pyobo 0.10.12__tar.gz → 0.11.1__tar.gz

This diff represents the content of publicly available package versions that have been released to one of the supported registries. The information contained in this diff is provided for informational purposes only and reflects changes between package versions as they appear in their respective public registries.
Files changed (280) hide show
  1. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/LICENSE +1 -1
  2. pyobo-0.11.1/MANIFEST.in +11 -0
  3. pyobo-0.11.1/PKG-INFO +711 -0
  4. pyobo-0.11.1/README.md +625 -0
  5. pyobo-0.11.1/pyproject.toml +278 -0
  6. pyobo-0.11.1/setup.cfg +4 -0
  7. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/__init__.py +0 -2
  8. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/__main__.py +0 -2
  9. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/api/__init__.py +0 -2
  10. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/api/alts.py +6 -7
  11. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/api/hierarchy.py +14 -15
  12. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/api/metadata.py +3 -4
  13. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/api/names.py +31 -32
  14. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/api/properties.py +6 -7
  15. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/api/relations.py +12 -11
  16. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/api/species.py +5 -6
  17. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/api/typedefs.py +1 -3
  18. pyobo-0.11.1/src/pyobo/api/utils.py +104 -0
  19. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/api/xrefs.py +4 -5
  20. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/aws.py +3 -5
  21. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/cli/__init__.py +0 -2
  22. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/cli/aws.py +0 -2
  23. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/cli/cli.py +0 -4
  24. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/cli/database.py +1 -3
  25. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/cli/lookup.py +0 -2
  26. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/cli/utils.py +0 -2
  27. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/constants.py +1 -33
  28. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/getters.py +19 -26
  29. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/gilda_utils.py +19 -17
  30. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/identifier_utils.py +10 -10
  31. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/mocks.py +5 -6
  32. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/normalizer.py +24 -24
  33. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/obographs.py +8 -5
  34. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/plugins.py +3 -4
  35. pyobo-0.11.1/src/pyobo/py.typed +0 -0
  36. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/reader.py +19 -21
  37. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/registries/__init__.py +0 -2
  38. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/registries/metaregistry.py +6 -8
  39. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/resource_utils.py +1 -3
  40. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/resources/__init__.py +0 -2
  41. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/resources/ncbitaxon.py +2 -3
  42. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/resources/ro.py +2 -4
  43. pyobo-0.11.1/src/pyobo/resources/so.py +55 -0
  44. pyobo-0.11.1/src/pyobo/resources/so.tsv +2604 -0
  45. pyobo-0.11.1/src/pyobo/sources/README.md +15 -0
  46. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/__init__.py +0 -2
  47. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/agrovoc.py +3 -3
  48. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/antibodyregistry.py +2 -3
  49. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/biogrid.py +4 -4
  50. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/ccle.py +3 -4
  51. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/cgnc.py +1 -3
  52. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/chebi.py +2 -4
  53. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/chembl.py +1 -3
  54. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/civic_gene.py +2 -3
