bio-fastqc 0.10.2 → 0.10.4
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- checksums.yaml +5 -5
- data/VERSION +1 -1
- data/lib/bio/fastqc/semantics.rb +39 -36
- data/spec/stdin_fastqc.zip +0 -0
- metadata +4 -3
checksums.yaml
CHANGED
|
@@ -1,7 +1,7 @@
|
|
|
1
1
|
---
|
|
2
|
-
|
|
3
|
-
metadata.gz:
|
|
4
|
-
data.tar.gz:
|
|
2
|
+
SHA256:
|
|
3
|
+
metadata.gz: ee05612afd7abcb08e1a6df37c16e23af1d1dff69212356b8fee08868130db8a
|
|
4
|
+
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|
|
5
5
|
SHA512:
|
|
6
|
-
metadata.gz:
|
|
7
|
-
data.tar.gz:
|
|
6
|
+
metadata.gz: 4e799be0e1a4b502ae58e8e8df109be253aea9d7eac787e7bc73bb0f5db6c1d9ca0738914a88a2abc1b297e1a1046dd807dd70cd70b974555a3c6c57be118702
|
|
7
|
+
data.tar.gz: ca9ce91aca5779567369c21d9c531f157f4c9637af606669595fd308955533b564d7769f0afea24f8eab268d78897f3b27d0f3e82ae437feaef7288b9300d7b2
|
data/VERSION
CHANGED
|
@@ -1 +1 @@
|
|
|
1
|
-
0.10.
|
|
1
|
+
0.10.4
|
data/lib/bio/fastqc/semantics.rb
CHANGED
|
@@ -71,7 +71,10 @@ module Bio
|
|
|
71
71
|
"@type" => "SequenceStatisticsReport",
|
|
72
72
|
"dcterms:identifier" => identifier_literal,
|
|
73
73
|
"dcterms:contributor" => ["Tazro Ohta", "Shuichi Kawashima"],
|
|
74
|
-
"dcterms:created" =>
|
|
74
|
+
"dcterms:created" => {
|
|
75
|
+
"@value" => Time.now.strftime("%Y-%m-%d"),
|
|
76
|
+
"@type" => "xsd:date"
|
|
77
|
+
},
|
|
75
78
|
"dcterms:license" => {
|
|
76
79
|
"@id" => "http://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/",
|
|
77
80
|
},
|
|
@@ -167,7 +170,7 @@ module Bio
|
|
|
167
170
|
def total_sequences
|
|
168
171
|
{
|
|
169
172
|
"@type" => "totalSequences",
|
|
170
|
-
"sio:SIO_000221" => "obo:UO_0000244",
|
|
173
|
+
"sio:SIO_000221" => { "@id" => "obo:UO_0000244" },
|
|
171
174
|
"sio:SIO_000300" => {
|
|
172
175
|
"@value" => @fastqc_object[:total_sequences],
|
|
173
176
|
"@type" => "xsd:integer",
|
|
@@ -178,7 +181,7 @@ module Bio
|
|
|
178
181
|
def filtered_sequences
|
|
179
182
|
{
|
|
180
183
|
"@type" => "filteredSequences",
|
|
181
|
-
"sio:SIO_000221" => "obo:UO_0000244",
|
|
184
|
+
"sio:SIO_000221" => { "@id" => "obo:UO_0000244" },
|
|
182
185
|
"sio:SIO_000300" => {
|
|
183
186
|
"@value" => @fastqc_object[:filtered_sequences],
|
|
184
187
|
"@type" => "xsd:integer",
|
|
@@ -189,7 +192,7 @@ module Bio
|
|
|
189
192
|
def sequence_length
|
|
190
193
|
{
|
|
191
194
|
"@type" => "SequenceReadLength",
|
|
192
|
-
"sio:SIO_000221" => "obo:UO_0000244",
|
|
195
|
+
"sio:SIO_000221" => { "@id" => "obo:UO_0000244" },
|
|
193
196
|
"sio:SIO_000300" => {
|
|
194
197
|
"@value" => @fastqc_object[:sequence_length],
|
|
195
198
|
"@type" => "xsd:string",
|
|
@@ -200,7 +203,7 @@ module Bio
|
|
|
200
203
|
def percent_gc
|
|
201
204
|
{
|
|
202
205
|
"@type" => "percentGC",
|
|
203
|
-
"sio:SIO_000221" => "obo:UO_0000187",
|
|
206
|
+
"sio:SIO_000221" => { "@id" => "obo:UO_0000187" },
|
|
204
207
|
"sio:SIO_000300" => {
|
|
205
208
|
"@value" => @fastqc_object[:percent_gc],
|
|
206
209
|
"@type" => "xsd:decimal",
|
|
@@ -234,32 +237,32 @@ module Bio
|
|
|
234
237
|
"basePosition" => base,
|
|
235
238
|
"meanBaseCallQuality" => {
|
|
236
239
|
"@type" => "PhredQualityScore",
|
|
237
|
-
"sio:SIO_000221" => "obo:UO_0000189",
|
|
240
|
+
"sio:SIO_000221" => { "@id" => "obo:UO_0000189" },
|
|
238
241
|
"sio:SIO_000300" => mean,
|
|
239
242
|
},
|
|
240
243
|
"medianBaseCallQuality" => {
|
|
241
244
|
"@type" => "PhredQualityScore",
|
|
242
|
-
"sio:SIO_000221" => "obo:UO_0000189",
|
|
245
|
+
"sio:SIO_000221" => { "@id" => "obo:UO_0000189" },
|
|
243
246
|
"sio:SIO_000300" => median,
|
|
244
247
|
},
|
|
245
248
|
"baseCallQualityLowerQuartile" => {
|
|
246
249
|
"@type" => "PhredQualityScore",
