mspire 0.5.0 → 0.6.1

Sign up to get free protection for your applications and to get access to all the features.
Files changed (107) hide show
  1. data/README.rdoc +24 -0
  2. data/Rakefile +51 -0
  3. data/VERSION +1 -0
  4. data/lib/cv/description.rb +18 -0
  5. data/lib/cv/param.rb +33 -0
  6. data/lib/cv.rb +3 -0
  7. data/lib/io/bookmark.rb +13 -0
  8. data/lib/merge.rb +7 -0
  9. data/lib/ms/cvlist.rb +76 -0
  10. data/lib/ms/digester.rb +245 -0
  11. data/lib/ms/fasta.rb +86 -0
  12. data/lib/ms/ident/peptide/db.rb +243 -0
  13. data/lib/ms/ident/peptide.rb +72 -0
  14. data/lib/ms/ident/peptide_hit/qvalue.rb +56 -0
  15. data/lib/ms/ident/peptide_hit.rb +26 -0
  16. data/lib/ms/ident/pepxml/modifications.rb +83 -0
  17. data/lib/ms/ident/pepxml/msms_pipeline_analysis.rb +70 -0
  18. data/lib/ms/ident/pepxml/msms_run_summary.rb +82 -0
  19. data/lib/ms/ident/pepxml/parameters.rb +14 -0
  20. data/lib/ms/ident/pepxml/sample_enzyme.rb +165 -0
  21. data/lib/ms/ident/pepxml/search_database.rb +49 -0
  22. data/lib/ms/ident/pepxml/search_hit/modification_info.rb +79 -0
  23. data/lib/ms/ident/pepxml/search_hit.rb +144 -0
  24. data/lib/ms/ident/pepxml/search_result.rb +35 -0
  25. data/lib/ms/ident/pepxml/search_summary.rb +92 -0
  26. data/lib/ms/ident/pepxml/spectrum_query.rb +85 -0
  27. data/lib/ms/ident/pepxml.rb +112 -0
  28. data/lib/ms/ident/protein.rb +33 -0
  29. data/lib/ms/ident/protein_group.rb +80 -0
  30. data/lib/ms/ident/search.rb +114 -0
  31. data/lib/ms/ident.rb +37 -0
  32. data/lib/ms/isotope/aa.rb +59 -0
  33. data/lib/ms/mascot.rb +6 -0
  34. data/lib/ms/mass/aa.rb +79 -0
  35. data/lib/ms/mass.rb +55 -0
  36. data/lib/ms/mzml/index_list.rb +98 -0
  37. data/lib/ms/mzml/plms1.rb +34 -0
  38. data/lib/ms/mzml.rb +197 -0
  39. data/lib/ms/obo.rb +38 -0
  40. data/lib/ms/plms1.rb +156 -0
  41. data/lib/ms/quant/qspec/protein_group_comparison.rb +22 -0
  42. data/lib/ms/quant/qspec.rb +112 -0
  43. data/lib/ms/spectrum.rb +154 -8
  44. data/lib/ms.rb +3 -10
  45. data/lib/msplat.rb +2 -0
  46. data/lib/obo/ims.rb +5 -0
  47. data/lib/obo/ms.rb +7 -0
  48. data/lib/obo/ontology.rb +41 -0
  49. data/lib/obo/unit.rb +5 -0
  50. data/lib/openany.rb +23 -0
  51. data/lib/write_file_or_string.rb +18 -0
  52. data/obo/ims.obo +562 -0
  53. data/obo/ms.obo +11677 -0
  54. data/obo/unit.obo +2563 -0
  55. data/spec/ms/cvlist_spec.rb +60 -0
  56. data/spec/ms/digester_spec.rb +351 -0
  57. data/spec/ms/fasta_spec.rb +100 -0
  58. data/spec/ms/ident/peptide/db_spec.rb +108 -0
  59. data/spec/ms/ident/pepxml/sample_enzyme_spec.rb +181 -0
  60. data/spec/ms/ident/pepxml/search_hit/modification_info_spec.rb +37 -0
  61. data/spec/ms/ident/pepxml_spec.rb +442 -0
  62. data/spec/ms/ident/protein_group_spec.rb +68 -0
  63. data/spec/ms/mass_spec.rb +8 -0
  64. data/spec/ms/mzml/index_list_spec.rb +122 -0
  65. data/spec/ms/mzml/plms1_spec.rb +62 -0
  66. data/spec/ms/mzml_spec.rb +50 -0
  67. data/spec/ms/plms1_spec.rb +38 -0
  68. data/spec/ms/quant/qspec_spec.rb +25 -0
  69. data/spec/msplat_spec.rb +24 -0
  70. data/spec/obo_spec.rb +25 -0
  71. data/spec/spec_helper.rb +25 -0
  72. data/spec/testfiles/ms/ident/peptide/db/uni_11_sp_tr.fasta +69 -0
  73. data/spec/testfiles/ms/ident/peptide/db/uni_11_sp_tr.msd_clvg2.min_aaseq4.yml +728 -0
  74. data/spec/testfiles/ms/mzml/j24z.idx_comp.3.mzML +271 -0
  75. data/spec/testfiles/ms/mzml/openms.noidx_nocomp.12.mzML +330 -0
  76. data/spec/testfiles/ms/quant/kill_extra_tabs.rb +13 -0
  77. data/spec/testfiles/ms/quant/max_quant_output.provenance.txt +15 -0
  78. data/spec/testfiles/ms/quant/max_quant_output.txt +199 -0
  79. data/spec/testfiles/ms/quant/pdcd5_final.killedextratabs.tsv +199 -0
  80. data/spec/testfiles/ms/quant/pdcd5_final.killedextratabs.tsv_qspecgp +199 -0
  81. data/spec/testfiles/ms/quant/pdcd5_final.killedextratabs.tsv_qspecgp.csv +199 -0
  82. data/spec/testfiles/ms/quant/pdcd5_final.txt +199 -0
  83. data/spec/testfiles/ms/quant/pdcd5_final.txt_qspecgp +0 -0
  84. data/spec/testfiles/ms/quant/pdcd5_lfq_qspec.CSV.csv +199 -0
  85. data/spec/testfiles/ms/quant/pdcd5_lfq_qspec.csv +199 -0
  86. data/spec/testfiles/ms/quant/pdcd5_lfq_qspec.oneprot.csv +199 -0
  87. data/spec/testfiles/ms/quant/pdcd5_lfq_qspec.oneprot.tsv +199 -0
  88. data/spec/testfiles/ms/quant/pdcd5_lfq_qspec.oneprot.tsv_qspecgp +199 -0
  89. data/spec/testfiles/ms/quant/pdcd5_lfq_qspec.oneprot.tsv_qspecgp.csv +199 -0
  90. data/spec/testfiles/ms/quant/pdcd5_lfq_qspec.txt +199 -0
  91. data/spec/testfiles/ms/quant/pdcd5_lfq_tabdel.txt +134 -0
  92. data/spec/testfiles/ms/quant/pdcd5_lfq_tabdel.txt_qspecgp +134 -0
  93. data/spec/testfiles/ms/quant/remove_rest_of_proteins.rb +13 -0
  94. data/spec/testfiles/ms/quant/unlog_transform.rb +13 -0
  95. data/spec/testfiles/plms1/output.key +0 -0
  96. metadata +157 -40
  97. data/README +0 -77
  98. data/changelog.txt +0 -196
  99. data/lib/ms/calc.rb +0 -32
  100. data/lib/ms/data/interleaved.rb +0 -60
  101. data/lib/ms/data/lazy_io.rb +0 -73
  102. data/lib/ms/data/lazy_string.rb +0 -15
  103. data/lib/ms/data/simple.rb +0 -59
  104. data/lib/ms/data/transposed.rb +0 -41
  105. data/lib/ms/data.rb +0 -57
  106. data/lib/ms/format/format_error.rb +0 -12
  107. data/lib/ms/support/binary_search.rb +0 -126
data/spec/testfiles/ms/quant/pdcd5_final.killedextratabs.tsv_qspecgp ADDED
@@ -0,0 +1,199 @@
1
+ Protein S0 S0 S0 S1 S1 S1 BayesFactor FoldChange RBstat FDR FLAG
2
+ P16104 0 3127500 0 3349700 0 3955800 714580661110988476533542769131520.000 1.960 49999999999999380739261896366628077987922979061760.000 0.00000
3
+ P04406 1882800 1859500 1506300 1979000 2452600 1807200 243467336181116162114980294374231715827994573313530658816.000 0.167 33501522136501663685020336100214486880097235107840.000 0.00000 *
4
+ P29590 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.048 1.00000
5
+ A5JHP3 3112200 3600800 0 2846600 2778000 1952100 inf 6.211 72435742586630172581045364797251798727594069721088.000 0.00000
6
+ Q92794 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.002 1.00000
7
+ A5YM50 5001100 5075900 5510700 1471500 1210600 1314500 inf -1.370 16995528203565696332490952348560182607962395639808.000 0.00000
8
+ Q14315 145400 0 0 0 0 0 2378.454 -4.262 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
9
+ A6NE09 796100 1135000 630400 540350 383290 0 inf -5.870 69749863796660815608650081119042350758816649314304.000 0.00000
10
+ B4DUT8 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.005 1.00000
11
+ P30044 1030700 1131000 549830 365390 264240 416620 8690972816557522946430141842228779455580803761681157272955842134849230536264558015350147094727908220450991430879958125302837583305114593210497703115115277131803627310870117039818568374724773939085209697961225984285704812667955817773049982222336.000 -0.888 36144061311691970653040218103606689745791453495296.000 0.00000
12
+ A6NHL2 0 0 0 0 0 102130 29878.231 4.231 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
13
+ Q8NI27 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.029 1.00000
14
+ A8K0T9 0 633920 519980 0 0 0 70909196213125.203 -6.296 33333333333333924336900580977760234554572301926400.000 0.00000
15
+ B2R8N1 0 0 0 0 0 86932 0.056 3.820 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 1.00000
16
+ A8K220 4813300 5493500 5461500 2358500 2628700 2571500 inf -0.734 16667800144865606904098487800760006613576468922368.000 0.00000
17
+ A8K2X8 2850800 2685500 2132900 192000000 240000000 171000000 inf 4.314 53723410301466546689112222798772433124352958922752.000 0.00000
18
+ A8K3K1 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.008 1.00000
19
+ A8K4I2 1780900 1763400 2435200 2505700 2418600 1841500 267690271931616615989248.000 0.125 34461131783743819415088489479822025256215588634624.000 0.00000 *
20
+ Q99615 0 314930 0 0 0 0 1973.818 -3.860 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
