gphys 1.4.3.2 → 1.5.0

data/lib/numru/ggraph.rb

@@ -115,6 +115,40 @@ library if you like.
 
 ==Module Functions
 
+---startup(options)
+
+    If called, it calls some DCL methods for easy start-up.
+
+    By default, it does a typical setting. You can change it by
+    giving options. This methods covers only a few DCL parameters.
+    For neat graphics, you will need to call DCL methods directly.
+
+    ARGUMENTS
+    * options (Hash) : options to change the default behavior if specified.
+       option name	default value	# description:
+       "iws"     1    # DCL sgpack param: Workstation ID (1:display, 2:file
+                      # if DCL ver>=6)
+       "ifl"     4    # DCL swpack param (for DCL ver.>=6): file format num
+                      # for iws==2 (1:png,2:eps,3:svg,4:pdf)
+       "colormap"  1  # DCL color map number (Integer)
+       "iwidth"  nil  # DCL swpack param (Integer): display width
+                      # (pixcels)
+       "iheight" nil  # DCL swpack param (Integer): display height
+                      # (pixcels)
+       "lwait"   true # DCL swpack param (true/false): wait mouse click
+                      # to show next page
+       "isub"    96   # DCL sgpack param (Integer): control character of
+                      # subscription 96=>"`"; 95=>"_". Note that DCL's
+                      # default is 95.
+       "lmiss"   true # DCL glpack param (true/false): whether to do
+                      # missing value processing. Note that DCL's default
+                      # is false.
+       "help"   false # show help message if true
+
+---close
+
+    Close. (it just calls DCL.grcls).
+
 ---margin_info(program=nil, data_source=nil, char_height=nil, date=nil, xl=0.0, xr=0.0, yb=nil, yt=0.0)
 
     Sets the strings to appear in the bottom margin.
@@ -1105,6 +1139,34 @@ module NumRu
 
     module_function
 
+    @@startup_options = Misc::KeywordOptAutoHelp.new(
+      ['iws', 1, 'DCL sgpack param: Workstation ID (1:display, 2:file if DCL ver>=6)'],
+      ['ifl', 4, 'DCL swpack param (for DCL ver.>=6): file format num for iws==2 (1:png,2:eps,3:svg,4:pdf)'],
+      ['colormap', 1, 'DCL color map number (Integer)'],
+      ['iwidth', nil, 'DCL swpack param (Integer): display width (pixcels)'],
+      ['iheight', nil, 'DCL swpack param (Integer): display height (pixcels)'],
+      ['lwait', true, 'DCL swpack param (true/false): wait mouse click to show next page'],
+      ['isub', 96, 'DCL sgpack param (Integer): control character of subscription 96=>"`"; 95=>"_". Note that DCL\'s default is 95.'],
+      ['lmiss', true, 'DCL glpack param (true/false): whether to do missing value processing. Note that DCL\'s default is false.']
+    )
+
+    def startup(options=nil)
+      opts = @@startup_options.interpret(options)
+      DCL.swpset('iwidth',opts['iwidth'])  if opts['iwidth']
+      DCL.swpset('iheight',opts['iheight'])  if opts['iheight']
+      DCL.swpset('ifl',opts['ifl']) if DCL::DCLVERSION >= "6"
+      DCL.sgscmn(opts['colormap'])
+
+      DCL.gropn(opts['iws'])
+
+      DCL.sgpset('isub', opts['isub'])
+      DCL.glpset('lmiss', opts['lmiss'])
+    end
+
+    def close
+      DCL.grcls
+    end
+
     def gropn_1_if_not_yet
       if DCL.sgpget("iws") == 0
         DCL.gropn(1)
@@ -2738,7 +2800,7 @@ module NumRu
 
       val = gp.data.val
       if ( opts['ltone'] && 
-          ( opts['tonf'] || opts['auto'] && 
+          ( opts['tonf'] || opts['auto'] && !opts['tonb'] && !opts['tonc'] &&
             ( val.length >= TONE_TONF_THRES_SIZE || val.shape.min >= TONE_TONF_THRES_LEN ) ) )
         DCL.uetonf(val)
       elsif opts['tonb'] && opts['ltone']
@@ -3051,11 +3113,28 @@ module NumRu
        @@data_prep_options
     )
 
