nerdd-module 0.3.53__tar.gz → 0.3.55__tar.gz

This diff represents the content of publicly available package versions that have been released to one of the supported registries. The information contained in this diff is provided for informational purposes only and reflects changes between package versions as they appear in their respective public registries.
Files changed (102) hide show
  1. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/PKG-INFO +1 -1
  2. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/model/prediction_step.py +5 -9
  3. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module.egg-info/PKG-INFO +1 -1
  4. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/pyproject.toml +3 -1
  5. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/LICENSE +0 -0
  6. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/README.md +0 -0
  7. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/__init__.py +0 -0
  8. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/cli.py +0 -0
  9. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/config/__init__.py +0 -0
  10. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/config/configuration.py +0 -0
  11. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/config/default_configuration.py +0 -0
  12. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/config/dict_configuration.py +0 -0
  13. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/config/merged_configuration.py +0 -0
  14. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/config/models.py +0 -0
  15. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/config/package_configuration.py +0 -0
  16. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/config/search_yaml_configuration.py +0 -0
  17. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/config/yaml_configuration.py +0 -0
  18. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/converters/__init__.py +0 -0
  19. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/converters/basic_type_converter.py +0 -0
  20. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/converters/converter.py +0 -0
  21. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/converters/converter_config.py +0 -0
  22. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/converters/mol_converter.py +0 -0
  23. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/converters/problem_list_converter.py +0 -0
  24. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/converters/representation_converter.py +0 -0
  25. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/converters/source_list_converter.py +0 -0
  26. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/converters/void_converter.py +0 -0
  27. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/input/__init__.py +0 -0
  28. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/input/depth_first_explorer.py +0 -0
  29. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/input/explorer.py +0 -0
  30. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/input/file_reader.py +0 -0
  31. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/input/gzip_reader.py +0 -0
  32. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/input/inchi_reader.py +0 -0
  33. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/input/list_reader.py +0 -0
  34. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/input/mol_reader.py +0 -0
  35. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/input/reader.py +0 -0
  36. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/input/reader_config.py +0 -0
  37. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/input/sdf_reader.py +0 -0
  38. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/input/smiles_reader.py +0 -0
  39. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/input/stream_reader.py +0 -0
  40. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/input/string_reader.py +0 -0
  41. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/input/tar_reader.py +0 -0
  42. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/input/zip_reader.py +0 -0
  43. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/model/__init__.py +0 -0
  44. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/model/assign_name_step.py +0 -0
  45. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/model/convert_representations_step.py +0 -0
  46. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/model/enforce_schema_step.py +0 -0
  47. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/model/model.py +0 -0
  48. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/model/read_input_step.py +0 -0
  49. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/model/write_output_step.py +0 -0
  50. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/output/__init__.py +0 -0
  51. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/output/csv_writer.py +0 -0
  52. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/output/file_writer.py +0 -0
  53. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/output/iterator_writer.py +0 -0
  54. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/output/pandas_writer.py +0 -0
  55. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/output/record_list_writer.py +0 -0
  56. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/output/sdf_writer.py +0 -0
  57. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/output/writer.py +0 -0
  58. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/output/writer_config.py +0 -0
  59. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/polyfills/__init__.py +0 -0
  60. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/polyfills/block_logs.py +0 -0
  61. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/polyfills/files.py +0 -0
  62. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/polyfills/get_entry_points.py +0 -0
