toil 9.1.1__tar.gz → 9.1.2__tar.gz

This diff represents the content of publicly available package versions that have been released to one of the supported registries. The information contained in this diff is provided for informational purposes only and reflects changes between package versions as they appear in their respective public registries.
Files changed (609) hide show
  1. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/PKG-INFO +1 -1
  2. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/leader.py +3 -8
  3. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/version.py +5 -5
  4. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil.egg-info/PKG-INFO +1 -1
  5. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/version_template.py +1 -1
  6. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/.git-blame-ignore-revs +0 -0
  7. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/.github/PULL_REQUEST_TEMPLATE.md +0 -0
  8. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/.github/dependabot.yml +0 -0
  9. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/.github/workflows/codeql-analysis.yml +0 -0
  10. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/.gitignore +0 -0
  11. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/.gitlab-ci.yml +0 -0
  12. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/.readthedocs.yaml +0 -0
  13. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/CODE_OF_CONDUCT.md +0 -0
  14. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/CONTRIBUTING.md +0 -0
  15. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/LICENSE +0 -0
  16. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/MANIFEST.in +0 -0
  17. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/Makefile +0 -0
  18. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/README.rst +0 -0
  19. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/ROADMAP.md +0 -0
  20. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/attic/README.md +0 -0
  21. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/attic/absolute_imports.py +0 -0
  22. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/attic/jobTreeSlides.pdf +0 -0
  23. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/attic/toil-sort-example.py +0 -0
  24. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/common.mk +0 -0
  25. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/contrib/admin/buildkit-deployment.yml +0 -0
  26. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/contrib/admin/cleanup_aws_resources.py +0 -0
  27. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/contrib/admin/mypy-with-ignore.py +0 -0
  28. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/contrib/admin/remove_trailing_whitespace.py +0 -0
  29. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/contrib/admin/test-pr +0 -0
  30. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/contrib/admin/wheel-of-issues +0 -0
  31. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/contrib/assets/toil-slug-logo-wordmark-2022.svg +0 -0
  32. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/contrib/hooks/lib.py +0 -0
  33. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/contrib/hooks/mypy-after-commit.py +0 -0
  34. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/contrib/hooks/mypy-before-push.py +0 -0
  35. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/contrib/mypy-stubs/configargparse/__init__.pyi +0 -0
  36. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/contrib/mypy-stubs/configargparse/configargparse.pyi +0 -0
  37. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/contrib/mypy-stubs/dill/__init__.pyi +0 -0
  38. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/contrib/mypy-stubs/dill/_dill.pyi +0 -0
  39. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/contrib/mypy-stubs/pubsub/__init__.pyi +0 -0
  40. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/contrib/mypy-stubs/pubsub/core/__init__.pyi +0 -0
  41. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/contrib/mypy-stubs/pubsub/core/annotations.pyi +0 -0
  42. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/contrib/mypy-stubs/pubsub/core/callables.pyi +0 -0
  43. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/contrib/mypy-stubs/pubsub/core/listener.pyi +0 -0
  44. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/contrib/mypy-stubs/pubsub/core/notificationmgr.pyi +0 -0
  45. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/contrib/mypy-stubs/pubsub/core/publisher.pyi +0 -0
  46. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/contrib/mypy-stubs/pubsub/core/topicargspec.pyi +0 -0
  47. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/contrib/mypy-stubs/pubsub/core/topicdefnprovider.pyi +0 -0
  48. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/contrib/mypy-stubs/pubsub/core/topicexc.pyi +0 -0
  49. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/contrib/mypy-stubs/pubsub/core/topicmgr.pyi +0 -0
  50. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/contrib/mypy-stubs/pubsub/core/topicobj.pyi +0 -0
  51. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/contrib/mypy-stubs/pubsub/core/topictreetraverser.pyi +0 -0
  52. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/contrib/mypy-stubs/pubsub/core/topicutils.pyi +0 -0
  53. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/contrib/mypy-stubs/pubsub/core/weakmethod.pyi +0 -0
  54. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/contrib/mypy-stubs/pubsub/pub.pyi +0 -0
  55. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/contrib/mypy-stubs/pubsub/utils/__init__.pyi +0 -0
  56. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/contrib/mypy-stubs/pubsub/utils/exchandling.pyi +0 -0
  57. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/contrib/mypy-stubs/pubsub/utils/misc.pyi +0 -0
  58. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/contrib/mypy-stubs/pubsub/utils/notification.pyi +0 -0
  59. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/contrib/mypy-stubs/pubsub/utils/topictreeprinter.pyi +0 -0
  60. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/contrib/mypy-stubs/pubsub/utils/xmltopicdefnprovider.pyi +0 -0
  61. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/contrib/mypy-stubs/tes/__init__.py +0 -0
  62. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/contrib/mypy-stubs/tes/client.pyi +0 -0
  63. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/contrib/mypy-stubs/tes/models.pyi +0 -0
  64. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/contrib/pod-murder-bot/murder.yaml +0 -0
  65. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/contrib/pod-murder-bot/podKiller.sh +0 -0
  66. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/contrib/slurm-test/check_out.sh +0 -0
  67. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/contrib/slurm-test/docker-compose.yml +0 -0
  68. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/contrib/slurm-test/expected_out_basic.txt +0 -0
  69. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/contrib/slurm-test/expected_out_sort.txt +0 -0
  70. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/contrib/slurm-test/fileToSort.txt +0 -0
  71. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/contrib/slurm-test/slurm.conf +0 -0
  72. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/contrib/slurm-test/slurm_test.sh +0 -0
