runops 2.5.0__tar.gz → 2.7.0__tar.gz

{runops-2.5.0 → runops-2.7.0}/PKG-INFO

@@ -1,6 +1,6 @@
 Metadata-Version: 2.5
 Name: runops
-Version: 2.5.0
+Version: 2.7.0
 Summary: Run ledger and Slurm job submission for HPC simulation projects
 Project-URL: Homepage, https://github.com/Nkzono99/runops
 Project-URL: Documentation, https://github.com/Nkzono99/runops/blob/main/docs/reference.md
@@ -76,6 +76,7 @@ runo init
 | 資源を変えて作り直す | R20261015-0003 を 256 並列・72 時間で作り直して（case はそのまま） |
 | 片付ける | 古い run を整理して。消すものと archive するものを先に見せて |
 | 作り直した旧系列を片付ける | 旧系列は新系列で置き換えたので、対応を記録して archive して |
+| 解析する | この系列の速度を比較して。図とスクリプト、調査メモを系列の `_analysis/` にまとめて |
 | simulator を足す | パッチを当てた ~/BEACH-dev をビルドして、別の simulator として登録して |
 | 更新する | runops と simulator を最新にして |
 | v1 から移る | この project を runops v2 に移行して（`runo migrate-v1` を dry-run で確認してから） |
@@ -100,15 +101,19 @@ lunar-sheath/
 │   │   │   ├── work/            Slurm のログと出力
 │   │   │   └── analysis/
 │   │   └── wc-phiz-scan/        sweep はまとめて 1 階層
+│   │       └── _analysis/      系列・sweep の比較調査（topic ごと）
 │   ├── _scratch/                smoke / debug（期限付き）
 │   └── _archive/                archive した run
 ├── LOG.md                       run をまたぐ結論と次の判断
 ├── notes/                       再利用する知見
+├── analysis/                    複数系列にまたがる調査。共通コードは lib/
 └── AGENTS.md, .agents/skills/, .claude/skills/
 ```
 
 run は ID が変わらないので、directory を移動してもエージェントは見つけられます。
 `work/` は Git の対象外で、`manifest.toml`、`input/`、`job.sh` は Git で追えます。
+解析は依存する run の範囲で置き場所を選び、調査ごとに `README.md`、`scripts/`、`out/`、
+`logs/` をまとめます。判断は `LOG.md` からリンクし、古い解析 job の log は整理候補になります。
 
 ## 対応 simulator
 

{runops-2.5.0 → runops-2.7.0}/README.md

@@ -45,6 +45,7 @@ runo init
 | 資源を変えて作り直す | R20261015-0003 を 256 並列・72 時間で作り直して（case はそのまま） |
 | 片付ける | 古い run を整理して。消すものと archive するものを先に見せて |
 | 作り直した旧系列を片付ける | 旧系列は新系列で置き換えたので、対応を記録して archive して |
+| 解析する | この系列の速度を比較して。図とスクリプト、調査メモを系列の `_analysis/` にまとめて |
 | simulator を足す | パッチを当てた ~/BEACH-dev をビルドして、別の simulator として登録して |
 | 更新する | runops と simulator を最新にして |
 | v1 から移る | この project を runops v2 に移行して（`runo migrate-v1` を dry-run で確認してから） |
@@ -69,15 +70,19 @@ lunar-sheath/
 │   │   │   ├── work/            Slurm のログと出力
 │   │   │   └── analysis/
 │   │   └── wc-phiz-scan/        sweep はまとめて 1 階層
+│   │       └── _analysis/      系列・sweep の比較調査（topic ごと）
 │   ├── _scratch/                smoke / debug（期限付き）
 │   └── _archive/                archive した run
 ├── LOG.md                       run をまたぐ結論と次の判断
 ├── notes/                       再利用する知見
+├── analysis/                    複数系列にまたがる調査。共通コードは lib/
 └── AGENTS.md, .agents/skills/, .claude/skills/
 ```
 
 run は ID が変わらないので、directory を移動してもエージェントは見つけられます。
 `work/` は Git の対象外で、`manifest.toml`、`input/`、`job.sh` は Git で追えます。
+解析は依存する run の範囲で置き場所を選び、調査ごとに `README.md`、`scripts/`、`out/`、
+`logs/` をまとめます。判断は `LOG.md` からリンクし、古い解析 job の log は整理候補になります。
 