21
+ B4DSZ4 753570 709090 853490 432820 607680 719270 59233279183452202669909985651167442189607606667819841368948809584707445186557207767941120.000 -0.321 30629370507868519636463953043467868291240082538496.000 0.00000 *
22
+ A8K4Z4 232370 0 0 0 0 0 9.528 -4.289 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
23
+ Q59EJ3 1357200 853930 1220600 976420 1042600 1089000 12064.274 -0.061 33333333051715975781370238460158931507025937432576.000 0.00000 *
24
+ A8K5T7 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.036 1.00000
25
+ Q59EM9 34000000 34200000 40000000 21800000 25700000 18200000 inf -0.513 67717775303389545052599750218309320172597051129856.000 0.00000
26
+ Q3ZCU9 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.030 1.00000
27
+ Q05D08 784750 836410 733370 0 0 0 inf -6.681 17542995471769469608149044503170400726245701582848.000 0.00000
28
+ Q14240-2 1282200 0 426680 0 0 0 3109251901440.471 -5.992 33333333333333924336900580977760234554572301926400.000 0.00000
29
+ Q59HD4 7939400 8562200 6582200 3950700 4083600 4896600 inf -0.577 50000000023108933674823478016378642159243370692608.000 0.00000
30
+ Q9UBL6 0 0 198770 0 0 0 0.000 -3.945 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 1.00000
31
+ Q13561-2 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.025 1.00000
32
+ A8K9C4 38400000 36700000 22300000 28400000 31900000 25300000 235170260337963722344681533424944005255020175006859828076398694511935488.000 -0.077 83333333333334063151503823429222077994959347122176.000 0.00000 *
33
+ A8KAH7 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.031 1.00000
34
+ A8KAY2 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.007 1.00000
35
+ Q9H2G2 995140 0 0 0 0 0 0.273 -4.331 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 1.00000
36
+ A8MVA2 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.009 1.00000
37
+ C9JS35 857630 778960 594680 416270 367050 507520 281959877381486465533098032118699449594148660244845179152212580735709216738581967862409494257057115471225226758030723182272954815840401357804686868855231032944026288390144.000 -0.542 16674501767084654707429774563289012288447435505664.000 0.00000
38
+ A8MXP9 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.019 1.00000
39
+ C9JE52 3521000 3062500 2439300 1483400 1269100 1887500 inf -0.666 65983595144041120037072829848918164113747397836800.000 0.00000
40
+ E7EX29 923330 1047200 912800 509960 386420 568980 inf -0.706 193313737896321062807193355710737086682914357248.000 0.00000
41
+ Q13148-2 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.027 1.00000
42
+ P10599 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.024 1.00000
43
+ B2R4M6 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.026 1.00000
44
+ B2R4P2 3759700 3504700 2037900 2387500 0 1664900 inf -6.322 99440144811503034970158625522853711867067615936512.000 0.00000
45
+ E9PAV3 813260 946300 1042700 699550 952370 0 inf -5.336 51693111116183930114857313683774796737358250115072.000 0.00000
46
+ B2R4R0 0 1745400 2019100 1988700 4016200 1970600 inf 6.520 65791681685749012903052729141537090980240290742272.000 0.00000
47
+ B2R4R9 2697800 2702900 2926900 3129900 1637000 2230100 2952440505127706687817624051670864663782497108396233509222614104849221314023465414132110928337778510467819075721494528.000 -0.241 33333335069550560744146071995921382018084667129856.000 0.00000 *
48
+ B2R4U3 783040 730140 462770 261640 205580 0 inf -5.705 56358405446652427555792171450158079446167490396160.000 0.00000
49
+ B2R679 9092100 7857500 7716400 5969300 5192500 6149100 inf -0.355 33967674696529890244315808440091500463600527474688.000 0.00000 *
50
+ B2R9K8 1184600 1043300 1017100 248000000 255000000 207000000 inf 5.269 63367474747236944076638003455964296465241134333952.000 0.00000
51
+ B2R9U2 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.043 1.00000
52
+ B2RBR9 413290 317530 0 254980 179400 0 37645903.015 -0.091 66666666666667848673801161955520469109144603852800.000 0.00000 *
53
+ P10809 16000000 16400000 16700000 11400000 10200000 11600000 inf -0.397 17247788956226908184052824409425668181372700721152.000 0.00000 *
54
+ B3KM68 651580 602770 514910 0 0 0 inf -6.858 38518720018108444791859678483145410225935220736.000 0.00000
55
+ B3KNA8 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.012 1.00000
56
+ B3KUH0 136450 244860 0 0 0 0 194.255 -5.515 33333333333333924336900580977760234554572301926400.000 0.00000
57
+ B3KW39 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.018 1.00000
58
+ E9PDP1 776940 734110 732040 339030 316890 433720 inf -0.751 7674060075552372376552370869773211110071829790720.000 0.00000
59
+ P04350 0 329830 582730 0 0 0 1.037 -5.094 33333333333333924336900580977760234554572301926400.000 0.00000
60
+ P32119 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.024 1.00000
61
+ Q15417 740000 525400 372480 0 414700 593000 inf -5.472 66866875353411291309843216208094133048494411218944.000 0.00000
62
+ P08238 2984300 2963600 3347600 1751800 947290 1812900 inf -0.807 64080101952161083932262109946285525688792802918400.000 0.00000
63
+ D3DPU2 3367400 3092300 3118900 2308800 2012100 2111800 inf -0.400 296016422768755842923101578350553835358560190464.000 0.00000 *
64
+ Q53FR9 0 311260 0 0 0 0 3.955 -4.262 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
65
+ P61086 0 0 0 0 0 267100 143.720 4.617 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
66
+ P17812 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.007 1.00000
67
+ P27348 546290 0 0 0 0 276340 0.000 -0.156 33333333333333924336900580977760234554572301926400.000 1.00000
68
+ B5ME63 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.023 1.00000
69
+ Q53G16 456880 0 0 0 0 0 0.751 -4.416 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 1.00000
70
+ E9PCF5 2119600 1936300 1584900 1064600 1600300 1004800 44845393060064657535373686897538498965469371514064897198218129608018942961506180170124217311399748851103345070791577686080909002026832519364872805770410611375461368240595106090589791006688383571415566838788117328581703499776.000 -0.463 47106304921306613128542136503774618266558489690112.000 0.00000
71
+ Q14103 1501200 1620700 1181400 896220 1018800 1131900 278808064718236711172807941733709439750892026287738564222297436733525100731610723566136600999636762908953879254577203380710333002490576896.000 -0.336 22286363138429616814024106318359614816613304369152.000 0.00000 *
72
+ D3DUS9 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.012 1.00000
73
+ B4DVC9 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.031 1.00000
74
+ B4DVM6 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.044 1.00000
75
+ P25685 0 0 0 464230 0 0 3.096 4.289 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
76
+ Q15785 645960 667710 575750 0 0 0 inf -6.643 3933511521838456503242034480583915940215514988544.000 0.00000
77
+ B4DZF2 0 189750 0 0 0 0 279896198.998 -4.077 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
78
+ Q9Y371-2 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.032 1.00000
79
+ Q7L2H7 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.051 1.00000
80
+ P28066 0 0 73829 0 0 0 0.692 -3.922 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 1.00000
81
+ B5BTY7 3784000 4302400 4025400 177000000 183000000 196000000 inf 3.819 41405284814847480876852084512619686365654209789952.000 0.00000
82
+ B5BU32 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.052 1.00000
83
+ B5BU38 2157000 1936500 1909000 336810 503400 0 inf -5.448 50213068438393125481567690835358704529018007322624.000 0.00000
84
+ Q8N6T3-2 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.021 1.00000
85
+ E7EQR4 509680 517000 378700 0 0 0 inf -7.147 10668043104494096400005547316358004746529716305920.000 0.00000
86
+ B7Z6F8 465640 0 0 0 0 0 71526743.773 -4.173 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
87