  73. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/contrib/slurm-test/sort.py +0 -0
  74. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/contrib/slurm-test/toil_workflow.py +0 -0
  75. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/contrib/toil-ci-prebake/Dockerfile +0 -0
  76. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/contrib/toil-cwl-runner/README.rst +0 -0
  77. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/contrib/toil-cwl-runner/pyproject.toml +0 -0
  78. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/contrib/toil-cwl-runner/setup.cfg +0 -0
  79. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/dashboard/grafana/Dockerfile +0 -0
  80. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/dashboard/grafana/toil_dashboard.json +0 -0
  81. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/dashboard/mtail/Dockerfile +0 -0
  82. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/dashboard/mtail/toil.mtail +0 -0
  83. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/dashboard/prometheus/Dockerfile +0 -0
  84. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/dashboard/prometheus/prometheus.yml +0 -0
  85. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/dashboard/prometheus/run.sh +0 -0
  86. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/docker/Dockerfile.py +0 -0
  87. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/docker/customDockerInit.sh +0 -0
  88. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/docker/extra-debs.tsv +0 -0
  89. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/docker/singularity-wrapper.sh +0 -0
  90. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/docker/waitForKey.sh +0 -0
  91. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/docs/Makefile +0 -0
  92. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/docs/_static/favicon.ico +0 -0
  93. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/docs/_static/logo.jpeg +0 -0
  94. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/docs/_static/shortcut.png +0 -0
  95. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/docs/appendices/architecture.rst +0 -0
  96. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/docs/appendices/aws_min_permissions.rst +0 -0
  97. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/docs/appendices/caching_benefits.png +0 -0
  98. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/docs/appendices/deploy.rst +0 -0
  99. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/docs/appendices/environment_vars.rst +0 -0
  100. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/docs/appendices/toil_architecture.png +0 -0
  101. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/docs/conf.py +0 -0
  102. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/docs/contributing/checklists.rst +0 -0
  103. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/docs/contributing/contributing.rst +0 -0
  104. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/docs/cwl/conformance.rst +0 -0
  105. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/docs/cwl/introduction.rst +0 -0
  106. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/docs/cwl/running.rst +0 -0
  107. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/docs/gettingStarted/googleScreenShot.png +0 -0
  108. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/docs/gettingStarted/googleScreenShot2.png +0 -0
  109. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/docs/gettingStarted/install.rst +0 -0
  110. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/docs/gettingStarted/quickStart.rst +0 -0
  111. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/docs/index.rst +0 -0
  112. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/docs/python/developing.rst +0 -0
  113. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/docs/python/toilAPI.rst +0 -0
  114. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/docs/python/toilAPIBatchsystem.rst +0 -0
  115. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/docs/python/toilAPIExceptions.rst +0 -0
  116. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/docs/python/toilAPIFilestore.rst +0 -0
  117. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/docs/python/toilAPIJobFunctions.rst +0 -0
  118. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/docs/python/toilAPIJobstore.rst +0 -0
  119. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/docs/python/toilAPIMethods.rst +0 -0
  120. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/docs/python/toilAPIRunner.rst +0 -0
  121. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/docs/python/toilAPIService.rst +0 -0
  122. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/docs/running/cliOptions.rst +0 -0
  123. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/docs/running/cloud/amazon.rst +0 -0
  124. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/docs/running/cloud/amazonaddkeypair.png +0 -0
  125. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/docs/running/cloud/cloud.rst +0 -0
  126. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/docs/running/cloud/clusterUtils.rst +0 -0
  127. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/docs/running/cloud/dashboard_screenshot.png +0 -0
  128. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/docs/running/cloud/gce.rst +0 -0
  129. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/docs/running/cloud/googleScreenShot.png +0 -0
  130. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/docs/running/cloud/googleScreenShot2.png +0 -0
  131. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/docs/running/cloud/kubernetes.rst +0 -0
  132. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/docs/running/debugging.rst +0 -0
  133. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/docs/running/hpcEnvironments.rst +0 -0
  134. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/docs/running/introduction.rst +0 -0
  135. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/docs/running/server/docker-compose.yml +0 -0
  136. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/docs/running/server/wes.rst +0 -0
  137. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/docs/running/utils.rst +0 -0
  138. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/docs/vendor/sphinxcontrib/__init__.py +0 -0
  139. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/docs/vendor/sphinxcontrib/fulltoc.py +0 -0
  140. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/docs/wdl/conformance.rst +0 -0
  141. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/docs/wdl/developing.rst +0 -0
  142. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/docs/wdl/introduction.rst +0 -0
  143. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/docs/wdl/running.rst +0 -0
  144. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/docs/wdl/tutorial.rst +0 -0
  145. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/pyproject.toml +0 -0
  146. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/requirements-aws.txt +0 -0
  147. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/requirements-cwl.txt +0 -0
  148. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/requirements-dev.txt +0 -0
  149. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/requirements-encryption.txt +0 -0
  150. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/requirements-google.txt +0 -0