 ## 対応 simulator
 

{runops-2.5.0 → runops-2.7.0}/SPEC.md

@@ -119,12 +119,14 @@ v1 で運用した 2 つの project（`project_dust_release`: BEACH、run 120、
       <run_id>--<label>/           # 単発 run
       <sweep_label>/
         <run_id>--<label>/         # sweep で生成された run
+        _analysis/<topic>/        # この group に依存する調査（§9.1）
     _scratch/
       <run_id>--<label>/           # scratch run
     _archive/
       <case_name>/...              # archive された run（元の相対 path を保つ）
   adapters/                # 任意。project ローカル adapter `<name>.py`（§8.1）
   notes/                   # 永続的な知見。1 topic 1 file。runops は管理しない（§9）
+  analysis/<topic>/        # 複数 group にまたがる調査。共通コードは analysis/lib/（§9.1）
   LOG.md                   # project 全体の追記専用ログ（§9）
   AGENTS.md                # agent 向け入口（§10）
   CLAUDE.md                # `@AGENTS.md` のみ
@@ -147,7 +149,8 @@ v1 で運用した 2 つの project（`project_dust_release`: BEACH、run 120、
   `runs/` 配下の任意の場所に移動してよい。runops は manifest の `run.id` で run を
   見つける（§7.2）。
 - 既定の配置先は `runs/<case_name>/`。`--dest` で上書きできる。`_` で始まる
-  directory（`_scratch`、`_archive`）は runops が予約する。
+  directory（`_scratch`、`_archive`、`_analysis`）は runops が予約する。
+  `_analysis` は group の調査用で、run の発見・作成先から除く。
 - run directory の中（自身と子孫）には run を置けない。`--dest` が既存 run の中なら拒否し、
   `delete` は中に別の run があれば拒否する（§7.2 の走査は manifest のある directory で止まる）。
 - run id は `R<YYYYMMDD>-<NNNN>`。その日の既存 run と `.runops/last_run_id` の大きい方に 1 を足す。
@@ -160,7 +163,8 @@ v1 で運用した 2 つの project（`project_dust_release`: BEACH、run 120、
 - `materials/`、`refs/`、`scripts/` などユーザーが置く directory は runops の関知外。
   runops は `runs/`、`cases/`、`.runops/`、`.agents/skills/`、`.claude/skills/`、
   `AGENTS.md`、`CLAUDE.md`、`runops.toml` 以外を作成・変更しない（`LOG.md`、`notes/`
-  は `init` の雛形生成のみ）。
+  は `init` の雛形生成のみ）。例外として `tidy --apply --only analysis-logs` は
+  §7.5 の解析 log を削除できる。解析のスクリプト・結果・README は agent が書く。
 
 ---
 
@@ -471,8 +475,12 @@ adapter が `progress(run_dir)` を持つとき、`sync` は running の run と
   上限 1000 件程度）。queue を離れたときの観測は終了時刻で記録し、終了後の待ち時間を速度に含めない。
 - 要約を `[[job.attempts]].progress` に置く: `done`、`total`、`unit`、`start`、`fraction`、
   `rate_recent_per_hour`（直近 10 分）、`rate_attempt_per_hour`（program 開始から。起点は
-  `start`）、`eta_hours`（running のみ）。program 開始時刻は job.sh が stdout に出す
+  `start`）、`eta_hours`（running のみ）、`last_change_at`（`done` が最後に増えた観測時刻）、
+  `stalled_hours`（最新観測が `last_change_at` から 1 時間以上進んでいないとき、その長さ。
+  終了後の観測には付けない）。program 開始時刻は job.sh が stdout に出す
   `runops: start` 行から取り、`started_at` に入れる。
+- `status` / `list` は `stalled_hours` があれば `stalled 6.7h` と表示する。観測は `sync` のときだけ
+  なので、停止の検出は `sync` の間隔より細かくならない。
 - `status` / `list` は要約だけを読む（file を開かない）。read-only command は観測を足さない。
 - 解析は adapter が行い、runops は保存と表示だけを持つ（§1.2 #4）。
 
@@ -493,7 +501,8 @@ adapter が `progress(run_dir)` を持つとき、`sync` は running の run と
   `--json` は作成した run の同じ summary を返す。summary には `params`、`changed_keys`、
   `parent_run`、`exe_hash`、`input_hash` を含め、run 同士の比較に別 command を要らなくする。
   walltime の根拠として `walltime`、最新 attempt の `elapsed`、`walltime_used`（elapsed / walltime）、
-  `slurm_state`（`TIMEOUT` など）も含める。
+  `slurm_state`（`TIMEOUT` など）も含める。`list` / `status` の `--brief` は summary から
+  `params`、`why`、`last_note` を外す（多数の run を横断して渡すとき用。表では note / why 列を省く）。
 - 破壊的 command（`cancel`、`delete`、`tidy --apply`、`archive`）は対象を表示して
   確認を取る。`-y/--yes` で省略。
 - exit code: 0 成功、1 対象 run の実行時エラー（例: sbatch 失敗）、2 使用方法・設定エラー。
@@ -503,7 +512,7 @@ adapter が `progress(run_dir)` を持つとき、`sync` は running の run と
 - `runs/` 配下（`_archive/` を含む）を再帰的に走査し `manifest.toml` を集める。
   `.runops/index.toml` に `run_id -> run_dir` の cache を持ち、manifest が cache の
   path に無ければ再走査して cache を更新する。cache は常に再生成可能で、
-  壊れていても動作に影響しない。
+  壊れていても動作に影響しない。`_analysis/` は走査せず、そこにある manifest は run と扱わない。
 - 走査対象は `runs/` のみ。project 外や `runs/` 外の run は扱わない。
 
 ### 7.3 command 一覧
@@ -514,7 +523,7 @@ adapter が `progress(run_dir)` を持つとき、`sync` は running の run と
 | `runo doctor [--json]` | `runops.toml` の妥当性、adapter の import 可否、executable の存在、`sbatch` の有無、skill の鮮度を検査 |
 | `runo update [--skills-only] [-y]` | adapter package を upgrade し、skill を再展開する |
 | `runo build SIM [--force]` | `local_source` simulator を `.runops/build/` に build する（§4.1） |
-| `runo context [--json]` | agent 向け現在地。project 名、simulator、active run 数、直近 run 5 件、scratch 期限切れ数、`LOG.md` 末尾 20 行。配置した runops skill が install 済みの runops より古ければ `runo update --skills-only` を促す warning |
+| `runo context [--json]` | agent 向け現在地。project 名、simulator、active run 数と全 active run（`--brief` と同じ summary、`active`）、直近 run 5 件、scratch 期限切れ数、`LOG.md` 末尾 20 行、現用 group の解析 topic 名（§9.1）。配置した runops skill が install 済みの runops より古ければ `runo update --skills-only` を促す warning |
 | `runo case new NAME --simulator SIM [--from CASE]` | case をスキャフォールド。adapter の `case_template()` を展開 |
 | `runo case list` | case 一覧 |
 | `runo new CASE [--why TEXT] [--label L] [--set k=v]... [--job k=v]... [--tag T]... [--scratch] [--dest DIR] [--submit] [--created-by WHO] [--json]` | 単発 run を作る |
@@ -524,10 +533,10 @@ adapter が `progress(run_dir)` を持つとき、`sync` は running の run と
 | `runo submit --all [DIR] [-y]` | DIR 配下の `created` run をすべて投入。件数と概算 core-hours を表示して確認 |
 | `runo cancel RUN... [--why TEXT] [-y]` | scancel して sync。`--why` は `cancelled: ...` の note として残す |
 | `runo retry RUN [--submit] [-y]` | `failed`/`cancelled` を `created` に戻す。直近の cancel に `--why` があれば理由を示して確認を取る |
-| `runo status [RUN...] [--json]` | manifest の状態を表示。Slurm を呼ばない |
+| `runo status [RUN...] [--brief] [--json]` | manifest の状態を表示。Slurm を呼ばない。`--brief` は §7.1 |
 | `runo sync [RUN...] [--json]` | squeue/sacct で状態を更新。引数なしは `submitted`/`running` 全件 |
 | `runo log RUN [--err] [-n N] [-f]` | 最新 job の stdout/stderr を表示。`-f` は tail -f |
-| `runo list [PATH] [--all] [--since 30d] [--case C] [--sweep L] [--status S]... [--tag T]... [--scratch] [--archived] [--json]` | run 一覧（§7.4） |
+| `runo list [PATH] [--all] [--since 30d] [--case C] [--sweep L] [--status S]... [--tag T]... [--scratch] [--archived] [--brief] [--json]` | run 一覧（§7.4） |
 | `runo note RUN [TEXT] [--by WHO]` | TEXT があれば `[[notes]]` に追記、なければ notes と `notes.md` を表示 |
 | `runo pin RUN [--off] [--reason TEXT]` | `run.pinned` を切り替える。pinned は `list` に常に出て、`tidy` / `delete` の対象外 |
 | `runo summarize RUN... [--force]` | adapter の `summarize()` を呼び `analysis/summary.json` を書く。既存があれば `--force` なしではスキップ |
@@ -546,13 +555,14 @@ adapter が `progress(run_dir)` を持つとき、`sync` は running の run と
 - 既定で表示しない: scratch run、archived run、上記以外の古い terminal run。
 - `--all` は scratch と archived 以外をすべて表示。`--scratch`、`--archived` は
   それぞれを **追加** する。
-- 表示列: id、status、label、case、sweep、created（相対時刻）、最新 note の先頭 60 文字、`why`。
+- 表示列: id、status、label、case、sweep、created（相対時刻）、elapsed、progress、最新 note の先頭 60 文字、`why`。
+  `--brief` は note と `why` の列を省く。
 - sort は `created_at` 降順。
 - `PATH` を与えた場合はその directory 配下に限定する。
 
 ### 7.5 `tidy` の規則
 
-`tidy` は候補を 4 種に分けて表示する。`--apply` はすべてを実行し、
+`tidy` は候補を 6 種に分けて表示する。`--apply` はすべてを実行し、
 `--apply --only KIND` で絞れる。
 
 | kind | 条件 | 動作 |
@@ -562,8 +572,14 @@ adapter が `progress(run_dir)` を持つとき、`sync` は running の run と
 | `old-completed` | `completed` で `defaults.tidy_archive_days`（既定 90）日より古く、`pinned = false` | archive |
 | `orphan-job` | `submitted`/`running` だが squeue/sacct に job が無い | sync（state 確定） |
 | `unused-build` | `.runops/build/*` のうち、非 archived run の manifest から参照されないもの | delete |
+| `analysis-logs` | §9.1 の解析 directory 配下の `logs/` にある `*.<jobid>.out/err`。組の最終更新が `tidy_failed_days` より古く、同じ log directory・job 名の最新の組ではない | log file のみ delete |
 
 - `--older-than AGE`（例 `14d`）はその回だけ、上の 2 つの日数をどちらもこの値で置き換える。
+- `analysis-logs` は project の `analysis/`、group の `_analysis/`、run の `analysis/`
+  （topic の下も含む）を対象にする。stdout/stderr は同じ job id の組として更新時刻を比較し、
+  最新の組は常に残す。同時刻なら job id が大きい組を最新とする。片方だけの log も同じ扱い。
+  archived / pinned / submitted / running run の解析と、symlink は対象外。
+  適用直前にも対象範囲・更新時刻・最新組を再確認し、条件が変われば削除せず止まる。
 - `--purge-work RUN...` は指定 run の `work/` の中身を削除し `work_purged_at` を記録する。
   adapter が `keep_patterns()` を返す場合、一致するファイルは残す。`completed` 以外は拒否。
   adapter を読み込めない（残すファイルを判定できない）ときは何も消さずにエラーにする。
@@ -710,7 +726,7 @@ runops は `init` と `update` で次を行う。
 
 ### 8.3 runops 自身の skill
 
-runops は次の 5 skill だけを同梱し、simulator skill と同じ仕組みで展開する。
+runops は次の 6 skill だけを同梱し、simulator skill と同じ仕組みで展開する。
 利用者が覚えるコマンドは `runo init` だけとし、それ以外（simulator の追加、更新、v1 移行を含む）は
 エージェントへの依頼で行う。
 各 SKILL.md は 60 行以内に収める。
@@ -720,6 +736,7 @@ runops は次の 5 skill だけを同梱し、simulator skill と同じ仕組み
 | `runops-create-run` | `new` / `sweep` の使い方。`--why` を必ず書く、scratch の使い分け |
 | `runops-check-status` | `sync` → `list` → `log` の順。失敗時の `retry` と `tidy --purge-work` |
 | `runops-tidy` | `tidy` を定期的に実行する判断基準。pin の使い方 |
+| `runops-analyze` | 依存する run の範囲で調査の置き場所を決め、script・結果・log・README をまとめる |
 | `runops-reference` | command 一覧（§7.3 の表をそのまま載せる） |
 | `runops-maintain` | simulator の追加、runops と simulator package の更新、`migrate-v1`、`doctor` の読み方 |
 
@@ -748,7 +765,7 @@ v1 の `emses` / `beach` adapter は次の順で runops 本体から出す。
    見つかると使われなくなる（解決順 1 が優先）ので、ユーザーが消せばよい。
 ---
 
-## 9. ノート
+## 9. ノートと解析
 
 置き場所は 3 つに固定し、runops はどれも「管理」しない（schema、budget、rotation、
 seal、index を持たない）。
@@ -766,10 +783,33 @@ seal、index を持たない）。
   - 複数 run にまたがる結論と次の判断は `LOG.md` に日付付きで追記する
   - 再利用する式・手法・環境の落とし穴は `notes/<topic>.md` に書く。既存 file があれば追記し、
     似た topic の file を増やさない
-  - それ以外の場所（`research/`、`analysis/*.md`、`runs/` 直下など）に note file を作らない
+  - 調査の詳細は §9.1 の README にまとめ、LOG.md からリンクする
 - v1 の `research/results/`、`.runops/insights/`、`research/archive/legacy/` は移行時に
   `notes/legacy/` 配下へ **移動せず** そのまま残し、`notes/README.md` から path を案内する（§11）。
 
+### 9.1 解析の置き場所
+
+| 結果が依存する範囲 | 置き場所 |
+|---|---|
+| 1 run | `runs/.../<RUN>/analysis/`（必要なら `<topic>/`） |
+| 1 group（同じ directory に並ぶ系列・sweep） | `runs/<group>/_analysis/<topic>/` |
+| 複数 group・case または project 全体 | `analysis/<topic>/` |
+| 共通コード | `analysis/lib/` |
+
+- group は directory であり、新しい entity / ID / ledger を持たない。
+- 調査 directory は `README.md`（問い・対象 run id・方法・結果・制約）、`scripts/`
+  （Python、sbatch）、`out/`（図・JSON・CSV）、`logs/`（job の stdout/stderr）からなる。
+  topic は内容で名付け、同じ問いは README に日付付きで追記する。
+- `init` の `.gitignore` は `**/logs/`、`__pycache__/`、`.runops/analysis-env/` を含む。
+  既存 project のファイルは自動で再配置しない。
+- `context` は現用 group の `_analysis/*/README.md` がある topic 名を表示し、
+  `--json` では `group_analysis` に project 相対の group path → topic 名一覧を返す。
+  README 本文や `out/`、simulator の `work/` は読まない。
+- `archive DIR` が group 配下の全 run を移す場合、その group と配下の group の
+  `_analysis/` も同じ相対 path の `runs/_archive/` に移す。run が残る group の解析は残す。
+  確認表示に解析の移動先を含め、移動前に run と解析の全移動先を検査し、既存なら上書きしない。
+  `archive RUN...` / `--older-than` は group の解析を動かさず、`restore RUN` は run のみを戻す。
+
 ---
 
 ## 10. harness 生成
@@ -916,7 +956,7 @@ src/runops/
 | 項目 | 目標 |
 |---|---|
 | `src/runops/` の行数（skill の md を除く） | 8,000 行以下 |
-| CLI command 数（`case new` / `case list` を含む。同じ command の option 違いは数えない） | 25 以下。§7.3 の表の distinct command は 24 |
+| CLI command 数（`case new` / `case list` を含む。同じ command の option 違いは数えない） | 25 以下。§7.3 の表の distinct command は 25 |
 | ユーザーが編集する TOML | `runops.toml`、`case.toml` の 2 種 |
 | runops が書く TOML | `manifest.toml`、`.runops/skills.lock`、`.runops/index.toml` の 3 種 |
 | 依存 | `typer`、`rich`、`tomli-w`、`tomlkit`、`jinja2`、`packaging`（`mcp` を外す） |
@@ -954,6 +994,9 @@ src/runops/
 9b. 同名 adapter が entry point と `adapters/X.py` の両方にあるとき entry point が優先される。
    どちらも無く `generic` でもなければ exit code 2 で案内が出る。
 10. `manifest.toml` の書き込み途中で例外が起きても元のファイルが壊れない。
+11. 解析 log の tidy は最新組・新しい組・対象外ファイルを残し、確認後の更新も削除しない。
+    group の archive は全 run が対象のときだけ解析も移し、衝突時は何も動かさない。
+    context は調査の名前だけを読み、解析内の manifest を run と誤認しない。
 
 ### 13.3 ドキュメント
 
@@ -974,6 +1017,7 @@ v2 の文書は次の 4 ファイルだけにする。
 
 | 項目 | 決定 | 理由 |
 |---|---|---|
+| 解析の配置 2.6.0（2026-10-23） | 依存する run の範囲に応じて run 内 `analysis/`、group の `_analysis/<topic>/`、project の `analysis/<topic>/` にまとめる。skill、log の tidy、group archive、context を対応させる（§9.1） | 報告・図・script・job log が分散・混在していた。group は既存の directory として扱い、新しい entity や command は足さない。既存ファイルの整理は移動一覧を提示してから行う |
 | job の cwd | run_dir（v1 と同じ）。Slurm log は `work/` | v1 adapter の path 規約と実 project の job.sh をそのまま使える |
 | adapter の追加 hook | `configure(sim_config)`、`job_prelude(run_dir)` | generic の `command` 取得と、EMSES の `rm -f *_0000.h5` など v1 の setup command を表す |
 | launcher `kind = "none"` | MPI launcher を使わず program を直接実行 | OpenMP のみの BEACH run 用 |
@@ -1000,5 +1044,6 @@ v2 の文書は次の 4 ファイルだけにする。
 | 生成ハーネスの書き方（2026-10-21） | AGENTS.md の Rules を「作業の進め方」5 項目に絞り、各項目を「何をするか」と短い理由で書く。skill は手順に専念し、AGENTS.md の方針（manifest を手で編集しない等）を繰り返さない | #112・#113 で規則が増え、禁止形（never / do not）が並んでいた。現行の Claude の prompting 指針は、しないことより何をするかを、理由と共に書くことを勧め、強い禁止語は過剰反応を招くとしている |
 | 複数 run の mv / archive（2026-10-22） | 1 回の `run.lock` の下で全対象を読み直して検査し、通ってから移す。途中の filesystem error では移し終えた run id を示して止まる | `mv A B C --dest X` は 1 件ずつ検査して移していたので、途中の submitted run で一部だけ移動していた。archive は表示の後で lock を取り直していて、その間に再投入された run で同じことが起き得た |
 | 進捗と系列配置 2.5.0（2026-10-23） | adapter に任意の `progress()`、`sync` が時刻付き観測を保存し速度・残り時間を要約（§6.4）。`new --from` の既定置き場所を元 run と同じ directory に。agent context の `docs/` も展開 | 速度比較のために agent が時刻付き batch 観測を手で保存し、再開点や終了後の待ちを毎回補正していた（4 回）。継続世代が case 直下に並び、同じ計算の系列を見分けにくかった。skill が package の `docs/` を参照していたが展開されていなかった。進捗の解析は simulator 固有なので adapter が持ち、runops は保存と表示だけにする |
+| 横断の状態確認 2.7.0（2026-10-30） | `list` / `status` に `--brief`、`context` に全 active run の `active`、progress 要約に `last_change_at` と `stalled_hours`（§6.4、§7.1、§7.3） | hub で 4 project の active run を集めるのに `recent_runs` 5 件では足りず、全 `params` 付きの `list --json` は shell 引数長を超えた（3 回）。進捗が 6 時間止まった run を 49% と報告した。新しい command は足さず、既存の summary を小さくし、観測から止まりを出す |
 | FEEDBACK 棚卸し 2.4.0（2026-10-23） | `--job k=v` と `new --from` の `[job]` 継承、created の archive / restore、archived scratch を期限削除しない、展開 skill の references 参照の書き換えと `doctor` のリンク検査、adapter warning への版の併記、生成 AGENTS.md に解析環境の置き場所 | hub の FEEDBACK で、資源変更のための case 編集（3 回）、置換済み draft を archive できず helper で迂回（2 回）、保管目的の archive が期限削除される、skill から reference に辿れない、新版の正規キーが誤記に見える、解析依存の置き場所が project ごとに違う、が記録された。いずれも既存 command の拡張で、command 数は増やさない |
 | 使い方ガイド | `docs/guide.md` を追加し、文書を 4 ファイルにする（§13.3） | README の依頼例の表と command 一覧の間を埋める、場面ごとの流れ（case と run の分け方、smoke から本計算、状態の決まり方、整理）の置き場所が無かった |

{runops-2.5.0 → runops-2.7.0}/docs/guide.md

@@ -134,7 +134,10 @@ walltime は、同じ case・同じ資源で終わった run の実時間を元
 adapter が進捗に対応していれば（BEACH の batch、MPIEMSES3D の step）、`sync` のたびに時刻付きの
 観測を残し、`runo list` / `status` に `62% 0.198 s/batch eta 3.1h` のように進み具合、直近 10 分の
 速度、残り時間を出します。resume した run は再開点から数え、終わった run は終了時刻までで速度を出すので、
-版を切り替えた前後の比較にそのまま使えます（`--json` の `progress`）。
+版を切り替えた前後の比較にそのまま使えます（`--json` の `progress`）。`sync` を重ねても進みが 1 時間以上
+変わらない run には `stalled 6.7h` が付くので、Slurm では RUNNING でも止まっている run を見分けられます。
+全 project を横断して見るときは `runo context --json` の `active`（全 active run）か `runo list --brief --json`
+（`params` や note を省いた小さい JSON）を使います。
 
 ### 状態の決まり方
 
@@ -192,7 +195,7 @@ project の run だけが対象です。同じアカウントの別 project の
 前の job が終わるのを待って投入したいときは、「R20261016-0005 が成功したら投げて」と頼めば
 `runo submit RUN --afterok <job_id>` になります。
 
-## 6. 記録を残す
+## 6. 解析して記録を残す
 
 記録の置き場所は 3 つに決まっています。
 
@@ -202,10 +205,40 @@ project の run だけが対象です。同じアカウントの別 project の
 | 複数の run をまたぐ結論と次の判断 | `LOG.md` に日付見出しで追記 | 今日の scan の結論を LOG にまとめて |
 | 再利用する式、手法、落とし穴 | `notes/<topic>.md`（1 topic 1 file） | Debye 長の見積もり方を notes に残して |
 
-エージェントはこれ以外の場所（`research/`、`analysis/*.md`、`runs/` の下など）にノートを作りません。
 `notes/` に似た topic の file があれば、新しく作らずに追記します。
 
