bio 1.4.3.0001 → 1.5.0

Sign up to get free protection for your applications and to get access to all the features.
Files changed (158) hide show
  1. checksums.yaml +7 -0
  2. data/.travis.yml +39 -33
  3. data/BSDL +22 -0
  4. data/COPYING +2 -2
  5. data/COPYING.ja +36 -36
  6. data/ChangeLog +2404 -1025
  7. data/KNOWN_ISSUES.rdoc +15 -55
  8. data/README.rdoc +17 -23
  9. data/RELEASE_NOTES.rdoc +246 -183
  10. data/Rakefile +3 -2
  11. data/bin/br_biofetch.rb +29 -5
  12. data/bioruby.gemspec +15 -32
  13. data/bioruby.gemspec.erb +10 -20
  14. data/doc/ChangeLog-1.4.3 +1478 -0
  15. data/doc/RELEASE_NOTES-1.4.3.rdoc +204 -0
  16. data/doc/Tutorial.rd +0 -6
  17. data/doc/Tutorial.rd.html +7 -12
  18. data/doc/Tutorial.rd.ja +960 -1064
  19. data/doc/Tutorial.rd.ja.html +977 -1067
  20. data/gemfiles/Gemfile.travis-jruby1.8 +2 -1
  21. data/gemfiles/Gemfile.travis-jruby1.9 +2 -4
  22. data/gemfiles/Gemfile.travis-rbx +13 -0
  23. data/gemfiles/Gemfile.travis-ruby1.8 +2 -1
  24. data/gemfiles/Gemfile.travis-ruby1.9 +2 -4
  25. data/gemfiles/Gemfile.travis-ruby2.2 +9 -0
  26. data/lib/bio.rb +10 -43
  27. data/lib/bio/alignment.rb +8 -14
  28. data/lib/bio/appl/blast.rb +1 -2
  29. data/lib/bio/appl/blast/format0.rb +18 -7
  30. data/lib/bio/appl/blast/remote.rb +0 -9
  31. data/lib/bio/appl/blast/report.rb +1 -1
  32. data/lib/bio/appl/clustalw/report.rb +3 -1
  33. data/lib/bio/appl/genscan/report.rb +1 -2
  34. data/lib/bio/appl/iprscan/report.rb +1 -2
  35. data/lib/bio/appl/meme/mast.rb +4 -4
  36. data/lib/bio/appl/meme/mast/report.rb +1 -1
  37. data/lib/bio/appl/paml/codeml.rb +2 -2
  38. data/lib/bio/appl/paml/codeml/report.rb +1 -0
  39. data/lib/bio/appl/paml/common.rb +1 -1
  40. data/lib/bio/appl/sosui/report.rb +1 -2
  41. data/lib/bio/command.rb +62 -2
  42. data/lib/bio/data/aa.rb +13 -31
  43. data/lib/bio/data/codontable.rb +1 -2
  44. data/lib/bio/db/biosql/biosql_to_biosequence.rb +1 -0
  45. data/lib/bio/db/biosql/sequence.rb +1 -1
  46. data/lib/bio/db/embl/common.rb +1 -1
  47. data/lib/bio/db/embl/embl.rb +5 -4
  48. data/lib/bio/db/embl/format_embl.rb +3 -3
  49. data/lib/bio/db/embl/sptr.rb +9 -1444
  50. data/lib/bio/db/embl/swissprot.rb +12 -29
  51. data/lib/bio/db/embl/trembl.rb +13 -30
  52. data/lib/bio/db/embl/uniprot.rb +12 -29
  53. data/lib/bio/db/embl/uniprotkb.rb +1455 -0
  54. data/lib/bio/db/fasta.rb +17 -0
  55. data/lib/bio/db/fasta/defline.rb +1 -3
  56. data/lib/bio/db/fastq.rb +1 -1
  57. data/lib/bio/db/genbank/ddbj.rb +9 -5
  58. data/lib/bio/db/genbank/refseq.rb +11 -3
  59. data/lib/bio/db/gff.rb +3 -4
  60. data/lib/bio/db/go.rb +5 -6
  61. data/lib/bio/db/kegg/module.rb +4 -5
  62. data/lib/bio/db/kegg/pathway.rb +4 -5
  63. data/lib/bio/db/kegg/reaction.rb +1 -1
  64. data/lib/bio/db/nexus.rb +3 -2
  65. data/lib/bio/db/pdb/pdb.rb +2 -2
  66. data/lib/bio/db/phyloxml/phyloxml_elements.rb +82 -59
  67. data/lib/bio/db/phyloxml/phyloxml_parser.rb +2 -2
  68. data/lib/bio/db/phyloxml/phyloxml_writer.rb +1 -2
  69. data/lib/bio/db/sanger_chromatogram/chromatogram.rb +1 -2
  70. data/lib/bio/db/transfac.rb +1 -1
  71. data/lib/bio/io/das.rb +40 -41
  72. data/lib/bio/io/fastacmd.rb +0 -16
  73. data/lib/bio/io/fetch.rb +111 -55
  74. data/lib/bio/io/flatfile/buffer.rb +4 -5
  75. data/lib/bio/io/hinv.rb +2 -3
  76. data/lib/bio/io/ncbirest.rb +43 -6
  77. data/lib/bio/io/pubmed.rb +76 -81
  78. data/lib/bio/io/togows.rb +33 -10
  79. data/lib/bio/map.rb +1 -1
  80. data/lib/bio/pathway.rb +1 -1
  81. data/lib/bio/sequence/compat.rb +1 -1
  82. data/lib/bio/sequence/na.rb +63 -12
  83. data/lib/bio/shell.rb +0 -2
  84. data/lib/bio/shell/core.rb +5 -6
  85. data/lib/bio/shell/interface.rb +3 -4
  86. data/lib/bio/shell/irb.rb +1 -2
  87. data/lib/bio/shell/plugin/entry.rb +2 -3
  88. data/lib/bio/shell/plugin/seq.rb +7 -6
  89. data/lib/bio/shell/setup.rb +1 -2
  90. data/lib/bio/tree.rb +2 -2
  91. data/lib/bio/util/contingency_table.rb +0 -2
  92. data/lib/bio/util/restriction_enzyme/range/sequence_range.rb +2 -2
  93. data/lib/bio/util/sirna.rb +76 -16
  94. data/lib/bio/version.rb +8 -9
  95. data/sample/benchmark_clustalw_report.rb +47 -0
  96. data/sample/biofetch.rb +248 -151
  97. data/setup.rb +6 -7
  98. data/test/data/clustalw/example1-seqnos.aln +58 -0
  99. data/test/network/bio/appl/blast/test_remote.rb +1 -15
  100. data/test/network/bio/appl/test_blast.rb +0 -12
  101. data/test/network/bio/io/test_pubmed.rb +49 -0
  102. data/test/network/bio/io/test_togows.rb +0 -1
  103. data/test/network/bio/test_command.rb +65 -2
  104. data/test/unit/bio/appl/bl2seq/test_report.rb +0 -1
  105. data/test/unit/bio/appl/blast/test_report.rb +110 -48
  106. data/test/unit/bio/appl/clustalw/test_report.rb +67 -51
  107. data/test/unit/bio/appl/sim4/test_report.rb +46 -17
  108. data/test/unit/bio/appl/test_blast.rb +2 -2
  109. data/test/unit/bio/db/embl/test_embl.rb +0 -1
  110. data/test/unit/bio/db/embl/test_embl_rel89.rb +0 -1
  111. data/test/unit/bio/db/embl/{test_sptr.rb → test_uniprotkb.rb} +111 -115
  112. data/test/unit/bio/db/embl/{test_uniprot_new_part.rb → test_uniprotkb_new_part.rb} +11 -11
  113. data/test/unit/bio/db/genbank/test_genbank.rb +10 -4
  114. data/test/unit/bio/db/pdb/test_pdb.rb +14 -8
  115. data/test/unit/bio/db/test_fasta.rb +41 -1
  116. data/test/unit/bio/db/test_fastq.rb +14 -4
  117. data/test/unit/bio/db/test_gff.rb +2 -2
  118. data/test/unit/bio/db/test_phyloxml.rb +30 -30
  119. data/test/unit/bio/db/test_phyloxml_writer.rb +2 -2
  120. data/test/unit/bio/io/flatfile/test_autodetection.rb +1 -2
  121. data/test/unit/bio/io/flatfile/test_buffer.rb +7 -1
  122. data/test/unit/bio/io/flatfile/test_splitter.rb +1 -1
  123. data/test/unit/bio/io/test_togows.rb +3 -2
  124. data/test/unit/bio/sequence/test_dblink.rb +1 -1
  125. data/test/unit/bio/sequence/test_na.rb +3 -1
  126. data/test/unit/bio/test_alignment.rb +1 -2
  127. data/test/unit/bio/test_command.rb +5 -4
  128. data/test/unit/bio/test_db.rb +4 -2
  129. data/test/unit/bio/test_pathway.rb +25 -10
  130. data/test/unit/bio/util/test_sirna.rb +22 -22
  131. metadata +656 -1430
  132. data/doc/KEGG_API.rd +0 -1843
  133. data/doc/KEGG_API.rd.ja +0 -1834
  134. data/extconf.rb +0 -2
  135. data/lib/bio/appl/blast/ddbj.rb +0 -131
  136. data/lib/bio/db/kegg/taxonomy.rb +0 -280
  137. data/lib/bio/io/dbget.rb +0 -194
  138. data/lib/bio/io/ddbjrest.rb +0 -344
  139. data/lib/bio/io/ddbjxml.rb +0 -458
  140. data/lib/bio/io/ebisoap.rb +0 -158
  141. data/lib/bio/io/ensembl.rb +0 -229
  142. data/lib/bio/io/higet.rb +0 -73
  143. data/lib/bio/io/keggapi.rb +0 -363
  144. data/lib/bio/io/ncbisoap.rb +0 -156
  145. data/lib/bio/io/soapwsdl.rb +0 -119
  146. data/lib/bio/shell/plugin/keggapi.rb +0 -181
  147. data/lib/bio/shell/plugin/soap.rb +0 -87
  148. data/sample/dbget +0 -37
  149. data/sample/demo_ddbjxml.rb +0 -212
  150. data/sample/demo_kegg_taxonomy.rb +0 -92
  151. data/sample/demo_keggapi.rb +0 -502
  152. data/sample/psortplot_html.rb +0 -214
  153. data/test/network/bio/io/test_ddbjrest.rb +0 -47
  154. data/test/network/bio/io/test_ensembl.rb +0 -230
  155. data/test/network/bio/io/test_soapwsdl.rb +0 -53
  156. data/test/unit/bio/io/test_ddbjxml.rb +0 -81
  157. data/test/unit/bio/io/test_ensembl.rb +0 -111
  158. data/test/unit/bio/io/test_soapwsdl.rb +0 -33
@@ -1,1834 +0,0 @@
1
- =begin
2
-
3
- $Id: KEGG_API.rd.ja,v 1.11 2006/12/27 13:40:45 k Exp $
4
-
5
- Copyright (C) 2003-2006 Toshiaki Katayama <k@bioruby.org>
6
-
7
- = KEGG API
8
-
9
- KEGG API �ϥץ������ʤɤ��� KEGG �����Ѥ��뤿��Υ����֥����ӥ��Ǥ���
10
- ��Ⱦ�Ǥϡ�KEGG �ǡ����١�������������������긡�������ꤹ�뤿���
11
- KEGG API ��Ȥ���ˡ���������ޤ�����Ⱦ�Υ�ե���󥹤� KEGG API ������ǽ��
12
- ���⤷�ޤ�����Ȥ��Ƽ�� Ruby �����ȤäƲ��⤷�ޤ�����SOAP �� WSDL ��
13
- �������ȤΤǤ�������Perl, Python, Java �ʤɡˤǤ���д�ñ�� KEGG API ��
14
- ���Ѥ��뤳�Ȥ��Ǥ��ޤ���
15
-
16
- == �ܼ�
17
-
18
- * ((<����ȥ����������>))
19
- * ((<KEGG API �λȤ���>))
20
- * ((<Ruby ��>))
21
- * ((<Perl ��>))
22
- * ((<Perl ��������>))
23
- * ((<Python ��>))
24
- * ((<Java ��>))
25
- * ((<KEGG API ��ե����>))
26
- * ((<WSDL �ե�����>))
27
- * ((<�Ѹ������>))
28
- * ((<����ͤΥǡ�����>))
29
- * ((<SSDBRelation ��>)), ((<ArrayOfSSDBRelation ��>))
30
- * ((<MotifResult ��>)), ((<ArrayOfMotifResult ��>))
31
- * ((<Definition ��>)), ((<ArrayOfDefinition ��>))
32