  151. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/requirements-htcondor.txt +0 -0
  152. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/requirements-kubernetes.txt +0 -0
  153. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/requirements-mesos.txt +0 -0
  154. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/requirements-server.txt +0 -0
  155. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/requirements-wdl.txt +0 -0
  156. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/requirements.txt +0 -0
  157. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/setup.cfg +0 -0
  158. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/setup.py +0 -0
  159. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/setup_gitlab_docker.py +0 -0
  160. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/setup_gitlab_ssh.py +0 -0
  161. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/__init__.py +0 -0
  162. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/batchSystems/__init__.py +0 -0
  163. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/batchSystems/abstractBatchSystem.py +0 -0
  164. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/batchSystems/abstractGridEngineBatchSystem.py +0 -0
  165. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/batchSystems/awsBatch.py +0 -0
  166. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/batchSystems/cleanup_support.py +0 -0
  167. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/batchSystems/contained_executor.py +0 -0
  168. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/batchSystems/gridengine.py +0 -0
  169. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/batchSystems/htcondor.py +0 -0
  170. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/batchSystems/kubernetes.py +0 -0
  171. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/batchSystems/local_support.py +0 -0
  172. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/batchSystems/lsf.py +0 -0
  173. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/batchSystems/lsfHelper.py +0 -0
  174. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/batchSystems/mesos/__init__.py +0 -0
  175. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/batchSystems/mesos/batchSystem.py +0 -0
  176. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/batchSystems/mesos/conftest.py +0 -0
  177. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/batchSystems/mesos/executor.py +0 -0
  178. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/batchSystems/mesos/test/__init__.py +0 -0
  179. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/batchSystems/options.py +0 -0
  180. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/batchSystems/registry.py +0 -0
  181. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/batchSystems/singleMachine.py +0 -0
  182. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/batchSystems/slurm.py +0 -0
  183. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/batchSystems/torque.py +0 -0
  184. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/bus.py +0 -0
  185. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/common.py +0 -0
  186. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/cwl/__init__.py +0 -0
  187. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/cwl/conftest.py +0 -0
  188. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/cwl/cwltoil.py +0 -0
  189. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/cwl/utils.py +0 -0
  190. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/deferred.py +0 -0
  191. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/exceptions.py +0 -0
  192. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/fileStores/__init__.py +0 -0
  193. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/fileStores/abstractFileStore.py +0 -0
  194. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/fileStores/cachingFileStore.py +0 -0
  195. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/fileStores/nonCachingFileStore.py +0 -0
  196. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/job.py +0 -0
  197. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/jobStores/__init__.py +0 -0
  198. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/jobStores/abstractJobStore.py +0 -0
  199. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/jobStores/aws/__init__.py +0 -0
  200. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/jobStores/aws/jobStore.py +0 -0
  201. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/jobStores/aws/utils.py +0 -0
  202. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/jobStores/conftest.py +0 -0
  203. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/jobStores/fileJobStore.py +0 -0
  204. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/jobStores/googleJobStore.py +0 -0
  205. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/jobStores/utils.py +0 -0
  206. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/lib/__init__.py +0 -0
  207. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/lib/accelerators.py +0 -0
  208. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/lib/aws/__init__.py +0 -0
  209. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/lib/aws/ami.py +0 -0
  210. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/lib/aws/config.py +0 -0
  211. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/lib/aws/iam.py +0 -0
  212. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/lib/aws/s3.py +0 -0
  213. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/lib/aws/session.py +0 -0
  214. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/lib/aws/utils.py +0 -0
  215. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/lib/aws/utils.py.orig +0 -0
  216. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/lib/bioio.py +0 -0
  217. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/lib/checksum.py +0 -0
  218. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/lib/compatibility.py +0 -0
  219. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/lib/conversions.py +0 -0
  220. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/lib/directory.py +0 -0
  221. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/lib/docker.py +0 -0
  222. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/lib/dockstore.py +0 -0
  223. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/lib/ec2.py +0 -0
  224. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/lib/ec2nodes.py +0 -0
  225. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/lib/encryption/__init__.py +0 -0
  226. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/lib/encryption/_dummy.py +0 -0
  227. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/lib/encryption/_nacl.py +0 -0
  228. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/lib/encryption/conftest.py +0 -0
  229. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/lib/exceptions.py +0 -0
  230. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/lib/expando.py +0 -0
  231. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/lib/ftp_utils.py +0 -0
  232. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/lib/generatedEC2Lists.py +0 -0
  233. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/lib/history.py +0 -0
  234. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/lib/history_submission.py +0 -0
  235. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/lib/humanize.py +0 -0
