plotfig 1.5.0__tar.gz → 1.6.0__tar.gz

{plotfig-1.5.0 → plotfig-1.6.0}/.github/workflows/website_deploy.yml

@@ -56,7 +56,7 @@ jobs:
               "model": "deepseek-chat",
               "messages": [
                 {"role": "system", "content": "You are a helpful assistant"},
-                {"role": "user", "content": "用中文回答，一句话总结以下更新内容，适合放在公告栏：${{ steps.changelog.outputs.added }}"}
+                {"role": "user", "content": "一句中文总结以下更新内容，适合放在公告栏（不允许出现“`”等特殊符号）：${{ steps.changelog.outputs.added }}"}
               ]
             }' | jq -r '.choices[0].message.content')
           echo "response<<EOF" >> $GITHUB_OUTPUT

{plotfig-1.5.0 → plotfig-1.6.0}/.gitignore

@@ -13,13 +13,6 @@ wheels/
 *.bak
 
 # notebooks
-notebooks/
+notebooks/figures/*
 
-# docs
-docs/changelog.md
-
-# tests
-tests/
-
-# utils
-utils/
+tests/figures/*

plotfig-1.6.0/.release-please-manifest.json

@@ -0,0 +1 @@
+{".":"1.6.0"}

plotfig-1.6.0/CHANGELOG.md

@@ -0,0 +1,147 @@
+# Changelog
+
+## [1.6.0](https://github.com/RicardoRyn/plotfig/compare/v1.5.1...v1.6.0) (2025-09-06)
+
+
+### Features ✨
+
+* **circos:** Implement a new method for drawing circos plots ([ebf3352](https://github.com/RicardoRyn/plotfig/commit/ebf3352491566817fc6202c1a9323e9f6e8a323a))
+* **utils:** Add several utility functions ([b59f2a4](https://github.com/RicardoRyn/plotfig/commit/b59f2a49a6683e8ce942f47a2adc2a79a94e6f84))
+
+
+### Bug Fixes 🔧
+
+* **bar:** fix bug causing multi_bar plot failure ([a797006](https://github.com/RicardoRyn/plotfig/commit/a797006ed7b0598f65ff14f29d1c4c0280b1d811))
+* **connec:** Fix color bug caused by integer values ([b104c1f](https://github.com/RicardoRyn/plotfig/commit/b104c1f985c4aeaf1576c716fc1f0b7725774e26))
+
+
+### Code Refactoring ♻️
+
+* **circos:** Temporarily disable circos plot ([a96bb09](https://github.com/RicardoRyn/plotfig/commit/a96bb09cc799ce34785146f6bd855631ae1ad73a))
+* **corr/matrix:** function now returns Axes object ([e47cada](https://github.com/RicardoRyn/plotfig/commit/e47cada18a411fe28f7dc8a6ef62dea00acd3888))
+* **corr:** change default ax title font size in correlation plots to 12 ([5aab9fe](https://github.com/RicardoRyn/plotfig/commit/5aab9fe082f05894379c90b7e7a4a5a3a4739c49))
+* **surface:** Deprecate old functions ([d90dc92](https://github.com/RicardoRyn/plotfig/commit/d90dc927731cd369d2ac1cc0939556b13d54158c))
+
+## [1.5.1](https://github.com/RicardoRyn/plotfig/compare/v1.5.0...v1.5.1) (2025-08-11)
+
+
+### Bug Fixes
+
+* **connec:** fix issue with line_color display under color scale ([83d46d7](https://github.com/RicardoRyn/plotfig/commit/83d46d7031c49a455ab2648a92193ae5278750f4))
+
+
+### Code Refactoring
+
+* **bar:** Remove the legacy `plot_one_group_violin_figure_old` function ([6d1316d](https://github.com/RicardoRyn/plotfig/commit/6d1316d3050279f849d5c941ff6280c0ce419145))
+
+## [1.5.0](https://github.com/RicardoRyn/plotfig/compare/v1.4.0...v1.5.0) (2025-08-07)
+
+
+### Features
+
+* **bar:** support combining multiple statistical test methods ([34b6960](https://github.com/RicardoRyn/plotfig/commit/34b6960ff705468154bc5fbf75b9917ba8ac64fd))
