherichia coli im Detail mit allen Enzymen, Strukturformeln,
|
624
|
-
# Intermediaten und Bilanz.
|
625
|
-
# Durch welche Tests kann man die beiden Bakterien unterscheiden?
|
626
|
-
#
|
627
|
-
# - E.coli: beschreibe seine Lebensweise in aeroben und anaeroben
|
628
|
-
# Bedingungen mit allen Reaktionswegen und Formeln sowie Enzymen.
|
629
|
-
# E. coli Stoffwechsel im aeroben und im anaeroben Millieu.
|
630
|
-
#
|
631
|
-
# - Stoffwechsel von E. coli in aerober Umgebung (12 punkte) und anaerober
|
632
|
-
# umgebung (6 punkte)
|
633
|
-
# ========================================================================= #
|
634
|
-
# http://localhost/programming/ruby/src/roebe/lib/roebe/www/mikrobielle_physiologie/mikrobielle_physiologie.cgi#ecoli
|
635
|
-
# ========================================================================= #
|
636
|
-
fancy2('Energiegewinnung bei Escherichia coli und Enterobacter aerogenes')
|
637
|
-
p_default_le {
|
638
|
-
e 'In <i>E. coli</i> wird Pyruvat phosphoryliert, über die
|
639
|
-
<b>Phosphoenolpyruvat-Synthase</b>, hin zu PEP.'
|
640
|
-
}
|
641
|
-
# ========================================================================= #
|
642
|
-
# Show the glycolytic pathway next:
|
643
|
-
# ========================================================================= #
|
644
|
-
show_glycolysis
|
645
|
-
show_pentose_phosphate_pathway
|
646
|
-
# ========================================================================= #
|
647
|
-
# http://localhost/programming/ruby/src/roebe/lib/roebe/www/mikrobielle_physiologie/mikrobielle_physiologie.cgi#pentose_phosphate_pathway
|
648
|
-
# ========================================================================= #
|
649
|
-
# ========================================================================= #
|
650
|
-
# === (3) Lactic Acid Fermentation
|
651
|
-
# ========================================================================= #
|
652
|
-
fancy2 'Lactic Acid Fermentation'
|
653
|
-
p_default_le {
|
654
|
-
e 'Lactic acid bacteria are gram-positive organism. They will produce
|
655
|
-
lactic acid as part of their fermentation.'
|
656
|
-
br
|
657
|
-
e 'We can distinguish two groups:'
|
658
|
-
br
|
659
|
-
le '(1) <b>Homofermentative</b>: these will only yield lactic acid
|
660
|
-
as fermentation product. They produce 2 ATP per glucose consumed.'
|
661
|
-
le '(2) <b>Heterofermentative</b>: these will yield lactic acid,
|
662
|
-
but also ethanol and CO₂. They produce only 1 ATP per glucose
|
663
|
-
consumed.'
|
664
|
-
br
|
665
|
-
e 'The primary difference can be explained by the enzyme aldolase.
|
666
|
-
Homofermentative bacteria contain aldolase, whereas heterofermentative
|
667
|
-
bacteria do <b>not</b> contain aldolase.'
|
668
|
-
br
|
669
|
-
e 'Because only heterofermentative lactic acid bacteria produce
|
670
|
-
CO₂ this lends itself well to observe for the production of
|
671
|
-
CO₂ in the laboratory, in order to distinguish between these
|
672
|
-
two fermenters.'
|
673
|
-
}
|
674
|
-
# ========================================================================= #
|
675
|
-
# === Acetogenese
|
676
|
-
# ========================================================================= #
|
677
|
-
fancy2 'Acetogenese'
|
678
|
-
p_default_le {
|
679
|
-
e 'Acetogenese wird von acetogenen Bakterien durchgeführt.'
