mspire 0.5.0 → 0.6.1

This diff represents the content of publicly available package versions that have been released to one of the supported registries. The information contained in this diff is provided for informational purposes only and reflects changes between package versions as they appear in their respective public registries.
Files changed (107) hide show
  1. data/README.rdoc +24 -0
  2. data/Rakefile +51 -0
  3. data/VERSION +1 -0
  4. data/lib/cv/description.rb +18 -0
  5. data/lib/cv/param.rb +33 -0
  6. data/lib/cv.rb +3 -0
  7. data/lib/io/bookmark.rb +13 -0
  8. data/lib/merge.rb +7 -0
  9. data/lib/ms/cvlist.rb +76 -0
  10. data/lib/ms/digester.rb +245 -0
  11. data/lib/ms/fasta.rb +86 -0
  12. data/lib/ms/ident/peptide/db.rb +243 -0
  13. data/lib/ms/ident/peptide.rb +72 -0
  14. data/lib/ms/ident/peptide_hit/qvalue.rb +56 -0
  15. data/lib/ms/ident/peptide_hit.rb +26 -0
  16. data/lib/ms/ident/pepxml/modifications.rb +83 -0
  17. data/lib/ms/ident/pepxml/msms_pipeline_analysis.rb +70 -0
  18. data/lib/ms/ident/pepxml/msms_run_summary.rb +82 -0
  19. data/lib/ms/ident/pepxml/parameters.rb +14 -0
  20. data/lib/ms/ident/pepxml/sample_enzyme.rb +165 -0
  21. data/lib/ms/ident/pepxml/search_database.rb +49 -0
  22. data/lib/ms/ident/pepxml/search_hit/modification_info.rb +79 -0
  23. data/lib/ms/ident/pepxml/search_hit.rb +144 -0
  24. data/lib/ms/ident/pepxml/search_result.rb +35 -0
  25. data/lib/ms/ident/pepxml/search_summary.rb +92 -0
  26. data/lib/ms/ident/pepxml/spectrum_query.rb +85 -0
  27. data/lib/ms/ident/pepxml.rb +112 -0
  28. data/lib/ms/ident/protein.rb +33 -0
  29. data/lib/ms/ident/protein_group.rb +80 -0
  30. data/lib/ms/ident/search.rb +114 -0
  31. data/lib/ms/ident.rb +37 -0
  32. data/lib/ms/isotope/aa.rb +59 -0
  33. data/lib/ms/mascot.rb +6 -0
  34. data/lib/ms/mass/aa.rb +79 -0
  35. data/lib/ms/mass.rb +55 -0
  36. data/lib/ms/mzml/index_list.rb +98 -0
  37. data/lib/ms/mzml/plms1.rb +34 -0
  38. data/lib/ms/mzml.rb +197 -0
  39. data/lib/ms/obo.rb +38 -0
  40. data/lib/ms/plms1.rb +156 -0
  41. data/lib/ms/quant/qspec/protein_group_comparison.rb +22 -0
  42. data/lib/ms/quant/qspec.rb +112 -0
  43. data/lib/ms/spectrum.rb +154 -8
  44. data/lib/ms.rb +3 -10
  45. data/lib/msplat.rb +2 -0
  46. data/lib/obo/ims.rb +5 -0
  47. data/lib/obo/ms.rb +7 -0
  48. data/lib/obo/ontology.rb +41 -0
  49. data/lib/obo/unit.rb +5 -0
  50. data/lib/openany.rb +23 -0
  51. data/lib/write_file_or_string.rb +18 -0
  52. data/obo/ims.obo +562 -0
  53. data/obo/ms.obo +11677 -0
  54. data/obo/unit.obo +2563 -0
  55. data/spec/ms/cvlist_spec.rb +60 -0
  56. data/spec/ms/digester_spec.rb +351 -0
  57. data/spec/ms/fasta_spec.rb +100 -0
  58. data/spec/ms/ident/peptide/db_spec.rb +108 -0
  59. data/spec/ms/ident/pepxml/sample_enzyme_spec.rb +181 -0
  60. data/spec/ms/ident/pepxml/search_hit/modification_info_spec.rb +37 -0
  61. data/spec/ms/ident/pepxml_spec.rb +442 -0
  62. data/spec/ms/ident/protein_group_spec.rb +68 -0
  63. data/spec/ms/mass_spec.rb +8 -0
  64. data/spec/ms/mzml/index_list_spec.rb +122 -0
  65. data/spec/ms/mzml/plms1_spec.rb +62 -0
  66. data/spec/ms/mzml_spec.rb +50 -0
  67. data/spec/ms/plms1_spec.rb +38 -0
  68. data/spec/ms/quant/qspec_spec.rb +25 -0
  69. data/spec/msplat_spec.rb +24 -0
  70. data/spec/obo_spec.rb +25 -0
  71. data/spec/spec_helper.rb +25 -0
  72. data/spec/testfiles/ms/ident/peptide/db/uni_11_sp_tr.fasta +69 -0
  73. data/spec/testfiles/ms/ident/peptide/db/uni_11_sp_tr.msd_clvg2.min_aaseq4.yml +728 -0
  74. data/spec/testfiles/ms/mzml/j24z.idx_comp.3.mzML +271 -0
  75. data/spec/testfiles/ms/mzml/openms.noidx_nocomp.12.mzML +330 -0
  76. data/spec/testfiles/ms/quant/kill_extra_tabs.rb +13 -0
  77. data/spec/testfiles/ms/quant/max_quant_output.provenance.txt +15 -0
  78. data/spec/testfiles/ms/quant/max_quant_output.txt +199 -0
  79. data/spec/testfiles/ms/quant/pdcd5_final.killedextratabs.tsv +199 -0
  80. data/spec/testfiles/ms/quant/pdcd5_final.killedextratabs.tsv_qspecgp +199 -0
  81. data/spec/testfiles/ms/quant/pdcd5_final.killedextratabs.tsv_qspecgp.csv +199 -0
  82. data/spec/testfiles/ms/quant/pdcd5_final.txt +199 -0
  83. data/spec/testfiles/ms/quant/pdcd5_final.txt_qspecgp +0 -0
  84. data/spec/testfiles/ms/quant/pdcd5_lfq_qspec.CSV.csv +199 -0
  85. data/spec/testfiles/ms/quant/pdcd5_lfq_qspec.csv +199 -0
  86. data/spec/testfiles/ms/quant/pdcd5_lfq_qspec.oneprot.csv +199 -0
  87. data/spec/testfiles/ms/quant/pdcd5_lfq_qspec.oneprot.tsv +199 -0
  88. data/spec/testfiles/ms/quant/pdcd5_lfq_qspec.oneprot.tsv_qspecgp +199 -0
  89. data/spec/testfiles/ms/quant/pdcd5_lfq_qspec.oneprot.tsv_qspecgp.csv +199 -0
  90. data/spec/testfiles/ms/quant/pdcd5_lfq_qspec.txt +199 -0
  91. data/spec/testfiles/ms/quant/pdcd5_lfq_tabdel.txt +134 -0
  92. data/spec/testfiles/ms/quant/pdcd5_lfq_tabdel.txt_qspecgp +134 -0
  93. data/spec/testfiles/ms/quant/remove_rest_of_proteins.rb +13 -0
  94. data/spec/testfiles/ms/quant/unlog_transform.rb +13 -0
  95. data/spec/testfiles/plms1/output.key +0 -0
  96. metadata +157 -40
  97. data/README +0 -77
  98. data/changelog.txt +0 -196
  99. data/lib/ms/calc.rb +0 -32
  100. data/lib/ms/data/interleaved.rb +0 -60
  101. data/lib/ms/data/lazy_io.rb +0 -73
  102. data/lib/ms/data/lazy_string.rb +0 -15
  103. data/lib/ms/data/simple.rb +0 -59
  104. data/lib/ms/data/transposed.rb +0 -41
  105. data/lib/ms/data.rb +0 -57
  106. data/lib/ms/format/format_error.rb +0 -12
  107. data/lib/ms/support/binary_search.rb +0 -126
data/spec/testfiles/ms/quant/pdcd5_final.killedextratabs.tsv_qspecgp ADDED
@@ -0,0 +1,199 @@
1
+ Protein S0 S0 S0 S1 S1 S1 BayesFactor FoldChange RBstat FDR FLAG
2
+ P16104 0 3127500 0 3349700 0 3955800 714580661110988476533542769131520.000 1.960 49999999999999380739261896366628077987922979061760.000 0.00000
3
+ P04406 1882800 1859500 1506300 1979000 2452600 1807200 243467336181116162114980294374231715827994573313530658816.000 0.167 33501522136501663685020336100214486880097235107840.000 0.00000 *
4
+ P29590 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.048 1.00000
5
+ A5JHP3 3112200 3600800 0 2846600 2778000 1952100 inf 6.211 72435742586630172581045364797251798727594069721088.000 0.00000
6
+ Q92794 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.002 1.00000
7
+ A5YM50 5001100 5075900 5510700 1471500 1210600 1314500 inf -1.370 16995528203565696332490952348560182607962395639808.000 0.00000
8
+ Q14315 145400 0 0 0 0 0 2378.454 -4.262 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
9
+ A6NE09 796100 1135000 630400 540350 383290 0 inf -5.870 69749863796660815608650081119042350758816649314304.000 0.00000
10
+ B4DUT8 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.005 1.00000
11
+ P30044 1030700 1131000 549830 365390 264240 416620 8690972816557522946430141842228779455580803761681157272955842134849230536264558015350147094727908220450991430879958125302837583305114593210497703115115277131803627310870117039818568374724773939085209697961225984285704812667955817773049982222336.000 -0.888 36144061311691970653040218103606689745791453495296.000 0.00000
12
+ A6NHL2 0 0 0 0 0 102130 29878.231 4.231 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
13
+ Q8NI27 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.029 1.00000
14
+ A8K0T9 0 633920 519980 0 0 0 70909196213125.203 -6.296 33333333333333924336900580977760234554572301926400.000 0.00000
15
+ B2R8N1 0 0 0 0 0 86932 0.056 3.820 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 1.00000
16
+ A8K220 4813300 5493500 5461500 2358500 2628700 2571500 inf -0.734 16667800144865606904098487800760006613576468922368.000 0.00000
17
+ A8K2X8 2850800 2685500 2132900 192000000 240000000 171000000 inf 4.314 53723410301466546689112222798772433124352958922752.000 0.00000
18
+ A8K3K1 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.008 1.00000
19