  63. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/polyfills/literal.py +0 -0
  64. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/polyfills/typed_dict.py +0 -0
  65. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/polyfills/types.py +0 -0
  66. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/polyfills/version.py +0 -0
  67. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/preprocessing/__init__.py +0 -0
  68. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/preprocessing/check_valid_smiles.py +0 -0
  69. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/preprocessing/chembl_structure_pipeline.py +0 -0
  70. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/preprocessing/filter_by_element.py +0 -0
  71. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/preprocessing/filter_by_weight.py +0 -0
  72. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/preprocessing/preprocessing_step.py +0 -0
  73. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/preprocessing/remove_hydrogens.py +0 -0
  74. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/preprocessing/remove_small_fragments.py +0 -0
  75. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/preprocessing/remove_stereochemistry.py +0 -0
  76. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/preprocessing/sanitize.py +0 -0
  77. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/problem.py +0 -0
  78. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/py.typed +0 -0
  79. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/steps/__init__.py +0 -0
  80. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/steps/map_step.py +0 -0
  81. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/steps/output_step.py +0 -0
  82. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/steps/step.py +0 -0
  83. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/tests/__init__.py +0 -0
  84. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/tests/checks.py +0 -0
  85. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/tests/files.py +0 -0
  86. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/tests/models/AtomicMassModel.py +0 -0
  87. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/tests/models/MolWeightModel.py +0 -0
  88. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/tests/models/__init__.py +0 -0
  89. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/tests/predictions.py +0 -0
  90. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/tests/preprocessing/DummyPreprocessingStep.py +0 -0
  91. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/tests/preprocessing/__init__.py +0 -0
  92. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/tests/representations.py +0 -0
  93. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/util/__init__.py +0 -0
  94. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/util/call_with_mappings.py +0 -0
  95. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/util/package.py +0 -0
  96. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module/version.py +0 -0
  97. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module.egg-info/SOURCES.txt +0 -0
  98. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module.egg-info/dependency_links.txt +0 -0
  99. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module.egg-info/requires.txt +0 -0
  100. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/nerdd_module.egg-info/top_level.txt +0 -0
  101. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/setup.cfg +0 -0
  102. {nerdd_module-0.3.53 → nerdd_module-0.3.55}/tests/test_features.py +0 -0
@@ -1,6 +1,6 @@
1
1
  Metadata-Version: 2.4
2
2
  Name: nerdd-module
3
- Version: 0.3.53
3
+ Version: 0.3.55
4
4
  Summary: Base package to create NERDD modules
5
5
  Author-email: Steffen Hirte <steffen.hirte@univie.ac.at>
6
6
  Maintainer-email: Steffen Hirte <steffen.hirte@univie.ac.at>
@@ -94,7 +94,9 @@ class PredictionStep(Step):
94
94
  # 3. the list of predictions has as many records as the batch (and we assume
95
95
  # that the order of the molecules stayed the same)
96
96
  if all("mol_id" in record for record in predictions):
97
- pass
97
+ # convert mol_id to int (or raise an error if it is not possible)
98
+ for record in predictions:
99
+ record["mol_id"] = int(record["mol_id"])
98
100
  elif all("mol" in record for record in predictions):
99
101
  # check that molecule names contain only valid ids
100
102
  for record in predictions:
@@ -158,14 +160,8 @@ class PredictionStep(Step):
158
160
  for record in records:
159
161
  sub_id = record.get(sub_id_property)
160
162
  if sub_id is not None:
161
- # check that sub_id is an integer
162
- if not isinstance(sub_id, int):
163
- raise ValueError(
164
- f"The {sub_id_property} must be an integer, but got {sub_id}. "
165
- f"Record: {record}"
166
- )
167
-
168
- sub_ids.add(sub_id)
163
+ # cast sub_id to int (or raise an error if it is not possible)
164
+ sub_ids.add(int(sub_id))
169
165
 
170
166
  if (
171
167
  len(records) == 1
@@ -1,6 +1,6 @@
1
1
  Metadata-Version: 2.4
2
2
  Name: nerdd-module
3
- Version: 0.3.53
3
+ Version: 0.3.55
4
4
  Summary: Base package to create NERDD modules
5
5
  Author-email: Steffen Hirte <steffen.hirte@univie.ac.at>
6
6
  Maintainer-email: Steffen Hirte <steffen.hirte@univie.ac.at>
@@ -4,7 +4,7 @@ build-backend = "setuptools.build_meta"
4
4
 
5
5
  [project]
6
6
  name = "nerdd-module"
7
- version = "0.3.53"
7
+ version = "0.3.55"
8
8
  description = "Base package to create NERDD modules"
9
9
  readme = "README.md"
10
10
  license = "BSD-3-Clause"
@@ -89,6 +89,8 @@ Repository = "https://github.com/molinfo-vienna/nerdd-module"
89
89
  # TOOLS
90
90
  #
91
91
 
92
+
93
+
92
94
  [tool.setuptools.packages.find]
93
95
  where = ["."]
94
96
  include = ["nerdd_module*"]
File without changes
File without changes
File without changes