+ B7Z7B4 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.049 1.00000
88
+ Q9NVD7 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.030 1.00000
89
+ E9PAN3 604580 734700 1237600 0 765150 675700 inf -5.948 66476006077831586525608592515820250580454058491904.000 0.00000
90
+ B7ZLS9 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.059 1.00000
91
+ P22626 1302400 1059700 517610 819140 1239200 878680 17674105600887790.000 0.136 50000000062555435984735587689640246431887946416128.000 0.00000 *
92
+ C7DJS2 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.045 1.00000
93
+ Q15942 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.035 1.00000
94
+ Q9BUL8 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.046 1.00000
95
+ E9PC16 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.005 1.00000
96
+ P18085 7527000 7354300 6218500 5071900 3495800 4739100 inf -0.483 54632160331710772128510516720637557638211240460288.000 0.00000
97
+ P12318 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.023 1.00000
98
+ D3DQ70 0 0 0 0 0 181280 0.232 4.054 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 1.00000
99
+ Q53F37 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.046 1.00000
100
+ D6W4Z6 1370900 1373500 1233400 800030 696130 1221900 4797006679349917923603006897560488904404879888427843644082665599226060065521157465050721988431068572171320429548337434188825550635131403410455408373383434527833759239242350428769946971838681274334455005184.000 -0.439 16709234948259997639300311098852616711061788164096.000 0.00000
101
+ P15924 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.014 1.00000
102
+ E2QRA8 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.016 1.00000
103
+ E5KN55 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.035 1.00000
104
+ E7ETK2 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.010 1.00000
105
+ Q8TAT6-2 816100 1191100 389660 303350 0 0 inf -6.844 49999999999999380739261896366628077987922979061760.000 0.00000
106
+ Q9H0U4 15600000 16600000 14000000 6686500 6534400 5430400 inf -0.912 55888747844044442071554915492063684859824225386496.000 0.00000
107
+ E9KL23 1196500 0 0 731330 0 0 47499.806 -0.023 33333333333333924336900580977760234554572301926400.000 0.00000 *
108
+ E9KL35 7051000 7414300 9873500 4798100 4842600 4503000 inf -0.519 33286511900867464350930526655792557399440101474304.000 0.00000
109
+ E9KL39 10100000 9778700 8597400 5759400 4165800 6351000 inf -0.590 62948730155702202831198149889834200843952257499136.000 0.00000
110
+ P37235 0 0 0 0 0 76806 153.832 3.710 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
111
+ E9PDH9 789120 811600 466560 0 332980 0 inf -6.578 33333351248161122777684887855615938429503710167040.000 0.00000
112
+ Q15046-2 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.036 1.00000
113
+ Q8WUD1 794930 860200 572810 0 0 0 inf -7.563 16671739783318740810376684469384005927667486425088.000 0.00000
114
+ Q9UHX1 0 0 0 49865 0 0 14.789 4.448 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
115
+ E9PK25 5682500 5493200 5408000 3529100 2551800 2571800 inf -0.683 16666666666667003706825158767501145521256784723968.000 0.00000
116
+ O14737 2142100 1530400 3094400 457000000 488000000 407000000 inf 5.124 68676497733769986918676125616474002665536745373696.000 0.00000
117
+ O43175 2265000 1886800 1529100 1038500 1030800 954760 inf -0.611 33333333333333924336900580977760234554572301926400.000 0.00000
118
+ O60493 1147000 1297900 1052200 541670 0 0 inf -6.248 29372918947096749992053133877089381723105990279168.000 0.00000
119
+ O60664 7368000 7247500 7819800 4234500 4447100 3112000 inf -0.672 39601235850715882349496851133127926335962328596480.000 0.00000
120
+ O75340 0 0 0 0 157040 0 0.214 4.131 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 1.00000
121
+ P04632 7669800 7813800 9810200 3620800 3328300 3947000 inf -0.834 35884599993360441936198759705388166317026939240448.000 0.00000
122
+ P04792 11600000 10300000 7972700 6745100 6949000 5823200 inf -0.408 51180618924695772511838833540799068746006285778944.000 0.00000
123
+ P05109 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.021 1.00000
124
+ P05198 797210 894290 1117400 972550 765170 668020 244553045603820588268257280.000 -0.160 33333333607504841892264781108452187363920060612608.000 0.00000 *
125
+ P05387 3363800 2807000 2574000 1647800 2061500 1292400 inf -0.587 53653858587254149001496511374745663031524039065600.000 0.00000
126
+ P06733 1099900 1034500 1206800 0 691310 662350 inf -5.118 50000000000000097276228374172840815196416411435008.000 0.00000
127
+ P07355-2 42800000 39900000 38000000 17900000 16700000 17300000 inf -0.843 44302943932664095757651118728857752733993102475264.000 0.00000
128
+ P07384 2894900 2823400 3425100 1045600 983840 723220 inf -1.224 33335588382674787985700470733344071731083837702144.000 0.00000
129
+ P07437 23900000 25300000 24500000 7902000 7262200 9093100 inf -1.127 47838816062114643175722396196983661791576363892736.000 0.00000
130
+ P07737 1409100 1540700 0 866250 961770 828460 inf 4.921 49999999999999432662230481714904363292886271262720.000 0.00000
131
+ P07900-2 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.026 1.00000
132
+ P08758 850110 658370 542090 320980 293530 618820 30675029948889759829203936794719392652606165950155781315276024684197408897509833315783898362093248502284711286761650771349373053056028077153320960.000 -0.585 34648041886533872772762081559931055434428296724480.000 0.00000
133
+ P09211 6221700 5749200 5390900 5594900 5155400 3979100 138633424743314169638299297743215730270875168656228359490529223312216985671932391981524613450638600086013391799371096585535496388608.000 -0.182 51163111126084163016727571523413756221755966357504.000 0.00000 *
134
+ P09382 36500000 36900000 32700000 19100000 16400000 17500000 inf -0.695 66706010498047368809603807208305298849525770747904.000 0.00000
135
+ P09651 983260 981410 1005400 647380 543760 649190 29406721812091800624398665940659876498666702125823481368412615015416341474800388663786418027516284644541779551452506872234605731972939984747264532449272243616220859980320414099857991435256230849492992956480326953113599629734250725371286110373733750055161623868342272.000 -0.499 145214467514018957989089640448.000 0.00000
136
+ P11142 12800000 12400000 16900000 12200000 10500000 9269400 inf -0.269 66666666671640978681937234509850693188308319600640.000 0.00000 *
137
+ P11586 809000 1529900 1314500 0 565790 0 inf -6.888 49999999999999432662230481714904363292886271262720.000 0.00000
138
+ P12273 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.032 1.00000
139
+ P13639 14700000 15000000 12700000 5826900 4843900 5074400 inf -0.991 47606726869167567452087421822866321148376894144512.000 0.00000
140
+ P14174 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.015 1.00000
141
+ P14618 4927700 5118500 3815900 3396500 2748800 3061500 inf -0.401 64371961153868122583017278927829131469317455478784.000 0.00000 *
142
+ P17987 236900 133650 387300 186000000 189000000 169000000 inf 6.016 72413402043530008320483416729590308185060126228480.000 0.00000
143
+ P18206 2256000 2097300 1002600 356300 668020 615240 inf -1.131 78018594929297948979978325529414309254480755949568.000 0.00000
144
+ P20290 544720 448520 466660 0 0 341030 inf -5.767 16666666702917600569637355221953572528799428378624.000 0.00000
145
+ P22314 0 0 0 0 116090 0 94.141 4.274 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
146
+ P25398 12300000 13500000 15900000 9807100 12700000 8486100 inf -0.314 66666666666667848673801161955520469109144603852800.000 0.00000 *
147
+ Q9BUQ0 837270 1090600 1069100 734290 507680 547770 1194570391104606160517283375256606985510800238523531381366137375704122598134900070158533759663815956935640695745169470042445621237943846426291403252870306500243033553806135341525570929808460952371200.000 -0.529 29084116138582389410472197966157541743978184966144.000 0.00000
148