  55. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/complexportal.py +57 -20
  56. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/conso.py +2 -4
  57. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/cpt.py +1 -3
  58. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/credit.py +1 -1
  59. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/cvx.py +1 -3
  60. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/depmap.py +3 -4
  61. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/dictybase_gene.py +15 -12
  62. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/drugbank.py +6 -7
  63. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/drugbank_salt.py +3 -4
  64. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/drugcentral.py +9 -8
  65. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/expasy.py +33 -16
  66. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/famplex.py +3 -5
  67. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/flybase.py +5 -6
  68. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/geonames.py +1 -1
  69. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/gmt_utils.py +5 -6
  70. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/go.py +4 -6
  71. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/gwascentral_phenotype.py +1 -3
  72. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/gwascentral_study.py +2 -3
  73. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/hgnc.py +30 -26
  74. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/hgncgenefamily.py +9 -11
  75. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/icd10.py +3 -4
  76. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/icd11.py +3 -4
  77. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/icd_utils.py +6 -7
  78. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/interpro.py +3 -5
  79. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/itis.py +1 -3
  80. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/kegg/__init__.py +0 -2
  81. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/kegg/api.py +3 -4
  82. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/kegg/genes.py +3 -4
  83. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/kegg/genome.py +19 -9
  84. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/kegg/pathway.py +5 -6
  85. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/mesh.py +19 -21
  86. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/mgi.py +1 -3
  87. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/mirbase.py +13 -9
  88. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/mirbase_constants.py +0 -2
  89. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/mirbase_family.py +1 -3
  90. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/mirbase_mature.py +1 -3
  91. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/msigdb.py +4 -5
  92. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/ncbigene.py +3 -5
  93. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/npass.py +2 -4
  94. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/omim_ps.py +1 -3
  95. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/pathbank.py +35 -28
  96. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/pfam.py +1 -3
  97. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/pfam_clan.py +1 -3
  98. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/pid.py +3 -5
  99. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/pombase.py +7 -6
  100. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/pubchem.py +2 -3
  101. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/reactome.py +30 -11
  102. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/rgd.py +3 -4
  103. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/rhea.py +7 -8
  104. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/ror.py +3 -2
  105. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/selventa/__init__.py +0 -2
  106. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/selventa/schem.py +1 -3
  107. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/selventa/scomp.py +1 -3
  108. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/selventa/sdis.py +1 -3
  109. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/selventa/sfam.py +1 -3
  110. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/sgd.py +1 -3
