zmat 0.9.0__tar.gz

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  2. zmat-0.9.0/LICENSE.txt +675 -0
  3. zmat-0.9.0/MANIFEST.in +9 -0
  4. zmat-0.9.0/PKG-INFO +33 -0
  5. zmat-0.9.0/README.rst +473 -0
  6. zmat-0.9.0/csrc/include/zmatlib.h +206 -0
  7. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/blosc/CMakeLists.txt +297 -0
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  13. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/blosc/bitshuffle-altivec.c +593 -0
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  24. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/blosc/blosc2-stdio.c +76 -0
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  27. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/blosc/blosclz.h +70 -0
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  73. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/internal-complibs/zstd/BUCK +232 -0
  74. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/internal-complibs/zstd/Makefile +359 -0
  75. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/internal-complibs/zstd/README.md +224 -0
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  148. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/internal-complibs/zstd/dll/example/fullbench-dll.vcxproj +181 -0
  149. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/internal-complibs/zstd/legacy/zstd_legacy.h +422 -0
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  151. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/internal-complibs/zstd/libzstd.pc.in +16 -0
  152. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/internal-complibs/zstd/module.modulemap +35 -0
  153. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/internal-complibs/zstd/zdict.h +474 -0
  154. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/internal-complibs/zstd/zstd.h +3020 -0
  155. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/internal-complibs/zstd/zstd_errors.h +114 -0
  156. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/CMakeLists.txt +4 -0
  157. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/README.md +144 -0
  158. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/CMakeLists.txt +4 -0
  159. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/codecs-registry.c +49 -0
  160. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/ndlz/CMakeLists.txt +27 -0
  161. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/ndlz/README.md +68 -0
  162. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/ndlz/ndlz-private.h +34 -0
  163. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/ndlz/ndlz.c +65 -0
  164. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/ndlz/ndlz.h +31 -0
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  168. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/ndlz/ndlz8x8.h +65 -0
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  172. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/CMakeLists.txt +58 -0
  173. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/README.md +61 -0
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  175. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/blosc2-zfp.h +48 -0
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  177. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/include/zfp/macros.h +7 -0
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  180. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/include/zfp/version.h +29 -0
  181. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/include/zfp.h +794 -0
  182. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/src/bitstream.c +4 -0
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  185. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/src/block3.h +1 -0
  186. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/src/block4.h +1 -0
  187. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/src/decode1d.c +18 -0
  188. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/src/decode1f.c +18 -0
  189. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/src/decode1i.c +15 -0
  190. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/src/decode1l.c +15 -0
  191. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/src/decode2d.c +18 -0
  192. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/src/decode2f.c +18 -0
  193. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/src/decode2i.c +15 -0
  194. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/src/decode2l.c +15 -0
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  196. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/src/decode3f.c +18 -0
  197. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/src/decode3i.c +15 -0
  198. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/src/decode3l.c +15 -0
  199. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/src/decode4d.c +18 -0
  200. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/src/decode4f.c +18 -0
  201. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/src/decode4i.c +15 -0
  202. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/src/decode4l.c +15 -0
  203. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/src/encode1d.c +18 -0
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  205. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/src/encode1i.c +15 -0
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  209. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/src/encode2i.c +15 -0
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  211. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/src/encode3d.c +18 -0