+ P30050 756090 613930 888850 787010 695040 545070 69469117078.576 -0.108 27702552606993735183029417237958094999252927250432.000 0.00000 *
149
+ P31151 2788400 2012400 0 0 0 0 1676240157127188260763861219552259309830144.000 -5.976 33333333333333924336900580977760234554572301926400.000 0.00000
150
+ P31949 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.093 1.00000
151
+ P35754 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.030 1.00000
152
+ P46060 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.032 1.00000
153
+ P48643 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.033 1.00000
154
+ Q59H77 801220 838360 617780 221000000 257000000 203000000 inf 5.507 58799654004176709463060450080669818525207280746496.000 0.00000
155
+ P50990 5486400 6213000 4762200 247000000 294000000 243000000 inf 3.839 80203173272994573565774278138686792396280051007488.000 0.00000
156
+ P50991 316140 669700 402670 168000000 166000000 145000000 inf 5.566 79430231585691066296376685031193288643991354474496.000 0.00000
157
+ P51148 5627300 5928800 7306500 3236100 3495900 2800200 inf -0.680 64514134685964005148004735945810100413525162721280.000 0.00000
158
+ P51149 3908200 3831500 3285700 1342800 1180700 1699900 inf -0.975 39968595076689506516146248156401225480241909071872.000 0.00000
159
+ P61026 2269400 4215200 0 1057400 1608700 1547000 inf 5.931 56178442571086164527503281972928827715053263257600.000 0.00000
160
+ P61088 3804700 3459800 3842900 1995500 1899000 1899400 inf -0.648 646834675299610539844313676510205919875632726016.000 0.00000
161
+ P61106 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.022 1.00000
162
+ P61204 2825200 2823200 2142900 3192000 2376500 2759600 9301323159541438464.000 0.070 50000000000000336121883866774911727599247555559424.000 0.00000 *
163
+ P61289-2 5778000 5644700 5755500 3213100 2554200 2895200 inf -0.696 32997983997991926708113992915005039999252644757504.000 0.00000
164
+ Q5VXS0 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.035 1.00000
165
+ P62258 0 0 0 0 53143 0 767.243 3.674 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
166
+ P68371 474770 452670 406290 141190 129140 0 inf -4.736 49999999999999380739261896366628077987922979061760.000 0.00000
167
+ Q01995 4170700 4082900 5722900 2580200 3003700 2162300 inf -0.585 51067718270429658240947844577093675760827395735552.000 0.00000
168
+ Q02413 556540 637900 367710 0 0 0 inf -7.655 20271078208800790490980901709810011531491246342144.000 0.00000
169
+ Q06323 8717600 8575200 8698300 5184000 5056100 5162200 inf -0.524 9016479286107543961600.000 0.00000
170
+ Q07812-2 1511200 1430400 1200200 599580 514420 919090 inf -0.766 26046642136712676976243268003901977098400445759488.000 0.00000
171
+ Q09666 7172900 6489600 3932600 6692900 9040200 5851200 3536304640779641638366505124191321062299305789177627148311770863448606193027486071485421734589619884973202527845249772523293245440.000 0.239 83333333333324125095316587769141070624985219858432.000 0.00000 *
172
+ Q12789 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.024 1.00000
173
+ Q12955 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.035 1.00000
174
+ Q13748 0 0 0 0 0 145340 0.321 4.247 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 1.00000
175
+ Q13885 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.004 1.00000
176
+ Q14966-5 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.004 1.00000
177
+ Q15365 26600000 28100000 26400000 14300000 15100000 12200000 inf -0.677 49999999999999380739261896366628077987922979061760.000 0.00000
178
+ Q2NKY5 0 0 0 0 0 107070 115.340 3.813 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
179
+ Q9UMY4 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.014 1.00000
180
+ Q53GA7 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.010 1.00000
181
+ Q53HV2 1184000 1245700 882070 184000000 190000000 176000000 inf 4.886 53079210769683835674379767750992038603276865765376.000 0.00000
182
+ Q549M8 899290 855210 487660 0 269250 0 inf -6.759 39447283952880711505135021711265549937231664250880.000 0.00000
183
+ Q562R1 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.012 1.00000
184
+ Q5RHS7 0 0 0 0 0 345740 3853.890 4.324 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
185
+ Q5T6W5 1876700 2258400 1635000 919260 993860 1310800 inf -0.588 48638319449199175479915687973011514189639097253888.000 0.00000
186
+ Q5T749 1211900 1066500 1650200 1005300 1026200 746510 1608261237717711273035777474806123605027412723614544402684686292959053183256726217910754571118372234199040.000 -0.335 35959475639329190353643882678468224405206705635328.000 0.00000 *
187
+ Q6FG99 1687000 1839600 1995000 1360700 1428000 1275600 3905061882549979231000520666025042203650156810448507279432830399015822595002610267353828598116357733005500200094962609457078742137953562692309902936609184699969717842798047375483309937131520.000 -0.305 67980074769994227237131592097183630278065651712.000 0.00000 *
188
+ Q6GPH4-6 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.025 1.00000
189
+ Q8IVF2 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.024 1.00000
190
+ Q8NBJ5 0 0 0 0 0 2134600 185606.788 5.212 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
191
+ Q96C19 0 410710 443380 0 0 0 22013957882.781 -5.993 33333333333333924336900580977760234554572301926400.000 0.00000
192
+ Q96FQ6 1530100 1607600 578290 801050 186710 188050 inf -1.371 66666666666667848673801161955520469109144603852800.000 0.00000
193
+ Q99471 0 0 0 0 273430 0 412.803 3.602 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
194
+ Q9BUF5 0 0 0 27021 0 0 5.291 4.352 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
195
+ Q9BZK4 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.028 1.00000
196
+ Q9C000 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.062 1.00000
197
+ Q9HB15 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.005 1.00000
198
+ Q9Y3D6 0 0 0 207940 0 0 16.880 4.082 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
199
+ Q9Y490 5274700 5522000 5532900 1744300 2466500 2759000 inf -0.903 33333333333333924336900580977760234554572301926400.000 0.00000
data/spec/testfiles/ms/quant/pdcd5_final.killedextratabs.tsv_qspecgp.csv ADDED
@@ -0,0 +1,199 @@
1
+ Protein S0 S0 S0 S1 S1 S1 BayesFactor FoldChange RBstat FDR FLAG
2
+ P16104 0 3127500 0 3349700 0 3955800 714580661110988476533542769131520.000 1.960 49999999999999380739261896366628077987922979061760.000 0.00000
3
+ P04406 1882800 1859500 1506300 1979000 2452600 1807200 243467336181116162114980294374231715827994573313530658816.000 0.167 33501522136501663685020336100214486880097235107840.000 0.00000 *
4
+ P29590 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.048 1.00000
5
+ A5JHP3 3112200 3600800 0 2846600 2778000 1952100 inf 6.211 72435742586630172581045364797251798727594069721088.000 0.00000
6
+ Q92794 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.002 1.00000
7
+ A5YM50 5001100 5075900 5510700 1471500 1210600 1314500 inf -1.370 16995528203565696332490952348560182607962395639808.000 0.00000
8
+ Q14315 145400 0 0 0 0 0 2378.454 -4.262 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
9
+ A6NE09 796100 1135000 630400 540350 383290 0 inf -5.870 69749863796660815608650081119042350758816649314304.000 0.00000
10
+ B4DUT8 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.005 1.00000
11
+ P30044 1030700 1131000 549830 365390 264240 416620 8690972816557522946430141842228779455580803761681157272955842134849230536264558015350147094727908220450991430879958125302837583305114593210497703115115277131803627310870117039818568374724773939085209697961225984285704812667955817773049982222336.000 -0.888 36144061311691970653040218103606689745791453495296.000 0.00000
12
+ A6NHL2 0 0 0 0 0 102130 29878.231 4.231 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
13
+ Q8NI27 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.029 1.00000
14