|
|
247
|
-
"sio:SIO_000221" => "obo:UO_0000189",
|
|
250
|
+
"sio:SIO_000221" => { "@id" => "obo:UO_0000189" },
|
|
248
251
|
"sio:SIO_000300" => lower_quartile,
|
|
249
252
|
},
|
|
250
253
|
"baseCallQualityUpperQuartile" => {
|
|
251
254
|
"@type" => "PhredQualityScore",
|
|
252
|
-
"sio:SIO_000221" => "obo:UO_0000189",
|
|
255
|
+
"sio:SIO_000221" => { "@id" => "obo:UO_0000189" },
|
|
253
256
|
"sio:SIO_000300" => upper_quartile,
|
|
254
257
|
},
|
|
255
258
|
"baseCallQuality10thPercentile" => {
|
|
256
259
|
"@type" => "PhredQualityScore",
|
|
257
|
-
"sio:SIO_000221" => "obo:UO_0000189",
|
|
260
|
+
"sio:SIO_000221" => { "@id" => "obo:UO_0000189" },
|
|
258
261
|
"sio:SIO_000300" => tenth_percentile,
|
|
259
262
|
},
|
|
260
263
|
"baseCallQuality90thPercentile" => {
|
|
261
264
|
"@type" => "PhredQualityScore",
|
|
262
|
-
"sio:SIO_000221" => "obo:UO_0000189",
|
|
265
|
+
"sio:SIO_000221" => { "@id" => "obo:UO_0000189" },
|
|
263
266
|
"sio:SIO_000300" => ninetieth_percentile,
|
|
264
267
|
},
|
|
265
268
|
}
|
|
@@ -286,12 +289,12 @@ module Bio
|
|
|
286
289
|
"rowIndex" => i,
|
|
287
290
|
"baseCallQuality" => {
|
|
288
291
|
"@type" => "PhredQualityScore",
|
|
289
|
-
"sio:SIO_000221" => "obo:UO_0000189",
|
|
292
|
+
"sio:SIO_000221" => { "@id" => "obo:UO_0000189" },
|
|
290
293
|
"sio:SIO_000300" => quality,
|
|
291
294
|
},
|
|
292
295
|
"sequenceReadCount" => {
|
|
293
296
|
"@type" => "SequenceReadAmount",
|
|
294
|
-
"sio:SIO_000221" => "obo:UO_0000244",
|
|
297
|
+
"sio:SIO_000221" => { "@id" => "obo:UO_0000244" },
|
|
295
298
|
"sio:SIO_000300" => count,
|
|
296
299
|
},
|
|
297
300
|
}
|
|
@@ -321,22 +324,22 @@ module Bio
|
|
|
321
324
|
"basePosition" => base,
|
|
322
325
|
"percentGuanine" => {
|
|
323
326
|
"@type" => "BaseRatio",
|
|
324
|
-
"sio:SIO_000221" => "obo:UO_0000187",
|
|
327
|
+
"sio:SIO_000221" => { "@id" => "obo:UO_0000187" },
|
|
325
328
|
"sio:SIO_000300" => guanine,
|
|
326
329
|
},
|
|
327
330
|
"percentAdenine" => {
|
|
328
331
|
"@type" => "BaseRatio",
|
|
329
|
-
"sio:SIO_000221" => "obo:UO_0000187",
|
|
332
|
+
"sio:SIO_000221" => { "@id" => "obo:UO_0000187" },
|
|
330
333
|
"sio:SIO_000300" => adenine,
|
|
331
334
|
},
|
|
332
335
|
"percentThymine" => {
|
|
333
336
|
"@type" => "BaseRatio",
|
|
334
|
-
"sio:SIO_000221" => "obo:UO_0000187",
|
|
337
|
+
"sio:SIO_000221" => { "@id" => "obo:UO_0000187" },
|
|
335
338
|
"sio:SIO_000300" => thymine,
|
|
336
339
|
},
|
|
337
340
|
"percentCytosine" => {
|
|
338
341
|
"@type" => "BaseRatio",
|
|
339
|
-
"sio:SIO_000221" => "obo:UO_0000187",
|
|
342
|
+
"sio:SIO_000221" => { "@id" => "obo:UO_0000187" },
|
|
340
343
|
"sio:SIO_000300" => chytosine,
|
|
341
344
|
},
|
|
342
345
|
}
|
|
@@ -359,12 +362,12 @@ module Bio
|
|
|
359
362
|
"rowIndex" => i,
|
|
360
363
|
"percentGC" => {
|
|
361
364
|
"@type" => "BaseRatio",
|
|
362
|
-
"sio:SIO_000221" => "obo:UO_0000187",
|
|
365
|
+
"sio:SIO_000221" => { "@id" => "obo:UO_0000187" },
|
|
363
366
|
"sio:SIO_000300" => gc_content,
|
|
364
367
|
},
|
|
365
368
|
"sequenceReadCount" => {
|
|
366
369
|
"@type" => "SequenceReadAmount",
|
|
367
|
-
"sio:SIO_000221" => "obo:UO_0000244",
|
|
370
|
+
"sio:SIO_000221" => { "@id" => "obo:UO_0000244" },
|
|
368
371
|
"sio:SIO_000300" => count,
|
|
369
372
|
},
|
|
370
373
|
}
|
|
@@ -391,7 +394,7 @@ module Bio
|
|
|
391
394
|
"basePosition" => base,
|
|
392
395
|
"nCount" => {
|
|
393
396
|
"@type" => "BaseRatio",
|
|
394
|
-
"sio:SIO_000221" => "obo:UO_0000187",
|
|
397
|
+
"sio:SIO_000221" => { "@id" => "obo:UO_0000187" },
|
|
395
398
|
"sio:SIO_000300" => n_count,
|
|
396
399
|
},
|
|
397
400
|
}
|
|
@@ -415,12 +418,12 @@ module Bio
|
|
|
415
418
|
|
|
416
419
