bio 0.7.1 → 1.0.0

Sign up to get free protection for your applications and to get access to all the features.
Files changed (142) hide show
  1. data/bin/bioruby +71 -27
  2. data/bin/br_biofetch.rb +5 -17
  3. data/bin/br_bioflat.rb +14 -26
  4. data/bin/br_biogetseq.rb +6 -18
  5. data/bin/br_pmfetch.rb +6 -16
  6. data/doc/Changes-0.7.rd +35 -0
  7. data/doc/KEGG_API.rd +287 -172
  8. data/doc/KEGG_API.rd.ja +273 -160
  9. data/doc/Tutorial.rd +18 -9
  10. data/doc/Tutorial.rd.ja +656 -138
  11. data/lib/bio.rb +6 -24
  12. data/lib/bio/alignment.rb +5 -5
  13. data/lib/bio/appl/blast.rb +132 -98
  14. data/lib/bio/appl/blast/format0.rb +9 -19
  15. data/lib/bio/appl/blast/wublast.rb +5 -18
  16. data/lib/bio/appl/emboss.rb +40 -47
  17. data/lib/bio/appl/hmmer.rb +116 -82
  18. data/lib/bio/appl/hmmer/report.rb +509 -364
  19. data/lib/bio/appl/spidey/report.rb +7 -18
  20. data/lib/bio/data/na.rb +3 -21
  21. data/lib/bio/db.rb +3 -21
  22. data/lib/bio/db/aaindex.rb +147 -52
  23. data/lib/bio/db/embl/common.rb +27 -6
  24. data/lib/bio/db/embl/embl.rb +18 -10
  25. data/lib/bio/db/embl/sptr.rb +87 -67
  26. data/lib/bio/db/embl/swissprot.rb +32 -3
  27. data/lib/bio/db/embl/trembl.rb +32 -3
  28. data/lib/bio/db/embl/uniprot.rb +32 -3
  29. data/lib/bio/db/fasta.rb +327 -289
  30. data/lib/bio/db/medline.rb +25 -4
  31. data/lib/bio/db/nbrf.rb +12 -20
  32. data/lib/bio/db/pdb.rb +4 -1
  33. data/lib/bio/db/pdb/chemicalcomponent.rb +240 -0
  34. data/lib/bio/db/pdb/pdb.rb +13 -8
  35. data/lib/bio/db/rebase.rb +93 -97
  36. data/lib/bio/feature.rb +2 -31
  37. data/lib/bio/io/ddbjxml.rb +167 -139
  38. data/lib/bio/io/fastacmd.rb +89 -56
  39. data/lib/bio/io/flatfile.rb +994 -278
  40. data/lib/bio/io/flatfile/index.rb +257 -194
  41. data/lib/bio/io/flatfile/indexer.rb +37 -29
  42. data/lib/bio/reference.rb +147 -64
  43. data/lib/bio/sequence.rb +57 -417
  44. data/lib/bio/sequence/aa.rb +64 -0
  45. data/lib/bio/sequence/common.rb +175 -0
  46. data/lib/bio/sequence/compat.rb +68 -0
  47. data/lib/bio/sequence/format.rb +134 -0
  48. data/lib/bio/sequence/generic.rb +24 -0
  49. data/lib/bio/sequence/na.rb +189 -0
  50. data/lib/bio/shell.rb +9 -23
  51. data/lib/bio/shell/core.rb +130 -125
  52. data/lib/bio/shell/demo.rb +143 -0
  53. data/lib/bio/shell/{session.rb → interface.rb} +42 -40
  54. data/lib/bio/shell/object.rb +52 -0
  55. data/lib/bio/shell/plugin/codon.rb +4 -22
  56. data/lib/bio/shell/plugin/emboss.rb +23 -0
  57. data/lib/bio/shell/plugin/entry.rb +34 -25
  58. data/lib/bio/shell/plugin/flatfile.rb +5 -23
  59. data/lib/bio/shell/plugin/keggapi.rb +11 -24
  60. data/lib/bio/shell/plugin/midi.rb +5 -23
  61. data/lib/bio/shell/plugin/obda.rb +4 -22
  62. data/lib/bio/shell/plugin/seq.rb +6 -24
  63. data/lib/bio/shell/rails/Rakefile +10 -0
  64. data/lib/bio/shell/rails/app/controllers/application.rb +4 -0
  65. data/lib/bio/shell/rails/app/controllers/shell_controller.rb +94 -0
  66. data/lib/bio/shell/rails/app/helpers/application_helper.rb +3 -0
  67. data/lib/bio/shell/rails/app/models/shell_connection.rb +30 -0
  68. data/lib/bio/shell/rails/app/views/layouts/shell.rhtml +37 -0
  69. data/lib/bio/shell/rails/app/views/shell/history.rhtml +5 -0
  70. data/lib/bio/shell/rails/app/views/shell/index.rhtml +2 -0
  71. data/lib/bio/shell/rails/app/views/shell/show.rhtml +13 -0
  72. data/lib/bio/shell/rails/config/boot.rb +19 -0
  73. data/lib/bio/shell/rails/config/database.yml +85 -0
  74. data/lib/bio/shell/rails/config/environment.rb +53 -0
  75. data/lib/bio/shell/rails/config/environments/development.rb +19 -0
  76. data/lib/bio/shell/rails/config/environments/production.rb +19 -0
  77. data/lib/bio/shell/rails/config/environments/test.rb +19 -0
  78. data/lib/bio/shell/rails/config/routes.rb +19 -0
  79. data/lib/bio/shell/rails/doc/README_FOR_APP +2 -0
  80. data/lib/bio/shell/rails/public/404.html +8 -0
  81. data/lib/bio/shell/rails/public/500.html +8 -0
  82. data/lib/bio/shell/rails/public/dispatch.cgi +10 -0
  83. data/lib/bio/shell/rails/public/dispatch.fcgi +24 -0
  84. data/lib/bio/shell/rails/public/dispatch.rb +10 -0
  85. data/lib/bio/shell/rails/public/favicon.ico +0 -0
  86. data/lib/bio/shell/rails/public/images/icon.png +0 -0
  87. data/lib/bio/shell/rails/public/images/rails.png +0 -0
  88. data/lib/bio/shell/rails/public/index.html +277 -0
  89. data/lib/bio/shell/rails/public/javascripts/controls.js +750 -0
  90. data/lib/bio/shell/rails/public/javascripts/dragdrop.js +584 -0
  91. data/lib/bio/shell/rails/public/javascripts/effects.js +854 -0
  92. data/lib/bio/shell/rails/public/javascripts/prototype.js +1785 -0
  93. data/lib/bio/shell/rails/public/robots.txt +1 -0
  94. data/lib/bio/shell/rails/public/stylesheets/main.css +187 -0
  95. data/lib/bio/shell/rails/script/about +3 -0
  96. data/lib/bio/shell/rails/script/breakpointer +3 -0
  97. data/lib/bio/shell/rails/script/console +3 -0
  98. data/lib/bio/shell/rails/script/destroy +3 -0
  99. data/lib/bio/shell/rails/script/generate +3 -0
  100. data/lib/bio/shell/rails/script/performance/benchmarker +3 -0
  101. data/lib/bio/shell/rails/script/performance/profiler +3 -0
  102. data/lib/bio/shell/rails/script/plugin +3 -0
  103. data/lib/bio/shell/rails/script/process/reaper +3 -0
  104. data/lib/bio/shell/rails/script/process/spawner +3 -0
  105. data/lib/bio/shell/rails/script/process/spinner +3 -0
  106. data/lib/bio/shell/rails/script/runner +3 -0
  107. data/lib/bio/shell/rails/script/server +42 -0
  108. data/lib/bio/shell/rails/test/test_helper.rb +28 -0
  109. data/lib/bio/shell/web.rb +90 -0
  110. data/lib/bio/util/contingency_table.rb +231 -225
  111. data/sample/any2fasta.rb +59 -0
  112. data/test/data/HMMER/hmmpfam.out +64 -0
  113. data/test/data/HMMER/hmmsearch.out +88 -0
  114. data/test/data/aaindex/DAYM780301 +30 -0
  115. data/test/data/aaindex/PRAM900102 +20 -0
  116. data/test/data/bl2seq/cd8a_cd8b_blastp.bl2seq +53 -0
  117. data/test/data/bl2seq/cd8a_p53_e-5blastp.bl2seq +37 -0
  118. data/test/data/blast/{eco:b0002.faa → b0002.faa} +0 -0
  119. data/test/data/blast/{eco:b0002.faa.m0 → b0002.faa.m0} +2 -2
  120. data/test/data/blast/{eco:b0002.faa.m7 → b0002.faa.m7} +1 -1
  121. data/test/data/blast/{eco:b0002.faa.m8 → b0002.faa.m8} +0 -0
  122. data/test/unit/bio/appl/bl2seq/test_report.rb +134 -0
  123. data/test/unit/bio/appl/blast/test_report.rb +15 -12
  124. data/test/unit/bio/appl/blast/test_xmlparser.rb +4 -4
  125. data/test/unit/bio/appl/hmmer/test_report.rb +355 -0
  126. data/test/unit/bio/appl/test_blast.rb +5 -5
  127. data/test/unit/bio/data/test_na.rb +9 -18
  128. data/test/unit/bio/db/pdb/test_pdb.rb +169 -0
  129. data/test/unit/bio/db/test_aaindex.rb +197 -0
  130. data/test/unit/bio/io/test_fastacmd.rb +55 -0
  131. data/test/unit/bio/sequence/test_aa.rb +102 -0
  132. data/test/unit/bio/sequence/test_common.rb +178 -0
  133. data/test/unit/bio/sequence/test_compat.rb +82 -0
  134. data/test/unit/bio/sequence/test_na.rb +242 -0
  135. data/test/unit/bio/shell/plugin/test_seq.rb +29 -19
  136. data/test/unit/bio/test_alignment.rb +15 -7
  137. data/test/unit/bio/test_reference.rb +198 -0
  138. data/test/unit/bio/test_sequence.rb +4 -49
  139. data/test/unit/bio/test_shell.rb +2 -2
  140. metadata +118 -15
  141. data/lib/bio/io/brdb.rb +0 -103
  142. data/lib/bioruby.rb +0 -34
@@ -1,12 +1,15 @@
1
1
  =begin
2
2
 
3
- $Id: Tutorial.rd,v 1.9 2005/11/01 04:31:48 nakao Exp $
3
+ See the document in the CVS repository ./doc/((<Tutorial.rd|URL:http://cvs.open-bio.org/cgi-bin/viewcvs/viewcvs.cgi/*checkout*/bioruby/doc/Tutorial.rd?rev=HEAD&cvsroot=bioruby&content-type=text/plain>)) - for a potentially more up-to-date edition. This one was updated:
4
4
 
5
- Copyright (C) 2001-2003 KATAYAMA Toshiaki <k@bioruby.org>
5
+ $Id: Tutorial.rd,v 1.12 2006/02/17 14:59:26 pjotr Exp $
6
6
 
7
7
  Translated into English: Naohisa Goto <ng@bioruby.org>
8
8
 
9
- Edited by: PjotrPrins
9
+ Editor: PjotrPrins <p@bioruby.org>
10
+
11
+ Copyright (C) 2001-2003 KATAYAMA Toshiaki <k@bioruby.org>, 2005-2006 all
12
+ others
10
13
 
11
14
  NOTE: This page is a work in progress at this point
12
15
 
@@ -114,16 +117,19 @@ Please take note that the Ruby's string's are base 0 - i.e. the first letter
114
117
  has index 0, for example:
115
118
 
116
119
  s = 'abc'
117
- puts s[0..0]
120
+ puts s[0].chr
118
121
 
119
122
  >a
120
123
 
121
- So when using String methods, you should subtract 1 from positions
122
- conventionally used in biology. (subseq method returns nil if you
123
- specify positions smaller than or equal to 0 for either one of the
124
- "from" or "to".)
124
+ puts s[0..1]
125
+
126
+ >ab
125
127
 