+ A8K0T9 0 633920 519980 0 0 0 70909196213125.203 -6.296 33333333333333924336900580977760234554572301926400.000 0.00000
15
+ B2R8N1 0 0 0 0 0 86932 0.056 3.820 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 1.00000
16
+ A8K220 4813300 5493500 5461500 2358500 2628700 2571500 inf -0.734 16667800144865606904098487800760006613576468922368.000 0.00000
17
+ A8K2X8 2850800 2685500 2132900 192000000 240000000 171000000 inf 4.314 53723410301466546689112222798772433124352958922752.000 0.00000
18
+ A8K3K1 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.008 1.00000
19
+ A8K4I2 1780900 1763400 2435200 2505700 2418600 1841500 267690271931616615989248.000 0.125 34461131783743819415088489479822025256215588634624.000 0.00000 *
20
+ Q99615 0 314930 0 0 0 0 1973.818 -3.860 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
21
+ B4DSZ4 753570 709090 853490 432820 607680 719270 59233279183452202669909985651167442189607606667819841368948809584707445186557207767941120.000 -0.321 30629370507868519636463953043467868291240082538496.000 0.00000 *
22
+ A8K4Z4 232370 0 0 0 0 0 9.528 -4.289 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
23
+ Q59EJ3 1357200 853930 1220600 976420 1042600 1089000 12064.274 -0.061 33333333051715975781370238460158931507025937432576.000 0.00000 *
24
+ A8K5T7 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.036 1.00000
25
+ Q59EM9 34000000 34200000 40000000 21800000 25700000 18200000 inf -0.513 67717775303389545052599750218309320172597051129856.000 0.00000
26
+ Q3ZCU9 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.030 1.00000
27
+ Q05D08 784750 836410 733370 0 0 0 inf -6.681 17542995471769469608149044503170400726245701582848.000 0.00000
28
+ Q14240-2 1282200 0 426680 0 0 0 3109251901440.471 -5.992 33333333333333924336900580977760234554572301926400.000 0.00000
29
+ Q59HD4 7939400 8562200 6582200 3950700 4083600 4896600 inf -0.577 50000000023108933674823478016378642159243370692608.000 0.00000
30
+ Q9UBL6 0 0 198770 0 0 0 0.000 -3.945 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 1.00000
31
+ Q13561-2 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.025 1.00000
32
+ A8K9C4 38400000 36700000 22300000 28400000 31900000 25300000 235170260337963722344681533424944005255020175006859828076398694511935488.000 -0.077 83333333333334063151503823429222077994959347122176.000 0.00000 *
33
+ A8KAH7 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.031 1.00000
34
+ A8KAY2 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.007 1.00000
35
+ Q9H2G2 995140 0 0 0 0 0 0.273 -4.331 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 1.00000
36
+ A8MVA2 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.009 1.00000
37
+ C9JS35 857630 778960 594680 416270 367050 507520 281959877381486465533098032118699449594148660244845179152212580735709216738581967862409494257057115471225226758030723182272954815840401357804686868855231032944026288390144.000 -0.542 16674501767084654707429774563289012288447435505664.000 0.00000
38
+ A8MXP9 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.019 1.00000
39
+ C9JE52 3521000 3062500 2439300 1483400 1269100 1887500 inf -0.666 65983595144041120037072829848918164113747397836800.000 0.00000
40
+ E7EX29 923330 1047200 912800 509960 386420 568980 inf -0.706 193313737896321062807193355710737086682914357248.000 0.00000
41
+ Q13148-2 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.027 1.00000
42
+ P10599 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.024 1.00000
43
+ B2R4M6 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.026 1.00000
44
+ B2R4P2 3759700 3504700 2037900 2387500 0 1664900 inf -6.322 99440144811503034970158625522853711867067615936512.000 0.00000
45
+ E9PAV3 813260 946300 1042700 699550 952370 0 inf -5.336 51693111116183930114857313683774796737358250115072.000 0.00000
46
+ B2R4R0 0 1745400 2019100 1988700 4016200 1970600 inf 6.520 65791681685749012903052729141537090980240290742272.000 0.00000
47
+ B2R4R9 2697800 2702900 2926900 3129900 1637000 2230100 2952440505127706687817624051670864663782497108396233509222614104849221314023465414132110928337778510467819075721494528.000 -0.241 33333335069550560744146071995921382018084667129856.000 0.00000 *
48
+ B2R4U3 783040 730140 462770 261640 205580 0 inf -5.705 56358405446652427555792171450158079446167490396160.000 0.00000
49
+ B2R679 9092100 7857500 7716400 5969300 5192500 6149100 inf -0.355 33967674696529890244315808440091500463600527474688.000 0.00000 *
50
+ B2R9K8 1184600 1043300 1017100 248000000 255000000 207000000 inf 5.269 63367474747236944076638003455964296465241134333952.000 0.00000
51
+ B2R9U2 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.043 1.00000
52
+ B2RBR9 413290 317530 0 254980 179400 0 37645903.015 -0.091 66666666666667848673801161955520469109144603852800.000 0.00000 *
53
+ P10809 16000000 16400000 16700000 11400000 10200000 11600000 inf -0.397 17247788956226908184052824409425668181372700721152.000 0.00000 *
54
+ B3KM68 651580 602770 514910 0 0 0 inf -6.858 38518720018108444791859678483145410225935220736.000 0.00000
55
+ B3KNA8 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.012 1.00000
56
+ B3KUH0 136450 244860 0 0 0 0 194.255 -5.515 33333333333333924336900580977760234554572301926400.000 0.00000
57
+ B3KW39 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.018 1.00000
58
+ E9PDP1 776940 734110 732040 339030 316890 433720 inf -0.751 7674060075552372376552370869773211110071829790720.000 0.00000
59
+ P04350 0 329830 582730 0 0 0 1.037 -5.094 33333333333333924336900580977760234554572301926400.000 0.00000
60
+ P32119 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.024 1.00000
61
+ Q15417 740000 525400 372480 0 414700 593000 inf -5.472 66866875353411291309843216208094133048494411218944.000 0.00000
62
+ P08238 2984300 2963600 3347600 1751800 947290 1812900 inf -0.807 64080101952161083932262109946285525688792802918400.000 0.00000
63
+ D3DPU2 3367400 3092300 3118900 2308800 2012100 2111800 inf -0.400 296016422768755842923101578350553835358560190464.000 0.00000 *
64
+ Q53FR9 0 311260 0 0 0 0 3.955 -4.262 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
65
+ P61086 0 0 0 0 0 267100 143.720 4.617 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
66
+ P17812 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.007 1.00000
67
+ P27348 546290 0 0 0 0 276340 0.000 -0.156 33333333333333924336900580977760234554572301926400.000 1.00000
68
+ B5ME63 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.023 1.00000
69
+ Q53G16 456880 0 0 0 0 0 0.751 -4.416 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 1.00000
70
+ E9PCF5 2119600 1936300 1584900 1064600 1600300 1004800 44845393060064657535373686897538498965469371514064897198218129608018942961506180170124217311399748851103345070791577686080909002026832519364872805770410611375461368240595106090589791006688383571415566838788117328581703499776.000 -0.463 47106304921306613128542136503774618266558489690112.000 0.00000
71
+ Q14103 1501200 1620700 1181400 896220 1018800 1131900 278808064718236711172807941733709439750892026287738564222297436733525100731610723566136600999636762908953879254577203380710333002490576896.000 -0.336 22286363138429616814024106318359614816613304369152.000 0.00000 *
72
+ D3DUS9 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.012 1.00000
73
+ B4DVC9 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.031 1.00000
74
+ B4DVM6 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.044 1.00000
75
+ P25685 0 0 0 464230 0 0 3.096 4.289 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
76
+ Q15785 645960 667710 575750 0 0 0 inf -6.643 3933511521838456503242034480583915940215514988544.000 0.00000
77
+ B4DZF2 0 189750 0 0 0 0 279896198.998 -4.077 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
78
+ Q9Y371-2 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.032 1.00000
79