+    def set_vector(options)
+      @@vector_options.set(options)
+    end
+    @@next_vector = nil
+    def next_vector(options)
+      if options.is_a?(Hash)
+        @@next_vector = options
+      else
+        raise TypeError,"Hash expected"
+      end
+      nil
+    end
+
     def vector(fx, fy, newframe=true, options=nil)
       gropn_1_if_not_yet
       if newframe!=true && newframe!=false
         raise ArgumentError, "2nd arg (newframe) must be true or false"
       end
+      if @@next_vector
+        options = ( options ? @@next_vector.update(options) : @@next_vector )
+        @@next_vector = nil
+      end
       opts = @@vector_options.interpret(options)
       xax, yax, closer, fx, fy = data_prep_2D([fx,fy], newframe, opts)
       if newframe
@@ -3670,7 +3749,7 @@ if $0 == __FILE__
 
   #/ graph 45 /
   GGraph.set_fig('viewport'=>[0.2,0.8,0.2,0.8])
-  GGraph.tone(gphys, true, "auto"=>true, "auto"=>true)
+  GGraph.tone(gphys, true, "auto"=>true)
   GGraph.contour(gphys, false)
   GGraph.color_bar
 

data/lib/numru/gphys/derivative.rb

@@ -1,3 +1,4 @@
+# -*- coding: utf-8 -*-
 require 'narray'
 require 'numru/gphys'
 require 'numru/derivative'
@@ -36,7 +37,7 @@ Module functions of Derivative Operater for GPhys.
       to. z.rank must be 1.
     * dim (Numeric): a Numeric represents the dimention which derivative 
       respect to. you can give number count backward (((<dim>))<0), but 
-      ((<z.rank ��dim>)) must be > 0. 
+      ((<z.rank ＋dim>)) must be > 0. 
     * bc (Numeric) : a Numeric which represent boundary condition.
       Supported conditions are:
        * LINEAR_EXT(=1) : default value
@@ -59,7 +60,7 @@ Module functions of Derivative Operater for GPhys.
     * gp (GPhys): a GPhys which you want to derivative.
     * dim_or_dimname (Numeric or String): a Numeric or String represents
       the dimension which derivate respect to. you can give number count 
-      backward (((<dim>))<0), but ((<z.rank ��dim>)) must be > 0. 
+      backward (((<dim>))<0), but ((<z.rank ＋dim>)) must be > 0. 
     * bc (Numeric) : a Numeric which represent boundary condition.
       Supported conditions are:
        * LINEAR_EXT(=1) : default value

data/lib/numru/gphys/gpcommon.rb

@@ -16,12 +16,18 @@
   2005/08/23  S Takehiro (created)
   2008/02/14  S Takehiro (copy_global_att can deal with GPhys 
                           which consists of multiple files)
+  2015/09/06  H Kashimura && S Takehiro (fixed for installation by gem)
 
 =end
 
 #------------------------ print help message ------------------------
 def help
-  file = File.open($0)
+  begin 
+    file = File.open(Gem.bin_path("gphys",File.basename($0)))
+  rescue
+    file = File.open($0)
+  end
+#  file = File.open($0)
   after_begin = false
   after_end = false
   while (line = file.gets)

data/lib/numru/gphys/gphys_fft.rb

@@ -463,7 +463,7 @@ module NumRu
       end
       if dir == @@fft_forward
 	if dims.length == 0
-	  fcoef = fcoef / fcoef.length       # normalized if forward FT
+	  fcoef = fcoef / fcoef.length.to_f   # normalized if forward FT
 	else
 	  sh = fcoef.shape
 	  len = 1
@@ -483,7 +483,7 @@ module NumRu
 	  cv = gfc.coord(i).val
 	  n = cv.length
 	  clen = (cv.max - cv.min) * n / (n-1)
-	  wn = (2*Math::PI/clen) * NArray.new(cv.typecode,cv.length).indgen!
+	  wn = (2*Math::PI/clen) * NArray.new(cv.typecode,cv.length).indgen!.to_f
 	  if (!backward)
 	    gfc.coord(i).set_att('origin_in_real_space',cv[0..0])
 	  else 
@@ -619,7 +619,7 @@ module NumRu
         if !factor
 	  factor = dwn**(-1)
 	else
-	  factor = factor / dwn
+	  factor = factor / dwn.to_f
 	end
       }
       self * factor

data/lib/numru/gphys/gphys_hdfeos5_io.rb

@@ -1,3 +1,4 @@
+# -*- coding: utf-8 -*-
 require "numru/gphys/gphys"
 require "numru/gphys/varrayhdfeos5"
 