+ A8K4I2 1780900 1763400 2435200 2505700 2418600 1841500 267690271931616615989248.000 0.125 34461131783743819415088489479822025256215588634624.000 0.00000 *
20
+ Q99615 0 314930 0 0 0 0 1973.818 -3.860 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
21
+ B4DSZ4 753570 709090 853490 432820 607680 719270 59233279183452202669909985651167442189607606667819841368948809584707445186557207767941120.000 -0.321 30629370507868519636463953043467868291240082538496.000 0.00000 *
22
+ A8K4Z4 232370 0 0 0 0 0 9.528 -4.289 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
23
+ Q59EJ3 1357200 853930 1220600 976420 1042600 1089000 12064.274 -0.061 33333333051715975781370238460158931507025937432576.000 0.00000 *
24
+ A8K5T7 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.036 1.00000
25
+ Q59EM9 34000000 34200000 40000000 21800000 25700000 18200000 inf -0.513 67717775303389545052599750218309320172597051129856.000 0.00000
26
+ Q3ZCU9 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.030 1.00000
27
+ Q05D08 784750 836410 733370 0 0 0 inf -6.681 17542995471769469608149044503170400726245701582848.000 0.00000
28
+ Q14240-2 1282200 0 426680 0 0 0 3109251901440.471 -5.992 33333333333333924336900580977760234554572301926400.000 0.00000
29
+ Q59HD4 7939400 8562200 6582200 3950700 4083600 4896600 inf -0.577 50000000023108933674823478016378642159243370692608.000 0.00000
30
+ Q9UBL6 0 0 198770 0 0 0 0.000 -3.945 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 1.00000
31
+ Q13561-2 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.025 1.00000
32
+ A8K9C4 38400000 36700000 22300000 28400000 31900000 25300000 235170260337963722344681533424944005255020175006859828076398694511935488.000 -0.077 83333333333334063151503823429222077994959347122176.000 0.00000 *
33
+ A8KAH7 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.031 1.00000
34
+ A8KAY2 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.007 1.00000
35
+ Q9H2G2 995140 0 0 0 0 0 0.273 -4.331 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 1.00000
36
+ A8MVA2 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.009 1.00000
37
+ C9JS35 857630 778960 594680 416270 367050 507520 281959877381486465533098032118699449594148660244845179152212580735709216738581967862409494257057115471225226758030723182272954815840401357804686868855231032944026288390144.000 -0.542 16674501767084654707429774563289012288447435505664.000 0.00000
38
+ A8MXP9 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.019 1.00000
39
+ C9JE52 3521000 3062500 2439300 1483400 1269100 1887500 inf -0.666 65983595144041120037072829848918164113747397836800.000 0.00000
40
+ E7EX29 923330 1047200 912800 509960 386420 568980 inf -0.706 193313737896321062807193355710737086682914357248.000 0.00000
41
+ Q13148-2 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.027 1.00000
42
+ P10599 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.024 1.00000
43
+ B2R4M6 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.026 1.00000
44
+ B2R4P2 3759700 3504700 2037900 2387500 0 1664900 inf -6.322 99440144811503034970158625522853711867067615936512.000 0.00000
45
+ E9PAV3 813260 946300 1042700 699550 952370 0 inf -5.336 51693111116183930114857313683774796737358250115072.000 0.00000
46
+ B2R4R0 0 1745400 2019100 1988700 4016200 1970600 inf 6.520 65791681685749012903052729141537090980240290742272.000 0.00000
47
+ B2R4R9 2697800 2702900 2926900 3129900 1637000 2230100 2952440505127706687817624051670864663782497108396233509222614104849221314023465414132110928337778510467819075721494528.000 -0.241 33333335069550560744146071995921382018084667129856.000 0.00000 *
48
+ B2R4U3 783040 730140 462770 261640 205580 0 inf -5.705 56358405446652427555792171450158079446167490396160.000 0.00000
49
+ B2R679 9092100 7857500 7716400 5969300 5192500 6149100 inf -0.355 33967674696529890244315808440091500463600527474688.000 0.00000 *
50
+ B2R9K8 1184600 1043300 1017100 248000000 255000000 207000000 inf 5.269 63367474747236944076638003455964296465241134333952.000 0.00000
51
+ B2R9U2 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.043 1.00000
52
+ B2RBR9 413290 317530 0 254980 179400 0 37645903.015 -0.091 66666666666667848673801161955520469109144603852800.000 0.00000 *
53
+ P10809 16000000 16400000 16700000 11400000 10200000 11600000 inf -0.397 17247788956226908184052824409425668181372700721152.000 0.00000 *
54
+ B3KM68 651580 602770 514910 0 0 0 inf -6.858 38518720018108444791859678483145410225935220736.000 0.00000
55
+ B3KNA8 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.012 1.00000
56
+ B3KUH0 136450 244860 0 0 0 0 194.255 -5.515 33333333333333924336900580977760234554572301926400.000 0.00000
57
+ B3KW39 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.018 1.00000
58
+ E9PDP1 776940 734110 732040 339030 316890 433720 inf -0.751 7674060075552372376552370869773211110071829790720.000 0.00000
59
+ P04350 0 329830 582730 0 0 0 1.037 -5.094 33333333333333924336900580977760234554572301926400.000 0.00000
60
+ P32119 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.024 1.00000
61
+ Q15417 740000 525400 372480 0 414700 593000 inf -5.472 66866875353411291309843216208094133048494411218944.000 0.00000
62
+ P08238 2984300 2963600 3347600 1751800 947290 1812900 inf -0.807 64080101952161083932262109946285525688792802918400.000 0.00000
63
+ D3DPU2 3367400 3092300 3118900 2308800 2012100 2111800 inf -0.400 296016422768755842923101578350553835358560190464.000 0.00000 *
64
+ Q53FR9 0 311260 0 0 0 0 3.955 -4.262 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
65
+ P61086 0 0 0 0 0 267100 143.720 4.617 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
66
+ P17812 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.007 1.00000
67
+ P27348 546290 0 0 0 0 276340 0.000 -0.156 33333333333333924336900580977760234554572301926400.000 1.00000
68
+ B5ME63 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.023 1.00000
69
+ Q53G16 456880 0 0 0 0 0 0.751 -4.416 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 1.00000
70
+ E9PCF5 2119600 1936300 1584900 1064600 1600300 1004800 44845393060064657535373686897538498965469371514064897198218129608018942961506180170124217311399748851103345070791577686080909002026832519364872805770410611375461368240595106090589791006688383571415566838788117328581703499776.000 -0.463 47106304921306613128542136503774618266558489690112.000 0.00000
71
+ Q14103 1501200 1620700 1181400 896220 1018800 1131900 278808064718236711172807941733709439750892026287738564222297436733525100731610723566136600999636762908953879254577203380710333002490576896.000 -0.336 22286363138429616814024106318359614816613304369152.000 0.00000 *
72
+ D3DUS9 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.012 1.00000
73
+ B4DVC9 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.031 1.00000
74
+ B4DVM6 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.044 1.00000
75
+ P25685 0 0 0 464230 0 0 3.096 4.289 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
76
+ Q15785 645960 667710 575750 0 0 0 inf -6.643 3933511521838456503242034480583915940215514988544.000 0.00000
77
+ B4DZF2 0 189750 0 0 0 0 279896198.998 -4.077 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
78
+ Q9Y371-2 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.032 1.00000
79
+ Q7L2H7 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.051 1.00000
80
+ P28066 0 0 73829 0 0 0 0.692 -3.922 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 1.00000
81
+ B5BTY7 3784000 4302400 4025400 177000000 183000000 196000000 inf 3.819 41405284814847480876852084512619686365654209789952.000 0.00000
82
+ B5BU32 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.052 1.00000
83
+ B5BU38 2157000 1936500 1909000 336810 503400 0 inf -5.448 50213068438393125481567690835358704529018007322624.000 0.00000
84
+ Q8N6T3-2 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.021 1.00000
85
+ E7EQR4 509680 517000 378700 0 0 0 inf -7.147 10668043104494096400005547316358004746529716305920.000 0.00000