+ Q7L2H7 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.051 1.00000
80
+ P28066 0 0 73829 0 0 0 0.692 -3.922 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 1.00000
81
+ B5BTY7 3784000 4302400 4025400 177000000 183000000 196000000 inf 3.819 41405284814847480876852084512619686365654209789952.000 0.00000
82
+ B5BU32 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.052 1.00000
83
+ B5BU38 2157000 1936500 1909000 336810 503400 0 inf -5.448 50213068438393125481567690835358704529018007322624.000 0.00000
84
+ Q8N6T3-2 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.021 1.00000
85
+ E7EQR4 509680 517000 378700 0 0 0 inf -7.147 10668043104494096400005547316358004746529716305920.000 0.00000
86
+ B7Z6F8 465640 0 0 0 0 0 71526743.773 -4.173 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
87
+ B7Z7B4 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.049 1.00000
88
+ Q9NVD7 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.030 1.00000
89
+ E9PAN3 604580 734700 1237600 0 765150 675700 inf -5.948 66476006077831586525608592515820250580454058491904.000 0.00000
90
+ B7ZLS9 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.059 1.00000
91
+ P22626 1302400 1059700 517610 819140 1239200 878680 17674105600887790.000 0.136 50000000062555435984735587689640246431887946416128.000 0.00000 *
92
+ C7DJS2 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.045 1.00000
93
+ Q15942 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.035 1.00000
94
+ Q9BUL8 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.046 1.00000
95
+ E9PC16 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.005 1.00000
96
+ P18085 7527000 7354300 6218500 5071900 3495800 4739100 inf -0.483 54632160331710772128510516720637557638211240460288.000 0.00000
97
+ P12318 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.023 1.00000
98
+ D3DQ70 0 0 0 0 0 181280 0.232 4.054 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 1.00000
99
+ Q53F37 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.046 1.00000
100
+ D6W4Z6 1370900 1373500 1233400 800030 696130 1221900 4797006679349917923603006897560488904404879888427843644082665599226060065521157465050721988431068572171320429548337434188825550635131403410455408373383434527833759239242350428769946971838681274334455005184.000 -0.439 16709234948259997639300311098852616711061788164096.000 0.00000
101
+ P15924 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.014 1.00000
102
+ E2QRA8 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.016 1.00000
103
+ E5KN55 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.035 1.00000
104
+ E7ETK2 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.010 1.00000
105
+ Q8TAT6-2 816100 1191100 389660 303350 0 0 inf -6.844 49999999999999380739261896366628077987922979061760.000 0.00000
106
+ Q9H0U4 15600000 16600000 14000000 6686500 6534400 5430400 inf -0.912 55888747844044442071554915492063684859824225386496.000 0.00000
107
+ E9KL23 1196500 0 0 731330 0 0 47499.806 -0.023 33333333333333924336900580977760234554572301926400.000 0.00000 *
108
+ E9KL35 7051000 7414300 9873500 4798100 4842600 4503000 inf -0.519 33286511900867464350930526655792557399440101474304.000 0.00000
109
+ E9KL39 10100000 9778700 8597400 5759400 4165800 6351000 inf -0.590 62948730155702202831198149889834200843952257499136.000 0.00000
110
+ P37235 0 0 0 0 0 76806 153.832 3.710 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
111
+ E9PDH9 789120 811600 466560 0 332980 0 inf -6.578 33333351248161122777684887855615938429503710167040.000 0.00000
112
+ Q15046-2 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.036 1.00000
113
+ Q8WUD1 794930 860200 572810 0 0 0 inf -7.563 16671739783318740810376684469384005927667486425088.000 0.00000
114
+ Q9UHX1 0 0 0 49865 0 0 14.789 4.448 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
115
+ E9PK25 5682500 5493200 5408000 3529100 2551800 2571800 inf -0.683 16666666666667003706825158767501145521256784723968.000 0.00000
116
+ O14737 2142100 1530400 3094400 457000000 488000000 407000000 inf 5.124 68676497733769986918676125616474002665536745373696.000 0.00000
117
+ O43175 2265000 1886800 1529100 1038500 1030800 954760 inf -0.611 33333333333333924336900580977760234554572301926400.000 0.00000
118
+ O60493 1147000 1297900 1052200 541670 0 0 inf -6.248 29372918947096749992053133877089381723105990279168.000 0.00000
119
+ O60664 7368000 7247500 7819800 4234500 4447100 3112000 inf -0.672 39601235850715882349496851133127926335962328596480.000 0.00000
120
+ O75340 0 0 0 0 157040 0 0.214 4.131 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 1.00000
121
+ P04632 7669800 7813800 9810200 3620800 3328300 3947000 inf -0.834 35884599993360441936198759705388166317026939240448.000 0.00000
122
+ P04792 11600000 10300000 7972700 6745100 6949000 5823200 inf -0.408 51180618924695772511838833540799068746006285778944.000 0.00000
123
+ P05109 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.021 1.00000
124
+ P05198 797210 894290 1117400 972550 765170 668020 244553045603820588268257280.000 -0.160 33333333607504841892264781108452187363920060612608.000 0.00000 *
125
+ P05387 3363800 2807000 2574000 1647800 2061500 1292400 inf -0.587 53653858587254149001496511374745663031524039065600.000 0.00000
126
+ P06733 1099900 1034500 1206800 0 691310 662350 inf -5.118 50000000000000097276228374172840815196416411435008.000 0.00000
127
+ P07355-2 42800000 39900000 38000000 17900000 16700000 17300000 inf -0.843 44302943932664095757651118728857752733993102475264.000 0.00000
128
+ P07384 2894900 2823400 3425100 1045600 983840 723220 inf -1.224 33335588382674787985700470733344071731083837702144.000 0.00000
129
+ P07437 23900000 25300000 24500000 7902000 7262200 9093100 inf -1.127 47838816062114643175722396196983661791576363892736.000 0.00000
130
+ P07737 1409100 1540700 0 866250 961770 828460 inf 4.921 49999999999999432662230481714904363292886271262720.000 0.00000
131
+ P07900-2 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.026 1.00000
132
+ P08758 850110 658370 542090 320980 293530 618820 30675029948889759829203936794719392652606165950155781315276024684197408897509833315783898362093248502284711286761650771349373053056028077153320960.000 -0.585 34648041886533872772762081559931055434428296724480.000 0.00000
133
+ P09211 6221700 5749200 5390900 5594900 5155400 3979100 138633424743314169638299297743215730270875168656228359490529223312216985671932391981524613450638600086013391799371096585535496388608.000 -0.182 51163111126084163016727571523413756221755966357504.000 0.00000 *
134
+ P09382 36500000 36900000 32700000 19100000 16400000 17500000 inf -0.695 66706010498047368809603807208305298849525770747904.000 0.00000
135
+ P09651 983260 981410 1005400 647380 543760 649190 29406721812091800624398665940659876498666702125823481368412615015416341474800388663786418027516284644541779551452506872234605731972939984747264532449272243616220859980320414099857991435256230849492992956480326953113599629734250725371286110373733750055161623868342272.000 -0.499 145214467514018957989089640448.000 0.00000
136
+ P11142 12800000 12400000 16900000 12200000 10500000 9269400 inf -0.269 66666666671640978681937234509850693188308319600640.000 0.00000 *
137
+ P11586 809000 1529900 1314500 0 565790 0 inf -6.888 49999999999999432662230481714904363292886271262720.000 0.00000
138
+ P12273 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.032 1.00000
139
+ P13639 14700000 15000000 12700000 5826900 4843900 5074400 inf -0.991 47606726869167567452087421822866321148376894144512.000 0.00000
140
+ P14174 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.015 1.00000
141
+ P14618 4927700 5118500 3815900 3396500 2748800 3061500 inf -0.401 64371961153868122583017278927829131469317455478784.000 0.00000 *
142
+ P17987 236900 133650 387300 186000000 189000000 169000000 inf 6.016 72413402043530008320483416729590308185060126228480.000 0.00000
143
