rdkit_chem 2025.09.3.1-x86_64-linux

data/lib/rdkit_chem/3.3.0/libRDKitMolInterchange.so

@@ -0,0 +1 @@
+libRDKitMolInterchange.so.1

data/lib/rdkit_chem/3.3.0/libRDKitMolInterchange.so.1

@@ -0,0 +1 @@
+libRDKitMolInterchange.so.1.2026.03.1pre

data/lib/rdkit_chem/3.3.0/libRDKitMolProcessing.so

@@ -0,0 +1 @@
+libRDKitMolProcessing.so.1

data/lib/rdkit_chem/3.3.0/libRDKitMolProcessing.so.1

@@ -0,0 +1 @@
+libRDKitMolProcessing.so.1.2026.03.1pre

data/lib/rdkit_chem/3.3.0/libRDKitMolStandardize.so

@@ -0,0 +1 @@
+libRDKitMolStandardize.so.1

data/lib/rdkit_chem/3.3.0/libRDKitMolStandardize.so.1

@@ -0,0 +1 @@
+libRDKitMolStandardize.so.1.2026.03.1pre

data/lib/rdkit_chem/3.3.0/libRDKitMolTransforms.so

@@ -0,0 +1 @@
+libRDKitMolTransforms.so.1

data/lib/rdkit_chem/3.3.0/libRDKitMolTransforms.so.1

@@ -0,0 +1 @@
+libRDKitMolTransforms.so.1.2026.03.1pre

data/lib/rdkit_chem/3.3.0/libRDKitO3AAlign.so

@@ -0,0 +1 @@
+libRDKitO3AAlign.so.1

data/lib/rdkit_chem/3.3.0/libRDKitO3AAlign.so.1

@@ -0,0 +1 @@
+libRDKitO3AAlign.so.1.2026.03.1pre

data/lib/rdkit_chem/3.3.0/libRDKitOptimizer.so

@@ -0,0 +1 @@
+libRDKitOptimizer.so.1

data/lib/rdkit_chem/3.3.0/libRDKitOptimizer.so.1

@@ -0,0 +1 @@
+libRDKitOptimizer.so.1.2026.03.1pre

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@@ -0,0 +1 @@
+libRDKitPartialCharges.so.1