126
- (EDITOR'S NOTE: should 'subseq' not throw an exception instead?)
128
+
129
+ So when using String methods, you should subtract 1 from positions
130
+ conventionally used in biology. (subseq method will throw an exception if you
131
+ specify positions smaller than or equal to 0 for either one of the "from" or
132
+ "to".)
127
133
 
128
134
  The window_search(window_size, step_size) method shows a typical Ruby
129
135
  way of writing concise and clear code using 'closures'. Each sliding
@@ -394,6 +400,9 @@ database class?
394
400
  p entry.seq # sequence data of the entry
395
401
  end
396
402
 
403
+ An example that can take any input, filter using a regular expression to output
404
+ to a FASTA file can be found in sample/any2fasta.rb.
405
+
397
406
  Other methods to extract specific data from database objects can be
398
407
  different between databases, though some methods are common (see the
399
408
  guidelines for common methods as described in bio/db.rb).
@@ -1,8 +1,9 @@
1
1
  =begin
2
2
 
3
- $Id: Tutorial.rd.ja,v 1.19 2006/01/16 15:23:11 k Exp $
3
+ $Id: Tutorial.rd.ja,v 1.20 2006/02/27 09:12:18 k Exp $
4
4
 
5
- Copyright (C) 2001-2003, 2005 KATAYAMA Toshiaki <k@bioruby.org>
5
+ Copyright (C) 2001-2003, 2005, 2006 Toshiaki Katayama <k@bioruby.org>
6
+ Copyright (C) 2005, 2006 Naohisa Goto <ng@bioruby.org>
6
7
 
7
8
  = BioRuby �λȤ���
8
9
 
@@ -12,7 +13,7 @@ BioRuby
12
13
  Ruby ����� Perl ����椺��ζ��Ϥʥƥ����Ƚ����ȡ�
13
14
  ����ץ��ʬ����䤹��ʸˡ�����ꥢ�ʥ��֥������Ȼظ���ǽ�ˤ�ꡢ
14
15
  �����Ȥ���褦�ˤʤ�ޤ�����Ruby �ˤĤ��ƾܤ����ϡ������֥�����
15
- http://www.ruby-lang.org/ ����Τν������򻲾Ȥ��Ƥ���������
16
+ ((<URL:http://www.ruby-lang.org/>)) ����Τν������򻲾Ȥ��Ƥ���������
16
17
 
17
18
  == �Ϥ����
18
19
 
@@ -22,12 +23,12 @@ BioRuby
22
23
 
23
24
  Ruby �� Mac OS X ��Ƕ�� UNIX �ˤ��̾磻�󥹥ȡ��뤵��Ƥ��ޤ���
24
25
  Windows �ξ��⣱����å����󥹥ȡ���� ActiveScriptRuby �ʤɤ�
25
- �Ѱդ���Ƥ��ޤ������Ĥ���ʤ�����
26
+ �Ѱդ���Ƥ��ޤ����ޤ����󥹥ȡ��뤵��Ƥ��ʤ�����
26
27
 
27
- http://jp.rubyist.net/magazine/?0002-FirstProgramming
28
- http://jp.rubyist.net/magazine/?FirstStepRuby
28
+ * ((<URL:http://jp.rubyist.net/magazine/?0002-FirstProgramming>))
29
+ * ((<URL:http://jp.rubyist.net/magazine/?FirstStepRuby>))
29
30
 
30
- �ʤɤ򻲾Ȥ��ƥ��󥹥ȡ��뤷�ޤ��礦��
31
+ �ʤɤ򻲹ͤˤ��ƥ��󥹥ȡ��뤷�ޤ��礦��
31
32
 
32
33
  ���ʤ��Υ���ԥ塼���ˤɤΥС������� Ruby �����󥹥ȡ��뤵��Ƥ��뤫��
33
34
  �����å�����ˤ�
@@ -64,10 +65,10 @@ RubyGems
64
65
 
65
66
  === BioRuby �Υ��󥹥ȡ���
66
67
 
67
- BioRuby �Υ��󥹥ȡ�����ˡ�� http://bioruby.org/archive/ ����
68
- �ǿ��Ǥ�������ưʲ��Τ褦�˹Ԥ��ޤ����ܤ�����Ʊ������Ƥ���
69
- README �ե�����򻲾Ȥ���ĺ�������ΤǤ����������������
70
- BioPerl ����٤� BioRuby �Υ��󥹥ȡ���Ϥ����˽����ޤ���
68
+ BioRuby �Υ��󥹥ȡ�����ˡ�� ((<URL:http://bioruby.org/archive/>)) ����
69
+ �ǿ��Ǥ�������ưʲ��Τ褦�˹Ԥ��ޤ���Ʊ������Ƥ��� README �ե�����ˤ�
70
+ �ܤ��̤���ĺ�������ΤǤ���������ʤ��ȣ���������ˤʤ� BioPerl ����٤�
71
+ BioRuby �Υ��󥹥ȡ���Ϥ����˽����Ϥ��Ǥ���
71
72
 
72
73
  % wget http://bioruby.org/archive/bioruby-x.x.x.tar.gz
73
74
  % tar zxvf bioruby-x.x.x.tar.gz
@@ -80,9 +81,7 @@ RubyGems
80
81
 
81
82
  % gem install bio
82
83
 
83
- �����ǥ��󥹥ȡ���Ǥ��ޤ���
84
-
85
- ���Τ��� README �˽񤫤�Ƥ���褦��
84
+ �����ǥ��󥹥ȡ���Ǥ��ޤ������Τ��� README �ե�����˽񤫤�Ƥ���褦��
86
85
 
87
86
  bioruby-x.x.x/etc/bioinformatics/seqdatabase.ini
88
87
 
@@ -96,8 +95,8 @@ RubyGems
96
95
  % mkdir ~/.bioinformatics
97
96
  % cp bioruby-x.x.x/etc/bioinformatics/seqdatabase.ini ~/.bioinformatics
98
97
 
99
- �ޤ���Emacs ���ǥ�����Ȥ��ҤȤ� Ruby �Υ�������Ʊ������Ƥ���
100
- ruby-mode.el �򥤥󥹥ȡ��뤷�Ƥ����Ȥ褤�Ǥ��礦��
98
+ �ޤ���Emacs ���ǥ�����Ȥ��ͤ� Ruby �Υ�������Ʊ������Ƥ���
99
+ misc/ruby-mode.el �򥤥󥹥ȡ��뤷�Ƥ����Ȥ褤�Ǥ��礦��
101
100
 
102
101
  % mkdir -p ~/lib/lisp/ruby
103
102
  % cp ruby-x.x.x/misc/ruby-mode.el ~/lib/lisp/ruby
@@ -116,16 +115,49 @@ ruby-mode.el
116
115
  == BioRuby ������
117
116
 
118
117
  BioRuby �С������ 0.7 �ʹߤǤϡ���ñ������ BioRuby �ȶ��˥��󥹥ȡ��뤵���
119
- bioruby ���ޥ�ɤǹԤ����Ȥ��Ǥ��ޤ���
118
+ bioruby ���ޥ�ɤǹԤ����Ȥ��Ǥ��ޤ���bioruby ���ޥ�ɤ� Ruby ����¢����Ƥ���
119
+ ���󥿥饯�ƥ��֥����� irb �����Ѥ��Ƥ��ꡢRuby �� BioRuby �ˤǤ��뤳�Ȥ�����
120
+ ��ͳ�˼¹Ԥ��뤳�Ȥ��Ǥ��ޤ���
121
+
122
+ % bioruby project1
123
+
124
+ �����ǻ��ꤷ��̾���Υǥ��쥯�ȥ꤬�������졢������Dz��Ϥ�Ԥ��ޤ���
125
+ �嵭����ξ�� project1 �Ȥ����ǥ��쥯�ȥ꤬�������졢����˰ʲ���
126
+ ���֥ǥ��쥯�ȥ��ե����뤬����ޤ���
127
+
128
+ data/ �桼���β��ϥե�������֤����
129
+ plugin/ ɬ�פ˱������ɲäΥץ饰������֤����
130
+ session/ ����䥪�֥������ȡ��ҥ��ȥ�ʤɤ���¸�������
131
+ session/config �桼�����������¸�����ե�����
132
+ session/history �桼�������Ϥ������ޥ�ɤΥҥ��ȥ����¸�����ե�����
133
+ session/object ��³�����줿���֥������Ȥγ�Ǽ�ե�����
134
+
135
+ ���Τ�����data �ǥ��쥯�ȥ�ϥ桼������ͳ�˽񤭴����ƹ����ޤ���
136
+ �ޤ���session/history �ե�����򸫤�ȡ����ĤɤΤ褦������Ԥä�����
137
+ ��ǧ���뤳�Ȥ��Ǥ��ޤ���
138
+
139
+ �����ܰʹߤϡ�����Ʊ�ͤ�
120
140
 
141
+ % bioruby project1
142
+
143
+ �Ȥ��Ƶ�ư���Ƥ⹽���ޤ��󤷡��������줿�ǥ��쥯�ȥ�˰�ư����
144
+
145
+ % cd project1
121
146
  % bioruby
122
147
 
123
- bioruby ���ޥ�ɤ� Ruby �ˤĤ��Ƥ��륤�󥿥饯�ƥ��֥����� irb ��
124
- ���Ѥ��Ƥ��ޤ��Τǡ�Ruby �ˤǤ��뤳�Ȥ����Ƽ�ͳ�˼¹Ԥ��뤳�Ȥ��Ǥ��ޤ���
148
+ �Τ褦�˰����ʤ��ǵ�ư���뤳�Ȥ�Ǥ��ޤ���
149
+
150
+ ����¾��script ���ޥ�ɤǺ�������륹����ץȥե�����䡢
151
+ web ���ޥ�ɤǺ�������� Rails �Τ��������ե�����ʤɤ�����ޤ�����
152
+ �����ˤĤ��Ƥ�ɬ�פ˱����Ƹ�Ҥ��ޤ���
153
+
154
+ BioRuby ������Ǥϥǥե���ȤǤ����Ĥ��������ʥ饤�֥����ɤ߹���Ǥ��ޤ���
155
+ �㤨�� readline �饤�֥�꤬�Ȥ���Ķ��Ǥ� Tab �����ǥ᥽�å�̾���ѿ�̾��
156
+ �䴰�����Ϥ��Ǥ���open-uri, pp, yaml �ʤɤ�ǽ餫���ɤ߹��ޤ�Ƥ��ޤ���
125
157
 
126
158
  === ����, ���ߥλ����������
127
159
 
128
- --- seq
160
+ --- seq(str)
129
161
 
130
162
  seq ���ޥ�ɤ�Ȥä�ʸ���󤫤��������䥢�ߥλ�������뤳�Ȥ��Ǥ��ޤ���
131
163
  ����ȥ��ߥλ��� ATGC �δ��̤� 90% �ʾ夫�ɤ����Ǽ�ưȽ�ꤵ��ޤ���
@@ -138,9 +170,9 @@ seq
138
170
  bioruby> puts dna
139
171
  atgcatgcaaaa
140
172
 
141
- �긵�ˤ���ե����뤫����������뤳�Ȥ�Ǥ��ޤ���
142
- GenBank, EMBL, UniProt, FAST �ʤɼ��פ�����ե����ޥåȤϼ�ưȽ�̤���ޤ�
143
- �ʳ�ĥ�ҤʤɤΥե�����̾�ǤϤʤ�����ȥ����Ȥ�Ƚ�ꤵ��ޤ��ˡ�
173
+ �ե�����̾�������Ϳ����ȼ긵�ˤ���ե����뤫����������뤳�Ȥ�Ǥ��ޤ���
174
+ GenBank, EMBL, UniProt, FASTA �ʤɼ��פ�����ե����ޥåȤϼ�ưȽ�̤���ޤ�
175
+ �ʳ�ĥ�ҤʤɤΥե�����̾�ǤϤʤ�����ȥ����Ȥ�Ƚ�ꤷ�ޤ��ˡ�
144
176
  �ʲ��� UniProt �ե����ޥåȤΥ���ȥ��ե����뤫���ɤ߹���Ǥ��ޤ���
145
177
  ������ˡ�Ǥϡ�ʣ���Υ���ȥ꤬������ǽ�Υ���ȥ�������ɤ߹��ޤ�ޤ���
146
178
 