@@ -337,8 +338,8 @@ module NumRu
       end
 
       def __make_gd_axes(var0, grid, data)
-        dim_names = var0.dim_names # �����̖��O
-        unlocated_dim_names = var0.dim_names # �܂����̌��܂��Ă��Ȃ������̖��O
+        dim_names = var0.dim_names # 次元の名前
+        unlocated_dim_names = var0.dim_names # まだ軸の決まっていない次元の名前
         unused_var_names = grid.var_names
         axes = Array.new
 
@@ -358,7 +359,7 @@ module NumRu
         end
 
         # (#2) Empirical rule (from EOS-AURA, MLS, etc)
-        # (#2-1) �������m��̎����ɑ΂��A�������ƈ�v���閼�O������1�����ϐ������W�ϐ��Ƃ��č̗p����
+        # (#2-1) 軸が未確定の次元に対し、次元名と一致する名前を持つ1次元変数を座標変数として採用する
         unlocated_dim_names.each do |dim_nm|
           if unused_var_names.include?(dim_nm)
             vary = __files2varray( grid, dim_nm)
@@ -370,7 +371,7 @@ module NumRu
           end
         end
 
-        # (#2-2) �������m��̎����ɑ΂��A���̎������g���Ē�`����Ă���1�����ϐ������W�ϐ��Ƃ��č̗p����
+        # (#2-2) 軸が未確定の次元に対し、その次元を使って定義されている1次元変数を座標変数として採用する
         # (a) select variables match to Regexp. 
         @@predef_gdcoords.each do |reg_exp|
           unlocated_dim_names.each do |dim_nm|
@@ -397,8 +398,8 @@ module NumRu
           end
         end
 
-        # (#2-3) ���W�ϐ��̓t�@�C�����ɂȂ����̂Ƃ݂Ȃ��C
-        # �_�~�[�Ƃ��� 0,1,2,... �����蓖�Ă���悤�ɂ���D
+        # (#2-3) 座標変数はファイル中にないものとみなし，
+        # ダミーとして 0,1,2,... が割り当てられるようにする．
         unlocated_dim_names.each do |dim_nm|
           nary_length = data.shape_current[dim_names.index(dim_nm)]
           nary = NArray[0...nary_length]
@@ -413,14 +414,14 @@ module NumRu
       private :__make_gd_axes
 
       def __make_za_axes(var0, za, data)
-        dim_names = var0.dim_names # �����̖��O
-        unlocated_dim_names = var0.dim_names # �܂����̌��܂��Ă��Ȃ������̖��O
+        dim_names = var0.dim_names # 次元の名前
+        unlocated_dim_names = var0.dim_names # まだ軸の決まっていない次元の名前
         unused_var_names = za.var_names
         axes = Array.new
 
         # (#1) HDF-EOS5 standard rule is none.
         # (#2) Empirical rule (from EOS-AURA, MLS, etc)
-        # (#2-1) �������ƈ�v���閼�O������1�����ϐ������W�ϐ��Ƃ��č̗p����
+        # (#2-1) 次元名と一致する名前を持つ1次元変数を座標変数として採用する
         unlocated_dim_names.each do |dim_nm|
           if unused_var_names.include?(dim_nm)
             vary = __files2varray( za, dim_nm)
@@ -432,7 +433,7 @@ module NumRu
           end
         end
 
-        # (#2-2) �������m��̎����ɑ΂��A���̎������g���Ē�`����Ă���1�����ϐ������W�ϐ��Ƃ��č̗p����
+        # (#2-2) 軸が未確定の次元に対し、その次元を使って定義されている1次元変数を座標変数として採用する
         # (a) select variables match to Regexp. 
         @@predef_zacoords.each do |reg_exp|
           unlocated_dim_names.each do |dim_nm|
@@ -459,8 +460,8 @@ module NumRu
           end
         end
 