  111. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/slm.py +29 -17
  112. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/umls/__init__.py +0 -2
  113. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/umls/__main__.py +0 -2
  114. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/umls/get_synonym_types.py +1 -1
  115. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/umls/umls.py +2 -4
  116. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/uniprot/__init__.py +0 -2
  117. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/uniprot/uniprot.py +11 -10
  118. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/uniprot/uniprot_ptm.py +6 -5
  119. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/utils.py +3 -5
  120. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/wikipathways.py +1 -3
  121. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/zfin.py +20 -9
  122. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/ssg/__init__.py +3 -2
  123. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/struct/__init__.py +0 -2
  124. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/struct/reference.py +22 -23
  125. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/struct/struct.py +132 -116
  126. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/struct/typedef.py +14 -10
  127. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/struct/utils.py +0 -2
  128. pyobo-0.11.1/src/pyobo/utils/__init__.py +1 -0
  129. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/utils/cache.py +14 -6
  130. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/utils/io.py +9 -10
  131. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/utils/iter.py +5 -6
  132. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/utils/misc.py +1 -3
  133. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/utils/ndex_utils.py +6 -7
  134. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/utils/path.py +4 -5
  135. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/version.py +3 -5
  136. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/xrefdb/__init__.py +0 -2
  137. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/xrefdb/canonicalizer.py +27 -18
  138. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/xrefdb/priority.py +0 -2
  139. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/xrefdb/sources/__init__.py +3 -4
  140. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/xrefdb/sources/biomappings.py +0 -2
  141. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/xrefdb/sources/cbms2019.py +0 -2
  142. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/xrefdb/sources/chembl.py +0 -2
  143. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/xrefdb/sources/compath.py +1 -3
  144. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/xrefdb/sources/famplex.py +3 -5
  145. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/xrefdb/sources/gilda.py +0 -2
  146. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/xrefdb/sources/intact.py +5 -5
  147. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/xrefdb/sources/ncit.py +1 -3
  148. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/xrefdb/sources/pubchem.py +2 -5
  149. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/xrefdb/sources/wikidata.py +2 -4
  150. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/xrefdb/xrefs_pipeline.py +15 -16
  151. pyobo-0.11.1/src/pyobo.egg-info/PKG-INFO +711 -0
  152. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo.egg-info/SOURCES.txt +8 -90
  153. pyobo-0.11.1/src/pyobo.egg-info/entry_points.txt +2 -0
  154. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo.egg-info/requires.txt +6 -14
  155. pyobo-0.11.1/tests/__init__.py +1 -0
  156. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/tests/constants.py +0 -2
  157. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/tests/test_alt_ids.py +0 -2
  158. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/tests/test_caches.py +4 -6
  159. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/tests/test_extract.py +0 -2
  160. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/tests/test_get.py +1 -3
  161. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/tests/test_gmt.py +0 -2
  162. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/tests/test_ground.py +0 -2
