oddb2xml 2.0.6 → 2.0.7

checksums.yaml

@@ -1,15 +1,15 @@
 ---
 !binary "U0hBMQ==":
   metadata.gz: !binary |-
-    MDA5ZTJmMjQ1NzlhMWM0ZjE5YzY5NjA2NWFjNGFlYjQxMjI0NjIzYw==
+    MDg2MTM3NzVmZDE3MjhkNjg5ODc3Y2IxNGJkYzVmYTBhMTYyNGI2MQ==
   data.tar.gz: !binary |-
-    MmUxZWYwYTBiYjkyMjdiMGMzM2QwZjQwOWI5MTZjZTIxMmQ2YzhhYw==
+    MmM2ZjRlNzA5NTYwNWIzZDc0MTZmNjcwZDA1NWZkOGEyYzY2MDY2NQ==
 SHA512:
   metadata.gz: !binary |-
-    MDBiZDcyMzQyZTMzMDhiNDFmNGQxOTAwOTc2MjA1OTY4NjMyNzhiNWE3NzI4
-    ODVlM2RmMTg2MTRkODdjODhlM2ExNDVkOTUyOTgwZTM3MzY1MzA1Y2Q2MmRi
-    NjI4Zjc0OTlkM2M0NTIzMmZlOTlmYzcwMGQ0YTdlMTc5NjZiNjY=
+    Y2I2YTc2MjA0OTQ1MmFhMDEyZjBmNTZkY2IwMjVjNTg0MzQ1NzY4ZGRlYzIx
+    ZjY4OTAxNzRhMGVjYjU3OTMxYjg1YzVhNjQ0MmQzZTIxNzQwMzAyYTM2MDFj
+    M2ExZmFiZGU3NWRlN2U3YzBjOGE3MDNkMjJkMWQwNTAyNDViYjE=
   data.tar.gz: !binary |-
-    OGY4NThmMTRhNDVhY2ZlYzdmZmYwMThjMGY0NTM5MmJhYjMxYThjOTE4ZTUy
-    MmYwYzlhOWI5OTQ5OWQ0MDllMjk2YmM3OGY3YzUzMDE4MTM0YTYzOTRlY2Uz
-    NzM0NTQwZTlhOWQwZjMwZDlmMGYzMWM2ZmIzZDhlZjlmMDE1MjQ=
+    ZjJkZDk1ZjIzOTVlODQ2YWU3MWE0ZmZkMGM3NTMyMTA2ODNlZGJlOWViOTJm
+    OTYyOTdkMTc0ODkyNTViNjI1Y2YzZDhlOGUyOWE4YzZhNzMzODlkNmQ1M2Jj
+    YmMzODcwMWRjMjIwNGVlOTkzZWMyMTJhZjQ3NDhhZmMyNjQ0ZjA=

data/Gemfile.lock

@@ -1,7 +1,7 @@
 PATH
   remote: .
   specs:
-    oddb2xml (2.0.6)
+    oddb2xml (2.0.7)
       archive-tar-minitar (~> 0.5.2)
       mechanize (~> 2.5.1)
       nokogiri (~> 1.5.10)

data/History.txt

@@ -1,3 +1,16 @@
+=== 2.0.7 / 29.04.2015
+
+* parse swissmedic composition with the help of RubyGem parslet.
+** with extensive unit-tests (spec/composition_spec.rb and spec/parslet_spec.rb
+* new/changed fields when using --calc, e.g.
+** more_info
+** salts
+** dose_text if qty/unit is not normalized
+** chemical_substance is now represented as a normal substance
+** composition.label
+** composition.label_description
+** composition.correpond
+
 === 2.0.6 / 27.04.2015
 
 * Remove trailing spaces in names imported from ZurRose transfer.dat

data/dokumentation_calc.textile

@@ -13,34 +13,39 @@ h2. Syntax
 
 Die Syntax wird in einer Datei "compositions_syntax":https://raw.githubusercontent.com/ngiger/oddb2xml/master/lib/oddb2xml/compositions_syntax.rb beschrieben.
 
-* ratio:	Falls eine Zeile in der Zusammensetzung sow was wie @ratio: 1:10@ oder @ratio: 1:1.5-2.4@ enthält, wird das Feld "more_info" entsprechend gesetzt.
+- ratio := Falls eine Zeile in der Zusammensetzung sow was wie @ratio: 1:10@ oder @ratio: 1:1.5-2.4@ enthält, wird das Feld "more_info" entsprechend gesetzt.
 
-* Namen mit Zahlen. Beschloss dass @Glyceroli Monostearas 33-45@ eine Name und nicht Glyceroli Monostearas von 33 bis 45 von irgendwas ist.
+- Namen mit Zahlen := Beschloss dass @Glyceroli Monostearas 33-45@ eine Name und nicht Glyceroli Monostearas von 33 bis 45 von irgendwas ist.
 
