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data/docs/potential2.md

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-# lj0
-標準的なLennard-Jonesポテンシャルの表式
-
-$$ F(s)=\int_{0}^{\infty}f(t)e^{-st}dt $$
-
-```
-bob% cat POTCAR
----
-:type: lj0
-:element: Al
-:a0:  1.587401051*0.7071067812/2.857701314;
-:e0:  -1*4.0/12.0;
-:a:   18.19007708
-:b:   89.22765864
-:p:   3.0
-:q:   5.0
-:cut_off: 4.0*0.8
-:energy:  -a*(1/r**p)+b*(1/r**q)
-:dedr:    (p*a/r**(p+1.0))-(q*b/r**(q+1.0))
-```
-# lj_jindo
-神藤先生あるいはVu Van Huangが使っていたLennard-Jonesポテンシャルの表式．
-```ruby
-bob% cat POTCAR_jindo_Cu
----
-:type: lj_jindo
-:element: Cu
-:d0:   4125.70
-:n:   9.00
-:m:   5.50
-:r0:   2.5487e-8
-:alat:   3.6153e-8
-:atom_mass:   63.5460/6.023e23
-:energy:  d0*((r/r0)^(-n)*m-(r/r0)^(-m)*n)/(m-n)
-:dedr:    d0*m*n*((r/r0)^(-m)-(r/r0)^(-n))/(r*(m-n))
-```
-```
-Cu
-d0 := 4125.70;
-vn := 9.00;
-vm := 5.50;
-r0 := 2.5487e-8;
-rh:=r0/rr;
-dedr:=unapply(-d0*vm*vn / ((vn-vm)*rr) * (rh**vn - rh**vm),rr);
-eq1:=int(dedr(r),r);
-func:=unapply(eq1,rr);
-r1:=2.5487*10^(-8)*0.8;
-r2:=2.5487*10^(-8)*1.5;
-plot(8.617385e-05*func(r),r=r1..r2);
-```
-```ruby
- dedr:=unapply(-d0*vm*vn / ((vn-vm)*rr) * (rh**vn - rh**vm),rr);
- eq1:=int(dedr(r),r);
--{ 1.821482757\times 10^{-38}} r{-5.5}+
-{ 2.942122564\times 10^{-65}} r^{-9}
-```
-```ruby
-rh:=r0/rr;
-dedr:=normal(expand(d0*vm*vn / ((vn-vm)*rr) * (rh**vn - rh**vm)));
-eq1:=simplify(int(dedr,rr));
-```
-
-$$
-
-r_1=r/r_0
-
-\frac{ d_0 \left( r_1^{-n}m-  r_1^{-m} n \right) }{ -n + m }
-$$
-
-# ポテンシャル選択機構
-module LJに記述
-```ruby
-  def select(file='POTCAR')
-#    p src = YAML.load_file(ARGV[0])
-    p src = YAML.load_file(file)
-    @@potential=case src[:type]
-              when 'lj0'
-                LJ0.new(src)
-              when 'lj_jindo'
-                LJ_Jindo.new(src)
-              end
-  end
-```
-- 委譲による選択
-  - pseudovasp.rbにLJ.select('POTCAR')がある．
-  - LJ0あるいはLJ_Jindoをclassとして用意．
-- POTCARへのYAMLでの記述
-- クラス変数によるクラス共通の変数定義
-
-EAMとの統一を考えたが，energy, forceのmethodの選択を
-どっかでしないとダメで，その綺麗なやり方が思いつかず，
-そのままにした．
-
-```ruby
-class EAMAtom < Atom
-  include EAM
-end
-
-class LJAtom < Atom
-  include LJ
-end
-```
-となっており，ほぼ元どおり．