@@ -158,12 +190,13 @@ GenBank, EMBL, UniProt, FAST
158
190
  �ɤ��Υǡ����١�������ɤΤ褦����ˡ�ǥ���ȥ��������뤫�ϡ�BioPerl
159
191
  �ʤɤȶ��̤� OBDA ����ե����� ~/.bioinformatics/seqdatabase.ini
160
192
  ���Ѥ��ƥǡ����١������Ȥ˻��ꤹ�뤳�Ȥ��Ǥ��ޤ��ʸ�ҡˡ�
193
+ �ޤ���EMBOSS �� seqret ���ޥ�ɤˤ����������ˤ��б����Ƥ��ޤ��Τǡ�
194
+ EMBOSS �� USA ɽ���Ǥ⥨��ȥ������Ǥ��ޤ���EMBOSS �Υޥ˥奢��򻲾Ȥ�
195
+ ~/.embossrc ��Ŭ�ڤ����ꤷ�Ƥ���������
161
196
 
162
197
  �ɤ���ˡ�Ǽ����������⡢seq ���ޥ�ɤˤ�ä��֤��������ϡ�
163
- �Х�������ե��ޥƥ������Ǥ�äȤ���äȤʤ�ǡ����Ǥ���
164
- DNA ����䥢�ߥλ�����򤢤Ĥ��� Bio::Sequence ���饹�Υ��֥������Ȥǡ�
165
- DNA ����Τ���� Bio::Sequence::NA ���饹��
166
- ���ߥλ�����Τ���� Bio::sequence::AA ���饹�Τɤ��餫�ˤʤ�ޤ���
198
+ DNA ����Τ���� Bio::Sequence::NA ���饹�������ߥλ�����Τ����
199
+ Bio::sequence::AA ���饹�Τɤ��餫�Υ��֥������Ȥˤʤ�ޤ���
167
200
 
168
201
  ���󤬤ɤ���Υ��饹��°���뤫�� Ruby �� class �᥽�åɤ��Ѥ���
169
202
 
@@ -180,10 +213,10 @@ to_naseq, to_aaseq
180
213
  bioruby> p pep.class
181
214
  Bio::Sequence::AA
182
215
 
183
- �����Υ��饹�� Ruby ��ʸ���󥯥饹�Ǥ��� String ��Ѿ����Ƥ��ޤ��Τǡ�
184
- length ��Ĺ����Ĵ�٤��ꡢ+ ��­����碌���ꡢ* �Ƿ����֤�����ʤɡ�
185
- Ruby ��ʸ������Ф��ƹԤ����������Ʊ�������䥢�ߥλ�������Ф��Ƥ��ǽ�Ǥ���
186
- ����ϥ��֥������Ȼظ��ζ��Ϥ�¦�̤ΰ�ĤǤ���
216
+ ��������䥢�ߥλ�����Υ��饹�� Ruby ��ʸ���󥯥饹�Ǥ��� String ��
217
+ �Ѿ����Ƥ��ޤ��Τǡ�length ��Ĺ����Ĵ�٤��ꡢ+ ��­����碌���ꡢ* ��
218
+ �����֤�����ʤɡ�Ruby ��ʸ������Ф��ƹԤ��������������Ѳ�ǽ�Ǥ���
219
+ ���Τ褦����ħ�ϥ��֥������Ȼظ��ζ��Ϥ�¦�̤ΰ�Ĥȸ�����Ǥ��礦��
187
220
 
188
221
  bioruby> puts dna.length
189
222
  12
@@ -194,14 +227,14 @@ Ruby
194
227
  bioruby> puts dna * 5
195
228
  atgcatgcaaaaatgcatgcaaaaatgcatgcaaaaatgcatgcaaaaatgcatgcaaaa
196
229
 
197
- --- complement
230
+ :complement
198
231
 
199
232
  ������������亿���������ˤϱ�������� complement �᥽�åɤ�ƤӤޤ���
200
233
 
201
234
  bioruby> puts dna.complement
202
235
  ttttgcatgcat
203
236
 
204
- --- translate
237
+ :translate
205
238
 
206
239
  ��������򥢥ߥλ��������������ˤ� translate �᥽�åɤ�Ȥ��ޤ���
207
240
  �������줿���ߥλ������ pep �Ȥ����ѿ����������Ƥߤޤ���
@@ -219,7 +252,7 @@ Ruby
219
252
 
220
253
  �ʤɤȤ��ޤ���
221
254
 
222
- --- molecular_weight
255
+ :molecular_weight
223
256
 
224
257
  ʬ���̤� molecular_weight �᥽�åɤ�ɽ������ޤ���
225
258
 
@@ -299,7 +332,7 @@ seqstat
299
332
  Protein weight : 485.605
300
333
  //
301
334
 
302
- --- composition
335
+ :composition
303
336
 
304
337
  seqstat �����ɽ������Ƥ��������� composition �᥽�åɤ����뤳�Ȥ��Ǥ��ޤ���
305
338
  ��̤�ʸ����ǤϤʤ� Hash ���֤����Τǡ��Ȥꤢ����ɽ�����Ƥߤ���ˤ�
@@ -308,11 +341,11 @@ puts
308
341
  bioruby> p dna.composition
309
342
  {"a"=>6, "c"=>2, "g"=>2, "t"=>2}
310
343
 
311
- === �������󡢥��ߥλ�����Τ���¾�Υ᥽�å�
344
+ ==== �������󡢥��ߥλ�����Τ���¾�Υ᥽�å�
312
345
 
313
346
  ¾�ˤ�������󡢥��ߥλ�������Ф��ƹԤ������Ͽ����Ȥ���ޤ���
314
347
 
315
- --- subseq(from, to)
348
+ :subseq(from, to)
316
349
 
317
350
  ��ʬ�������Ф��ˤ� subseq �᥽�åɤ�Ȥ��ޤ���
318
351
 
@@ -328,7 +361,7 @@ subseq
328
361
  Ruby �� String ���饹������ slice �᥽�å� str[] ��Ŭ���Ȥ�ʬ�����
329
362
  �褤�Ǥ��礦��
330
363
 
331
- --- window_search(len, step)
364
+ :window_search(len, step)
332
365
 
333
366
  window_search �᥽�åɤ�Ȥ���Ĺ���������ʬ������η����֤���
334
367
  ��ñ�˹Ԥ����Ȥ��Ǥ��ޤ���DNA ����򥳥ɥ���˽��������硢
@@ -354,12 +387,12 @@ window_search
354
387
 
355
388
  bioruby> i = 1
356
389
  bioruby> remainder = seq.window_search(11000, 10000) do |subseq|
357
- bioruby> puts subseq.to_fasta("segment #{i*10000}", 60)
358
- bioruby> i += 1
359
- bioruby> end
390
+ bioruby+ puts subseq.to_fasta("segment #{i*10000}", 60)
391
+ bioruby+ i += 1
392
+ bioruby+ end
360
393
  bioruby> puts remainder.to_fasta("segment #{i*10000}", 60)
361
394
 
362
- --- splicing(position)
395
+ :splicing(position)
363
396
 
364
397
  ��������� GenBank ���� position ʸ����ˤ���ڤ�Ф��� splicing
365
398
  �᥽�åɤǹԤ��ޤ���
@@ -369,17 +402,17 @@ window_search
369
402
  bioruby> puts dna.splicing("join(1..3,7..9)")
370
403
  atggca
371
404
 
372
- --- randomize
405
+ :randomize
373
406
 
374
407
  randomize �᥽�åɤϡ��������������¸�����ޤޥ�����������������ޤ���
375
408
 
376
409
  bioruby> puts dna.randomize
377
410
  agcaatagatac
378
411
 
379
- --- to_re
412
+ :to_re
380
413
 
381
- to_re �᥽�åɤϡ���������� atgc �����Υѥ����󤫤�ʤ�����ɽ����
382
- �Ѵ����ޤ���
414
+ to_re �᥽�åɤϡ�ۣ��ʱ����ɽ����ޤ��������� atgc ������
415
+ �ѥ����󤫤�ʤ�����ɽ�����Ѵ����ޤ���
383
416
 
384
417
  bioruby> ambiguous = seq("atgcyatgcatgcatgc")
385
418
 
@@ -400,7 +433,7 @@ seq
400
433
  bioruby> puts s.to_re
401
434
  (?-mix:atgc[ag][tc][at][gc][tg][ac][tgc][agc][atc][atg][atgc])
402
435
 
403
- --- names
436
+ :names
404
437
 
405
438
  ���ޤ�Ȥ����ȤϤ���ޤ��󤬡���������̾�䥢�ߥλ�̾���Ѵ�����
406
439
  �᥽�åɤǤ���
@@ -412,21 +445,21 @@ seq
412
445
  bioruby> p pep.names
413
446
  ["methionine", "histidine", "alanine", "lysine"]
414
447
 
415
- --- codes
448
+ :codes
416
449
 
417
450
  ���ߥλ������ʸ�������ɤ��Ѵ����� names �Ȼ����᥽�åɤǤ���
418
451
 
419
452
  bioruby> p pep.codes
420
453
  ["Met", "His", "Ala", "Lys"]
421
454
 
422
- --- gc_percent
455
+ :gc_percent
423
456
 
424
457
  ��������� GC ���̤� gc_percent �᥽�åɤ������ޤ���
425
458
 
426
459
  bioruby> p dna.gc_percent
427
460
  33
428
461
 
429
- --- to_fasta
462
+ :to_fasta
430
463
 
431
464
  FASTA �ե����ޥåȤ��Ѵ�����ˤ� to_fasta �᥽�åɤ�Ȥ��ޤ���
432
465
 
@@ -535,7 +568,7 @@ codontables, codontable
535
568
  bioruby> puts ct[3]
536
569
  Yeast Mitochondorial
537
570
 
538
- --- codontable
571
+ --- codontable(num)
539
572
 
540
573
  ���ɥ�ɽ���Τ� codontable ���ޥ�ɤ�ɽ���Ǥ��ޤ���
541
574
 
@@ -580,21 +613,29 @@ codontables, codontable
580
613
  bioruby> p ct["atg"]
581
614
  "M"
582
615
 
616
+ :definition
617
+
583
618
  ���ɥ�ɽ�����������
584
619
 
585
620
  bioruby> puts ct.definition
586
621
  Vertebrate Mitochondrial
587
622
 
623
+ :start
624
+
588
625
  ���ϥ��ɥ����
589
626
 
590
627
  bioruby> p ct.start
591
628
  ["att", "atc", "ata", "atg", "gtg"]
592
629
 
630
+ :stop
631
+
593
632
  ���ߥ��ɥ����
594
633
 
595
634
  bioruby> p ct.stop
596
635
  ["taa", "tag", "aga", "agg"]
597
636
 
637
+ :revtrans
638
+
598
639
  ���ߥλ��򥳡��ɤ��륳�ɥ��Ĵ�٤�
599
640
 
600
641
  bioruby> p ct.revtrans("V")
@@ -603,16 +644,18 @@ codontables, codontable
603
644
  === �ե�åȥե�����Υ���ȥ�
604
645
 
605
646
  �ǡ����١����Υ���ȥ�ȡ��ե�åȥե����뤽�Τ�Τ򰷤���ˡ��Ҳ𤷤ޤ���
606
- GenBank �ǡ����١�������ǥե������Υ���ȥ꤬�ޤޤ�� gbphg.seq ��
647
+ GenBank �ǡ����١�������Ǥϡ��ե������Υ���ȥ꤬�ޤޤ�� gbphg.seq ��
607
648
  �ե����륵�������������Τǡ����Υե��������Ȥ��ƻȤ��ޤ���
608
649
 