-h2. Gebrauchte Abkürzungen und Schlüsselworte
+- Dosis := Häufig einfach, z.B. @5 mg@. Komplizierte Ausdrücke wie @2*10^9 CFU@, @9 g/L 5 ml@, @40-55@, @75/25@, @150 U.I. hFSH et 150 U.I. hLH@ oder @6.0 +/-1.2 µg/0.5 ml@ findet man auch.
+
+- chemical_substance := In der XML-Datei findet man die Substance welche im Swissmedic-Jargon via @corresp@ (u.ä) als eigentlicher Wirkstoff referenziert wird. 
 
-* q.s.
-* pro praeparatione
-* excipiens
-* pro compresso obducto
-* pro compresso
-* epro praeparatione
-* ad pulverem
-* pro charta
-* ad globulos
-* aqua ad iniectabilia q.s. ad solutionem
-* solvens (i.v.): aqua ad iniectabilia
-* ad solutionem
-* q.s. ad
-* aqua q.s. ad
-* saccharum ad
-* aether q.s.
-* aqua ad iniectabilia
-* q.s. pro praeparatione
-* ana partes
-* et oder @,@ trennen Substanzen
-* ut vorgehende Substanz wird via nachstehend aufgeführte Salze(e) aufgenommen
+h2. Gebrauchte Abkürzungen und Schlüsselworte
 
+- et alia  := es gibt noch andere Substanzen. Beispiel: 62504 Olanzapin Sandoz Solufilm 20 mg
+- et oder ,  := trennen Substanzen. Beispiel: 29555 NaCl 11,7 % B. Braun, Zusatzampullen zu Infusionslösungen
+- ut := vorgehende Substanz wird via nachstehend aufgeführte Salze(e) aufgenommen. Beispiel: 54749 Supradyn Vital 50+.
+- DER: :=  DrugEthanol Ratio
+- q.s. :=
+- pro praeparatione :=
+- excipiens :=
+- pro compresso obducto :=
+- pro compresso :=
+- epro praeparatione :=
+- ad pulverem :=
+- pro charta :=
+- ad globulos :=
+- aqua ad iniectabilia q.s. ad solutionem :=
+- solvens (i.v.): aqua ad iniectabilia :=
+- ad solutionem :=
+- q.s. ad :=
+- aqua q.s. ad :=
+- saccharum ad :=
+- aether q.s. :=
+- aqua ad iniectabilia :=
+- q.s. pro praeparatione :=
+- ana partes :=
 
 h2. Vorgeschlag für Bereinigung
 
@@ -48,3 +53,4 @@ h2. Vorgeschlag für Bereinigung
 * Corresp: als Label für Bestandteile
 * corresp. für zugehörende Substanz
 * @<@ durch @max.@ ersetzen (1 Mal)
+* @mind.@ durch @min.@ ersetzen, @min.@ kommt viel häufiger vor

data/lib/oddb2xml/builder.rb

@@ -1,4 +1,4 @@
-# encoding: utf-8
+  # encoding: utf-8
 
 require 'nokogiri'
 require 'oddb2xml/util'
@@ -31,7 +31,7 @@ module Oddb2xml
   'xmlns'             => 'http://wiki.oddb.org/wiki.php?pagename=Swissmedic.Datendeklaration',
   'CREATION_DATETIME' => Time.new.strftime('%FT%T%z'),
   'PROD_DATE'         => Time.new.strftime('%FT%T%z'),
-  'VALID_DATE'        => Time.new.strftime('%FT%T%z')
+  'VALID_DATE'        => Time.new.strftime('%FT%T%z'),
   }
   class Builder
     attr_accessor :subject, :index, :items, :flags, :lppvs,
@@ -632,6 +632,34 @@ module Oddb2xml
     end
 
