mathjax-yard 1.0.1 → 1.0.2
This diff represents the content of publicly available package versions that have been released to one of the supported registries. The information contained in this diff is provided for informational purposes only and reflects changes between package versions as they appear in their respective public registries.
- checksums.yaml +4 -4
- data/README.md +45 -11
- data/Rakefile +26 -3
- data/doc/MathJaxYard.html +3 -3
- data/doc/MathJaxYard/Command.html +214 -128
- data/doc/_index.html +15 -3
- data/doc/file.Home.html +96 -2
- data/doc/file.README.html +45 -9
- data/doc/file.README_ja.html +28 -10
- data/doc/file.Why_mathjax-yard.html +176 -0
- data/doc/file.Why_mathjax-yard.mjx.html +176 -0
- data/doc/file.atom.html +29 -122
- data/doc/file.atom.mjx.html +112 -0
- data/doc/file.potential.html +97 -0
- data/doc/file.potential.mjx.html +96 -0
- data/doc/file_list.html +14 -2
- data/doc/index.html +45 -9
- data/doc/method_list.html +12 -6
- data/doc/top-level-namespace.html +1 -1
- data/docs/README_ja.hiki +91 -0
- data/docs/Why_mathjax-yard.hiki +49 -0
- data/docs/atom.hiki +30 -0
- data/docs/potential.hiki +10 -0
- data/lib/mathjax-yard.rb +41 -51
- data/lib/mathjax-yard/init.rb +34 -0
- data/lib/mathjax-yard/version.rb +1 -1
- data/mathjax.yml +13 -17
- metadata +12 -3
- data/doc/file.potential2.html +0 -196
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@@ -0,0 +1,176 @@
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1
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+
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN"
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2
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+
"http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
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3
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+
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">
|
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4
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+
<head>
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5
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+
<script type="text/x-mathjax-config">
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6
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+
MathJax.Hub.Config({
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7
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+
tex2jax:{
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8
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+
inlineMath: [ ['$','$'], ["\(","\)"] ],
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9
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+
displayMath: [ ['$$','$$'], ["\[","\]"] ]
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10
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+
}
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11
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+
});
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12
|
+
</script>
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13
|
+
<script type="text/javascript"
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14
|
+
src="http://cdn.mathjax.org/mathjax/latest/MathJax.js?config=TeX-AMS_HTML">
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15
|
+
</script>
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16
|
+
<meta http-equiv="X-UA-Compatible" CONTENT="IE=EmulateIE7" />
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17
|
+
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />
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18
|
+
<title>
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19
|
+
File: Why_mathjax-yard.mjx
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20
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+
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21
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+
— Documentation by YARD 0.8.7.6
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22
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+
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23
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+
</title>
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24
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+
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25
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+
<link rel="stylesheet" href="css/style.css" type="text/css" charset="utf-8" />
|
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26
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+
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27
|
+
<link rel="stylesheet" href="css/common.css" type="text/css" charset="utf-8" />
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28
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+
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29
|
+
<script type="text/javascript" charset="utf-8">
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30
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+
hasFrames = window.top.frames.main ? true : false;
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31
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+
relpath = '';
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32
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+
framesUrl = "frames.html#!file.Why_mathjax-yard.mjx.html";
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33
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+
</script>
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34
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+
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35
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+
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36
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+
<script type="text/javascript" charset="utf-8" src="js/jquery.js"></script>
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37
