pyobo 0.12.3__tar.gz → 0.12.4__tar.gz

This diff represents the content of publicly available package versions that have been released to one of the supported registries. The information contained in this diff is provided for informational purposes only and reflects changes between package versions as they appear in their respective public registries.
Files changed (201) hide show
  1. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/PKG-INFO +1 -1
  2. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/pyproject.toml +2 -2
  3. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/api/names.py +8 -1
  4. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/version.py +1 -1
  5. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/LICENSE +0 -0
  6. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/README.md +0 -0
  7. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/.DS_Store +0 -0
  8. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/__init__.py +0 -0
  9. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/__main__.py +0 -0
  10. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/api/__init__.py +0 -0
  11. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/api/alts.py +0 -0
  12. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/api/combine.py +0 -0
  13. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/api/edges.py +0 -0
  14. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/api/hierarchy.py +0 -0
  15. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/api/metadata.py +0 -0
  16. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/api/properties.py +0 -0
  17. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/api/relations.py +0 -0
  18. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/api/species.py +0 -0
  19. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/api/typedefs.py +0 -0
  20. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/api/utils.py +0 -0
  21. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/api/xrefs.py +0 -0
  22. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/cli/__init__.py +0 -0
  23. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/cli/cli.py +0 -0
  24. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/cli/database.py +0 -0
  25. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/cli/database_utils.py +0 -0
  26. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/cli/lookup.py +0 -0
  27. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/cli/utils.py +0 -0
  28. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/constants.py +0 -0
  29. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/getters.py +0 -0
  30. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/gilda_utils.py +0 -0
  31. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/identifier_utils/__init__.py +0 -0
  32. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/identifier_utils/api.py +0 -0
  33. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/identifier_utils/relations/__init__.py +0 -0
  34. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/identifier_utils/relations/api.py +0 -0
  35. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/identifier_utils/relations/data.json +0 -0
  36. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/identifier_utils/relations/data_owl.json +0 -0
  37. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/identifier_utils/relations/data_rdf.json +0 -0
  38. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/identifier_utils/relations/data_rdfs.json +0 -0
  39. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/mocks.py +0 -0
  40. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/ner/__init__.py +0 -0
  41. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/ner/api.py +0 -0
  42. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/ner/normalizer.py +0 -0
  43. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/plugins.py +0 -0
  44. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/py.typed +0 -0
  45. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/resource_utils.py +0 -0
  46. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/resources/__init__.py +0 -0
  47. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/resources/ncbitaxon.py +0 -0
  48. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/resources/ncbitaxon.tsv.gz +0 -0
  49. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/resources/ro.py +0 -0
  50. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/resources/ro.tsv +0 -0
  51. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/resources/so.py +0 -0
  52. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/resources/so.tsv +0 -0
  53. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/README.md +0 -0
  54. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/__init__.py +0 -0
  55. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/agrovoc.py +0 -0
  56. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/antibodyregistry.py +0 -0
  57. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/bigg/__init__.py +0 -0
  58. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/bigg/bigg_compartment.py +0 -0
  59. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/bigg/bigg_metabolite.py +0 -0
  60. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/bigg/bigg_model.py +0 -0
  61. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/bigg/bigg_reaction.py +0 -0
  62. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/biogrid.py +0 -0
  63. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/ccle.py +0 -0
  64. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/cgnc.py +0 -0
  65. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/chebi.py +0 -0
  66. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/chembl/__init__.py +0 -0
  67. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/chembl/chembl_compound.py +0 -0
  68. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/chembl/chembl_target.py +0 -0
  69. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/civic_gene.py +0 -0
  70. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/clinicaltrials.py +0 -0
  71. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/complexportal.py +0 -0
  72. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/conso.py +0 -0
  73. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/cpt.py +0 -0
  74. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/credit.py +0 -0
  75. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/cvx.py +0 -0
  76. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/depmap.py +0 -0
  77. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/dictybase_gene.py +0 -0
  78. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/drugbank/__init__.py +0 -0
  79. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/drugbank/drugbank.py +0 -0
  80. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/drugbank/drugbank_salt.py +0 -0
  81. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/drugcentral.py +0 -0
  82. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/expasy.py +0 -0
  83. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/famplex.py +0 -0
  84. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/flybase.py +0 -0
  85. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/gard.py +0 -0
  86. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/geonames/__init__.py +0 -0
  87. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/geonames/features.py +0 -0
  88. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/geonames/geonames.py +0 -0
  89. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/geonames/utils.py +0 -0
  90. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/gmt_utils.py +0 -0
  91. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/go.py +0 -0
  92. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/gtdb.py +0 -0
  93. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/gwascentral/__init__.py +0 -0
  94. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/gwascentral/gwascentral_phenotype.py +0 -0
  95. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/gwascentral/gwascentral_study.py +0 -0
  96. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/hgnc/__init__.py +0 -0
  97. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/hgnc/hgnc.py +0 -0
  98. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/hgnc/hgncgenefamily.py +0 -0
  99. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/icd/__init__.py +0 -0
  100. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/icd/icd10.py +0 -0
  101. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/icd/icd11.py +0 -0
  102. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/icd/icd_utils.py +0 -0