data/lib/rdkit_chem/3.3.0/libRDKitPartialCharges.so.1

@@ -0,0 +1 @@
+libRDKitPartialCharges.so.1.2026.03.1pre

data/lib/rdkit_chem/3.3.0/libRDKitPubChemShape.so

@@ -0,0 +1 @@
+libRDKitPubChemShape.so.1

data/lib/rdkit_chem/3.3.0/libRDKitPubChemShape.so.1

@@ -0,0 +1 @@
+libRDKitPubChemShape.so.1.2026.03.1pre

data/lib/rdkit_chem/3.3.0/libRDKitRDChemDrawLib.so

@@ -0,0 +1 @@
+libRDKitRDChemDrawLib.so.1

data/lib/rdkit_chem/3.3.0/libRDKitRDChemDrawLib.so.1

@@ -0,0 +1 @@
+libRDKitRDChemDrawLib.so.1.2026.03.1pre

data/lib/rdkit_chem/3.3.0/libRDKitRDChemDrawReactionLib.so

@@ -0,0 +1 @@
+libRDKitRDChemDrawReactionLib.so.1

data/lib/rdkit_chem/3.3.0/libRDKitRDChemDrawReactionLib.so.1

@@ -0,0 +1 @@
+libRDKitRDChemDrawReactionLib.so.1.2026.03.1pre

data/lib/rdkit_chem/3.3.0/libRDKitRDGeneral.so

@@ -0,0 +1 @@
+libRDKitRDGeneral.so.1

data/lib/rdkit_chem/3.3.0/libRDKitRDGeneral.so.1

@@ -0,0 +1 @@
+libRDKitRDGeneral.so.1.2026.03.1pre

data/lib/rdkit_chem/3.3.0/libRDKitRDGeometryLib.so

@@ -0,0 +1 @@
+libRDKitRDGeometryLib.so.1

data/lib/rdkit_chem/3.3.0/libRDKitRDGeometryLib.so.1

@@ -0,0 +1 @@
+libRDKitRDGeometryLib.so.1.2026.03.1pre

data/lib/rdkit_chem/3.3.0/libRDKitRDStreams.so

@@ -0,0 +1 @@
+libRDKitRDStreams.so.1

data/lib/rdkit_chem/3.3.0/libRDKitRDStreams.so.1

@@ -0,0 +1 @@
+libRDKitRDStreams.so.1.2026.03.1pre

data/lib/rdkit_chem/3.3.0/libRDKitRGroupDecomposition.so

@@ -0,0 +1 @@
+libRDKitRGroupDecomposition.so.1

data/lib/rdkit_chem/3.3.0/libRDKitRGroupDecomposition.so.1

@@ -0,0 +1 @@
+libRDKitRGroupDecomposition.so.1.2026.03.1pre

data/lib/rdkit_chem/3.3.0/libRDKitRascalMCES.so

@@ -0,0 +1 @@
+libRDKitRascalMCES.so.1

data/lib/rdkit_chem/3.3.0/libRDKitRascalMCES.so.1

@@ -0,0 +1 @@
+libRDKitRascalMCES.so.1.2026.03.1pre

data/lib/rdkit_chem/3.3.0/libRDKitReducedGraphs.so

@@ -0,0 +1 @@
+libRDKitReducedGraphs.so.1

data/lib/rdkit_chem/3.3.0/libRDKitReducedGraphs.so.1

@@ -0,0 +1 @@
+libRDKitReducedGraphs.so.1.2026.03.1pre

data/lib/rdkit_chem/3.3.0/libRDKitRingDecomposerLib.so

@@ -0,0 +1 @@
+libRDKitRingDecomposerLib.so.1

data/lib/rdkit_chem/3.3.0/libRDKitRingDecomposerLib.so.1

@@ -0,0 +1 @@
+libRDKitRingDecomposerLib.so.1.2026.03.1pre

data/lib/rdkit_chem/3.3.0/libRDKitSLNParse.so

@@ -0,0 +1 @@
+libRDKitSLNParse.so.1

data/lib/rdkit_chem/3.3.0/libRDKitSLNParse.so.1

@@ -0,0 +1 @@
+libRDKitSLNParse.so.1.2026.03.1pre

data/lib/rdkit_chem/3.3.0/libRDKitScaffoldNetwork.so

@@ -0,0 +1 @@
+libRDKitScaffoldNetwork.so.1

data/lib/rdkit_chem/3.3.0/libRDKitScaffoldNetwork.so.1

@@ -0,0 +1 @@
+libRDKitScaffoldNetwork.so.1.2026.03.1pre

data/lib/rdkit_chem/3.3.0/libRDKitShapeHelpers.so

@@ -0,0 +1 @@
+libRDKitShapeHelpers.so.1

data/lib/rdkit_chem/3.3.0/libRDKitShapeHelpers.so.1