+* **connec:** Add `line_color` parameter to customize connection line colors ([e4de41e](https://github.com/RicardoRyn/plotfig/commit/e4de41effe495767cde0980ce5e2cee458d8b3a8))
+
+
+### Code Refactoring
+
+* **bar:** mark string input for `test_method` as planned for deprecation ([e56d6d7](https://github.com/RicardoRyn/plotfig/commit/e56d6d7b79104b6079619b73158e21ee284a5304))
+
+## [1.4.0](https://github.com/RicardoRyn/plotfig/compare/v1.3.3...v1.4.0) (2025-07-30)
+
+
+### Features
+
+* **bar:** support color transparency adjustment via `color_alpha` argument ([530980d](https://github.com/RicardoRyn/plotfig/commit/530980dc346a338658d8333bb274004fcaac8d7d))
+
+## [1.3.3](https://github.com/RicardoRyn/plotfig/compare/v1.3.2...v1.3.3) (2025-07-29)
+
+
+### Bug Fixes
+
+* **bar**: handle empty significance plot without error
+
+## [1.3.2](https://github.com/RicardoRyn/plotfig/compare/v1.3.1...v1.3.2) (2025-07-29)
+
+
+### Bug Fixes
+
+* **deps**: use the correct version of surfplot
+
+## [1.3.1](https://github.com/RicardoRyn/plotfig/compare/v1.3.0...v1.3.1) (2025-07-28)
+
+
+### Bug Fixes
+
+* **deps**: update surfplot dependency info to use GitHub version
+
+## [1.3.0](https://github.com/RicardoRyn/plotfig/compare/v1.2.1...v1.3.0) (2025-07-28)
+
+
+### Features
+
+* **bar**: add one-sample t-test functionality
+
+
+### Bug Fixes
+
+* **bar**: isolate random number generator inside function
+
+
+### Code Refactoring
+
+* **surface**: unify brain surface plotting with new plot_brain_surface_figure
+* **bar**: replace print with warnings.warn
+* **bar**: rename arguments in plot_one_group_bar_figure
+* **tests**: remove unused tests folder
+
+## [1.2.1](https://github.com/RicardoRyn/plotfig/compare/v1.2.0...v1.2.1) (2025-07-24)
+
+
+### Bug Fixes
+
+* **bar**: rename `y_lim_range` to `y_lim` in `plot_one_group_bar_figure`
+
+## [1.2.0](https://github.com/RicardoRyn/plotfig/compare/v1.1.0...v1.2.0) (2025-07-24)
+
+
+### Features
+
+* **violin**: add function to plot single-group violin fig
+
+
+### Bug Fixes
+
+* **matrix**: changed return value to None
+
+## [1.1.0](https://github.com/RicardoRyn/plotfig/compare/v1.0.0...v1.1.0) (2025-07-21)
+
+
+### Features
+
+* **corr**: allow hexbin to show dense scatter points in correlation plot
+* **bar**: support gradient color bars and now can change border color
+
+## 1.0.0 (2025-07-03)
+
+
+### Features
+
+* **bar**: support plotting single-group bar charts with statistical tests
+* **bar**: support plotting multi-group bars charts
+* **corr**: support combined sactter and line correlation plots
+* **matrix**: support plotting matrix plots (i.e. heatmaps)
+* **surface**: support brain region plots for human, chimpanzee and macaque
+* **circos**: support brain connectivity circos plots
+* **connection**: support glass brain connectivity plots
+
+
+### Bug Fixes
+
+* **surface**: fix bug where function did not retrun fig only
+* **surface**: fix bug where brain region with zero values were not displayed
+
+
+### Code Refactoring
+
+* **src**: refactor code for more readability and maintainability