-`runo context` は `LOG.md` の末尾と `notes/` の file 名を表示します。エージェントは作業の始めに
+調査の詳細と図・スクリプトは、結果が依存する run の範囲に合わせてまとめます。
+
+> この系列の速度を比較して。図とスクリプト、調査メモを系列の `_analysis/` にまとめて。
+
+| 依存する範囲 | 置き場所 |
+|---|---|
+| 1 run | `<run_dir>/analysis/`（必要なら topic を切る） |
+| 1 系列・sweep | `runs/<group>/_analysis/<topic>/` |
+| 複数系列・case、project 全体 | `analysis/<topic>/` |
+| 共通コードとそのテスト | `analysis/lib/` |
+
+group は run が並ぶ directory です。登録や新しい ID は要りません。
+topic は `speed-by-version` のように問いの内容で名付け、同じ問いをやり直すときは
+同じ directory の結果を更新し、README に日付付きで追記します。
+
+```text
+<topic>/
+  README.md   問い・対象 run id と path・方法・結果・制約
+  scripts/    Python と sbatch
+  out/        図、JSON、CSV、HTML
+  logs/       解析 job の stdout/stderr（Git 管理外）
+```
+
+エージェントは `runops-analyze` skill を使い、調査の README と、そこへのリンクを含む
+`LOG.md` の判断を更新します。`notes/` は run に依存しない知見に使います。
+解析の追加依存は `.runops/analysis-env/` に置き、重い読み込みや作図はサイトの規則に従って
+計算ノードで実行します。sbatch は調査 directory から投入し、事前に `logs/` を作って
+`#SBATCH -o logs/%x.%j.out` と `#SBATCH -e logs/%x.%j.err` を指定します。
+既存 project のファイルは自動で移動しません。整理を頼むと、移動前に一覧を提示します。
+
+`runo context` は `LOG.md` の末尾、`notes/` の file 名、現用 group の
+`_analysis/*/README.md` がある topic 名を表示します。エージェントは作業の始めに
 これを読むので、前回の続きから話を始められます。
 
 ## 7. 整理する
@@ -221,6 +254,7 @@ run は消さなくても `runo list` が古いものを隠しますが、direct
 | `expired-scratch` | 期限切れの scratch run（archive したものは除く） | 削除 |
 | `stale-failed` | 30 日より古い failed / cancelled で、`why` もノートも無い | 削除 |
 | `old-completed` | 90 日より古い completed | archive |
+| `analysis-logs` | 30 日より古い解析 job の log（各 job 名の最新組は保持） | log のみ削除 |
 | `orphan-job` | 投入済みなのに Slurm が知らない | `sync` で状態を確定 |
 | `unused-build` | どの run も使っていない build cache | 削除 |
 
@@ -239,6 +273,14 @@ run id で引き続き見つかり、`runo restore` で戻せます。
 記録され、理由はノートに残ります。比較用に派生しただけの run は置き換えとは扱わないので、
 旧系列が不要かどうかは毎回確かめます。
 
+directory 指定で group の全 run を archive すると、その `_analysis/` も同じ相対 path で
+移動します。run が残る group の解析は元の場所に残り、移動先に既存の解析があれば、run を
+動かす前に停止します。`archive RUN...` と `restore RUN` は run だけを移動します。
+
+解析 log だけの整理は「古い解析 log を整理して」で `runo tidy --only analysis-logs` に
+なります。各 `logs/` の `*.<jobid>.out/err` を組で比較し、job 名ごとに最新の組を残します。
+片方が新しければ両方とも残し、README、script、結果は削除しません。
+
 論文の図に使う run や基準にする run は pin しておくと、`list` に常に表示され、`tidy` や `delete`
 の対象になりません。
 

{runops-2.5.0 → runops-2.7.0}/docs/reference.md

@@ -6,7 +6,7 @@
 ## runops.toml
 
 project root にあり、`runo` はここを上方向に探して project を特定します。
-command はこの project の `runs/` 配下だけを扱い、別 project の run directory や
+run を対象にする command はこの project の `runs/` 配下だけを扱い、別 project の run directory や
 directory を path で渡すとエラーになります。run id は project ごとなので、同じ id が
 別 project にあっても cwd の project の run を指します。
 
@@ -141,7 +141,8 @@ run id は削除後も再利用しません。`--dest` に既存 run の中は
 `list --json` と `status --json` は、walltime の根拠として `walltime`、最新 attempt の `elapsed`、
 `walltime_used`（elapsed / walltime）、`slurm_state` も返します。adapter が `progress()` を持てば
 `progress`（`done`、`total`、`unit`、`fraction`、`rate_recent_per_hour`、`rate_attempt_per_hour`、
-`eta_hours`）も返し、表の `progress` 列に `62% 0.198 s/batch eta 3.1h` と出します。表では `TIMEOUT` などを
+`eta_hours`、`last_change_at`、`stalled_hours`）も返し、表の `progress` 列に `62% 0.198 s/batch eta 3.1h` と出します。
+`sync` の観測で `done` が 1 時間以上増えていなければ `stalled 6.7h` が付きます（観測は `sync` のときだけ）。表では `TIMEOUT` などを
 `failed (TIMEOUT)` と示します。
 
