orange-spectra 0.1.2__tar.gz

orange_spectra-0.1.2/PKG-INFO

@@ -0,0 +1,81 @@
+Metadata-Version: 2.4
+Name: orange-spectra
+Version: 0.1.2
+Summary: Orange Data Mining widgets for spectroscopy: import spectra from IRUG/SOPRANO URLs, similarity search, spectral libraries (.speclib) and NNLS mixture analysis.
+Author: Tai-Sheng Yeh
+License: MIT
+Project-URL: Homepage, https://github.com/Tai-ShengYeh/spectraview/tree/main/orange-spectra
+Project-URL: Tutorial, https://tai-shengyeh.github.io/spectraview/orange.html
+Keywords: orange3,orange3 add-on,spectroscopy,aquaphotomics,IRUG,SOPRANO,chemometrics,NIR,Raman,FTIR
+Classifier: Programming Language :: Python :: 3
+Classifier: License :: OSI Approved :: MIT License
+Classifier: Intended Audience :: Science/Research
+Classifier: Topic :: Scientific/Engineering
+Requires-Python: >=3.9
+Description-Content-Type: text/markdown
+Requires-Dist: numpy>=1.23
+Requires-Dist: scipy>=1.9
+Requires-Dist: matplotlib>=3.6
+Requires-Dist: Orange3>=3.34
+
+# orange-spectra — Orange Data Mining 光譜 widgets
+
+五個給 [Orange Data Mining](https://orangedatamining.com/) 的光譜學 widgets，
+與 [SpectraView](https://github.com/Tai-ShengYeh/spectraview) 共用演算法與
+`.speclib` 光譜庫格式。Five spectroscopy widgets for Orange Data Mining,
+sharing algorithms and the `.speclib` library format with SpectraView.
+
+| Widget | 功能 |
+|---|---|
+| **Import Spectrum URL** | 貼上 **IRUG 編號／網址**或 **SOPRANO 網址**（也支援 JCAMP-DX/CSV 直接網址），下載並畫出光譜，輸出成 Orange Table（每列一條光譜、欄名＝波數） |
+| **Spectra Similarity** | 兩組光譜間的相似度：correlation / cosine / 光譜角 SAM / Euclidean |
+| **Spectral Library** | 建立參考光譜庫、存成 **`.speclib`（與 SpectraView 互通）**、對庫比對未知譜並輸出排名 |
+| **Mixture Analysis** | 混合光譜的成分分析：非負最小平方（NNLS）解 mixture ≈ Σ cᵢ·refᵢ，回報係數、比例與 R² |
+| **Aquagram** | Aquaphotomics：在水的 12 個特徵吸收帶（WAMACs）取正規化吸光度，畫 12 軸雷達圖（raw / SNV / aquagram 三種正規化） |
+
+輸出的 Table 採 [Orange-Spectroscopy](https://orange-spectroscopy.readthedocs.io/)