609
650
  % wget ftp://ftp.hgc.jp/pub/mirror/ncbi/genbank/gbphg.seq.gz
610
651
  % gunzip gbphg.seq.gz
611
652
 
612
- --- ent
653
+ --- ent(str)
613
654
 
614
655
  seq ���ޥ�ɤ������������ޤ���������������Ǥʤ�����ȥ����Τ��������ˤ�
615
- ent ���ޥ�ɤ�Ȥ��ޤ���
656
+ ent ���ޥ�ɤ�Ȥ��ޤ���seq ���ޥ��Ʊ�͡�ent ���ޥ�ɤǤ� OBDA, EMBOSS,
657
+ KEGG API �Υǡ����١��������Ѳ�ǽ�Ǥ�������ˤĤ��Ƥ� seq ���ޥ�ɤ�������
658
+ ���Ȥ��Ƥ���������
616
659
 
617
660
  bioruby> entry = ent("genbank:AB044425")
618
661
  bioruby> puts entry
@@ -622,11 +665,11 @@ ent
622
665
  strain:NIES-732.
623
666
  (ά)
624
667
 
625
- ent ���ޥ�ɤΥ��ץ����ˤ� db:entry_id ������ʸ���󡢥ե����롢IO ��
626
- Ϳ����졢�ǡ����١����Σ�����ȥ�ʬ��ʸ�����֤���ޤ���
627
- ������ǡ����١����μ��������ǡ����١����˸¤餺��¿���б����Ƥ��ޤ���
668
+ ent ���ޥ�ɤΰ����ˤ� db:entry_id ������ʸ����EMBOSS �� USA��
669
+ �ե����롢IO ��Ϳ����졢�ǡ����١����Σ�����ȥ�ʬ��ʸ�����֤���ޤ���
670
+ ����ǡ����١����˸¤餺����¿���Υǡ����١�������ȥ���б����Ƥ��ޤ���
628
671
 
629
- --- flatparse
672
+ --- flatparse(str)
630
673
 
631
674
  ������������ȥ��ѡ��������ߤ����ǡ�����Ȥ�����ˤ� flatparse
632
675
  ���ޥ�ɤ�Ȥ��ޤ���
@@ -641,7 +684,18 @@ ent
641
684
  acggtcagacgtttggcccgaccaccgggatgaggctgacgcaggtcagaaatctttgtgacgacaaccgtatcaat
642
685
  (ά)
643
686
 
644
- --- flatfile
687
+ --- obj(str)
688
+
689
+ obj ���ޥ�ɤϡ�ent �ǥ���ȥ��ʸ����Ȥ��Ƽ����� flatparse �ǥѡ�������
690
+ ���֥������Ȥ��Ѵ�����Τ�Ʊ���Ǥ���ent ���ޥ�ɤ�Ʊ������������դ��ޤ���
691
+ ��������������� seq������ȥ������������ ent���ѡ����������֥������Ȥ�
692
+ ����������� obj ��Ȥ����Ȥˤʤ�ޤ���
693
+
694
+ bioruby> gb = obj("gbphg.seq")
695
+ bioruby> puts gb.entry_id
696
+ AB000833
697
+
698
+ --- flatfile(file)
645
699
 
646
700
  ent ���ޥ�ɤϣ�����ȥꤷ�������ʤ����ᡢ��������Υե�����򳫤���
647
701
  �ƥ���ȥ���˽�����Ԥ��ˤ� flatfile ���ޥ�ɤ�Ȥ��ޤ���
@@ -650,7 +704,13 @@ ent
650
704
  bioruby+ # do something on entry
651
705
  bioruby+ end
652
706
 
653
- --- flatauto
707
+ �֥��å�����ꤷ�ʤ����ϡ��ե�������κǽ�Υ���ȥ��������ޤ���
708
+
709
+ bioruby> entry = flatfile("gbphg.seq")
710
+ bioruby> gb = flatparse(entry)
711
+ bioruby> puts gb.entry_id
712
+
713
+ --- flatauto(file)
654
714
 
655
715
  �ƥ���ȥ�� flatparse ��Ʊ�ͤ˥ѡ����������֤ǽ��֤˽������뤿��ˤϡ�
656
716
  flatfile ���ޥ�ɤ������ flatauto ���ޥ�ɤ�Ȥ��ޤ���
@@ -660,6 +720,12 @@ flatfile
660
720
  bioruby+ puts entry.definition
661
721
  bioruby+ end
662
722
 
723
+ flatfile Ʊ�͡��֥��å�����ꤷ�ʤ����ϡ��ե�������κǽ�Υ���ȥ��
724
+ ���������ѡ����������֥������Ȥ��֤��ޤ���
725
+
726
+ bioruby> gb = flatfile("gbphg.seq")
727
+ bioruby> puts gb.entry_id
728
+
663
729
  === �ե�åȥե�����Υ���ǥ�����
664
730
 
665
731
  EMBOSS �� dbiflat �˻�����ǽ�Ȥ��ơ�BioRuby, BioPerl �ʤɤ˶��̤� BioFlat
@@ -667,7 +733,7 @@ EMBOSS
667
733
  �������Ƥ����ȥ���ȥ�μ��Ф�����®�����ưפ˹Ԥ��ޤ���
668
734
  ����ˤ�꼫ʬ���ѤΥǡ����١������ڤ˺�뤳�Ȥ��Ǥ��ޤ���
669
735
 
670
- --- flatindex
736
+ --- flatindex(db_name, *source_file_list)
671
737
 
672
738
  GenBank �Υե�����������ե����� gbphg.seq �����äƤ��륨��ȥ���Ф���
673
739
  mydb �Ȥ����ǡ����١���̾�ǥ���ǥå�����������ޤ���
@@ -675,7 +741,7 @@ mydb
675
741
  bioruby> flatindex("mydb", "gbphg.seq")
676
742
  Creating BioFlat index (.bioruby/bioflat/mydb) ... done
677
743
 
678
- --- flatsearch
744
+ --- flatsearch(db_name, entry_id)
679
745
 
680
746
  �������� mydb �ǡ����١������饨��ȥ��Ȥ�Ф��ˤ� flatsearch ���ޥ�ɤ�
681
747
  �Ȥ��ޤ���
@@ -722,7 +788,7 @@ FASTA
722
788
  GenBank, UniProt �ʤ�¿���μ��פ�����ǡ����١����Ǥ�
723
789
  �ե�����̾����ꤹ������� FASTA �ե����ޥåȤ��Ѵ��Ǥ��ޤ���
724
790
 
725
- --- flatfasta
791
+ --- flatfasta(fasta_file, *source_file_list)
726
792
 
727
793
  ���ϥǡ����١����Υե�����̾�Υꥹ�Ȥ��顢���ꤷ�� FASTA �ե����ޥåȤ�
728
794
  �ե�������������륳�ޥ�ɤǤ��������ǤϤ����Ĥ��� GenBank �Υե������
@@ -818,7 +884,7 @@ binfo
818
884
  Last update: 05/10/25
819
885
  <dbget> <fasta> <blast>
820
886
 
821
- --- bfind
887
+ --- bfind(keyword)
822
888
 
823
889
  bfind ���ޥ�ɤǥǡ����١������Ф��륭����ɥ�������Ԥ����Ȥ��Ǥ��ޤ���
824
890
  �ǡ����١���̾�ȸ���������������ɤ�ʸ������Ϥ��ޤ���
@@ -829,7 +895,7 @@ bfind
829
895
  gb:BD177379 [BD177379] A monoclonal antibody recognizing ebola virus.
830
896
  (ά)
831
897
 
832
- --- bget
898
+ --- bget(entry_id)
833
899
 
834
900
  bget ���ޥ�ɤǻ��ꤷ�� db:entry_id �Υǡ����١�������ȥ������Ǥ��ޤ���
835
901
 
@@ -850,25 +916,23 @@ bget
850
916
  bioruby> p seq.translate
851
917
  bioruby> script
852
918
  -- >8 -- >8 -- >8 -- Script -- >8 -- >8 -- >8 --
853
- Saving script (.bioruby/script.rb) ... done
919
+ Saving script (script.rb) ... done
854
920
 
855
- �������줿 .bioruby/script.rb �ϰʲ��Τ褦�ˤʤ�ޤ���
921
+ �������줿 script.rb �ϰʲ��Τ褦�ˤʤ�ޤ���
856
922
 
857
- #!/usr/bin/env ruby
858
-
859
- require 'bioruby'
923
+ #!/usr/bin/env bioruby
860
924
 
861
925
  seq = seq("gbphg.seq")
862
926
  p seq
863
927
  p seq.translate
864
928
 
865
- ���Υ�����ץȤ� ruby �Ǽ¹Ԥ��뤳�Ȥ��Ǥ��ޤ���
929
+ ���Υ�����ץȤ� bioruby ���ޥ�ɤǼ¹Ԥ��뤳�Ȥ��Ǥ��ޤ���
866
930
 
867
- % ruby .bioruby/script.rb
931
+ % bioruby script.rb
868
932
 
869
933
  === �ʰץ����뵡ǽ
870
934
 
871
- --- cd
935
+ --- cd(dir)
872
936
 
873
937
  �����ȥǥ��쥯�ȥ���ѹ����ޤ���
874
938
 
@@ -899,9 +963,14 @@ bget
899
963
  100644 Sat Oct 15 03:01:00 JST 2005 42599518 "gbphg.seq"
900
964
  (ά)
901
965
 
902
- --- head
966
+ bioruby> dir "gbphg.seq"
967
+ UGO Date Byte File
968
+ ------ ---------------------------- ----------- ------------
969
+ 100644 Sat Oct 15 03:01:00 JST 2005 42599518 "gbphg.seq"
970
+
971
+ --- head(file, lines = 10)
903
972
 
904
- �ƥ����ȥե��������Ƭ��ɽ�����ޤ���
973
+ �ƥ����ȥե�����䥪�֥������Ȥ���Ƭ 10 �Ԥ�ɽ�����ޤ���
905
974
 
906
975
  bioruby> head "gbphg.seq"
907
976
  GBPHG.SEQ Genetic Sequence Data Bank
@@ -926,12 +995,14 @@ bget
926
995
  GBPHG.SEQ Genetic Sequence Data Bank
927
996
  October 15 2005
928
997
 
929
- --- less
998
+ --- disp(obj)
930
999
 
931
- �ƥ����ȥե������ PAGER ��ɽ�����ޤ��������ǻ��Ѥ���ڡ����㡼��
932
- pager ���ޥ�ɤ��ѹ����뤳�Ȥ��Ǥ��ޤ��ʸ�ҡˡ�
1000
+ �ƥ����ȥե�����䥪�֥������Ȥ���Ȥ�ڡ����㡼��ɽ�����ޤ���
1001
+ �����ǻ��Ѥ���ڡ����㡼�� pager ���ޥ�ɤ��ѹ����뤳�Ȥ��Ǥ��ޤ��ʸ�ҡˡ�
933
1002
 
934
- bioruby> less "gbphg.seq"
1003
+ bioruby> disp "gbphg.seq"
1004
+ bioruby> disp entry
1005
+ bioruby> disp [1, 2, 3] * 4
935
1006
 
936
1007
  === �ѿ�
937
1008
 
@@ -945,7 +1016,7 @@ pager
945
1016
  bioruby> a = 123
946
1017
  ["a", "entry", "seq"]
947
1018
 
948
- --- rm
1019
+ --- rm(symbol)
949
1020
 
950
1021
  �ѿ���õ�ޤ���
951
1022
 
@@ -954,18 +1025,18 @@ pager
954
1025
  bioruby> ls
955
1026
  ["entry", "seq"]
956
1027
 
957
- --- savefile
1028
+ --- savefile(filename, object)
958
1029
 
959
1030
  �ѿ�����¸����Ƥ������Ƥ�ƥ����ȥե��������¸���ޤ���
960
1031
 
961
1032
  bioruby> savefile "testfile.txt", entry
962
1033
  Saving data (testfile.txt) ... done
963
1034
 
964
- bioruby> less "testfile.txt"
1035
+ bioruby> disp "testfile.txt"
965
1036
 
966
1037
  === �Ƽ�����
967
1038
 
968
- ��³���λ��ȤߤȤ��� BioRuby �����뽪λ���� .bioruby �ǥ��쥯�ȥ����
1039
+ ��³���λ��ȤߤȤ��� BioRuby �����뽪λ���� session �ǥ��쥯�ȥ����
969
1040
  �ҥ��ȥꡢ���֥������ȡ��Ŀͤ����꤬��¸���졢����ư���˼�ưŪ��
970
1041
  �ɤ߹��ޤ�ޤ���
971
1042
 
@@ -982,7 +1053,7 @@ BioRuby
982
1053
 
983
1054
  echo ɽ�����뤫�ɤ������ڤ��ؤ��ޤ���on �ξ��ϡ�puts �� p �ʤɤ�
984
1055
  �Ĥ��ʤ��Ƥ�ɾ�������ͤ����̤�ɽ������ޤ���
985
- irb �ξ��Ͻ�����꤬ on �ˤʤäƤ��ޤ�����bioruby ���ޥ�ɤǤ�
1056
+ irb ���ޥ�ɤξ��Ͻ�����꤬ on �ˤʤäƤ��ޤ�����bioruby ���ޥ�ɤǤ�
986
1057
  Ĺ������䥨��ȥ�ʤ�Ĺ���ʸ����򰷤����Ȥ�¿�����ᡢ�������Ǥ�
987
1058
  off �ˤ��Ƥ��ޤ���
988
1059
 
@@ -993,7 +1064,7 @@ off
993
1064
  bioruby> config :echo
994
1065
  Echo off
995
1066
 
996
- ���ɥ�ɽ�ʤɤDz�ǽ�ʾ��˥��顼ɽ�����뤫�ɤ������ڤ��ؤ��ޤ���
1067
+ ���ɥ�ɽ�ʤɡ���ǽ�ʾ��˥��顼ɽ�����뤫�ɤ������ڤ��ؤ��ޤ���
997
1068
  ���顼ɽ���ξ�硢�ץ���ץȤˤ⿧���Ĥ��ޤ��Τ�Ƚ�̤Ǥ��ޤ���
998
1069
 
999
1070
  bioruby> config :color
@@ -1006,21 +1077,74 @@ off
1006
1077
  bioruby> codontable
1007
1078
  (���ʤ�)
1008
1079
 
1009
- --- pager
1080
+ BioRuby �����뵯ư����ɽ������륹�ץ�å����å�������㤦ʸ�����
1081
+ �ѹ����ޤ������β��ϥץ����������ѤΥǥ��쥯�ȥ꤫����ꤷ�Ƥ����Τ�
1082
+ �褤�Ǥ��礦��
1083
+
1084
+ bioruby> config :message, "Kumamushi genome project"
1085
+
1086
+ K u m a m u s h i g e n o m e p r o j e c t
1087
+
1088
+ Version : BioRuby 0.8.0 / Ruby 1.8.4
1089
+
1090
+ �ǥե���Ȥ�ʸ������᤹�ˤϡ������ʤ��Ǽ¹Ԥ��ޤ���
1091
+
1092
+ bioruby> config :message
1093
+
1094
+ BioRuby �����뵯ư����ɽ������륹�ץ�å����å��ݥ���
1095
+ ���˥᡼�����ɽ�����뤫�ɤ������ڤ��ؤ��ޤ���
1096
+ �������¹Ԥ��뤿�Ӥ����꤬�ڤ��ؤ��ޤ���
1010
1097
 
1011
- less �ʤɤ����Ѥ��� PAGER �����ꤷ�ޤ���
1098
+ bioruby> config :splash
1099
+ Splash on
1012
1100
 
1013
- bioruby> pager "more"
1014
- Pager is set to 'more'
1101
+ --- pager(command)
1015
1102
 
1016
- PAGER ����Ѥ��ʤ�����ˤ�����ϰ����ʤ��Ǽ¹Ԥ��ޤ���
1103
+ disp ���ޥ�ɤǼºݤ����Ѥ���ڡ����㡼���ڤ��ؤ��ޤ���
1104
+
1105
+ bioruby> pager "lv"
1106
+ Pager is set to 'lv'
1107
+
1108
+ bioruby> pager "less -S"
1109
+ Pager is set to 'less -S'
1110
+
1111
+ �ڡ����㡼����Ѥ��ʤ�����ˤ�����ϰ����ʤ��Ǽ¹Ԥ��ޤ���
1017
1112
 
1018
1113
  bioruby> pager
1019
1114
  Pager is set to 'off'
1020
1115
 
1116
+ �ڡ����㡼�� off �λ��˰����ʤ��Ǽ¹Ԥ���ȴĶ��ѿ� PAGER ���ͤ����Ѥ��ޤ���
1117
+
1118
+ bioruby> pager
1119
+ Pager is set to 'less'
1120
+
1121
+ === �����ҥ�������������
1122
+
1123
+ --- doublehelix(sequence)
1124
+
1125
+ DNA ����򥢥����������Ȥ�ɽ�����륪�ޥ���ǽ������ޤ���
1126
+ Ŭ���ʱ������� seq ����������äݤ�ɽ�����Ƥߤޤ��礦��
1127
+
1128
+ bioruby> dna = seq("atgc" * 10).randomize
1129
+ bioruby> doublehelix dna
1130
+ ta
1131
+ t--a
1132
+ a---t
1133
+ a----t
1134
+ a----t
1135
+ t---a
1136
+ g--c
1137
+ cg
1138
+ gc
1139
+ a--t
1140
+ g---c
1141
+ c----g
1142
+ c----g
1143
+ (ά)
1144
+
1021
1145
  === �����Ҳ���
1022
1146
 
1023
- --- midifile
1147
+ --- midifile(midifile, sequence)
1024
1148
 
1025
1149
  DNA ����� MIDI �ե�������Ѵ����륪�ޥ���ǽ������ޤ���
1026
1150
  Ŭ���ʱ������� seq ��Ȥä��������� midifile.mid ��
@@ -1044,40 +1168,44 @@ Bio::Sequence
1044
1168
  �ֹ�� ((<URL:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Utils/wprintgc.cgi>))
1045
1169
  �򻲾ȡˡ�
1046
1170
 
1047
- #!/usr/bin/env ruby
1048
-
1049
- require 'bio'
1050
-
1051
- seq = Bio::Sequence::NA.new("atgcatgcaaaa")
1052
-
1053
- puts seq # ��������
1054
- puts seq.complement # �������� (Bio::Sequence::NA)
1055
- puts seq.subseq(3,8) # 3 �����ܤ��� 8 �����ܤޤ�
1056
-
1057
- p seq.gc_percent # GC ����� (Integer)
1058
- p seq.composition # ���������� (Hash)
1059
-
1060
- puts seq.translate # �������� (Bio::Sequence::AA)
1061
- puts seq.translate(2) # ��ʸ���ܤ������������̤ϣ������
1062
- puts seq.translate(1,9) # ���֤Υ��ɥ�ơ��֥�����
1063
-
1064
- p seq.translate.codes # ���ߥλ���ʸ�������ɤ�ɽ�� (Array)
1065
- p seq.translate.names # ���ߥλ���̾����ɽ�� (Array)
1066
- p seq.translate.composition # ���ߥλ����� (Hash)
1067
- p seq.translate.molecular_weight # ʬ���̤�׻� (Float)
1068
-
1069
- puts seq.complement.translate # �������������
1171
+ #!/usr/bin/env ruby
1172
+
1173
+ require 'bio'
1174
+
1175
+ seq = Bio::Sequence::NA.new("atgcatgcaaaa")
1176
+
1177
+ puts seq # ��������
1178
+ puts seq.complement # �������� (Bio::Sequence::NA)
1179
+ puts seq.subseq(3,8) # 3 �����ܤ��� 8 �����ܤޤ�
1180
+
1181
+ p seq.gc_percent # GC ����� (Integer)
1182
+ p seq.composition # ���������� (Hash)
1183
+
1184
+ puts seq.translate # �������� (Bio::Sequence::AA)
1185
+ puts seq.translate(2) # ��ʸ���ܤ������������̤ϣ������
1186
+ puts seq.translate(1,9) # ���֤Υ��ɥ�ơ��֥�����
1187
+
1188
+ p seq.translate.codes # ���ߥλ���ʸ�������ɤ�ɽ�� (Array)
1189
+ p seq.translate.names # ���ߥλ���̾����ɽ�� (Array)
1190
+ p seq.translate.composition # ���ߥλ����� (Hash)
1191
+ p seq.translate.molecular_weight # ʬ���̤�׻� (Float)
1192
+
1193
+ puts seq.complement.translate # �������������
1070
1194
 
1071
1195
  print, puts, p �����Ƥ���̤�ɽ�����뤿��� Ruby ɸ��᥽�åɤǤ���
1072
1196
  ���ܤȤʤ� print ����٤ơ�puts �ϲ��Ԥ�ư�ǤĤ��Ƥ���롢
1073
1197
  p ��ʸ���������ʳ��Υ��֥������Ȥ�ʹ֤����䤹���褦��ɽ�����Ƥ���롢
1074
- �Ȥ�����ħ������ޤ��Τ�Ŭ���Ȥ�ʬ���ޤ���
1198
+ �Ȥ�����ħ������ޤ��Τ�Ŭ���Ȥ�ʬ���ޤ�������ˡ�
1199
+
1200
+ require 'pp'
1201
+
1202
+ �Ȥ���лȤ���褦�ˤʤ� pp �᥽�åɤϡ�p ����ɽ�������䤹���ʤ�ޤ���
1075
1203
 
1076
1204
  ��������� Bio::Sequence::NA ���饹�Ρ����ߥλ������ Bio::Sequence::AA
1077
1205
  ���饹�Υ��֥������Ȥˤʤ�ޤ������줾�� Bio::Sequence ���饹��Ѿ���
1078
1206
  �Ƥ��뤿�ᡢ¿���Υ᥽�åɤ϶��̤Ǥ���
1079
1207
 
1080
- ����� Bio::Sequence ���饹�� Ruby �� String ���饹��Ѿ����Ƥ���Τ�
1208
+ ����� Bio::Sequence::NA, AA ���饹�� Ruby �� String ���饹��Ѿ����Ƥ���Τ�
1081
1209
  String ���饹�����ĥ᥽�åɤ�Ȥ������Ǥ��ޤ����㤨����ʬ������ڤ�Ф��ˤ�
1082
1210
  Bio::Sequence ���饹�� subseq(from,to) �᥽�åɤ�¾�ˡ�String ���饹��
1083
1211
  [] �᥽�åɤ�Ȥ����Ȥ�Ǥ��ޤ���
@@ -1092,18 +1220,68 @@ Ruby
1092
1220
  ���Τ褦�ˡ�String �Υ᥽�åɤ�Ȥ����ϡ���ʪ�ؤ����̻��Ѥ���� 1 ʸ���ܤ�
1093
1221
  1 ���ܤȤ��ƿ�������������� 1 �����ɬ�פ�����ޤ���subseq �᥽�åɤ�
1094
1222
  ����������Ǥ�äƤ��ޤ����ޤ���from, to �Τɤ��餫�Ǥ� 0 �ʲ��ξ���
1095
- nil ���֤��褦�ˤʤäƤ��ޤ��ˡ�
1223
+ �㳰��ȯ������褦�ˤʤäƤ��ޤ��ˡ�
1224
+
1225
+ �����ޤǤν����� BioRuby ������ǻ�Ȱʲ��Τ褦�ˤʤ�ޤ���
1226
+
1227
+ # ���ιԤ� seq = seq("atgcatgcaaaa") �Ǥ�褤
1228
+ bioruby> seq = Bio::Sequence::NA.new("atgcatgcaaaa")
1229
+ # �������������ɽ��
1230
+ bioruby> puts seq
1231
+ atgcatgcaaaa
1232
+ # ���������ɽ��
1233
+ bioruby> puts seq.complement
1234
+ ttttgcatgcat
1235
+ # ��ʬ�����ɽ���ʣ������ܤ��飸�����ܤޤǡ�
1236
+ bioruby> puts seq.subseq(3,8)
1237
+ gcatgc
1238
+ # ����� GC% ��ɽ��
1239
+ bioruby> p seq.gc_percent
1240
+ 33
1241
+ # �����������ɽ��
1242
+ bioruby> p seq.composition
1243
+ {"a"=>6, "c"=>2, "g"=>2, "t"=>2}
1244
+ # ���ߥλ�����ؤ�����
1245
+ bioruby> puts seq.translate
1246
+ MHAK
1247
+ # ������򳫻ϱ���Ȥ�������
1248
+ bioruby> puts seq.translate(2)
1249
+ CMQ
1250
+ # ���֤Υ��ɥ�ơ��֥����Ѥ�������
1251
+ bioruby> puts seq.translate(1,9)
1252
+ MHAN
1253
+ # �������줿���ߥλ������ʸ�������ɤ�ɽ��
1254
+ bioruby> p seq.translate.codes
1255
+ ["Met", "His", "Ala", "Lys"]
1256
+ # �������줿���ߥλ�����򥢥ߥλ���̾����ɽ��
1257
+ bioruby> p seq.translate.names
1258
+ ["methionine", "histidine", "alanine", "lysine"]
1259
+ # �������줿���ߥλ������������ɽ��
1260
+ bioruby> p seq.translate.composition
1261
+ {"K"=>1, "A"=>1, "M"=>1, "H"=>1}
1262
+ # �������줿���ߥλ������ʬ���̤�ɽ��
1263
+ bioruby> p seq.translate.molecular_weight
1264
+ 485.605
1265
+ # �������������
1266
+ bioruby> puts seq.complement.translate
1267
+ FCMH
1268
+ # ��ʬ����ʣ������ܤ��飳�����ܤޤǡ�
1269
+ bioruby> puts seq.subseq(1, 3)
1270
+ atg
1271
+ # ��ʬ����ʣ������ܤ��飳�����ܤޤǡ�
1272
+ bioruby> puts seq[0, 3]
1273
+ atg
1096
1274
 
1097
1275
  window_search(window_size, step_size) �᥽�åɤ�Ȥ��ȡ�������Ф��ƥ���
1098
1276
  ��ɥ��򤺤餷�ʤ��餽�줾�����ʬ������Ф��������Ԥ����Ȥ��Ǥ��ޤ���
1099
1277
  Ruby ����Ĺ�ΤҤȤĤǤ���֥֥��å��פˤ�äơ��֤��줾����Ф�������פ�
1100
- �ʷ餫�����Ƥ˽񤯤��Ȥ���ǽ�Ǥ����ʲ�����Ǥϡ�'s' �Ȥ����ѿ��ˤ��줾��
1278
+ �ʷ餫�����Ƥ˽񤯤��Ȥ���ǽ�Ǥ����ʲ�����Ǥϡ�subseq �Ȥ����ѿ��ˤ��줾��
1101
1279
  ��ʬ������������ʤ���֥��å��򷫤��֤��¹Ԥ��뤳�Ȥˤʤ�ޤ���
1102
1280
 
1103
1281
  * 100 ���𤴤Ȥˡ�1���𤺤Ĥ��餷�ʤ����ʿ�� GC% ��׻�����ɽ������
1104
1282
 
1105
- seq.window_search(100) do |s|
1106
- puts s.gc_percent
1283
+ seq.window_search(100) do |subseq|
1284
+ puts subseq.gc_percent
1107
1285
  end
1108
1286
 
1109
1287
  �֥��å�����Ǽ��������ʬ����⡢����Ʊ�� Bio::Sequence::NA �ޤ���
@@ -1114,8 +1292,8 @@ Bio::Sequence::AA
1114
1292
 
1115
1293
  * ���ɥ�ñ�̤Ǥ��餷�ʤ��� 15 ����� 5 �Ĵ�Υڥץ��ɤ���������ɽ������
1116
1294
 
1117
- seq.window_search(15, 3) do |s|
1118
- puts s.translate
1295
+ seq.window_search(15, 3) do |subseq|
1296
+ puts subseq.translate
1119
1297
  end
1120
1298
 
1121
1299
  �Ȥ��ä����Ȥ��Ǥ��ޤ�������˰�ư���������ʤ���ü����ʬ�����᥽�å�
@@ -1126,8 +1304,8 @@ Bio::Sequence::AA
1126
1304
  ���Ӽ�����ä�ɽ������
1127
1305
 
1128
1306
  i = 1
1129
- remainder = seq.window_search(10000, 9000) do |s|
1130
- puts s.to_fasta("segment #{i}", 60)
1307
+ remainder = seq.window_search(10000, 9000) do |subseq|
1308
+ puts subseq.to_fasta("segment #{i}", 60)
1131
1309
  i += 1
1132
1310
  end
1133
1311
  puts remainder.to_fasta("segment #{i}", 60)
@@ -1187,8 +1365,8 @@ Bio::Sequence::AA
1187
1365
 
1188
1366
  == GenBank �Υѡ��� (Bio::GenBank ���饹)
1189
1367
 
1190
- GenBank �����Υե�������Ѱդ��Ƥ��������ʤʤ���С�
1191
- ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genbank/ ���� .seq �ե���������������ɤ��ޤ�)��
1368
+ GenBank �����Υե�������Ѱդ��Ƥ��������ʼ긵�ˤʤ����ϡ�
1369
+ ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genbank/ ���� .seq �ե���������������ɤ��ޤ��ˡ�
1192
1370
 
1193
1371
  % wget ftp://ftp.hgc.jp/pub/mirror/ncbi/genbank/gbphg.seq.gz
1194
1372
  % gunzip gbphg.seq.gz
@@ -1430,12 +1608,352 @@ Bio::FlatFile.new
1430
1608
  ���Ȥ� Array �ˤ����֤��ޤ������̤Υ��饹�Ǥ�ñ������ reference �᥽�å�
1431
1609
  �����ʤ������Ĥ� Bio::Reference ���֥������Ȥ������֤����Ȥ��ä������Ǥ���
1432
1610
 
1611
+ == PDB �Υѡ��� (Bio::PDB ���饹)
1612
+
1613
+ Bio::PDB �ϡ�PDB �������ɤ߹��ि��Υ��饹�Ǥ���PDB �ǡ����١�����
1614
+ PDB, mmCIF, XML (PDBML) �Σ�����Υե����ޥåȤ��󶡤���Ƥ��ޤ�����
1615
+ �����Τ��� BioRuby ���б����Ƥ���Τ� PDB �ե����ޥåȤǤ���
1616
+
1617
+ PDB �ե����ޥåȤλ��ͤϡ��ʲ��� Protein Data Bank Contents Guide ��
1618
+ ���Ȥ��Ƥ���������
1619
+
1620
+ * ((<URL:http://www.rcsb.org/pdb/file_formats/pdb/pdbguide2.2/guide2.2_frame.html>))
1621
+
1622
+ === PDB �ǡ������ɤ߹���
1623
+
1624
+ PDB �Σ�����ȥ꤬ 1bl8.pdb �Ȥ����ե�����˳�Ǽ����Ƥ�����ϡ�
1625
+ Ruby �Υե������ɤ߹��ߵ�ǽ��Ȥä�
1626
+
1627
+ entry = File.read("1bl8.pdb")
1628
+
1629
+ �Τ褦�ˤ��뤳�Ȥǡ�����ȥ�����Ƥ�ʸ����Ȥ��� entry �Ȥ����ѿ���
1630
+ �������뤳�Ȥ��Ǥ��ޤ�������ȥ�����Ƥ�ѡ�������ˤ�
1631
+
1632
+ pdb = Bio::PDB.new(entry)
1633
+
1634
+ �Ȥ��ޤ�������ǥ���ȥ꤬ Bio::PDB ���֥������ȤȤʤꡢǤ�դΥǡ�����
1635
+ ���Ф���褦�ˤʤ�ޤ���
1636
+
1637
+ PDB �ե����ޥåȤ� Bio::FlatFile �ˤ�뼫ưǧ�����ǽ�Ǥ��������ߤ�
1638
+ ���ե������ʣ������ȥ��ޤ���ˤ��б����Ƥ��ޤ���
1639
+ Bio::FlatFile ��Ȥäƣ�����ȥ�ʬ�����ɤ߹���ˤϡ�
1640
+
1641
+ pdb = Bio::FlatFile.auto("1bl8.pdb") { |ff| ff.next_entry }
1642
+
1643
+ �Ȥ��ޤ����ɤ������ˡ�Ǥ��ѿ� pdb �ˤ�Ʊ����̤������ޤ���
1644
+
1645
+ === ���֥������Ȥγ��ع�¤
1646
+
1647
+ �� PDB ����ȥ�ϡ��ѿ�����ʸ������ʤ� ID ���դ����Ƥ��ޤ���
1648
+ Bio::PDB ���֥������Ȥ��� ID ����Ф��ˤ� entry_id �᥽�åɤ�Ȥ��ޤ���
1649
+
1650
+ p pdb.entry_id # => "1BL8"
1651
+
1652
+ ����ȥ�γ��פ˴ؤ��������б�����᥽�åɤǼ��Ф����Ȥ��Ǥ��ޤ���
1653
+
1654
+ p pdb.definition # => "POTASSIUM CHANNEL (KCSA) FROM STREPTOMYCES LIVIDANS"
1655
+ p pdb.keywords # => ["POTASSIUM CHANNEL", "INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN"]
1656
+
1657
+ ¾�ˡ���Ͽ�Ԥ�ʸ�����¸���ˡ�ʤɤξ��������Ǥ��ޤ��ʤ��줾��
1658
+ authors, jrnl, method �᥽�åɡˡ�
1659
+
1660
+ PDB �ǡ����ϡ�����Ū�ˤϣ��Ԥ����ĤΥ쥳���ɤ�������Ƥ��ޤ���
1661
+ ���Ԥ����꤭��ʤ��ǡ�����ʣ���Ԥ˳�Ǽ���� continuation �Ȥ���
1662
+ ���Ȥߤ��Ѱդ���Ƥ��ޤ��������ܤϣ��ԣ��쥳���ɤǤ���
1663
+
1664
+ �ƹԤ���Ƭ��ʸ�������ιԤΥǡ����μ���򼨤�̾���ʥ쥳���ɡˤˤʤ�ޤ���
1665
+ BioRuby �Ǥϡ�HEADER �쥳���ɤ��Ф��Ƥ� Bio::PDB::Record::HEADER ���饹��
1666
+ TITLE �쥳���ɤ��Ф��Ƥ� Bio::PDB::Record::TITLE ���饹���Ȥ����褦��
1667
+ ����Ū�ˤϳƥ쥳���ɤ��б����륯�饹�򣱤��Ѱդ��Ƥ��ޤ���
1668
+ ��������REMARK �� JRNL �쥳���ɤ˴ؤ��Ƥϡ����줾��ʣ���Υե����ޥåȤ�
1669
+ ¸�ߤ��뤿�ᡢʣ���Υ��饹���Ѱդ��Ƥ��ޤ���
1670
+
1671
+ �ƥ쥳���ɤ˥������������äȤ�ñ�����ˡ�� record �᥽�åɤǤ���
1672
+
1673
+ pdb.record("HELIX")
1674
+
1675
+ �Τ褦�ˤ���ȡ����� PDB ����ȥ�˴ޤޤ�����Ƥ� HELIX �쥳���ɤ�
1676
+ Bio::PDB::Record::HELIX ���饹�Υ��֥������Ȥ�����Ȥ��Ƽ����Ǥ��ޤ���
1677
+
1678
+ ���Τ��Ȥ�դޤ����ʲ��Ǥϡ�PDB ����ȥ�Υᥤ������ƤǤ���Ω�ι�¤��
1679
+ �ؤ���ǡ�����¤�ΰ������򸫤Ƥ����ޤ���
1680
+
1681
+ ==== ����: Bio::PDB::Record::ATOM, Bio::PDB::Record::HETATM ���饹
1682
+
1683
+ PDB ����ȥ�ϡ�����ѥ������˻���DNA,RNA�ˤ䤽��¾��ʬ�Ҥ�Ω�ι�¤��
1684
+ ����Ū�ˤϸ��ҤΣ�������ɸ��ޤ�Ǥ��ޤ���
1685
+
1686
+ ����ѥ����ޤ��ϳ˻��θ��Ҥκ�ɸ�ϡ�ATOM �쥳���ɤ˳�Ǽ����Ƥ��ޤ���
1687
+ �б����륯�饹�ϡ�Bio::PDB::Record::ATOM ���饹�Ǥ���
1688
+
1689
+ ����ѥ������˻��ʳ��θ��Ҥκ�ɸ�ϡ�HETATM �쥳���ɤ˳�Ǽ����Ƥ��ޤ���
1690
+ �б����륯�饹�ϡ�Bio::PDB::Record::HETATM ���饹�Ǥ���
1691
+
1692
+ HETATM�����饹�� ATOM ���饹��Ѿ����Ƥ��뤿�ᡢATOM �� HETATM ��
1693
+ �᥽�åɤλȤ����Ϥޤä���Ʊ���Ǥ���
1694
+
1695
+ ==== ���ߥλ��Ĵ�ʤޤ��ϱ����: Bio::PDB::Residue ���饹
1696
+
1697
+ �����ߥλ��ޤ��ϣ�����ñ�̤Ǹ��Ҥ�ޤȤ᤿�Τ� Bio::PDB::Residue �Ǥ���
1698
+ Bio::PDB::Residue ���֥������Ȥϡ����İʾ�� Bio::PDB::Record::ATOM
1699
+ ���֥������Ȥ�ޤߤޤ���
1700
+
1701
+ ==== ����ʪ: Bio::PDB::Heterogen ���饹
1702
+
1703
+ ����ѥ������˻��ʳ���ʬ�Ҥθ��Ҥϡ�����Ū�ˤ�ʬ��ñ�̤�
1704
+ Bio::PDB::Heterogen �ˤޤȤ���Ƥ��ޤ���
1705
+ Bio::PDB::Heterogen ���֥������Ȥϡ����İʾ��
1706
+ Bio::PDB::Record::HETATM ���֥������Ȥ�ޤߤޤ���
1707
+
1708
+ ==== ���ʥ��������: Bio::PDB::Chain ���饹
1709
+
1710
+ Bio::PDB::Chain �ϡ�ʣ���� Bio::PDB::Residue ���֥������Ȥ���ʤ�
1711
+ ���ĤΥ���ѥ����ޤ��ϳ˻��ȡ�ʣ���� Bio::PDB::Heterogen ���֥�������
1712
+ ����ʤ룱�İʾ�Τ���ʳ���ʬ�Ҥ��Ǽ����ǡ�����¤�Ǥ���
1713
+
1714
+ �ʤ�����Ⱦ�ξ��ϡ�����ѥ������˻���Bio::PDB::Residue�ˤ���
1715
+ ����ʳ���ʬ�ҡ�Bio::PDB::Heterogen�ˤΤɤ��餫����ष�������ޤ���
1716
+ Chain ��ҤȤĤ����ޤޤʤ� PDB ����ȥ�Ǥ�ξ�����ľ�礬����褦�Ǥ���
1717
+
1718
+ �� Chain �ˤϡ��ѿ�����ʸ���� ID ���դ��Ƥ��ޤ���Chain ��ҤȤĤ���
1719
+ �ޤޤʤ� PDB ����ȥ�ξ��϶���ʸ���ΤȤ��⤢��ޤ��ˡ�
1720
+
1721
+ ==== ��ǥ�: Bio::PDB::Model
1722
+
1723
+ ���İʾ�� Bio::PDB::Chain �����ޤä���Τ� Bio::PDB::Model �Ǥ���
1724
+ �����뾽��¤�ξ�硢Model ���̾�Ĥ����Ǥ�����NMR ��¤�ξ�硢
1725
+ ʣ���� Model ��¸�ߤ��뤳�Ȥ�����ޤ���
1726
+ ʣ���� Model ��¸�ߤ����硢�� Model �ˤϥ��ꥢ���ֹ椬�դ��ޤ���
1727
+
1728
+ �����ơ����İʾ�� Model �����ޤä���Τ���Bio::PDB ���֥������Ȥˤʤ�ޤ���
1729
+
1730
+ === ���Ҥ˥�����������᥽�å�
1731
+
1732
+ Bio::PDB#each_atom �����Ƥ� ATOM ����֤ˣ��Ĥ���é�륤�ƥ졼���Ǥ���
1733
+
1734
+ pdb.each_atom do |atom|
1735
+ p atom.xyz
1736
+ end
1433
1737
 