{plotfig-1.5.0 → plotfig-1.6.0}/PKG-INFO

@@ -1,63 +1,58 @@
 Metadata-Version: 2.4
 Name: plotfig
-Version: 1.5.0
+Version: 1.6.0
 Summary: Scientific plotting package for Cognitive neuroscience
 Author-email: Ricardo Ryn <ricardoRyn1317@gmail.com>
 License-File: LICENSE
 Keywords: neuroscience,plotting,visualization
 Requires-Python: >=3.11
-Requires-Dist: matplotlib>=3.10.1
-Requires-Dist: mne-connectivity>=0.7.0
+Requires-Dist: kaleido>=1.0.0
+Requires-Dist: loguru>=0.7.3
+Requires-Dist: matplotlib>=3.10.6
 Requires-Dist: nibabel>=5.3.2
-Requires-Dist: numpy>=2.2.4
-Requires-Dist: pandas>=2.2.3
-Requires-Dist: plotly>=6.0.1
-Requires-Dist: scipy>=1.15.2
+Requires-Dist: numpy>=2.3.2
+Requires-Dist: plotly>=6.3.0
+Requires-Dist: pycirclize>=1.10.0
+Requires-Dist: scipy>=1.16.1
 Requires-Dist: surfplot
+Requires-Dist: tqdm>=4.67.1
 Description-Content-Type: text/markdown
 
-# 简介
+# plotfig
+
+## 简介
 
 `plotfig` 是一个专为科学数据可视化设计的 Python 库，致力于为认知神经科研工作人员提供高效、易用且美观的图形绘制工具。
-该项目基于业界主流的可视化库—— `matplotlib`、`surfplot` 和 `plotly` 开发，融合了三者的强大功能，能够满足神经科学、脑连接组学、相关性分析、矩阵可视化等多种科研场景下的复杂绘图需求。
+该项目基于业界主流的可视化库—— `matplotlib`、`surfplot` 和 `plotly`等库开发，融合了三者的强大功能，能够满足神经科学、脑连接组学、相关性分析、矩阵可视化等多种科研场景下的复杂绘图需求。
 
 ![plotfig](https://github.com/RicardoRyn/plotfig/blob/main/docs/assets/plotfig.png)
 
-
-## 项目结构
+### 项目结构
 
 项目采用模块化设计，核心代码位于 `src/plotfig/` 目录下，包含如下主要功能模块：
 
 - `bar.py`：条形图绘制，适用于分组数据的对比展示。
 - `correlation.py`：相关性矩阵可视化，便于分析变量间的相关性分布。
 - `matrix.py`：通用矩阵可视化，支持多种配色和注释方式。
-- `brain_surface.py`：脑表面可视化，利用 `surfplot` 实现三维脑表面图集结构的绘制。
+- `brain_surface.py`：脑表面可视化，实现三维脑表面图集结构的绘制。
+- `circos.py`：弦图可视化，适合平面展示脑区之间的连接关系。
 - `brain_connection.py`：玻璃脑连接可视化，支持复杂的脑网络结构展示。
-- `circos.py`：环状图（Circos）绘制，适合平面展示脑区之间的连接关系。
-
 
-## 文档与示例
+### 文档与示例
 
 `plotfig` 提供了网页文档和使用示例。具体参见[使用教程](https://ricardoryn.github.io/plotfig/)。
 
-`plotfig` API 设计简洁，参数灵活，适合科研人员和数据分析师快速集成到自己的数据分析流程中。
-其模块化架构便于后续功能扩展和自定义开发。
-结合 `matplotlib` 支持矢量图或高分辨率位图和交互式 HTML 输出，适合论文发表和学术展示。
-
-# 安装
-
-## 普通安装
+## 安装
 
 `plotfig` 支持通过 `pip` 或源码安装，要求 Python 3.11 及以上版本。
 
-
-**使用 pip 安装 <small>(推荐)</small>**
+### 使用 pip 安装 (推荐)
 
 ```bash
 pip install plotfig
 ```
 
-**使用 GitHub 源码安装**
+### 使用 GitHub 源码安装
 
 ```bash
 git clone --depth 1 https://github.com/RicardoRyn/plotfig.git
@@ -65,53 +60,49 @@ cd plotfig
 pip install .
 ```
 