  236. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/lib/io.py +0 -0
  237. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/lib/memoize.py +0 -0
  238. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/lib/misc.py +0 -0
  239. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/lib/objects.py +0 -0
  240. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/lib/pipes.py +0 -0
  241. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/lib/plugins.py +0 -0
  242. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/lib/resources.py +0 -0
  243. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/lib/retry.py +0 -0
  244. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/lib/threading.py +0 -0
  245. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/lib/throttle.py +0 -0
  246. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/lib/trs.py +0 -0
  247. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/lib/url.py +0 -0
  248. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/lib/web.py +0 -0
  249. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/options/__init__.py +0 -0
  250. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/options/common.py +0 -0
  251. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/options/cwl.py +0 -0
  252. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/options/runner.py +0 -0
  253. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/options/wdl.py +0 -0
  254. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/provisioners/__init__.py +0 -0
  255. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/provisioners/abstractProvisioner.py +0 -0
  256. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/provisioners/aws/__init__.py +0 -0
  257. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/provisioners/aws/awsProvisioner.py +0 -0
  258. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/provisioners/clusterScaler.py +0 -0
  259. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/provisioners/gceProvisioner.py +0 -0
  260. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/provisioners/node.py +0 -0
  261. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/realtimeLogger.py +0 -0
  262. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/resource.py +0 -0
  263. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/server/__init__.py +0 -0
  264. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/server/api_spec/LICENSE +0 -0
  265. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/server/api_spec/README.rst +0 -0
  266. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/server/api_spec/__init__.py +0 -0
  267. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/server/api_spec/workflow_execution_service.swagger.yaml +0 -0
  268. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/server/app.py +0 -0
  269. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/server/celery_app.py +0 -0
  270. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/server/cli/__init__.py +0 -0
  271. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/server/cli/wes_cwl_runner.py +0 -0
  272. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/server/utils.py +0 -0
  273. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/server/wes/__init__.py +0 -0
  274. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/server/wes/abstract_backend.py +0 -0
  275. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/server/wes/amazon_wes_utils.py +0 -0
  276. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/server/wes/tasks.py +0 -0
  277. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/server/wes/toil_backend.py +0 -0
  278. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/server/wsgi_app.py +0 -0
  279. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/serviceManager.py +0 -0
  280. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/statsAndLogging.py +0 -0
  281. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/__init__.py +0 -0
  282. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/batchSystems/__init__.py +0 -0
  283. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/batchSystems/batchSystemTest.py +0 -0
  284. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/batchSystems/batch_system_plugin_test.py +0 -0
  285. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/batchSystems/test_gridengine.py +0 -0
  286. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/batchSystems/test_lsf_helper.py +0 -0
  287. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/batchSystems/test_slurm.py +0 -0
  288. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cactus/__init__.py +0 -0
  289. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cactus/pestis.tar.gz +0 -0
  290. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cactus/test_cactus_integration.py +0 -0
  291. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/conftest.py +0 -0
  292. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/2.fasta +0 -0
  293. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/2.fastq +0 -0
  294. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/__init__.py +0 -0
  295. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/alwaysfails.cwl +0 -0
  296. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/colon_test_output.cwl +0 -0
  297. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/colon_test_output_job.yaml +0 -0
  298. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/conditional_wf.cwl +0 -0
  299. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/conditional_wf.yaml +0 -0
  300. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/conftest.py +0 -0
  301. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/cwlTest.py +0 -0
  302. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/directory/directory/file.txt +0 -0
  303. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/directory_from_directory.cwl +0 -0
  304. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/download.cwl +0 -0
  305. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/download_directory.cwl +0 -0
  306. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/download_directory_file.json +0 -0
  307. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/download_directory_s3.json +0 -0
  308. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/download_file.json +0 -0
  309. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/download_http.json +0 -0
  310. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/download_https.json +0 -0
  311. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/download_s3.json +0 -0
  312. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/download_subdirectory.cwl +0 -0
  313. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/download_subdirectory_file.json +0 -0
  314. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/download_subdirectory_s3.json +0 -0
  315. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/echo-stderr.cwl +0 -0
  316. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/echo-stdout-log-dir.cwl +0 -0
  317. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/echo.cwl +0 -0
  318. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/echo_string.cwl +0 -0
  319. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/echo_string_scatter_capture_stdout.cwl +0 -0
  320. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/empty.json +0 -0