+慣例（欄名＝波長/波數、每列一條光譜），可直接接其 Spectra 檢視 widget 或
+PCA / PLS 等化學計量學流程。
+
+## 安裝 Install
+
+> ⚠️ **先確認你的 Orange 是哪一種**——桌面版 App 與 pip 版是不同的 Python 環境，裝錯不會出現 widgets。
+
+**A. 桌面版 App**（orangedatamining.com 下載的獨立程式）：
+`Options ▸ Add-ons… ▸ Add more…` 輸入 **`orange-spectra`**（只吃 PyPI 名稱，**不吃** git 網址）→ 打勾 → OK → 重啟。
+需先發佈到 PyPI（見 [`PUBLISHING.md`](PUBLISHING.md)）；發佈前可用 App 的 Python 執行下面 pip 指令裝進 App 環境。
+
+**B. pip 版 Orange**（`python -m Orange.canvas` 啟動）：
+```bash
+pip install orange3 PyQt5 PyQtWebEngine   # Orange + Qt 綁定（缺 Qt 會開不了）
+pip install "git+https://github.com/Tai-ShengYeh/spectraview.git#subdirectory=orange-spectra"
+python -m Orange.canvas                    # 用這個開，別點 App 圖示（是另一個環境）
+```
+
+重新啟動 Orange，工具箱會出現 **Spectra** 分類（5 個 widgets）。
+Restart Orange; a **Spectra** category (5 widgets) appears in the toolbox.
+
+常見錯誤：`ImportError: PyQt5 … not available` = 少裝 Qt，補 `pip install PyQt5 PyQtWebEngine`。
+
+## 快速上手 Quick start
+
+1. 拖出 **Import Spectrum URL**，輸入 `4119`（IRUG 的 PB15 酞菁藍 Raman 譜）→ Fetch。
+2. 多抓幾條參考譜 → 接 **Spectral Library** 的 *Spectra* 輸入 → *Add input spectra to library* → *Save…* 存成 `.speclib`。
+3. 未知譜接 Library 的 *Query* 輸入 → *Hits* 輸出就是排名表。
+4. 混合譜接 **Mixture Analysis** 的 *Mixture*、參考譜（或 Library 的 *Library* 輸出）接 *References* → 得成分比例與 R²。
+
+## 測試 Tests
+
+```bash
+python tests/test_core.py                                   # 純邏輯（免 GUI）
+QT_QPA_PLATFORM=offscreen python tests/test_widgets.py      # widget 煙霧測試
+```
+
+## 注意 Notes
+
+- URL 匯入支援 IRUG 詳情頁（jqPlot 內嵌資料）、SOPRANO 頁（Dygraph 內嵌資料）、
+  JCAMP-DX（AFFN 純數字格式）與兩欄 CSV/TSV。壓縮的 JCAMP（SQZ/DIF）請改用
+  SpectraView 開啟後匯出。
+- 每個 widget 左上角有「ℹ 說明 How to use」盒子與「📖 開啟線上教學」按鈕。
+- 安裝**一次**即可，更新才需重裝（`--upgrade --force-reinstall --no-deps`）＋重開 Orange。
+- 教學網頁（含真實數據 Demo）：<https://tai-shengyeh.github.io/spectraview/orange.html>（[English](https://tai-shengyeh.github.io/spectraview/orange_en.html)）