@@ -0,0 +1 @@
+libRDKitShapeHelpers.so.1.2026.03.1pre

data/lib/rdkit_chem/3.3.0/libRDKitSimDivPickers.so

@@ -0,0 +1 @@
+libRDKitSimDivPickers.so.1

data/lib/rdkit_chem/3.3.0/libRDKitSimDivPickers.so.1

@@ -0,0 +1 @@
+libRDKitSimDivPickers.so.1.2026.03.1pre

data/lib/rdkit_chem/3.3.0/libRDKitSmilesParse.so

@@ -0,0 +1 @@
+libRDKitSmilesParse.so.1

data/lib/rdkit_chem/3.3.0/libRDKitSmilesParse.so.1

@@ -0,0 +1 @@
+libRDKitSmilesParse.so.1.2026.03.1pre

data/lib/rdkit_chem/3.3.0/libRDKitSubgraphs.so

@@ -0,0 +1 @@
+libRDKitSubgraphs.so.1

data/lib/rdkit_chem/3.3.0/libRDKitSubgraphs.so.1

@@ -0,0 +1 @@
+libRDKitSubgraphs.so.1.2026.03.1pre

data/lib/rdkit_chem/3.3.0/libRDKitSubstructLibrary.so

@@ -0,0 +1 @@
+libRDKitSubstructLibrary.so.1

data/lib/rdkit_chem/3.3.0/libRDKitSubstructLibrary.so.1

@@ -0,0 +1 @@
+libRDKitSubstructLibrary.so.1.2026.03.1pre

data/lib/rdkit_chem/3.3.0/libRDKitSubstructMatch.so

@@ -0,0 +1 @@
+libRDKitSubstructMatch.so.1

data/lib/rdkit_chem/3.3.0/libRDKitSubstructMatch.so.1

@@ -0,0 +1 @@
+libRDKitSubstructMatch.so.1.2026.03.1pre

data/lib/rdkit_chem/3.3.0/libRDKitSynthonSpaceSearch.so

@@ -0,0 +1 @@
+libRDKitSynthonSpaceSearch.so.1

data/lib/rdkit_chem/3.3.0/libRDKitSynthonSpaceSearch.so.1

@@ -0,0 +1 @@
+libRDKitSynthonSpaceSearch.so.1.2026.03.1pre

data/lib/rdkit_chem/3.3.0/libRDKitTautomerQuery.so

@@ -0,0 +1 @@
+libRDKitTautomerQuery.so.1

data/lib/rdkit_chem/3.3.0/libRDKitTautomerQuery.so.1

@@ -0,0 +1 @@
+libRDKitTautomerQuery.so.1.2026.03.1pre

data/lib/rdkit_chem/3.3.0/libRDKitTrajectory.so

@@ -0,0 +1 @@
+libRDKitTrajectory.so.1

data/lib/rdkit_chem/3.3.0/libRDKitTrajectory.so.1

@@ -0,0 +1 @@
+libRDKitTrajectory.so.1.2026.03.1pre

data/lib/rdkit_chem/3.3.0/libRDKitcoordgen.so

@@ -0,0 +1 @@
+libRDKitcoordgen.so.1

data/lib/rdkit_chem/3.3.0/libRDKitcoordgen.so.1

@@ -0,0 +1 @@
+libRDKitcoordgen.so.1.2026.03.1pre

data/lib/rdkit_chem/3.3.0/libRDKitga.so

@@ -0,0 +1 @@
+libRDKitga.so.1

data/lib/rdkit_chem/3.3.0/libRDKitga.so.1

@@ -0,0 +1 @@
+libRDKitga.so.1.2026.03.1pre

data/lib/rdkit_chem/3.3.0/libRDKithc.so

@@ -0,0 +1 @@
+libRDKithc.so.1

data/lib/rdkit_chem/3.3.0/libRDKithc.so.1

@@ -0,0 +1 @@
+libRDKithc.so.1.2026.03.1pre

data/lib/rdkit_chem/3.3.0/libRDKitmaeparser.so

@@ -0,0 +1 @@
+libRDKitmaeparser.so.1

data/lib/rdkit_chem/3.3.0/libRDKitmaeparser.so.1

@@ -0,0 +1 @@
+libRDKitmaeparser.so.1.2026.03.1pre

data/lib/rdkit_chem/3.3.0/libRDKitpubchem_align3d.so

@@ -0,0 +1 @@
+libRDKitpubchem_align3d.so.1

data/lib/rdkit_chem/3.3.0/libRDKitpubchem_align3d.so.1

@@ -0,0 +1 @@
+libRDKitpubchem_align3d.so.1.2026.03.1pre

data/lib/rdkit_chem/version.rb

@@ -0,0 +1,4 @@
+module RDKitChem
+  VERSION = '2025.09.3'.freeze
+  GEMVERSION = VERSION + '.1'
+end

data/lib/rdkit_chem.rb

@@ -0,0 +1,32 @@
+# frozen_string_literal: true
+
+require 'rdkit_chem/version'
+
+# Try to load the native extension from multiple possible locations:
+# 1. Pre-compiled gem: lib/rdkit_chem/<ruby_version>/RDKitChem.so
+# 2. Source-compiled gem: rdkit_chem/lib/RDKitChem.so (legacy location)
+
+def find_rdkit_native_extension
+  ruby_version = "#{RUBY_VERSION.split('.')[0..1].join('.')}.0"
+
+  # Location 1: Pre-compiled gem (platform-specific)
+  precompiled_path = File.expand_path("rdkit_chem/#{ruby_version}", __dir__)
+  if File.directory?(precompiled_path)
+    return precompiled_path
+  end
+
+  # Location 2: Source-compiled gem (legacy rdkit_chem/lib/)
+  source_compiled_path = File.expand_path('../rdkit_chem/lib', __dir__)
+  if File.exist?(File.join(source_compiled_path, 'RDKitChem.so')) ||
+     File.exist?(File.join(source_compiled_path, 'RDKitChem.bundle'))
+    return source_compiled_path
+  end
+
+  raise LoadError, "Cannot find RDKitChem native extension. " \
+                   "Searched in:\n  - #{precompiled_path}\n  - #{source_compiled_path}"
+end
+
+native_path = find_rdkit_native_extension
+$LOAD_PATH.unshift(native_path) unless $LOAD_PATH.include?(native_path)
+
+require 'RDKitChem'

data/test/test_rdkit_chem.rb

@@ -0,0 +1,47 @@
+require 'test/unit'
+
+require 'rdkit_chem'
+
+class RDKitTest < Test::Unit::TestCase
+  def test_mol_from_smiles
+    smiles = 'CCO'  # ethanol
+    rw_mol = RDKitChem::RWMol.mol_from_smiles(smiles)
+    assert_not_nil(rw_mol)
+    assert_equal(3, rw_mol.get_num_atoms)
+  end
+
+  def test_mol_to_mol_block
+    smiles = 'CCO'  # ethanol
+    rw_mol = RDKitChem::RWMol.mol_from_smiles(smiles)
+    mdl = rw_mol.mol_to_mol_block(true, -1, false)
+    assert_not_nil(mdl)
+    assert(mdl.include?('V2000') || mdl.include?('V3000'))
+  end
+
+  def test_mol_from_mol_block
+    smiles = 'c1ccccc1'  # benzene
+    rw_mol = RDKitChem::RWMol.mol_from_smiles(smiles)
+    mdl = rw_mol.mol_to_mol_block(true, -1, false)
+
+    # Round-trip: mol block back to molecule
+    mol_from_block = RDKitChem::RWMol.mol_from_mol_block(mdl)
+    assert_not_nil(mol_from_block)
+    assert_equal(6, mol_from_block.get_num_atoms)
+  end
+
+  def test_mol_to_smiles
+    smiles = 'CCO'
+    rw_mol = RDKitChem::RWMol.mol_from_smiles(smiles)
+    output_smiles = RDKitChem.mol_to_smiles(rw_mol)
+    assert_not_nil(output_smiles)
+    assert_equal('CCO', output_smiles)
+  end
+
+  def test_cholesterol
+    # Cholesterol without chirality
+    smiles = 'CC(C)CCCC(C)C1CCC2C1(CCC3C2CC=C4C3(CCC(C4)O)C)C'
+    rw_mol = RDKitChem::RWMol.mol_from_smiles(smiles)
+    assert_not_nil(rw_mol)
+    assert_equal(28, rw_mol.get_num_atoms)  # C27H46O has 28 heavy atoms (27 C + 1 O)
+  end
+end