- * ((<LinkDBRelation ��>)), ((<ArrayOfLinkDBRelation ��>))
33
- * ((<PathwayElement ��>)), ((<ArrayOfPathwayElement ��>))
34
- * ((<PathwayElementRelation ��>)), ((<ArrayOfPathwayElementRelation ��>))
35
- * ((<Subtype ��>)), ((<ArrayOfSubtype ��>))
36
- * ((<StructureAlignment ��>)), ((<ArrayOfStructureAlignment ��>))
37
- * ((<�᥽�åɰ���>))
38
- * ((<�᥿����>))
39
- * ((<list_databases>))
40
- * ((<list_organisms>))
41
- * ((<list_pathways>))
42
- * ((<DBGET>))
43
- * ((<binfo>))
44
- * ((<bfind>))
45
- * ((<bget>))
46
- * ((<btit>))
47
- * ((<bconv>))
48
- * ((<LinkDB>))
49
- * ((<�ǡ����١����֤Υ��>))
50
- * ((<get_linkdb_by_entry>))
51
- * ((<get_linkdb_between_databases>))
52
- * ((<�����Ҥȹ����ֹ�δط�>))
53
- * ((<get_genes_by_enzyme>))
54
- * ((<get_enzymes_by_gene>))
55
- * ((<���ǡ�����ʪ���ꥢ�������δط�>))
56
- * ((<get_enzymes_by_compound>))
57
- * ((<get_enzymes_by_glycan>))
58
- * ((<get_enzymes_by_reaction>))
59
- * ((<get_compounds_by_enzyme>))
60
- * ((<get_compounds_by_reaction>))
61
- * ((<get_glycans_by_enzyme>))
62
- * ((<get_glycans_by_reaction>))
63
- * ((<get_reactions_by_enzyme>))
64
- * ((<get_reactions_by_compound>))
65
- * ((<get_reactions_by_glycan>))
66
- * ((<SSDB>))
67
- * ((<get_best_best_neighbors_by_gene>))
68
- * ((<get_best_neighbors_by_gene>))
69
- * ((<get_reverse_best_neighbors_by_gene>))
70
- * ((<get_paralogs_by_gene>))
71
- * ((<Motif>))
72
- * ((<get_motifs_by_gene>))
73
- * ((<get_genes_by_motifs>))
74
- * ((<KO>))
75
- * ((<get_ko_by_gene>))
76
- * ((<get_ko_by_ko_class>))
77
- * ((<get_genes_by_ko_class>))
78
- * ((<get_genes_by_ko>))
79
- * ((<PATHWAY>))
80
- * ((<�ѥ��������ؤο��Ť�>))
81
- * ((<mark_pathway_by_objects>))
82
- * ((<color_pathway_by_objects>))
83
- * ((<color_pathway_by_elements>))
84
- * ((<get_html_of_marked_pathway_by_objects>))
85
- * ((<get_html_of_colored_pathway_by_objects>))
86
- * ((<get_html_of_colored_pathway_by_elements>))
87
- * ((<�ѥ���������Υ��֥������ȴ֤δط�>))
88
- * ((<get_element_relations_by_pathway>))
89
- * ((<�ѥ���������Υ��֥������ȸ���>))
90
- * ((<get_elements_by_pathway>))
91
- * ((<get_genes_by_pathway>))
92
- * ((<get_enzymes_by_pathway>))
93
- * ((<get_compounds_by_pathway>))
94
- * ((<get_glycans_by_pathway>))
95
- * ((<get_reactions_by_pathway>))
96
- * ((<get_kos_by_pathway>))
97
- * ((<���֥������Ȥ���ѥ�����������>))
98
- * ((<get_pathways_by_genes>))
99
- * ((<get_pathways_by_enzymes>))
100
- * ((<get_pathways_by_compounds>))
101
- * ((<get_pathways_by_glycans>))
102
- * ((<get_pathways_by_reactions>))
103
- * ((<get_pathways_by_kos>))
104
- * ((<�ѥ��������֤δط�>))
105
- * ((<get_linked_pathways>))
106
- * ((<GENES>))
107
- * ((<get_genes_by_organism>))
108
- * ((<GENOME>))
109
- * ((<get_number_of_genes_by_organism>))
110
- * ((<LIGAND>))
111
- * ((<convert_mol_to_kcf>))
112
- * ((<search_compounds_by_name>))
113
- * ((<search_drugs_by_name>))
114
- * ((<search_glycans_by_name>))
115
- * ((<search_compounds_by_composition>))
116
- * ((<search_drugs_by_composition>))
117
- * ((<search_glycans_by_composition>))
118
- * ((<search_compounds_by_mass>))
119
- * ((<search_drugs_by_mass>))
120
- * ((<search_glycans_by_mass>))
121
- * ((<search_compounds_by_subcomp>))
122
- * ((<search_drugs_by_subcomp>))
123
- * ((<search_glycans_by_kcam>))
124
-
125
- == ����ȥ����������
126
-
127
- �����֥����ӥ��Ȥϡ����饤����Ȥ�����׵�򥤥󥿡��ͥåȤ�𤷤ƥ����Ф�
128
- ���ꡢ�����Ф��ץ������μ¹Է�̤򥯥饤����Ȥ��֤����Ȥߤǡ�����Ū�ˤ�
129
- �����֥ڡ����ǻȤ��� HTTP �ץ��ȥ���ȡ���¤����ĥǡ�����ɽ����ˡ�Ȥ���
130
- ��ڤ��Ƥ��� XML �ޡ������å�ʸ��������Ѥ�����Τ�ؤ��ޤ���
131
-
132
- �����֥����ӥ��ϥץ�����फ�����ѤǤ��뤿�ᡢ���Ū�˸�����Ԥä��ꡢ
133
- ���������ͤ��Ѥ����͡����׵��ưŪ�˽��������ꤹ��Τ˸����Ƥ��ޤ���
134
- ���Τ��ᡢ������ŷ��������䤤��碌��Google �ؤ�ʣ�縡���ʤɤǤ�Ȥ���
135
- ���ޤ���
136
-
137
- HTTP ���Ѥ�����åȤˤϡ�ï�Ǥ�Ȥ��뤳�Ȥ�ե�������������ʤɤ����¤�
138
- �����ˤ������Ȥ����ꡢXML �����ˤϴ�Ϣ���Ѥ�·�äƤ��뤳�Ȥ�ʣ���ʥǡ���
139
- ��¤��ɽ���Ǥ���Ȥ��ä��ݥ���Ȥ�����ޤ���
140
-
141
- �����֥����ӥ��Ǥ� XML ��Ϣ���Ѥ���Ǥ� SOAP �� WSDL ��Ȥ����Ȥ�¿���ʤä�
142
- ���ޤ���SOAP �ϥ��饤����Ȥȥ����Ф����Ȥꤹ���å�������ɽ����ˡ��
143
- ɸ�ಽ������Τǡ������� Simple Object Access Method ��ά�Ȥ���Ƥ��ޤ���
144
- (���� Service Oriented Access Protocol �Ȥ������Ȥ⤢��褦�Ǥ�)��
145
- WSDL �� SOAP �˴�Ť������ӥ��򥳥�ԥ塼������ñ�����ѤǤ���褦�ˤ���
146
- ����Τ�Τǡ�Web Service Description Language ��ά�ȤʤäƤ��ޤ���
147
-
148
- KEGG API �Ϥ����ε��Ѥ�Ȥäơ���ʬ�ζ�̣��������Ҥ�ѥ��������ʤɤ�
149
- �����ͳ�˸�����������Ϥ��Ѥ����ꤹ�뤿��μ��ʤ��󶡤��ޤ����桼����
150
- KEGG ��¿���ε�ǽ�򡢥����֥ڡ����򥯥�å���������˼�ʬ�Υץ�������
151
- �椫�鼡���ȼ¹Ԥ��뤳�Ȥ��Ǥ���褦�ˤʤ�ޤ���
152
-
153
- KEGG API �˴ؤ���ǿ��ξ���ϰʲ��� URL �������뤳�Ȥ��Ǥ��ޤ���
154
-
155
- * ((<URL:http://www.genome.jp/kegg/soap/>))
156
-
157
- == KEGG API �λȤ���
158
-
159
- �ʲ��Ǥ� Ruby, Perl, Python, Java �γƸ���ˤ�� KEGG API �δ�ñ�ʻȤ�����
160
- �Ҳ𤷤ޤ����Ƹ���� SOAP �� WSDL �򰷤���饤�֥����ɲå��󥹥ȡ��뤹��
161
- ɬ�פ�����ޤ���
162
-
163
- === Ruby ��
164
-
165
- Ruby 1.8.1 �ʹߤǤϡ�ɸ��� SOAP ��Ȥ������Ǥ��ޤ��Τ��ɲå��󥹥ȡ�
166
- ���ɬ�פ���ޤ���
167
-
168
- Ruby 1.8.0 �Ǥ�
169
- ((<SOAP4R|URL:http://raa.ruby-lang.org/list.rhtml?name=soap4r>)),
170
- ((<devel-logger|URL:http://raa.ruby-lang.org/list.rhtml?name=devel-logger>)),
171
- ((<http-access2|URL:http://raa.ruby-lang.org/list.rhtml?name=http-access2>))
172
- �ʤɤΥ饤�֥��򥤥󥹥ȡ��뤹��ɬ�פ�����ޤ���
173
-
174
- Ruby 1.6.8 �ξ��Ϥ���� SOAP4R ��ɬ�פȤ���¾�Υ饤�֥�� (date2, uconv,
175
- XML �Υѡ����ʤ�) �⥤�󥹥ȡ��뤹��ɬ�פ�����ޤ��Τǡ����餫���� SOAP4R
176
- �Υɥ�����Ȥ˽��ä�����Ƥ����ޤ���
177
-
178
- �ʲ��Υ���ץ륳���ɤϡ���IJ�ݤ� b0002 �����ҤȺǤ���Ʊ���ι⤤������
179
- ��Smith-Waterman �������ι⤤��� 5 �ĸ�������ɽ������ץ������Ǥ���
180
-
181
- #!/usr/bin/env ruby
182
-
183
- require 'soap/wsdlDriver'
184
-
185
- wsdl = "http://soap.genome.jp/KEGG.wsdl"
186
- serv = SOAP::WSDLDriverFactory.new(wsdl).create_rpc_driver
187
- serv.generate_explicit_type = true # SOAP �� Ruby �η��Ѵ���ͭ���ˤ���
188
-
189
- offset = 1
190
- limit = 5
191
-
192
- top5 = serv.get_best_neighbors_by_gene('eco:b0002', offset, limit)
193
- top5.each do |hit|
194
- print hit.genes_id1, "\t", hit.genes_id2, "\t", hit.sw_score, "\n"
195
- end
196
-
197
- �ץ���������� 'get_best_neighbors_by_gene' �ϡ�KEGG �� SSDB �ǡ���
198
- �١�����Ȥä� KEGG �� GENES �˴ޤޤ�Ƥ������ʪ����椫��Ǥ���Ʊ��
199
- �ι⤤�����Ҥ�õ���Ƥ��� API �Ǥ�����̤ϼ��Τ褦��ɽ������ޤ���
200
-
201
- eco:b0002 eco:b0002 5283
202
- eco:b0002 ecj:JW0001 5283
203
- eco:b0002 sfx:S0002 5271
204
- eco:b0002 sfl:SF0002 5271
205
- eco:b0002 ecc:c0003 5269
206
-
207
- ���ޤ�ư���ʤ����ϡ�
208
-
209
- serv = SOAP::WSDLDriverFactory.new(wsdl).create_rpc_driver
210
- serv.wiredump_dev = STDERR # �����ιԤ��­��
211
- serv.generate_explicit_type = true
212
-
213
- �Τ褦�� wiredump_dev �� STDERR ����ꤷ���Ԥ��ɲä��Ƽ¹Ԥ��뤳�Ȥǡ�
214
- �����ФȤΤ���꤬ɸ�२�顼�˽��Ϥ���ޤ���
215
-
216
- KEGG API v3.0 ���顢�����Ф���ô��ڤ������꥿���ॢ���Ȥ��ɤ���Ū�ǡ�
217
- ���̤η�̤��֤��᥽�åɤˤ� offset, limit ������Ƴ�����졢���٤�
218
- �������̤ο������¤����褦�ˤʤ�ޤ�����KEGG API v3.0��v5.0 �Ǥ�
219
- ���줾�� start, max_results �ȸƤФ�Ƥ��ޤ�������KEGG API v6.0 ��
220
- offset, limit ��̾���ѹ����ޤ����ˡ����Τ��ᡢ�����Υ᥽�åɤ�
221
- ���Ƥη�̤����뤿��ˤϥ롼�פ��Ѥ���ɬ�פ�����ޤ���
222
-
223
- #!/usr/bin/env ruby
224
-
225
- require 'soap/wsdlDriver'
226
-
227
- wsdl = "http://soap.genome.jp/KEGG.wsdl"
228
- serv = SOAP::WSDLDriverFactory.new(wsdl).create_rpc_driver
229
- serv.generate_explicit_type = true
230
-
231
- offset = 1
232
- limit = 100
233
-
234
- loop do
235
- results = serv.get_best_neighbors_by_gene('eco:b0002', offset, limit)
236
- break unless results # ��̤��֤äƤ��ʤ���н�λ
237
- results.each do |hit|
238
- print hit.genes_id1, "\t", hit.genes_id2, "\t", hit.sw_score, "\n"
239
- end
240
- offset += limit
241
- end
242
-
243
- WSDL ���Ѥ��Ƥ��뤿�ᡢ��������Ǥ� Ruby �ξ��Ͻ�ʬ�˴�ñ�˽񤱤�
244
- ������((<BioRuby|URL:http://bioruby.org/>)) ��Ȥ��Ȥ���˥��å����
245
- ���Ȥ��Ǥ��ޤ���
246
-
247
- #!/usr/bin/env ruby
248
-
249
- require 'bio'
250
-
251
- serv = Bio::KEGG::API.new
252
-
253
- results = serv.get_all_best_neighbors_by_gene('eco:b0002')
254
- results.each do |hit|
255
- print hit.genes_id1, "\t", hit.genes_id2, "\t", hit.sw_score, "\n"
256
- end
257
-
258
- BioRuby �Ǥ� 'get_all_best_neighbors_by_gene' �᥽�åɤ��������Ƥ��ꡢ
259
- ��ư�Ǿ嵭����Υ롼�פ�󤷤����Ƥη�̤��֤��Ƥ���ޤ����ޤ�������
260
- ������̾���Υꥹ�Ȥ��Ϥ����б������ͤ�������֤��Ƥ���� filter �᥽��
261
- �ɤ�Ȥ����Ȥ�Ǥ��ޤ���
262
-
263
- #!/usr/bin/env ruby
264
-
265
- require 'bio'
266
-
267
- serv = Bio::KEGG::API.new
268
-
269
- results = serv.get_all_best_neighbors_by_gene('eco:b0002')