|
680
|
-
br
|
681
|
-
e 'Die Reaktionsgleichung ist:'
|
682
|
-
br
|
683
|
-
cmd ' 2 CO₂ + 4 H₂ ←→ Acetat + 2 H₂O'
|
684
|
-
br
|
685
|
-
e 'Diese Reaktion wird auch <b>Wood-Ljungdahl-Weg</b> genannt. Als
|
686
|
-
<b>Elektronendonor</b> dienen die 4 Wasserstoff-Moleküle.'
|
687
|
-
}
|
688
|
-
# ========================================================================= #
|
689
|
-
# === Die Nitratatmung
|
690
|
-
# ========================================================================= #
|
691
|
-
# http://localhost/programming/ruby/src/roebe/lib/roebe/www/mikrobielle_physiologie/mikrobielle_physiologie.cgi#die_nitratatmung
|
692
|
-
# ========================================================================= #
|
693
|
-
fancy2 'Die Nitratatmung'
|
694
|
-
p_default_le {
|
695
|
-
e 'Die Nitratatmung - eine Form der anaeroben Atmung - wird auch
|
696
|
-
<b>Denitrifikation</b> genannt. Anstatt Sauerstoff tritt hier
|
697
|
-
<b>Nitrat</b> (NO₃⁻) als terminaler Elektronenakzeptor dient. '
|
698
|
-
br
|
699
|
-
dimg2 'science/biochemistry/DENITRIFIKATION.jpg',
|
700
|
-
'https://i.imgur.com/0s2Tupy.jpg',
|
701
|
-
'mar1em mars4em round_black3'
|
702
|
-
br
|
703
|
-
e 'Die <b>Nitratatmung</b> ist eine Form der anaeroben Atmung, bei
|
704
|
-
der an Stelle von Sauerstoff <b>Nitrat</b> (<b>NO₃⁻</b>) als
|
705
|
-
terminaler Elektronenakzeptor dient.'
|
706
|
-
br
|
707
|
-
e 'Der Energiegewinn erfolgt hierbei durch eine oxidative Phosphorylierung
|
708
|
-
an einer Elektronentransportkette.'
|
709
|
-
br
|
710
|
-
e 'Der wichtigste Typ der Nitratatmung ist die <b>Denitrifikation</b>,
|
711
|
-
in der Nitrat (<b>NO₃⁻</b>) bis zum <b>molekularen Stickstoff</b> (N₂)
|
712
|
-
reduziert wird (durch Bakterien).'
|
713
|
-
br
|
714
|
-
e 'Der Vorteil der Nitratatmung liegt darin das Bakterien dies auch in
|
715
|
-
Lebensräumen umsetzen können, die keinen Sauerstoff bieten.'
|
716
|
-
br
|
717
|
-
e 'Ein Beispiel für ein denitrifizierendes Bakterium ist
|
718
|
-
<b>Pseudomonas stutzeri</b>. Solche Bakterien werden auch
|
719
|
-
<b>Denitrifizierer</b> genannt.'
|
720
|
-
br
|
721
|
-
e 'Die <b>Nitratatmung</b> ist somit <b>ein wesentlicher Bestandteil
|
722
|
-
des global Stickstoffkreislaufes</b>.'
|
723
|
-
br
|
724
|
-
e 'Ein Beispiel für <b>Denitrifikanten</b> sind die
|
725
|
-
<b>Pseudomonaden</b>. Auch unter den Propionibakterien
|
726
|
-
gibt es Bakterien die die Nitratatmung verwenden,
|
727
|
-
wie zum Beispiel <i>Thiobacillus denitrificans</i>.'
|
728
|
-
}
|
729
|
-
# ========================================================================= #
|
730
|
-
# === Fumarat- und aerobe Atmung vergleichen bezüglich Energie
|
731
|
-
# ========================================================================= #
|
732
|
-
fancy2 'Fumarat- und aerobe Atmung vergleichen bezüglich Energie'
|
733
|
-
p_default_le {
|
734
|
-
}
|
735
|
-
# ========================================================================= #
|
736
|
-
# === Glykolyse, PP-Weg
|
737
|
-
#
|
738
|
-
# Prüfungsfrage:
|
739
|
-
#
|
740
|
-
# Glykolyse, PP-Weg: alle Strukturformeln zeichnen, alle Enzyme
|
741
|
-
# benennen, Vergleich bezüglich ATP und NAD(P)H.
|
742
|
-
#
|
743
|
-
# ========================================================================= #
|
744
|
-
fancy2 'Glykolyse: alle Strukturformeln zeichnen, alle
|
745
|
-
Enzyme benennen, Vergleich bezüglich ATP und NAD(P)H.'