-        # (#2-3) ���W�ϐ��̓t�@�C�����ɂȂ����̂Ƃ݂Ȃ��C
-        # �_�~�[�Ƃ��� 0,1,2,... �����蓖�Ă���悤�ɂ���D
+        # (#2-3) 座標変数はファイル中にないものとみなし，
+        # ダミーとして 0,1,2,... が割り当てられるようにする．
         unlocated_dim_names.each do |dim_nm|
           nary_length = data.shape_current[dim_names.index(dim_nm)]
           nary = NArray[0...nary_length]
@@ -474,7 +475,7 @@ module NumRu
       end
       private :__make_za_axes
 
-      # dim_index �Ɋւ��Ď���1�����̕ϐ��Ȃ�� VArray ��Ԃ��B�����łȂ���� nil ��Ԃ��B
+      # dim_index に関して実質1次元の変数ならば VArray を返す。そうでなければ nil を返す。
       def __make_field_one_dimension(aHE5GdField, dim_index)
         rank = aHE5GdField.rank
         indexes = Array.new

data/lib/numru/gphys/grib.rb

@@ -611,12 +611,19 @@ class GPhys
       end
       alias :initial= :set_initial
       def date
-        d = Date.new((@pds.to_uint1(21)-1)*100 + @pds.to_uint1(9),
-                     @pds.to_uint1(10), @pds.to_uint1(11)
-                     )
-        h = [@pds.to_uint1(12), @pds.to_uint1(13)]
+        dt = DateTime.new((@pds.to_uint1(21)-1)*100 + @pds.to_uint1(9),
+                           @pds.to_uint1(10), @pds.to_uint1(11),
+                           @pds.to_uint1(12), @pds.to_uint1(13) )
+        dt += Units[time_unit].convert(p1,"day")  
+          # REMARK (horinouchi):
+          # Just to add p1 should be OK in the crudest sense,
+          # though one can further consider time_range
+          # (ref: http://rda.ucar.edu/docs/formats/grib/gribdoc/timer.html)
+        d = dt.to_date
+        h = [dt.hour, dt.min]
         return [d,h]
       end
+
       def time_unit
         return TIME_UNITS[ @pds.to_uint1(14) ]
       end
@@ -1238,11 +1245,15 @@ class GPhys
             #j = nil
             #i = nil
             if map
-              var = NArrayMiss.sfloat(index[0].count, index[1].count)
+              var = NArrayMiss.sfloat(nlon,nlat)
               map.reshape!(nlon,nlat)
-              mask = map[*index]
+              mask = map
               nd = mask.count_true
-              var[mask.where] = @sgm.mbio.read2D(@pos+8, nbits_pack, nd, 1, 0, nd-1, 1, 0, 0, 1, nil, nil, e, r).reshape!(nd)
+              wh = mask.where
+              if wh.length>0
+                var[wh] = @sgm.mbio.read2D(@pos+8, nbits_pack, nd, 1, 0, nd-1, 1, 0, 0, 1, nil, nil, e, r).reshape!(nd)
+              end
+              var = var[*index]
 =begin
               index[1].each{|j|
                 jj = j-index[1].first

data/lib/numru/gphys/gtool3.rb

@@ -1,19 +1,20 @@
+# -*- coding: utf-8 -*-
 =begin
-= Gtool3 �`�� IO ���C�u�����[�i�Ƃ����Ă� O (����) �͂Ȃ��j
+= Gtool3 形式 IO ライブラリー（といっても O (書き) はなし）
 
-== ���t�@�C���i�i�q���t�@�C���j�ɂ‚���
+== 軸ファイル（格子情報ファイル）について
 
-�‹��ϐ� GTAXDIR �ŁC���t�@�C���̂��肩���w�肷�邩,
-Gtool3.gtaxdir= ���\�b�h���g���Ďw�肷��D
+環境変数 GTAXDIR で，軸ファイルのありかを指定するか,
+Gtool3.gtaxdir= メソッドを使って指定する．
 