-## 依赖要求
+### 依赖要求
 
-`plotfig` 依赖若干核心库，这些依赖将在安装过程中自动处理：
+`plotfig` 依赖若干核心库，这些依赖将在安装过程中自动处理，但需要注意：
 
-- [matplotlib](https://matplotlib.org/) ≥ 3.10.
-- [mne-connectivity](https://mne.tools/mne-connectivity/stable/index.html) ≥ 0.7.
-- [nibabel](https://nipy.org/nibabel/) ≥ 5.3.
-- [numpy](https://numpy.org/) ≥ 2.2.4
-- [pandas](https://pandas.pydata.org/) ≥ 2.2.
-- [plotly](https://plotly.com/) ≥ 6.0.1
-- [scipy](https://scipy.org/) ≥ 1.15.
 - [surfplot](https://github.com/danjgale/surfplot) 需使用其 GitHub 仓库中的最新版，而非 PyPI 上的版本，因后者尚未包含所需功能。
 
 > ⚠️ **指定 `surfplot` 版本**
 >
-> 由于 PyPI 上的 `surfplot` 版本较旧，缺少 `plotfig` 所需功能，建议通过以下步骤安装其 GitHub 仓库的最新版：
->
-> ```bash
-> # 卸载旧版本
-> pip uninstall surfplot
+> 由于 PyPI 上的 `surfplot` 版本较旧，缺少 `plotfig` 所需功能，建议通过以下步骤安装其 GitHub 仓库的最新版。
 >
-> # 克隆源码并安装
-> git clone --depth 1 https://github.com/danjgale/surfplot.git
-> cd surfplot
-> pip install .
->
-> # 安装完成后，返回上级目录并删除源码文件夹
-> cd ..
-> rm -rf surfplot
-> ```
+> 如果您无须绘制 brain_surface 图，可以忽略此步骤。
 
-## 贡献指南
+```bash
+# 卸载旧版本
+pip uninstall surfplot
+
+# 克隆源码并安装
+git clone --depth 1 https://github.com/danjgale/surfplot.git
+cd surfplot
+pip install .
+
+# 安装完成后，返回上级目录并删除源码文件夹
+cd ..
+rm -rf surfplot
+```
 
-如果您希望参与 `plotfig` 的开发，或者想体验尚未正式发布的新功能和最新修复的 bug，可以选择以开发模式安装项目。
+## 贡献指南
 
+如果您希望参与 `plotfig` 的开发，或者想体验尚未正式发布的新功能，可以选择以开发模式安装项目。
 这种“可编辑模式（editable mode）”安装方式允许您对本地源码的修改立即生效，非常适合开发、调试和贡献代码。
 
 推荐先 Fork 仓库，然后克隆您自己的 Fork：
 
 ```bash
-git clone -b dev https://github.com/<your-username>/plotfig.git
+git clone -b dev https://github.com/<your-username >/plotfig.git
 cd plotfig
 pip install -e .
 ```
 
 **欢迎提交 Issue 或 PR！**
 
-无论是 Bug 报告、功能建议，还是文档改进，都非常欢迎你的参与。
-如果你在使用过程中遇到了问题，或者有更好的想法，欢迎在 [Issue](https://github.com/RicardoRyn/plotfig/issues) 中提出。
+无论是 Bug 报告、功能建议、还是文档改进。
+
+都非常欢迎在 [Issue](https://github.com/RicardoRyn/plotfig/issues) 中提出。
+
 也可以直接提交 [PR](https://github.com/RicardoRyn/plotfig/pulls)，一起变得更强 🙌！

{plotfig-1.5.0 → plotfig-1.6.0}/README.md

@@ -1,45 +1,38 @@
-# 简介
+# plotfig
+
+## 简介
 
 `plotfig` 是一个专为科学数据可视化设计的 Python 库，致力于为认知神经科研工作人员提供高效、易用且美观的图形绘制工具。
-该项目基于业界主流的可视化库—— `matplotlib`、`surfplot` 和 `plotly` 开发，融合了三者的强大功能，能够满足神经科学、脑连接组学、相关性分析、矩阵可视化等多种科研场景下的复杂绘图需求。
+该项目基于业界主流的可视化库—— `matplotlib`、`surfplot` 和 `plotly`等库开发，融合了三者的强大功能，能够满足神经科学、脑连接组学、相关性分析、矩阵可视化等多种科研场景下的复杂绘图需求。
 
 ![plotfig](https://github.com/RicardoRyn/plotfig/blob/main/docs/assets/plotfig.png)
 
-
-## 项目结构
+### 项目结构
 
 项目采用模块化设计，核心代码位于 `src/plotfig/` 目录下，包含如下主要功能模块：
 
 - `bar.py`：条形图绘制，适用于分组数据的对比展示。
 - `correlation.py`：相关性矩阵可视化，便于分析变量间的相关性分布。
 - `matrix.py`：通用矩阵可视化，支持多种配色和注释方式。
-- `brain_surface.py`：脑表面可视化，利用 `surfplot` 实现三维脑表面图集结构的绘制。
+- `brain_surface.py`：脑表面可视化，实现三维脑表面图集结构的绘制。
+- `circos.py`：弦图可视化，适合平面展示脑区之间的连接关系。
 - `brain_connection.py`：玻璃脑连接可视化，支持复杂的脑网络结构展示。
-- `circos.py`：环状图（Circos）绘制，适合平面展示脑区之间的连接关系。
-
 
-## 文档与示例
+### 文档与示例
 
 `plotfig` 提供了网页文档和使用示例。具体参见[使用教程](https://ricardoryn.github.io/plotfig/)。
 
-`plotfig` API 设计简洁，参数灵活，适合科研人员和数据分析师快速集成到自己的数据分析流程中。
-其模块化架构便于后续功能扩展和自定义开发。
-结合 `matplotlib` 支持矢量图或高分辨率位图和交互式 HTML 输出，适合论文发表和学术展示。
-
-# 安装
-
-## 普通安装
+## 安装
 
 `plotfig` 支持通过 `pip` 或源码安装，要求 Python 3.11 及以上版本。
 
-
-**使用 pip 安装 <small>(推荐)</small>**
+### 使用 pip 安装 (推荐)
 
 ```bash
 pip install plotfig
 ```
 
-**使用 GitHub 源码安装**
+### 使用 GitHub 源码安装
 
 ```bash
 git clone --depth 1 https://github.com/RicardoRyn/plotfig.git
@@ -47,53 +40,49 @@ cd plotfig
 pip install .
 ```
 
-## 依赖要求
+### 依赖要求
 
-`plotfig` 依赖若干核心库，这些依赖将在安装过程中自动处理：
+`plotfig` 依赖若干核心库，这些依赖将在安装过程中自动处理，但需要注意：
 
-- [matplotlib](https://matplotlib.org/) ≥ 3.10.
-- [mne-connectivity](https://mne.tools/mne-connectivity/stable/index.html) ≥ 0.7.
-- [nibabel](https://nipy.org/nibabel/) ≥ 5.3.
-- [numpy](https://numpy.org/) ≥ 2.2.4
-- [pandas](https://pandas.pydata.org/) ≥ 2.2.
-- [plotly](https://plotly.com/) ≥ 6.0.1
-- [scipy](https://scipy.org/) ≥ 1.15.
 - [surfplot](https://github.com/danjgale/surfplot) 需使用其 GitHub 仓库中的最新版，而非 PyPI 上的版本，因后者尚未包含所需功能。
 
 > ⚠️ **指定 `surfplot` 版本**
 >
-> 由于 PyPI 上的 `surfplot` 版本较旧，缺少 `plotfig` 所需功能，建议通过以下步骤安装其 GitHub 仓库的最新版：
->
-> ```bash
-> # 卸载旧版本
-> pip uninstall surfplot
+> 由于 PyPI 上的 `surfplot` 版本较旧，缺少 `plotfig` 所需功能，建议通过以下步骤安装其 GitHub 仓库的最新版。
 >
-> # 克隆源码并安装
-> git clone --depth 1 https://github.com/danjgale/surfplot.git
-> cd surfplot
-> pip install .
->
-> # 安装完成后，返回上级目录并删除源码文件夹
-> cd ..
-> rm -rf surfplot
-> ```
+> 如果您无须绘制 brain_surface 图，可以忽略此步骤。
 