|
746
|
-
p_default_le {
|
747
|
-
e 'Die <b>Glykolyse</b> bei Prokaryoten:'
|
748
|
-
}
|
749
|
-
# ========================================================================= #
|
750
|
-
# === Cyanobakterien
|
751
|
-
# ========================================================================= #
|
752
|
-
fancy2 'Cyanobakterien'
|
753
|
-
p_default_le {
|
754
|
-
e 'Cyanobakterien sind einzigartig unter den Bakterien in dem Sinne
|
755
|
-
als das die meisten von ihnen die <b>Fähigkeit zur oxygenen
|
756
|
-
Photosynthese</b> besitzen.'
|
757
|
-
br
|
758
|
-
e 'Cyanobakterien besitzen meist blaues Phycocyanin und ihre Farbe ist
|
759
|
-
deshalb blaugrün - daher wurden sie früher <b>Blaualgen</b> genannt.'
|
760
|
-
br
|
761
|
-
e 'Cyanobakterien können die Richtung des Lichteinfalls wahrnehmen.'
|
762
|
-
br
|
763
|
-
e 'Etwa 2000 Arten von Cyanobakterien sind bekannt und benannt.'
|
764
|
-
br
|
765
|
-
e 'Cyanobakterien mit oxygener Photosynthese werden auch
|
766
|
-
<b>Oxyphotobacteria</b> genannt.'
|
767
|
-
}
|
768
|
-
# ========================================================================= #
|
769
|
-
# === (4) NADH und FAD⁺
|
770
|
-
#
|
771
|
-
# Prüfungsfrage hierzu ist:
|
772
|
-
#
|
773
|
-
# "NADH und FAD zeichnen, beschreiben, sowie den Reaktionsmechanismus
|
774
|
-
# erklären."
|
775
|
-
#
|
776
|
-
# ========================================================================= #
|
777
|
-
# http://localhost/programming/ruby/src/roebe/lib/roebe/www/mikrobielle_physiologie/mikrobielle_physiologie.cgi#fad%E2%81%BA
|
778
|
-
# ========================================================================= #
|
779
|
-
fancy1 'FAD⁺ und NADH - wichtige, biochemische Reaktionen'
|
780
|
-
div_default_le('mars2em') {
|
781
|
-
# ======================================================================= #
|
782
|
-
# === FADH₂
|
783
|
-
# ======================================================================= #
|
784
|
-
fancy2 'FADH<sub>2</sub>'
|
785
|
-
p_default_le {
|
786
|
-
dimg find_image(:FAD), 'mars3em'
|
787
|
-
br
|
788
|
-
e '<b>FAD⁺</b> (flavin adenine dinucleotide) can be
|
789
|
-
converted (via a reduction) into <b>FADH<sub>2</sub></b>.
|
790
|
-
Two H⁺ and two electrons (e−) have to be supplied here.'
|
791
|
-
br
|
792
|
-
e '<b>FADH<sub>2</sub></b> contains <b>stored energy</b>. Much of
|
793
|
-
the energy transfer in a biological cell involves redox reactions;
|
794
|
-
<b>FADH<sub>2</sub></b> is important in many of
|
795
|
-
these reactions. To use an analogy: <b>FADH<sub>2</sub></b> can
|
796
|
-
be assumed to work similar to a '+squote('<b>charged battery</b>')+'.'
|
797
|
-
br
|
798
|
-
e 'This reaction is reversible meaning that <b>FADH<sub>2</sub></b>
|
799
|
-
can be reoxidized back to <b>FAD⁺</b> again.'