orange_spectra-0.1.2/README.md

@@ -0,0 +1,61 @@
+# orange-spectra — Orange Data Mining 光譜 widgets
+
+五個給 [Orange Data Mining](https://orangedatamining.com/) 的光譜學 widgets，
+與 [SpectraView](https://github.com/Tai-ShengYeh/spectraview) 共用演算法與
+`.speclib` 光譜庫格式。Five spectroscopy widgets for Orange Data Mining,
+sharing algorithms and the `.speclib` library format with SpectraView.
+
+| Widget | 功能 |
+|---|---|
+| **Import Spectrum URL** | 貼上 **IRUG 編號／網址**或 **SOPRANO 網址**（也支援 JCAMP-DX/CSV 直接網址），下載並畫出光譜，輸出成 Orange Table（每列一條光譜、欄名＝波數） |
+| **Spectra Similarity** | 兩組光譜間的相似度：correlation / cosine / 光譜角 SAM / Euclidean |
+| **Spectral Library** | 建立參考光譜庫、存成 **`.speclib`（與 SpectraView 互通）**、對庫比對未知譜並輸出排名 |
+| **Mixture Analysis** | 混合光譜的成分分析：非負最小平方（NNLS）解 mixture ≈ Σ cᵢ·refᵢ，回報係數、比例與 R² |
+| **Aquagram** | Aquaphotomics：在水的 12 個特徵吸收帶（WAMACs）取正規化吸光度，畫 12 軸雷達圖（raw / SNV / aquagram 三種正規化） |
+
+輸出的 Table 採 [Orange-Spectroscopy](https://orange-spectroscopy.readthedocs.io/)
+慣例（欄名＝波長/波數、每列一條光譜），可直接接其 Spectra 檢視 widget 或
+PCA / PLS 等化學計量學流程。
+
+## 安裝 Install
+
+> ⚠️ **先確認你的 Orange 是哪一種**——桌面版 App 與 pip 版是不同的 Python 環境，裝錯不會出現 widgets。
+
+**A. 桌面版 App**（orangedatamining.com 下載的獨立程式）：
+`Options ▸ Add-ons… ▸ Add more…` 輸入 **`orange-spectra`**（只吃 PyPI 名稱，**不吃** git 網址）→ 打勾 → OK → 重啟。
+需先發佈到 PyPI（見 [`PUBLISHING.md`](PUBLISHING.md)）；發佈前可用 App 的 Python 執行下面 pip 指令裝進 App 環境。
+
+**B. pip 版 Orange**（`python -m Orange.canvas` 啟動）：
+```bash
+pip install orange3 PyQt5 PyQtWebEngine   # Orange + Qt 綁定（缺 Qt 會開不了）
+pip install "git+https://github.com/Tai-ShengYeh/spectraview.git#subdirectory=orange-spectra"
+python -m Orange.canvas                    # 用這個開，別點 App 圖示（是另一個環境）
+```
+
+重新啟動 Orange，工具箱會出現 **Spectra** 分類（5 個 widgets）。
+Restart Orange; a **Spectra** category (5 widgets) appears in the toolbox.
+
+常見錯誤：`ImportError: PyQt5 … not available` = 少裝 Qt，補 `pip install PyQt5 PyQtWebEngine`。
+
+## 快速上手 Quick start
+
+1. 拖出 **Import Spectrum URL**，輸入 `4119`（IRUG 的 PB15 酞菁藍 Raman 譜）→ Fetch。
+2. 多抓幾條參考譜 → 接 **Spectral Library** 的 *Spectra* 輸入 → *Add input spectra to library* → *Save…* 存成 `.speclib`。
+3. 未知譜接 Library 的 *Query* 輸入 → *Hits* 輸出就是排名表。
+4. 混合譜接 **Mixture Analysis** 的 *Mixture*、參考譜（或 Library 的 *Library* 輸出）接 *References* → 得成分比例與 R²。
+
+## 測試 Tests
+
+```bash
+python tests/test_core.py                                   # 純邏輯（免 GUI）
+QT_QPA_PLATFORM=offscreen python tests/test_widgets.py      # widget 煙霧測試
+```
+
+## 注意 Notes
+
+- URL 匯入支援 IRUG 詳情頁（jqPlot 內嵌資料）、SOPRANO 頁（Dygraph 內嵌資料）、
+  JCAMP-DX（AFFN 純數字格式）與兩欄 CSV/TSV。壓縮的 JCAMP（SQZ/DIF）請改用
+  SpectraView 開啟後匯出。
+- 每個 widget 左上角有「ℹ 說明 How to use」盒子與「📖 開啟線上教學」按鈕。
+- 安裝**一次**即可，更新才需重裝（`--upgrade --force-reinstall --no-deps`）＋重開 Orange。
+- 教學網頁（含真實數據 Demo）：<https://tai-shengyeh.github.io/spectraview/orange.html>（[English](https://tai-shengyeh.github.io/spectraview/orange_en.html)）