-## 贡献指南
+```bash
+# 卸载旧版本
+pip uninstall surfplot
+
+# 克隆源码并安装
+git clone --depth 1 https://github.com/danjgale/surfplot.git
+cd surfplot
+pip install .
+
+# 安装完成后，返回上级目录并删除源码文件夹
+cd ..
+rm -rf surfplot
+```
 
-如果您希望参与 `plotfig` 的开发，或者想体验尚未正式发布的新功能和最新修复的 bug，可以选择以开发模式安装项目。
+## 贡献指南
 
+如果您希望参与 `plotfig` 的开发，或者想体验尚未正式发布的新功能，可以选择以开发模式安装项目。
 这种“可编辑模式（editable mode）”安装方式允许您对本地源码的修改立即生效，非常适合开发、调试和贡献代码。
 
 推荐先 Fork 仓库，然后克隆您自己的 Fork：
 
 ```bash
-git clone -b dev https://github.com/<your-username>/plotfig.git
+git clone -b dev https://github.com/<your-username >/plotfig.git
 cd plotfig
 pip install -e .
 ```
 
 **欢迎提交 Issue 或 PR！**
 
-无论是 Bug 报告、功能建议，还是文档改进，都非常欢迎你的参与。
-如果你在使用过程中遇到了问题，或者有更好的想法，欢迎在 [Issue](https://github.com/RicardoRyn/plotfig/issues) 中提出。
+无论是 Bug 报告、功能建议、还是文档改进。
+
+都非常欢迎在 [Issue](https://github.com/RicardoRyn/plotfig/issues) 中提出。
+
 也可以直接提交 [PR](https://github.com/RicardoRyn/plotfig/pulls)，一起变得更强 🙌！

plotfig-1.6.0/docs/api/index.md

@@ -0,0 +1,20 @@
+# API
+
+::: plotfig.bar
+    options:
+        members:
+            - plot_one_group_bar_figure
+            - plot_one_group_violin_figure
+            - plot_multi_group_bar_figure
+
+::: plotfig.correlation
+
+::: plotfig.matrix
+
+::: plotfig.brain_surface
+
+::: plotfig.circos
+
+::: plotfig.brain_connection
+
+::: plotfig.utils

plotfig-1.6.0/docs/changelog.md

@@ -0,0 +1,4 @@
+# Changelog
+
+自动更新!
+Automatically update!

{plotfig-1.5.0 → plotfig-1.6.0}/docs/index.md

@@ -1,11 +1,10 @@
 # 简介
 
 `plotfig` 是一个专为科学数据可视化设计的 Python 库，致力于为认知神经科研工作人员提供高效、易用且美观的图形绘制工具。
-该项目基于业界主流的可视化库—— `matplotlib`、`surfplot` 和 `plotly` 开发，融合了三者的强大功能，能够满足神经科学、脑连接组学、相关性分析、矩阵可视化等多种科研场景下的复杂绘图需求。
+该项目基于业界主流的可视化库—— `matplotlib`、`surfplot` 和 `plotly`等库开发，融合了三者的强大功能，能够满足神经科学、脑连接组学、相关性分析、矩阵可视化等多种科研场景下的复杂绘图需求。
 
 ![plotfig](./assets/plotfig.png)
 
-
 ## 项目结构
 
 项目采用模块化设计，核心代码位于 `src/plotfig/` 目录下，包含如下主要功能模块：
@@ -13,12 +12,11 @@
 - `bar.py`：条形图绘制，适用于分组数据的对比展示。
 - `correlation.py`：相关性矩阵可视化，便于分析变量间的相关性分布。
 - `matrix.py`：通用矩阵可视化，支持多种配色和注释方式。
-- `brain_surface.py`：脑表面可视化，利用 `surfplot` 实现三维脑表面图集结构的绘制。
+- `brain_surface.py`：脑表面可视化，实现三维脑表面图集结构的绘制。
+- `circos.py`：弦图可视化，适合平面展示脑区之间的连接关系。
 - `brain_connection.py`：玻璃脑连接可视化，支持复杂的脑网络结构展示。
-- `circos.py`：环状图（Circos）绘制，适合平面展示脑区之间的连接关系。
-
 