|
800
|
-
br
|
801
|
-
e 'When <b>FADH<sub>2</sub></b> is reoxidized to FAD, two
|
802
|
-
molecules of ATP can be synthesized.'
|
803
|
-
br
|
804
|
-
e 'The <b>citric acid cycle</b> produces most of the
|
805
|
-
<b>FADH<sub>2</sub></b> in the cell.'
|
806
|
-
br
|
807
|
-
e 'FAD is derived from riboflavin (vitamin B2).'
|
808
|
-
}
|
809
|
-
# ======================================================================= #
|
810
|
-
# === NADH
|
811
|
-
# ======================================================================= #
|
812
|
-
fancy2 'NAD⁺'
|
813
|
-
p_default_le {
|
814
|
-
e '<b>NAD</b> steht für <b>Nicotinamidadenindinukleotid</b>.'
|
815
|
-
br
|
816
|
-
e 'Es überträgt formal ein Hydridion, also ein <b>H⁺ Proton</b>.'
|
817
|
-
br
|
818
|
-
e 'Enzyme die NADH verwenden:'
|
819
|
-
br
|
820
|
-
cmd 'Die Alkoholdehydrogenase (ADH)'
|
821
|
-
}
|
822
|
-
}
|
823
|
-
# =========================================================================== #
|
824
|
-
# === Phototrophie
|
825
|
-
# =========================================================================== #
|
826
|
-
# http://localhost/programming/ruby/src/roebe/lib/roebe/www/mikrobielle_physiologie/mikrobielle_physiologie.cgi#phototrophie
|
827
|
-
# =========================================================================== #
|
828
|
-
fancy1 'Phototrophie'
|
829
|
-
div_default_le('mars2em') {
|
830
|
-
p_default_le {
|
831
|
-
e 'Unter Phototrophie versteht man <b>die Nutzung von Licht
|
832
|
-
als Energiequelle</b>.'
|
833
|
-
br
|
834
|
-
e 'Anders formuliert wandeln <b>phototrophe Organismen</b> Lichtenergie
|
835
|
-
in chemische Energie um. Hierbei spielt, wenig überraschend,
|
836
|
-
das Licht der Sonne in unserem Solarsystem eine wesentliche Rolle,
|
837
|
-
als die wichtigste Energiequelle für das Leben auf dem Planeten
|
838
|
-
Erde generell.'
|
839
|
-
}
|
840
|
-
p_default_le {
|
841
|
-
e 'Was geschieht mit dieser chemischen Energie?'
|
842
|
-
br
|
843
|
-
e 'Diese Energie wird zum Aufbau eines Protonengradienten über
|
844
|
-
der Membran eingesetzt. Dieser Gradient wird anschließend
|
845
|
-
von der <b>ATP-Synthase</b> zur Erzeugung von ATP
|
846
|
-
(= Elektronentransportphosphorylierung) verwendet. Dies
|
847
|
-
wird auch <b>Photophosphorylierung</b> genannt.'
|
848
|
-
}
|
849
|
-
p_default_le {
|
850
|
-
e 'Eine Unterscheidung der phototrophen Organismen wird danach
|
851
|
-
getroffen, ob sie bei der Photosynthese Sauerstoff aus Wasser
|
852
|
-
freisetzen (= <b>oxygene Photosynthese</b>) oder eben nicht
|
853
|
-
(= <b>anoxygene Photosynthese</b>).'
|
854
|
-
br
|
855
|
-
e 'Cyanobakterien verwenden als einzige Bakterien Wasser
|
856
|
-
als Elektronendonator für ihre Biosynthesen.'
|
857
|
-
}
|
858
|
-
# ========================================================================= #
|
859
|
-
# === Die oxygene Photosynthese
|
860
|
-
# ========================================================================= #
|
861
|
-
fancy2 'Die oxygene Photosynthese'
|
862
|
-
p_default_le {
|
863
|
-
e 'Die <b>oxygene Photosynthese</b> wird von Cyanobakterien und grünen
|
864
|
-
Pflanzen durchgeführt.'