86
+ B7Z6F8 465640 0 0 0 0 0 71526743.773 -4.173 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
87
+ B7Z7B4 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.049 1.00000
88
+ Q9NVD7 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.030 1.00000
89
+ E9PAN3 604580 734700 1237600 0 765150 675700 inf -5.948 66476006077831586525608592515820250580454058491904.000 0.00000
90
+ B7ZLS9 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.059 1.00000
91
+ P22626 1302400 1059700 517610 819140 1239200 878680 17674105600887790.000 0.136 50000000062555435984735587689640246431887946416128.000 0.00000 *
92
+ C7DJS2 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.045 1.00000
93
+ Q15942 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.035 1.00000
94
+ Q9BUL8 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.046 1.00000
95
+ E9PC16 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.005 1.00000
96
+ P18085 7527000 7354300 6218500 5071900 3495800 4739100 inf -0.483 54632160331710772128510516720637557638211240460288.000 0.00000
97
+ P12318 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.023 1.00000
98
+ D3DQ70 0 0 0 0 0 181280 0.232 4.054 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 1.00000
99
+ Q53F37 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.046 1.00000
100
+ D6W4Z6 1370900 1373500 1233400 800030 696130 1221900 4797006679349917923603006897560488904404879888427843644082665599226060065521157465050721988431068572171320429548337434188825550635131403410455408373383434527833759239242350428769946971838681274334455005184.000 -0.439 16709234948259997639300311098852616711061788164096.000 0.00000
101
+ P15924 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.014 1.00000
102
+ E2QRA8 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.016 1.00000
103
+ E5KN55 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.035 1.00000
104
+ E7ETK2 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.010 1.00000
105
+ Q8TAT6-2 816100 1191100 389660 303350 0 0 inf -6.844 49999999999999380739261896366628077987922979061760.000 0.00000
106
+ Q9H0U4 15600000 16600000 14000000 6686500 6534400 5430400 inf -0.912 55888747844044442071554915492063684859824225386496.000 0.00000
107
+ E9KL23 1196500 0 0 731330 0 0 47499.806 -0.023 33333333333333924336900580977760234554572301926400.000 0.00000 *
108
+ E9KL35 7051000 7414300 9873500 4798100 4842600 4503000 inf -0.519 33286511900867464350930526655792557399440101474304.000 0.00000
109
+ E9KL39 10100000 9778700 8597400 5759400 4165800 6351000 inf -0.590 62948730155702202831198149889834200843952257499136.000 0.00000
110
+ P37235 0 0 0 0 0 76806 153.832 3.710 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
111
+ E9PDH9 789120 811600 466560 0 332980 0 inf -6.578 33333351248161122777684887855615938429503710167040.000 0.00000
112
+ Q15046-2 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.036 1.00000
113
+ Q8WUD1 794930 860200 572810 0 0 0 inf -7.563 16671739783318740810376684469384005927667486425088.000 0.00000
114
+ Q9UHX1 0 0 0 49865 0 0 14.789 4.448 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
115
+ E9PK25 5682500 5493200 5408000 3529100 2551800 2571800 inf -0.683 16666666666667003706825158767501145521256784723968.000 0.00000
116
+ O14737 2142100 1530400 3094400 457000000 488000000 407000000 inf 5.124 68676497733769986918676125616474002665536745373696.000 0.00000
117
+ O43175 2265000 1886800 1529100 1038500 1030800 954760 inf -0.611 33333333333333924336900580977760234554572301926400.000 0.00000
118
+ O60493 1147000 1297900 1052200 541670 0 0 inf -6.248 29372918947096749992053133877089381723105990279168.000 0.00000
119
+ O60664 7368000 7247500 7819800 4234500 4447100 3112000 inf -0.672 39601235850715882349496851133127926335962328596480.000 0.00000
120
+ O75340 0 0 0 0 157040 0 0.214 4.131 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 1.00000
121
+ P04632 7669800 7813800 9810200 3620800 3328300 3947000 inf -0.834 35884599993360441936198759705388166317026939240448.000 0.00000
122
+ P04792 11600000 10300000 7972700 6745100 6949000 5823200 inf -0.408 51180618924695772511838833540799068746006285778944.000 0.00000
123
+ P05109 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.021 1.00000
124
+ P05198 797210 894290 1117400 972550 765170 668020 244553045603820588268257280.000 -0.160 33333333607504841892264781108452187363920060612608.000 0.00000 *
125
+ P05387 3363800 2807000 2574000 1647800 2061500 1292400 inf -0.587 53653858587254149001496511374745663031524039065600.000 0.00000
126
+ P06733 1099900 1034500 1206800 0 691310 662350 inf -5.118 50000000000000097276228374172840815196416411435008.000 0.00000
127
+ P07355-2 42800000 39900000 38000000 17900000 16700000 17300000 inf -0.843 44302943932664095757651118728857752733993102475264.000 0.00000
128
+ P07384 2894900 2823400 3425100 1045600 983840 723220 inf -1.224 33335588382674787985700470733344071731083837702144.000 0.00000
129
+ P07437 23900000 25300000 24500000 7902000 7262200 9093100 inf -1.127 47838816062114643175722396196983661791576363892736.000 0.00000
130
+ P07737 1409100 1540700 0 866250 961770 828460 inf 4.921 49999999999999432662230481714904363292886271262720.000 0.00000
131
+ P07900-2 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.026 1.00000
132
+ P08758 850110 658370 542090 320980 293530 618820 30675029948889759829203936794719392652606165950155781315276024684197408897509833315783898362093248502284711286761650771349373053056028077153320960.000 -0.585 34648041886533872772762081559931055434428296724480.000 0.00000
133
+ P09211 6221700 5749200 5390900 5594900 5155400 3979100 138633424743314169638299297743215730270875168656228359490529223312216985671932391981524613450638600086013391799371096585535496388608.000 -0.182 51163111126084163016727571523413756221755966357504.000 0.00000 *
134
+ P09382 36500000 36900000 32700000 19100000 16400000 17500000 inf -0.695 66706010498047368809603807208305298849525770747904.000 0.00000
135
+ P09651 983260 981410 1005400 647380 543760 649190 29406721812091800624398665940659876498666702125823481368412615015416341474800388663786418027516284644541779551452506872234605731972939984747264532449272243616220859980320414099857991435256230849492992956480326953113599629734250725371286110373733750055161623868342272.000 -0.499 145214467514018957989089640448.000 0.00000
136
+ P11142 12800000 12400000 16900000 12200000 10500000 9269400 inf -0.269 66666666671640978681937234509850693188308319600640.000 0.00000 *
137
+ P11586 809000 1529900 1314500 0 565790 0 inf -6.888 49999999999999432662230481714904363292886271262720.000 0.00000
138
+ P12273 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.032 1.00000
139
+ P13639 14700000 15000000 12700000 5826900 4843900 5074400 inf -0.991 47606726869167567452087421822866321148376894144512.000 0.00000
140
+ P14174 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.015 1.00000
141
+ P14618 4927700 5118500 3815900 3396500 2748800 3061500 inf -0.401 64371961153868122583017278927829131469317455478784.000 0.00000 *
142
+ P17987 236900 133650 387300 186000000 189000000 169000000 inf 6.016 72413402043530008320483416729590308185060126228480.000 0.00000
143
+ P18206 2256000 2097300 1002600 356300 668020 615240 inf -1.131 78018594929297948979978325529414309254480755949568.000 0.00000
144
+ P20290 544720 448520 466660 0 0 341030 inf -5.767 16666666702917600569637355221953572528799428378624.000 0.00000
145
+ P22314 0 0 0 0 116090 0 94.141 4.274 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
146
+ P25398 12300000 13500000 15900000 9807100 12700000 8486100 inf -0.314 66666666666667848673801161955520469109144603852800.000 0.00000 *
147
+ Q9BUQ0 837270 1090600 1069100 734290 507680 547770 1194570391104606160517283375256606985510800238523531381366137375704122598134900070158533759663815956935640695745169470042445621237943846426291403252870306500243033553806135341525570929808460952371200.000 -0.529 29084116138582389410472197966157541743978184966144.000 0.00000