+ P18206 2256000 2097300 1002600 356300 668020 615240 inf -1.131 78018594929297948979978325529414309254480755949568.000 0.00000
144
+ P20290 544720 448520 466660 0 0 341030 inf -5.767 16666666702917600569637355221953572528799428378624.000 0.00000
145
+ P22314 0 0 0 0 116090 0 94.141 4.274 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
146
+ P25398 12300000 13500000 15900000 9807100 12700000 8486100 inf -0.314 66666666666667848673801161955520469109144603852800.000 0.00000 *
147
+ Q9BUQ0 837270 1090600 1069100 734290 507680 547770 1194570391104606160517283375256606985510800238523531381366137375704122598134900070158533759663815956935640695745169470042445621237943846426291403252870306500243033553806135341525570929808460952371200.000 -0.529 29084116138582389410472197966157541743978184966144.000 0.00000
148
+ P30050 756090 613930 888850 787010 695040 545070 69469117078.576 -0.108 27702552606993735183029417237958094999252927250432.000 0.00000 *
149
+ P31151 2788400 2012400 0 0 0 0 1676240157127188260763861219552259309830144.000 -5.976 33333333333333924336900580977760234554572301926400.000 0.00000
150
+ P31949 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.093 1.00000
151
+ P35754 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.030 1.00000
152
+ P46060 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.032 1.00000
153
+ P48643 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.033 1.00000
154
+ Q59H77 801220 838360 617780 221000000 257000000 203000000 inf 5.507 58799654004176709463060450080669818525207280746496.000 0.00000
155
+ P50990 5486400 6213000 4762200 247000000 294000000 243000000 inf 3.839 80203173272994573565774278138686792396280051007488.000 0.00000
156
+ P50991 316140 669700 402670 168000000 166000000 145000000 inf 5.566 79430231585691066296376685031193288643991354474496.000 0.00000
157
+ P51148 5627300 5928800 7306500 3236100 3495900 2800200 inf -0.680 64514134685964005148004735945810100413525162721280.000 0.00000
158
+ P51149 3908200 3831500 3285700 1342800 1180700 1699900 inf -0.975 39968595076689506516146248156401225480241909071872.000 0.00000
159
+ P61026 2269400 4215200 0 1057400 1608700 1547000 inf 5.931 56178442571086164527503281972928827715053263257600.000 0.00000
160
+ P61088 3804700 3459800 3842900 1995500 1899000 1899400 inf -0.648 646834675299610539844313676510205919875632726016.000 0.00000
161
+ P61106 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.022 1.00000
162
+ P61204 2825200 2823200 2142900 3192000 2376500 2759600 9301323159541438464.000 0.070 50000000000000336121883866774911727599247555559424.000 0.00000 *
163
+ P61289-2 5778000 5644700 5755500 3213100 2554200 2895200 inf -0.696 32997983997991926708113992915005039999252644757504.000 0.00000
164
+ Q5VXS0 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.035 1.00000
165
+ P62258 0 0 0 0 53143 0 767.243 3.674 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
166
+ P68371 474770 452670 406290 141190 129140 0 inf -4.736 49999999999999380739261896366628077987922979061760.000 0.00000
167
+ Q01995 4170700 4082900 5722900 2580200 3003700 2162300 inf -0.585 51067718270429658240947844577093675760827395735552.000 0.00000
168
+ Q02413 556540 637900 367710 0 0 0 inf -7.655 20271078208800790490980901709810011531491246342144.000 0.00000
169
+ Q06323 8717600 8575200 8698300 5184000 5056100 5162200 inf -0.524 9016479286107543961600.000 0.00000
170
+ Q07812-2 1511200 1430400 1200200 599580 514420 919090 inf -0.766 26046642136712676976243268003901977098400445759488.000 0.00000
171
+ Q09666 7172900 6489600 3932600 6692900 9040200 5851200 3536304640779641638366505124191321062299305789177627148311770863448606193027486071485421734589619884973202527845249772523293245440.000 0.239 83333333333324125095316587769141070624985219858432.000 0.00000 *
172
+ Q12789 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.024 1.00000
173
+ Q12955 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.035 1.00000
174
+ Q13748 0 0 0 0 0 145340 0.321 4.247 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 1.00000
175
+ Q13885 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.004 1.00000
176
+ Q14966-5 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.004 1.00000
177
+ Q15365 26600000 28100000 26400000 14300000 15100000 12200000 inf -0.677 49999999999999380739261896366628077987922979061760.000 0.00000
178
+ Q2NKY5 0 0 0 0 0 107070 115.340 3.813 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
179
+ Q9UMY4 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.014 1.00000
180
+ Q53GA7 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.010 1.00000
181
+ Q53HV2 1184000 1245700 882070 184000000 190000000 176000000 inf 4.886 53079210769683835674379767750992038603276865765376.000 0.00000
182
+ Q549M8 899290 855210 487660 0 269250 0 inf -6.759 39447283952880711505135021711265549937231664250880.000 0.00000
183
+ Q562R1 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.012 1.00000
184
+ Q5RHS7 0 0 0 0 0 345740 3853.890 4.324 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
185
+ Q5T6W5 1876700 2258400 1635000 919260 993860 1310800 inf -0.588 48638319449199175479915687973011514189639097253888.000 0.00000
186
+ Q5T749 1211900 1066500 1650200 1005300 1026200 746510 1608261237717711273035777474806123605027412723614544402684686292959053183256726217910754571118372234199040.000 -0.335 35959475639329190353643882678468224405206705635328.000 0.00000 *
187
+ Q6FG99 1687000 1839600 1995000 1360700 1428000 1275600 3905061882549979231000520666025042203650156810448507279432830399015822595002610267353828598116357733005500200094962609457078742137953562692309902936609184699969717842798047375483309937131520.000 -0.305 67980074769994227237131592097183630278065651712.000 0.00000 *
188
+ Q6GPH4-6 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.025 1.00000
189
+ Q8IVF2 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.024 1.00000
190
+ Q8NBJ5 0 0 0 0 0 2134600 185606.788 5.212 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
191
+ Q96C19 0 410710 443380 0 0 0 22013957882.781 -5.993 33333333333333924336900580977760234554572301926400.000 0.00000
192
+ Q96FQ6 1530100 1607600 578290 801050 186710 188050 inf -1.371 66666666666667848673801161955520469109144603852800.000 0.00000
193
+ Q99471 0 0 0 0 273430 0 412.803 3.602 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
194
+ Q9BUF5 0 0 0 27021 0 0 5.291 4.352 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
195
+ Q9BZK4 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.028 1.00000
196
+ Q9C000 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.062 1.00000
197
+ Q9HB15 0 0 0 0 0 0 1.000 0.025 0.005 1.00000
198
+ Q9Y3D6 0 0 0 207940 0 0 16.880 4.082 16666666666666962168450290488880117277286150963200.000 0.00000
199
+ Q9Y490 5274700 5522000 5532900 1744300 2466500 2759000 inf -0.903 33333333333333924336900580977760234554572301926400.000 0.00000
data/spec/testfiles/ms/quant/pdcd5_final.txt ADDED
@@ -0,0 +1,199 @@
1
+ protid protlen 0 0 0 1 1 1
2
+ P16104 1 0 3127500 0 3349700 0 3955800
3
+ P04406 1 1882800 1859500 1506300 1979000 2452600 1807200
4
+ P29590 1 0 0 0 0 0 0
5
+ A5JHP3 1 3112200 3600800 0 2846600 2778000 1952100
6
+ Q92794 1 0 0 0 0 0 0
7
+ A5YM50 1 5001100 5075900 5510700 1471500 1210600 1314500
8
+ Q14315 1 145400 0 0 0 0 0
9
+ A6NE09 1 796100 1135000 630400 540350 383290 0
10
+ B4DUT8 1 0 0 0 0 0 0
11
+ P30044 1 1030700 1131000 549830 365390 264240 416620
12
+ A6NHL2 1 0 0 0 0 0 102130
13
+ Q8NI27 1 0 0 0 0 0 0
14
+ A8K0T9 1 0 633920 519980 0 0 0
15
+ B2R8N1 1 0 0 0 0 0 86932
16
+ A8K220 1 4813300 5493500 5461500 2358500 2628700 2571500
17
+ A8K2X8 1 2850800 2685500 2132900 1.92E+08 2.40E+08 1.71E+08
18
+ A8K3K1 1 0 0 0 0 0 0
19
+ A8K4I2 1 1780900 1763400 2435200 2505700 2418600 1841500
20
+ Q99615 1 0 314930 0 0 0 0
21
+ B4DSZ4 1 753570 709090 853490 432820 607680 719270
22