|
865
|
-
}
|
866
|
-
# ========================================================================= #
|
867
|
-
# === Die anoxygene Photosynthese
|
868
|
-
# ========================================================================= #
|
869
|
-
fancy2 'Die anoxygene Photosynthese'
|
870
|
-
p_default_le {
|
871
|
-
e 'Anoxygene Photosynthese ist bakterielle Photosynthese unter
|
872
|
-
anaeroben Bedingungen, in der <b>kein</b> molekularer Sauerstoff (O₂)
|
873
|
-
entsteht. Die Bakterien die diese Reaktion durchführen sind
|
874
|
-
<b>phototrophe Bakterien</b> - sie verwenden somit <b>Lichtenergie</b>
|
875
|
-
als Energiequelle.'
|
876
|
-
}
|
877
|
-
}
|
878
|
-
# ========================================================================= #
|
879
|
-
# === Die Carbonatatmung (dies ist Acetogenese und Methanogenese)
|
880
|
-
# ========================================================================= #
|
881
|
-
# http://localhost/programming/ruby/src/roebe/lib/roebe/www/mikrobielle_physiologie/mikrobielle_physiologie.cgi#die_carbonatatmung
|
882
|
-
# ========================================================================= #
|
883
|
-
fancy2 'Die Carbonatatmung'
|
884
|
-
p_default_le {
|
885
|
-
e 'Die <b>Carbonatatmung</b> ist ein chemolithotropher Energiestoffwechsel
|
886
|
-
obligat anaerober, wasserstoffoxidierender Bakterien. CO₂ kann als
|
887
|
-
Elektronenakzeptor fungieren - er ist zwar kein guter Elektronenakzeptor,
|
888
|
-
jedoch an anoxischen Standorten reichlich vorhanden.'
|
889
|
-
br
|
890
|
-
e 'Diese Bakterien verwenden <b>Carbonat</b> (CO₂, HCO3-) als
|
891
|
-
Elektronenakzeptor bei der <b>Oxidation von molekularem Wasserstoff</b>
|
892
|
-
(= Elektronendonor). <b>CO₂</b> wird hierbei zu organischen Molekülen
|
893
|
-
reduziert.'
|
894
|
-
br
|
895
|
-
e 'Bei den <b>acetogenen Bakterien</b> entsteht dabei <b>Acetat</b>.
|
896
|
-
Ein Beispiel für ein solches Bakterium ist
|
897
|
-
<i>Clostridium aceticum</i>.'
|
898
|
-
br
|
899
|
-
e 'Bei den <b>methanbildenden Archaea</b> - wie zum
|
900
|
-
Beispiel bei <i>Methanosarcina</i>, einem methanogenen
|
901
|
-
Archaeon - entsteht dabei <b>Methan</b> (= Methanogenese).
|
902
|
-
Hierbei werden nur zwei Substrate verwendet:
|
903
|
-
<b>Wasserstoff</b> oder </b>Acetat</b>.'
|
904
|
-
br
|
905
|
-
e 'Die Summenformel lautet:'
|
906
|
-
br
|
907
|
-
cmd 'CO₂ + 4H₂ '+chem_gleichgewicht+' CH₄ + 2H₂O'
|
908
|
-
br
|
909
|
-
e 'Der <b>Energiegewinn</b> (<b>ATP-Bildung</b>) erfolgt über einen
|
910
|
-
Protonen- oder einen Natriumgradienten durch eine
|
911
|
-
Elektronentransportphosphorylierung. Als Elektronenüberträger
|
912
|
-
fungiert bei den Methanogenen das Coenzym <b>Faktor F420</b>,
|
913
|
-
das durch seine Fluoreszenz bei UV-Bestrahlung
|
914
|
-
im Mikroskop erkennbar gemacht werden kann.'
|
915
|
-
br
|
916
|
-
e 'Wird die Art des Energiegewinns nicht berücksichtigt, kann
|
917
|
-
dieser Energiestoffwechsel auch als eine Form der
|
918
|
-
Essigsäuregärung beziehungsweise als Methangärung bezeichnet
|
919
|
-
werden.'
