plotfig 1.0.0__tar.gz → 1.2.1__tar.gz

plotfig-1.2.1/.github/workflows/SyncToGitee.yml

@@ -0,0 +1,18 @@
+name: Sync To Gitee
+
+on: [ push, delete, create ]
+
+jobs:
+  build:
+    runs-on: ubuntu-latest
+    steps:
+      - name: Sync to Gitee
+        uses: wearerequired/git-mirror-action@master
+        env:
+          # 注意在 Settings->Secrets 配置 GITEE_RSA_PRIVATE_KEY
+          SSH_PRIVATE_KEY: ${{ secrets.GITEE_RSA_PRIVATE_KEY }}
+        with:
+          # 注意替换为你的 GitHub 源仓库地址
+          source-repo: git@github.com:RicardoRyn/Plot_figure.git
+          # 注意替换为你的 Gitee 目标仓库地址
+          destination-repo: git@gitee.com:RicardoRyn/Plot_figure.git

plotfig-1.2.1/.github/workflows/ci.yml

@@ -0,0 +1,29 @@
+name: ci 
+on:
+  push:
+    branches:
+      - main
+permissions:
+  contents: write
+jobs:
+  deploy:
+    runs-on: ubuntu-latest
+    steps:
+      - uses: actions/checkout@v4
+      - name: Configure Git Credentials
+        run: |
+          git config user.name github-actions[bot]
+          git config user.email 41898282+github-actions[bot]@users.noreply.github.com
+      - uses: actions/setup-python@v5
+        with:
+          python-version: 3.x
+      - run: echo "cache_id=$(date --utc '+%V')" >> $GITHUB_ENV 
+      - uses: actions/cache@v4
+        with:
+          key: mkdocs-material-${{ env.cache_id }}
+          path: .cache 
+          restore-keys: |
+            mkdocs-material-
+      - run: pip install uv
+      - run: uv sync --only-dev
+      - run: uv run mkdocs gh-deploy --force

plotfig-1.2.1/.gitignore

@@ -0,0 +1,19 @@
+# Python-generated files
+__pycache__/
+*.py[oc]
+build/
+dist/
+wheels/
+*.egg-info
+
+# Virtual environments
+.venv
+
+# backup
+*.bak
+
+# notebooks
+notebooks/
+
+# tests
+tests/

plotfig-1.2.1/.python-version

@@ -0,0 +1 @@
+3.11

plotfig-1.2.1/CHANGELOG.md

@@ -0,0 +1,43 @@
+## v1.2.1 (2025-07-24)
+
+### Fix
+
+- **bar**: rename `y_lim_range` to `y_lim` in `plot_one_group_bar_figure`
+
+## v1.2.0 (2025-07-24)
+
+### Feat
+
+- **violin**: add function to plot single-group violin fig
+
+### Fix
+
+- **matrix**: changed return value to None
+
+## v1.1.0 (2025-07-21)
+
+### Feat
+
+- **corr**: allow hexbin to show dense scatter points in correlation plot
+- **bar**: support gradient color bars and now can change border color
+
+## v1.0.0 (2025-07-03)
+
+### Feat
+
+- **bar**: support plotting single-group bar charts with statistical tests
+- **bar**: support plotting multi-group bars charts
+- **corr**: support combined sactter and line correlation plots
+- **matrix**: support plotting matrix plots (i.e. heatmaps)
+- **surface**: support brain region plots for human, chimpanzee and macaque
+- **circos**: support brain connectivity circos plots
+- **connection**: support glass brain connectivity plots
+
+### Fix
+
+- **surface**: fix bug where function did not retrun fig only
+- **surface**: fix bug where brain region with zero values were not displayed
+
+### Refactor
+
+- **src**: refactor code for more readability and maintainability

