plotfig 1.2.1__tar.gz → 1.3.0__tar.gz

{plotfig-1.2.1 → plotfig-1.3.0}/.github/workflows/ci.yml

@@ -26,4 +26,5 @@ jobs:
             mkdocs-material-
       - run: pip install uv
       - run: uv sync --only-dev
+      - run: cp CHANGELOG.md docs/changelog.md
       - run: uv run mkdocs gh-deploy --force

{plotfig-1.2.1 → plotfig-1.3.0}/.gitignore

@@ -15,5 +15,8 @@ wheels/
 # notebooks
 notebooks/
 
+# docs
+docs/changelog.md
+
 # tests
-tests/
+tests/

{plotfig-1.2.1 → plotfig-1.3.0}/CHANGELOG.md

@@ -1,3 +1,20 @@
+## v1.3.0 (2025-07-28)
+
+### Feat
+
+- **bar**: add one-sample t-test functionality
+
+### Fix
+
+- **bar**: isolate random number generator inside function
+
+### Refactor
+
+- **surface**: unify brain surface plotting with new plot_brain_surface_figure
+- **bar**: replace print with warnings.warn
+- **bar**: rename arguments in plot_one_group_bar_figure
+- **tests**: remove unused tests folder
+
 ## v1.2.1 (2025-07-24)
 
 ### Fix

plotfig-1.3.0/PKG-INFO

@@ -0,0 +1,92 @@
+Metadata-Version: 2.4
+Name: plotfig
+Version: 1.3.0
+Summary: Scientific plotting package for Cognitive neuroscience
+Author-email: Ricardo Ryn <ricardoRyn1317@gmail.com>
+License-File: LICENSE
+Keywords: neuroscience,plotting,visualization
+Requires-Python: >=3.11
+Requires-Dist: matplotlib>=3.10.1
+Requires-Dist: mne-connectivity>=0.7.0
+Requires-Dist: nibabel>=5.3.2
+Requires-Dist: numpy>=2.2.4
+Requires-Dist: pandas>=2.2.3
+Requires-Dist: plotly>=6.0.1
+Requires-Dist: scipy>=1.15.2
+Requires-Dist: surfplot
+Description-Content-Type: text/markdown
+
+# 简介
+
+`plotfig` 是一个专为科学数据可视化设计的 Python 库，致力于为认知神经科研工作人员提供高效、易用且美观的图形绘制工具。
+该项目基于业界主流的可视化库—— `matplotlib`、`surfplot` 和 `plotly` 开发，融合了三者的强大功能，能够满足神经科学、脑连接组学、相关性分析、矩阵可视化等多种科研场景下的复杂绘图需求。
+
+![plotfig](./docs/assets/plotfig.png)
+
+
+## 项目结构
+
+项目采用模块化设计，核心代码位于 `src/plotfig/` 目录下，包含如下主要功能模块：
+
+- `bar.py`：条形图绘制，适用于分组数据的对比展示。
+- `correlation.py`：相关性矩阵可视化，便于分析变量间的相关性分布。
+- `matrix.py`：通用矩阵可视化，支持多种配色和注释方式。
+- `brain_surface.py`：脑表面可视化，利用 `surfplot` 实现三维脑表面图集结构的绘制。
+- `brain_connection.py`：玻璃脑连接可视化，支持复杂的脑网络结构展示。
+- `circos.py`：环状图（Circos）绘制，适合平面展示脑区之间的连接关系。
+
+
+## 文档与示例
+
+`plotfig` 提供了网页文档和使用示例。具体参见[使用教程](https://ricardoryn.github.io/plotfig/)。
+
+`plotfig` API 设计简洁，参数灵活，适合科研人员和数据分析师快速集成到自己的数据分析流程中。
+其模块化架构便于后续功能扩展和自定义开发。
+结合 `matplotlib` 支持矢量图或高分辨率位图和交互式 HTML 输出，适合论文发表和学术展示。
+
+# 安装
+
+## 普通安装
+
+`plotfig` 支持通过 `pip` 或源码安装，要求 Python 3.11 及以上版本。
+
+
+**使用 pip 安装 <small>(推荐)</small>**
+
+```bash
+pip install plotfig
+```
+
+**使用 GitHub 源码安装**
+
+```bash
+git clone https://github.com/RicardoRyn/plotfig.git
+cd plotfig
+pip install .
+```
+
+## 开发版安装
+
+当你希望参与 `plotfig` 的开发，或想在使用过程中尝试尚未正式发布的新功能、最新修复的 bug 时，可以选择以开发模式安装。
+该方式会以“可编辑模式（editable mode）”将项目安装到环境中，使你对本地源码的修改可以立即生效，非常适合用于开发、调试和贡献代码。
+
+建议先 Fork 仓库，然后克隆你自己的 Fork：
+
+```bash
+git clone -b dev https://github.com/<your-username>/plotfig.git
+cd plotfig
+pip install -e .
+```
+
+## 依赖要求
+
+`plotfig` 依赖若干核心库，这些依赖会在安装过程中自动处理，但建议用户事先了解其版本要求以避免兼容性问题。
+
+- [matplotlib](https://matplotlib.org/) &ge; 3.10.1  
+- [mne-connectivity](https://mne.tools/mne-connectivity/stable/index.html) &ge; 0.7.0  
+- [nibabel](https://nipy.org/nibabel/) &ge; 5.3.2  
+- [numpy](https://numpy.org/) &ge; 2.2.4  
+- [pandas](https://pandas.pydata.org/) &ge; 2.2.3  
+- [plotly](https://plotly.com/) &ge; 6.0.1  
+- [scipy](https://scipy.org/) &ge; 1.15.2  
+- [surfplot](https://surfplot.readthedocs.io/en/latest/index.html) &ge; 0.2.0  