  163. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/tests/test_mapper.py +0 -2
  164. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/tests/test_sources/__init__.py +0 -2
  165. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/tests/test_sources/test_famplex.py +0 -2
  166. pyobo-0.11.1/tests/test_sources/test_meta.py +38 -0
  167. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/tests/test_struct.py +0 -2
  168. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/tests/test_utils.py +22 -4
  169. pyobo-0.11.1/tests/test_version_pins.py +44 -0
  170. pyobo-0.10.12/.readthedocs.yml +0 -15
  171. pyobo-0.10.12/MANIFEST.in +0 -14
  172. pyobo-0.10.12/PKG-INFO +0 -499
  173. pyobo-0.10.12/README.rst +0 -429
  174. pyobo-0.10.12/docs/source/api/pyobo.Canonicalizer.rst +0 -41
  175. pyobo-0.10.12/docs/source/api/pyobo.Obo.rst +0 -171
  176. pyobo-0.10.12/docs/source/api/pyobo.OboNormalizer.rst +0 -17
  177. pyobo-0.10.12/docs/source/api/pyobo.Reference.rst +0 -45
  178. pyobo-0.10.12/docs/source/api/pyobo.Synonym.rst +0 -27
  179. pyobo-0.10.12/docs/source/api/pyobo.SynonymTypeDef.rst +0 -29
  180. pyobo-0.10.12/docs/source/api/pyobo.Term.rst +0 -81
  181. pyobo-0.10.12/docs/source/api/pyobo.TypeDef.rst +0 -51
  182. pyobo-0.10.12/docs/source/api/pyobo.ensure_path.rst +0 -6
  183. pyobo-0.10.12/docs/source/api/pyobo.from_obo_path.rst +0 -6
  184. pyobo-0.10.12/docs/source/api/pyobo.from_obonet.rst +0 -6
  185. pyobo-0.10.12/docs/source/api/pyobo.get_alts_to_id.rst +0 -6
  186. pyobo-0.10.12/docs/source/api/pyobo.get_ancestors.rst +0 -6
  187. pyobo-0.10.12/docs/source/api/pyobo.get_children.rst +0 -6
  188. pyobo-0.10.12/docs/source/api/pyobo.get_definition.rst +0 -6
  189. pyobo-0.10.12/docs/source/api/pyobo.get_descendants.rst +0 -6
  190. pyobo-0.10.12/docs/source/api/pyobo.get_equivalent.rst +0 -6
  191. pyobo-0.10.12/docs/source/api/pyobo.get_filtered_properties_df.rst +0 -6
  192. pyobo-0.10.12/docs/source/api/pyobo.get_filtered_properties_mapping.rst +0 -6
  193. pyobo-0.10.12/docs/source/api/pyobo.get_filtered_properties_multimapping.rst +0 -6
  194. pyobo-0.10.12/docs/source/api/pyobo.get_filtered_relations_df.rst +0 -6
  195. pyobo-0.10.12/docs/source/api/pyobo.get_filtered_xrefs.rst +0 -6
  196. pyobo-0.10.12/docs/source/api/pyobo.get_graph.rst +0 -6
  197. pyobo-0.10.12/docs/source/api/pyobo.get_hierarchy.rst +0 -6
  198. pyobo-0.10.12/docs/source/api/pyobo.get_id_definition_mapping.rst +0 -6
  199. pyobo-0.10.12/docs/source/api/pyobo.get_id_multirelations_mapping.rst +0 -6
  200. pyobo-0.10.12/docs/source/api/pyobo.get_id_name_mapping.rst +0 -6
  201. pyobo-0.10.12/docs/source/api/pyobo.get_id_species_mapping.rst +0 -6
  202. pyobo-0.10.12/docs/source/api/pyobo.get_id_synonyms_mapping.rst +0 -6
  203. pyobo-0.10.12/docs/source/api/pyobo.get_id_to_alts.rst +0 -6
  204. pyobo-0.10.12/docs/source/api/pyobo.get_ids.rst +0 -6
  205. pyobo-0.10.12/docs/source/api/pyobo.get_name.rst +0 -6
  206. pyobo-0.10.12/docs/source/api/pyobo.get_name_by_curie.rst +0 -6
  207. pyobo-0.10.12/docs/source/api/pyobo.get_name_id_mapping.rst +0 -6
  208. pyobo-0.10.12/docs/source/api/pyobo.get_obsolete.rst +0 -6
  209. pyobo-0.10.12/docs/source/api/pyobo.get_ontology.rst +0 -6
  210. pyobo-0.10.12/docs/source/api/pyobo.get_primary_curie.rst +0 -6
  211. pyobo-0.10.12/docs/source/api/pyobo.get_primary_identifier.rst +0 -6
  212. pyobo-0.10.12/docs/source/api/pyobo.get_priority_curie.rst +0 -6
  213. pyobo-0.10.12/docs/source/api/pyobo.get_properties.rst +0 -6
  214. pyobo-0.10.12/docs/source/api/pyobo.get_properties_df.rst +0 -6
  215. pyobo-0.10.12/docs/source/api/pyobo.get_property.rst +0 -6
  216. pyobo-0.10.12/docs/source/api/pyobo.get_relation.rst +0 -6
  217. pyobo-0.10.12/docs/source/api/pyobo.get_relation_mapping.rst +0 -6
  218. pyobo-0.10.12/docs/source/api/pyobo.get_relations_df.rst +0 -6
  219. pyobo-0.10.12/docs/source/api/pyobo.get_species.rst +0 -6
  220. pyobo-0.10.12/docs/source/api/pyobo.get_sssom_df.rst +0 -6
  221. pyobo-0.10.12/docs/source/api/pyobo.get_subhierarchy.rst +0 -6
  222. pyobo-0.10.12/docs/source/api/pyobo.get_synonyms.rst +0 -6
  223. pyobo-0.10.12/docs/source/api/pyobo.get_typedef_df.rst +0 -6
  224. pyobo-0.10.12/docs/source/api/pyobo.get_version.rst +0 -6
  225. pyobo-0.10.12/docs/source/api/pyobo.get_xref.rst +0 -6
  226. pyobo-0.10.12/docs/source/api/pyobo.get_xrefs.rst +0 -6