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  213. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/src/encode3i.c +15 -0
  214. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/src/encode3l.c +15 -0
  215. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/src/encode4d.c +18 -0
  216. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/src/encode4f.c +18 -0
  217. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/src/encode4i.c +15 -0
  218. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/src/encode4l.c +15 -0
  219. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/src/inline/bitstream.c +464 -0
  220. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/src/inline/inline.h +12 -0
  221. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/src/share/omp.c +30 -0
  222. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/src/share/parallel.c +104 -0
  223. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/src/template/codec.c +6 -0
  224. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/src/template/codec.h +4 -0
  225. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/src/template/codec1.c +4 -0
  226. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/src/template/codec2.c +32 -0
  227. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/src/template/codec3.c +90 -0
  228. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/src/template/codec4.c +297 -0
  229. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/src/template/codecf.c +32 -0
  230. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/src/template/compress.c +109 -0
  231. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/src/template/decode.c +287 -0
  232. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/src/template/decode1.c +53 -0
  233. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/src/template/decode2.c +60 -0
  234. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/src/template/decode3.c +68 -0
  235. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/src/template/decode4.c +78 -0
  236. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/src/template/decodef.c +43 -0
  237. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/src/template/decodei.c +10 -0
  238. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/src/template/decompress.c +109 -0
  239. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/src/template/encode.c +280 -0
  240. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/src/template/encode1.c +52 -0
  241. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/src/template/encode2.c +62 -0
  242. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/src/template/encode3.c +74 -0
  243. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/src/template/encode4.c +89 -0
  244. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/src/template/encodef.c +99 -0
  245. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/src/template/encodei.c +15 -0
  246. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/src/template/ompcompress.c +275 -0
  247. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/src/template/revcodecf.c +11 -0
  248. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/src/template/revdecode.c +52 -0
  249. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/src/template/revdecode1.c +9 -0
  250. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/src/template/revdecode2.c +14 -0
  251. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/src/template/revdecode3.c +20 -0
  252. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/src/template/revdecode4.c +28 -0
  253. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/src/template/revdecodef.c +59 -0
  254. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/src/template/revencode.c +76 -0
  255. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/src/template/revencode1.c +9 -0
  256. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/src/template/revencode2.c +14 -0
  257. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/src/template/revencode3.c +20 -0
  258. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/src/template/revencode4.c +28 -0
  259. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/src/template/revencodef.c +80 -0
  260. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/src/template/template.h +12 -0
  261. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/src/traitsd.h +14 -0
  262. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/src/traitsf.h +20 -0
  263. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/src/traitsi.h +7 -0
  264. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/src/traitsl.h +7 -0
  265. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/src/zfp.c +1209 -0
  266. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/test_zfp_acc_float.c +252 -0
  267. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/test_zfp_acc_int.c +148 -0
  268. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/test_zfp_prec_float.c +264 -0
  269. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/test_zfp_rate_float.c +234 -0
  270. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/test_zfp_rate_getitem.c +299 -0
  271. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/codecs/zfp/zfp-private.h +37 -0
  272. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/filters/CMakeLists.txt +4 -0
  273. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/filters/filters-registry.c +26 -0
  274. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/filters/ndcell/CMakeLists.txt +26 -0