plotfig-1.3.0/README.md

@@ -0,0 +1,74 @@
+# 简介
+
+`plotfig` 是一个专为科学数据可视化设计的 Python 库，致力于为认知神经科研工作人员提供高效、易用且美观的图形绘制工具。
+该项目基于业界主流的可视化库—— `matplotlib`、`surfplot` 和 `plotly` 开发，融合了三者的强大功能，能够满足神经科学、脑连接组学、相关性分析、矩阵可视化等多种科研场景下的复杂绘图需求。
+
+![plotfig](./docs/assets/plotfig.png)
+
+
+## 项目结构
+
+项目采用模块化设计，核心代码位于 `src/plotfig/` 目录下，包含如下主要功能模块：
+
+- `bar.py`：条形图绘制，适用于分组数据的对比展示。
+- `correlation.py`：相关性矩阵可视化，便于分析变量间的相关性分布。
+- `matrix.py`：通用矩阵可视化，支持多种配色和注释方式。
+- `brain_surface.py`：脑表面可视化，利用 `surfplot` 实现三维脑表面图集结构的绘制。
+- `brain_connection.py`：玻璃脑连接可视化，支持复杂的脑网络结构展示。
+- `circos.py`：环状图（Circos）绘制，适合平面展示脑区之间的连接关系。
+
+
+## 文档与示例
+
+`plotfig` 提供了网页文档和使用示例。具体参见[使用教程](https://ricardoryn.github.io/plotfig/)。
+
+`plotfig` API 设计简洁，参数灵活，适合科研人员和数据分析师快速集成到自己的数据分析流程中。
+其模块化架构便于后续功能扩展和自定义开发。
+结合 `matplotlib` 支持矢量图或高分辨率位图和交互式 HTML 输出，适合论文发表和学术展示。
+
+# 安装
+
+## 普通安装
+
+`plotfig` 支持通过 `pip` 或源码安装，要求 Python 3.11 及以上版本。
+
+
+**使用 pip 安装 <small>(推荐)</small>**
+
+```bash
+pip install plotfig
+```
+
+**使用 GitHub 源码安装**
+
+```bash
+git clone https://github.com/RicardoRyn/plotfig.git
+cd plotfig
+pip install .
+```
+
+## 开发版安装
+
+当你希望参与 `plotfig` 的开发，或想在使用过程中尝试尚未正式发布的新功能、最新修复的 bug 时，可以选择以开发模式安装。
+该方式会以“可编辑模式（editable mode）”将项目安装到环境中，使你对本地源码的修改可以立即生效，非常适合用于开发、调试和贡献代码。
+
+建议先 Fork 仓库，然后克隆你自己的 Fork：
+
+```bash
+git clone -b dev https://github.com/<your-username>/plotfig.git
+cd plotfig
+pip install -e .
+```
+
+## 依赖要求
+
+`plotfig` 依赖若干核心库，这些依赖会在安装过程中自动处理，但建议用户事先了解其版本要求以避免兼容性问题。
+
+- [matplotlib](https://matplotlib.org/) &ge; 3.10.1  
+- [mne-connectivity](https://mne.tools/mne-connectivity/stable/index.html) &ge; 0.7.0  
+- [nibabel](https://nipy.org/nibabel/) &ge; 5.3.2  
+- [numpy](https://numpy.org/) &ge; 2.2.4  
+- [pandas](https://pandas.pydata.org/) &ge; 2.2.3  
+- [plotly](https://plotly.com/) &ge; 6.0.1  
+- [scipy](https://scipy.org/) &ge; 1.15.2  
+- [surfplot](https://surfplot.readthedocs.io/en/latest/index.html) &ge; 0.2.0  

plotfig-1.3.0/docs/assets/atlas_csv/chimpanzee_bna.csv

@@ -0,0 +1,201 @@
+Label,ROIs_name
+1,lh_SFG.r
+2,lh_SFG.ri
+3,lh_SFG.ci
+4,lh_SFG.c
+5,lh_SFG.lc
+6,lh_SFG.mc
+7,lh_MFG.r
+8,lh_MFG.ri
+9,lh_MFG.i
+10,lh_MFG.di
+11,lh_MFG.vi
+12,lh_MFG.dc
+13,lh_MFG.vc
+14,lh_IFG.r
+15,lh_IFG.ri
+16,lh_IFG.ci
+17,lh_IFG.dc
+18,lh_IFG.vc
+19,lh_IFG.c
+20,lh_OrG.m
+21,lh_OrG.r
+22,lh_OrG.i
+23,lh_OrG.c
+24,lh_OrG.rl
+25,lh_OrG.cl
+26,lh_PrG.rd
+27,lh_PrG.cd
+28,lh_PrG.ri
+29,lh_PrG.ci
+30,lh_PrG.i
+31,lh_PrG.vi
+32,lh_PrG.v
+33,lh_PCL.r
+34,lh_PCL.c
+35,lh_STG.r
+36,lh_STG.ri
+37,lh_STG.ci
+38,lh_STG.c
+39,lh_STG.dc
+40,lh_STG.vc
+41,lh_MTG.r
+42,lh_MTG.i
+43,lh_MTG.c
+44,lh_MTG.cv
+45,lh_ITG.r
+46,lh_ITG.dr
+47,lh_ITG.vr
+48,lh_ITG.i
+49,lh_ITG.dc
+50,lh_ITG.vc
+51,lh_ITG.c
+52,lh_FuG.r
+53,lh_FuG.ri
+54,lh_FuG.ci
+55,lh_FuG.m
+56,lh_FuG.lc
+57,lh_FuG.mc
+58,lh_PhG.r
+59,lh_PhG.mi
+60,lh_PhG.li
+61,lh_PhG.mc
+62,lh_PhG.lc
+63,lh_SPL.dr
+64,lh_SPL.vr
+65,lh_SPL.i
+66,lh_SPL.ci
+67,lh_SPL.c
+68,lh_IPL.r
+69,lh_IPL.ri
+70,lh_IPL.v
+71,lh_IPL.ci
+72,lh_IPL.c
+73,lh_PrL.r
+74,lh_PrL.c
+75,lh_Pcun.d
+76,lh_Pcun.di
+77,lh_Pcun.vi
+78,lh_Pcun.v
+79,lh_PoG.d
+80,lh_PoG.i
+81,lh_PoG.v
+82,lh_INS.dr
+83,lh_INS.ir
+84,lh_INS.vr
+85,lh_INS.rd
+86,lh_INS.cd
+87,lh_INS.i
+88,lh_INS.v
+89,lh_CG.r
+90,lh_CG.i
+91,lh_CG.dc
+92,lh_CG.vc
+93,lh_MVOcC.rd
+94,lh_MVOcC.cd
+95,lh_MVOcC.rv
+96,lh_MVOcC.cv
+97,lh_LOcC.d
+98,lh_LOcC.i
+99,lh_LOcC.rv
+100,lh_LOcC.cv
+101,rh_SFG.r
+102,rh_SFG.ri
+103,rh_SFG.ci
+104,rh_SFG.c
+105,rh_SFG.lc
+106,rh_SFG.mc
+107,rh_MFG.r
+108,rh_MFG.ri
+109,rh_MFG.i
+110,rh_MFG.di
+111,rh_MFG.vi
+112,rh_MFG.dc
+113,rh_MFG.vc
+114,rh_IFG.r
+115,rh_IFG.ri
+116,rh_IFG.ci
+117,rh_IFG.dc
+118,rh_IFG.vc
+119,rh_IFG.c
+120,rh_OrG.m
+121,rh_OrG.r
+122,rh_OrG.i
+123,rh_OrG.c
+124,rh_OrG.rl
+125,rh_OrG.cl
+126,rh_PrG.rd
+127,rh_PrG.cd
+128,rh_PrG.ri
+129,rh_PrG.ci
+130,rh_PrG.i
+131,rh_PrG.vi
+132,rh_PrG.v
+133,rh_PCL.r
+134,rh_PCL.c
+135,rh_STG.r
+136,rh_STG.ri
+137,rh_STG.ci
+138,rh_STG.c
+139,rh_STG.dc
+140,rh_STG.vc
+141,rh_MTG.r
+142,rh_MTG.i
+143,rh_MTG.c
+144,rh_MTG.cv
+145,rh_ITG.r
+146,rh_ITG.dr
+147,rh_ITG.vr
+148,rh_ITG.i
+149,rh_ITG.dc
+150,rh_ITG.vc
+151,rh_ITG.c
+152,rh_FuG.r
+153,rh_FuG.ri
+154,rh_FuG.ci
+155,rh_FuG.m
+156,rh_FuG.lc
+157,rh_FuG.mc
+158,rh_PhG.r
+159,rh_PhG.mi
+160,rh_PhG.li
+161,rh_PhG.mc
+162,rh_PhG.lc
+163,rh_SPL.dr
+164,rh_SPL.vr
+165,rh_SPL.i
+166,rh_SPL.ci
+167,rh_SPL.c
+168,rh_IPL.r
+169,rh_IPL.ri
+170,rh_IPL.v
+171,rh_IPL.ci
+172,rh_IPL.c
+173,rh_PrL.r
+174,rh_PrL.c
+175,rh_Pcun.d
+176,rh_Pcun.di
+177,rh_Pcun.vi
+178,rh_Pcun.v
+179,rh_PoG.d
+180,rh_PoG.i
+181,rh_PoG.v
+182,rh_INS.dr
+183,rh_INS.ir
+184,rh_INS.vr
+185,rh_INS.rd
+186,rh_INS.cd
+187,rh_INS.i
+188,rh_INS.v
+189,rh_CG.r
+190,rh_CG.i
+191,rh_CG.dc
+192,rh_CG.vc
+193,rh_MVOcC.rd
+194,rh_MVOcC.cd
+195,rh_MVOcC.rv
+196,rh_MVOcC.cv
+197,rh_LOcC.d
+198,rh_LOcC.i
+199,rh_LOcC.rv
+200,rh_LOcC.cv

plotfig-1.3.0/docs/assets/atlas_csv/human_bna.csv

@@ -0,0 +1,211 @@
+Label,ROIs_name
+1,lh_A8m
+2,lh_A8dl
+3,lh_A9l
+4,lh_A6dl
+5,lh_A6m
+6,lh_A9m
+7,lh_A10m
+8,lh_A9/46d
+9,lh_IFJ
+10,lh_A46
+11,lh_A9/46v
+12,lh_A8vl
+13,lh_A6vl
+14,lh_A10l
+15,lh_A44d
+16,lh_IFS
+17,lh_A45c
+18,lh_A45r
+19,lh_A44op
+20,lh_A44v
+21,lh_A14m
+22,lh_A12/47o
+23,lh_A11l
+24,lh_A11m
+25,lh_A13
+26,lh_A12/47l
+27,lh_A4hf
+28,lh_A6cdl
+29,lh_A4ul
+30,lh_A4t
+31,lh_A4tl
+32,lh_A6cvl
+33,lh_A1/2/3ll
+34,lh_A4ll
+35,lh_A38m
+36,lh_A41/42
+37,lh_TE1.0/TE1.2
+38,lh_A22c
+39,lh_A38l
+40,lh_A22r
+41,lh_A21c
+42,lh_A21r
+43,lh_A37dl
+44,lh_aSTS
+45,lh_A20iv
+46,lh_A37elv
+47,lh_A20r
+48,lh_A20il
+49,lh_A37vl
+50,lh_A20cl
+51,lh_A20cv
+52,lh_A20rv
+53,lh_A37mv
+54,lh_A37lv
+55,lh_A35/36r
+56,lh_A35/36c
+57,lh_TL
+58,lh_A28/34
+59,lh_TI
+60,lh_TH
+61,lh_rpSTS
+62,lh_cpSTS
+63,lh_A7r
+64,lh_A7c
+65,lh_A5l
+66,lh_A7pc
+67,lh_A7ip
+68,lh_A39c
+69,lh_A39rd
+70,lh_A40rd
+71,lh_A40c
+72,lh_A39rv
+73,lh_A40rv
+74,lh_A7m
+75,lh_A5m
+76,lh_dmPOS
+77,lh_A31
+78,lh_A1/2/3ulhf
+79,lh_A1/2/3tonIa
+80,lh_A2
+81,lh_A1/2/3tru
+82,lh_G
+83,lh_vIa
+84,lh_dIa
+85,lh_vId/vIg
+86,lh_dIg
+87,lh_dId
+88,lh_A23d
+89,lh_A24rv
+90,lh_A32p
+91,lh_A23v
+92,lh_A24cd
+93,lh_A23c
+94,lh_A32sg
+95,lh_cLinG
+96,lh_rCunG
+97,lh_cCunG
+98,lh_rLinG
+99,lh_vmPOS
+100,lh_mOccG
+101,lh_V5/MT+
+102,lh_OPC
+103,lh_iOccG
+104,lh_msOccG
+105,lh_lsOccG
+106,rh_A8m
+107,rh_A8dl
+108,rh_A9l
+109,rh_A6dl
+110,rh_A6m
+111,rh_A9m
+112,rh_A10m
+113,rh_A9/46d
+114,rh_IFJ
+115,rh_A46
+116,rh_A9/46v
+117,rh_A8vl
+118,rh_A6vl
+119,rh_A10l
+120,rh_A44d
+121,rh_IFS
+122,rh_A45c
+123,rh_A45r
+124,rh_A44op
+125,rh_A44v
+126,rh_A14m
+127,rh_A12/47o
+128,rh_A11l
+129,rh_A11m
+130,rh_A13
+131,rh_A12/47l
+132,rh_A4hf
+133,rh_A6cdl
+134,rh_A4ul
+135,rh_A4t
+136,rh_A4tl
+137,rh_A6cvl
+138,rh_A1/2/3ll
+139,rh_A4ll
+140,rh_A38m
+141,rh_A41/42
+142,rh_TE1.0/TE1.2
+143,rh_A22c
+144,rh_A38l
+145,rh_A22r
+146,rh_A21c
+147,rh_A21r
+148,rh_A37dl
+149,rh_aSTS
+150,rh_A20iv
+151,rh_A37elv
+152,rh_A20r
+153,rh_A20il
+154,rh_A37vl
+155,rh_A20cl
+156,rh_A20cv
+157,rh_A20rv
+158,rh_A37mv
+159,rh_A37lv
+160,rh_A35/36r
+161,rh_A35/36c
+162,rh_TL
+163,rh_A28/34
+164,rh_TI
+165,rh_TH
+166,rh_rpSTS
+167,rh_cpSTS
+168,rh_A7r
+169,rh_A7c
+170,rh_A5l
+171,rh_A7pc
+172,rh_A7ip
+173,rh_A39c
+174,rh_A39rd
+175,rh_A40rd
+176,rh_A40c
+177,rh_A39rv
+178,rh_A40rv
+179,rh_A7m
+180,rh_A5m
+181,rh_dmPOS
+182,rh_A31
+183,rh_A1/2/3ulhf
+184,rh_A1/2/3tonIa
+185,rh_A2
+186,rh_A1/2/3tru
+187,rh_G
+188,rh_vIa
+189,rh_dIa
+190,rh_vId/vIg
+191,rh_dIg
+192,rh_dId
+193,rh_A23d
+194,rh_A24rv
+195,rh_A32p
+196,rh_A23v
+197,rh_A24cd
+198,rh_A23c
+199,rh_A32sg
+200,rh_cLinG
+201,rh_rCunG
+202,rh_cCunG
+203,rh_rLinG
+204,rh_vmPOS
+205,rh_mOccG
+206,rh_V5/MT+
+207,rh_OPC
+208,rh_iOccG
+209,rh_msOccG
+210,rh_lsOccG