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+
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38
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+
<script type="text/javascript" charset="utf-8" src="js/app.js"></script>
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39
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+
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40
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+
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41
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+
</head>
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42
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+
<body>
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43
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+
<div id="header">
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44
|
+
<div id="menu">
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45
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+
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46
|
+
<a href="_index.html">Index</a> »
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47
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+
<span class="title">File: Why_mathjax-yard.mjx</span>
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48
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+
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49
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+
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50
|
+
<div class="noframes"><span class="title">(</span><a href="." target="_top">no frames</a><span class="title">)</span></div>
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51
|
+
</div>
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52
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+
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53
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+
<div id="search">
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54
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+
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55
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+
<a class="full_list_link" id="class_list_link"
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56
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+
href="class_list.html">
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57
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+
Class List
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58
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+
</a>
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59
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+
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60
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+
<a class="full_list_link" id="method_list_link"
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61
|
+
href="method_list.html">
|
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62
|
+
Method List
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63
|
+
</a>
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64
|
+
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65
|
+
<a class="full_list_link" id="file_list_link"
|
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66
|
+
href="file_list.html">
|
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67
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+
File List
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68
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+
</a>
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69
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+
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70
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+
</div>
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71
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+
<div class="clear"></div>
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|
72
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+
</div>
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73
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+
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74
|
+
<iframe id="search_frame"></iframe>
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75
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+
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76
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+
<div id="content"><div id='filecontents'><h1>導入の経緯</h1>
|
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77
|
+
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78
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+
<h2>概要</h2>
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79
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+
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80
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+
<p>mathjaxとmark downの周辺状況から，なぜmathjax-yardが必要になったかをまとめておきます．</p>
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81
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+
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82
|
+
<h2>状況</h2>
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83
|
+
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84
|
+
<p>数値計算や物理シミュレーションにおいては，解説に数式が不可欠です．
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85
|
+
記法としては$LaTeX$形式がありますが，これをhtmlで表示するには工夫が必要です．
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86
|
+
gemなどを作るとき，yardでdocumentationを自動化することが可能です．
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87
|
+
しかし，そこに数式を組み込んでも，うまく表示されません．</p>
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88
|
+
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89
|
+
<h3>MathML or mathjax</h3>
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90
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+
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91
|
+
<table><thead>