  275. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/filters/ndcell/README.md +63 -0
  276. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/filters/ndcell/ndcell.c +255 -0
  277. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/filters/ndcell/ndcell.h +25 -0
  278. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/filters/ndcell/test_ndcell.c +162 -0
  279. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/filters/ndmean/CMakeLists.txt +32 -0
  280. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/filters/ndmean/README.md +64 -0
  281. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/filters/ndmean/ndmean.c +316 -0
  282. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/filters/ndmean/ndmean.h +25 -0
  283. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/filters/ndmean/test_ndmean_mean.c +269 -0
  284. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/filters/ndmean/test_ndmean_repart.c +204 -0
  285. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/plugin_utils.c +102 -0
  286. zmat-0.9.0/csrc/src/blosc2/plugins/plugin_utils.h +10 -0
  287. zmat-0.9.0/csrc/src/easylzma/Makefile +793 -0
  288. zmat-0.9.0/csrc/src/easylzma/README +3 -0
  289. zmat-0.9.0/csrc/src/easylzma/common_internal.c +43 -0
  290. zmat-0.9.0/csrc/src/easylzma/common_internal.h +63 -0
  291. zmat-0.9.0/csrc/src/easylzma/compress.c +308 -0
  292. zmat-0.9.0/csrc/src/easylzma/decompress.c +254 -0
  293. zmat-0.9.0/csrc/src/easylzma/easylzma/common.h +124 -0
  294. zmat-0.9.0/csrc/src/easylzma/easylzma/compress.h +85 -0
  295. zmat-0.9.0/csrc/src/easylzma/easylzma/decompress.h +62 -0
  296. zmat-0.9.0/csrc/src/easylzma/lzip_header.c +103 -0
  297. zmat-0.9.0/csrc/src/easylzma/lzip_header.h +11 -0
  298. zmat-0.9.0/csrc/src/easylzma/lzma_header.c +141 -0
  299. zmat-0.9.0/csrc/src/easylzma/lzma_header.h +10 -0
  300. zmat-0.9.0/csrc/src/easylzma/pavlov/7zBuf.c +36 -0
  301. zmat-0.9.0/csrc/src/easylzma/pavlov/7zBuf.h +31 -0
  302. zmat-0.9.0/csrc/src/easylzma/pavlov/7zBuf2.c +45 -0
  303. zmat-0.9.0/csrc/src/easylzma/pavlov/7zCrc.c +35 -0
  304. zmat-0.9.0/csrc/src/easylzma/pavlov/7zCrc.h +24 -0
  305. zmat-0.9.0/csrc/src/easylzma/pavlov/7zFile.c +263 -0
  306. zmat-0.9.0/csrc/src/easylzma/pavlov/7zFile.h +74 -0
  307. zmat-0.9.0/csrc/src/easylzma/pavlov/7zStream.c +169 -0
  308. zmat-0.9.0/csrc/src/easylzma/pavlov/7zVersion.h +7 -0
  309. zmat-0.9.0/csrc/src/easylzma/pavlov/Alloc.c +127 -0
  310. zmat-0.9.0/csrc/src/easylzma/pavlov/Alloc.h +32 -0
  311. zmat-0.9.0/csrc/src/easylzma/pavlov/Bcj2.c +132 -0
  312. zmat-0.9.0/csrc/src/easylzma/pavlov/Bcj2.h +30 -0
  313. zmat-0.9.0/csrc/src/easylzma/pavlov/Bra.c +133 -0
  314. zmat-0.9.0/csrc/src/easylzma/pavlov/Bra.h +60 -0
  315. zmat-0.9.0/csrc/src/easylzma/pavlov/Bra86.c +85 -0
  316. zmat-0.9.0/csrc/src/easylzma/pavlov/BraIA64.c +67 -0
  317. zmat-0.9.0/csrc/src/easylzma/pavlov/CpuArch.h +69 -0
  318. zmat-0.9.0/csrc/src/easylzma/pavlov/LzFind.c +751 -0
  319. zmat-0.9.0/csrc/src/easylzma/pavlov/LzFind.h +107 -0
  320. zmat-0.9.0/csrc/src/easylzma/pavlov/LzHash.h +54 -0
  321. zmat-0.9.0/csrc/src/easylzma/pavlov/LzmaDec.c +1007 -0
  322. zmat-0.9.0/csrc/src/easylzma/pavlov/LzmaDec.h +223 -0
  323. zmat-0.9.0/csrc/src/easylzma/pavlov/LzmaEnc.c +2277 -0
  324. zmat-0.9.0/csrc/src/easylzma/pavlov/LzmaEnc.h +72 -0
  325. zmat-0.9.0/csrc/src/easylzma/pavlov/LzmaLib.c +46 -0
  326. zmat-0.9.0/csrc/src/easylzma/pavlov/LzmaLib.h +135 -0
  327. zmat-0.9.0/csrc/src/easylzma/pavlov/Types.h +208 -0
  328. zmat-0.9.0/csrc/src/lz4/LICENSE +24 -0
  329. zmat-0.9.0/csrc/src/lz4/lz4.c +2722 -0
  330. zmat-0.9.0/csrc/src/lz4/lz4.h +842 -0
  331. zmat-0.9.0/csrc/src/lz4/lz4hc.c +1631 -0
  332. zmat-0.9.0/csrc/src/lz4/lz4hc.h +413 -0
  333. zmat-0.9.0/csrc/src/miniz/ChangeLog.md +196 -0
  334. zmat-0.9.0/csrc/src/miniz/LICENSE +22 -0
  335. zmat-0.9.0/csrc/src/miniz/miniz.c +7733 -0
  336. zmat-0.9.0/csrc/src/miniz/miniz.h +1350 -0
  337. zmat-0.9.0/csrc/src/miniz/readme.md +34 -0
  338. zmat-0.9.0/csrc/src/miniz/zlib.h +1350 -0
  339. zmat-0.9.0/csrc/src/zmatlib.c +1494 -0
  340. zmat-0.9.0/pyproject.toml +44 -0
  341. zmat-0.9.0/pyzmat.c +506 -0
  342. zmat-0.9.0/setup.cfg +4 -0
  343. zmat-0.9.0/setup.py +250 -0
  344. zmat-0.9.0/src/zmat.egg-info/PKG-INFO +33 -0
  345. zmat-0.9.0/src/zmat.egg-info/SOURCES.txt +408 -0
  346. zmat-0.9.0/src/zmat.egg-info/dependency_links.txt +1 -0
  347. zmat-0.9.0/src/zmat.egg-info/not-zip-safe +1 -0
  348. zmat-0.9.0/src/zmat.egg-info/top_level.txt +5 -0
  349. zmat-0.9.0/tests/test_zmat.py +436 -0
zmat-0.9.0/AUTHORS.txt ADDED
@@ -0,0 +1,26 @@
1
+ ZMAT is written by Qianqian Fang. Qianqian is currently an
2
+ Associate Professor in the Department of Bioengineering at
3
+ Northeastern University.
4
+
5
+ Address: Dept. of Bioengineering
6
+ Northeastern University
7
+ 360 Huntington Ave, ISEC 206, Boston, MA 02115, USA
8
+ URL: http://fanglab.org
9
+ Email: <q.fang at neu.edu>
10
+
11
+ ZMAT Website : https://github.com/NeuroJSON/zmat
12
+
13
+
14
+
15
+ The base64_{encode,decode} functions in the zmat.cpp functions were copied from
16
+ http://web.mit.edu/freebsd/head/contrib/wpa/src/utils/base64.c
17
+ http://web.mit.edu/freebsd/head/contrib/wpa/src/utils/base64.h
18
+ written by Jouni Malinen <j@w1.fi> licensed under the BSD license
19
+
20
+
21
+ The optional LZMA/LZIP compression support is provided by
22
+ the EazyLZMA library written by Lloyd Hilaiel. EazyLZMA was
23
+ built on Igor Pavlov's LZMA library (both previous works
24
+ were released under the public domain)
25
+
26
+ https://github.com/lloyd/easylzma