pav3 3.0.0.dev16__tar.gz → 3.0.0.dev17__tar.gz

This diff represents the content of publicly available package versions that have been released to one of the supported registries. The information contained in this diff is provided for informational purposes only and reflects changes between package versions as they appear in their respective public registries.
Files changed (97) hide show
  1. {pav3-3.0.0.dev16/src/pav3.egg-info → pav3-3.0.0.dev17}/PKG-INFO +1 -1
  2. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/__init__.py +1 -1
  3. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/call/intra.py +3 -0
  4. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/data/workflow/rules/call.smk +2 -2
  5. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17/src/pav3.egg-info}/PKG-INFO +1 -1
  6. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/LICENSE +0 -0
  7. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/README.md +0 -0
  8. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/pyproject.toml +0 -0
  9. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/setup.cfg +0 -0
  10. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/__main__.py +0 -0
  11. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/align/__init__.py +0 -0
  12. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/align/features.py +0 -0
  13. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/align/lcmodel/__init__.py +0 -0
  14. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/align/lcmodel/_lcmodel.py +0 -0
  15. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/align/lcmodel/_lcmodel_logistic.py +0 -0
  16. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/align/lcmodel/_lcmodel_null.py +0 -0
  17. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/align/lcmodel/_util.py +0 -0
  18. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/align/lift.py +0 -0
  19. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/align/op.py +0 -0
  20. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/align/records.py +0 -0
  21. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/align/score.py +0 -0
  22. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/align/tables.py +0 -0
  23. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/align/trim.py +0 -0
  24. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/anno.py +0 -0
  25. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/call/__init__.py +0 -0
  26. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/call/expr.py +0 -0
  27. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/call/integrate.py +0 -0
  28. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/call/util.py +0 -0
  29. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/cli/__init__.py +0 -0
  30. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/cli/_cli.py +0 -0
  31. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/cli/_common_opt.py +0 -0
  32. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/cli/_subcommand_batch.py +0 -0
  33. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/cli/_subcommand_call.py +0 -0
  34. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/cli/_subcommand_license.py +0 -0
  35. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/const.py +0 -0
  36. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/data/lcmodel/default/model.json +0 -0
  37. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/data/lcmodel/human_95_80/model.json +0 -0
  38. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/data/lcmodel/human_95_80/model_info.tar.gz +0 -0
  39. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/data/lcmodel/human_95_80/weights.npz +0 -0
  40. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/data/lcmodel/human_98_80/model.json +0 -0
  41. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/data/lcmodel/human_98_80/model_info.tar.gz +0 -0
  42. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/data/lcmodel/human_98_80/weights.npz +0 -0
  43. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/data/lcmodel/prim_90_50/model.json +0 -0
  44. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/data/lcmodel/prim_90_50/model_info.tar.gz +0 -0
  45. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/data/lcmodel/prim_90_50/weights.npz +0 -0
  46. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/data/lcmodel/primdiv_85_50/model.json +0 -0
  47. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/data/lcmodel/primdiv_85_50/model_info.tar.gz +0 -0
  48. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/data/lcmodel/primdiv_85_50/weights.npz +0 -0
  49. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/data/tracks/alignment_track_fields.tsv +0 -0
  50. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/data/tracks/variant_track_fields.tsv +0 -0
  51. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/data/workflow/Snakefile +0 -0
  52. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/data/workflow/profiles/pav_default/config.yaml +0 -0
  53. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/data/workflow/rules/align.smk +0 -0
  54. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/data/workflow/rules/data.smk +0 -0
  55. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/data/workflow/rules/pipeline.smk +0 -0
  56. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/data/workflow/rules/tracks.smk +0 -0
  57. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/dev/__init__.py +0 -0
  58. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/dev/imports.py +0 -0
  59. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/dev/inter.py +0 -0
  60. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/dev/path.py +0 -0
  61. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/dev/sm.py +0 -0
  62. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/dev/tables.py +0 -0
  63. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/fig/__init__.py +0 -0
  64. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/fig/const.py +0 -0
  65. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/fig/density.py +0 -0
  66. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/fig/tracks.py +0 -0
  67. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/fig/util.py +0 -0
  68. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/inv.py +0 -0
  69. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/io.py +0 -0
  70. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/kde.py +0 -0
  71. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/lgsv/__init__.py +0 -0
  72. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/lgsv/call.py +0 -0
  73. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/lgsv/chain.py +0 -0
  74. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/lgsv/interval.py +0 -0
  75. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/lgsv/io.py +0 -0
  76. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/lgsv/region_kde.py +0 -0
  77. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/lgsv/resources.py +0 -0
  78. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/lgsv/struct.py +0 -0
  79. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/lgsv/variant.py +0 -0
  80. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/params.py +0 -0
  81. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/pipeline.py +0 -0
  82. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/region.py +0 -0
  83. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/schema.py +0 -0
  84. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/seq.py +0 -0
  85. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/util.py +0 -0
  86. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/vcf.py +0 -0
  87. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/workflow/__init__.py +0 -0
  88. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/workflow/__pycache__/__init__.cpython-312.pyc +0 -0
  89. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/workflow/__pycache__/call.cpython-312.pyc +0 -0
  90. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/workflow/__pycache__/resource.cpython-312.pyc +0 -0
  91. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/workflow/call.py +0 -0
  92. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/workflow/resource.py +0 -0
  93. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3.egg-info/SOURCES.txt +0 -0
  94. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3.egg-info/dependency_links.txt +0 -0
  95. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3.egg-info/entry_points.txt +0 -0
  96. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3.egg-info/requires.txt +0 -0
  97. {pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3.egg-info/top_level.txt +0 -0
{pav3-3.0.0.dev16/src/pav3.egg-info → pav3-3.0.0.dev17}/PKG-INFO RENAMED
@@ -1,6 +1,6 @@
1
1
  Metadata-Version: 2.4
2
2
  Name: pav3
3
- Version: 3.0.0.dev16
3
+ Version: 3.0.0.dev17
4
4
  Summary: Assembly-based variant discovery
5
5
  License-Expression: MIT
6
6
  Requires-Python: >=3.12
{pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/__init__.py RENAMED
@@ -1,6 +1,6 @@
1
1
  """PAV Python library routines."""
2
2
 