  321. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/file_from_directory.cwl +0 -0
  322. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/glob_dir.cwl +0 -0
  323. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/load_contents.cwl +0 -0
  324. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/measure_default_memory.cwl +0 -0
  325. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/mock_mpi/fake_mpi.yml +0 -0
  326. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/mock_mpi/fake_mpi_run.py +0 -0
  327. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/mpi_simple.cwl +0 -0
  328. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/not_run_required_input.cwl +0 -0
  329. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/nvidia_smi.cwl +0 -0
  330. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/optional-file-exists.json +0 -0
  331. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/optional-file-missing.json +0 -0
  332. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/optional-file.cwl +0 -0
  333. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/preemptible.cwl +0 -0
  334. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/preemptible_expression.cwl +0 -0
  335. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/preemptible_expression.json +0 -0
  336. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/revsort-job-missing.json +0 -0
  337. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/revsort-job.json +0 -0
  338. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/revsort.cwl +0 -0
  339. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/revsort2.cwl +0 -0
  340. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/revtool.cwl +0 -0
  341. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/revtool2.cwl +0 -0
  342. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/s3_secondary_file.cwl +0 -0
  343. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/s3_secondary_file.json +0 -0
  344. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/scatter_duplicate_outputs.cwl +0 -0
  345. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/seqtk_seq.cwl +0 -0
  346. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/seqtk_seq_job.json +0 -0
  347. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/sorttool.cwl +0 -0
  348. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/staging_cat.cwl +0 -0
  349. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/staging_make_file.cwl +0 -0
  350. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/staging_workflow.cwl +0 -0
  351. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/stream.cwl +0 -0
  352. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/stream.json +0 -0
  353. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/test_filename_conflict_detection.cwl +0 -0
  354. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/test_filename_conflict_detection_at_root.cwl +0 -0
  355. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/test_filename_conflict_resolution.cwl +0 -0
  356. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/test_filename_conflict_resolution.ms/table.dat +0 -0
  357. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/test_filename_conflict_resolution.ms/table.f0 +0 -0
  358. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/test_filename_conflict_resolution.ms/table.f1 +0 -0
  359. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/test_filename_conflict_resolution.ms/table.f1i +0 -0
  360. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/test_filename_conflict_resolution.ms/table.f2 +0 -0
  361. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/test_filename_conflict_resolution.ms/table.f2_TSM0 +0 -0
  362. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/test_filename_conflict_resolution.ms/table.f3 +0 -0
  363. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/test_filename_conflict_resolution.ms/table.f3_TSM0 +0 -0
  364. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/test_filename_conflict_resolution.ms/table.f4 +0 -0
  365. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/test_filename_conflict_resolution.ms/table.f4_TSM0 +0 -0
  366. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/test_filename_conflict_resolution.ms/table.f5 +0 -0
  367. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/test_filename_conflict_resolution.ms/table.info +0 -0
  368. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/test_filename_conflict_resolution.ms/table.lock +0 -0
  369. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/whale.txt +0 -0
  370. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/cwl/zero_default.cwl +0 -0
  371. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/docs/__init__.py +0 -0
  372. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/docs/scripts/example_alwaysfail.py +0 -0
  373. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/docs/scripts/example_alwaysfail_with_files.wdl +0 -0
  374. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/docs/scripts/example_cachingbenchmark.py +0 -0
  375. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/docs/scripts/stagingExampleFiles/out.txt +0 -0
  376. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/docs/scripts/tutorial_arguments.py +0 -0
  377. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/docs/scripts/tutorial_debugging.patch +0 -0
  378. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/docs/scripts/tutorial_debugging_hangs.wdl +0 -0
  379. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/docs/scripts/tutorial_debugging_works.wdl +0 -0
  380. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/docs/scripts/tutorial_docker.py +0 -0
  381. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/docs/scripts/tutorial_dynamic.py +0 -0
  382. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/docs/scripts/tutorial_encapsulation.py +0 -0
  383. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/docs/scripts/tutorial_encapsulation2.py +0 -0
  384. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/docs/scripts/tutorial_helloworld.py +0 -0
  385. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/docs/scripts/tutorial_invokeworkflow.py +0 -0
  386. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/docs/scripts/tutorial_invokeworkflow2.py +0 -0
  387. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/docs/scripts/tutorial_jobfunctions.py +0 -0
  388. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/docs/scripts/tutorial_managing.py +0 -0
  389. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/docs/scripts/tutorial_managing2.py +0 -0
  390. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/docs/scripts/tutorial_multiplejobs.py +0 -0
  391. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/docs/scripts/tutorial_multiplejobs2.py +0 -0
  392. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/docs/scripts/tutorial_multiplejobs3.py +0 -0
  393. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/docs/scripts/tutorial_promises.py +0 -0
  394. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/docs/scripts/tutorial_promises2.py +0 -0
  395. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/docs/scripts/tutorial_quickstart.py +0 -0
  396. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/docs/scripts/tutorial_requirements.py +0 -0
  397. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/docs/scripts/tutorial_services.py +0 -0