 全 command は `--help` で option を確認できます。`RUN` には run id、run directory、
@@ -153,15 +154,15 @@ run id は削除後も再利用しません。`--dest` に既存 run の中は
 | `runo doctor [--json]` | 設定、adapter の解決経路、executable、sbatch、skill の鮮度とリンク切れを点検 |
 | `runo update [--skills-only] [-y]` | simulator package を更新し skill と AGENTS.md の管理 block を再生成 |
 | `runo build SIM [--force]` | `local_source` の simulator を build |
-| `runo context [--json]` | agent 向けの現在地 |
+| `runo context [--json]` | agent 向けの現在地。全 active run（`active`、`--brief` と同じ形）、直近 5 run、現用 group の解析 topic 名（JSON の `group_analysis` は group path → topic 名一覧） |
 | `runo case new NAME [-s SIM] [--from CASE]` / `runo case list` | case の作成と一覧 |
 | `runo new CASE [--why] [--label] [--set k=v]... [--job k=v]... [--tag] [--scratch] [--dest DIR] [--submit] [--json]` | run を 1 つ作る。`--job` はこの run の `[job]` の値 |
 | `runo new --from RUN [--set k=v]... [--job k=v]... [--job-from-case] [--continue]` | 既存 run の params と `[job]` から派生（`--job-from-case` で `[job]` は case から）。置き場所の既定は元 run と同じ directory。`--continue` は adapter の restart 対応が必要 |
 | `runo sweep CASE --set k=v1,v2 ... [--names k=n1,n2...] [--job k=v]... [--label] [--dest DIR] [--limit N] [--apply] [--submit] [--json]` | 直積の候補表示。`--apply` で作成。`--names` は各値の短い label、`--dest` は sweep directory の親 |
 | `runo submit RUN... [-p P] [--qos Q] [--afterok JOB]` / `runo submit --all [DIR] [-y]` | job.sh を生成して sbatch |
 | `runo cancel RUN... [--why TEXT] [-y]` / `runo retry RUN [--submit] [-y]` | scancel（`--why` は note に残る）/ failed・cancelled を created に戻す（理由付きで cancel された run は確認を取る） |
-| `runo status [RUN...]` / `runo sync [RUN...]` / `runo log RUN [--err] [-n N] [-f]` | 状態表示 / Slurm から更新 / log 表示 |
-| `runo list [PATH] [--all] [--since 30d] [--case] [--sweep] [--status] [--tag] [--scratch] [--archived] [--json]` | run 一覧 |
+| `runo status [RUN...] [--brief]` / `runo sync [RUN...]` / `runo log RUN [--err] [-n N] [-f]` | 状態表示 / Slurm から更新 / log 表示 |
+| `runo list [PATH] [--all] [--since 30d] [--case] [--sweep] [--status] [--tag] [--scratch] [--archived] [--brief] [--json]` | run 一覧。`--brief` は `params`、`why`、note を省く（表では note / why 列） |
 | `runo note RUN [TEXT]` / `runo pin RUN [--off] [--reason]` | ノート追記・表示 / pin |
 | `runo summarize RUN... [--force]` | adapter の要約を `analysis/summary.json` に書く |
 | `runo mv RUN... [--dest DIR] [--label L] [--why TEXT]` | `runs/` 配下で改名・移動。id、入力、sweep、ノートは保つ。submitted / running と archived は不可。全対象を検査してから移し、1 件でも不可なら何も動かさない |
@@ -173,7 +174,11 @@ run id は削除後も再利用しません。`--dest` に既存 run の中は
 `list` は既定で active、created、直近 `list_since_days` 日、pinned の run を表示し、
 scratch と archived は表示しません。
 
-`tidy` の候補は次の 5 種類です。
+`archive DIR` が group 配下の全 run を移すときは、group の `_analysis/` も同じ相対 path で
+移動します。run が残る group の解析は残し、移動先が存在すれば全 run の移動前に拒否します。
+`archive RUN...` / `--older-than` と `restore RUN` は group の解析を移動しません。
+
+`tidy` の候補は次の 6 種類です。
 
 | kind | 条件 | 動作 |
 |---|---|---|
@@ -182,9 +187,17 @@ scratch と archived は表示しません。
 | `old-completed` | `tidy_archive_days`（既定 90）日より古い completed | archive |
 | `orphan-job` | Slurm が知らない submitted / running | sync |
 | `unused-build` | 非 archived run が参照しない `.runops/build/*` | delete |
+| `analysis-logs` | `tidy_failed_days` より古い解析 log。各 log directory・job 名の最新組は保持 | log のみ delete |
 
 日数は `runops.toml` の `[defaults]` で変えられます。`--older-than 14d` のように指定すると、
 その回だけ両方の日数をその値で置き換えます。pinned の run は `tidy` と `delete` の対象になりません。
 `--purge-work` は adapter を読み込めないと何も消さずにエラーにします。
 
+`analysis-logs` は project の `analysis/`、group の `_analysis/`、run の `analysis/` 配下の
+`logs/*.<jobid>.out/err`（topic の下も含む）に限定します。組の新しい方の更新時刻で年齢を判定し、
+最新組を残します。同時刻なら job id が大きい組を最新とします。片方だけの log も同じ扱いです。
+archived / pinned / submitted / running run の解析と symlink は対象外で、適用直前にも条件を
+確認します。`--json` の解析 log 候補は `files`（削除する project 相対 path）と `cutoff`
+（ISO 日時）も持ちます。確認後に条件が変われば削除せず、再度 tidy を実行するよう案内します。
+
 exit code は 0 が成功、1 が実行時エラー（sbatch 失敗など）、2 が使い方や設定のエラーです。

{runops-2.5.0 → runops-2.7.0}/pyproject.toml

@@ -4,7 +4,7 @@ build-backend = "hatchling.build"
 
 [project]
 name = "runops"
-version = "2.5.0"
+version = "2.7.0"
 description = "Run ledger and Slurm job submission for HPC simulation projects"
 readme = "README.md"
 license = "Apache-2.0"

{runops-2.5.0 → runops-2.7.0}/src/runops/__init__.py

@@ -1,3 +1,3 @@
 """runops: run ledger and Slurm job submission for HPC simulation projects."""
 