3
- __version__ = '3.0.0.dev16'
3
+ __version__ = '3.0.0.dev17'
4
4
 
5
5
  __all__ = [
6
6
  'align',
{pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/call/intra.py RENAMED
@@ -409,6 +409,8 @@ def variant_tables_inv(
409
409
  )
410
410
 
411
411
  # Create variant tables
412
+ inv_schema = {col: type_ for col, type_ in schema.VARIANT.items() if col in set(get_inv_row().keys())}
413
+
412
414
  variant_table_list = []
413
415
 
414
416
  log_file = None
@@ -439,6 +441,7 @@ def variant_tables_inv(
439
441
  df_inv = (
440
442
  pl.from_dicts(
441
443
  variant_table_list,
444
+ schema=inv_schema,
442
445
  )
443
446
  .with_columns(
444
447
  expr.id_nonsnv().alias('id'),
{pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/data/workflow/rules/call.smk RENAMED
@@ -862,8 +862,8 @@ rule call_intra_inv:
862
862
  df_inv = pav3.call.intra.variant_tables_inv(
863
863
  df_align=df_align,
864
864
  df_flag=df_flag,
865
- ref_fa_filename=str(ref_fa_filename),
866
- qry_fa_filename=str(qry_fa_filename),
865
+ ref_fa_filename=ref_fa_filename,
866
+ qry_fa_filename=qry_fa_filename,
867
867
  df_ref_fai=df_ref_fai,
868
868
  df_qry_fai=df_qry_fai,
869
869
  pav_params=pav_params,
{pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17/src/pav3.egg-info}/PKG-INFO RENAMED
@@ -1,6 +1,6 @@
1
1
  Metadata-Version: 2.4
2
2
  Name: pav3
3
- Version: 3.0.0.dev16
3
+ Version: 3.0.0.dev17
4
4
  Summary: Assembly-based variant discovery
5
5
  License-Expression: MIT
6
6
  Requires-Python: >=3.12
{pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/LICENSE RENAMED
File without changes
{pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/README.md RENAMED
File without changes
{pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/pyproject.toml RENAMED
File without changes
{pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/setup.cfg RENAMED
File without changes
{pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/anno.py RENAMED
File without changes
{pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/const.py RENAMED
File without changes
{pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/inv.py RENAMED
File without changes
{pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/io.py RENAMED
File without changes
{pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/kde.py RENAMED
File without changes
{pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/seq.py RENAMED
File without changes
{pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/util.py RENAMED
File without changes
{pav3-3.0.0.dev16 → pav3-3.0.0.dev17}/src/pav3/vcf.py RENAMED
File without changes