  103. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/intact.py +0 -0
  104. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/interpro.py +0 -0
  105. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/itis.py +0 -0
  106. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/kegg/__init__.py +0 -0
  107. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/kegg/api.py +0 -0
  108. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/kegg/genes.py +0 -0
  109. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/kegg/genome.py +0 -0
  110. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/kegg/pathway.py +0 -0
  111. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/mesh.py +0 -0
  112. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/mgi.py +0 -0
  113. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/mirbase/__init__.py +0 -0
  114. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/mirbase/mirbase.py +0 -0
  115. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/mirbase/mirbase_constants.py +0 -0
  116. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/mirbase/mirbase_family.py +0 -0
  117. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/mirbase/mirbase_mature.py +0 -0
  118. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/msigdb.py +0 -0
  119. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/ncbi/__init__.py +0 -0
  120. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/ncbi/ncbi_gc.py +0 -0
  121. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/ncbi/ncbigene.py +0 -0
  122. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/nih_reporter.py +0 -0
  123. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/nlm/__init__.py +0 -0
  124. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/nlm/nlm_catalog.py +0 -0
  125. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/nlm/nlm_publisher.py +0 -0
  126. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/nlm/utils.py +0 -0
  127. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/npass.py +0 -0
  128. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/omim_ps.py +0 -0
  129. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/pathbank.py +0 -0
  130. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/pfam/__init__.py +0 -0
  131. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/pfam/pfam.py +0 -0
  132. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/pfam/pfam_clan.py +0 -0
  133. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/pharmgkb/__init__.py +0 -0
  134. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/pharmgkb/pharmgkb_chemical.py +0 -0
  135. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/pharmgkb/pharmgkb_disease.py +0 -0
  136. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/pharmgkb/pharmgkb_gene.py +0 -0
  137. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/pharmgkb/pharmgkb_pathway.py +0 -0
  138. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/pharmgkb/pharmgkb_variant.py +0 -0
  139. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/pharmgkb/utils.py +0 -0
  140. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/pid.py +0 -0
  141. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/pombase.py +0 -0
  142. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/pubchem.py +0 -0
  143. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/reactome.py +0 -0
  144. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/rgd.py +0 -0
  145. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/rhea.py +0 -0
  146. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/ror.py +0 -0
  147. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/selventa/__init__.py +0 -0
  148. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/selventa/schem.py +0 -0
  149. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/selventa/scomp.py +0 -0
  150. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/selventa/sdis.py +0 -0
  151. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/selventa/sfam.py +0 -0
  152. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/sgd.py +0 -0
  153. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/signor/__init__.py +0 -0
  154. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/signor/download.py +0 -0
  155. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/signor/signor_complexes.py +0 -0
  156. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/slm.py +0 -0
  157. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/umls/__init__.py +0 -0
  158. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/umls/__main__.py +0 -0
  159. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/umls/get_synonym_types.py +0 -0
  160. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/umls/sty.py +0 -0
  161. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/umls/synonym_types.tsv +0 -0
  162. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/umls/umls.py +0 -0
  163. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/unimod.py +0 -0
  164. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/uniprot/__init__.py +0 -0
  165. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/uniprot/uniprot.py +0 -0
  166. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/uniprot/uniprot_ptm.py +0 -0
  167. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/utils.py +0 -0
  168. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/wikipathways.py +0 -0
  169. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/sources/zfin.py +0 -0
  170. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/ssg/__init__.py +0 -0
  171. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/ssg/base.html +0 -0
  172. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/ssg/index.html +0 -0
  173. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/ssg/term.html +0 -0
  174. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/ssg/typedef.html +0 -0
  175. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/struct/__init__.py +0 -0
  176. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/struct/functional/__init__.py +0 -0
  177. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/struct/functional/dsl.py +0 -0
  178. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/struct/functional/macros.py +0 -0
  179. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/struct/functional/obo_to_functional.py +0 -0
  180. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/struct/functional/ontology.py +0 -0
  181. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/struct/functional/utils.py +0 -0
  182. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/struct/obo/__init__.py +0 -0
  183. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/struct/obo/reader.py +0 -0
  184. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/struct/obo/reader_utils.py +0 -0
  185. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/struct/obograph/__init__.py +0 -0
  186. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/struct/obograph/export.py +0 -0
  187. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/struct/obograph/reader.py +0 -0
  188. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/struct/obograph/utils.py +0 -0
  189. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/struct/reference.py +0 -0
  190. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/struct/struct.py +0 -0
  191. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/struct/struct_utils.py +0 -0
  192. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/struct/typedef.py +0 -0
  193. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/struct/utils.py +0 -0
  194. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/struct/vocabulary.py +0 -0
  195. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/utils/__init__.py +0 -0
  196. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/utils/cache.py +0 -0
  197. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/utils/io.py +0 -0
  198. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/utils/iter.py +0 -0
  199. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/utils/misc.py +0 -0
  200. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/utils/ndex_utils.py +0 -0
  201. {pyobo-0.12.3 → pyobo-0.12.4}/src/pyobo/utils/path.py +0 -0
@@ -1,6 +1,6 @@
1
1
  Metadata-Version: 2.4
2
2
  Name: pyobo
3
- Version: 0.12.3
3
+ Version: 0.12.4
4
4
  Summary: A python package for handling and generating OBO
5
5
  Keywords: snekpack,cookiecutter,ontologies,biomedical ontologies,life sciences,natural sciences,bioinformatics,cheminformatics,Open Biomedical Ontologies,OBO
6
6
  Author: Charles Tapley Hoyt
@@ -4,7 +4,7 @@ build-backend = "uv_build"
4
4
 
