peprs 0.1.0__tar.gz

This diff represents the content of publicly available package versions that have been released to one of the supported registries. The information contained in this diff is provided for informational purposes only and reflects changes between package versions as they appear in their respective public registries.
Files changed (93) hide show
  1. peprs-0.1.0/Cargo.lock +7466 -0
  2. peprs-0.1.0/Cargo.toml +16 -0
  3. peprs-0.1.0/PKG-INFO +12 -0
  4. peprs-0.1.0/pephub-client/Cargo.toml +18 -0
  5. peprs-0.1.0/pephub-client/src/api.rs +339 -0
  6. peprs-0.1.0/pephub-client/src/cache.rs +74 -0
  7. peprs-0.1.0/pephub-client/src/lib.rs +2 -0
  8. peprs-0.1.0/peprs-cli/Cargo.toml +19 -0
  9. peprs-0.1.0/peprs-cli/src/cli.rs +116 -0
  10. peprs-0.1.0/peprs-cli/src/lib.rs +216 -0
  11. peprs-0.1.0/peprs-cli/src/main.rs +3 -0
  12. peprs-0.1.0/peprs-core/Cargo.lock +3599 -0
  13. peprs-0.1.0/peprs-core/Cargo.toml +38 -0
  14. peprs-0.1.0/peprs-core/src/config.rs +271 -0
  15. peprs-0.1.0/peprs-core/src/consts.rs +12 -0
  16. peprs-0.1.0/peprs-core/src/error.rs +97 -0
  17. peprs-0.1.0/peprs-core/src/lib.rs +8 -0
  18. peprs-0.1.0/peprs-core/src/project.rs +1810 -0
  19. peprs-0.1.0/peprs-core/src/sample.rs +175 -0
  20. peprs-0.1.0/peprs-core/src/utils.rs +131 -0
  21. peprs-0.1.0/peprs-core/src/wdl.rs +670 -0
  22. peprs-0.1.0/peprs-eido/Cargo.toml +20 -0
  23. peprs-0.1.0/peprs-eido/src/error.rs +65 -0
  24. peprs-0.1.0/peprs-eido/src/lib.rs +69 -0
  25. peprs-0.1.0/peprs-eido/src/schema.rs +359 -0
  26. peprs-0.1.0/peprs-eido/src/validate.rs +467 -0
  27. peprs-0.1.0/peprs-eido/tests/config_validation_tests.rs +59 -0
  28. peprs-0.1.0/peprs-eido/tests/data/peps/multiline_output/config.yaml +5 -0
  29. peprs-0.1.0/peprs-eido/tests/data/peps/multiline_output/multiline_output.csv +8 -0
  30. peprs-0.1.0/peprs-eido/tests/data/peps/multiline_output/samplesheet.csv +6 -0
  31. peprs-0.1.0/peprs-eido/tests/data/peps/multiline_output/subsamplesheet.csv +8 -0
  32. peprs-0.1.0/peprs-eido/tests/data/peps/multiple_subsamples/config.yaml +19 -0
  33. peprs-0.1.0/peprs-eido/tests/data/peps/multiple_subsamples/sample_table.csv +5 -0
  34. peprs-0.1.0/peprs-eido/tests/data/peps/multiple_subsamples/subsample_table1.csv +6 -0
  35. peprs-0.1.0/peprs-eido/tests/data/peps/multiple_subsamples/subsample_table2.csv +6 -0
  36. peprs-0.1.0/peprs-eido/tests/data/peps/pep_nextflow_taxprofiler/config.yaml +3 -0
  37. peprs-0.1.0/peprs-eido/tests/data/peps/pep_nextflow_taxprofiler/output.csv +7 -0
  38. peprs-0.1.0/peprs-eido/tests/data/peps/pep_nextflow_taxprofiler/samplesheet.csv +7 -0
  39. peprs-0.1.0/peprs-eido/tests/data/peps/pep_with_fasta_column/config.yaml +3 -0
  40. peprs-0.1.0/peprs-eido/tests/data/peps/pep_with_fasta_column/output.csv +8 -0
  41. peprs-0.1.0/peprs-eido/tests/data/peps/pep_with_fasta_column/samplesheet.csv +6 -0
  42. peprs-0.1.0/peprs-eido/tests/data/peps/pep_with_fasta_column/subsamplesheet.csv +8 -0
  43. peprs-0.1.0/peprs-eido/tests/data/peps/test_file_existing/config.yaml +12 -0
  44. peprs-0.1.0/peprs-eido/tests/data/peps/test_file_existing/sample_table.csv +5 -0
  45. peprs-0.1.0/peprs-eido/tests/data/peps/test_file_existing/subsample_table.csv +6 -0