     def build_calc
+      def emit_substance(xml, substance, emit_active=false)
+          xml.MORE_INFO substance.more_info if substance.more_info
+          xml.SUBSTANCE_NAME substance.name
+          xml.IS_ACTIVE_AGENT substance.is_active_agent if emit_active
+          if substance.dose
+            if substance.qty.is_a?(Float) or substance.qty.is_a?(Fixnum)
+              xml.QTY  substance.qty
+              xml.UNIT substance.unit
+            else
+              xml.DOSE_TEXT substance.dose.to_s
+            end
+          end
+          if substance.chemical_substance
+            xml.CHEMICAL_SUBSTANCE {
+              emit_substance(xml, substance.chemical_substance)
+            }
+          end
+          if substance.salts and substance.salts.size > 0
+            xml.SALTS {
+              substance.salts.each { |salt|
+                xml.SALT {
+                  emit_substance(xml, salt)
+                         }
+                                   }
+              }
+
+          end
+      end
       packungen_xlsx = File.join(Oddb2xml::WorkDir, "swissmedic_package.xlsx")
       idx = 0
       return unless File.exists?(packungen_xlsx)
@@ -649,7 +677,7 @@ module Oddb2xml
             seqnr               = "%02d" % row.cells[1].value.to_i
             if row_nr % 250 == 0
                 puts "#{Time.now}: At row #{row_nr} iksnr #{iksnr}";
-                $stdout.sync
+                $stdout.flush
             end
             no8                 = sprintf('%05d',row.cells[0].value.to_i) + sprintf('%03d',row.cells[10].value.to_i)
             name                = row.cells[2].value
@@ -688,22 +716,7 @@ module Oddb2xml
                     xml.LABEL composition.label if composition.label
                     xml.LABEL_DESCRIPTION composition.label_description if composition.label_description
                     xml.SUBSTANCES {
-                      composition.substances.each { |substance|
-                        xml.SUBSTANCE {
-                          xml.MORE_INFO substance.more_info.gsub('&gt','>').gsub('&amp', '&') if substance.more_info
-                          xml.SUBSTANCE_NAME substance.name
-                          xml.IS_ACTIVE_AGENT substance.is_active_agent
-                          if substance.unit
-                            xml.QTY  substance.qty
-                            xml.UNIT substance.unit
-                          end
-                          if substance.chemical_substance
-                            xml.CHEMICAL_SUBSTANCE  substance.chemical_substance.name
-                            xml.CHEMICAL_QTY        substance.chemical_substance.qty
-                            xml.CHEMICAL_UNIT       substance.chemical_substance.unit
-                          end
-                        }
-                      }
+                        composition.substances.each { |substance| xml.SUBSTANCE { emit_substance(xml, substance, true) }}
                     } if composition.substances
                   }
                 }

data/lib/oddb2xml/calc.rb

@@ -205,6 +205,7 @@ public
 
     def get_selling_units(part_from_name_C, pkg_size_L, einheit_M)
       begin
+        break_condition = (defined?(Pry) and false) # /5 x 2500 ml/.match(pkg_size_L))
         return pkg_size_to_int(pkg_size_L) unless part_from_name_C
         part_from_name_C = part_from_name_C.gsub(/[()]/, '_')
         Measurements.each{ |x|
@@ -212,6 +213,7 @@ public
                             puts "measurement in einheit_M #{einheit_M} matched: #{x}" if $VERBOSE
                             update_rule('measurement einheit_M')
                             @measure = x
+                            binding.pry if break_condition
                             return pkg_size_to_int(pkg_size_L, true)
                           end
                         }
@@ -220,12 +222,14 @@ public
                             puts "feste_form in #{part_from_name_C} matched: #{x}" if $VERBOSE
                             update_rule('feste_form name_C')
                             @measure = x
+                            binding.pry if break_condition
                             return pkg_size_to_int(pkg_size_L)
                           end
                           if einheit_M and x.eql?(einheit_M)
                             puts "feste_form in einheit_M #{einheit_M} matched: #{x}" if $VERBOSE
                             update_rule('feste_form einheit_M')
                             @measure = x
+                            binding.pry if break_condition
                             return pkg_size_to_int(pkg_size_L)
                           end
                         }
@@ -234,18 +238,21 @@ public
                             puts "liquid_form in #{part_from_name_C} matched: #{x}" if $VERBOSE
                             update_rule('liquid_form name_C')
                             @measure = x
+                            binding.pry if break_condition
                             return pkg_size_to_int(pkg_size_L, true)
                           end
                           if part_from_name_C and x.match(part_from_name_C.split(' ')[0])
                             puts "liquid_form in #{part_from_name_C} matched: #{x}" if $VERBOSE
                             update_rule('liquid_form first_part')
+                            binding.pry if break_condition
                             return pkg_size_to_int(pkg_size_L, true)
                           end
                           if einheit_M and x.eql?(einheit_M)
                             puts "liquid_form in einheit_M #{einheit_M} matched: #{x}" if $VERBOSE
                             update_rule('liquid_form einheit_M')
                             @measure = x
-                            return pkg_size_to_int(pkg_size_L, false)
+                            binding.pry if break_condition
+                            return pkg_size_to_int(pkg_size_L, Measurements.find{ |x| pkg_size_L.index(" #{x}")})
                           end
                         }
         Measurements.each{ |x|
@@ -253,9 +260,11 @@ public
                             puts "measurement in pkg_size_L #{pkg_size_L} matched: #{x}" if $VERBOSE
                             update_rule('measurement pkg_size_L')
                             @measure = x
+                            binding.pry if break_condition
                             return pkg_size_to_int(pkg_size_L, true)
                           end
                         }
+        binding.pry if break_condition
         puts "Could not find anything for name_C #{part_from_name_C} pkg_size_L: #{pkg_size_L} einheit_M #{einheit_M}" if $VERBOSE
         update_rule('unbekannt')
         return 'unbekannt'