5
5
  [project]
6
6
  name = "pyobo"
7
- version = "0.12.3"
7
+ version = "0.12.4"
8
8
  description = "A python package for handling and generating OBO"
9
9
  readme = "README.md"
10
10
  authors = [
@@ -290,7 +290,7 @@ known-first-party = [
290
290
  docstring-code-format = true
291
291
 
292
292
  [tool.bumpversion]
293
- current_version = "0.12.3"
293
+ current_version = "0.12.4"
294
294
  parse = "(?P<major>\\d+)\\.(?P<minor>\\d+)\\.(?P<patch>\\d+)(?:-(?P<release>[0-9A-Za-z-]+(?:\\.[0-9A-Za-z-]+)*))?(?:\\+(?P<build>[0-9A-Za-z-]+(?:\\.[0-9A-Za-z-]+)*))?"
295
295
  serialize = [
296
296
  "{major}.{minor}.{patch}-{release}+{build}",
@@ -166,7 +166,14 @@ def get_references(prefix: str, **kwargs: Unpack[GetOntologyKwargs]) -> set[Refe
166
166
  ontology = get_ontology(prefix, **kwargs)
167
167
  return sorted(ontology.iterate_references())
168
168
 
169
- return set(_get_references())
169
+ try:
170
+ return set(_get_references())
171
+ except NoBuildError:
172
+ logger.debug("[%s] no build", prefix)
173
+ return set()
174
+ except (Exception, subprocess.CalledProcessError) as e:
175
+ logger.exception("[%s v%s] could not load: %s", prefix, version, e)
176
+ return set()
170
177
 
171
178
 
172
179
  @lru_cache
@@ -12,7 +12,7 @@ __all__ = [
12
12
  "get_version",
13
13
  ]
14
14
 
15
- VERSION = "0.12.3"
15
+ VERSION = "0.12.4"
16
16
 
17
17
 
18
18
  def get_git_hash() -> str:
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes