plotfig 1.4.0__tar.gz → 1.5.0__tar.gz

{plotfig-1.4.0 → plotfig-1.5.0}/.github/workflows/dependency_review.yml

@@ -7,10 +7,10 @@
 #
 # Source repository: https://github.com/actions/dependency-review-action
 # Public documentation: https://docs.github.com/en/code-security/supply-chain-security/understanding-your-software-supply-chain/about-dependency-review#dependency-review-enforcement
-name: 'Dependency review'
+name: "Dependency review"
 on:
   pull_request:
-    branches: [ "main", "dev" ]
+    branches: ["main", "dev"]
 
 # If using a dependency submission action in this workflow this permission will need to be set to:
 #
@@ -27,9 +27,9 @@ jobs:
   dependency-review:
     runs-on: ubuntu-latest
     steps:
-      - name: 'Checkout repository'
+      - name: "Checkout repository"
         uses: actions/checkout@v4
-      - name: 'Dependency Review'
+      - name: "Dependency Review"
         uses: actions/dependency-review-action@v4
         # Commonly enabled options, see https://github.com/actions/dependency-review-action#configuration-options for all available options.
         with:

{plotfig-1.4.0 → plotfig-1.5.0}/.github/workflows/python_publish.yml

@@ -28,9 +28,6 @@ jobs:
 
       - name: Build release distributions
         run: |
-          # NOTE: put your own distribution build steps here.
-          # python -m pip install build
-          # python -m build
           pip install uv
           uv build
 

{plotfig-1.4.0 → plotfig-1.5.0}/.github/workflows/release.yml

@@ -19,4 +19,4 @@ jobs:
         with:
           token: ${{ secrets.RELEASE_PLEASE_ACCESS_TOKEN }}
           config-file: release-please-config.json
-          manifest-file: .release-please-manifest.json
+          manifest-file: .release-please-manifest.json

{plotfig-1.4.0 → plotfig-1.5.0}/.github/workflows/sync_to_gitee.yml

@@ -1,6 +1,6 @@
 name: Sync To Gitee
 
-on: [ push, delete, create ]
+on: [push, delete, create]
 
 jobs:
   build:

{plotfig-1.4.0 → plotfig-1.5.0}/.github/workflows/website_deploy.yml

@@ -1,4 +1,4 @@
-name: Website Deploy 
+name: Website Deploy
 on:
   push:
     branches:
@@ -19,14 +19,14 @@ jobs:
       - uses: actions/setup-python@v5
         with:
           python-version: 3.x
-      - run: echo "cache_id=$(date --utc '+%V')" >> $GITHUB_ENV 
+      - run: echo "cache_id=$(date --utc '+%V')" >> $GITHUB_ENV
       - uses: actions/cache@v4
         with:
           key: mkdocs-material-${{ env.cache_id }}
-          path: .cache 
+          path: .cache
           restore-keys: |
             mkdocs-material-
-      
+
       - name: Check if CHANGELOG.md has changed
         id: changelog_check
         run: |
@@ -68,8 +68,8 @@ jobs:
         run: |
           summary="${{ steps.inference.outputs.response }}"
           # 使用 printf 保证换行缩进和变量替换都准确
-          mkdir overrides
-          printf '{%% extends "base.html" %%}\n\n{%% block announce %%}\n  <strong>📢 %s 查看<a href="/plotfig/changelog">更新日志</a>。</strong>\n{%% endblock %%}\n' "$summary" > overrides/main.html
+          mkdir -p overrides
+          printf '{%% extends "base.html" %%}\n\n{%% block announce %%}\n  <strong>📢 %s <a href="/plotfig/changelog">点击查看详情</a></strong>\n{%% endblock %%}\n' "$summary" > overrides/main.html
 
       - name: Copy CHANGELOG.md to docs/
         run: cp CHANGELOG.md docs/changelog.md

plotfig-1.5.0/.release-please-manifest.json

@@ -0,0 +1,3 @@
+{
+  ".": "1.5.0"
+}

{plotfig-1.4.0 → plotfig-1.5.0}/CHANGELOG.md

@@ -1,9 +1,3 @@
-## 1.3.3 (2025-07-29)
-
-### Fix
-
-- **bar**: handle empty significance plot without error
-
 ## [1.4.0](https://github.com/RicardoRyn/plotfig/compare/1.3.3...v1.4.0) (2025-07-30)
 
 
@@ -18,6 +12,35 @@
 * **announce:** remove main.html file ([09c3cde](https://github.com/RicardoRyn/plotfig/commit/09c3cde56f8d27690e9eea1250c14152508046c7))
 * **bar:** add usage example for `color_alpha` ([303e2a3](https://github.com/RicardoRyn/plotfig/commit/303e2a39d29e516ebded6504ba04a357d8428630))
 
+## [1.5.0](https://github.com/RicardoRyn/plotfig/compare/v1.4.0...v1.5.0) (2025-08-07)
+
+
+### Features
+
+* **bar:** support combining multiple statistical test methods ([34b6960](https://github.com/RicardoRyn/plotfig/commit/34b6960ff705468154bc5fbf75b9917ba8ac64fd))
+* **connec:** Add `line_color` parameter to customize connection line colors ([e4de41e](https://github.com/RicardoRyn/plotfig/commit/e4de41effe495767cde0980ce5e2cee458d8b3a8))
+* **连接:** 添加 `line_color` 参数以自定义连接线颜色 ([e4de41e](https://github.com/RicardoRyn/plotfig/commit/e4de41effe495767cde0980ce5e2cee458d8b3a8))
+
+
+### Documentation
+
+* **changelog:** fix the wrong order ([736dc68](https://github.com/RicardoRyn/plotfig/commit/736dc682aac3208bd4c1518830b7c61f5d620e28))
+* **surface:** Add available atlas names in function documentation ([b2de1eb](https://github.com/RicardoRyn/plotfig/commit/b2de1ebd91e09764da996e54eddf7632eee0b6c3))
+* **surface:** 在函数注释文档中补充可用atlas名字 ([b2de1eb](https://github.com/RicardoRyn/plotfig/commit/b2de1ebd91e09764da996e54eddf7632eee0b6c3))
+* **web:** Change the default statement in the announcement bar ([47bfe81](https://github.com/RicardoRyn/plotfig/commit/47bfe81b2397b8122aff603fa3a00d0997fcd843))
+* **web:** change web content and Welcome to Issues & PRs ([0ff2582](https://github.com/RicardoRyn/plotfig/commit/0ff25822e315e14f29ba7d1c466d3f3e429fb70b))
+* **web:** Remove the self-referential link on the webpage homepage ([0b1cf14](https://github.com/RicardoRyn/plotfig/commit/0b1cf1448a765fb90a68080426acc0e07452b253))
+* **web:** 删除网页主页中对该网页的跳转 ([0b1cf14](https://github.com/RicardoRyn/plotfig/commit/0b1cf1448a765fb90a68080426acc0e07452b253))
+* **web:** 更改公告栏中的默认语句 ([47bfe81](https://github.com/RicardoRyn/plotfig/commit/47bfe81b2397b8122aff603fa3a00d0997fcd843))
+* **web:** 更改网页上部分表述以及欢迎贡献 ([0ff2582](https://github.com/RicardoRyn/plotfig/commit/0ff25822e315e14f29ba7d1c466d3f3e429fb70b))
+
+## 1.3.3 (2025-07-29)
+
+### Fix
+
+- **bar**: handle empty significance plot without error
+
+
 ## 1.3.2 (2025-07-29)
 
 ### Fix

{plotfig-1.4.0 → plotfig-1.5.0}/PKG-INFO

@@ -1,6 +1,6 @@
 Metadata-Version: 2.4
 Name: plotfig
-Version: 1.4.0
+Version: 1.5.0
 Summary: Scientific plotting package for Cognitive neuroscience
 Author-email: Ricardo Ryn <ricardoRyn1317@gmail.com>
 License-File: LICENSE
@@ -65,31 +65,17 @@ cd plotfig
 pip install .
 ```
 
-## 贡献指南
-
-如果您希望参与 `plotfig` 的开发，或者想体验尚未正式发布的新功能和最新修复的 bug，可以选择以开发模式安装项目。
-
-这种“可编辑模式（editable mode）”安装方式允许您对本地源码的修改立即生效，非常适合开发、调试和贡献代码。
-
-推荐先 Fork 仓库，然后克隆您自己的 Fork：
-
-```bash
-git clone -b dev https://github.com/<your-username>/plotfig.git
-cd plotfig
-pip install -e .
-```
-
 ## 依赖要求
 
 `plotfig` 依赖若干核心库，这些依赖将在安装过程中自动处理：
 
-- [matplotlib](https://matplotlib.org/) ≥ 3.10.1  
-- [mne-connectivity](https://mne.tools/mne-connectivity/stable/index.html) ≥ 0.7.0  
-- [nibabel](https://nipy.org/nibabel/) ≥ 5.3.2  
-- [numpy](https://numpy.org/) ≥ 2.2.4  
-- [pandas](https://pandas.pydata.org/) ≥ 2.2.3  
-- [plotly](https://plotly.com/) ≥ 6.0.1  
-- [scipy](https://scipy.org/) ≥ 1.15.2  
+- [matplotlib](https://matplotlib.org/) ≥ 3.10.
+- [mne-connectivity](https://mne.tools/mne-connectivity/stable/index.html) ≥ 0.7.
+- [nibabel](https://nipy.org/nibabel/) ≥ 5.3.
+- [numpy](https://numpy.org/) ≥ 2.2.4
+- [pandas](https://pandas.pydata.org/) ≥ 2.2.
+- [plotly](https://plotly.com/) ≥ 6.0.1
+- [scipy](https://scipy.org/) ≥ 1.15.
 - [surfplot](https://github.com/danjgale/surfplot) 需使用其 GitHub 仓库中的最新版，而非 PyPI 上的版本，因后者尚未包含所需功能。
 
 > ⚠️ **指定 `surfplot` 版本**
@@ -100,7 +86,7 @@ pip install -e .
 > # 卸载旧版本
 > pip uninstall surfplot
 >
-> # 克隆源码仓库并安装
+> # 克隆源码并安装
 > git clone --depth 1 https://github.com/danjgale/surfplot.git
 > cd surfplot
 > pip install .
@@ -109,3 +95,23 @@ pip install -e .
 > cd ..
 > rm -rf surfplot
 > ```
+
+## 贡献指南
+
+如果您希望参与 `plotfig` 的开发，或者想体验尚未正式发布的新功能和最新修复的 bug，可以选择以开发模式安装项目。
+
+这种“可编辑模式（editable mode）”安装方式允许您对本地源码的修改立即生效，非常适合开发、调试和贡献代码。
+
+推荐先 Fork 仓库，然后克隆您自己的 Fork：
+
+```bash
+git clone -b dev https://github.com/<your-username>/plotfig.git
+cd plotfig
+pip install -e .
+```
+
+**欢迎提交 Issue 或 PR！**
+
+无论是 Bug 报告、功能建议，还是文档改进，都非常欢迎你的参与。
+如果你在使用过程中遇到了问题，或者有更好的想法，欢迎在 [Issue](https://github.com/RicardoRyn/plotfig/issues) 中提出。
+也可以直接提交 [PR](https://github.com/RicardoRyn/plotfig/pulls)，一起变得更强 🙌！

{plotfig-1.4.0 → plotfig-1.5.0}/README.md

@@ -47,31 +47,17 @@ cd plotfig
 pip install .
 ```
 
-## 贡献指南
-
-如果您希望参与 `plotfig` 的开发，或者想体验尚未正式发布的新功能和最新修复的 bug，可以选择以开发模式安装项目。
-
-这种“可编辑模式（editable mode）”安装方式允许您对本地源码的修改立即生效，非常适合开发、调试和贡献代码。
-
-推荐先 Fork 仓库，然后克隆您自己的 Fork：
-
-```bash
-git clone -b dev https://github.com/<your-username>/plotfig.git
-cd plotfig
-pip install -e .
-```
-
 ## 依赖要求
 
 `plotfig` 依赖若干核心库，这些依赖将在安装过程中自动处理：
 
-- [matplotlib](https://matplotlib.org/) ≥ 3.10.1  
-- [mne-connectivity](https://mne.tools/mne-connectivity/stable/index.html) ≥ 0.7.0  
-- [nibabel](https://nipy.org/nibabel/) ≥ 5.3.2  
-- [numpy](https://numpy.org/) ≥ 2.2.4  
-- [pandas](https://pandas.pydata.org/) ≥ 2.2.3  
-- [plotly](https://plotly.com/) ≥ 6.0.1  
-- [scipy](https://scipy.org/) ≥ 1.15.2  
+- [matplotlib](https://matplotlib.org/) ≥ 3.10.
+- [mne-connectivity](https://mne.tools/mne-connectivity/stable/index.html) ≥ 0.7.
+- [nibabel](https://nipy.org/nibabel/) ≥ 5.3.
+- [numpy](https://numpy.org/) ≥ 2.2.4
+- [pandas](https://pandas.pydata.org/) ≥ 2.2.
+- [plotly](https://plotly.com/) ≥ 6.0.1
+- [scipy](https://scipy.org/) ≥ 1.15.
 - [surfplot](https://github.com/danjgale/surfplot) 需使用其 GitHub 仓库中的最新版，而非 PyPI 上的版本，因后者尚未包含所需功能。
 
 > ⚠️ **指定 `surfplot` 版本**
@@ -82,7 +68,7 @@ pip install -e .
 > # 卸载旧版本
 > pip uninstall surfplot
 >
-> # 克隆源码仓库并安装
+> # 克隆源码并安装
 > git clone --depth 1 https://github.com/danjgale/surfplot.git
 > cd surfplot
 > pip install .
@@ -91,3 +77,23 @@ pip install -e .
 > cd ..
 > rm -rf surfplot
 > ```
+
+## 贡献指南
+
+如果您希望参与 `plotfig` 的开发，或者想体验尚未正式发布的新功能和最新修复的 bug，可以选择以开发模式安装项目。
+
+这种“可编辑模式（editable mode）”安装方式允许您对本地源码的修改立即生效，非常适合开发、调试和贡献代码。
+
+推荐先 Fork 仓库，然后克隆您自己的 Fork：
+
+```bash
+git clone -b dev https://github.com/<your-username>/plotfig.git
+cd plotfig
+pip install -e .
+```
+
+**欢迎提交 Issue 或 PR！**
+
+无论是 Bug 报告、功能建议，还是文档改进，都非常欢迎你的参与。
+如果你在使用过程中遇到了问题，或者有更好的想法，欢迎在 [Issue](https://github.com/RicardoRyn/plotfig/issues) 中提出。
+也可以直接提交 [PR](https://github.com/RicardoRyn/plotfig/pulls)，一起变得更强 🙌！

{plotfig-1.4.0 → plotfig-1.5.0}/docs/index.md

@@ -20,8 +20,6 @@
 
 ## 文档与示例
 
-`plotfig` 提供了网页文档和使用示例。具体参见[使用教程](https://ricardoryn.github.io/plotfig/)。
-
 `plotfig` API 设计简洁，参数灵活，适合科研人员和数据分析师快速集成到自己的数据分析流程中。
 其模块化架构便于后续功能扩展和自定义开发。
 结合 `matplotlib` 支持矢量图或高分辨率位图和交互式 HTML 输出，适合论文发表和学术展示。

{plotfig-1.4.0 → plotfig-1.5.0}/docs/installation.md

@@ -1,8 +1,9 @@
+# 安装
+
 ## 普通安装
 
 `plotfig` 支持通过 `pip` 或源码安装，要求 Python 3.11 及以上版本。
 
-
 **使用 pip 安装 <small>(推荐)</small>**
 
 ```bash
@@ -17,31 +18,17 @@ cd plotfig
 pip install .
 ```
 
-## 贡献指南
-
-如果您希望参与 `plotfig` 的开发，或者想体验尚未正式发布的新功能和最新修复的 bug，可以选择以开发模式安装项目。
-
-这种“可编辑模式（editable mode）”安装方式允许您对本地源码的修改立即生效，非常适合开发、调试和贡献代码。
-
-推荐先 Fork 仓库，然后克隆您自己的 Fork：
-
-```bash
-git clone -b dev https://github.com/<your-username>/plotfig.git
-cd plotfig
-pip install -e .
-```
-
 ## 依赖要求
 
 `plotfig` 依赖若干核心库，这些依赖将在安装过程中自动处理：
 
-- [matplotlib](https://matplotlib.org/) ≥ 3.10.1  
-- [mne-connectivity](https://mne.tools/mne-connectivity/stable/index.html) ≥ 0.7.0  
-- [nibabel](https://nipy.org/nibabel/) ≥ 5.3.2  
-- [numpy](https://numpy.org/) ≥ 2.2.4  
-- [pandas](https://pandas.pydata.org/) ≥ 2.2.3  
-- [plotly](https://plotly.com/) ≥ 6.0.1  
-- [scipy](https://scipy.org/) ≥ 1.15.2  
+- [matplotlib](https://matplotlib.org/) ≥ 3.10.1
+- [mne-connectivity](https://mne.tools/mne-connectivity/stable/index.html) ≥ 0.7.0
+- [nibabel](https://nipy.org/nibabel/) ≥ 5.3.2
+- [numpy](https://numpy.org/) ≥ 2.2.4
+- [pandas](https://pandas.pydata.org/) ≥ 2.2.3
+- [plotly](https://plotly.com/) ≥ 6.0.1
+- [scipy](https://scipy.org/) ≥ 1.15.2
 - [surfplot](https://github.com/danjgale/surfplot) 需使用其 GitHub 仓库中的最新版，而非 PyPI 上的版本，因后者尚未包含所需功能。
 
 !!! warning "指定 `surfplot` 版本"
@@ -52,7 +39,7 @@ pip install -e .
     # 卸载旧版本
     pip uninstall surfplot
 
-    # 克隆源码仓库并安装
+    # 克隆源码并安装
     git clone --depth 1 https://github.com/danjgale/surfplot.git
     cd surfplot
     pip install .
@@ -61,3 +48,23 @@ pip install -e .
     cd ..
     rm -rf surfplot
     ```
+
+## 贡献指南
+
+如果您希望参与 `plotfig` 的开发，或者想体验尚未正式发布的新功能和最新修复的 bug，可以选择以开发模式安装项目。
+
+这种“可编辑模式（editable mode）”安装方式允许您对本地源码的修改立即生效，非常适合开发、调试和贡献代码。
+
+推荐先 Fork 仓库，然后克隆您自己的 Fork：
+
+```bash
+git clone -b dev https://github.com/<your-username>/plotfig.git
+cd plotfig
+pip install -e .
+```
+
+**欢迎提交 Issue 或 PR！**
+
+无论是 Bug 报告、功能建议，还是文档改进，都非常欢迎你的参与。
+如果你在使用过程中遇到了问题，或者有更好的想法，欢迎在 [Issue](https://github.com/RicardoRyn/plotfig/issues) 中提出。
+也可以直接提交 [PR](https://github.com/RicardoRyn/plotfig/pulls)，一起变得更强 🙌！

{plotfig-1.4.0 → plotfig-1.5.0}/docs/usage/brain_surface_deprecated.md

@@ -65,6 +65,16 @@ data = {"lh_V1": 1, "rh_MT": 1.5}
 ax = plot_human_brain_figure(data)
 ```
 
+    C:\Users\RicardoRyn\AppData\Local\Temp\ipykernel_32020\3935563387.py:5: DeprecationWarning: plot_human_brain_figure 即将弃用，请使用 plot_brain_surface_figure 替代。未来版本将移除本函数。
+      ax = plot_human_brain_figure(data)
+    
+
+
+    
+![png](brain_surface_deprecated_files/brain_surface_deprecated_7_1.png)
+    
+
+
 
 ```python
 import matplotlib.pyplot as plt

{plotfig-1.4.0 → plotfig-1.5.0}/pyproject.toml

@@ -1,6 +1,6 @@
 [project]
 name = "plotfig"
-version = "1.4.0"
+version = "1.5.0"
 description = "Scientific plotting package for Cognitive neuroscience"
 keywords = ["neuroscience", "plotting", "visualization"]
 readme = "README.md"
@@ -21,6 +21,7 @@ dependencies = [
 
 [dependency-groups]
 dev = [
+    "ipykernel>=6.30.1",
     "mkdocs-git-revision-date-localized-plugin>=1.4.7",
     "mkdocs-material>=9.6.14",
     "mkdocs-minify-plugin>=0.8.0",

{plotfig-1.4.0 → plotfig-1.5.0}/src/plotfig/bar.py

@@ -10,6 +10,9 @@ from matplotlib.colors import LinearSegmentedColormap, to_rgba
 from matplotlib.patches import Polygon
 from scipy import stats
 
+# 设置警告过滤器，显示所有警告
+warnings.simplefilter("always")
+
 # 类型别名
 Num = int | float  # 可同时接受int和float的类型
 NumArray = list[Num] | npt.NDArray[np.float64]  # 数字数组类型
@@ -106,6 +109,7 @@ def set_yaxis(
             ax.yaxis.set_major_formatter(FuncFormatter(lambda x, pos: f"{x:.0%}"))
 
 
+# 统计相关
 def perform_stat_test(
     data1: NumArray | None = None,
     data2: NumArray | None = None,
@@ -130,6 +134,29 @@ def perform_stat_test(
     return stat, p
 
 
+def determine_test_modle(data, method, p_list=None, popmean=0):
+    comparisons = []
+    idx = 0
+    if method != "ttest_1samp":
+        for i in range(len(data)):
+            for j in range(i + 1, len(data)):
+                if method == "external":
+                    p = p_list[idx]
+                    idx += 1
+                else:
+                    _, p = perform_stat_test(
+                        data1=data[i], data2=data[j], method=method
+                    )
+                if p <= 0.05:
+                    comparisons.append((i, j, p))
+    else:
+        for i in range(len(data)):
+            _, p = perform_stat_test(data1=data[i], popmean=popmean, method=method)
+            if p <= 0.05:
+                comparisons.append((i, p))
+    return comparisons
+
+
 def annotate_significance(
     ax: Axes,
     comparisons: list[tuple[int, int, float]],
@@ -168,7 +195,7 @@ def annotate_significance(
             _stars(pval, (i + j) / 2, y + star_offset, color, fontsize)
     elif len(comparisons[0]) == 2:
         for i, pval in comparisons:
-            y = y_base + interval
+            y = y_base
             _stars(pval, i, y + star_offset, color, fontsize)
 