270
-
271
- # �ߤ����ͤ�������̾�Υڥ��� SW �����������ξ�����
272
- fields = [:genes_id1, :genes_id2, :sw_score]
273
- results.each do |hit|
274
- puts hit.filter(fields).join("\t")
275
- end
276
-
277
- # ���줾��ΰ����Ҥǥ��饤���Ȥ��줿�ݥ������ʤɤ�ɽ����������
278
- fields1 = [:genes_id1, :start_position1, :end_position1, :best_flag_1to2]
279
- fields2 = [:genes_id2, :start_position2, :end_position2, :best_flag_2to1]
280
- results.each do |hit|
281
- print "> score: ", hit.sw_score, ", identity: ", hit.identity, "\n"
282
- print "1:\t", hit.filter(fields1).join("\t"), "\n"
283
- print "2:\t", hit.filter(fields2).join("\t"), "\n"
284
- end
285
-
286
- ���ϡ���IJ�� (eco) ���Ф��� KEGG �ѥ��������ΰ������֤���Ǥ���
287
-
288
- #!/usr/bin/env ruby
289
-
290
- require 'bio'
291
-
292
- serv = Bio::KEGG::API.new
293
-
294
- list = serv.list_pathways("eco")
295
- list.each do |path|
296
- print path.entry_id, "\t", path.definition, "\n"
297
- end
298
-
299
- ArrayOfDefinition �����֤����Τǡ����줾��ˤĤ��� Definition ������
300
- �� entry_id (�ѥ���������ID) �� definition (�ѥ��������Υ����ȥ�) ���
301
- ��Ф��ޤ������ SSDB ����⡢�¤� SSDBRelation �������� genes_id1 ��
302
- sw_score �ʤɤ���Ф��Ƥ����ΤǤ����ˡ�
303
-
304
- �Ǹ����ϡ���IJ�ݤΰ����� b1002 �� b2388 ���б�����ܥå����˿����դ�
305
- ���ѥ������� eco00010 �β������������ơ��ե��������¸������Ǥ���
306
-
307
- #!/usr/bin/env ruby
308
-
309
- require 'bio'
310
-
311
- serv = Bio::KEGG::API.new
312
-
313
- genes = ["eco:b1002", "eco:b2388"]
314
- url = serv.mark_pathway_by_objects("path:eco00010", genes)
315
-
316
- puts url
317
-
318
- # BioRuby �ξ�硢���������������¸����Τ� save_image �᥽�åɤ��Ȥ���
319
- serv.save_image(url, "filename.gif")
320
-
321
- === Perl ��
322
-
323
- Perl �Ǥϡ��ʲ��Υ饤�֥����ɲå��󥹥ȡ��뤷�Ƥ���ɬ�פ�����ޤ���
324
-
325
- * ((<SOAP::Lite|URL://www.soaplite.com/>)) (Ver. 0.60 ��ư���ǧ)
326
- * �������� 0.60 ��꿷�����С������ǤϤ����Ĥ��Υ᥽�åɤ��Ȥ��ʤ��褦�Ǥ�
327
- * ((<MIME-Base64|URL:http://search.cpan.org/author/GAAS/MIME-Base64/>))
328
- * ((<libwww-perl|URL:http://search.cpan.org/author/GAAS/libwww-perl/>))
329
- * ((<URI|URL:http://search.cpan.org/author/GAAS/URI/>))
330
-
331
- �ʲ���Ruby �κǽ�����Ʊ��������¹Ԥ��륵��ץ륳���ɤǤ���
332
-
333
- #!/usr/bin/env perl
334
-
335
- use SOAP::Lite;
336
-
337
- $wsdl = 'http://soap.genome.jp/KEGG.wsdl';
338
-
339
- $serv = SOAP::Lite -> service($wsdl);
340
-
341
- $offset = 1;
342
- $limit = 5;
343
-
344
- $top5 = $serv->get_best_neighbors_by_gene('eco:b0002', $offset, $limit);
345
-
346
- foreach $hit (@{$top5}) {
347
- print "$hit->{genes_id1}\t$hit->{genes_id2}\t$hit->{sw_score}\n";
348
- }
349
-
350
- Ʊ��������IJ�ݤ� KEGG �ѥ��������Υꥹ�Ȥ��֤���Ǥ���
351
-
352
- #!/usr/bin/env perl
353
-
354
- use SOAP::Lite;
355
-
356
- $wsdl = 'http://soap.genome.jp/KEGG.wsdl';
357
-
358
- $results = SOAP::Lite
359
- -> service($wsdl)
360
- -> list_pathways("eco");
361
-
362
- foreach $path (@{$results}) {
363
- print "$path->{entry_id}\t$path->{definition}\n";
364
- }
365
-
366
- SOAP::Lite �Ǥϰ�����������Ϥ����ˤϡ�
367
-
368
- SOAP::Data->type(array => [value1, value2, .. ])
369
-
370
- �Τ褦���Ѵ�����ɬ�פ�����Τ����դ�ɬ�פǤ������Ȥ��Хѥ��������ؤο�
371
- �Ť��ǰ����ҤΥꥹ�Ȥ��Ϥ����ϡ�
372
-
373
- #!/usr/bin/env perl
374
-
375
- use SOAP::Lite;
376
-
377
- $wsdl = 'http://soap.genome.jp/KEGG.wsdl';
378
-
379
- $serv = SOAP::Lite -> service($wsdl);
380
-
381
- $genes = SOAP::Data->type(array => ["eco:b1002", "eco:b2388"]);
382
-
383
- $result = $serv -> mark_pathway_by_objects("path:eco00010", $genes);
384
-
385
- print $result;
386
-
387
- �Τ褦�ˤʤ�ޤ���
388
-
389
- === Perl ��������
390
-
391
- KEGG API �ˤ�ʸ�������ͤ����������˼��᥽�åɤ������Ĥ�����ޤ�����
392
- ���Ѥ��� SOAP::Lite �ΥС������˱����ơ�ɬ���ʲ��Τɤ��餫���н褬ɬ�פǤ���
393
-
394
- ==== SOAP::Lite v0.60 �ޤ�
395
-
396
- Perl ������ (array) ���֥������Ȥ�����Ȥ��� KEGG API ���Ϥ����ϡ�
397
- ɬ���ʲ��Τ褦�� SOAP ���֥������Ȥ�����Ū���Ѵ�����ɬ�פ�����ޤ���
398
-
399
- SOAP::Data->type(array => [value1, value2, ... ])
400
-
401
- ==== SOAP::Lite v0.61 �ʹ�
402
-
403
- SOAP::Lite v0.68 �ޤǤϥХ�������ޤ��Τ� v0.69 �ʹߤ����Ѥ򤪴��ᤷ�ޤ���
404
-
405
- Perl ��ʸ���� (string) ����� (int) ������ (array) ���֥������Ȥ�
406
- ArrayOfstring �� ArrayOfint ���� SOAP ���֥������Ȥ��Ѵ�����
407
- ���֥롼����������ɲä���ɬ�פ�����ޤ���
408
-
409
- sub SOAP::Serializer::as_ArrayOfstring{
410
- my ($self, $value, $name, $type, $attr) = @_;
411
-
412
- return [$name, {'xsi:type' => 'array', %$attr}, $value];
413
- }
414
-
415
- sub SOAP::Serializer::as_ArrayOfint{
416
- my ($self, $value, $name, $type, $attr) = @_;
417
- return [$name, {'xsi:type' => 'array', %$attr}, $value];
418
- }
419
-
420
- �ޤ���������ץ���ˤ��������񤤤Ƥ������Ȥǡ�
421
-
422
- $genes = SOAP::Data->type(array => ["eco:b1002", "eco:b2388"]);
423
-
424
- �ǤϤʤ�
425
-
426
- $genes = ["eco:b1002", "eco:b2388"];
427
-
428
- �Τ褦�˾�ά���ƽ񤯤��Ȥ��Ǥ���褦�ˤʤ�ޤ��ʾ�ά���ʤ��Ƥ⹽���ޤ���ˡ�
429
-
430
- ==== �ƥ��ȥץ������
431
-
432
- SOAP::Lite v0.69 �� ArrayOfstring ���Ѵ������ޤ�Ư���Ƥ��뤫�ɤ�����
433
- �ʲ��Υץ������ǥƥ��ȤǤ��ޤ��������� URL ��ɽ�������� OK �Ǥ���
434
-
435
- #!/usr/bin/env perl
436
-
437
- use SOAP::Lite +trace => [qw(debug)];
438
-
439
- print "SOAP::Lite = ", $SOAP::Lite::VERSION, "\n";
440
-
441
- my $serv = SOAP::Lite -> service("http://soap.genome.jp/KEGG.wsdl");
442
-
443
- my $result = $serv->mark_pathway_by_objects("map:eco00010", $genes);
444
- print $result, "\n";
445
-
446
- # sub routines implicitly used in the above code
447
-
448
- sub SOAP::Serializer::as_ArrayOfstring{
449
- my ($self, $value, $name, $type, $attr) = @_;
450
- return [$name, {'xsi:type' => 'array', %$attr}, $value];
451
- }
452
-
453
- sub SOAP::Serializer::as_ArrayOfint{
454
- my ($self, $value, $name, $type, $attr) = @_;
455
- return [$name, {'xsi:type' => 'array', %$attr}, $value];
456
- }
457
-
458
- === Python ��
459
-
460
- Python �Ǥϰʲ��Υ饤�֥����ɲå��󥹥ȡ��뤷�Ƥ���ɬ�פ�����ޤ���
461
-
462
- * ((<SOAPpy|URL:http://pywebsvcs.sourceforge.net/>))
463
-
464
- �ޤ���SOAPpy ����¸���Ƥ��뤤���Ĥ��Υѥå����� (fpconst, PyXML �ʤ�) ��
465
- ɬ�פˤʤ�ޤ���
466
-
467
- �ʲ���KEGG/PATHWAY �� 00020 �֤Υѥ��������˺ܤäƤ�����IJ�ݤΰ����Ҥ�
468
- �ꥹ�Ȥ��֤�����ץ륳���ɤǤ���
469
-
470
- #!/usr/bin/env python
471
-
472
- from SOAPpy import WSDL
473
-
474
- wsdl = 'http://soap.genome.jp/KEGG.wsdl'
475
- serv = WSDL.Proxy(wsdl)
476
-
477
- results = serv.get_genes_by_pathway('path:eco00020')
478
- print results
479
-
480
- === Java ��
481
-
482
- Java �Ǥ� Apache Axis �饤�֥��� axis-1.2alpha ��꿷�����С������
483
- (axis-1_1 �ǤϤ��ޤ�ư���ޤ���ˤ����ꤷ�ơ�ɬ�פ� jar �ե������Ŭ��
484
- �ʥǥ��쥯�ȥ���֤��Ƥ���ɬ�פ�����ޤ���
485
-
486
- * ((<Apache Axis|URL:http://ws.apache.org/axis/>))
487
-
488
- ���Ȥ��� Apache Axis �С������ axis-1_2beta �ΥХ��ʥ����ۤξ�硢
489
- axis-1_2beta/lib �ʲ��ˤ��� jar �ե�����򥤥󥹥ȡ�����Υǥ��쥯��
490
- ��˥��ԡ����ޤ���
491
-
492
- % cp axis-1_2beta/lib/* /path/to/lib/
493
-
494
- �ʲ��Τ褦�˼¹Ԥ��� WSDL ���� KEGG API �ѤΥ��饹��ư�������ޤ���
495
- �ޤ����������줿�ե�������Զ���ľ������ˡ�
496
- ((<axisfix.pl|URL:http://www.genome.jp/kegg/soap/support/axisfix.pl>))
497
- ������ץȤ����ꤷ�Ƥ����ޤ���
498
-
499
- % java -classpath /path/to/lib/axis.jar:/path/to/lib/jaxrpc.jar:/path/to/lib/commons-logging.jar:/path/to/lib/commons-discovery.jar:/path/to/lib/saaj.jar:/path/to/lib/wsdl4j.jar:. org.apache.axis.wsdl.WSDL2Java -p keggapi http://soap.genome.jp/KEGG.wsdl
500
- % perl -i axisfix.pl keggapi/KEGGBindingStub.java
501
- % javac -classpath /path/to/lib/axis.jar:/path/to/lib/jaxrpc.jar:/path/to/lib/wsdl4j.jar:. keggapi/KEGGLocator.java
502
- % jar cvf keggapi.jar keggapi/*
503
- % javadoc -classpath /path/to/lib/axis.jar:/path/to/lib/jaxrpc.jar -d keggapi_javadoc keggapi/*.java
504
-
505
- javadoc �αѸ��Ǥ�ɬ�פʾ��� javadoc �� -locale en_US ���ץ�����
506
- �Ĥ��Ƽ¹Ԥ��ޤ���
507
-
508
- �ʲ��ϡ�Python �����Ʊ�ͤˡ����ꤷ�� KEGG/PATHWAY �˺ܤäƤ�������Ҥ�
509
- �ꥹ�Ȥ�ɽ�����륵��ץ륳���ɤǤ���
510
-
511
- import keggapi.*;
512
-
513
- class GetGenesByPathway {
514
- public static void main(String[] args) throws Exception {
515
- KEGGLocator locator = new KEGGLocator();
516
- KEGGPortType serv = locator.getKEGGPort();
517
-
518
- String query = args[0];
519
- String[] results = serv.get_genes_by_pathway(query);
520
-
521
- for (int i = 0; i < results.length; i++) {
522
- System.out.println(results[i]);
523
- }
524
- }
525
- }
526
-
527
- ���ϡ�SSDBRelation ����������äƤ�����Ǥ���
528
-
529
- import keggapi.*;
530
-
531
- class GetBestNeighborsByGene {
532
- public static void main(String[] args) throws Exception {
533
- KEGGLocator locator = new KEGGLocator();
534
- KEGGPortType serv = locator.getKEGGPort();
535
-
536
- String query = args[0];
537
- SSDBRelation[] results = null;
538
-
539
- results = serv.get_best_neighbors_by_gene(query, 1, 50);
540
-
541
- for (int i = 0; i < results.length; i++) {
542
- String gene1 = results[i].getGenes_id1();
543
- String gene2 = results[i].getGenes_id2();
544
- int score = results[i].getSw_score();
545
- System.out.println(gene1 + "\t" + gene2 + "\t" + score);
546
- }
547
- }
548
- }
549
-
550
- ���Υץ������ϰʲ��Τ褦�� -classpath ���ץ����� keggapi.jar �ե�
551
- �����ä��ƥ���ѥ��롢�¹Ԥ��ޤ���
552
-
553
- % javac -classpath /path/to/lib/axis.jar:/path/to/lib/jaxrpc.jar:/path/to/lib/wsdl4j.jar:/path/to/keggapi.jar GetBestNeighborsByGene.java
554
-
555
- % java -classpath /path/to/lib/axis.jar:/path/to/lib/jaxrpc.jar:/path/to/lib/commons-logging.jar:/path/to/lib/commons-discovery.jar:/path/to/lib/saaj.jar:/path/to/lib/wsdl4j.jar:/path/to/keggapi.jar:. GetBestNeighborsByGene eco:b0002
556
-
557
- �Ķ��ѿ� CLASSPATH ����ꤷ�Ƥ����ȡ�Ĺ�����ץ���������ɬ�פ���
558
- ���ʤ�ޤ���
559
-
560
- bash �ޤ��� zsh �ξ�硧
561
-
562
- % for i in /path/to/lib/*.jar
563
- do
564
- CLASSPATH="${CLASSPATH}:${i}"
565
- done
566
- % export CLASSPATH
567
-
568
- tcsh �ξ�硧
569
-
570
- % foreach i ( /path/to/lib/*.jar )
571
- setenv CLASSPATH ${CLASSPATH}:${i}
572
- end
573
-
574
- ¾������ͤȷ����Ȥ��ͤμ��Ф����ʤɤˤĤ��Ƥϡ�WSDL2Java �ˤ������
575
- ���줿�ʲ��Υɥ�����Ȥ򻲾Ȥ��Ƥ���������
576
-
577
- * ((<URL:http://www.genome.jp/kegg/soap/doc/keggapi_javadoc_ja/>))
578
-
579
- == KEGG API ��ե����
580
-
581
- �ʲ��Ǥϡ�KEGG API ��Ȥ��Τ�ɬ�פʾ�������ƤΥ᥽�åɤ���⤷�ޤ���
582
-
583
- === WSDL �ե�����
584
-
585
- SOAP �Ǥϡ������Ф��ɤΤ褦�ʥ᥽�åɤ���äƤ��뤫�ΤäƤ���ɬ�פ�
586
- ����ޤ�����WSDL ��Ȥ��Ȥ��μ���ư���Ǥ��ޤ���WSDL �ե������
587
- �������ƥ��饤����ȥɥ饤�Ф���������Ȥ����ޤǡ��̾�� SOAP/WSDL ��
588
- �饤�֥�꤬�������Ƥ����Ϥ��Ǥ���KEGG API �� WSDL �ե�����ϰʲ���
589
- URL �ˤ���ޤ���
590
-
591
- * ((<URL:http://soap.genome.jp/KEGG.wsdl>))
592
-
593
- === �Ѹ������
594
-
595
- �ʲ��β���ǽФƤ��� KEGG ��Ϣ�Ѹ�������򤷤Ƥ����ޤ���
596
-
597
- * org �� KEGG �˴ޤޤ�Ƥ�����ʪ��򤽤줾�죳ʸ�������ɤ�
598
- ɽ��������Τǡ�eco ����IJ�ݡ�sce ���в����ʤɤȤʤäƤ��ޤ���
599
- ��ʸ�������ɤΥꥹ�Ȥ� list_organisms �᥽�åɤ�ʲ��Υڡ�����
600
- ���Ȥ��Ƥ���������
601
-
602
- * ((<URL:http://www.genome.jp/kegg/catalog/org_list.html>))
603
-
604
- * db �� GenomeNet ���󶡤���Ƥ���ǡ����١���̾�Ǥ����ǡ����١���̾��
605
- �ꥹ�ȤˤĤ��Ƥ� list_databases �᥽�åɤ򻲾Ȥ��Ƥ���������
606
-
607
- * entry_id �� db_name �ȥ���ȥ�̾�� ':' �Ƿ�礷�����ƤΥǡ����١����֤�
608
- ��ˡ����� ID �Ǥ������Ȥ��� embl:J00231 �� EMBL �Υ���ȥ� J00231 ��
609
- �ؤ��ޤ���entry_id �ϡ��ʲ��� genes_id, enzyme_id, compound_id,
610
- drug_id, glycan_id, reaction_id, pathway_id, motif_id �ʤɤ�ޤߤޤ���
611
-
612
- * genes_id �� keggorg �Ȱ�����̾�� ':' �Ƿ�礷�� KEGG �ΰ����� ID �Ǥ���
613
- eco:b0001 ����IJ�ݤΰ����� b0001 ��ؤ��ޤ���
614
-
615
- * enzyme_id �� ec: ��Ĥ��������ֹ�� ID �Ǥ���ec:1.1.1.1 �Ϲ����ֹ�
616
- 1.1.1.1 �ι��ǤǤ��륢�륳���롦�ǥҥɥ����ʡ�����ؤ��ޤ���
617
-
618
- * compound_id �� cpd: ��Ĥ�������ʪ�� ID �Ǥ���cpd:C00158 �ϲ���ʪ�ֹ�
619
- C00158 �β���ʪ�Ǥ��륯�������ؤ��ޤ���
620
-
621
- * drug_id �� dr: ��Ĥ�������ʪ�� ID �Ǥ���dr:D00201 �ϥɥ�å��ֹ�
622
- D00201 �Υɥ�å��Ǥ���ƥȥ饵��������ؤ��ޤ���
623
-
624
- * glycan_id �� gl: ��Ĥ�������ʪ�� ID �Ǥ���gl:G00050 �������ֹ�
625
- G00050 �������Ǥ��� Paragloboside ��ؤ��ޤ���
626
-
627
- * reaction_id �� REACTION �ǡ����١����Υ���ȥ��ֹ�ǡ�rn:R00959 ��
628
- �ꥢ��������ֹ� R00959 ��ȿ�� (cpd:C00103 �� cpd:00668 �֤��Ѵ�) ��
629
- �ؤ��ޤ���
630
-
631
- * pathway_id �� KEGG/PATHWAY �ǡ����١����Υѥ��������ֹ�ǡ��ѥ�������
632
- �ֹ�Υץ�ե��å����� map �ξ��ϥ�ե���󥹥ѥ���������keggorg ��
633
- ���Ϥ�����ʪ��λ��İ����Ҥκܤä��ѥ���������ɽ���ޤ����㤨��
634
- path:map00020 �ϥ�ե���󥹥ѥ��������� 00020 �֤�path:eco00020 ��
635
- ��IJ�ݤΥѥ������� 00020 �֤�ؤ��ޤ���
636
-
637
- * motif_id �ϥ�����եǡ����١����Υ���ȥ�̾�ǡ�pf:DnaJ �� Pfam �Υ���ȥ�
638
- DnaJ ��ؤ��ޤ���'pf' ��¾��'ps' �� PROSITE, 'bl' �� BLOCS, 'pr' ��
639
- PRINTS, 'pd' �� PRODOM ��ؤ��ޤ���
640
-
641
- * ko_id �� KO (KEGG Orthology) �ǡ����١����Υ���ȥ��ֹ�ǡ�ko:K02598
642
- �� KO �ֹ� K02598 �� nitrite transporter NirC �Υ������������ʰ�����
643
- ���롼�פ�ؤ��ޤ���
644
-
645
- * ko_class_id �� KO ����Ū��ʬ�ष���Ƴ��ءʥ��饹�ˤ� ID �ǡ�
646
- '01110' �� Carbohydrate Metabolism ���饹�ˤʤ�ޤ���
647
- KO ���饹�� KO �ֹ�Υꥹ�Ȥϰʲ��Υڡ����򻲾Ȥ��Ƥ���������
648
-
649
- * ((<URL:http://www.genome.jp/dbget-bin/get_htext?KO>))
650
-
651
- * offset, limit �ϰ��٤��֤äƤ����̤ο�����ꤹ�륪�ץ����ǡ�
652
- offset ���ܤ��� limit �Ĥη�̤�������ޤ������Ƥη�̤�����ˤ�
653
- offset = offset + limit �Ȥ��ƶ��������֤äƤ���ޤǷ����֤�
654
- �᥽�åɤ�ƤӤޤ���
655
-
656
- * fg_color_list �ϥѥ��������ؤο��Ť��ǥ��֥������Ȥ��Ȥ�ʸ����������
657
- ������ꤹ������Ǥ���
658
-
659
- * fg_color_list �ϥѥ��������ؤο��Ť��ǥ��֥������Ȥ��Ȥ��طʤ�
660
- ������ꤹ������Ǥ���
661
-
662
- ��Ϣ URL��
663
- * ((<URL:http://www.genome.jp/kegg/kegg3.html>))
664
-
665
- === ����ͤΥǡ�����
666
-
667
- KEGG API �Υ᥽�åɤ�ʸ����ʤ�ñ����ͤ��֤���Τ����Ǥʤ���ʣ���ʥǡ���
668
- ��¤����ä��ͤ��֤����⤢�ꡢ���Τ���Υǡ��������������Ƥ��ޤ���
669
- API �Υ᥽�åɤˤ��ʸ����ʤɤΡ˷�̤��ʤ��ä���硢���ˤ�äưʲ���
670
- ����ͤ��֤���ޤ���
671
- * �������� -- ��Ȥ�� ArrayOfOBJ �ʥ��֥������Ȥ�����ˤ��֤��᥽�åɤξ��
672
- * ����ʸ���� -- ��Ȥ�� String ��ʸ����ˤ��֤��᥽�åɤξ��
673
- * -1 -- ��Ȥ�� int �ʿ��͡ˤ��֤��᥽�åɤξ��
674
- * NULL -- ��Ȥ�Ȱʲ���������줿���֥������ȤΤɤ줫���֤��᥽�åɤξ��
675
-
676
- + SSDBRelation ��
677
-
678
- SSDB �ǡ����١����γƥե�����ɤ��б������ͤ����ä��ǡ������Ǥ���
679
-
680
- genes_id1 �����꡼�� genes_id (string)
681
- genes_id2 �������åȤ� genes_id (string)
682
- sw_score genes_id1 �� genes_id2 �֤� Smith-Waterman ������ (int)
683
- bit_score genes_id1 �� genes_id2 �֤� bit ������ (float)
684
- identity genes_id1 �� genes_id2 �֤� �����ǥ�ƥ��ƥ� (float)
685
- overlap genes_id1 �� genes_id2 �Υ����С���å��ΰ��Ĺ�� (int)
686
- start_position1 genes_id1 �Υ��饤���Ȥγ��ϻĴ���� (int)
687
- end_position1 genes_id1 �Υ��饤���Ȥν�ü�Ĵ���� (int)
688
- start_position2 genes_id2 �Υ��饤���Ȥγ��ϻĴ���� (int)
689
- end_position2 genes_id2 �Υ��饤���Ȥν�ü�Ĵ���� (int)
690
- best_flag_1to2 genes_id1 ���鸫�� genes_id2 ���٥��ȥҥåȤ� (boolean)
691
- best_flag_2to1 genes_id2 ���鸫�� genes_id1 ���٥��ȥҥåȤ� (boolean)
692
- definition1 genes_id1 �Υǥե��˥����ʸ���� (string)
693
- definition2 genes_id2 �Υǥե��˥����ʸ���� (string)
694
- length1 genes_id1 �Υ��ߥλ������Ĺ�� (int)
695
- length2 genes_id2 �Υ��ߥλ������Ĺ�� (int)
696
-
697
- + ArrayOfSSDBRelation ��
698
-
699
- ʣ���� SSDBRelation ���ǡ�����ޤ�����Ǥ���
700
-
701
- + MotifResult ��
702
-
703
- motif_id ������եǡ����١����Υ���ȥ� ID (string)
704
- definition ������դΥǥե��˥���� (string)
705
- genes_id ������դ���äƤ�������Ҥ� genes_id (string)
706
- start_position ������դγ��ϻĴ���� (int)
707
- end_position ������դν�λ�Ĵ���� (int)
708
- score ������� (PROSITE Profile, TIGRFAM) ������ (float)
709
- evalue ������� (Pfam) �� E-value (double)
710
-
711
- ����score �� evalue �Τ������б������ͤ�̵����ΤˤĤ��Ƥ� -1 ���֤��ޤ���
712
-
713
- + ArrayOfMotifResult ��
714
-
715
- ʣ���� MotifResult ���ǡ�����ޤ�����Ǥ���
716
-
717
- + Definition ��
718
-
719
- entry_id �ǡ����١�������ȥ꡼��ID (string)
720
- definition ����ȥ꡼�Υǥե��˥������� (string)
721
-
722
- + ArrayOfDefinition ��
723
-
724
- ʣ���� Definitioin ���ǡ�����ޤ�����Ǥ���
725
-
726
- + LinkDBRelation ��
727
-
728
- entry_id1 �ǡ����١����Υ���ȥ� ID (string)
729
- entry_id2 �ǡ����١����Υ���ȥ� ID (string)
730
- type "direct" �ޤ��� "indirect" �Υ�󥯤μ��� (string)
731
- path ��󥯤η�ϩ (string)
732
-
733
- + ArrayOfLinkDBRelation ��
734
-
735
- ʣ���� LinkDBRelation ���ǡ�����ޤ�����Ǥ���
736
-
737
- + PathwayElement ��
738
-
739
- �ѥ����������������Ƥ���ġ���Ȣ��ݤʤɤΥ��֥������Ȥ�ɽ���ǡ������Ǥ���
740
-
741
- element_id �ѥ���������Υ��֥������Ȥ�ؤ���ˡ����� ID (int)
742
- type ���֥������Ȥμ��� ("gene", "enzyme" �ʤ�) (string)
743
- names ���֥������ȤˤĤ���줿̾���Υꥹ�� (ArrayOfstring)
744
- components ���롼�פξ��ʤɴޤޤ�륪�֥������ȤΥꥹ�� (ArrayOfint)
745
-
746
- + ArrayOfPathwayElement ��
747
-
748
- ʣ���� PathwayElement ���ǡ�����ޤ�����Ǥ���
749
-
750
- + PathwayElementRelation ��
751
-
752
- PathwayElement �֤δط���ɽ���ǡ������Ǥ���
753
-
754
- element_id1 �ѥ���������Υ��֥������Ȥ�ؤ���ˡ����� ID (int)
755
- element_id2 �ѥ���������Υ��֥������Ȥ�ؤ���ˡ����� ID (int)
756
- type �ط��μ��� ("ECrel", "maplink" �ʤ�) (string)
757
- subtypes �ط��˴ؤ�륪�֥������Ȥ����� (ArrayOfSubtype)
758
-
759
- + ArrayOfPathwayElementRelation ��
760
-
761
- ʣ���� PathwayElementRelation ���ǡ�����ޤ�����Ǥ���
762
-
763
- ++ Subtype ��
764
-
765
- PathwayElementRelation ������ǻȤ�������Ǥǡ�PathwayElement �֤�
766
- �ط��Ť��륪�֥������ȡʲ���ʪ�ʤɡˤ�ɽ���ǡ������Ǥ���
767
-
768
- element_id �ѥ���������Υ��֥������Ȥ�ؤ���ˡ����� ID (int)
769
- relation �ط��μ��� ("compound", "inhibition" �ʤ�) (string)
770
- type �ط��ε��� ("+p", "--|" �ʤ�) (string)
771
-
772
- ++ ArrayOfSubtype ��
773
-
774
- ʣ���� PathwayElementRelation ���ǡ�����ޤ�����Ǥ���
775
-
776
- + StructureAlignment ��
777
-
778
- �桼���λ��ꤷ�����ع�¤�ȥǡ����١�����ι�¤����Ӥ�������
779
- ���饤����ȤΥ��������б�����Ρ��ɡʸ��ǡˤΥꥹ�Ȥ�ɽ��
780
- �ǡ������Ǥ���
781
-
782
- target_id ��¤����оݤΥ���ȥ� ID (string)
783
- score ��¤��ӤΥ����� (float)
784
- query_nodes ���Ϲ�¤��ǥ��饤����Ȥ��줿�Ρ����ֹ� (ArrayOfint)
785
- target_nodes �оݹ�¤����б�����Ρ����ֹ� (ArrayOfint)
786
-
787
- + ArrayOfStructureAlignment ��
788
-
789
- ʣ���� StructureAlignment ���ǡ�����ޤ�����Ǥ���
790
-
791
- === �᥽�åɰ���
792
-
793
- �ʲ���KEGG API �����᥽�åɤΥꥹ�ȤǤ����᥽�åɤˤϥ᥿������֤���Τ�
794
- �ƥǡ����١������Ф����Τ�����ޤ������ߡ�KEGG �ˤ���ǡ����١����Τ���
795
- KEGG API ���оݤȤʤäƤ����Τ� SSDB, PATHWAY, GENES, LIGAND �Ǥ�������
796
- �ʳ��Υǡ����١����ؤ��б���᥽�åɤ��ɲä�缡�����ʤ�ͽ��Ǥ���
797
-
798
- �ʲ�����Ǥϡ������ʤɤ� Ruby �����ɽ������äƽ񤫤�Ƥ��ޤ������ºݤ�
799
- �������ä˥ꥹ�Ȥ��Ϥ����ʤɡˤϻ��Ѥ������ˤ�äưۤʤ��ǽ��������ޤ���
800
-
801
- ==== �᥿����
802
-
803
- �ǿ��Υǡ����١�������ʤɤ��֤�����Υ᥽�åɤǤ���
804
-
805
- --- list_databases
806
-
807
- KEGG ���󶡤��Ƥ��륲�Υ�ͥåȤǸ������ѤǤ���ǡ����١����ΰ������֤��ޤ���
808
-
809
- ���͡�
810
- ArrayOfDefinition (db, definition)
811
-
812
- ��Ϣ URL��
813
- * ((<URL:http://www.genome.jp/dbget/>))
814
- * ((<URL:http://www.genome.jp/about_genomenet/service.html>)) (section 2.2)
815
-
816
- --- list_organisms
817
-
818
- ���� KEGG �˴ޤޤ�Ƥ�����ʪ�� (org) �Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
819
-
820
- ���͡�
821
- ArrayOfDefinition (org, definition)
822
-
823
- ��Ϣ URL��
824
- * ((<URL:http://www.genome.jp/kegg/catalog/org_list.html>))
825
- * ((<URL:http://www.genome.jp/dbget-bin/get_htext?Organisms+-n>))
826
-
827
- --- list_pathways(string:org)
828
-
829
- ���� KEGG �˴ޤޤ�Ƥ�����ꤷ����ʪ�Υѥ��������Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���������
830
- 'map' �Ȥ���ʸ�����Ϳ����ȥ�ե���󥹥ѥ��������Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
831
-
832
- ���͡�
833
- ArrayOfDefinition (pathway_id, definition)
834
-
835
- ��Ϣ URL��
836
- * ((<URL:http://www.genome.jp/kegg/pathway.html>))
837
-
838
- ==== DBGET
839
-
840
- DBGET �����ƥ���Ф���᥽�åɤΰ����Ǥ���DBGET �ˤĤ��ƾܤ����ϰʲ���
841
- �ڡ����򻲾Ȥ��Ƥ���������
842
-
843
- ��Ϣ URL��
844
- * ((<URL:http://www.genome.jp/dbget/dbget_manual.html>))
845
- * ((<URL:http://www.genome.jp/dbget-bin/binfo>))
846
-
847
- --- binfo(string:db)
848
-
849
- ���ꤷ���ǡ����١����Υ���ȥ���乹�����ʤɾܤ����ǿ�������֤��ޤ���
850
- 'all' ���Ϥ������Ѳ�ǽ�����ƤΥǡ����١����ξ�����֤��ޤ���
851
- binfo ���ޥ�ɤؤΰ�����ʸ������Ϥ��ޤ���
852
-
853
- ���͡�
854
- string
855
-
856
- �㡧
857
- # GenBank �ǡ����١����κǿ�����
858
- binfo('gb')
859
- # ���ƤΥǡ����١����κǿ�����
860
- binfo('all')
861
-
862
- --- bfind(string:str)
863
-
864
- DBGET �� bfind ���ޥ�ɤؤΥ�åѡ��Ǥ���������ɤˤ�ꥨ��ȥ��
865
- �������뤳�Ȥ��Ǥ��ޤ������٤�Ϳ�����륭����ɤο��� 100 �İʲ���
866
- ���¤���Ƥ��ޤ���
867
-
868
- ���͡�
869
- string
870
-
871
- �㡧
872
- # �ǥե��˥����� E-cadherin �� human ����� GenBank �Υ���ȥ�򸡺�
873
- bfind("gb E-cadherin human")
874
-
875
-
876
- --- bget(string:str)
877
-
878
- ���ꤷ�� entry_id �Υ���ȥ���֤��ޤ���GENES �ΰ����ҥ���ȥ��Ϥ��ᡢ
879
- ���Υ�ͥåȤ� DBGET �����ƥ���󶡤���Ƥ����͡��ʥǡ����١���
880
- (list_databases �򻲾�) �Υ���ȥ�����Ƽ����Ǥ��ޤ���bget ���ޥ�ɤؤ�
881
- ���ޥ�ɥ饤�󥪥ץ�����ʸ������Ϥ��ޤ������٤˼����Ǥ��륨��ȥ��
882
- ���� 100 �İʲ������¤���Ƥ��ޤ���
883
-
884
- ���͡�
885
- string
886
-
887
- �㡧
888
- # ʣ���Υ���ȥ�����
889
- bget("eco:b0002 bsu:BG10065 cpd:C00209")
890
- # FASTA �ե����ޥåȤΥ��ߥλ���������
891
- bget("-f -n a eco:b0002 bsu:BG10065")
892
- # FASTA �ե����ޥåȤα�����������
893
- bget("-f -n n eco:b0002 hin:tRNA-Cys-1")
894
-
895
- --- btit(string:str)
896
-
897
- DBGET �� btit ���ޥ�ɤؤΥ�åѡ��Ǥ������ꤷ������ȥ�� ID ���б���
898
- ��ǥե��˥������֤��ޤ������٤�Ϳ�����륨��ȥ�ο��� 100 �İʲ���
899
- ���¤���Ƥ��ޤ���
900
-
901
- ���͡�
902
- string
903
-
904
- �㡧
905
- # ����飴�Ĥΰ����ҤΥǥե��˥����򸡺�
906
- btit("hsa:1798 mmu:13478 dme:CG5287-PA cel:Y60A3A.14")
907
-
908
- --- bconv(string:str)
909
-
910
- �����ǡ����١����� ID �� KEGG �� ID ���Ѵ����ޤ���
911
- ��̤ϡ���������䤤��碌 ID ���Ѵ� ID �Υ����ڤ�ʸ����Ȥ����֤���ޤ���
912
- ���ߡ��ʲ��γ����ǡ����١������б����Ƥ��ޤ���
913
-
914
- �����ǡ����١��� �ǡ����١���̾�� prefix
915
- ---------------- -----------------------
916
- NCBI GI ncbi-gi:
917
- NCBI GeneID ncbi-geneid:
918
- GenBank genbank:
919
- UniGene unigene:
920
- UniProt uniprot:
921
- OMIM omim:
922
-
923
- ���Ȥ��� UniProt ID �ϡ����Ǥ� KEGG GENES �˵��ܤ���Ƥ��� UniProt
924
- �ؤΥ�󥯤�¾��EBI �� Genome Reviews �˵��ܤ���Ƥ��� UniProt ID
925
- �ȥ����������� ID ���б����Ѥ��ơ�NCBI �ȶ��̤Υ����������� ID ��
926
- KEGG GENES ���б�ɽ���Ȥ��Ѵ�����Ƥ��ޤ���
927
-
928
- ���͡�
929
- string
930
-
931
- �㡧
932
- # NCBI GI �� Gene ID �� KEGG genes_id ���Ѵ�
933
- serv.bconv("ncbi-gi:10047086 ncbi-gi:10047090 ncbi-geneid:14751")
934
-
935
- ��Ϣ URL��
936
- * ((<URL:http://www.genome.jp/kegg/genes.html>)) (Gene name conversion)
937
-
938
- ==== LinkDB
939
-
940
- + �ǡ����١����֤Υ��
941
-
942
- --- get_linkdb_by_entry(string:entry_id, string:db, int:offset, int:limit)
943
-
944
- ���ꤷ�� entry_id ����ľ�ܤޤ��ϴ���Ū�˥�󥯤���Ƥ��륨��ȥ�η�ϩ��
945
- db �ǻ��ꤷ���ǡ����١����ˤ��ɤ��ޤǸ������ޤ���
946
-
947
- ���͡�
948
- ArrayOfLinkDBRelation
949
-
950
- �㡧
951
- # E. coli �ΰ����� b0002 �����󥯤Τ��ɤ�� KEGG/PATHWAY �Υ���ȥ�򸡺�
952
- get_linkdb_by_entry('eco:b0002', 'pathway', 1, 10)
953
- get_linkdb_by_entry('eco:b0002', 'pathway', 11, 10)
954
-
955
- ��Ϣ URL��
956
- * ((<URL:http://www.genome.jp/dbget-bin/www_linkdb>)) (Single entry to database)
957
-
958
- --- get_linkdb_between_databases(string:from_db, string:to_db, int:offset, int:limit)
959
-
960
- ���ꤷ�����ĤΥǡ����١����ǡ�����ȥ�֤Υ�󥯤����Ƹ������ޤ���
961
-
962
- ���͡�
963
- ArrayOfLinkDBRelation
964
-
965
- �㡧
966
- # ��IJ�ݤ� KEGG GENES �� KEGG PATHWAY �δ֤Υ�󥯤����Ƹ���
967
- get_linkdb_between_databases("eco", "pathway", 1, 100)
968
-
969
- # Ruby �Ǽ���������󥯤����ɽ��������
970
- links = get_linkdb_between_databases("eco", "pathway", 1, 100)
971
- links.each do |link|
972
- puts link.entry_id1 # => "eco:b0084"
973
- puts link.entry_id2 # => "path:map00550"
974
- puts link.type # => "indirect"
975
- puts link.path # => "eco->ec->path"
976
- end
977
-
978
- ��Ϣ URL��
979
- * ((<URL:http://www.genome.jp/dbget-bin/www_linkdb>)) (Database to database)
980
-
981
- + �����Ҥȹ����ֹ�δط�
982
-
983
- --- get_genes_by_enzyme(string:enzyme_id, string:org)
984
-
985
- �о���ʪ��ˤ����ơ����ꤷ�������ֹ����İ����ҤΥꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
986
-
987
- ���͡�
988
- ArrayOfstring (genes_id)
989
-
990
- �㡧
991
- # �����ֹ� 1.1.1.1 �������IJ�ݤΰ����ҤΥꥹ��
992
- get_genes_by_enzyme('ec:1.1.1.1', 'eco')
993
-
994
- --- get_enzymes_by_gene(string:genes_id)
995
-
996
- ���ꤷ�������Ҥ��б���������ֹ�Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
997
-
998
- ���͡�
999
- ArrayOfstring (enzyme_id)
1000
-
1001
- �㡧
1002
- # ��IJ�ݰ����� 'eco:b0002' �ι����ֹ�Υꥹ��
1003
- get_enzymes_by_gene(eco:b0002)
1004
-
1005
- + ���ǡ�����ʪ���ꥢ�������δط�
1006
-
1007
- --- get_enzymes_by_compound(string:compound_id)
1008
-
1009
- ���ꤷ������ʪ���б���������ֹ�Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1010
-
1011
- ���͡�
1012
- ArrayOfstring (compound_id)
1013
-
1014
- �㡧
1015
- # ����ʪ 'cpd:C00345' ����դ˴ؤ����ǤΥꥹ��
1016
- get_enzymes_by_compound('cpd:C00345')
1017
-
1018
- --- get_enzymes_by_glycan(string:compound_id)
1019
-
1020
- ���ꤷ���������б���������ֹ�Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1021
-
1022
- ���͡�
1023
- ArrayOfstring (glycan_id)
1024
-
1025
- �㡧
1026
- # ���� 'gl:G00001' ����դ˴ؤ����ǤΥꥹ��
1027
- get_enzymes_by_glycan('gl:G00001')
1028
-
1029
- --- get_enzymes_by_reaction(string:reaction_id)
1030
-
1031
- ���ꤷ���ꥢ��������ֹ���б���������ֹ�Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1032
-
1033
- ���͡�
1034
- ArrayOfstring (reaction_id)
1035
-
1036
- �㡧
1037
- # �ꥢ��������ֹ� R00100 ����Ĺ��ǤΥꥹ��
1038
- get_enzymes_by_reaction('rn:R00100')
1039
-
1040
- --- get_compounds_by_enzyme(string:enzyme_id)
1041
-
1042
- ���ꤷ�������ֹ���б����벽��ʪ�Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1043
-
1044
- ���͡�
1045
- ArrayOfstring (compound_id)
1046
-
1047
- �㡧
1048
- # �����ֹ� 'ec:2.7.1.12' ����դ˴ؤ�벽��ʪ�Υꥹ��
1049
- get_compounds_by_enzyme('ec:2.7.1.12')
1050
-
1051
- --- get_compounds_by_reaction(string:reaction_id)
1052
-
1053
- ���ꤷ���ꥢ���������б����벽��ʪ�Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1054
-
1055
- ���͡�
1056
- ArrayOfstring (compound_id)
1057
-
1058
- �㡧
1059
- # �ꥢ��������ֹ� 'rn:R00100' ��ȿ���˴ؤ�벽��ʪ�Υꥹ��
1060
- get_compounds_by_reaction('rn:R00100')
1061
-
1062
- --- get_glycans_by_enzyme(string:enzyme_id)
1063
-
1064
- ���ꤷ�������ֹ���б����������Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1065
-
1066
- ���͡�
1067
- ArrayOfstring (glycan_id)
1068
-
1069
- �㡧
1070
- # �����ֹ� 'ec:2.4.1.141' ����դ˴ؤ�������Υꥹ��
1071
- get_glycans_by_enzyme('ec:2.4.1.141')
1072
-
1073
- --- get_glycans_by_reaction(string:reaction_id)
1074
-
1075
- ���ꤷ���ꥢ���������б����������Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1076
-
1077
- ���͡�
1078
- ArrayOfstring (glycan_id)
1079
-
1080
- �㡧
1081
- # �ꥢ��������ֹ� 'rn:R06164' ��ȿ���˴ؤ�������Υꥹ��
1082
- get_glycans_by_reaction('rn:R06164')
1083
-
1084
- --- get_reactions_by_enzyme(string:enzyme_id)
1085
-
1086
- ���ꤷ�������ֹ���б�����ꥢ�������Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1087
-
1088
- ���͡�
1089
- ArrayOfstring (reaction_id)
1090
-
1091
- �㡧
1092
- # �����ֹ� 'ec:2.7.1.12' ��ȿ���˴ؤ��ꥢ��������ֹ�Υꥹ��
1093
- get_reactions_by_enzyme('ec:2.7.1.12')
1094
-
1095
- --- get_reactions_by_compound(string:compound_id)
1096
-
1097
- ���ꤷ������ʪ���б�����ꥢ�������Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1098
-
1099
- ���͡�
1100
- ArrayOfstring (reaction_id)
1101
-
1102
- �㡧
1103
- # ����ʪ 'cpd:C00199' �ο���ȿ���˴ؤ��ꥢ��������ֹ�Υꥹ��
1104
- get_reactions_by_compound('cpd:C00199')
1105
-
1106
- --- get_reactions_by_glycan(string:glycan_id)
1107
-
1108
- ���ꤷ���������б�����ꥢ�������Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1109
-
1110
- ���͡�
1111
- ArrayOfstring (reaction_id)
1112
-
1113
- �㡧
1114
- # ���� 'gl:G00001' �ο���ȿ���˴ؤ��ꥢ��������ֹ�Υꥹ��
1115
- get_reactions_by_glycan('gl:G00001')
1116
-
1117
- ==== SSDB
1118
-
1119
- SSDB �ǡ����١������Ф���᥽�åɤΰ����Ǥ���SSDB �� KEGG/GENES �˴ޤޤ��
1120
- ����ʪ��������Ҵ֤� ssearch ���Ѥ��� Smith-Waterman ���르�ꥺ���
1121
- ��븡����Ԥä���̤ȡ��������ҤΥ�����ո�����̤���Ͽ�����ǡ����١����ǡ�
1122
- ���֤Τ�����׻������餫���Ὢ��äƤ��뤿���®�ʸ�������ǽ�ˤʤäƤ��ޤ���
1123
-
1124
- KEGG �����Υ�����η�ޤä���ʪ����濴���оݤȤ��Ƥ��뤳�Ȥȡ�Smith-
1125
- Waterman �������ˤ����Ӥ��Ǥ��뤳�Ȥ��饪����������ѥ�����ط��ˤ���
1126
- �����Ҥ�õ������ʪ���ͭ�ΰ����Ҥθ�����Ϥ����͡��ʱ��Ѥ��ͤ����ޤ���
1127
-
1128
- SSDB �ǡ����١����ˤĤ��ƾܤ����ϰʲ��Υڡ����򻲾Ȥ��Ƥ���������
1129
-
1130
- * ((<URL:http://www.genome.jp/kegg/ssdb/>))
1131
-
1132
-
1133
- --- get_best_best_neighbors_by_gene(string:genes_id, int:offset, int:limit)
1134
-
1135
- ������ȥ������åȤ� best-best �δط��ˤ�������Ҥ����򸡺����ޤ���
1136
-
1137
- ���͡�
1138
- ArrayOfSSDBRelation
1139
-
1140
- �㡧
1141
- # ��IJ�ݤΰ����� b0002 ��������ʪ��� best-best �δط��ˤ��������
1142
- get_best_best_neighbors_by_gene('eco:b0002', 1, 10)
1143
- get_best_best_neighbors_by_gene('eco:b0002', 11, 10)
1144
-
1145
- --- get_best_neighbors_by_gene(string:genes_id, int:offset, int:limit)
1146
-
1147
- �����꤫�鸫�ƥ٥��ȥҥåȤδط��ˤ�������Ҥ����򸡺����ޤ���
1148
-
1149
- ���͡�
1150
- ArrayOfSSDBRelation
1151
-
1152
- �㡧
1153
- # ��IJ�ݤΰ����� b0002 ��������ʪ��� best neighbor �δط��ˤ��������
1154
- get_best_neighbors_by_gene('eco:b0002', 1, 10)
1155
- get_best_neighbors_by_gene('eco:b0002', 11, 10)
1156
-
1157
- --- get_reverse_best_neighbors_by_gene(string:genes_id, int:offset, int:limit)
1158
-
1159
- �������å�¦����ʪ�狼�鸫�ƥ����꤬�٥��ȥҥåȤȤʤ�����Ҥ򸡺����ޤ���
1160
-
1161
- ���͡�
1162
- ArrayOfSSDBRelation
1163
-
1164
- �㡧
1165
- # ��IJ�ݤΰ����� b0002 �� reverse best neighbor �δط��ˤ��������
1166
- get_reverse_best_neighbors_by_gene('eco:b0002', 1, 10)
1167
- get_reverse_best_neighbors_by_gene('eco:b0002', 11, 10)
1168
-
1169
- --- get_paralogs_by_gene(string:genes_id, int:offset, int:limit)
1170
-
1171
- �������Ʊ����ʪ����ǥѥ���������Ҥ򸡺����ޤ���
1172
-
1173
- ���͡�
1174
- ArrayOfSSDBRelation
1175
-
1176
- �㡧
1177
- # ��IJ�ݤΰ����� b0002 �ȥѥ�����δط��ˤ��������
1178
- get_paralogs_by_gene('eco:b0002', 1, 10)
1179
- get_paralogs_by_gene('eco:b0002', 11, 10)
1180
-
1181
-
1182
- ==== Motif
1183
-
1184
- --- get_motifs_by_gene(string:genes_id, string:db)
1185
-
1186
- ���ꤷ�������Ҥ�¸�ߤ��������դΥꥹ�Ȥ��֤��ޤ���������եǡ����١���
1187
- �Υꥹ�Ȥˤϡ�Pfam (pfam), TIGRFAM (tfam), PROSITE pattern (pspt), PROSITE
1188
- profile (pspf) �ޤ��Ϥ�������� (all) ��������ޤ���
1189
-
1190
- ���͡�
1191
- ArrayOfMotifResult
1192
-
1193
- �㡧
1194
- # ��IJ�ݤΰ����� b0002 ����Pfam������դΥꥹ��
1195
- get_motifs_by_gene('eco:b0002', 'pfam')
1196
-
1197
- --- get_genes_by_motifs([string]:motif_id_list, int:offset, int:limit)
1198
-
1199
- ���ꤷ��������դ����ƻ��İ����Ҥ򸡺����ޤ���
1200
-
1201
- ���͡�
1202
- ArrayOfDefinition (genes_id, definition)
1203
-
1204
- �㡧
1205
- # Pfam �� DnaJ �� Prosite �� DNAJ_2 �˥ҥåȤ�������Ҥ򸡺�
1206
- list = ['pf:DnaJ', 'ps:DNAJ_2']
1207
- get_genes_by_motifs(list, 1, 10)
1208
- get_genes_by_motifs(list, 11, 10)
1209
-
1210
- ==== KO
1211
-
1212
- KO (KEGG orthology), OC (KEGG ortholog cluster), PC (KEGG paralog cluster) ��
1213
- ��������뤿��Υ᥽�åɤǤ���KO �ϥ���졼����󤵤줿���������������ҷ���
1214
- OC �� PC �ϵ���Ū�˥��饹����󥰤��줿��Ʊ���Τ�������ҷ��Υǡ����١����Ǥ���
1215
-
1216
- --- get_ko_by_gene(string:genes_id)
1217
-
1218
- ���ꤷ�������Ҥ˥������󤵤�Ƥ��� KO �Υ���ȥ��ֹ�������֤��ޤ���
1219
-
1220
- ���͡�
1221
- ArrayOfstring (ko_id)
1222
-
1223
- �㡧
1224
- # eco:b0002 �����Ҥ˥������󤵤�Ƥ��� KO �Υꥹ��
1225
- get_ko_by_gene('eco:b0002')
1226
-
1227
-
1228
- --- get_ko_by_ko_class(string:ko_class_id)
1229
-
1230
- ���ꤷ�� ko_class_id �˴ޤޤ�� ko_id �Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1231
-
1232
- ���͡�
1233
- ArrayOfDefinition (ko_id)
1234
-
1235
- �㡧
1236
- # KO class '01196' �˴ޤޤ�� KO �Υꥹ��
1237
- get_ko_by_ko_class('01196')
1238
-
1239
- --- get_genes_by_ko_class(string:ko_class_id, string:org, int:offset, int:limit)
1240
-
1241
- ���ꤷ����ʪ��� ko_class_id �˴ޤޤ������ҤΥꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1242
-
1243
- ���͡�
1244
- ArrayOfDefinition (genes_id, definition)
1245
-
1246
- �㡧
1247
- # KO ���饹 '00930' �˴ޤޤ��ҥȰ����ҤΥꥹ��
1248
- get_genes_by_ko_class('00903', 'hsa' , 1, 100)
1249
-
1250
- --- get_genes_by_ko(string:ko_id, string:org)
1251
-
1252
- ���ꤷ����ʪ��� ko_id �˴ޤޤ������ҤΥꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1253
- ��ʪ�拾���ɤ� all ����ꤹ�������ʪ��ΰ����Ҥ��֤��ޤ���
1254
-
1255
- ���͡�
1256
- ArrayOfDefinition (genes_id, definition)
1257
-
1258
- �㡧
1259
- # KO �ֹ� 'K00001' �˴ޤޤ����IJ�ݰ����ҤΥꥹ��
1260
- get_genes_by_ko('ko:K00010', 'eco')
1261
-
1262
- # KO �ֹ� 'K00010' �˴ޤޤ������ʪ��ΰ����ҥꥹ��
1263
- get_genes_by_ko('ko:K00010', 'all')
1264
-
1265
-
1266
-
1267
- ==== PATHWAY
1268
-
1269
- PATHWAY �ǡ����١������Ф���᥽�åɤΰ����Ǥ���PATHWAY �ǡ����١�����
1270
- �Ĥ��ƾܤ����ϰʲ��Υڡ����򻲾Ȥ��Ƥ���������
1271
-
1272
- * ((<URL:http://www.genome.jp/kegg/kegg2.html#pathway>))
1273
-
1274
- + �ѥ��������ؤο��Ť�
1275
-
1276
- ��Ϣ URL��
1277
- * ((<URL:http://www.genome.jp/kegg/tool/color_pathway.html>))
1278
-
1279
- --- mark_pathway_by_objects(string:pathway_id, [string]:object_id_list)
1280
-
1281
- ���ꤷ����ʪ��ǡ�Ϳ����줿�ѥ��������ޥåפ�Ϳ����줿���֥�������
1282
- �ʰ����ҡ�����ʪ�������ֹ�ˤ��б������Ȥ˿���Ĥ���������������
1283
- ������ URL ���֤��ޤ���
1284
-
1285
- ���͡�
1286
- string (URL)
1287
-
1288
- �㡧
1289
- # ��IJ�ݤΥѥ������� path:eco00260 ��ΰ����� eco:b0002 �� Homoserine
1290
- # �� cpd:C00263 ���б�����ܥå������֤��忧���������� URL
1291
- obj_list = ['eco:b0002', 'cpd:C00263']
1292
- mark_pathway_by_objects('path:eco00260', obj_list)
1293
-
1294
- --- color_pathway_by_objects(string:pathway_id, [string]:object_id_list, [string]:fg_color_list, [string]:bg_color_list)
1295
-
1296
- ���ꤷ���ѥ���������Ϳ����줿���֥������ȡʰ����ҡ�����ʪ�����ǡˤ��Ф���
1297
- ʸ�����Ȥ� fg_color_list �ǻ��ꤷ�������طʤ� bg_color_list �ǻ��ꤷ������
1298
- �Ĥ��������������������� URL ���֤��ޤ���object_id_list �� fg_color_list,
1299
- bg_color_list �����Ǥο��Ƚ��֤�·����褦�����դ���ɬ�פ�����ޤ���
1300
-
1301
- ���͡�
1302
- string (URL)
1303
-
1304
- �㡧
1305
- # �ѥ������� path:eco00053 ��˺ܤäƤ�����IJ�ݤΰ����� eco:b0207 ��
1306
- # �طʤ��֡�ʸ�����Ȥ��Ĥ��忧����eco:b1300 ���طʤ򲫿���ʸ�����Ȥ��Ф�
1307
- # �忧���������� URL ���֤��ޤ���
1308
- obj_list = ['eco:b0207', 'eco:b1300']
1309
- fg_list = ['blue', '#00ff00']
1310
- bg_list = ['#ff0000', 'yellow']
1311
- color_pathway_by_objects('path:eco00053', obj_list, fg_list, bg_list)
1312
-
1313
- --- color_pathway_by_elements(string:pathway_id, [int]:element_id_list, [string]:fg_color_list, [string]:bg_color_list)
1314
-
1315
- ���ꤷ�� element_id ���б�����ѥ���������Υ��֥������ȡ�Ĺ������ݤʤɡ�
1316
- ���Ф���ʸ�����Ȥ� fg_color_list �ǻ��ꤷ�������طʤ� bg_color_list ��
1317
- ���ꤷ������Ĥ��������������������� URL ���֤��ޤ���object_id_list ��
1318
- fg_color_list, bg_color_list �����Ǥο��Ƚ��֤�·����褦�����դ���
1319
- ɬ�פ�����ޤ���
1320
-
1321
- KEGG PATHWAY �Ǥϡ�ʣ���ΰ����Ҥ���ĤΥܥå����˳�����Ƥ��Ƥ����ꡢ
1322
- �դˣ��Ĥΰ����Ҥ�ʣ���Υܥå����˳�����Ƥ��Ƥ��뤳�Ȥ�����ޤ���
1323
- ���Τ褦�ʾ�� color_pathway_by_objects �᥽�åɤǤ��ɤ�ʬ���뤳�Ȥ�
1324
- ����ޤ��󤬡�color_pathway_by_elements ��Ȥ����ȤDz��Ǥ��ޤ���
1325
-
1326
- element_id �� KEGG PATHWAY �� XML ɽ���Ǥ��� KGML �� <entry> ������
1327
- ���ꤵ��롢�ѥ���������Υ���ե������������ˤĤ���줿��ˡ�����
1328
- ���ͤǤ����ѥ���������� element_id �� get_elements_by_pathway �᥽�åɤ�
1329
- PathwayElement ���֥������ȤΥꥹ�ȤȤ������뤳�Ȥ��Ǥ��ޤ���
1330
- PathwayElement �� type �� name °���ˤ������ҡ����ǡ�����ʪ�ʤɤ�
1331
- �б����ꡢelement_id ���ͤ�Ȥäƥ��֥������Ȥ����ꤷ�ޤ���
1332
-
1333
- KGML �ˤĤ��ƾܤ����ϲ����Υڡ����򻲾Ȥ��Ƥ���������
1334
-
1335
- * ((<URL:http://www.genome.jp/kegg/xml/>))
1336
-
1337
- ����͡�
1338
- string (URL)
1339
-
1340
- �㡧
1341
- # ����ݤΥѥ������� path:bsu00010 ��˺ܤäƤ��롢
1342
- # ������ bsu:BG11350 (element_id 78, ec:3.2.1.86) ������/���طʤ�
1343
- # ������ bsu:BG11203 (element_id 79, ec:3.2.1.86) ������/���طʤ�
1344
- # ������ bsu:BG11685 (element_id 51, ec:2.7.1.2) ������/���طʤ�
1345
- # ������ bsu:BG11685 (element_id 47, ec:2.7.1.2) ������/���طʤ�
1346
- # ���줾���忧���������� URL ���֤��ޤ���
1347
- element_id_list = [ 78, 79, 51, 47 ]
1348
- fg_list = [ '#ff0000', '#0000ff', '#ff0000', '#0000ff' ]
1349
- bg_list = [ '#ffff00', '#ffff00', '#ffcc00', '#ffcc00' ]
1350
- color_pathway_by_elements('path:bsu00010', element_id_list, fg_list, bg_list)
1351
-
1352
- --- get_html_of_marked_pathway_by_objects(string:pathway_id, [string]:object_id_list)
1353
-
1354
- ����������˥���å��֥�ޥåפ�ޤ� HTML �ڡ����� URL ���֤�
1355
- �С������� 'mark_pathway_by_objects' �᥽�åɤǤ���
1356
-
1357
- ���͡�
1358
- string (URL)
1359
-
1360
- �㡧
1361
- # ��IJ�ݤΥѥ������� '00970' �Ρ������� 'eco:b4258'������ʪ 'cpd:C00135'
1362
- # KO �ֹ� 'ko:K01881' ���ֿ��ǥޡ�����Ĥ��������Υ���å��֥�ޥåפ�
1363
- # ɽ������ HTML �� URL ���֤�
1364
- obj_list = ['eco:b4258', 'cpd:C00135', 'ko:K01881']
1365
- get_html_of_marked_pathway_by_objects('path:eco00970', obj_list)
1366
-
1367
- --- get_html_of_colored_pathway_by_objects(string:pathway_id, [string]:object_id_list, [string]:fg_color_list, [string]:bg_color_list)
1368
-
1369
- ����������˥���å��֥�ޥåפ�ޤ� HTML �ڡ����� URL ���֤�
1370
- �С������� 'color_pathway_by_objects' �᥽�åɤǤ���
1371
-
1372
- ���͡�
1373
- string (URL)
1374
-
1375
- �㡧
1376
- # ��IJ�ݤΥѥ������� '00970' �Ρ������� 'eco:b4258' �����Ϥ˳���������ʪ
1377
- # 'cpd:C00135' �򲫿��Ϥ��С�KO �ֹ� 'ko:K01881' �����Ϥ��Ĥο��Ť��򤷤�
1378
- # �����Υ���å��֥�ޥåפ�ɽ������ HTML �� URL ���֤�
1379
- obj_list = ['eco:b4258', 'cpd:C00135', 'ko:K01881']
1380
- fg_list = ['gray', '#00ff00', 'blue']
1381
- bg_list = ['#ff0000', 'yellow', 'orange']
1382
- get_html_of_colored_pathway_by_objects('path:eco00970', obj_list, fg_list, bg_list)
1383
-
1384
- --- get_html_of_colored_pathway_by_elements(string:pathway_id, [int]:element_id_list, [string]:fg_color_list, [string]:bg_color_list)
1385
-
1386
- ����������˥���å��֥�ޥåפ�ޤ� HTML �ڡ����� URL ���֤�
1387
- �С������� 'color_pathway_by_elements' �᥽�åɤǤ���
1388
-
1389
- ���͡�
1390
- string (URL)
1391
-
1392
- �㡧
1393
- # ����ݤΥѥ������� path:bsu00010 ��˺ܤäƤ��롢
1394
- # ������ bsu:BG11350 (element_id 78, ec:3.2.1.86) ������/���طʤ�
1395
- # ������ bsu:BG11203 (element_id 79, ec:3.2.1.86) ������/���طʤ�
1396
- # ������ bsu:BG11685 (element_id 51, ec:2.7.1.2) ������/���طʤ�
1397
- # ������ bsu:BG11685 (element_id 47, ec:2.7.1.2) ������/���طʤ�
1398
- # �忧���������Υ���å��֥�ޥåפ�ɽ������ HTML �� URL ���֤��ޤ���
1399
- element_id_list = [ 78, 79, 51, 47 ]
1400
- fg_list = [ '#ff0000', '#0000ff', '#ff0000', '#0000ff' ]
1401
- bg_list = [ '#ffff00', '#ffff00', '#ffcc00', '#ffcc00' ]
1402
- color_pathway_by_elements('path:bsu00010', element_id_list, fg_list, bg_list)
1403
-
1404
- + �ѥ���������Υ��֥������ȴ֤δط�
1405
-
1406
- --- get_element_relations_by_pathway(string:pathway_id)
1407
-
1408
- ���ꤷ���ѥ���������˺ܤäƤ��륪�֥����������Ǥδ֤δط����֤��ޤ���
1409
- �ѥ��������������ˤ��������Ƥ���ط���ɽ����KGML �ˤ�����
1410
- <relation> �������������ʥ���աˤ�������뤳�Ȥ��Ǥ��ޤ���
1411
- ���� get_elements_by_pathway �᥽�åɤ⻲�ȡ�
1412
-
1413
- ���͡�
1414
- ArrayOfPathwayElementRelation
1415
-
1416
- �㡧
1417
- # ����ݤΥѥ������� path:bsu00010 ��˺ܤäƤ��� PathwayElement �֤�
1418
- # �ط��Ǥ��� PathwayElementRelation �Υꥹ�Ȥ�������롣
1419
- relations = get_element_relations_by_pathway('path:bsu00010')
1420
-
1421
- # ���������ꥹ�Ȥ���Ȥ�ɽ�����롣
1422
- relations.each do |rel|
1423
- puts rel.element_id1
1424
- puts rel.element_id2
1425
- puts rel.type
1426
- rel.subtypes.each do |sub|
1427
- puts sub.element_id
1428
- puts sub.relation
1429
- puts sub.type
1430
- end
1431
- end
1432
-
1433
- + �ѥ���������Υ��֥������ȸ���
1434
-
1435
- --- get_elements_by_pathway(string:pathway_id)
1436
-
1437
- ���ꤷ���ѥ���������˺ܤäƤ��륪�֥����������ǤΥꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1438
- ����ˡ�ˤĤ��Ƥ� color_pathway_by_elements �᥽�åɤ򻲾Ȥ��Ƥ���������
1439
-
1440
- ���͡�
1441
- ArrayOfPathwayElement
1442
-
1443
- �㡧
1444
- # ����ݤΥѥ������� path:bsu00010 ��˺ܤäƤ��� PathwayElement ��
1445
- # �ꥹ�Ȥ�������롣
1446
- get_elements_by_pathway('path:bsu00010')
1447
-
1448
- # Ruby �ǰ����� bsu:BG11350, bsu:BG11203 �� bsu:BG11685 �� element_id ��
1449
- # Ĵ�٤��㡣
1450
- elems = serv.get_elements_by_pathway('path:bsu00010')
1451
- genes = [ 'bsu:BG11350', 'bsu:BG11203', 'bsu:BG11685' ]
1452
- elems.each do |elem|
1453
- genes.each do |gene|
1454
- if elem.names.include?(gene)
1455
- puts gene, elem.element_id
1456
- end
1457
- end
1458
- end
1459
-
1460
- --- get_genes_by_pathway(string:pathway_id)
1461
-
1462
- ���ꤷ���ѥ���������˺ܤäƤ�������ҤΥꥹ�Ȥ��֤��ޤ�����ʪ��̾��
1463
- pathway_id �˴ޤޤ�� keggorg �ǻ��ꤷ�ޤ���
1464
-
1465
- ���͡�
1466
- ArrayOfstring (genes_id)
1467
-
1468
- �㡧
1469
- # ��IJ�ݤΥѥ������� 00020 �֤˺ܤäƤ�������ҤΥꥹ��
1470
- get_genes_by_pathway('path:eco00020')
1471
-
1472
- --- get_enzymes_by_pathway(string:pathway_id)
1473
-
1474
- ���ꤷ���ѥ��������˺ܤäƤ�������ֹ�Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1475
-
1476
- ���͡�
1477
- ArrayOfstring (enzyme_id)
1478
-
1479
- �㡧
1480
- # ��IJ�ݤΥѥ������� 00020 �֤˺ܤäƤ�������ֹ�Υꥹ��
1481
- get_enzymes_by_pathway('path:eco00020')
1482
-
1483
- --- get_compounds_by_pathway(string:pathway_id)
1484
-
1485
- ���ꤷ���ѥ��������˺ܤäƤ��벽��ʪ�Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1486
-
1487
- ���͡�
1488
- ArrayOfstring (compound_id)
1489
-
1490
- �㡧
1491
- # ��IJ�ݤΥѥ������� 00020 �˺ܤäƤ��벽��ʪ�Υꥹ��
1492
- get_compounds_by_pathway('path:eco00020')
1493
-
1494
- --- get_glycans_by_pathway(string:pathway_id)
1495
-
1496
- ���ꤷ���ѥ��������˺ܤäƤ��������Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1497
-
1498
- ���͡�
1499
- ArrayOfstring (glycan_id)
1500
-
1501
- �㡧
1502
- # ��IJ�ݤΥѥ������� 00510 �˺ܤäƤ��������Υꥹ��
1503
- get_glycans_by_pathway('path:eco00510')
1504
-
1505
- --- get_reactions_by_pathway(string:pathway_id)
1506
-
1507
- ���ꤷ���ѥ��������˺ܤäƤ���ꥢ��������ֹ�Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1508
-
1509
- ���͡�
1510
- ArrayOfstring (reaction_id)
1511
-
1512
- �㡧
1513
- # ��IJ�ݤΥѥ������� 00260 �֤˺ܤäƤ���ꥢ�������Υꥹ��
1514
- get_reactions_by_pathway('path:eco00260')
1515
-
1516
- --- get_kos_by_pathway(string:pathway_id)
1517
-
1518
- ���ꤷ���ѥ��������˺ܤäƤ��� KO �ֹ�Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1519
-
1520
- ���͡�
1521
- ArrayOfstring (ko_id)
1522
-
1523
- �㡧
1524
- # �ҥȤΥѥ������� 00010 �˺ܤäƤ��� KO �ֹ�Υꥹ��
1525
- get_kos_by_pathway('path:hsa00010')
1526
-
1527
- + ���֥������Ȥ���ѥ�����������
1528
-
1529
- ��Ϣ URL��
1530
- * ((<URL:http://www.genome.jp/kegg/tool/search_pathway.html>))
1531
-
1532
- --- get_pathways_by_genes([string]:genes_id_list)
1533
-
1534
- ���ꤷ�������Ҥ����ƺܤäƤ���ѥ��������Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1535
-
1536
- ���͡�
1537
- ArrayOfstring (pathway_id)
1538
-
1539
- �㡧
1540
- # ��IJ�ݤΰ����� b0077 �� b0078 ��ξ���ܤäƤ���ѥ��������Υꥹ��
1541
- get_pathways_by_genes(['eco:b0077', 'eco:b0078'])
1542
-
1543
- --- get_pathways_by_enzymes([string]:enzyme_id_list)
1544
-
1545
- ���ꤷ�������ֹ椬���ƺܤäƤ���ѥ��������Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1546
-
1547
- ���͡�
1548
- ArrayOfstring (pathway_id)
1549
-
1550
- �㡧
1551
- # �����ֹ� 1.3.99.1 �ι��Ǥ��ܤäƤ���ѥ��������Υꥹ��
1552
- get_pathways_by_enzymes(['ec:1.3.99.1'])
1553
-
1554
- --- get_pathways_by_compounds([string]:compound_id_list)
1555
-
1556
- ���ꤷ������ʪ�����ƺܤäƤ���ѥ��������Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1557
-
1558
- ���͡�
1559
- ArrayOfstring (pathway_id)
1560
-
1561
- �㡧
1562
- # ����ʪ C00033 �� C00158 ��ξ���ܤäƤ���ѥ��������Υꥹ��
1563
- get_pathways_by_compounds(['cpd:C00033', 'cpd:C00158'])
1564
-
1565
- --- get_pathways_by_glycans([string]:compound_id_list)
1566
-
1567
- ���ꤷ�����������ƺܤäƤ���ѥ��������Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1568
-
1569
- ���͡�
1570
- ArrayOfstring (pathway_id)
1571
-
1572
- �㡧
1573
- # ���� G00009 �� G00011 ��ξ���ܤäƤ���ѥ��������Υꥹ��
1574
- get_pathways_by_glycans(['gl:G00009', 'gl:G00011'])
1575
-
1576
- --- get_pathways_by_reactions([string]:reaction_id_list)
1577
-
1578
- ���ꤷ���ꥢ��������ֹ椬���ƺܤäƤ���ѥ��������Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1579
-
1580
- ���͡�
1581
- ArrayOfstring (pathway_id)
1582
-
1583
- �㡧
1584
- # �ꥢ��������ֹ� rn:R00959, rn:R02740, rn:R00960, rn:R01786 �����Ƥ�
1585
- # ȿ����ޤ�ѥ��������Υꥹ��
1586
- get_pathways_by_reactions(['rn:R00959', 'rn:R02740', 'rn:R00960', 'rn:R01786'])
1587
-
1588
- --- get_pathways_by_kos([string]:ko_id_list, string:org)
1589
-
1590
- ���ꤷ����ʪ�� KO �ֹ椬���ƺܤäƤ���ѥ��������Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1591
-
1592
- ���͡�
1593
- ArrayOfstring (pathway_id)
1594
-
1595
- �㡧
1596
- # KO �ֹ� 'ko:K00016' �� 'ko:K00382' ��ޤ�ҥȤΥѥ��������Υꥹ��
1597
- get_pathways_by_kos(['ko:K00016', 'ko:K00382'], 'hsa')
1598
-
1599
- # KO �ֹ� 'ko:K00016' �� 'ko:K00382' ��ޤ�����ʪ��Υѥ��������Υꥹ��
1600
- get_pathways_by_kos(['ko:K00016', 'ko:K00382'], 'all')
1601
-
1602
- + �ѥ��������֤δط�
1603
-
1604
- --- get_linked_pathways(string:pathway_id)
1605
-
1606
- ���ꤷ���ѥ��������ֹ�Υѥ������������󥯤���Ƥ���ѥ���������
1607
- �ꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1608
-
1609
- ���͡�
1610
- ArrayOfstring (pathway_id)
1611
-
1612
- �㡧
1613
- # �ѥ������� path:eco00620 �����󥯤���Ƥ���ѥ��������Υꥹ��
1614
- get_linked_pathways('path:eco00620')
1615
-
1616
- ==== GENES
1617
-
1618
- GENES �ǡ����١������Ф���᥽�åɤΰ����Ǥ���GENES �ǡ����١����ˤĤ���
1619
- �ܤ����ϰʲ��Υڡ����򻲾Ȥ��Ƥ���������
1620
-
1621
- * ((<URL:http://www.genome.jp/kegg/kegg2.html#genes>))
1622
-
1623
- --- get_genes_by_organism(string:org, int:offset, int:limit)
1624
-
1625
- ���ꤷ����ʪ����� GENES ����ȥ�Τ�����offset ���ܤ��� limit ʬ��
1626
- ��̤��֤��ޤ���
1627
-
1628
- ���͡�
1629
- ArrayOfstring (genes_id)
1630
-
1631
- �㡧
1632
- # ����ե륨�󥶶ݤΰ����ҥꥹ�Ȥ� 100 �Ĥ�������
1633
- get_genes_by_organism('hin', 1, 100)
1634
- get_genes_by_organism('hin', 101, 100)
1635
-
1636
- ==== GENOME
1637
-
1638
- GENOME �ǡ����١������Ф���᥽�åɤΰ����Ǥ���GENOME �ǡ����١����ˤĤ���
1639
- �ܤ����ϰʲ��Υڡ����򻲾Ȥ��Ƥ���������
1640
-
1641
- * ((<URL:http://www.genome.jp/kegg/kegg2.html#genome>))
1642
-
1643
- --- get_number_of_genes_by_organism(string:org)
1644
-
1645
- ���ꤷ����ʪ�郎���İ����ҿ����֤��ޤ���
1646
-
1647
- ���͡�
1648
- int
1649
-
1650
- �㡧
1651
- # ��IJ�ݤ����İ����Ҥο�
1652
- get_number_of_genes_by_organism('eco')
1653
-
1654
- ==== LIGAND
1655
-
1656
- LIGAND �ǡ����١������Ф���᥽�åɤΰ����Ǥ���
1657
-
1658
- ��Ϣ URL��
1659
- * ((<URL:http://www.genome.jp/kegg/ligand.html>))
1660
-
1661
- --- convert_mol_to_kcf(string:mol)
1662
-
1663
- MOL �ե����ޥåȤΥ���ȥ�� KCF �ե����ޥåȤ��Ѵ����ޤ���
1664
-
1665
- ���͡�
1666
- string
1667
-
1668
- �㡧
1669
- convert_mol_to_kcf(mol_str)
1670
-
1671
- --- search_compounds_by_name(string:name)
1672
-
1673
- ����ʪ��̾���Ǹ������ޤ���
1674
-
1675
- ���͡�
1676
- ArrayOfstring (compound_id)
1677
-
1678
- �㡧
1679
- search_compounds_by_name("shikimic acid")
1680
-
1681
- --- search_drugs_by_name(string:name)
1682
-
1683
- �ɥ�å���̾���Ǹ������ޤ���
1684
-
1685
- ���͡�
1686
- ArrayOfstring (drug_id)
1687
-
1688
- �㡧
1689
- search_drugs_by_name("tetracyclin")
1690
-
1691
- --- search_glycans_by_name(string:name)
1692
-
1693
- ������̾���Ǹ������ޤ���
1694
-
1695
- ���͡�
1696
- ArrayOfstring
1697
-
1698
- �㡧
1699
- search_glycans_by_name("Paragloboside")
1700
-
1701
- --- search_compounds_by_composition(string:composition)
1702
-
1703
- ����ʪ�������Ǹ������ޤ���
1704
- �����ϸ��ǤȸĿ���Ĥʤ���ʸ����ǻ��ꤷ�ޤ���
1705
- ���Ǥν��֤�̵�ط��Ǥ���
1706
-
1707
- ���͡�
1708
- ArrayOfstring (compound_id)
1709
-
1710
- �㡧
1711
- search_compounds_by_composition("C7H10O5")
1712
-
1713
- --- search_drugs_by_composition(string:composition)
1714
-
1715
- �ɥ�å��������Ǹ������ޤ���
1716
- �����ϸ��ǤȸĿ���Ĥʤ���ʸ����ǻ��ꤷ�ޤ���
1717
- ���Ǥν��֤�̵�ط��Ǥ���
1718
-
1719
- ���͡�
1720
- ArrayOfstring (drug_id)
1721
-
1722
- �㡧
1723
- search_drugs_by_composition("HCl")
1724
-
1725
- --- search_glycans_by_composition(string:composition)
1726
-
1727
- �����������Ǹ������ޤ���
1728
- �����ϥ��å��dz�ä����ȸĿ��򥹥ڡ����Ƕ��ڤä�ʸ����ǻ��ꤷ�ޤ���
1729
- ���ν��֤ϼ�ͳ�Ǥ���
1730
-
1731
- ���͡�
1732
- ArrayOfstring
1733
-
1734
- �㡧
1735
- search_glycans_by_composition("(Man)4 (GalNAc)1")
1736
-
1737
- --- search_compounds_by_mass(float:mass, float:range)
1738
-
1739
- ����ʪ��ʬ���̤Ǹ������ޤ���
1740
- mass ���濴�Ȥ��� ��range �νŤ��β���ʪ����������ޤ���
1741
-
1742
- ���͡�
1743
- ArrayOfstring (compound_id)
1744
-
1745
- �㡧
1746
- search_compounds_by_mass(174.05, 0.1)
1747
-
1748
- --- search_drugs_by_mass(float:mass, float:range)
1749
-
1750
- �ɥ�å���ʬ���̤Ǹ������ޤ���
1751
- mass ���濴�Ȥ��� ��range �νŤ��Υɥ�å�����������ޤ���
1752
-
1753
- ���͡�
1754
- ArrayOfstring (drug_id)
1755
-
1756
- �㡧
1757
- search_drugs_by_mass(150, 1.0)
1758
-
1759
- --- search_glycans_by_mass(float:mass, float:range)
1760
-
1761
- ������ʬ���̤Ǹ������ޤ���
1762
- mass ���濴�Ȥ��� ��range �νŤ�����������������ޤ���
1763
-
1764
- ���͡�
1765
- ArrayOfstring
1766
-
1767
- �㡧
1768
- search_glycans_by_mass(1200, 0.5)
1769
-
1770
- --- search_compounds_by_subcomp(string:mol, int:offset, int:limit)
1771
-
1772
- ������ʬ��¤����IJ���ʪ�� subcomp �ץ�������ȤäƸ������ޤ���
1773
-
1774
- ���饤����Ȥ��줿������ʬ�ΥΡ����ֹ椬������֤����Τǡ�
1775
- ���饤����Ȥ��줿����ʪ�ι�¤�� bget ���ޥ�ɤ� "-f m"
1776
- ���ץ�����Ĥ��� MOL �ե����ޥåȤǼ��������б����ǧ���ޤ���
1777
-
1778
- ���͡�
1779
- ArrayOfStructureAlignment
1780
-
1781
- �㡧
1782
- mol = bget("-f m cpd:C00111")
1783
- search_compounds_by_subcomp(mol, 1, 5)
1784
-
1785
- ��Ϣ URL��
1786
- * ((<URL:http://www.genome.jp/ligand-bin/search_compound>))
1787
-
1788
- --- search_drugs_by_subcomp(string:mol, int:offset, int:limit)
1789
-
1790
- ������ʬ��¤����ĥɥ�å��� subcomp �ץ�������ȤäƸ������ޤ���
1791
-
1792
- ���饤����Ȥ��줿������ʬ�ΥΡ����ֹ椬������֤����Τǡ�
1793
- ���饤����Ȥ��줿�ɥ�å��ι�¤�� bget ���ޥ�ɤ� "-f m"
1794
- ���ץ�����Ĥ��� MOL �ե����ޥåȤǼ��������б����ǧ���ޤ���
1795
-
1796
- ���͡�
1797
- ArrayOfStructureAlignment
1798
-
1799
- �㡧
1800
- mol = bget("-f m dr:D00201")
1801
- search_drugs_by_subcomp(mol, 1, 5)
1802
-
1803
- ��Ϣ URL��
1804
- * ((<URL:http://www.genome.jp/ligand-bin/search_compound>))
1805
-
1806
- --- search_glycans_by_kcam(string:kcf, string:program, string:option, int:offset, int:limit)
1807
-
1808
- ������ʬ��¤����������� KCaM �ץ�������ȤäƸ������ޤ���
1809
-
1810
- ������ program �ˤ� approximate �ޥå���Ԥ� "gapped" �ޤ���
1811
- exact �ޥå���Ԥ� "ungapped" ����ꤷ�ޤ����ޤ� option �ˤ�
1812
- "global" �ޤ��� "local" ����ꤷ�ޤ���
1813
-
1814
- ���饤����Ȥ��줿������ʬ�ΥΡ����ֹ椬������֤����Τǡ�
1815
- ���饤����Ȥ��줿�����ι�¤�� bget ���ޥ�ɤ� "-f k"
1816
- ���ץ�����Ĥ��� KCF �ե����ޥåȤǼ��������б����ǧ���ޤ���
1817
-
1818
- ���͡�
1819
- ArrayOfStructureAlignment
1820
-
1821
- �㡧
1822
- kcf = bget("-f k gl:G12922")
1823
- search_glycans_by_kcam(kcf, "gapped", "local", 1, 5)
1824
-
1825
- ��Ϣ URL��
1826
- * ((<URL:http://www.genome.jp/ligand-bin/search_glycan.cgi>))
1827
- * ((<URL:http://www.genome.jp/ligand/kcam/>))
1828
-
1829
- == Notes
1830
-
1831
- Last updated: December 27, 2006
1832
-
1833
- =end
1834
-