1434
- === ���饤���� (Bio::Alignment ���饹)
1738
+ ���� each_atom �᥽�åɤ� Model, Chain, Residue ���֥������Ȥ��Ф��Ƥ�
1739
+ ���Ѥ��뤳�Ȥ��Ǥ������줾�졢���� Model, Chain, Residue �����Τ��٤Ƥ�
1740
+ ATOM �򤿤ɤ륤�ƥ졼���Ȥ���Ư���ޤ���
1435
1741
 
1436
- Bio::Alignment���饹 (bio/alignment.rb �Ǽ�������Ƥ��ޤ�) �� Ruby �� Hash
1437
- �� Array�����뤤�� BioPerl �� Bio::SimpleAlign �˻��������Ρ����饤���Ȥ�
1438
- ��Ǽ���륳��ƥʥ��饹�Ǥ����ʲ��˴�ñ�ʻȤ����򼨤��ޤ���
1742
+ Bio::PDB#atoms �����Ƥ� ATOM ������Ȥ����֤��᥽�åɤǤ���
1743
+
1744
+ p pdb.atoms.size # => 2820 �Ĥ� ATOM ���ޤޤ�뤳�Ȥ��狼��
1745
+
1746
+ each_atom ��Ʊ�ͤ� atoms �᥽�åɤ� Model, Chain, Residue ���֥�������
1747
+ ���Ф��ƻ��Ѳ�ǽ�Ǥ���
1748
+
1749
+ pdb.chains.each do |chain|
1750
+ p chain.atoms.size # => �� Chain ��� ATOM ����ɽ�������
1751
+ end
1752
+
1753
+ Bio::PDB#each_hetatm �ϡ����Ƥ� HETATM ����֤ˣ��Ĥ���é�륤�ƥ졼���Ǥ���
1754
+
1755
+ pdb.each_hetatm do |hetatm|
1756
+ p hetatm.xyz
1757
+ end
1758
+
1759
+ Bio::PDB#hetatms ���Ƥ� HETATM ������Ȥ����֤��Τ� hetatms �᥽�åɤǤ���
1760
+
1761
+ p pdb.hetatms.size
1762
+
1763
+ ������ atoms �ξ���Ʊ�ͤˡ�Model, Chain, Heterogen ���֥������Ȥ�
1764
+ �Ф��ƻ��Ѳ�ǽ�Ǥ���
1765
+
1766
+ ==== Bio::PDB::Record::ATOM, Bio::PDB::Record::HETATM ���饹�λȤ���
1767
+
1768
+ ATOM �ϥ���ѥ������˻���DNA��RNA�ˤ������븶�ҡ�HETATM �Ϥ���ʳ���
1769
+ ���Ҥ��Ǽ���뤿��Υ��饹�Ǥ�����HETATM �� ATOM ���饹��Ѿ����Ƥ��뤿��
1770
+ �����Υ��饹�ǥ᥽�åɤλȤ����Ϥޤä���Ʊ���Ǥ���
1771
+
1772
+ p atom.serial # ���ꥢ���ֹ�
1773
+ p atom.name # ̾��
1774
+ p atom.altLoc # Alternate location indicator
1775
+ p atom.resName # ���ߥλ�������̾�ޤ��ϲ���ʪ̾
1776
+ p atom.chainID # Chain �� ID
1777
+ p atom.resSeq # ���ߥλ��Ĵ�Υ��������ֹ�
1778
+ p atom.iCode # Code for insertion of residues
1779
+ p atom.x # X ��ɸ
1780
+ p atom.y # Y ��ɸ
1781
+ p atom.z # Z ��ɸ
1782
+ p atom.occupancy # Occupancy
1783
+ p atom.tempFactor # Temperature factor
1784
+ p atom.segID # Segment identifier
1785
+ p atom.element # Element symbol
1786
+ p atom.charge # Charge on the atom
1787
+
1788
+ �����Υ᥽�å�̾�ϡ���§�Ȥ��� Protein Data Bank Contents Guide ��
1789
+ ���ܤ˹�碌�Ƥ��ޤ����᥽�å�̾�� resName �� resSeq �Ȥ��ä���̾ˡ
1790
+ ��CamelCase�ˤ���Ѥ��Ƥ���ΤϤ��Τ���Ǥ���
1791
+ ���줾��Υ᥽�åɤ��֤��ǡ����ΰ�̣�ϡ����ͽ�򻲹ͤˤ��Ƥ���������
1792
+
1793
+ ����¾�ˤ⡢�����Ĥ��������ʥ᥽�åɤ��Ѱդ��Ƥ��ޤ���
1794
+ xyz �᥽�åɤϡ���ɸ�򣳼����Υ٥��ȥ�Ȥ����֤��᥽�åɤǤ���
1795
+ ���Υ᥽�åɤϡ�Ruby �� Vector ���饹��Ѿ����ƣ������Υ٥��ȥ��
1796
+ �ò������� Bio::PDB::Coordinate ���饹�Υ��֥������Ȥ��֤��ޤ�
1797
+ ����: Vector��Ѿ��������饹���������ΤϤ��ޤ�侩����ʤ��褦�ʤΤǡ�
1798
+ ���衢Vector���饹�Υ��֥������Ȥ��֤��褦�����ѹ����뤫�⤷��ޤ���ˡ�
1799
+
1800
+ p atom.xyz
1801
+
1802
+ �٥��ȥ�ʤΤǡ�­�����������������Ѥʤɤ���뤳�Ȥ��Ǥ��ޤ���
1803
+
1804
+ # ���Ҵ֤ε�Υ�����
1805
+ p (atom1.xyz - atom2.xyz).r # r �ϥ٥��ȥ�������ͤ����᥽�å�
1806
+
1807
+ # ���Ѥ����
1808
+ p atom1.xyz.inner_product(atom2.xyz)
1809
+
1810
+ ¾�ˤϡ����θ��Ҥ��б����� TER, SIGATM, ANISOU �쥳���ɤ��������
1811
+ ter, sigatm, anisou �᥽�åɤ��Ѱդ���Ƥ��ޤ���
1812
+
1813
+ === ���ߥλ��Ĵ� (Residue) �˥�����������᥽�å�
1814
+
1815
+ Bio::PDB#each_residue �ϡ����Ƥ� Residue ����֤�é�륤�ƥ졼���Ǥ���
1816
+ each_residue �᥽�åɤϡ�Model, Chain ���֥������Ȥ��Ф��Ƥ�
1817
+ ���Ѥ��뤳�Ȥ��Ǥ������줾��� Model, Chain �˴ޤޤ�����Ƥ�
1818
+ Residue ��é�륤�ƥ졼���Ȥ���Ư���ޤ���
1819
+
1820
+ pdb.each_residue do |residue|
1821
+ p residue.resName
1822
+ end
1823
+
1824
+ Bio::PDB#residues �ϡ����Ƥ� Residue ������Ȥ����֤��᥽�åɤǤ���
1825
+ each_residue ��Ʊ�ͤˡ�Model, Chain ���֥������Ȥ��Ф��Ƥ���Ѳ�ǽ�Ǥ���
1826
+
1827
+ p pdb.residues.size
1828
+
1829
+ === ����ʪ (Heterogen) �˥�����������᥽�å�
1830
+
1831
+ Bio::PDB#each_heterogen �����Ƥ� Heterogen ����֤ˤ��ɤ륤�ƥ졼����
1832
+ Bio::PDB#heterogens �����Ƥ� Heterogen ������Ȥ����֤��᥽�åɤǤ���
1833
+
1834
+ pdb.each_heterogen do |heterogeon|
1835
+ p heterogen.resName
1836
+ end
1837
+
1838
+ p pdb.heterogens.size
1839
+
1840
+ �����Υ᥽�åɤ� Residue ��Ʊ�ͤ� Model, Chain ���֥������Ȥ��Ф��Ƥ�
1841
+ ���Ѳ�ǽ�Ǥ���
1842
+
1843
+ === Chain, Model �˥�����������᥽�å�
1844
+
1845
+ Ʊ�ͤˡ�Bio::PDB#each_chain �����Ƥ� Chain ����֤ˤ��ɤ륤�ƥ졼����
1846
+ Bio::PDB#chains �����Ƥ� Chain ������Ȥ����֤��᥽�åɤǤ���
1847
+ �����Υ᥽�åɤ� Model ���֥������Ȥ��Ф��Ƥ���Ѳ�ǽ�Ǥ���
1848
+
1849
+ Bio::PDB#each_model �����Ƥ� Model ����֤ˤ��ɤ륤�ƥ졼����
1850
+ Bio::PDB#models �����Ƥ� Model ������Ȥ����֤��᥽�åɤǤ���
1851
+
1852
+ === PDB Chemical Component Dictionary �Υǡ������ɤ߹���
1853
+
1854
+ Bio::PDB::ChemicalComponent ���饹�ϡ�PDB Chemical Component Dictionary
1855
+ �ʵ�̾�� HET Group Dictionary�ˤΥѡ����Ǥ���
1856
+
1857
+ PDB Chemical Component Dictionary �ˤĤ��Ƥϰʲ��Υڡ����򻲾Ȥ��Ƥ���������
1858
+
1859
+ * ((<URL:http://deposit.pdb.org/cc_dict_tut.html>))
1860
+
1861
+ �ǡ����ϰʲ��ǥ���������ɤǤ��ޤ���
1862
+
1863
+ * ((<URL:http://deposit.pdb.org/het_dictionary.txt>))
1864
+
1865
+ ���Υ��饹�ϡ�RESIDUE ����Ϥޤäƶ��Ԥǽ���룱����ȥ��ѡ������ޤ�
1866
+ ��PDB �ե����ޥåȤˤΤ��б����Ƥ��ޤ��ˡ�
1867
+
1868