-## 文档与示例
+## 特性
 
 `plotfig` API 设计简洁，参数灵活，适合科研人员和数据分析师快速集成到自己的数据分析流程中。
 其模块化架构便于后续功能扩展和自定义开发。
@@ -29,5 +27,4 @@
 烫知识：一张图上的所有元素[^1]。
 ![Parts of a Figure](https://matplotlib.org/stable/_images/anatomy.png)
 
-[^1]:
-    [Quick start guide of matplotlib.](https://matplotlib.org/stable/tutorials/introductory/usage.html#parts-of-a-figure)
+[^1]: [Quick start guide of matplotlib.](https://matplotlib.org/stable/tutorials/introductory/usage.html#parts-of-a-figure)

{plotfig-1.5.0 → plotfig-1.6.0}/docs/installation.md

@@ -4,13 +4,13 @@
 
 `plotfig` 支持通过 `pip` 或源码安装，要求 Python 3.11 及以上版本。
 
-**使用 pip 安装 <small>(推荐)</small>**
+### 使用 pip 安装 (推荐)
 
 ```bash
 pip install plotfig
 ```
 
-**使用 GitHub 源码安装**
+### 使用 GitHub 源码安装
 
 ```bash
 git clone --depth 1 https://github.com/RicardoRyn/plotfig.git
@@ -20,20 +20,15 @@ pip install .
 
 ## 依赖要求
 
-`plotfig` 依赖若干核心库，这些依赖将在安装过程中自动处理：
+`plotfig` 依赖若干核心库，这些依赖将在安装过程中自动处理，但需要注意：
 
-- [matplotlib](https://matplotlib.org/) ≥ 3.10.1
-- [mne-connectivity](https://mne.tools/mne-connectivity/stable/index.html) ≥ 0.7.0
-- [nibabel](https://nipy.org/nibabel/) ≥ 5.3.2
-- [numpy](https://numpy.org/) ≥ 2.2.4
-- [pandas](https://pandas.pydata.org/) ≥ 2.2.3
-- [plotly](https://plotly.com/) ≥ 6.0.1
-- [scipy](https://scipy.org/) ≥ 1.15.2
 - [surfplot](https://github.com/danjgale/surfplot) 需使用其 GitHub 仓库中的最新版，而非 PyPI 上的版本，因后者尚未包含所需功能。
 
 !!! warning "指定 `surfplot` 版本"
 
-    由于 PyPI 上的 `surfplot` 版本较旧，缺少 `plotfig` 所需功能，建议通过以下步骤安装其 GitHub 仓库的最新版：
+    由于 PyPI 上的 `surfplot` 版本较旧，缺少 `plotfig` 所需功能，建议通过以下步骤安装其 GitHub 仓库的最新版。
+
+    如果您无须绘制 brain_surface 图，可以忽略此步骤。
 
     ```bash
     # 卸载旧版本
@@ -51,8 +46,7 @@ pip install .
 
 ## 贡献指南
 
-如果您希望参与 `plotfig` 的开发，或者想体验尚未正式发布的新功能和最新修复的 bug，可以选择以开发模式安装项目。
-
+如果您希望参与 `plotfig` 的开发，或者想体验尚未正式发布的新功能，可以选择以开发模式安装项目。
 这种“可编辑模式（editable mode）”安装方式允许您对本地源码的修改立即生效，非常适合开发、调试和贡献代码。
 
 推荐先 Fork 仓库，然后克隆您自己的 Fork：
@@ -65,6 +59,8 @@ pip install -e .
 
 **欢迎提交 Issue 或 PR！**
 
-无论是 Bug 报告、功能建议，还是文档改进，都非常欢迎你的参与。
-如果你在使用过程中遇到了问题，或者有更好的想法，欢迎在 [Issue](https://github.com/RicardoRyn/plotfig/issues) 中提出。
+无论是 Bug 报告、功能建议、还是文档改进。
+
+都非常欢迎在 [Issue](https://github.com/RicardoRyn/plotfig/issues) 中提出。
+
 也可以直接提交 [PR](https://github.com/RicardoRyn/plotfig/pulls)，一起变得更强 🙌！