 
@@ -183,42 +210,63 @@ def statistics(
     asterisk_fontsize,
     asterisk_color,
 ):
-    comparisons = []
-    idx = 0
-    if test_method != "ttest_1samp":
-        for i in range(len(data)):
-            for j in range(i + 1, len(data)):
-                if test_method == "external":
-                    p = p_list[idx]
-                    idx += 1
-                else:
-                    _, p = perform_stat_test(
-                        data1=data[i], data2=data[j], method=test_method
-                    )
-                if p <= 0.05:
-                    comparisons.append((i, j, p))
+    if isinstance(test_method, list):
+        if len(test_method) > 2 or (
+            len(test_method) == 2 and "ttest_1samp" not in test_method
+        ):
+            raise ValueError(
+                "test_method 最多只能有2个元素。且当元素数量为2时，其中之一必须是 'ttest_1samp'。"
+            )
+
+        for method in test_method:
+            comparisons = determine_test_modle(data, method, p_list, popmean)
+            if not comparisons:
+                return
+
+            y_max = ax.get_ylim()[1]
+            interval = (y_max - np.max(all_values)) / (len(comparisons) + 1)
+
+            color = (
+                "b"
+                if len(test_method) > 1 and method == "ttest_1samp"
+                else asterisk_color
+            )
+
+            annotate_significance(
+                ax,
+                comparisons,
+                np.max(all_values),
+                interval,
+                line_color=statistical_line_color,
+                star_offset=interval / 5,
+                fontsize=asterisk_fontsize,
+                color=color,
+            )
     else:
-        for i in range(len(data)):
-            _, p = perform_stat_test(data1=data[i], popmean=popmean, method=test_method)
-            if p <= 0.05:
-                comparisons.append((i, p))
-    if not comparisons:
-        return
-
-    y_max = ax.get_ylim()[1]
-    interval = (y_max - np.max(all_values)) / (len(comparisons) + 1)
-    annotate_significance(
-        ax,
-        comparisons,
-        np.max(all_values),
-        interval,
-        line_color=statistical_line_color,
-        star_offset=interval / 5,
-        fontsize=asterisk_fontsize,
-        color=asterisk_color,
-    )
+        warnings.warn(
+            "请使用列表形式传递 test_method 参数，例如 test_method=['ttest_ind']。字符串形式 test_method='ttest_ind' 将在后续版本中弃用。",
+            DeprecationWarning,
+            stacklevel=1,
+        )
+        comparisons = determine_test_modle(data, test_method, p_list, popmean)
+        if not comparisons:
+            return
+
+        y_max = ax.get_ylim()[1]
+        interval = (y_max - np.max(all_values)) / (len(comparisons) + 1)
+        annotate_significance(
+            ax,
+            comparisons,
+            np.max(all_values),
+            interval,
+            line_color=statistical_line_color,
+            star_offset=interval / 5,
+            fontsize=asterisk_fontsize,
+            color=asterisk_color,
+        )
 
 
+# 可调用接口函数
 def plot_one_group_bar_figure(
     data: list[NumArray],
     ax: Axes | None = None,
@@ -245,8 +293,6 @@ def plot_one_group_bar_figure(
     asterisk_color: str = "k",
     **kwargs: Any,
 ) -> None:
-
-
     """绘制单组柱状图，包含散点、误差条和统计显著性标记。
 
     Args:
@@ -319,7 +365,12 @@ def plot_one_group_bar_figure(
             ax.imshow(gradient, aspect="auto", cmap=cmap, extent=extent, zorder=0)
     else:
         ax.bar(
-            x_positions, means, width=width, color=colors, alpha=color_alpha, edgecolor=edgecolor
+            x_positions,
+            means,
+            width=width,
+            color=colors,
+            alpha=color_alpha,
+            edgecolor=edgecolor,
         )
 
     ax.errorbar(
@@ -442,7 +493,9 @@ def plot_one_group_violin_figure(
     labels_name = labels_name or [str(i) for i in range(len(data))]
     colors = colors or ["gray"] * len(data)
 