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92
|
+
<tr>
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93
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+
<th style="text-align: left">MathML</th>
|
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94
|
+
<th style="text-align: left">mathjax</th>
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95
|
+
</tr>
|
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96
|
+
</thead><tbody>
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97
|
+
<tr>
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|
98
|
+
<td style="text-align: left">firefoxのみ</td>
|
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99
|
+
<td style="text-align: left">なんでも</td>
|
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100
|
+
</tr>
|
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101
|
+
</tbody></table>
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102
|
+
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103
|
+
<h2>mark down with mathjax extension</h2>
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104
|
+
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105
|
+
<ul>
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106
|
+
<li>Githubのwikiはmark down 記法を取っているが，math拡張が切られた．</li>
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107
|
+
<li>Qiitaなどは独自拡張しているが，ない．</li>
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108
|
+
<li>yard
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109
|
+
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110
|
+
<ul>
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111
|
+
<li>mathjaxの拡張ができる</li>
|
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112
|
+
<li>optionsに，組み込まれてはいない．</li>
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113
|
+
</ul></li>
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114
|
+
<li>atom
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115
|
+
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116
|
+
<ul>
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117
|
+
<li>mathjax-wrapper とmarkdown_preview_plusでlive変換・表示できる．</li>
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|
118
|
+
<li>htmlへの変換はあるが，あまりきれいでない．</li>
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119
|
+
</ul></li>
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120
|
+
<li>pandoc
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121
|
+
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122
|
+
<ul>
|
|
123
|
+
<li>mathjaxを組み込んでhtmlに変換できる</li>
|
|
124
|
+
<li>cssなどに汎用性がなく，体裁をいじるのは難しい．</li>
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125
|
+
</ul></li>
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126
|
+
</ul>
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127
|
+
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128
|
+
<h2>つまり</h2>
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129
|
+
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130
|
+
<p>個別にmathjaxの入ったmd文書をhtmlに変換することができたとしても，
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|
131
|
+
yardで自動生成される体裁の整った文書としては得ることが難しいというのが現状です．</p>
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132
|
+
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133
|
+
<h2>解決法</h2>
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134
|
+
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135
|
+
<p>そこで，yardのpre, postコマンドとして動作するmathjax-yardを開発しました．</p>
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136
|
+
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137
|
+
<ul>
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138
|
+
<li>yardで変換される，<em>/</em>.md中の数式をMATHJAXタグに付け替え．</li>
|
|
139
|
+
<li>yardでmd->html変換</li>
|
|
140
|
+
<li>できたdoc/file.*.htmlのMATHJAXタグを数式に戻す
|
|
141
|
+
という操作をしています．</li>
|
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142
|
+
</ul>
|
|
143
|
+
|
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144
|
+
<h2>やり残し</h2>
|
|
145
|
+
|
|
146
|
+
<ul>
|
|
147
|
+
<li>default動作以外のyard変換への対応
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148
|
+
|
|
149
|
+
<ul>
|
|
150
|
+
<li>特に*.rbへの対応</li>
|
|
151
|
+
</ul></li>
|
|
152
|
+
<li>hikiへの対応</li>
|
|
153
|
+
<li>yardへのpull request</li>
|
|
154
|
+
<li>$を記述しようとしてもだめ．
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|
155
|
+
|
|
156
|
+
<ul>
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|
157
|
+
<li>\$で逃げている(16/6/23対応断念)．</li>
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158
|
+
</ul></li>
|
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159
|
+
<li>最小一致を使った記述の単純化(16/6/23対応)．</li>
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160
|
+
<li>Rakefileでのコマンド一発での変換
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161
|
+
|
|
162
|
+
<ul>
|
|
163
|
+
<li>一つ所に書くと，systemコマンドなどがmultitaskで走ってしまう．</li>
|
|
164
|
+
<li>taskを分割してそれぞれを終了させた(16/6/23対応)．</li>
|
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165
|
+
</ul></li>
|
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166
|
+
</ul>
|
|
167
|
+
</div></div>
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168
|
+
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169
|
+
<div id="footer">
|
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170
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+
Generated on Fri Jun 24 11:52:33 2016 by
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171
|
+
<a href="http://yardoc.org" title="Yay! A Ruby Documentation Tool" target="_parent">yard</a>
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172
|
+
0.8.7.6 (ruby-2.2.2).
|
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173
|
+
</div>
|
|
174
|
+
|
|
175
|
+
</body>
|
|
176
|
+
</html>
|
data/doc/file.atom.html
CHANGED
|
@@ -73,136 +73,43 @@
|
|
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73
73
|
|
|
74
74
|
<iframe id="search_frame"></iframe>
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75
75
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76