  46. peprs-0.1.0/peprs-eido/tests/data/peps/test_pep/config.yaml +10 -0
  47. peprs-0.1.0/peprs-eido/tests/data/peps/test_pep/test_sample_table.csv +3 -0
  48. peprs-0.1.0/peprs-eido/tests/data/peps/value_check_pep/config.yaml +6 -0
  49. peprs-0.1.0/peprs-eido/tests/data/peps/value_check_pep/sample_table.csv +7 -0
  50. peprs-0.1.0/peprs-eido/tests/data/schemas/schema_base.yaml +11 -0
  51. peprs-0.1.0/peprs-eido/tests/data/schemas/schema_basic.yaml +17 -0
  52. peprs-0.1.0/peprs-eido/tests/data/schemas/schema_missing_col.yaml +14 -0
  53. peprs-0.1.0/peprs-eido/tests/data/schemas/schema_project_level.yaml +15 -0
  54. peprs-0.1.0/peprs-eido/tests/data/schemas/schema_test_file_exist.yaml +35 -0
  55. peprs-0.1.0/peprs-eido/tests/data/schemas/schema_with_import.yaml +16 -0
  56. peprs-0.1.0/peprs-eido/tests/data/schemas/schema_with_tangible.yaml +16 -0
  57. peprs-0.1.0/peprs-eido/tests/data/schemas/test_schema.yaml +23 -0
  58. peprs-0.1.0/peprs-eido/tests/data/schemas/test_schema_imports.yaml +17 -0
  59. peprs-0.1.0/peprs-eido/tests/data/schemas/test_schema_invalid.yaml +25 -0
  60. peprs-0.1.0/peprs-eido/tests/data/schemas/test_schema_invalid_with_type.yaml +25 -0
  61. peprs-0.1.0/peprs-eido/tests/data/schemas/test_schema_sample_invalid.yaml +26 -0
  62. peprs-0.1.0/peprs-eido/tests/data/schemas/test_schema_samples.yaml +22 -0
  63. peprs-0.1.0/peprs-eido/tests/data/schemas/value_check_schema.yaml +16 -0
  64. peprs-0.1.0/peprs-eido/tests/remote_validation_tests.rs +43 -0
  65. peprs-0.1.0/peprs-eido/tests/sample_validation_tests.rs +72 -0
  66. peprs-0.1.0/peprs-eido/tests/validation_tests.rs +266 -0
  67. peprs-0.1.0/peprs-py/.gitignore +72 -0
  68. peprs-0.1.0/peprs-py/Cargo.toml +22 -0
  69. peprs-0.1.0/peprs-py/bench/README.md +53 -0
  70. peprs-0.1.0/peprs-py/bench/bench_plot.py +117 -0
  71. peprs-0.1.0/peprs-py/bench/pyvrs.py +187 -0
  72. peprs-0.1.0/peprs-py/bench/summarize.py +111 -0
  73. peprs-0.1.0/peprs-py/src/eido/error.rs +123 -0
  74. peprs-0.1.0/peprs-py/src/eido/functions.rs +98 -0
  75. peprs-0.1.0/peprs-py/src/eido/mod.rs +32 -0
  76. peprs-0.1.0/peprs-py/src/error.rs +45 -0
  77. peprs-0.1.0/peprs-py/src/lib.rs +32 -0
  78. peprs-0.1.0/peprs-py/src/project.rs +643 -0
  79. peprs-0.1.0/peprs-py/src/samples.rs +162 -0
  80. peprs-0.1.0/peprs-py/src/utils.rs +50 -0
  81. peprs-0.1.0/peprs-py/tests/__init__.py +0 -0
  82. peprs-0.1.0/peprs-py/tests/conftest.py +110 -0
  83. peprs-0.1.0/peprs-py/tests/missing_tests.md +146 -0
  84. peprs-0.1.0/peprs-py/tests/test_eido.py +90 -0
  85. peprs-0.1.0/peprs-py/tests/test_export.py +152 -0
  86. peprs-0.1.0/peprs-py/tests/test_project.py +292 -0
  87. peprs-0.1.0/peprs-py/tests/test_sample_modifiers.py +55 -0
  88. peprs-0.1.0/py_src/peprs/__init__.py +15 -0
  89. peprs-0.1.0/py_src/peprs/__init__.pyi +252 -0
  90. peprs-0.1.0/py_src/peprs/_pydantic.py +116 -0
  91. peprs-0.1.0/py_src/peprs/eido/__init__.py +2 -0
  92. peprs-0.1.0/py_src/peprs/eido/__init__.pyi +117 -0
  93. peprs-0.1.0/pyproject.toml +27 -0

There are too many changes on this page to be displayed.

The amount of changes on this page would crash your brower.

You can still verify the content by downloading the package file manually.