|
"sequenceReadLength" => {
|
|
417
420
|
"@type" => "SequenceReadLength",
|
|
418
|
-
"sio:SIO_000221" => "obo:UO_0000244",
|
|
421
|
+
"sio:SIO_000221" => { "@id" => "obo:UO_0000244" },
|
|
419
422
|
"sio:SIO_000300" => length,
|
|
420
423
|
},
|
|
421
424
|
"sequenceReadCount" => {
|
|
422
425
|
"@type" => "SequenceReadAmount",
|
|
423
|
-
"sio:SIO_000221" => "obo:UO_0000244",
|
|
426
|
+
"sio:SIO_000221" => { "@id" => "obo:UO_0000244" },
|
|
424
427
|
"sio:SIO_000300" => count,
|
|
425
428
|
},
|
|
426
429
|
}
|
|
@@ -448,12 +451,12 @@ module Bio
|
|
|
448
451
|
|
|
449
452
|
"sequenceDuplicationLevel" => {
|
|
450
453
|
"@type" => "SequenceDuplicationLevel",
|
|
451
|
-
"sio:SIO_000221" => "obo:UO_0000189",
|
|
454
|
+
"sio:SIO_000221" => { "@id" => "obo:UO_0000189" },
|
|
452
455
|
"sio:SIO_000300" => duplication_level,
|
|
453
456
|
},
|
|
454
457
|
"sequenceReadRelativeCount" => {
|
|
455
458
|
"@type" => "SequenceReadAmount",
|
|
456
|
-
"sio:SIO_000221" => "obo:UO_0000244",
|
|
459
|
+
"sio:SIO_000221" => { "@id" => "obo:UO_0000244" },
|
|
457
460
|
"sio:SIO_000300" => relative_count,
|
|
458
461
|
},
|
|
459
462
|
}
|
|
@@ -479,12 +482,12 @@ module Bio
|
|
|
479
482
|
"overrepresentedSequence" => sequence,
|
|
480
483
|
"sequenceReadCount" => {
|
|
481
484
|
"@type" => "SequenceReadAmount",
|
|
482
|
-
"sio:SIO_000221" => "obo:UO_0000244",
|
|
485
|
+
"sio:SIO_000221" => { "@id" => "obo:UO_0000244" },
|
|
483
486
|
"sio:SIO_000300" => count,
|
|
484
487
|
},
|
|
485
488
|
"sequenceReadPercentage" => {
|
|
486
489
|
"@type" => "SequenceReadRatio",
|
|
487
|
-
"sio:SIO_000221" => "obo:UO_0000187",
|
|
490
|
+
"sio:SIO_000221" => { "@id" => "obo:UO_0000187" },
|
|
488
491
|
"sio:SIO_000300" => percentage,
|
|
489
492
|
},
|
|
490
493
|
"possibleSourceOfSequence" => possible_source,
|
|
@@ -516,17 +519,17 @@ module Bio
|
|
|
516
519
|
"kmerSequence" => sequence,
|
|
517
520
|
"sequenceReadCount" => {
|
|
518
521
|
"@type" => "SequenceReadAmount",
|
|
519
|
-
"sio:SIO_000221" => "obo:UO_0000244",
|
|
522
|
+
"sio:SIO_000221" => { "@id" => "obo:UO_0000244" },
|
|
520
523
|
"sio:SIO_000300" => count,
|
|
521
524
|
},
|
|
522
525
|
"observedPerExpectedOverall" => {
|
|
523
526
|
"@type" => "SequenceReadAmount",
|
|
524
|
-
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|
|
527
|
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|
|
525
528
|
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|
|
526
529
|
},
|
|
527
530
|
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|
|
528
531
|
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|
|
529
|
-
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|
|
532
|
+
"sio:SIO_000221" => { "@id" => "obo:Ratio" },
|
|
530
533
|
"sio:SIO_000300" => ratio_max,
|
|
531
534
|
},
|
|
532
535
|
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|
|
@@ -537,7 +540,7 @@ module Bio
|
|
|
537
540
|
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|
|
538
541
|
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|
|
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|
|
540
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|
|
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|
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|
|
541
544
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|
|
542
545
|
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|
|
543
546
|
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|
|
@@ -548,7 +551,7 @@ module Bio
|
|
|
548
551
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|
|
549
552
|
{
|
|
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553
|
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|
|
551
|