|
920
|
-
br
|
921
|
-
e 'Eine zusätzliche Carbonatatmung mit Wasserstoff als
|
922
|
-
Elektronendonor und Acetat sowie Buttersäure oder Formiat
|
923
|
-
als Endprodukt kann auch bei Butyribacterium- und Eubacterium-Arten
|
924
|
-
(sowie einigen Spirochäten im Termitendarm) stattfinden.'
|
925
|
-
br
|
926
|
-
selfy_newtab 'https://www.spektrum.de/lexikon/biologie-kompakt/carbonatatmung/2110',
|
927
|
-
css_class: COMMON_CSS_CLASS
|
928
|
-
}
|
929
|
-
# ========================================================================= #
|
930
|
-
# === Die alkoholische Gärung
|
931
|
-
# ========================================================================= #
|
932
|
-
fancy2 'Die alkoholische Gärung'
|
933
|
-
p_default_le {
|
934
|
-
}
|
935
|
-
# ========================================================================= #
|
936
|
-
# === Microbial growth
|
937
|
-
# ========================================================================= #
|
938
|
-
fancy2 'Microbial growth'
|
939
|
-
p_default_le {
|
940
|
-
e 'One factor limiting microbial growth is the finite supply of
|
941
|
-
nutrients.'
|
942
|
-
}
|
943
|
-
# ========================================================================= #
|
944
|
-
# === Der Phosphoketolase-Weg
|
945
|
-
# ========================================================================= #
|
946
|
-
fancy2 'Der Phosphoketolase-Weg'
|
947
|
-
p_default_le {
|
948
|
-
e 'Die <b>heterofermentativen Milchsäurebakterien</b> verwenden
|
949
|
-
den <b>Phosphoketolase-Weg</b>.'
|
950
|
-
br
|
951
|
-
e 'Das Schlüsselenzym dieses Stoffwechselwegs ist die
|
952
|
-
<b>Phosphoketolase</b>. Ihr Substrat - die C5-Verbindung
|
953
|
-
<one>Xylulose-5-Phosphat</one> - entsteht im <b>Phosphoketolase-Weg</b>.'
|
954
|
-
}
|
955
|
-
# ========================================================================= #
|
956
|
-
# === Autotrophs and Heterotrophs
|
957
|
-
# ========================================================================= #
|
958
|
-
fancy2 'Autotrophs and Heterotrophs'
|
959
|
-
p_default_le {
|
960
|
-
e 'Many microorganisms, such as the <a href="https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2215017X20306093">
|
961
|
-
phototrophic soil bacteria</a>, can use both heterotrophy and autotrophy
|
962
|
-
to gain energy.'
|
963
|
-
br
|
964
|
-
e '<b>Autotrophs</b> - such as cyanobacteria - assimilate CO₂ as a carbon
|
965
|
-
source. Autotrophs can be classified into chemoautotrophs
|
966
|
-
or photoautotrophs, depending on how they obtain energy.'
|
967
|
-
}
|
968
|
-
# ========================================================================= #
|
969
|
-
# === Fermentations
|
970
|
-
# ========================================================================= #
|
971
|
-
fancy2 'Fermentations'
|
972
|
-
p_default_le {
|
973
|
-
e 'This paragraph will keep track of some general information
|
974
|
-
pertaining to fermentations in bacteria.'
|
975
|
-
br
|
976
|
-
e 'Compared with respirations, fermentations are typically energetically
|
977
|
-
marginal.'
|
978
|
-
br
|
979
|
-
e 'Why is fermentation used by bacteria, then, if it is energetically
|
980
|
-
fairly inefficient?'
|
981
|
-
br
|
982
|
-
e 'There are several reasons for that. One is that many microbial
|
983
|
-
habitats are <b>anoxic</b> - that is, they lack oxygen. In such a
|
984
|
-
habitat bacteria simply can not make use of oxygen, quite
|
985
|
-
logically. So they need alternatives anyway.'