  398. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/docs/scripts/tutorial_staging.py +0 -0
  399. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/docs/scripts/tutorial_stats.py +0 -0
  400. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/docs/scriptsTest.py +0 -0
  401. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/jobStores/__init__.py +0 -0
  402. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/jobStores/jobStoreTest.py +0 -0
  403. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/lib/__init__.py +0 -0
  404. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/lib/aws/__init__.py +0 -0
  405. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/lib/aws/test_iam.py +0 -0
  406. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/lib/aws/test_s3.py +0 -0
  407. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/lib/aws/test_utils.py +0 -0
  408. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/lib/dockerTest.py +0 -0
  409. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/lib/test_conversions.py +0 -0
  410. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/lib/test_ec2.py +0 -0
  411. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/lib/test_history.py +0 -0
  412. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/lib/test_misc.py +0 -0
  413. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/lib/test_trs.py +0 -0
  414. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/lib/test_url.py +0 -0
  415. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/lib/url_plugin_test.py +0 -0
  416. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/mesos/MesosDataStructuresTest.py +0 -0
  417. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/mesos/__init__.py +0 -0
  418. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/mesos/helloWorld.py +0 -0
  419. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/mesos/stress.py +0 -0
  420. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/options/__init__.py +0 -0
  421. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/options/options.py +0 -0
  422. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/provisioners/__init__.py +0 -0
  423. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/provisioners/aws/__init__.py +0 -0
  424. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/provisioners/aws/awsProvisionerTest.py +0 -0
  425. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/provisioners/clusterScalerTest.py +0 -0
  426. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/provisioners/clusterTest.py +0 -0
  427. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/provisioners/gceProvisionerTest.py +0 -0
  428. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/provisioners/provisionerTest.py +0 -0
  429. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/provisioners/restartScript.py +0 -0
  430. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/server/__init__.py +0 -0
  431. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/server/serverTest.py +0 -0
  432. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/sort/__init__.py +0 -0
  433. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/sort/restart_sort.py +0 -0
  434. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/sort/sort.py +0 -0
  435. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/sort/sortTest.py +0 -0
  436. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/src/__init__.py +0 -0
  437. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/src/autoDeploymentTest.py +0 -0
  438. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/src/busTest.py +0 -0
  439. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/src/checkpointTest.py +0 -0
  440. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/src/deferredFunctionTest.py +0 -0
  441. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/src/dockerCheckTest.py +0 -0
  442. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/src/environmentTest.py +0 -0
  443. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/src/fileStoreTest.py +0 -0
  444. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/src/helloWorldTest.py +0 -0
  445. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/src/importExportFileTest.py +0 -0
  446. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/src/jobDescriptionTest.py +0 -0
  447. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/src/jobEncapsulationTest.py +0 -0
  448. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/src/jobFileStoreTest.py +0 -0
  449. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/src/jobServiceTest.py +0 -0
  450. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/src/jobTest.py +0 -0
  451. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/src/miscTests.py +0 -0
  452. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/src/promisedRequirementTest.py +0 -0
  453. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/src/promisesTest.py +0 -0
  454. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/src/realtimeLoggerTest.py +0 -0
  455. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/src/regularLogTest.py +0 -0
  456. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/src/resourceTest.py +0 -0
  457. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/src/restartDAGTest.py +0 -0
  458. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/src/resumabilityTest.py +0 -0
  459. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/src/retainTempDirTest.py +0 -0
  460. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/src/systemTest.py +0 -0
  461. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/src/threadingTest.py +0 -0
  462. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/src/toilContextManagerTest.py +0 -0
  463. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/src/userDefinedJobArgTypeTest.py +0 -0
  464. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/src/workerTest.py +0 -0
  465. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/utils/ABCWorkflowDebug/ABC.txt +0 -0
  466. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/utils/ABCWorkflowDebug/B_file.txt +0 -0
  467. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/utils/ABCWorkflowDebug/debugWorkflow.py +0 -0
  468. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/utils/ABCWorkflowDebug/mkFile.py +0 -0
  469. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/utils/ABCWorkflowDebug/sleep.cwl +0 -0
  470. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/utils/ABCWorkflowDebug/sleep.yaml +0 -0
  471. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/utils/__init__.py +0 -0
  472. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/utils/toilDebugTest.py +0 -0
  473. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/utils/toilKillTest.py +0 -0
  474. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/utils/utilsTest.py +0 -0
  475. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/__init__.py +0 -0
  476. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/lint_error.wdl +0 -0
  477. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/md5sum/empty_file.json +0 -0
  478. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/md5sum/md5sum-gs.json +0 -0
  479. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/md5sum/md5sum.1.0.wdl +0 -0
  480. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/md5sum/md5sum.input +0 -0
  481. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/md5sum/md5sum.json +0 -0