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|
|
554
|
+
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|
|
552
555
|
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|
|
553
556
|
"@value" => @fastqc_object[:max_length],
|
|
554
557
|
"@type" => "xsd:integer",
|
|
@@ -559,7 +562,7 @@ module Bio
|
|
|
559
562
|
def mean_sequence_length
|
|
560
563
|
{
|
|
561
564
|
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|
|
562
|
-
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|
|
565
|
+
"sio:SIO_000221" => { "@id" => "obo:UO_0000244" },
|
|
563
566
|
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|
|
564
567
|
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|
|
565
568
|
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|
|
@@ -570,7 +573,7 @@ module Bio
|
|
|
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573
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|
|
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574
|
{
|
|
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|
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|
|
573
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|
|
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+
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|
|
574
577
|
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|
|
575
578
|
"@value" => @fastqc_object[:median_sequence_length],
|
|
576
579
|
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|
|
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|
|
|
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584
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|
|
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|
|
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586
|
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|
|
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|
|
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|
|
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588
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|
|
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|
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|
|
587
590
|
"@type" => "xsd:decimal",
|
|
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|
|
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def overall_median_quality_score
|
|
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|
{
|
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597
|
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|
|
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|
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|
|
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|
|
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|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
|
|
603
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
|
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|
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|
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|
|
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|
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|
"@type" => "xsd:decimal",
|
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Binary file
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metadata
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2
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3
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5
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platform: ruby
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- Tazro Inutano Ohta
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257
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