{plotfig-1.0.0 → plotfig-1.2.1}/PKG-INFO

@@ -1,60 +1,52 @@
-Metadata-Version: 2.4
-Name: plotfig
-Version: 1.0.0
-Summary: Scientific plotting package for Cognitive neuroscience
-Author-email: Ricardo Ryn <ricardoRyn1317@gmail.com>
-Keywords: neuroscience,plotting,visualization
-Requires-Python: >=3.11
-Description-Content-Type: text/markdown
-License-File: LICENSE
-Requires-Dist: matplotlib>=3.10.1
-Requires-Dist: mne-connectivity>=0.7.0
-Requires-Dist: nibabel>=5.3.2
-Requires-Dist: numpy>=2.2.4
-Requires-Dist: pandas>=2.2.3
-Requires-Dist: plotly>=6.0.1
-Requires-Dist: scipy>=1.15.2
-Requires-Dist: surfplot>=0.2.0
-Dynamic: license-file
-
-# 简介
-
-`plotfig` 是一个面向认知神经科学研究者的 Python 绘图工具包。
-封装了 `matplotlib` 的各种 API，简化了复杂绘图流程。
-可扩展，兼容 `matplotlib` 与 `seaborn`。
-
-希望它能让你专注于数据本身而不是琐碎的图形参数调试🥵。
-
-[使用教程](https://ricardoryn.github.io/plotfig/)。
-
-![plotfig](./docs/assets/plotfig.png)
-
-# 功能
-
-画图种类：
-1. 单组柱状/小提琴图
-1. 多组柱状图
-1. 相关图
-1. 矩阵图
-1. 脑区图
-   1. 人类Glasser脑区图
-   1. 人类BNA脑区图
-   1. 猕猴CHARM 5-level脑区图
-   1. 猕猴CHARM 6-level脑区图
-   1. 猕猴BNA脑区图
-1. 连线图（circos图）
-   1. 对称circos图
-   1. 不对称circos图
-1. 脑连接图
-
-# 叠甲
-
-闲来无事做,
-
-写堆函数来画图,
-
-文档一行无。
-
-最自嗨!
-
-> 🌟 “调包侠再得一分！”🐶
+Metadata-Version: 2.4
+Name: plotfig
+Version: 1.2.1
+Summary: Scientific plotting package for Cognitive neuroscience
+Author-email: Ricardo Ryn <ricardoRyn1317@gmail.com>
+License-File: LICENSE
+Keywords: neuroscience,plotting,visualization
+Requires-Python: >=3.11
+Requires-Dist: matplotlib>=3.10.1
+Requires-Dist: mne-connectivity>=0.7.0
+Requires-Dist: nibabel>=5.3.2
+Requires-Dist: numpy>=2.2.4
+Requires-Dist: pandas>=2.2.3
+Requires-Dist: plotly>=6.0.1
+Requires-Dist: scipy>=1.15.2
+Requires-Dist: surfplot>=0.2.0
+Description-Content-Type: text/markdown
+
+# 简介
+
+`plotfig` 是一个面向认知神经科学研究者的 Python 绘图工具包。
+封装了 `matplotlib` 的各种 API，简化了复杂绘图流程。
+可扩展，兼容 `matplotlib` 与 `seaborn`。
+
+希望它能让你专注于数据本身而不是琐碎的图形参数调试🥵。
+
+[使用教程](https://ricardoryn.github.io/plotfig/)。
+
+![plotfig](./docs/assets/plotfig.png)
+
+# 功能
+
+画图种类：
+1. 单组柱状图
+1. 多组柱状图
+1. 相关点线图
+1. 矩阵图/热图
+1. 图集脑区图
+1. 连线图/circos图
+1. 玻璃脑连接图
+
+# 叠甲
+
+闲来无事做,
+
+写堆函数来画图,
+
+文档一行无。
+
+最自嗨!
+
+> 🌟 “调包侠再得一分！”🐶

{plotfig-1.0.0 → plotfig-1.2.1}/README.md

@@ -13,20 +13,13 @@
 # 功能
 
 画图种类：
-1. 单组柱状/小提琴图
+1. 单组柱状图
 1. 多组柱状图
-1. 相关图
-1. 矩阵图
-1. 脑区图
-   1. 人类Glasser脑区图
-   1. 人类BNA脑区图
-   1. 猕猴CHARM 5-level脑区图
-   1. 猕猴CHARM 6-level脑区图
-   1. 猕猴BNA脑区图
-1. 连线图（circos图）
-   1. 对称circos图
-   1. 不对称circos图
-1. 脑连接图
+1. 相关点线图
+1. 矩阵图/热图
+1. 图集脑区图
+1. 连线图/circos图
+1. 玻璃脑连接图
 
 # 叠甲
 
@@ -38,4 +31,4 @@
 
 最自嗨!
 
-> 🌟 “调包侠再得一分！”🐶
+> 🌟 “调包侠再得一分！”🐶

plotfig-1.2.1/docs/api/index.md

@@ -0,0 +1,18 @@
+# API
+
+::: plotfig.bar
+    options:
+        members:
+            - plot_one_group_bar_figure
+            - plot_one_group_violin_figure
+            - plot_multi_group_bar_figure
+
+::: plotfig.correlation
+
+::: plotfig.matrix
+
+::: plotfig.circos
+
+::: plotfig.brain_surface
+
+::: plotfig.brain_connection

plotfig-1.2.1/docs/index.md

@@ -0,0 +1,15 @@
+# plotfig
+
+`plotfig` 是一个面向认知神经科学研究者的 Python 绘图工具包。
+封装了 `matplotlib` 的各种 API，简化了复杂绘图流程。
+可扩展，兼容 `matplotlib` 与 `seaborn`。
+
+希望它能让你专注于数据本身而不是琐碎的图形参数调试🥵。
+
+![plotfig](./assets/plotfig.png)
+
+烫知识：一张图上的所有元素[^1]。
+![Parts of a Figure](https://matplotlib.org/stable/_images/anatomy.png)
+
+[^1]:
+    [Quick start guide of matplotlib.](https://matplotlib.org/stable/tutorials/introductory/usage.html#parts-of-a-figure)

plotfig-1.2.1/docs/installation.md

@@ -0,0 +1,37 @@
+# 安装
+
+`plotfig` 支持通过 `pip` 或源码安装，要求 Python 3.11 及以上版本。
+
+---
+
+## 📦 使用 pip 安装 <small>(推荐)</small>
+
+```bash
+pip install plotfig
+```
+
+---
+
+## 🛠 从 GitHub 源码安装 <small>(开发版)</small>
+
+```bash
+git clone https://github.com/RicardoRyn/plotfig.git
+cd plotfig
+pip install -e .
+```
+
+---
+
+## 🔧 依赖要求
+
+!!! note
+    `plotfig` 依赖以下核心库（均会自动安装，但建议提前了解版本要求）。
+
+- [matplotlib](https://matplotlib.org/) &ge; 3.10.1  
+- [mne-connectivity](https://mne.tools/mne-connectivity/stable/index.html) &ge; 0.7.0  
+- [nibabel](https://nipy.org/nibabel/) &ge; 5.3.2  
+- [numpy](https://numpy.org/) &ge; 2.2.4  
+- [pandas](https://pandas.pydata.org/) &ge; 2.2.3  
+- [plotly](https://plotly.com/) &ge; 6.0.1  
+- [scipy](https://scipy.org/) &ge; 1.15.2  
+- [surfplot](https://github.com/danjgale/surfplot) &ge; 0.2.0  

plotfig-1.2.1/docs/usage/brain_connectivity.md

@@ -0,0 +1,63 @@
+# 脑连接图
+
+透明的大脑图，可以展示脑区间的连接关系。
+需要准备左右半脑的surface文件、脑区相关的nii.gz文件以及连接矩阵。
+
+
+```python
+import numpy as np
+from plotfig import *
+
+# 生成一个 31x31 的连接矩阵（对称加权矩阵，对角线为0）
+matrix = np.zeros((31, 31))
+matrix[0, 1] = 1
+matrix[0, 2] = 2
+matrix[0, 3] = 3
+matrix[4, 1] = -1
+matrix[4, 2] = -2
+matrix[4, 3] = -3
+matrix = (matrix + matrix.T) / 2  # 矩阵对称
+
+connectome = matrix
+
+output_file = "./figures/brain_connection.html"
+
+lh_surfgii_file = r"e:\6_Self\plot_self_brain_connectivity\103818.L.midthickness.32k_fs_LR.surf.gii"
+rh_surfgii_file = r"e:\6_Self\plot_self_brain_connectivity\103818.R.midthickness.32k_fs_LR.surf.gii"
+niigz_file = rf"e:\6_Self\plot_self_brain_connectivity\human_Self_processing_network.nii.gz"
+
+fig = plot_brain_connection_figure(
+    connectome,
+    lh_surfgii_file=lh_surfgii_file,
+    rh_surfgii_file=rh_surfgii_file,
+    niigz_file=niigz_file,
+    output_file=output_file,
+    scale_method="width",
+    line_width=10,
+)
+```
+
+
+    
+![png](brain_connectivity_files/human.gif)
+    
+
+
+html文件可以在浏览器中交互。可以手动截图，也可以使用以下命令来生成图片。
+
+
+```python
+from pathlib import Path
+
+
+Path(f"./figures/brain_connection").mkdir(parents=True, exist_ok=True)  # 新建文件夹保存帧图
+save_brain_connection_frames(fig, output_dir=rf"./figures/brain_connection", n_frames=36)
+```
+
+    100%|██████████| 36/36 [02:01<00:00,  3.37s/it]
+
+    保存了 36 张图片在 ./figures/brain_connection
+    
+
+    
+