orange_spectra-0.1.2/orange_spectra.egg-info/PKG-INFO

@@ -0,0 +1,81 @@
+Metadata-Version: 2.4
+Name: orange-spectra
+Version: 0.1.2
+Summary: Orange Data Mining widgets for spectroscopy: import spectra from IRUG/SOPRANO URLs, similarity search, spectral libraries (.speclib) and NNLS mixture analysis.
+Author: Tai-Sheng Yeh
+License: MIT
+Project-URL: Homepage, https://github.com/Tai-ShengYeh/spectraview/tree/main/orange-spectra
+Project-URL: Tutorial, https://tai-shengyeh.github.io/spectraview/orange.html
+Keywords: orange3,orange3 add-on,spectroscopy,aquaphotomics,IRUG,SOPRANO,chemometrics,NIR,Raman,FTIR
+Classifier: Programming Language :: Python :: 3
+Classifier: License :: OSI Approved :: MIT License
+Classifier: Intended Audience :: Science/Research
+Classifier: Topic :: Scientific/Engineering
+Requires-Python: >=3.9
+Description-Content-Type: text/markdown
+Requires-Dist: numpy>=1.23
+Requires-Dist: scipy>=1.9
+Requires-Dist: matplotlib>=3.6
+Requires-Dist: Orange3>=3.34
+
+# orange-spectra — Orange Data Mining 光譜 widgets
+
+五個給 [Orange Data Mining](https://orangedatamining.com/) 的光譜學 widgets，
+與 [SpectraView](https://github.com/Tai-ShengYeh/spectraview) 共用演算法與
+`.speclib` 光譜庫格式。Five spectroscopy widgets for Orange Data Mining,
+sharing algorithms and the `.speclib` library format with SpectraView.
+
+| Widget | 功能 |
+|---|---|
+| **Import Spectrum URL** | 貼上 **IRUG 編號／網址**或 **SOPRANO 網址**（也支援 JCAMP-DX/CSV 直接網址），下載並畫出光譜，輸出成 Orange Table（每列一條光譜、欄名＝波數） |
+| **Spectra Similarity** | 兩組光譜間的相似度：correlation / cosine / 光譜角 SAM / Euclidean |
+| **Spectral Library** | 建立參考光譜庫、存成 **`.speclib`（與 SpectraView 互通）**、對庫比對未知譜並輸出排名 |
+| **Mixture Analysis** | 混合光譜的成分分析：非負最小平方（NNLS）解 mixture ≈ Σ cᵢ·refᵢ，回報係數、比例與 R² |
+| **Aquagram** | Aquaphotomics：在水的 12 個特徵吸收帶（WAMACs）取正規化吸光度，畫 12 軸雷達圖（raw / SNV / aquagram 三種正規化） |
+
+輸出的 Table 採 [Orange-Spectroscopy](https://orange-spectroscopy.readthedocs.io/)
+慣例（欄名＝波長/波數、每列一條光譜），可直接接其 Spectra 檢視 widget 或
+PCA / PLS 等化學計量學流程。
+
+## 安裝 Install
+
+> ⚠️ **先確認你的 Orange 是哪一種**——桌面版 App 與 pip 版是不同的 Python 環境，裝錯不會出現 widgets。
+
+**A. 桌面版 App**（orangedatamining.com 下載的獨立程式）：
+`Options ▸ Add-ons… ▸ Add more…` 輸入 **`orange-spectra`**（只吃 PyPI 名稱，**不吃** git 網址）→ 打勾 → OK → 重啟。
+需先發佈到 PyPI（見 [`PUBLISHING.md`](PUBLISHING.md)）；發佈前可用 App 的 Python 執行下面 pip 指令裝進 App 環境。
+
+**B. pip 版 Orange**（`python -m Orange.canvas` 啟動）：
+```bash
+pip install orange3 PyQt5 PyQtWebEngine   # Orange + Qt 綁定（缺 Qt 會開不了）
+pip install "git+https://github.com/Tai-ShengYeh/spectraview.git#subdirectory=orange-spectra"
+python -m Orange.canvas                    # 用這個開，別點 App 圖示（是另一個環境）
+```
+
+重新啟動 Orange，工具箱會出現 **Spectra** 分類（5 個 widgets）。
+Restart Orange; a **Spectra** category (5 widgets) appears in the toolbox.
+
+常見錯誤：`ImportError: PyQt5 … not available` = 少裝 Qt，補 `pip install PyQt5 PyQtWebEngine`。
+
+## 快速上手 Quick start
+
+1. 拖出 **Import Spectrum URL**，輸入 `4119`（IRUG 的 PB15 酞菁藍 Raman 譜）→ Fetch。
+2. 多抓幾條參考譜 → 接 **Spectral Library** 的 *Spectra* 輸入 → *Add input spectra to library* → *Save…* 存成 `.speclib`。
+3. 未知譜接 Library 的 *Query* 輸入 → *Hits* 輸出就是排名表。
+4. 混合譜接 **Mixture Analysis** 的 *Mixture*、參考譜（或 Library 的 *Library* 輸出）接 *References* → 得成分比例與 R²。
+
+## 測試 Tests
+
+```bash
+python tests/test_core.py                                   # 純邏輯（免 GUI）
+QT_QPA_PLATFORM=offscreen python tests/test_widgets.py      # widget 煙霧測試
+```
+
+## 注意 Notes
+
+- URL 匯入支援 IRUG 詳情頁（jqPlot 內嵌資料）、SOPRANO 頁（Dygraph 內嵌資料）、
+  JCAMP-DX（AFFN 純數字格式）與兩欄 CSV/TSV。壓縮的 JCAMP（SQZ/DIF）請改用
+  SpectraView 開啟後匯出。
+- 每個 widget 左上角有「ℹ 說明 How to use」盒子與「📖 開啟線上教學」按鈕。
+- 安裝**一次**即可，更新才需重裝（`--upgrade --force-reinstall --no-deps`）＋重開 Orange。
+- 教學網頁（含真實數據 Demo）：<https://tai-shengyeh.github.io/spectraview/orange.html>（[English](https://tai-shengyeh.github.io/spectraview/orange_en.html)）