+ A8K4Z4 1 232370 0 0 0 0 0
23
+ Q59EJ3 1 1357200 853930 1220600 976420 1042600 1089000
24
+ A8K5T7 1 0 0 0 0 0 0
25
+ Q59EM9 1 3.40E+07 3.42E+07 4.00E+07 2.18E+07 2.57E+07 1.82E+07
26
+ Q3ZCU9 1 0 0 0 0 0 0
27
+ Q05D08 1 784750 836410 733370 0 0 0
28
+ Q14240-2 1 1282200 0 426680 0 0 0
29
+ Q59HD4 1 7939400 8562200 6582200 3950700 4083600 4896600
30
+ Q9UBL6 1 0 0 198770 0 0 0
31
+ Q13561-2 1 0 0 0 0 0 0
32
+ A8K9C4 1 3.84E+07 3.67E+07 2.23E+07 2.84E+07 3.19E+07 2.53E+07
33
+ A8KAH7 1 0 0 0 0 0 0
34
+ A8KAY2 1 0 0 0 0 0 0
35
+ Q9H2G2 1 995140 0 0 0 0 0
36
+ A8MVA2 1 0 0 0 0 0 0
37
+ C9JS35 1 857630 778960 594680 416270 367050 507520
38
+ A8MXP9 1 0 0 0 0 0 0
39
+ C9JE52 1 3521000 3062500 2439300 1483400 1269100 1887500
40
+ E7EX29 1 923330 1047200 912800 509960 386420 568980
41
+ Q13148-2 1 0 0 0 0 0 0
42
+ P10599 1 0 0 0 0 0 0
43
+ B2R4M6 1 0 0 0 0 0 0
44
+ B2R4P2 1 3759700 3504700 2037900 2387500 0 1664900
45
+ E9PAV3 1 813260 946300 1042700 699550 952370 0
46
+ B2R4R0 1 0 1745400 2019100 1988700 4016200 1970600
47
+ B2R4R9 1 2697800 2702900 2926900 3129900 1637000 2230100
48
+ B2R4U3 1 783040 730140 462770 261640 205580 0
49
+ B2R679 1 9092100 7857500 7716400 5969300 5192500 6149100
50
+ B2R9K8 1 1184600 1043300 1017100 2.48E+08 2.55E+08 2.07E+08
51
+ B2R9U2 1 0 0 0 0 0 0
52
+ B2RBR9 1 413290 317530 0 254980 179400 0
53
+ P10809 1 1.60E+07 1.64E+07 1.67E+07 1.14E+07 1.02E+07 1.16E+07
54
+ B3KM68 1 651580 602770 514910 0 0 0
55
+ B3KNA8 1 0 0 0 0 0 0
56
+ B3KUH0 1 136450 244860 0 0 0 0
57
+ B3KW39 1 0 0 0 0 0 0
58
+ E9PDP1 1 776940 734110 732040 339030 316890 433720
59
+ P04350 1 0 329830 582730 0 0 0
60
+ P32119 1 0 0 0 0 0 0
61
+ Q15417 1 740000 525400 372480 0 414700 593000
62
+ P08238 1 2984300 2963600 3347600 1751800 947290 1812900
63
+ D3DPU2 1 3367400 3092300 3118900 2308800 2012100 2111800
64
+ Q53FR9 1 0 311260 0 0 0 0
65
+ P61086 1 0 0 0 0 0 267100
66
+ P17812 1 0 0 0 0 0 0
67
+ P27348 1 546290 0 0 0 0 276340
68
+ B5ME63 1 0 0 0 0 0 0
69
+ Q53G16 1 456880 0 0 0 0 0
70
+ E9PCF5 1 2119600 1936300 1584900 1064600 1600300 1004800
71
+ Q14103 1 1501200 1620700 1181400 896220 1018800 1131900
72
+ D3DUS9 1 0 0 0 0 0 0
73
+ B4DVC9 1 0 0 0 0 0 0
74
+ B4DVM6 1 0 0 0 0 0 0
75
+ P25685 1 0 0 0 464230 0 0
76
+ Q15785 1 645960 667710 575750 0 0 0
77
+ B4DZF2 1 0 189750 0 0 0 0
78
+ Q9Y371-2 1 0 0 0 0 0 0
79
+ Q7L2H7 1 0 0 0 0 0 0
80
+ P28066 1 0 0 73829 0 0 0
81
+ B5BTY7 1 3784000 4302400 4025400 1.77E+08 1.83E+08 1.96E+08
82
+ B5BU32 1 0 0 0 0 0 0
83
+ B5BU38 1 2157000 1936500 1909000 336810 503400 0
84
+ Q8N6T3-2 1 0 0 0 0 0 0
85
+ E7EQR4 1 509680 517000 378700 0 0 0
86
+ B7Z6F8 1 465640 0 0 0 0 0
87
+ B7Z7B4 1 0 0 0 0 0 0
88
+ Q9NVD7 1 0 0 0 0 0 0
89
+ E9PAN3 1 604580 734700 1237600 0 765150 675700
90
+ B7ZLS9 1 0 0 0 0 0 0
91
+ P22626 1 1302400 1059700 517610 819140 1239200 878680
92
+ C7DJS2 1 0 0 0 0 0 0
93
+ Q15942 1 0 0 0 0 0 0
94
+ Q9BUL8 1 0 0 0 0 0 0
95
+ E9PC16 1 0 0 0 0 0 0
96
+ P18085 1 7527000 7354300 6218500 5071900 3495800 4739100
97
+ P12318 1 0 0 0 0 0 0
98
+ D3DQ70 1 0 0 0 0 0 181280
99
+ Q53F37 1 0 0 0 0 0 0
100
+ D6W4Z6 1 1370900 1373500 1233400 800030 696130 1221900
101
+ P15924 1 0 0 0 0 0 0
102
+ E2QRA8 1 0 0 0 0 0 0
103
+ E5KN55 1 0 0 0 0 0 0
104
+ E7ETK2 1 0 0 0 0 0 0
105
+ Q8TAT6-2 1 816100 1191100 389660 303350 0 0
106
+ Q9H0U4 1 1.56E+07 1.66E+07 1.40E+07 6686500 6534400 5430400
107
+ E9KL23 1 1196500 0 0 731330 0 0
108
+ E9KL35 1 7051000 7414300 9873500 4798100 4842600 4503000
109
+ E9KL39 1 1.01E+07 9778700 8597400 5759400 4165800 6351000
110
+ P37235 1 0 0 0 0 0 76806
111
+ E9PDH9 1 789120 811600 466560 0 332980 0
112
+ Q15046-2 1 0 0 0 0 0 0
113
+ Q8WUD1 1 794930 860200 572810 0 0 0
114
+ Q9UHX1 1 0 0 0 49865 0 0
115
+ E9PK25 1 5682500 5493200 5408000 3529100 2551800 2571800
116
+ O14737 1 2142100 1530400 3094400 4.57E+08 4.88E+08 4.07E+08
117
+ O43175 1 2265000 1886800 1529100 1038500 1030800 954760
118
+ O60493 1 1147000 1297900 1052200 541670 0 0
119
+ O60664 1 7368000 7247500 7819800 4234500 4447100 3112000
120
+ O75340 1 0 0 0 0 157040 0
121
+ P04632 1 7669800 7813800 9810200 3620800 3328300 3947000
122
+ P04792 1 1.16E+07 1.03E+07 7972700 6745100 6949000 5823200
123
+ P05109 1 0 0 0 0 0 0
124
+ P05198 1 797210 894290 1117400 972550 765170 668020
125
+ P05387 1 3363800 2807000 2574000 1647800 2061500 1292400
126
+ P06733 1 1099900 1034500 1206800 0 691310 662350
127
+ P07355-2 1 4.28E+07 3.99E+07 3.80E+07 1.79E+07 1.67E+07 1.73E+07
128
+ P07384 1 2894900 2823400 3425100 1045600 983840 723220
129
+ P07437 1 2.39E+07 2.53E+07 2.45E+07 7902000 7262200 9093100
130
+ P07737 1 1409100 1540700 0 866250 961770 828460
131
+ P07900-2 1 0 0 0 0 0 0
132
+ P08758 1 850110 658370 542090 320980 293530 618820
133
+ P09211 1 6221700 5749200 5390900 5594900 5155400 3979100
134
+ P09382 1 3.65E+07 3.69E+07 3.27E+07 1.91E+07 1.64E+07 1.75E+07
135
+ P09651 1 983260 981410 1005400 647380 543760 649190
136
+ P11142 1 1.28E+07 1.24E+07 1.69E+07 1.22E+07 1.05E+07 9269400
137
+ P11586 1 809000 1529900 1314500 0 565790 0
138
+ P12273 1 0 0 0 0 0 0
139
+ P13639 1 1.47E+07 1.50E+07 1.27E+07 5826900 4843900 5074400
140
+ P14174 1 0 0 0 0 0 0
141
+ P14618 1 4927700 5118500 3815900 3396500 2748800 3061500
142
+ P17987 1 236900 133650 387300 1.86E+08 1.89E+08 1.69E+08
143
+ P18206 1 2256000 2097300 1002600 356300 668020 615240
144
+ P20290 1 544720 448520 466660 0 0 341030
145
+ P22314 1 0 0 0 0 116090 0
146
+ P25398 1 1.23E+07 1.35E+07 1.59E+07 9807100 1.27E+07 8486100
147
+ Q9BUQ0 1 837270 1090600 1069100 734290 507680 547770
148
+ P30050 1 756090 613930 888850 787010 695040 545070
149
+ P31151 1 2788400 2012400 0 0 0 0
150
+ P31949 1 0 0 0 0 0 0
151
+ P35754 1 0 0 0 0 0 0
152
+ P46060 1 0 0 0 0 0 0
153
+ P48643 1 0 0 0 0 0 0
154
+ Q59H77 1 801220 838360 617780 2.21E+08 2.57E+08 2.03E+08
155
+ P50990 1 5486400 6213000 4762200 2.47E+08 2.94E+08 2.43E+08
156
+ P50991 1 316140 669700 402670 1.68E+08 1.66E+08 1.45E+08
157
+ P51148 1 5627300 5928800 7306500 3236100 3495900 2800200
158
+ P51149 1 3908200 3831500 3285700 1342800 1180700 1699900
159
+ P61026 1 2269400 4215200 0 1057400 1608700 1547000
160
+ P61088 1 3804700 3459800 3842900 1995500 1899000 1899400
161
+ P61106 1 0 0 0 0 0 0
162
+ P61204 1 2825200 2823200 2142900 3192000 2376500 2759600
163
+ P61289-2 1 5778000 5644700 5755500 3213100 2554200 2895200
164
+ Q5VXS0 1 0 0 0 0 0 0
165
+ P62258 1 0 0 0 0 53143 0
166
+ P68371 1 474770 452670 406290 141190 129140 0
167
+ Q01995 1 4170700 4082900 5722900 2580200 3003700 2162300
168
+ Q02413 1 556540 637900 367710 0 0 0
169
+ Q06323 1 8717600 8575200 8698300 5184000 5056100 5162200
170
+ Q07812-2 1 1511200 1430400 1200200 599580 514420 919090
171
+ Q09666 1 7172900 6489600 3932600 6692900 9040200 5851200
172
+ Q12789 1 0 0 0 0 0 0
173
+ Q12955 1 0 0 0 0 0 0
174
+ Q13748 1 0 0 0 0 0 145340
175
+ Q13885 1 0 0 0 0 0 0
176
+ Q14966-5 1 0 0 0 0 0 0
177
+ Q15365 1 2.66E+07 2.81E+07 2.64E+07 1.43E+07 1.51E+07 1.22E+07
178
+ Q2NKY5 1 0 0 0 0 0 107070
179
+ Q9UMY4 1 0 0 0 0 0 0
180
+ Q53GA7 1 0 0 0 0 0 0
181
+ Q53HV2 1 1184000 1245700 882070 1.84E+08 1.90E+08 1.76E+08
182
+ Q549M8 1 899290 855210 487660 0 269250 0
183
+ Q562R1 1 0 0 0 0 0 0
184
+ Q5RHS7 1 0 0 0 0 0 345740
185
+ Q5T6W5 1 1876700 2258400 1635000 919260 993860 1310800
186
+ Q5T749 1 1211900 1066500 1650200 1005300 1026200 746510
187
+ Q6FG99 1 1687000 1839600 1995000 1360700 1428000 1275600
188
+ Q6GPH4-6 1 0 0 0 0 0 0
189
+ Q8IVF2 1 0 0 0 0 0 0
190
+ Q8NBJ5 1 0 0 0 0 0 2134600
191
+ Q96C19 1 0 410710 443380 0 0 0
192
+ Q96FQ6 1 1530100 1607600 578290 801050 186710 188050
193
+ Q99471 1 0 0 0 0 273430 0
194
+ Q9BUF5 1 0 0 0 27021 0 0
195
+ Q9BZK4 1 0 0 0 0 0 0
196
+ Q9C000 1 0 0 0 0 0 0
197
+ Q9HB15 1 0 0 0 0 0 0
198
+ Q9Y3D6 1 0 0 0 207940 0 0
199
+ Q9Y490 1 5274700 5522000 5532900 1744300 2466500 2759000
data/spec/testfiles/ms/quant/pdcd5_final.txt_qspecgp ADDED
File without changes