  482. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/md5sum/md5sum.wdl +0 -0
  483. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/miniwdl_self_test/inputs-namespaced.json +0 -0
  484. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/miniwdl_self_test/inputs.json +0 -0
  485. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/miniwdl_self_test/self_test.wdl +0 -0
  486. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/standard_library/as_map.json +0 -0
  487. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/standard_library/as_map_as_input.wdl +0 -0
  488. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/standard_library/as_pairs.json +0 -0
  489. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/standard_library/as_pairs_as_input.wdl +0 -0
  490. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/standard_library/ceil.json +0 -0
  491. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/standard_library/ceil_as_command.wdl +0 -0
  492. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/standard_library/ceil_as_input.wdl +0 -0
  493. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/standard_library/collect_by_key.json +0 -0
  494. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/standard_library/collect_by_key_as_input.wdl +0 -0
  495. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/standard_library/cross.json +0 -0
  496. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/standard_library/cross_as_input.wdl +0 -0
  497. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/standard_library/flatten.json +0 -0
  498. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/standard_library/flatten_as_input.wdl +0 -0
  499. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/standard_library/floor.json +0 -0
  500. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/standard_library/floor_as_command.wdl +0 -0
  501. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/standard_library/floor_as_input.wdl +0 -0
  502. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/standard_library/keys.json +0 -0
  503. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/standard_library/keys_as_input.wdl +0 -0
  504. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/standard_library/length.json +0 -0
  505. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/standard_library/length_as_input.wdl +0 -0
  506. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/standard_library/length_as_input_with_map.json +0 -0
  507. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/standard_library/length_as_input_with_map.wdl +0 -0
  508. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/standard_library/length_invalid.json +0 -0
  509. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/standard_library/range.json +0 -0
  510. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/standard_library/range_0.json +0 -0
  511. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/standard_library/range_as_input.wdl +0 -0
  512. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/standard_library/range_invalid.json +0 -0
  513. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/standard_library/read_boolean.json +0 -0
  514. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/standard_library/read_boolean_as_command.wdl +0 -0
  515. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/standard_library/read_float.json +0 -0
  516. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/standard_library/read_float_as_command.wdl +0 -0
  517. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/standard_library/read_int.json +0 -0
  518. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/standard_library/read_int_as_command.wdl +0 -0
  519. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/standard_library/read_json.json +0 -0
  520. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/standard_library/read_json_as_output.wdl +0 -0
  521. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/standard_library/read_lines.json +0 -0
  522. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/standard_library/read_lines_as_output.wdl +0 -0
  523. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/standard_library/read_map.json +0 -0
  524. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/standard_library/read_map_as_output.wdl +0 -0
  525. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/standard_library/read_string.json +0 -0
  526. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/standard_library/read_string_as_command.wdl +0 -0
  527. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/standard_library/read_tsv.json +0 -0
  528. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/standard_library/read_tsv_as_output.wdl +0 -0
  529. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/standard_library/round.json +0 -0
  530. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/standard_library/round_as_command.wdl +0 -0
  531. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/standard_library/round_as_input.wdl +0 -0
  532. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/standard_library/size.json +0 -0
  533. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/standard_library/size_as_command.wdl +0 -0
  534. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/standard_library/size_as_output.wdl +0 -0
  535. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/standard_library/stderr.json +0 -0
  536. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/standard_library/stderr_as_output.wdl +0 -0
  537. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/standard_library/stdout.json +0 -0
  538. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/standard_library/stdout_as_output.wdl +0 -0
  539. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/standard_library/sub.json +0 -0
  540. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/standard_library/sub_as_input.wdl +0 -0
  541. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/standard_library/sub_as_input_with_file.wdl +0 -0
  542. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/standard_library/transpose.json +0 -0
  543. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/standard_library/transpose_as_input.wdl +0 -0
  544. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/standard_library/write_json.json +0 -0
  545. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/standard_library/write_json_as_command.wdl +0 -0
  546. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/standard_library/write_lines.json +0 -0
  547. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/standard_library/write_lines_as_command.wdl +0 -0
  548. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/standard_library/write_map.json +0 -0
  549. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/standard_library/write_map_as_command.wdl +0 -0
  550. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/standard_library/write_tsv.json +0 -0
  551. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/standard_library/write_tsv_as_command.wdl +0 -0
  552. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/standard_library/zip.json +0 -0
  553. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/standard_library/zip_as_input.wdl +0 -0
  554. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/test.csv +0 -0
  555. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/test.tsv +0 -0