orange_spectra-0.1.2/orange_spectra.egg-info/SOURCES.txt

@@ -0,0 +1,26 @@
+README.md
+pyproject.toml
+orange_spectra.egg-info/PKG-INFO
+orange_spectra.egg-info/SOURCES.txt
+orange_spectra.egg-info/dependency_links.txt
+orange_spectra.egg-info/entry_points.txt
+orange_spectra.egg-info/requires.txt
+orange_spectra.egg-info/top_level.txt
+orangespectra/__init__.py
+orangespectra/core.py
+orangespectra/table_io.py
+orangespectra/widgets/__init__.py
+orangespectra/widgets/_help.py
+orangespectra/widgets/owaquagram.py
+orangespectra/widgets/owimporturl.py
+orangespectra/widgets/owlibrary.py
+orangespectra/widgets/owmixture.py
+orangespectra/widgets/owsimilarity.py
+orangespectra/widgets/icons/aquagram.svg
+orangespectra/widgets/icons/category.svg
+orangespectra/widgets/icons/importurl.svg
+orangespectra/widgets/icons/library.svg
+orangespectra/widgets/icons/mixture.svg
+orangespectra/widgets/icons/similarity.svg
+tests/test_core.py
+tests/test_widgets.py

orange_spectra-0.1.2/orange_spectra.egg-info/dependency_links.txt

@@ -0,0 +1 @@
+

orange_spectra-0.1.2/orange_spectra.egg-info/entry_points.txt

@@ -0,0 +1,5 @@
+[orange.widgets]
+Spectra = orangespectra.widgets
+
+[orange3.addon]
+orange-spectra = orangespectra

orange_spectra-0.1.2/orange_spectra.egg-info/requires.txt

@@ -0,0 +1,4 @@
+numpy>=1.23
+scipy>=1.9
+matplotlib>=3.6
+Orange3>=3.34

orange_spectra-0.1.2/orange_spectra.egg-info/top_level.txt

@@ -0,0 +1 @@
+orangespectra

orange_spectra-0.1.2/orangespectra/__init__.py

@@ -0,0 +1,3 @@
+"""orange-spectra: spectroscopy widgets for Orange Data Mining."""
+
+__version__ = "0.1.2"