|
986
|
-
br
|
987
|
-
e 'An organism faces two major problems when it catabolizes organic
|
988
|
-
compounds for the purpose of energy conservation:'
|
989
|
-
br
|
990
|
-
cmd ' ATP synthesis'
|
991
|
-
cmd ' redox balance'
|
992
|
-
br
|
993
|
-
e 'In fermentations, ATP is typically synthesized by
|
994
|
-
<b>substrate-level phosphorylation</b>. Here, a phosphate bond is
|
995
|
-
transferred directly to ADP, in order to form ATP.'
|
996
|
-
}
|
997
|
-
# ========================================================================= #
|
998
|
-
# === Litotrophie
|
999
|
-
# ========================================================================= #
|
1000
|
-
fancy2 'Litotrophie'
|
1001
|
-
p_default_le {
|
1002
|
-
e '<b>Litotrophie</b> bezeichnet die Verwendung eines anorganischen
|
1003
|
-
Elektronendonors.'
|
1004
|
-
}
|
1005
|
-
# ========================================================================= #
|
1006
|
-
# === Slogans (slogans tag)
|
1007
|
-
# ========================================================================= #
|
1008
|
-
fancy1 'Slogans'
|
1009
|
-
p_default_le {
|
1010
|
-
e 'Catabolic reactions provide building blocks for anabolic reactions.'
|
1011
|
-
br
|
1012
|
-
e 'The remarkable plasticity of microbial genomes enables
|
1013
|
-
microorganisms <b>to adapt to new food sources</b>.'
|
1014
|
-
br
|
1015
|
-
e 'Learning how bacteria grow provides a window through which to view
|
1016
|
-
the core processes of life.'
|
1017
|
-
br
|
1018
|
-
e 'Energy, once obtained, must be converted to a form useful
|
1019
|
-
to the bacterial cell.'
|
1020
|
-
br
|
1021
|
-
e 'Ohne Mikroorganismen würde höheres Leben nicht existieren.'
|
1022
|
-
br
|
1023
|
-
e 'Mikroorganismen sind die effizientesten Biochemiker auf dem
|
1024
|
-
Planeten Erde.'
|
1025
|
-
br
|
1026
|
-
e 'Microbial genomes evolve in response to nutrient availability.'
|
1027
|
-
br
|
1028
|
-
e 'Microbes must overcome the problem of low nutrient concentrations
|
1029
|
-
in their natural environment - in particular in <b>lakes</b>.'
|
1030
|
-
br
|
1031
|
-
e 'Heterotrophs gain energy from degrading complex organic compounds -
|
1032
|
-
such as polysaccharides - to smaller compounds - such as glucose.'
|
1033
|
-
br
|
1034
|
-
e 'Mikroorganismen sind <b>Energiewandler</b>.'
|
1035
|
-
br
|
1036
|
-
e 'The energy stored in the proton motife force can be used directly
|
1037
|
-
to move nutrients into the cell via specific tansport proteins, to
|
1038
|
-
drive motors that rotate flagellar.'
|
1039
|
-
br
|
1040
|
-
e 'Novel strategies for anaerobic growth are a hallmark of
|
1041
|
-
prokaryotic diversity.'
|
1042
|
-
br
|
1043
|
-
e 'Die mikrobielle Physiologie beschäftigt sich mit der
|
1044
|
-
Energieumwandlung in Mikroorganismen.'
|
1045
|
-
br
|
1046
|
-
e 'Virtually any kind of molecule in our biosphere can yield
|
1047
|
-
energy for some kind of microbe.'
|
1048
|
-
br
|
1049
|
-
e 'Enzymes direct the transfer of energy onto carriers such
|
1050
|
-
as <b>ATP</b>.'
|
1051
|
-
br
|
1052
|
-
e 'Leben ist ein hoch organisierte Prozess: daher ist
|
1053
|
-
Energie unbedingt notwendig.'
|
1054
|
-
}
|
1055
|
-
}}
|