-== Development Memo / �J������
+== Development Memo / 開発メモ
 
-�����i��ˆȏ�j�̕ϐ��̑g�̌J��Ԃ������肷��D����āC�w�b�_��ǂ��
-�����āC�ϐ������CT,U,PS,T,..�ȂǂƓ����̂ɖ߂�����C���̎��_�� T,U,PS
-��3�ϐ��̌J��Ԃ��ł���Ƃ݂Ȃ��D�������邱�ƂŁCGrADS �Ƃقړ����悤��
-������悤�ɂȂ�D�Ȃ��C���ۂ� Gtool3 �t�@�C���͂��ׂĂ���ł�����͂��D
+複数（一個以上）の変数の組の繰り返しを仮定する．よって，ヘッダを読んで
+いって，変数名が，T,U,PS,T,..などと同じのに戻ったら，その時点で T,U,PS
+の3変数の繰り返しであるとみなす．こうすることで，GrADS とほぼ同じように
+扱えるようになる．なお，実際の Gtool3 ファイルはすべてこれでいけるはず．
 
-�G���f�B�A���̓u���b�N��؂肩�玩�����ʂ���D
+エンディアンはブロック区切りから自動判別する．
 
 
 
@@ -414,7 +415,7 @@ module NumRu
           #p "*****",varinfo[:rlen]
           varinfo[:natyp] = NATYP[varinfo["DFMT"]]
           @varh[ varinfo["ITEM"] ] = varinfo
-          start_byte += skip_a_data_block(varinfo, @file)  # shape�ƌ^�̗��p�ɂ�����ׂ�
+          start_byte += skip_a_data_block(varinfo, @file)  # shapeと型の利用にかえるべき
         else
           time_seq = true    # second turn --> regarded as a time sequence
           break
@@ -724,48 +725,48 @@ if $0 == __FILE__
 end
 