|
-
<div id="content"><div id='filecontents'><
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77
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78
|
-
<
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79
|
-
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80
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-
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81
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-
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82
|
-
<
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83
|
-
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84
|
-
|
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85
|
-
|
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86
|
-
<p>$$E_i = \sum_j\phi \left( r_j \right) + f(\rho)
|
|
76
|
+
<div id="content"><div id='filecontents'><ol>
|
|
77
|
+
<li>概要</li>
|
|
78
|
+
<li><p>EAM
|
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79
|
+
EAM(Embedded atom method)は1980年代に盛んに使われるようになった経験的原子間ポテンシャルである．</p>
|
|
80
|
+
|
|
81
|
+
<ol>
|
|
82
|
+
<li>エネルギー表記
|
|
83
|
+
EAMは原子$i$のエネルギーを
|
|
84
|
+
$$
|
|
85
|
+
E_i = \sum _ j\phi \left( r_j \right) + f(\rho)
|
|
87
86
|
$$
|
|
88
87
|
と表記する．右辺第1項は単なる2体間の相互作用を表わす．
|
|
89
88
|
右辺第2項が多体項と呼ばれるEAMに特徴的な項である．
|
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90
|
-
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91
|
-
|
|
92
|
-
|
|
93
|
-
<p>さて，$r_j$はこの場合原子$j$との距離を意味しており，$E_i$は原子$i$の周りの原子との和によって求まる．多体項は，一般的に</p>
|
|
94
|
-
|
|
95
|
-
<p>$$f(\rho) =\sqrt{\rho}=\sqrt{\sum_j h^2 \left( r_j \right) }
|
|
89
|
+
$r_j$はこの場合原子$j$との距離を意味しており，
|
|
90
|
+
$E_i$は原子$i$の周りの原子との和によって求まる．
|
|
91
|
+
多体項は，一般的に
|
|
96
92
|
$$
|
|
97
|
-
|
|
98
|
-
|
|
99
|
-
<h2>具体例</h2>
|
|
100
|
-
|
|
101
|
-
<h3>for phi(r0)=-3.39, Ev=0.8, p=3.0 at r0=2.8577</h3>
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|
102
|
-
|
|
103
|
-
<pre class="code maple"><code class="maple">
|
|
104
|
-
A0,B0,P,POQ,Q:=69.1378255, 12.47431958,
|
|
105
|
-
2.148157653, 2.893854749, 0.7423170267;
|
|
106
|
-
|
|
107
|
-
-3.39*32;
|
|
108
|
-
-108.48
|
|
109
|
-
</code></pre>
|
|
110
|
-
|
|
111
|
-
<pre class="code ruby"><code class="ruby">n:=12;
|
|
112
|
-
ene:=r->n*A0*exp(-P*r);
|
|
113
|
-
h:=r->B0*exp(-Q*r);
|
|
114
|
-
rho:=r->12*h(r)^2;
|
|
115
|
-
plot(ene(r)-sqrt(rho(r)),r=2..4);
|
|
116
|
-
</code></pre>
|
|
117
|
-
|
|
118
|
-
<p><img src="eam_ev_plot.gif" alt=""></p>
|
|
119
|
-
|
|
120
|
-
<pre class="code ruby"><code class="ruby">r0:=fsolve(diff(ene(r)-sqrt(rho(r)),r),r=3);
|
|
121
|
-
2.857701344
|
|
122
|
-
evalf(subs(r=r0,ene(r)-sqrt(rho(r))));
|
|
123
|
-
-3.390000002
|
|
124
|
-
</code></pre>
|
|
125
|
-
|
|
126
|
-
<pre class="code math"><code class="math">E_i = \sum _ j\phi \left( r_{{j}} \right) + \h \left( r_{{j}} \right)
|
|
127
|
-
</code></pre>
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|
128
|
-
|
|
129
|
-
<h1>LJ</h1>
|
|
130
|
-
|
|
131
|
-
<p>LJ(Lennard-Jones)はもっとも簡単な2体のポテンシャル．</p>
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132
|
-
|
|
133
|
-
<h2>エネルギー表記</h2>
|
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134
|
-
|
|
135
|
-
<h2>具体例</h2>
|
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136
|
-
|
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137
|
-
<pre class="code maple"><code class="maple">A0:=1.587401051*0.7071067812/2.857701314;
|
|
138
|
-
E0:=-1*4.0/12.0;
|
|
139
|
-
|
|
140
|
-
A:=18.19007708;
|
|
141
|
-
B:=89.22765864;
|
|
142
|
-
phi:=r-> 12*(-A*(1/r**3)+B*(1/r**5));
|
|
143
|
-
r0:=fsolve(diff(phi(r),r),r=3);
|
|
144
|
-
2.859281101
|
|
145
|
-
phi(r0);
|
|
146
|
-
-3.735125644
|
|
147
|
-
</code></pre>
|
|
148
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-
|
|
149
|
-
<p><img src="lj_ev_plot.gif" alt=""></p>
|
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150
|
-
|
|
151
|
-
<h1>EAM fitting</h1>
|
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152
|
-
|
|
153
|
-
<p>EAM potentialの種々の構築手法を詳解する．</p>
|
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154
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-
|
|
155
|
-
<h2>background</h2>
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156
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-
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157
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-
<p>MCにおいて$NPT$一定の計算がうまくいっていない．</p>
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158
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-
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159
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-
<ul>
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160
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-
<li>覚埜式の$E-V$プロットをすると小体積でのエネルギの上がりが低い．</li>
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161
|
-
<li>$T=0.1$[eV]で融けているよう
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162
|
-
なので，もう少し精密にEAMポテンシャルを構築してみる．</li>
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163
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-
</ul>
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164
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-
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165
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-
<h2>poq fixed</h2>
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166
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167
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-
<p>EAM potentialにおいて単原子空孔の生成エネルギ$E_v$は</p>
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168
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-
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169
|
-
<p>$$E_v = -\frac{E_c}{2} \frac{2-poq}{1-poq}
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93
|
+
f(\rho) =\sqrt\rho=\sqrt {\sum_j h^2 \left( r_j \right) }
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170
94
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$$
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171
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-
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172
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-
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-
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-
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177
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-
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178
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-
</
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179
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-
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180
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-
<p
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181
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-
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-
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184
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-
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185
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-
a0:=8.0828/2;
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186
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-
r0:=evalf(a0*sqrt(2)/2.0); #2.857701345
|
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187
|
-
eq1:=phi(r0)=-3.39;
|
|
188
|
-
s2:=solve(eq1,A);
|
|
189
|
-
p:=poq*q; #2.148157653
|
|
190
|
-
eq2:=subs(r=r0,diff(phi(r),r));
|
|
191
|
-
#plot(subs(A=s2,eq2),B=0..20);
|
|
192
|
-
b0:=fsolve(subs(A=s2,eq2),B=10);
|
|
193
|
-
a0:=subs(B=b0,s2);
|
|
194
|
-
phi0:=unapply(subs({A=a0,B=b0},phi(r)),r);
|
|
195
|
-
plot(phi0(r),r=2..5);
|
|
196
|
-
phi0(r0);
|
|
197
|
-
a0,b0,p,poq,q;
|
|
198
|
-
#69.1378255, 12.47431958, 2.148157653, 2.893854749, 0.7423170267
|
|
199
|
-
</code></pre>
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200
|
-
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201
|
-
<p><img src="eam_ev.png" alt=""></p>
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|
95
|
+
によって求められる．$\rho$は強結合(tight binding)の2次モーメント近似から，
|
|
96
|
+
電子密度を表わすとされている．
|
|
97
|
+
これによって原子空孔を初め多くの金属物性を
|
|
98
|
+
うまく表現することが可能となった．詳しくは西谷・赤本参照．</li>
|
|
99
|
+
<li>具体例
|
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100
|
+
EAM potentialにおいて単原子空孔の生成エネルギEvは</li>
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101
|
+
</ol></li>
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102
|
+
</ol>
|
|
103
|
+
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104
|
+
<p>$$
|
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105
|
+
E_v = -\fracE_c2\frac2-poq1-poq
|
|
106
|
+
$$</p>
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|
107
|
+
|
|
108
|
+
<p>の関係がある．したがって，</p>
|
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202
109
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</div></div>
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203
110
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<div id="footer">
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205
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<a href="http://yardoc.org" title="Yay! A Ruby Documentation Tool" target="_parent">yard</a>
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207
114
|
0.8.7.6 (ruby-2.2.2).
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208
115
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</div>
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@@ -0,0 +1,112 @@
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1
|
+
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN"
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2
|
+
"http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
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3
|
+
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">
|
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+
<head>
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5
|
+
<script type="text/x-mathjax-config">
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|
+
MathJax.Hub.Config({
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7
|
+
tex2jax:{
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+
inlineMath: [ ['$','$'], ["\(","\)"] ],
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+
displayMath: [ ['$$','$$'], ["\[","\]"] ]
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+
}
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+
});
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+
</script>
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|
+
<script type="text/javascript"
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+
src="http://cdn.mathjax.org/mathjax/latest/MathJax.js?config=TeX-AMS_HTML">
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+
</script>
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|
+
<meta http-equiv="X-UA-Compatible" CONTENT="IE=EmulateIE7" />
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|
+
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />
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+
<title>
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+
File: atom.mjx
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+
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+
— Documentation by YARD 0.8.7.6
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+
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+
</title>
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24
|
+
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25
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+
<link rel="stylesheet" href="css/style.css" type="text/css" charset="utf-8" />
|
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26
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+
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27
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+
<link rel="stylesheet" href="css/common.css" type="text/css" charset="utf-8" />
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+
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+
<script type="text/javascript" charset="utf-8">
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30
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+
hasFrames = window.top.frames.main ? true : false;
|
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31
|
+
relpath = '';
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32
|
+
framesUrl = "frames.html#!file.atom.mjx.html";
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33
|
+
</script>
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34
|
+
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35
|
+
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36
|
+
<script type="text/javascript" charset="utf-8" src="js/jquery.js"></script>
|
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37
|
+
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38
|
+
<script type="text/javascript" charset="utf-8" src="js/app.js"></script>
|
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39
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+
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40
|
+
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41
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+
</head>
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42
|
+
<body>
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43
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+
<div id="header">
|
|
44
|
+
<div id="menu">
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45
|
+
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|
+
<a href="_index.html">Index</a> »
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|
+
<span class="title">File: atom.mjx</span>
|
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48
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+
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+
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50
|
+
<div class="noframes"><span class="title">(</span><a href="." target="_top">no frames</a><span class="title">)</span></div>
|
|
51
|
+
</div>
|
|
52
|
+
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53
|
+
<div id="search">
|
|
54
|
+
|
|
55
|
+
<a class="full_list_link" id="class_list_link"
|
|
56
|
+
href="class_list.html">
|
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57
|
+
Class List
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58
|
+
</a>
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59
|
+
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60
|
+
<a class="full_list_link" id="method_list_link"
|
|
61
|
+
href="method_list.html">
|
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62
|
+
Method List
|
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63
|
+
</a>
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64
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+
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65
|
+
<a class="full_list_link" id="file_list_link"
|
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66
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+
href="file_list.html">
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+
File List
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+
</a>
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+
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+
</div>
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+
<div class="clear"></div>
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+
</div>
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73
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+
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74
|
+
<iframe id="search_frame"></iframe>
|
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75
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+
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76
|
+
<div id="content"><div id='filecontents'><ol>
|
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77
|
+
<li>概要</li>
|
|
78
|
+
<li><p>EAM
|
|
79
|
+
EAM(Embedded atom method)は1980年代に盛んに使われるようになった経験的原子間ポテンシャルである．</p>
|
|
80
|
+
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|
81
|
+
<ol>
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|
82
|
+
<li>エネルギー表記
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83
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+
EAMは原子$i$のエネルギーを
|
|
84
|
+
$$E_i = \sum _ j\phi \left( r_j \right) + f(\rho)
|
|
85
|
+
$$と表記する．右辺第1項は単なる2体間の相互作用を表わす．
|
|
86
|
+
右辺第2項が多体項と呼ばれるEAMに特徴的な項である．
|
|
87
|
+
$r_j$はこの場合原子$j$との距離を意味しており，
|
|
88
|
+
$E_i$は原子$i$の周りの原子との和によって求まる．
|
|
89
|
+
多体項は，一般的に
|
|
90
|
+
$$f(\rho) =\sqrt{\rho}=\sqrt {\sum_j h^2 \left( r_j \right) }
|
|
91
|
+
$$によって求められる．$\rho$は強結合(tight binding)の2次モーメント近似から，
|
|
92
|
+
電子密度を表わすとされている．
|
|
93
|
+
これによって原子空孔を初め多くの金属物性を
|
|
94
|
+
うまく表現することが可能となった．詳しくは西谷・赤本参照．</li>
|
|
95
|
+
<li>具体例
|
|
96
|
+
EAM potentialにおいて単原子空孔の生成エネルギEvは</li>
|
|
97
|
+
</ol></li>
|
|
98
|
+
</ol>
|
|
99
|
+
|
|
100
|
+
<p>$$E_v = -\frac{E_c}{2}\frac{2-poq}{1-poq}
|
|
101
|
+
$$
|
|
102
|
+
の関係がある．したがって，</p>
|
|
103
|
+
</div></div>
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104
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+
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105
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<div id="footer">
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<a href="http://yardoc.org" title="Yay! A Ruby Documentation Tool" target="_parent">yard</a>
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0.8.7.6 (ruby-2.2.2).
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</div>
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110
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111
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</body>
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112
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</html>
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