-    def _draw_gradient_violin(ax, data, pos, width=width, c1="red", c2="blue", color_alpha=1):
+    def _draw_gradient_violin(
+        ax, data, pos, width=width, c1="red", c2="blue", color_alpha=1
+    ):
         # KDE估计
         kde = stats.gaussian_kde(data)
         buffer = (max(data) - min(data)) / 5
@@ -514,7 +567,9 @@ def plot_one_group_violin_figure(
             c2 = colors_end[i]
         else:
             c1 = c2 = colors[i]
-        ymax, ymin = _draw_gradient_violin(ax, d, pos=i, c1=c1, c2=c2, color_alpha=color_alpha)
+        ymax, ymin = _draw_gradient_violin(
+            ax, d, pos=i, c1=c1, c2=c2, color_alpha=color_alpha
+        )
         ymax_lst.append(ymax)
         ymin_lst.append(ymin)
     ymax = max(ymax_lst)

{plotfig-1.4.0 → plotfig-1.5.0}/src/plotfig/brain_connection.py

@@ -85,7 +85,7 @@ def _add_nodes_to_fig(fig, centroids_real, node_indices, nodes_name, nodes_size,
             )
         )
 
-def _add_edges_to_fig(fig, connectome, centroids_real, nodes_name, scale_method, line_width):
+def _add_edges_to_fig(fig, connectome, centroids_real, nodes_name, scale_method, line_width, line_color="#ff0000"):
     '''将连接线绘制到图中'''
     nodes_num = connectome.shape[0]
     if np.all(connectome == 0):
@@ -101,7 +101,7 @@ def _add_edges_to_fig(fig, connectome, centroids_real, nodes_name, scale_method,
 
             match scale_method:
                 case "width":
-                    each_line_color = "#ff0000" if value > 0 else "#0000ff"
+                    each_line_color = line_color if value > 0 else "#0000ff"
                     each_line_width = abs(value / max_strength) * line_width
                 case "color":
                     norm_value = value / max_strength
@@ -159,6 +159,7 @@ def plot_brain_connection_figure(
     scale_method: str = "",
     line_width: Num = 10,
     show_all_nodes: bool = False,
+    line_color: str = "#ff0000",
 ) -> None:
     """绘制大脑连接图，保存在指定的html文件中
 
@@ -199,7 +200,7 @@ def plot_brain_connection_figure(
 
     centroids_real = _get_centroids_real(niigz_file)
     _add_nodes_to_fig(fig, centroids_real, node_indices, nodes_name, nodes_size, nodes_color)
-    _add_edges_to_fig(fig, connectome, centroids_real, nodes_name, scale_method, line_width)
+    _add_edges_to_fig(fig, connectome, centroids_real, nodes_name, scale_method, line_width, line_color)
     _finalize_figure(fig)
 
     fig.write_html(output_file)

{plotfig-1.4.0 → plotfig-1.5.0}/src/plotfig/brain_surface.py

@@ -77,7 +77,7 @@ def plot_brain_surface_figure(
     Args:
         data (dict[str, float]): 包含脑区名称和对应数值的字典，键为脑区名称（如"lh_bankssts"），值为数值
         species (str, optional): 物种名称，支持"human"、"chimpanzee"、"macaque". Defaults to "human".
-        atlas (str, optional): 脑图集名称，根据物种不同可选不同图集. Defaults to "glasser".
+        atlas (str, optional): 脑图集名称，根据物种不同可选不同图集。人上包括"glasser"、"bna"，黑猩猩上包括"bna"，猕猴上包括"charm5"、"charm6"、"bna"以及"d99". Defaults to "glasser".
         surf (str, optional): 大脑皮层表面类型，如"inflated"、"veryinflated"、"midthickness"等. Defaults to "veryinflated".
         ax (Axes | None, optional): matplotlib的坐标轴对象，如果为None则使用当前坐标轴. Defaults to None.
         vmin (Num | None, optional): 颜色映射的最小值，None表示使用数据中的最小值. Defaults to None.