 =begin
-    1     & IDFM   & I10   #& �t�H�[�}�b�gid  & 9009
-    2     & DSET   & A16   #& �f�[�^�Z�b�g��  & AP01
-    3     & ITEM   & A16   #& ���ʖ���(�ϐ���)& TMP
-    4     & EDIT1  & A16   #& �ҏW���L��(1)   & TM1D
-    5     & EDIT2  & A16   #& �ҏW���L��(2)   & XFK1
+    1     & IDFM   & I10   #& フォーマットid  & 9009
+    2     & DSET   & A16   #& データセット名  & AP01
+    3     & ITEM   & A16   #& 識別名称(変数名)& TMP
+    4     & EDIT1  & A16   #& 編集略記号(1)   & TM1D
+    5     & EDIT2  & A16   #& 編集略記号(2)   & XFK1
     ...
-    11    & EDIT8  & A16   #& �ҏW���L��(8)   &  
-    12    & FNUM   & I10   #& �t�@�C���ԍ�    & 1
-    13    & DNUM   & I10   #& �f�[�^�ԍ�      & 100
-    14    & TITL1  & A16   #& �^�C�g��        & Temperature
-    15    & TITL2  & A16   #& \ \ �V \ \ ���� & 
-    16    & UNIT   & A16   #& �P��            & K
-    17    & ETTL1  & A16   #& �ҏW�^�C�g��(1) & Dayly mean
-    18    & ETTL2  & A16   #& �ҏW�^�C�g��(2) & filter (X)
+    11    & EDIT8  & A16   #& 編集略記号(8)   &  
+    12    & FNUM   & I10   #& ファイル番号    & 1
+    13    & DNUM   & I10   #& データ番号      & 100
+    14    & TITL1  & A16   #& タイトル        & Temperature
+    15    & TITL2  & A16   #& \ \ 〃 \ \ 続き & 
+    16    & UNIT   & A16   #& 単位            & K
+    17    & ETTL1  & A16   #& 編集タイトル(1) & Dayly mean
+    18    & ETTL2  & A16   #& 編集タイトル(2) & filter (X)
     ...
-    24    & ETTL8  & A16   #& �ҏW�^�C�g��(8) &          
-    25    & TIME   & I10   #& ����(�ʂ�)      & 18769650900
-    27    & UTIM   & A16   #& �����P��        & SEC
-    26    & DATE   & A16   #& ����(yyyymmddhhmmss) & 19900813122800
-    28    & TDUR   & I10   #& �f�[�^��\����  & 3600
-    29    & AITM1  & A16   #& ��1�̊i�q���ʖ��� & GLON128
-    30    & ASTR1  & I10   #& ��1�̊i�q�ԍ��n�� &   1
-    31    & AEND1  & I10   #& ��1�̊i�q�ԍ��I�� & 128
-    32    & AITM2  & A16   #& ��2�̊i�q���ʖ��� & GGLA64
-    33    & ASTR2  & I10   #& ��2�̊i�q�ԍ��n�� &   1
-    34    & AEND2  & I10   #& ��2�̊i�q�ԍ��I�� &  64
-    35    & AITM3  & A16   #& ��3�̊i�q���ʖ��� & SIGA12
-    36    & ASTR3  & I10   #& ��3�̊i�q�ԍ��n�� &   1
-    37    & AEND3  & I10   #& ��3�̊i�q�ԍ��I�� &  12
-    38    & DFMT   & A16   #& �f�[�^�t�H�[�}�b�g & (32F12.5) or UR4
-    39    & MISS   & E15.7 #& �����l�̒l      & -9999.
-    40    & DMIN   & E15.7 #& �����W(�ŏ�)    & 100.  
-    41    & DMAX   & E15.7 #& �����W(�ő�)    & 300.  
-    42    & DIVS   & E15.7 #& �Ԋu(��)        & 10.   
-    43    & DIVL   & E15.7 #& �Ԋu(��)        & 50.   
-    44    & STYP   & I10   #& �X�P�[�����O�^�C�v & 1  
-    45--47& OPTNx  & A16   #& ��            &
-    48--59& MEMOxx & A16   #& ����            &
-    60    & CDATE  & A16   #& �f�[�^�쐬���t  & 19900813122800
-    61    & CSIGN  & A16   #& �f�[�^�쐬��    & SWAMP     
-    62    & MDATE  & A16   #& �f�[�^�ύX���t  & 19900926225422
-    63    & MSIGN  & A16   #& �f�[�^�ύX��    & SWAMP     
-    64    & SIZE   & I10   #& �z��̃T�C�Y    & 98304
+    24    & ETTL8  & A16   #& 編集タイトル(8) &          
+    25    & TIME   & I10   #& 時刻(通し)      & 18769650900
+    27    & UTIM   & A16   #& 時刻単位        & SEC
+    26    & DATE   & A16   #& 時刻(yyyymmddhhmmss) & 19900813122800
+    28    & TDUR   & I10   #& データ代表時間  & 3600
+    29    & AITM1  & A16   #& 軸1の格子識別名称 & GLON128
+    30    & ASTR1  & I10   #& 軸1の格子番号始め &   1
+    31    & AEND1  & I10   #& 軸1の格子番号終り & 128
+    32    & AITM2  & A16   #& 軸2の格子識別名称 & GGLA64
+    33    & ASTR2  & I10   #& 軸2の格子番号始め &   1
+    34    & AEND2  & I10   #& 軸2の格子番号終り &  64
+    35    & AITM3  & A16   #& 軸3の格子識別名称 & SIGA12
+    36    & ASTR3  & I10   #& 軸3の格子番号始め &   1
+    37    & AEND3  & I10   #& 軸3の格子番号終り &  12
+    38    & DFMT   & A16   #& データフォーマット & (32F12.5) or UR4
+    39    & MISS   & E15.7 #& 欠損値の値      & -9999.
+    40    & DMIN   & E15.7 #& レンジ(最小)    & 100.  
+    41    & DMAX   & E15.7 #& レンジ(最大)    & 300.  
+    42    & DIVS   & E15.7 #& 間隔(小)        & 10.   
+    43    & DIVL   & E15.7 #& 間隔(大)        & 50.   
+    44    & STYP   & I10   #& スケーリングタイプ & 1  
+    45--47& OPTNx  & A16   #& 空き            &
+    48--59& MEMOxx & A16   #& メモ            &
+    60    & CDATE  & A16   #& データ作成日付  & 19900813122800
+    61    & CSIGN  & A16   #& データ作成者    & SWAMP     
+    62    & MDATE  & A16   #& データ変更日付  & 19900926225422
+    63    & MSIGN  & A16   #& データ変更者    & SWAMP     
+    64    & SIZE   & I10   #& 配列のサイズ    & 98304
 
 =end