-__version__ = "2.5.0"
+__version__ = "2.7.0"

{runops-2.5.0 → runops-2.7.0}/src/runops/cli.py

@@ -257,12 +257,24 @@ def context(as_json: bool = typer.Option(False, "--json")) -> None:
         f"runs: {counts or 'none'}; active: {data['active_runs']}; "
         f"expired scratch: {data['expired_scratch']}"
     )
+    if data["active"]:
+        from runops.ops.progress import format_progress
+
+        out.print("active:")
+        for run in data["active"]:
+            out.print(
+                f"  {run['id']} {run['status']:9} {run['case']} {run['label']}  "
+                f"{format_progress(run['progress'])}"
+            )
+    out.print("recent:")
     for run in data["recent_runs"]:
         out.print(
             f"  {run['id']} {run['status']:9} {run['case']} {run['label']}  {run['why'][:60]}"
         )
     if data["notes_files"]:
         out.print("notes/: " + ", ".join(data["notes_files"]))
+    for group, topics in data["group_analysis"].items():
+        out.print(f"{group}/_analysis/: {', '.join(topics)}", markup=False)
     if data["log_tail"]:
         out.print("--- LOG.md (tail) ---")
         out.print(data["log_tail"], markup=False)
@@ -590,23 +602,14 @@ def retry(
         _submit_each(project, [m])
 
 
-def _status_table(project: Project, manifests: list[Manifest]) -> Table:
+def _status_table(project: Project, manifests: list[Manifest], *, brief: bool = False) -> Table:
     from runops.ops.listing import relative_age
     from runops.ops.progress import format_progress
 
-    table = Table(
-        "id",
-        "status",
-        "label",
-        "case",
-        "sweep",
-        "created",
-        "elapsed",
-        "progress",
-        "note",
-        "why",
-        box=None,
-    )
+    columns = ["id", "status", "label", "case", "sweep", "created", "elapsed", "progress"]
+    if not brief:
+        columns += ["note", "why"]
+    table = Table(*columns, box=None)
     for m in manifests:
         s = m.to_summary(project.root)
         color = {
@@ -628,7 +631,7 @@ def _status_table(project: Project, manifests: list[Manifest]) -> Table:
             status += " [dim](pinned)[/]"
         if s["superseded_by"]:
             status += f" [dim](-> {', '.join(s['superseded_by'])})[/]"
-        table.add_row(
+        row = [
             s["id"],
             status,
             s["label"],
@@ -637,15 +640,19 @@ def _status_table(project: Project, manifests: list[Manifest]) -> Table:
             relative_age(s["created_at"]),
             elapsed,
             format_progress(s["progress"]),
-            s["last_note"][:60],
-            s["why"][:60],
-        )
+        ]
+        if not brief:
+            row += [s["last_note"][:60], s["why"][:60]]
+        table.add_row(*row)
     return table
 
 
 @app.command()
 def status(
     runs: Optional[list[str]] = typer.Argument(None),
+    brief: bool = typer.Option(
+        False, "--brief", help="Leave out params, why, notes and the note/why columns."
+    ),
     as_json: bool = typer.Option(False, "--json"),
 ) -> None:
     """Show manifest state (no Slurm query). Without RUN: active runs."""
@@ -660,18 +667,19 @@ def status(
     if as_json:
         data = []
         for m in targets:
-            s = m.to_summary(project.root)
-            s.update(
-                {
-                    "params": m.params,
-                    "job": {k: v for k, v in m.job.items() if k != "attempts"},
-                    "notes": m.notes,
-                }
-            )
+            s = m.to_summary(project.root, brief=brief)
+            if not brief:
+                s.update(
+                    {
+                        "params": m.params,
+                        "job": {k: v for k, v in m.job.items() if k != "attempts"},
+                        "notes": m.notes,
+                    }
+                )
             data.append(s)
         _print_json(data)
         return
-    out.print(_status_table(project, targets))
+    out.print(_status_table(project, targets, brief=brief))
 
 
 @app.command("sync")
@@ -728,6 +736,9 @@ def list_cmd(
     tags: Optional[list[str]] = typer.Option(None, "--tag"),
     scratch: bool = typer.Option(False, "--scratch", help="Also show scratch runs."),
     archived: bool = typer.Option(False, "--archived", help="Also show archived runs."),
+    brief: bool = typer.Option(
+        False, "--brief", help="Leave out params, why and notes (small JSON, short table)."
+    ),
     as_json: bool = typer.Option(False, "--json"),
 ) -> None:
     """List active and recent runs."""
@@ -750,12 +761,12 @@ def list_cmd(
     )
     runs = select_runs(project, flt)
     if as_json:
-        _print_json([m.to_summary(project.root) for m in runs])
+        _print_json([m.to_summary(project.root, brief=brief) for m in runs])
         return
     if not runs:
         out.print("no runs (try --all, --scratch, --archived)")
         return
-    out.print(_status_table(project, runs))
+    out.print(_status_table(project, runs, brief=brief))
 
 
 @app.command()
@@ -869,12 +880,22 @@ def archive(
         if m.id in plan.superseded_by:
             line += f"  -> {', '.join(plan.superseded_by[m.id])}"
         out.print(line)
+    for directory in plan.analysis_dirs:
+        dest = project.runs_dir / "_archive" / directory.relative_to(project.runs_dir)
+        out.print(f"  analysis {project.rel(directory)} -> {project.rel(dest)}", markup=False)
     _confirm(f"Archive {len(plan.targets)} runs?", yes)
     archived = archive_runs(
-        project, plan.targets, superseded_by=plan.superseded_by, why=why, by=_actor()
+        project,
+        plan.targets,
+        superseded_by=plan.superseded_by,
+        why=why,
+        by=_actor(),
+        analysis_dirs=plan.analysis_dirs,
     )
     for run_id, dst in archived:
         out.print(f"archived {run_id} -> {project.rel(dst)}")
+    for directory in plan.analysis_dirs:
+        out.print(f"archived analysis {project.rel(directory)}", markup=False)
 
 
 @app.command("mv")