+ Bio::FlatFile �ˤ��ե����������ưȽ�̤��б����Ƥ��ޤ���
1869
+ ���Υ��饹���Τ� ID ���鲽��ʪ�򸡺������ꤹ�뵡ǽ�ϻ��äƤ��ޤ���
1870
+ br_bioflat.rb �ˤ�륤��ǥå��������ˤ��б����Ƥ��ޤ��Τǡ�
1871
+ ɬ�פʤ餽�������Ѥ��Ƥ���������
1872
+
1873
+ Bio::FlatFile.auto("het_dictionary.txt") |ff|
1874
+ ff.each do |het|
1875
+ p het.entry_id # ID
1876
+ p het.hetnam # HETNAM �쥳���ɡʲ���ʪ��̾�Ρ�
1877
+ p het.hetsyn # HETSYM �쥳���ɡʲ���ʪ����̾�������
1878
+ p het.formul # FORMUL �쥳���ɡʲ���ʪ����������
1879
+ p het.conect # CONECT �쥳����
1880
+ end
1881
+ end
1882
+
1883
+ �Ǹ�� conect �᥽�åɤϡ�����ʪ�η��� Hash �Ȥ����֤��ޤ���
1884
+ ���Ȥ��С������Ρ���Υ���ȥ�ϼ��Τ褦�ˤʤ�ޤ�����
1885
+
1886
+ RESIDUE EOH 9
1887
+ CONECT C1 4 C2 O 1H1 2H1
1888
+ CONECT C2 4 C1 1H2 2H2 3H2
1889
+ CONECT O 2 C1 HO
1890
+ CONECT 1H1 1 C1
1891
+ CONECT 2H1 1 C1
1892
+ CONECT 1H2 1 C2
1893
+ CONECT 2H2 1 C2
1894
+ CONECT 3H2 1 C2
1895
+ CONECT HO 1 O
1896
+ END
1897
+ HET EOH 9
1898
+ HETNAM EOH ETHANOL
1899
+ FORMUL EOH C2 H6 O1
1900
+
1901
+ ���Υ���ȥ���Ф��� conect �᥽�åɤ�Ƥ֤�
1902
+
1903
+ { "C1" => [ "C2", "O", "1H1", "2H1" ],
1904
+ "C2" => [ "C1", "1H2", "2H2", "3H2" ],
1905
+ "O" => [ "C1", "HO" ],
1906
+ "1H1" => [ "C1" ],
1907
+ "1H2" => [ "C2" ],
1908
+ "2H1" => [ "C1" ],
1909
+ "2H2" => [ "C2" ],
1910
+ "3H2" => [ "C2" ],
1911
+ "HO" => [ "O" ] }
1912
+
1913
+ �Ȥ��� Hash ���֤��ޤ���
1914
+
1915
+ �����ޤǤν����� BioRuby ������ǻ�Ȱʲ��Τ褦�ˤʤ�ޤ���
1916
+
1917
+ # PDB ����ȥ� 1bl8 ��ͥåȥ����ͳ�Ǽ���
1918
+ bioruby> ent_1bl8 = ent("pdb:1bl8")
1919
+ # ����ȥ����Ȥ��ǧ
1920
+ bioruby> head ent_1bl8
1921
+ # ����ȥ��ե��������¸
1922
+ bioruby> savefile("1bl8.pdb", ent_1bl8)
1923
+ # ��¸���줿�ե��������Ȥ��ǧ
1924
+ bioruby> disp "data/1bl8.pdb"
1925
+ # PDB ����ȥ��ѡ���
1926
+ bioruby> pdb_1bl8 = flatparse(ent_1bl8)
1927
+ # PDB �Υ���ȥ� ID ��ɽ��
1928
+ bioruby> pdb_1bl8.entry_id
1929
+ # ent("pdb:1bl8") ���� flatparse ��������ˡ��ʲ��Ǥ�OK
1930
+ bioruby> obj_1bl8 = obj("pdb:1bl8")
1931
+ bioruby> obj_1bl8.entry_id
1932
+ # �� HETEROGEN ���Ȥ˻Ĵ�̾��ɽ��
1933
+ bioruby> pdb_1bl8.each_heterogen { |heterogen| p heterogen.resName }
1934
+
1935
+ # PDB Chemical Component Dictionary �����
1936
+ bioruby> het_dic = open("http://deposit.pdb.org/het_dictionary.txt").read
1937
+ # ���������ե�����ΥХ��ȿ����ǧ
1938
+ bioruby> het_dic.size
1939
+ # ���������ե��������¸
1940
+ bioruby> savefile("data/het_dictionary.txt", het_dic)
1941
+ # �ե��������Ȥ��ǧ
1942
+ bioruby> disp "data/het_dictionary.txt"
1943
+ # �����Τ���˥���ǥå������� het_dic �Ȥ����ǡ����١��������
1944
+ bioruby> flatindex("het_dic", "data/het_dictionary.txt")
1945
+ # ID �� EOH �Υ����Ρ���Υ���ȥ�򸡺�
1946
+ bioruby> ethanol = flatsearch("het_dic", "EOH")
1947
+ # ������������ȥ��ѡ���
1948
+ bioruby> osake = flatparse(ethanol)
1949
+ # ���Ҵ֤η��ơ��֥��ɽ��
1950
+ bioruby> sake.conect
1951
+
1952
+ == ���饤���� (Bio::Alignment ���饹)
1953
+
1954
+ Bio::Alignment ���饹������Υ��饤���Ȥ��Ǽ���뤿��Υ���ƥʤǤ���
1955
+ Ruby �� Hash �� Array �˻�������ǽ�ǡ�BioPerl �� Bio::SimpleAlign ��
1956
+ ���������ˤʤäƤ��ޤ����ʲ��˴�ñ�ʻȤ����򼨤��ޤ���
1439
1957
 
1440
1958
  require 'bio'
1441
1959
 
@@ -1468,8 +1986,8 @@ Bio::Alignment
1468
1986
  # ["c", "c", "c", "c"]
1469
1987
  # ["a", "a", "a", "g"]
1470
1988
 
1471
- # CLUSTAL W ����Ѥ��ƥ��饤���Ȥ�Ԥ���
1472
- # clustalw���ޥ�ɤ������ƥ�˥��󥹥ȡ��뤵��Ƥ���ɬ�פ����롣
1989
+ # Clustal W ����Ѥ��ƥ��饤���Ȥ�Ԥ���
1990
+ # 'clustalw' ���ޥ�ɤ������ƥ�˥��󥹥ȡ��뤵��Ƥ���ɬ�פ����롣
1473
1991
  factory = Bio::ClustalW.new
1474
1992
  a2 = a.do_align(factory)
1475
1993
 
@@ -1734,7 +2252,8 @@ Blast 2.2.5
1734
2252
 
1735
2253
  === ��⡼�ȸ��������Ȥ��ɲä���ˤ�
1736
2254
 
1737
- ��: ���Υ��������Ͼ��桼�������Ǥ���
2255
+ ��: ���Υ��������Ͼ��桼�������Ǥ�����ǽ�Ǥ���� SOAP �ʤɤˤ��
2256
+ �����֥����ӥ������Ѥ��������褤�Ǥ��礦��
1738
2257
 
1739
2258
  Blast ������ NCBI ��Ϥ����͡��ʥ����Ȥǥ����ӥ�����Ƥ��ޤ��������ΤȤ�
1740
2259
  �� BioRuby �Ǥ� GenomeNet �ʳ��ˤ��б����Ƥ��ޤ��󡣤����Υ����Ȥϡ�
@@ -1756,8 +2275,7 @@ Blast
1756
2275
 
1757
2276
  == PubMed ������ư���ʸ���ꥹ�Ȥ��� (Bio::PubMed ���饹)
1758
2277
 
1759
- ���ϡ�NCBI ��ʸ���ǡ����١��� PubMed �򸡺����ư���ʸ���ꥹ�Ȥ��������
1760
- ��Ǥ���
2278
+ ���ϡ�NCBI ��ʸ���ǡ����١��� PubMed �򸡺����ư���ʸ���ꥹ�Ȥ����������Ǥ���
1761
2279
 
1762
2280
  #!/usr/bin/env ruby
1763
2281
 
@@ -1832,9 +2350,9 @@ NCBI E-Utils
1832
2350
  �����ˤĤ��Ƥ� ((<E-Utils �Υإ�ץڡ���|URL:http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/static/eutils_help.html>)) �򻲾Ȥ��Ƥ���������
1833
2351
 
1834
2352
  ���ʤߤˡ������Ǥ� bibtex �᥽�åɤ� BibTeX �ե����ޥåȤ��Ѵ����Ƥ��ޤ�
1835
- ������ҤΤ褦�� bibitem �᥽�åɤ�Ȥ���¾��nature �᥽�åɤ� nar �ʤ�
1836
- �����Ĥ��λ���Υե����ޥåȤˤ��б����Ƥ��ޤ��ʶ�Ĵ�䥤����å��ʤ�
1837
- ʸ���ν����ϤǤ��ʤ��ΤǤ��Τޤ޻��Ѥ��뤳�ȤϤǤ��ޤ��󤬡ˡ�
2353
+ ������ҤΤ褦�� bibitem �᥽�åɤ�Ȥ���¾���ʶ�Ĵ�䥤����å��ʤ�
2354
+ ʸ���ν����ϤǤ��ޤ��󤬡�nature �᥽�åɤ� nar �ʤɡ������Ĥ��λ����
2355
+ �ե����ޥåȤˤ��б����Ƥ��ޤ���
1838
2356
 
1839
2357
  === BibTeX �λȤ����Υ��
1840
2358