  227. pyobo-0.10.12/docs/source/api/pyobo.get_xrefs_df.rst +0 -6
  228. pyobo-0.10.12/docs/source/api/pyobo.ground.rst +0 -6
  229. pyobo-0.10.12/docs/source/api/pyobo.has_ancestor.rst +0 -6
  230. pyobo-0.10.12/docs/source/api/pyobo.has_nomenclature_plugin.rst +0 -6
  231. pyobo-0.10.12/docs/source/api/pyobo.has_xref_plugin.rst +0 -6
  232. pyobo-0.10.12/docs/source/api/pyobo.is_descendent.rst +0 -6
  233. pyobo-0.10.12/docs/source/api/pyobo.iter_nomenclature_plugins.rst +0 -6
  234. pyobo-0.10.12/docs/source/api/pyobo.iter_xref_plugins.rst +0 -6
  235. pyobo-0.10.12/docs/source/api/pyobo.normalize_curie.rst +0 -6
  236. pyobo-0.10.12/docs/source/api/pyobo.parse_results_from_obo.rst +0 -6
  237. pyobo-0.10.12/docs/source/api/pyobo.run_nomenclature_plugin.rst +0 -6
  238. pyobo-0.10.12/docs/source/api/pyobo.run_xref_plugin.rst +0 -6
  239. pyobo-0.10.12/docs/source/conf.py +0 -363
  240. pyobo-0.10.12/docs/source/index.rst +0 -9
  241. pyobo-0.10.12/docs/source/logo.png +0 -0
  242. pyobo-0.10.12/pyproject.toml +0 -14
  243. pyobo-0.10.12/setup.cfg +0 -162
  244. pyobo-0.10.12/src/pyobo/api/utils.py +0 -48
  245. pyobo-0.10.12/src/pyobo/apps/__init__.py +0 -3
  246. pyobo-0.10.12/src/pyobo/apps/cli.py +0 -24
  247. pyobo-0.10.12/src/pyobo/apps/gilda/__init__.py +0 -3
  248. pyobo-0.10.12/src/pyobo/apps/gilda/__main__.py +0 -8
  249. pyobo-0.10.12/src/pyobo/apps/gilda/app.py +0 -48
  250. pyobo-0.10.12/src/pyobo/apps/gilda/cli.py +0 -36
  251. pyobo-0.10.12/src/pyobo/apps/gilda/templates/base.html +0 -33
  252. pyobo-0.10.12/src/pyobo/apps/gilda/templates/home.html +0 -11
  253. pyobo-0.10.12/src/pyobo/apps/gilda/templates/matches.html +0 -32
  254. pyobo-0.10.12/src/pyobo/apps/mapper/__init__.py +0 -3
  255. pyobo-0.10.12/src/pyobo/apps/mapper/__main__.py +0 -11
  256. pyobo-0.10.12/src/pyobo/apps/mapper/cli.py +0 -37
  257. pyobo-0.10.12/src/pyobo/apps/mapper/mapper.py +0 -187
  258. pyobo-0.10.12/src/pyobo/apps/mapper/templates/base.html +0 -35
  259. pyobo-0.10.12/src/pyobo/apps/mapper/templates/mapper_home.html +0 -64
  260. pyobo-0.10.12/src/pyobo/utils/__init__.py +0 -3
  261. pyobo-0.10.12/src/pyobo.egg-info/PKG-INFO +0 -499
  262. pyobo-0.10.12/src/pyobo.egg-info/entry_points.txt +0 -15
  263. pyobo-0.10.12/src/pyobo.egg-info/not-zip-safe +0 -1
  264. pyobo-0.10.12/tests/__init__.py +0 -3
  265. pyobo-0.10.12/tests/test_get_miriam_url.py +0 -83
  266. pyobo-0.10.12/tox.ini +0 -211
  267. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/registries/metaregistry.json +0 -0
  268. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/resources/ncbitaxon.tsv.gz +0 -0
  269. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/resources/ro.tsv +0 -0
  270. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/sources/umls/synonym_types.tsv +0 -0
  271. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/ssg/base.html +0 -0
  272. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/ssg/index.html +0 -0
  273. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/ssg/term.html +0 -0
  274. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo/ssg/typedef.html +0 -0
  275. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo.egg-info/dependency_links.txt +0 -0
  276. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/src/pyobo.egg-info/top_level.txt +0 -0
  277. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/tests/resources/citations.txt +0 -0
  278. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/tests/resources/test_chebi.obo +0 -0
  279. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/tests/resources/test_msigdb.gmt +0 -0
  280. {pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/tests/resources/test_wikipathways.gmt +0 -0
{pyobo-0.10.12 → pyobo-0.11.1}/LICENSE RENAMED
@@ -1,6 +1,6 @@
1
1
  MIT License
2
2
 
3
- Copyright (c) 2020 Charles Tapley Hoyt
3
+ Copyright (c) 2024 Charles Tapley Hoyt
4
4
 
5
5
  Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
6
6
  of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
pyobo-0.11.1/MANIFEST.in ADDED
@@ -0,0 +1,11 @@
1
+ graft src
2
+ graft tests
3
+ prune scripts
4
+ prune notebooks
5
+ prune tests/.pytest_cache
6
+ prune docs
7
+
8
+ global-exclude *.py[cod] __pycache__ *.so *.dylib .DS_Store *.gpickle .idea/**
9
+
10
+ include README.md LICENSE
11
+ exclude tox.ini .readthedocs.yml .cruft.json