148
+ P30050 756090 613930 888850 787010 695040 545070 69469117078.576 -0.108 27702552606993735183029417237958094999252927250432.000 0.00000 *
149
+ P31151 2788400 2012400 0 0 0 0 1676240157127188260763861219552259309830144.000 -5.976 33333333333333924336900580977760234554572301926400.000 0.00000
150
+ P31949 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.093 1.00000
151
+ P35754 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.030 1.00000
152
+ P46060 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.032 1.00000
153
+ P48643 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.033 1.00000
154
+ Q59H77 801220 838360 617780 221000000 257000000 203000000 inf 5.507 58799654004176709463060450080669818525207280746496.000 0.00000
155
+ P50990 5486400 6213000 4762200 247000000 294000000 243000000 inf 3.839 80203173272994573565774278138686792396280051007488.000 0.00000
156
+ P50991 316140 669700 402670 168000000 166000000 145000000 inf 5.566 79430231585691066296376685031193288643991354474496.000 0.00000
157
+ P51148 5627300 5928800 7306500 3236100 3495900 2800200 inf -0.680 64514134685964005148004735945810100413525162721280.000 0.00000
158
+ P51149 3908200 3831500 3285700 1342800 1180700 1699900 inf -0.975 39968595076689506516146248156401225480241909071872.000 0.00000
159
+ P61026 2269400 4215200 0 1057400 1608700 1547000 inf 5.931 56178442571086164527503281972928827715053263257600.000 0.00000
160
+ P61088 3804700 3459800 3842900 1995500 1899000 1899400 inf -0.648 646834675299610539844313676510205919875632726016.000 0.00000
161
+ P61106 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.022 1.00000
162
+ P61204 2825200 2823200 2142900 3192000 2376500 2759600 9301323159541438464.000 0.070 50000000000000336121883866774911727599247555559424.000 0.00000 *
163
+ P61289-2 5778000 5644700 5755500 3213100 2554200 2895200 inf -0.696 32997983997991926708113992915005039999252644757504.000 0.00000
164
+ Q5VXS0 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.035 1.00000
165
+ P62258 0 0 0 0 53143 0 767.243 3.674 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
166
+ P68371 474770 452670 406290 141190 129140 0 inf -4.736 49999999999999380739261896366628077987922979061760.000 0.00000
167
+ Q01995 4170700 4082900 5722900 2580200 3003700 2162300 inf -0.585 51067718270429658240947844577093675760827395735552.000 0.00000
168
+ Q02413 556540 637900 367710 0 0 0 inf -7.655 20271078208800790490980901709810011531491246342144.000 0.00000
169
+ Q06323 8717600 8575200 8698300 5184000 5056100 5162200 inf -0.524 9016479286107543961600.000 0.00000
170
+ Q07812-2 1511200 1430400 1200200 599580 514420 919090 inf -0.766 26046642136712676976243268003901977098400445759488.000 0.00000
171
+ Q09666 7172900 6489600 3932600 6692900 9040200 5851200 3536304640779641638366505124191321062299305789177627148311770863448606193027486071485421734589619884973202527845249772523293245440.000 0.239 83333333333324125095316587769141070624985219858432.000 0.00000 *
172
+ Q12789 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.024 1.00000
173
+ Q12955 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.035 1.00000
174
+ Q13748 0 0 0 0 0 145340 0.321 4.247 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 1.00000
175
+ Q13885 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.004 1.00000
176
+ Q14966-5 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.004 1.00000
177
+ Q15365 26600000 28100000 26400000 14300000 15100000 12200000 inf -0.677 49999999999999380739261896366628077987922979061760.000 0.00000
178
+ Q2NKY5 0 0 0 0 0 107070 115.340 3.813 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
179
+ Q9UMY4 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.014 1.00000
180
+ Q53GA7 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.010 1.00000
181
+ Q53HV2 1184000 1245700 882070 184000000 190000000 176000000 inf 4.886 53079210769683835674379767750992038603276865765376.000 0.00000
182
+ Q549M8 899290 855210 487660 0 269250 0 inf -6.759 39447283952880711505135021711265549937231664250880.000 0.00000
183
+ Q562R1 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.012 1.00000
184
+ Q5RHS7 0 0 0 0 0 345740 3853.890 4.324 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
185
+ Q5T6W5 1876700 2258400 1635000 919260 993860 1310800 inf -0.588 48638319449199175479915687973011514189639097253888.000 0.00000
186
+ Q5T749 1211900 1066500 1650200 1005300 1026200 746510 1608261237717711273035777474806123605027412723614544402684686292959053183256726217910754571118372234199040.000 -0.335 35959475639329190353643882678468224405206705635328.000 0.00000 *
187
+ Q6FG99 1687000 1839600 1995000 1360700 1428000 1275600 3905061882549979231000520666025042203650156810448507279432830399015822595002610267353828598116357733005500200094962609457078742137953562692309902936609184699969717842798047375483309937131520.000 -0.305 67980074769994227237131592097183630278065651712.000 0.00000 *
188
+ Q6GPH4-6 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.025 1.00000
189
+ Q8IVF2 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.024 1.00000
190
+ Q8NBJ5 0 0 0 0 0 2134600 185606.788 5.212 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
191
+ Q96C19 0 410710 443380 0 0 0 22013957882.781 -5.993 33333333333333924336900580977760234554572301926400.000 0.00000
192
+ Q96FQ6 1530100 1607600 578290 801050 186710 188050 inf -1.371 66666666666667848673801161955520469109144603852800.000 0.00000
193
+ Q99471 0 0 0 0 273430 0 412.803 3.602 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
194
+ Q9BUF5 0 0 0 27021 0 0 5.291 4.352 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
195
+ Q9BZK4 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.028 1.00000
196
+ Q9C000 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.062 1.00000
197
+ Q9HB15 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.005 1.00000
198
+ Q9Y3D6 0 0 0 207940 0 0 16.880 4.082 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
199
+ Q9Y490 5274700 5522000 5532900 1744300 2466500 2759000 inf -0.903 33333333333333924336900580977760234554572301926400.000 0.00000
data/spec/testfiles/ms/quant/pdcd5_final.killedextratabs.tsv_qspecgp.csv ADDED
@@ -0,0 +1,199 @@
1
+ Protein S0 S0 S0 S1 S1 S1 BayesFactor FoldChange RBstat FDR FLAG
2
+ P16104 0 3127500 0 3349700 0 3955800 714580661110988476533542769131520.000 1.960 49999999999999380739261896366628077987922979061760.000 0.00000
3
+ P04406 1882800 1859500 1506300 1979000 2452600 1807200 243467336181116162114980294374231715827994573313530658816.000 0.167 33501522136501663685020336100214486880097235107840.000 0.00000 *
4
+ P29590 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.048 1.00000
5
+ A5JHP3 3112200 3600800 0 2846600 2778000 1952100 inf 6.211 72435742586630172581045364797251798727594069721088.000 0.00000
6
+ Q92794 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.002 1.00000
7
+ A5YM50 5001100 5075900 5510700 1471500 1210600 1314500 inf -1.370 16995528203565696332490952348560182607962395639808.000 0.00000
8
+ Q14315 145400 0 0 0 0 0 2378.454 -4.262 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
9
+ A6NE09 796100 1135000 630400 540350 383290 0 inf -5.870 69749863796660815608650081119042350758816649314304.000 0.00000
10
+ B4DUT8 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.005 1.00000
11
+ P30044 1030700 1131000 549830 365390 264240 416620 8690972816557522946430141842228779455580803761681157272955842134849230536264558015350147094727908220450991430879958125302837583305114593210497703115115277131803627310870117039818568374724773939085209697961225984285704812667955817773049982222336.000 -0.888 36144061311691970653040218103606689745791453495296.000 0.00000
12
+ A6NHL2 0 0 0 0 0 102130 29878.231 4.231 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
13
+ Q8NI27 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.029 1.00000
14
+ A8K0T9 0 633920 519980 0 0 0 70909196213125.203 -6.296 33333333333333924336900580977760234554572301926400.000 0.00000
15
+ B2R8N1 0 0 0 0 0 86932 0.056 3.820 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 1.00000
16
+ A8K220 4813300 5493500 5461500 2358500 2628700 2571500 inf -0.734 16667800144865606904098487800760006613576468922368.000 0.00000
17
+ A8K2X8 2850800 2685500 2132900 192000000 240000000 171000000 inf 4.314 53723410301466546689112222798772433124352958922752.000 0.00000
18
+ A8K3K1 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.008 1.00000
19
+ A8K4I2 1780900 1763400 2435200 2505700 2418600 1841500 267690271931616615989248.000 0.125 34461131783743819415088489479822025256215588634624.000 0.00000 *
20
+ Q99615 0 314930 0 0 0 0 1973.818 -3.860 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
21
+ B4DSZ4 753570 709090 853490 432820 607680 719270 59233279183452202669909985651167442189607606667819841368948809584707445186557207767941120.000 -0.321 30629370507868519636463953043467868291240082538496.000 0.00000 *
22
+ A8K4Z4 232370 0 0 0 0 0 9.528 -4.289 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
23
+ Q59EJ3 1357200 853930 1220600 976420 1042600 1089000 12064.274 -0.061 33333333051715975781370238460158931507025937432576.000 0.00000 *
24
+ A8K5T7 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.036 1.00000
25
+ Q59EM9 34000000 34200000 40000000 21800000 25700000 18200000 inf -0.513 67717775303389545052599750218309320172597051129856.000 0.00000
26
+ Q3ZCU9 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.030 1.00000
27
+ Q05D08 784750 836410 733370 0 0 0 inf -6.681 17542995471769469608149044503170400726245701582848.000 0.00000
28
+ Q14240-2 1282200 0 426680 0 0 0 3109251901440.471 -5.992 33333333333333924336900580977760234554572301926400.000 0.00000
29
+ Q59HD4 7939400 8562200 6582200 3950700 4083600 4896600 inf -0.577 50000000023108933674823478016378642159243370692608.000 0.00000
30
+ Q9UBL6 0 0 198770 0 0 0 0.000 -3.945 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 1.00000
31
+ Q13561-2 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.025 1.00000
32
+ A8K9C4 38400000 36700000 22300000 28400000 31900000 25300000 235170260337963722344681533424944005255020175006859828076398694511935488.000 -0.077 83333333333334063151503823429222077994959347122176.000 0.00000 *
33
+ A8KAH7 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.031 1.00000
34
+ A8KAY2 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.007 1.00000
35
+ Q9H2G2 995140 0 0 0 0 0 0.273 -4.331 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 1.00000
36
+ A8MVA2 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.009 1.00000
37
+ C9JS35 857630 778960 594680 416270 367050 507520 281959877381486465533098032118699449594148660244845179152212580735709216738581967862409494257057115471225226758030723182272954815840401357804686868855231032944026288390144.000 -0.542 16674501767084654707429774563289012288447435505664.000 0.00000
38
+ A8MXP9 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.019 1.00000
39
+ C9JE52 3521000 3062500 2439300 1483400 1269100 1887500 inf -0.666 65983595144041120037072829848918164113747397836800.000 0.00000
40
+ E7EX29 923330 1047200 912800 509960 386420 568980 inf -0.706 193313737896321062807193355710737086682914357248.000 0.00000
41
+ Q13148-2 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.027 1.00000
42
+ P10599 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.024 1.00000
43
+ B2R4M6 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.026 1.00000
44
+ B2R4P2 3759700 3504700 2037900 2387500 0 1664900 inf -6.322 99440144811503034970158625522853711867067615936512.000 0.00000
45
+ E9PAV3 813260 946300 1042700 699550 952370 0 inf -5.336 51693111116183930114857313683774796737358250115072.000 0.00000
46
+ B2R4R0 0 1745400 2019100 1988700 4016200 1970600 inf 6.520 65791681685749012903052729141537090980240290742272.000 0.00000
47
+ B2R4R9 2697800 2702900 2926900 3129900 1637000 2230100 2952440505127706687817624051670864663782497108396233509222614104849221314023465414132110928337778510467819075721494528.000 -0.241 33333335069550560744146071995921382018084667129856.000 0.00000 *
48
+ B2R4U3 783040 730140 462770 261640 205580 0 inf -5.705 56358405446652427555792171450158079446167490396160.000 0.00000
49
+ B2R679 9092100 7857500 7716400 5969300 5192500 6149100 inf -0.355 33967674696529890244315808440091500463600527474688.000 0.00000 *
50
+ B2R9K8 1184600 1043300 1017100 248000000 255000000 207000000 inf 5.269 63367474747236944076638003455964296465241134333952.000 0.00000
51
+ B2R9U2 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.043 1.00000
52
+ B2RBR9 413290 317530 0 254980 179400 0 37645903.015 -0.091 66666666666667848673801161955520469109144603852800.000 0.00000 *
53
+ P10809 16000000 16400000 16700000 11400000 10200000 11600000 inf -0.397 17247788956226908184052824409425668181372700721152.000 0.00000 *
54
+ B3KM68 651580 602770 514910 0 0 0 inf -6.858 38518720018108444791859678483145410225935220736.000 0.00000
55
+ B3KNA8 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.012 1.00000
56
+ B3KUH0 136450 244860 0 0 0 0 194.255 -5.515 33333333333333924336900580977760234554572301926400.000 0.00000
57
+ B3KW39 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.018 1.00000
58
+ E9PDP1 776940 734110 732040 339030 316890 433720 inf -0.751 7674060075552372376552370869773211110071829790720.000 0.00000
59
+ P04350 0 329830 582730 0 0 0 1.037 -5.094 33333333333333924336900580977760234554572301926400.000 0.00000
60
+ P32119 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.024 1.00000
61
+ Q15417 740000 525400 372480 0 414700 593000 inf -5.472 66866875353411291309843216208094133048494411218944.000 0.00000
62
+ P08238 2984300 2963600 3347600 1751800 947290 1812900 inf -0.807 64080101952161083932262109946285525688792802918400.000 0.00000
63
+ D3DPU2 3367400 3092300 3118900 2308800 2012100 2111800 inf -0.400 296016422768755842923101578350553835358560190464.000 0.00000 *
64
+ Q53FR9 0 311260 0 0 0 0 3.955 -4.262 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
65
+ P61086 0 0 0 0 0 267100 143.720 4.617 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
66
+ P17812 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.007 1.00000
67
+ P27348 546290 0 0 0 0 276340 0.000 -0.156 33333333333333924336900580977760234554572301926400.000 1.00000
68
+ B5ME63 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.023 1.00000
69
+ Q53G16 456880 0 0 0 0 0 0.751 -4.416 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 1.00000
70
+ E9PCF5 2119600 1936300 1584900 1064600 1600300 1004800 44845393060064657535373686897538498965469371514064897198218129608018942961506180170124217311399748851103345070791577686080909002026832519364872805770410611375461368240595106090589791006688383571415566838788117328581703499776.000 -0.463 47106304921306613128542136503774618266558489690112.000 0.00000
71
+ Q14103 1501200 1620700 1181400 896220 1018800 1131900 278808064718236711172807941733709439750892026287738564222297436733525100731610723566136600999636762908953879254577203380710333002490576896.000 -0.336 22286363138429616814024106318359614816613304369152.000 0.00000 *
72
+ D3DUS9 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.012 1.00000
73
+ B4DVC9 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.031 1.00000
74
+ B4DVM6 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.044 1.00000
75
+ P25685 0 0 0 464230 0 0 3.096 4.289 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
76
+ Q15785 645960 667710 575750 0 0 0 inf -6.643 3933511521838456503242034480583915940215514988544.000 0.00000
77
+ B4DZF2 0 189750 0 0 0 0 279896198.998 -4.077 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
78
+ Q9Y371-2 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.032 1.00000
79
+ Q7L2H7 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.051 1.00000
80
+ P28066 0 0 73829 0 0 0 0.692 -3.922 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 1.00000
81
+ B5BTY7 3784000 4302400 4025400 177000000 183000000 196000000 inf 3.819 41405284814847480876852084512619686365654209789952.000 0.00000
82
+ B5BU32 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.052 1.00000
83
+ B5BU38 2157000 1936500 1909000 336810 503400 0 inf -5.448 50213068438393125481567690835358704529018007322624.000 0.00000
84
+ Q8N6T3-2 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.021 1.00000
85
+ E7EQR4 509680 517000 378700 0 0 0 inf -7.147 10668043104494096400005547316358004746529716305920.000 0.00000
86
+ B7Z6F8 465640 0 0 0 0 0 71526743.773 -4.173 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
87
+ B7Z7B4 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.049 1.00000
88
+ Q9NVD7 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.030 1.00000
89
+ E9PAN3 604580 734700 1237600 0 765150 675700 inf -5.948 66476006077831586525608592515820250580454058491904.000 0.00000
90
+ B7ZLS9 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.059 1.00000
91
+ P22626 1302400 1059700 517610 819140 1239200 878680 17674105600887790.000 0.136 50000000062555435984735587689640246431887946416128.000 0.00000 *
92
+ C7DJS2 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.045 1.00000
93
+ Q15942 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.035 1.00000
94
+ Q9BUL8 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.046 1.00000
95
+ E9PC16 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.005 1.00000
96
+ P18085 7527000 7354300 6218500 5071900 3495800 4739100 inf -0.483 54632160331710772128510516720637557638211240460288.000 0.00000
97
+ P12318 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.023 1.00000
98
+ D3DQ70 0 0 0 0 0 181280 0.232 4.054 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 1.00000
99
+ Q53F37 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.046 1.00000
100
+ D6W4Z6 1370900 1373500 1233400 800030 696130 1221900 4797006679349917923603006897560488904404879888427843644082665599226060065521157465050721988431068572171320429548337434188825550635131403410455408373383434527833759239242350428769946971838681274334455005184.000 -0.439 16709234948259997639300311098852616711061788164096.000 0.00000
101
+ P15924 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.014 1.00000
102
+ E2QRA8 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.016 1.00000
103
+ E5KN55 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.035 1.00000
104
+ E7ETK2 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.010 1.00000
105
+ Q8TAT6-2 816100 1191100 389660 303350 0 0 inf -6.844 49999999999999380739261896366628077987922979061760.000 0.00000
106
+ Q9H0U4 15600000 16600000 14000000 6686500 6534400 5430400 inf -0.912 55888747844044442071554915492063684859824225386496.000 0.00000
107
+ E9KL23 1196500 0 0 731330 0 0 47499.806 -0.023 33333333333333924336900580977760234554572301926400.000 0.00000 *
108
+ E9KL35 7051000 7414300 9873500 4798100 4842600 4503000 inf -0.519 33286511900867464350930526655792557399440101474304.000 0.00000
109
+ E9KL39 10100000 9778700 8597400 5759400 4165800 6351000 inf -0.590 62948730155702202831198149889834200843952257499136.000 0.00000
110
+ P37235 0 0 0 0 0 76806 153.832 3.710 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
111
+ E9PDH9 789120 811600 466560 0 332980 0 inf -6.578 33333351248161122777684887855615938429503710167040.000 0.00000
112
+ Q15046-2 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.036 1.00000
113
+ Q8WUD1 794930 860200 572810 0 0 0 inf -7.563 16671739783318740810376684469384005927667486425088.000 0.00000
114
+ Q9UHX1 0 0 0 49865 0 0 14.789 4.448 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
115
+ E9PK25 5682500 5493200 5408000 3529100 2551800 2571800 inf -0.683 16666666666667003706825158767501145521256784723968.000 0.00000
116
+ O14737 2142100 1530400 3094400 457000000 488000000 407000000 inf 5.124 68676497733769986918676125616474002665536745373696.000 0.00000
117
+ O43175 2265000 1886800 1529100 1038500 1030800 954760 inf -0.611 33333333333333924336900580977760234554572301926400.000 0.00000
118
+ O60493 1147000 1297900 1052200 541670 0 0 inf -6.248 29372918947096749992053133877089381723105990279168.000 0.00000
119
+ O60664 7368000 7247500 7819800 4234500 4447100 3112000 inf -0.672 39601235850715882349496851133127926335962328596480.000 0.00000
120
+ O75340 0 0 0 0 157040 0 0.214 4.131 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 1.00000
121
+ P04632 7669800 7813800 9810200 3620800 3328300 3947000 inf -0.834 35884599993360441936198759705388166317026939240448.000 0.00000
122
+ P04792 11600000 10300000 7972700 6745100 6949000 5823200 inf -0.408 51180618924695772511838833540799068746006285778944.000 0.00000
123
+ P05109 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.021 1.00000
124
+ P05198 797210 894290 1117400 972550 765170 668020 244553045603820588268257280.000 -0.160 33333333607504841892264781108452187363920060612608.000 0.00000 *
125
+ P05387 3363800 2807000 2574000 1647800 2061500 1292400 inf -0.587 53653858587254149001496511374745663031524039065600.000 0.00000
126
+ P06733 1099900 1034500 1206800 0 691310 662350 inf -5.118 50000000000000097276228374172840815196416411435008.000 0.00000
127
+ P07355-2 42800000 39900000 38000000 17900000 16700000 17300000 inf -0.843 44302943932664095757651118728857752733993102475264.000 0.00000
128
+ P07384 2894900 2823400 3425100 1045600 983840 723220 inf -1.224 33335588382674787985700470733344071731083837702144.000 0.00000
129
+ P07437 23900000 25300000 24500000 7902000 7262200 9093100 inf -1.127 47838816062114643175722396196983661791576363892736.000 0.00000
130
+ P07737 1409100 1540700 0 866250 961770 828460 inf 4.921 49999999999999432662230481714904363292886271262720.000 0.00000
131
+ P07900-2 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.026 1.00000
132
+ P08758 850110 658370 542090 320980 293530 618820 30675029948889759829203936794719392652606165950155781315276024684197408897509833315783898362093248502284711286761650771349373053056028077153320960.000 -0.585 34648041886533872772762081559931055434428296724480.000 0.00000
133
+ P09211 6221700 5749200 5390900 5594900 5155400 3979100 138633424743314169638299297743215730270875168656228359490529223312216985671932391981524613450638600086013391799371096585535496388608.000 -0.182 51163111126084163016727571523413756221755966357504.000 0.00000 *
134
+ P09382 36500000 36900000 32700000 19100000 16400000 17500000 inf -0.695 66706010498047368809603807208305298849525770747904.000 0.00000
135
+ P09651 983260 981410 1005400 647380 543760 649190 29406721812091800624398665940659876498666702125823481368412615015416341474800388663786418027516284644541779551452506872234605731972939984747264532449272243616220859980320414099857991435256230849492992956480326953113599629734250725371286110373733750055161623868342272.000 -0.499 145214467514018957989089640448.000 0.00000
136
+ P11142 12800000 12400000 16900000 12200000 10500000 9269400 inf -0.269 66666666671640978681937234509850693188308319600640.000 0.00000 *
137
+ P11586 809000 1529900 1314500 0 565790 0 inf -6.888 49999999999999432662230481714904363292886271262720.000 0.00000
138
+ P12273 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.032 1.00000
139
+ P13639 14700000 15000000 12700000 5826900 4843900 5074400 inf -0.991 47606726869167567452087421822866321148376894144512.000 0.00000
140
+ P14174 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.015 1.00000
141
+ P14618 4927700 5118500 3815900 3396500 2748800 3061500 inf -0.401 64371961153868122583017278927829131469317455478784.000 0.00000 *
142
+ P17987 236900 133650 387300 186000000 189000000 169000000 inf 6.016 72413402043530008320483416729590308185060126228480.000 0.00000
143
+ P18206 2256000 2097300 1002600 356300 668020 615240 inf -1.131 78018594929297948979978325529414309254480755949568.000 0.00000
144
+ P20290 544720 448520 466660 0 0 341030 inf -5.767 16666666702917600569637355221953572528799428378624.000 0.00000
145
+ P22314 0 0 0 0 116090 0 94.141 4.274 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
146
+ P25398 12300000 13500000 15900000 9807100 12700000 8486100 inf -0.314 66666666666667848673801161955520469109144603852800.000 0.00000 *
147
+ Q9BUQ0 837270 1090600 1069100 734290 507680 547770 1194570391104606160517283375256606985510800238523531381366137375704122598134900070158533759663815956935640695745169470042445621237943846426291403252870306500243033553806135341525570929808460952371200.000 -0.529 29084116138582389410472197966157541743978184966144.000 0.00000
148
+ P30050 756090 613930 888850 787010 695040 545070 69469117078.576 -0.108 27702552606993735183029417237958094999252927250432.000 0.00000 *
149
+ P31151 2788400 2012400 0 0 0 0 1676240157127188260763861219552259309830144.000 -5.976 33333333333333924336900580977760234554572301926400.000 0.00000
150
+ P31949 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.093 1.00000
151
+ P35754 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.030 1.00000
152
+ P46060 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.032 1.00000
153
+ P48643 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.033 1.00000
154
+ Q59H77 801220 838360 617780 221000000 257000000 203000000 inf 5.507 58799654004176709463060450080669818525207280746496.000 0.00000
155
+ P50990 5486400 6213000 4762200 247000000 294000000 243000000 inf 3.839 80203173272994573565774278138686792396280051007488.000 0.00000
156
+ P50991 316140 669700 402670 168000000 166000000 145000000 inf 5.566 79430231585691066296376685031193288643991354474496.000 0.00000
157
+ P51148 5627300 5928800 7306500 3236100 3495900 2800200 inf -0.680 64514134685964005148004735945810100413525162721280.000 0.00000
158
+ P51149 3908200 3831500 3285700 1342800 1180700 1699900 inf -0.975 39968595076689506516146248156401225480241909071872.000 0.00000
159
+ P61026 2269400 4215200 0 1057400 1608700 1547000 inf 5.931 56178442571086164527503281972928827715053263257600.000 0.00000
160
+ P61088 3804700 3459800 3842900 1995500 1899000 1899400 inf -0.648 646834675299610539844313676510205919875632726016.000 0.00000
161
+ P61106 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.022 1.00000
162
+ P61204 2825200 2823200 2142900 3192000 2376500 2759600 9301323159541438464.000 0.070 50000000000000336121883866774911727599247555559424.000 0.00000 *
163
+ P61289-2 5778000 5644700 5755500 3213100 2554200 2895200 inf -0.696 32997983997991926708113992915005039999252644757504.000 0.00000
164
+ Q5VXS0 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.035 1.00000
165
+ P62258 0 0 0 0 53143 0 767.243 3.674 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
166
+ P68371 474770 452670 406290 141190 129140 0 inf -4.736 49999999999999380739261896366628077987922979061760.000 0.00000
167
+ Q01995 4170700 4082900 5722900 2580200 3003700 2162300 inf -0.585 51067718270429658240947844577093675760827395735552.000 0.00000
168
+ Q02413 556540 637900 367710 0 0 0 inf -7.655 20271078208800790490980901709810011531491246342144.000 0.00000
169
+ Q06323 8717600 8575200 8698300 5184000 5056100 5162200 inf -0.524 9016479286107543961600.000 0.00000
170
+ Q07812-2 1511200 1430400 1200200 599580 514420 919090 inf -0.766 26046642136712676976243268003901977098400445759488.000 0.00000
171
+ Q09666 7172900 6489600 3932600 6692900 9040200 5851200 3536304640779641638366505124191321062299305789177627148311770863448606193027486071485421734589619884973202527845249772523293245440.000 0.239 83333333333324125095316587769141070624985219858432.000 0.00000 *
172
+ Q12789 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.024 1.00000
173
+ Q12955 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.035 1.00000
174
+ Q13748 0 0 0 0 0 145340 0.321 4.247 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 1.00000
175
+ Q13885 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.004 1.00000
176
+ Q14966-5 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.004 1.00000
177
+ Q15365 26600000 28100000 26400000 14300000 15100000 12200000 inf -0.677 49999999999999380739261896366628077987922979061760.000 0.00000
178
+ Q2NKY5 0 0 0 0 0 107070 115.340 3.813 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
179
+ Q9UMY4 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.014 1.00000
180
+ Q53GA7 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.010 1.00000
181
+ Q53HV2 1184000 1245700 882070 184000000 190000000 176000000 inf 4.886 53079210769683835674379767750992038603276865765376.000 0.00000
182
+ Q549M8 899290 855210 487660 0 269250 0 inf -6.759 39447283952880711505135021711265549937231664250880.000 0.00000
183
+ Q562R1 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.012 1.00000
184
+ Q5RHS7 0 0 0 0 0 345740 3853.890 4.324 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
185
+ Q5T6W5 1876700 2258400 1635000 919260 993860 1310800 inf -0.588 48638319449199175479915687973011514189639097253888.000 0.00000
186
+ Q5T749 1211900 1066500 1650200 1005300 1026200 746510 1608261237717711273035777474806123605027412723614544402684686292959053183256726217910754571118372234199040.000 -0.335 35959475639329190353643882678468224405206705635328.000 0.00000 *
187
+ Q6FG99 1687000 1839600 1995000 1360700 1428000 1275600 3905061882549979231000520666025042203650156810448507279432830399015822595002610267353828598116357733005500200094962609457078742137953562692309902936609184699969717842798047375483309937131520.000 -0.305 67980074769994227237131592097183630278065651712.000 0.00000 *
188
+ Q6GPH4-6 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.025 1.00000
189
+ Q8IVF2 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.024 1.00000
190
+ Q8NBJ5 0 0 0 0 0 2134600 185606.788 5.212 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
191
+ Q96C19 0 410710 443380 0 0 0 22013957882.781 -5.993 33333333333333924336900580977760234554572301926400.000 0.00000
192
+ Q96FQ6 1530100 1607600 578290 801050 186710 188050 inf -1.371 66666666666667848673801161955520469109144603852800.000 0.00000
193
+ Q99471 0 0 0 0 273430 0 412.803 3.602 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
194
+ Q9BUF5 0 0 0 27021 0 0 5.291 4.352 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
195
+ Q9BZK4 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.028 1.00000
196
+ Q9C000 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.062 1.00000
197
+ Q9HB15 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.005 1.00000
198
+ Q9Y3D6 0 0 0 207940 0 0 16.880 4.082 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
199
+ Q9Y490 5274700 5522000 5532900 1744300 2466500 2759000 inf -0.903 33333333333333924336900580977760234554572301926400.000 0.00000
data/spec/testfiles/ms/quant/pdcd5_final.txt ADDED
@@ -0,0 +1,199 @@
1
+ protid protlen 0 0 0 1 1 1
2
+ P16104 1 0 3127500 0 3349700 0 3955800
3
+ P04406 1 1882800 1859500 1506300 1979000 2452600 1807200
4
+ P29590 1 0 0 0 0 0 0
5
+ A5JHP3 1 3112200 3600800 0 2846600 2778000 1952100
6
+ Q92794 1 0 0 0 0 0 0
7
+ A5YM50 1 5001100 5075900 5510700 1471500 1210600 1314500
8
+ Q14315 1 145400 0 0 0 0 0
9
+ A6NE09 1 796100 1135000 630400 540350 383290 0
10
+ B4DUT8 1 0 0 0 0 0 0
11
+ P30044 1 1030700 1131000 549830 365390 264240 416620
12
+ A6NHL2 1 0 0 0 0 0 102130
13
+ Q8NI27 1 0 0 0 0 0 0
14
+ A8K0T9 1 0 633920 519980 0 0 0
15
+ B2R8N1 1 0 0 0 0 0 86932
16
+ A8K220 1 4813300 5493500 5461500 2358500 2628700 2571500
17
+ A8K2X8 1 2850800 2685500 2132900 1.92E+08 2.40E+08 1.71E+08
18
+ A8K3K1 1 0 0 0 0 0 0
19
+ A8K4I2 1 1780900 1763400 2435200 2505700 2418600 1841500
20
+ Q99615 1 0 314930 0 0 0 0
21
+ B4DSZ4 1 753570 709090 853490 432820 607680 719270
22
+ A8K4Z4 1 232370 0 0 0 0 0
23
+ Q59EJ3 1 1357200 853930 1220600 976420 1042600 1089000
24
+ A8K5T7 1 0 0 0 0 0 0
25
+ Q59EM9 1 3.40E+07 3.42E+07 4.00E+07 2.18E+07 2.57E+07 1.82E+07
26
+ Q3ZCU9 1 0 0 0 0 0 0
27
+ Q05D08 1 784750 836410 733370 0 0 0
28
+ Q14240-2 1 1282200 0 426680 0 0 0
29
+ Q59HD4 1 7939400 8562200 6582200 3950700 4083600 4896600
30
+ Q9UBL6 1 0 0 198770 0 0 0
31
+ Q13561-2 1 0 0 0 0 0 0
32
+ A8K9C4 1 3.84E+07 3.67E+07 2.23E+07 2.84E+07 3.19E+07 2.53E+07
33
+ A8KAH7 1 0 0 0 0 0 0
34
+ A8KAY2 1 0 0 0 0 0 0
35
+ Q9H2G2 1 995140 0 0 0 0 0
36
+ A8MVA2 1 0 0 0 0 0 0
37
+ C9JS35 1 857630 778960 594680 416270 367050 507520
38
+ A8MXP9 1 0 0 0 0 0 0
39
+ C9JE52 1 3521000 3062500 2439300 1483400 1269100 1887500
40
+ E7EX29 1 923330 1047200 912800 509960 386420 568980
41
+ Q13148-2 1 0 0 0 0 0 0
42
+ P10599 1 0 0 0 0 0 0
43
+ B2R4M6 1 0 0 0 0 0 0
44
+ B2R4P2 1 3759700 3504700 2037900 2387500 0 1664900
45
+ E9PAV3 1 813260 946300 1042700 699550 952370 0
46
+ B2R4R0 1 0 1745400 2019100 1988700 4016200 1970600
47
+ B2R4R9 1 2697800 2702900 2926900 3129900 1637000 2230100
48
+ B2R4U3 1 783040 730140 462770 261640 205580 0
49
+ B2R679 1 9092100 7857500 7716400 5969300 5192500 6149100
50
+ B2R9K8 1 1184600 1043300 1017100 2.48E+08 2.55E+08 2.07E+08
51
+ B2R9U2 1 0 0 0 0 0 0
52
+ B2RBR9 1 413290 317530 0 254980 179400 0
53
+ P10809 1 1.60E+07 1.64E+07 1.67E+07 1.14E+07 1.02E+07 1.16E+07
54
+ B3KM68 1 651580 602770 514910 0 0 0
55
+ B3KNA8 1 0 0 0 0 0 0
56
+ B3KUH0 1 136450 244860 0 0 0 0
57
+ B3KW39 1 0 0 0 0 0 0
58
+ E9PDP1 1 776940 734110 732040 339030 316890 433720
59
+ P04350 1 0 329830 582730 0 0 0
60
+ P32119 1 0 0 0 0 0 0
61
+ Q15417 1 740000 525400 372480 0 414700 593000
62
+ P08238 1 2984300 2963600 3347600 1751800 947290 1812900
63
+ D3DPU2 1 3367400 3092300 3118900 2308800 2012100 2111800
64
+ Q53FR9 1 0 311260 0 0 0 0
65
+ P61086 1 0 0 0 0 0 267100
66
+ P17812 1 0 0 0 0 0 0
67
+ P27348 1 546290 0 0 0 0 276340
68
+ B5ME63 1 0 0 0 0 0 0
69
+ Q53G16 1 456880 0 0 0 0 0
70
+ E9PCF5 1 2119600 1936300 1584900 1064600 1600300 1004800
71
+ Q14103 1 1501200 1620700 1181400 896220 1018800 1131900
72
+ D3DUS9 1 0 0 0 0 0 0
73
+ B4DVC9 1 0 0 0 0 0 0
74
+ B4DVM6 1 0 0 0 0 0 0
75
+ P25685 1 0 0 0 464230 0 0
76
+ Q15785 1 645960 667710 575750 0 0 0
77
+ B4DZF2 1 0 189750 0 0 0 0
78
+ Q9Y371-2 1 0 0 0 0 0 0
79
+ Q7L2H7 1 0 0 0 0 0 0
80
+ P28066 1 0 0 73829 0 0 0
81
+ B5BTY7 1 3784000 4302400 4025400 1.77E+08 1.83E+08 1.96E+08
82
+ B5BU32 1 0 0 0 0 0 0
83
+ B5BU38 1 2157000 1936500 1909000 336810 503400 0
84
+ Q8N6T3-2 1 0 0 0 0 0 0
85
+ E7EQR4 1 509680 517000 378700 0 0 0
86
+ B7Z6F8 1 465640 0 0 0 0 0
87
+ B7Z7B4 1 0 0 0 0 0 0
88
+ Q9NVD7 1 0 0 0 0 0 0
89
+ E9PAN3 1 604580 734700 1237600 0 765150 675700
90
+ B7ZLS9 1 0 0 0 0 0 0
91
+ P22626 1 1302400 1059700 517610 819140 1239200 878680
92
+ C7DJS2 1 0 0 0 0 0 0
93
+ Q15942 1 0 0 0 0 0 0
94
+ Q9BUL8 1 0 0 0 0 0 0
95
+ E9PC16 1 0 0 0 0 0 0
96
+ P18085 1 7527000 7354300 6218500 5071900 3495800 4739100
97
+ P12318 1 0 0 0 0 0 0
98
+ D3DQ70 1 0 0 0 0 0 181280
99
+ Q53F37 1 0 0 0 0 0 0
100
+ D6W4Z6 1 1370900 1373500 1233400 800030 696130 1221900
101
+ P15924 1 0 0 0 0 0 0
102
+ E2QRA8 1 0 0 0 0 0 0
103
+ E5KN55 1 0 0 0 0 0 0
104
+ E7ETK2 1 0 0 0 0 0 0
105
+ Q8TAT6-2 1 816100 1191100 389660 303350 0 0
106
+ Q9H0U4 1 1.56E+07 1.66E+07 1.40E+07 6686500 6534400 5430400
107
+ E9KL23 1 1196500 0 0 731330 0 0
108
+ E9KL35 1 7051000 7414300 9873500 4798100 4842600 4503000
109
+ E9KL39 1 1.01E+07 9778700 8597400 5759400 4165800 6351000
110
+ P37235 1 0 0 0 0 0 76806
111
+ E9PDH9 1 789120 811600 466560 0 332980 0
112
+ Q15046-2 1 0 0 0 0 0 0
113
+ Q8WUD1 1 794930 860200 572810 0 0 0
114
+ Q9UHX1 1 0 0 0 49865 0 0
115
+ E9PK25 1 5682500 5493200 5408000 3529100 2551800 2571800
116
+ O14737 1 2142100 1530400 3094400 4.57E+08 4.88E+08 4.07E+08
117
+ O43175 1 2265000 1886800 1529100 1038500 1030800 954760
118
+ O60493 1 1147000 1297900 1052200 541670 0 0
119
+ O60664 1 7368000 7247500 7819800 4234500 4447100 3112000
120
+ O75340 1 0 0 0 0 157040 0
121
+ P04632 1 7669800 7813800 9810200 3620800 3328300 3947000
122
+ P04792 1 1.16E+07 1.03E+07 7972700 6745100 6949000 5823200
123
+ P05109 1 0 0 0 0 0 0
124
+ P05198 1 797210 894290 1117400 972550 765170 668020
125
+ P05387 1 3363800 2807000 2574000 1647800 2061500 1292400
126
+ P06733 1 1099900 1034500 1206800 0 691310 662350
127
+ P07355-2 1 4.28E+07 3.99E+07 3.80E+07 1.79E+07 1.67E+07 1.73E+07
128
+ P07384 1 2894900 2823400 3425100 1045600 983840 723220
129
+ P07437 1 2.39E+07 2.53E+07 2.45E+07 7902000 7262200 9093100
130
+ P07737 1 1409100 1540700 0 866250 961770 828460
131
+ P07900-2 1 0 0 0 0 0 0
132
+ P08758 1 850110 658370 542090 320980 293530 618820
133
+ P09211 1 6221700 5749200 5390900 5594900 5155400 3979100
134
+ P09382 1 3.65E+07 3.69E+07 3.27E+07 1.91E+07 1.64E+07 1.75E+07
135
+ P09651 1 983260 981410 1005400 647380 543760 649190
136
+ P11142 1 1.28E+07 1.24E+07 1.69E+07 1.22E+07 1.05E+07 9269400
137
+ P11586 1 809000 1529900 1314500 0 565790 0
138
+ P12273 1 0 0 0 0 0 0
139
+ P13639 1 1.47E+07 1.50E+07 1.27E+07 5826900 4843900 5074400
140
+ P14174 1 0 0 0 0 0 0
141
+ P14618 1 4927700 5118500 3815900 3396500 2748800 3061500
142
+ P17987 1 236900 133650 387300 1.86E+08 1.89E+08 1.69E+08
143
+ P18206 1 2256000 2097300 1002600 356300 668020 615240
144
+ P20290 1 544720 448520 466660 0 0 341030
145
+ P22314 1 0 0 0 0 116090 0
146
+ P25398 1 1.23E+07 1.35E+07 1.59E+07 9807100 1.27E+07 8486100
147
+ Q9BUQ0 1 837270 1090600 1069100 734290 507680 547770
148
+ P30050 1 756090 613930 888850 787010 695040 545070
149
+ P31151 1 2788400 2012400 0 0 0 0
150
+ P31949 1 0 0 0 0 0 0
151
+ P35754 1 0 0 0 0 0 0
152
+ P46060 1 0 0 0 0 0 0
153
+ P48643 1 0 0 0 0 0 0
154
+ Q59H77 1 801220 838360 617780 2.21E+08 2.57E+08 2.03E+08
155
+ P50990 1 5486400 6213000 4762200 2.47E+08 2.94E+08 2.43E+08
156
+ P50991 1 316140 669700 402670 1.68E+08 1.66E+08 1.45E+08
157
+ P51148 1 5627300 5928800 7306500 3236100 3495900 2800200
158
+ P51149 1 3908200 3831500 3285700 1342800 1180700 1699900
159
+ P61026 1 2269400 4215200 0 1057400 1608700 1547000
160
+ P61088 1 3804700 3459800 3842900 1995500 1899000 1899400
161
+ P61106 1 0 0 0 0 0 0
162
+ P61204 1 2825200 2823200 2142900 3192000 2376500 2759600
163
+ P61289-2 1 5778000 5644700 5755500 3213100 2554200 2895200
164
+ Q5VXS0 1 0 0 0 0 0 0
165
+ P62258 1 0 0 0 0 53143 0
166
+ P68371 1 474770 452670 406290 141190 129140 0
167
+ Q01995 1 4170700 4082900 5722900 2580200 3003700 2162300
168
+ Q02413 1 556540 637900 367710 0 0 0
169
+ Q06323 1 8717600 8575200 8698300 5184000 5056100 5162200
170
+ Q07812-2 1 1511200 1430400 1200200 599580 514420 919090
171
+ Q09666 1 7172900 6489600 3932600 6692900 9040200 5851200
172
+ Q12789 1 0 0 0 0 0 0
173
+ Q12955 1 0 0 0 0 0 0
174
+ Q13748 1 0 0 0 0 0 145340
175
+ Q13885 1 0 0 0 0 0 0
176
+ Q14966-5 1 0 0 0 0 0 0
177
+ Q15365 1 2.66E+07 2.81E+07 2.64E+07 1.43E+07 1.51E+07 1.22E+07
178
+ Q2NKY5 1 0 0 0 0 0 107070
179
+ Q9UMY4 1 0 0 0 0 0 0
180
+ Q53GA7 1 0 0 0 0 0 0
181
+ Q53HV2 1 1184000 1245700 882070 1.84E+08 1.90E+08 1.76E+08
182
+ Q549M8 1 899290 855210 487660 0 269250 0
183
+ Q562R1 1 0 0 0 0 0 0
184
+ Q5RHS7 1 0 0 0 0 0 345740
185
+ Q5T6W5 1 1876700 2258400 1635000 919260 993860 1310800
186
+ Q5T749 1 1211900 1066500 1650200 1005300 1026200 746510
187
+ Q6FG99 1 1687000 1839600 1995000 1360700 1428000 1275600
188
+ Q6GPH4-6 1 0 0 0 0 0 0
189
+ Q8IVF2 1 0 0 0 0 0 0
190
+ Q8NBJ5 1 0 0 0 0 0 2134600
191
+ Q96C19 1 0 410710 443380 0 0 0
192
+ Q96FQ6 1 1530100 1607600 578290 801050 186710 188050
193
+ Q99471 1 0 0 0 0 273430 0
194
+ Q9BUF5 1 0 0 0 27021 0 0
195
+ Q9BZK4 1 0 0 0 0 0 0
196
+ Q9C000 1 0 0 0 0 0 0
197
+ Q9HB15 1 0 0 0 0 0 0
198
+ Q9Y3D6 1 0 0 0 207940 0 0
199
+ Q9Y490 1 5274700 5522000 5532900 1744300 2466500 2759000
data/spec/testfiles/ms/quant/pdcd5_final.txt_qspecgp ADDED
File without changes