  556. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/testfiles/croo.wdl +0 -0
  557. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/testfiles/drop_files.wdl +0 -0
  558. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/testfiles/drop_files_subworkflow.wdl +0 -0
  559. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/testfiles/empty.txt +0 -0
  560. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/testfiles/gather.wdl +0 -0
  561. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/testfiles/not_enough_outputs.wdl +0 -0
  562. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/testfiles/random.wdl +0 -0
  563. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/testfiles/read_file.wdl +0 -0
  564. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/testfiles/string_file_coercion.json +0 -0
  565. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/testfiles/string_file_coercion.wdl +0 -0
  566. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/testfiles/test.json +0 -0
  567. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/testfiles/test_boolean.txt +0 -0
  568. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/testfiles/test_float.txt +0 -0
  569. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/testfiles/test_int.txt +0 -0
  570. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/testfiles/test_lines.txt +0 -0
  571. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/testfiles/test_map.txt +0 -0
  572. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/testfiles/test_string.txt +0 -0
  573. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/testfiles/url_to_file.wdl +0 -0
  574. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/testfiles/url_to_optional_file.wdl +0 -0
  575. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/testfiles/vocab.json +0 -0
  576. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/testfiles/vocab.wdl +0 -0
  577. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/testfiles/wait.wdl +0 -0
  578. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/wdl_specification/type_pair.json +0 -0
  579. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/wdl_specification/type_pair_basic.wdl +0 -0
  580. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/wdl_specification/type_pair_with_files.wdl +0 -0
  581. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/wdl_specification/v1_spec.json +0 -0
  582. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/wdl_specification/v1_spec_declaration.wdl +0 -0
  583. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/wdltoil_test.py +0 -0
  584. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/test/wdl/wdltoil_test_kubernetes.py +0 -0
  585. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/toilState.py +0 -0
  586. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/utils/__init__.py +0 -0
  587. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/utils/toilClean.py +0 -0
  588. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/utils/toilConfig.py +0 -0
  589. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/utils/toilDebugFile.py +0 -0
  590. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/utils/toilDebugJob.py +0 -0
  591. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/utils/toilDestroyCluster.py +0 -0
  592. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/utils/toilKill.py +0 -0
  593. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/utils/toilLaunchCluster.py +0 -0
  594. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/utils/toilMain.py +0 -0
  595. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/utils/toilRsyncCluster.py +0 -0
  596. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/utils/toilServer.py +0 -0
  597. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/utils/toilSshCluster.py +0 -0
  598. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/utils/toilStats.py +0 -0
  599. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/utils/toilStatus.py +0 -0
  600. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/utils/toilUpdateEC2Instances.py +0 -0
  601. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/wdl/__init__.py +0 -0
  602. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/wdl/utils.py +0 -0
  603. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/wdl/wdltoil.py +0 -0
  604. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil/worker.py +0 -0
  605. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil.egg-info/SOURCES.txt +0 -0
  606. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil.egg-info/dependency_links.txt +0 -0
  607. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil.egg-info/entry_points.txt +0 -0
  608. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil.egg-info/requires.txt +0 -0
  609. {toil-9.1.1 → toil-9.1.2}/src/toil.egg-info/top_level.txt +0 -0
@@ -1,6 +1,6 @@
1
1
  Metadata-Version: 2.4
2
2
  Name: toil
3
- Version: 9.1.1
3
+ Version: 9.1.2
4
4
  Summary: Pipeline management software for clusters.
5
5
  Home-page: https://github.com/DataBiosphere/toil
6
6
  Author: Benedict Paten and the Toil community
@@ -349,14 +349,9 @@ class Leader:
349
349
  def create_status_sentinel_file(self, fail: bool) -> None:
350
350
  """Create a file in the jobstore indicating failure or success."""
351
351
  logName = "failed.log" if fail else "succeeded.log"
352
- localLog = os.path.join(os.getcwd(), logName)
353
- open(localLog, "w").close()
354
- self.jobStore.import_file("file://" + localLog, logName, hardlink=True)
355
-
356
- if os.path.exists(
357
- localLog
358
- ): # Bandaid for Jenkins tests failing stochastically and unexplainably.
359
- os.remove(localLog)
352
+ with self.jobStore.write_shared_file_stream(logName) as file_handle:
353
+ # We just need an empty file, so don't write any content
354
+ pass
360
355
 
361
356
  def _handledFailedSuccessor(self, successor_id: str, predecessor_id: str) -> bool:
362
357
  """
@@ -1,13 +1,13 @@
1
- baseVersion = '9.1.1'
1
+ baseVersion = '9.1.2'
2
2
  cgcloudVersion = '1.6.0a1.dev393'
3
- version = '9.1.1-f654a3c80f5318ae2ec2e5ecb278a05e1e844a58'
3
+ version = '9.1.2-355b72ba0e425619c0367562caf2a337078dba65'
4
4
  cacheTag = 'cache-local-py3.9'
5
5
  mainCacheTag = 'cache-master-py3.9'
6
- distVersion = '9.1.1'
6
+ distVersion = '9.1.2'
7
7
  exactPython = 'python3.9'
8
8
  python = 'python3.9'
9
- dockerTag = '9.1.1-f654a3c80f5318ae2ec2e5ecb278a05e1e844a58-py3.9'
10
- currentCommit = 'f654a3c80f5318ae2ec2e5ecb278a05e1e844a58'
9
+ dockerTag = '9.1.2-355b72ba0e425619c0367562caf2a337078dba65-py3.9'
10
+ currentCommit = '355b72ba0e425619c0367562caf2a337078dba65'
11
11
  dockerRegistry = 'quay.io/ucsc_cgl'
12
12
  dockerName = 'toil'
13
13
  dirty = False
@@ -1,6 +1,6 @@
1
1
  Metadata-Version: 2.4
2
2
  Name: toil
3
- Version: 9.1.1
3
+ Version: 9.1.2
4
4
  Summary: Pipeline management software for clusters.
5
5
  Home-page: https://github.com/DataBiosphere/toil
6
6
  Author: Benedict Paten and the Toil community
@@ -28,7 +28,7 @@ import the expand_ function and invoke it directly with either no or exactly one
28
28
  # - don't import even standard modules at global scope without renaming them
29
29
  # to have leading/trailing underscores
30
30
 
31
- baseVersion = "9.1.1"
31
+ baseVersion = "9.1.2"
32
32
  cgcloudVersion = "1.6.0a1.dev393"
33
33
 
34
34
 
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes