nerdd-module 0.3.47__tar.gz → 0.3.48__tar.gz

This diff represents the content of publicly available package versions that have been released to one of the supported registries. The information contained in this diff is provided for informational purposes only and reflects changes between package versions as they appear in their respective public registries.
Files changed (101) hide show
  1. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/PKG-INFO +1 -1
  2. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/input/smiles_reader.py +4 -2
  3. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module.egg-info/PKG-INFO +1 -1
  4. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/pyproject.toml +1 -1
  5. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/LICENSE +0 -0
  6. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/README.md +0 -0
  7. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/__init__.py +0 -0
  8. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/cli.py +0 -0
  9. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/config/__init__.py +0 -0
  10. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/config/configuration.py +0 -0
  11. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/config/default_configuration.py +0 -0
  12. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/config/dict_configuration.py +0 -0
  13. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/config/merged_configuration.py +0 -0
  14. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/config/models.py +0 -0
  15. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/config/package_configuration.py +0 -0
  16. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/config/search_yaml_configuration.py +0 -0
  17. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/config/yaml_configuration.py +0 -0
  18. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/converters/__init__.py +0 -0
  19. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/converters/basic_type_converter.py +0 -0
  20. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/converters/converter.py +0 -0
  21. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/converters/converter_config.py +0 -0
  22. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/converters/mol_converter.py +0 -0
  23. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/converters/problem_list_converter.py +0 -0
  24. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/converters/representation_converter.py +0 -0
  25. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/converters/source_list_converter.py +0 -0
  26. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/converters/void_converter.py +0 -0
  27. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/input/__init__.py +0 -0
  28. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/input/depth_first_explorer.py +0 -0
  29. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/input/explorer.py +0 -0
  30. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/input/file_reader.py +0 -0
  31. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/input/gzip_reader.py +0 -0
  32. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/input/inchi_reader.py +0 -0
  33. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/input/list_reader.py +0 -0
  34. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/input/mol_reader.py +0 -0
  35. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/input/reader.py +0 -0
  36. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/input/reader_config.py +0 -0
  37. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/input/sdf_reader.py +0 -0
  38. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/input/stream_reader.py +0 -0
  39. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/input/string_reader.py +0 -0
  40. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/input/tar_reader.py +0 -0
  41. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/input/zip_reader.py +0 -0
  42. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/model/__init__.py +0 -0
  43. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/model/assign_name_step.py +0 -0
  44. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/model/convert_representations_step.py +0 -0
  45. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/model/enforce_schema_step.py +0 -0
  46. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/model/model.py +0 -0
  47. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/model/prediction_step.py +0 -0
  48. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/model/read_input_step.py +0 -0
  49. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/model/write_output_step.py +0 -0
  50. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/output/__init__.py +0 -0
  51. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/output/csv_writer.py +0 -0
  52. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/output/file_writer.py +0 -0
  53. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/output/iterator_writer.py +0 -0
  54. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/output/pandas_writer.py +0 -0
  55. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/output/record_list_writer.py +0 -0
  56. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/output/sdf_writer.py +0 -0
  57. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/output/writer.py +0 -0
  58. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/output/writer_config.py +0 -0
  59. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/polyfills/__init__.py +0 -0
  60. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/polyfills/block_logs.py +0 -0
  61. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/polyfills/files.py +0 -0
  62. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/polyfills/get_entry_points.py +0 -0
  63. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/polyfills/literal.py +0 -0
  64. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/polyfills/typed_dict.py +0 -0
  65. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/polyfills/types.py +0 -0
  66. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/polyfills/version.py +0 -0
  67. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/preprocessing/__init__.py +0 -0
  68. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/preprocessing/check_valid_smiles.py +0 -0
  69. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/preprocessing/chembl_structure_pipeline.py +0 -0
  70. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/preprocessing/filter_by_element.py +0 -0
  71. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/preprocessing/filter_by_weight.py +0 -0
  72. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/preprocessing/preprocessing_step.py +0 -0
  73. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/preprocessing/remove_small_fragments.py +0 -0
  74. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/preprocessing/remove_stereochemistry.py +0 -0
  75. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/preprocessing/sanitize.py +0 -0
  76. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/problem.py +0 -0
  77. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/py.typed +0 -0
  78. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/steps/__init__.py +0 -0
  79. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/steps/map_step.py +0 -0
  80. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/steps/output_step.py +0 -0
  81. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/steps/step.py +0 -0
  82. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/tests/__init__.py +0 -0
  83. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/tests/checks.py +0 -0
  84. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/tests/files.py +0 -0
  85. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/tests/models/AtomicMassModel.py +0 -0
  86. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/tests/models/MolWeightModel.py +0 -0
  87. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/tests/models/__init__.py +0 -0
  88. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/tests/predictions.py +0 -0
  89. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/tests/preprocessing/DummyPreprocessingStep.py +0 -0
  90. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/tests/preprocessing/__init__.py +0 -0
  91. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/tests/representations.py +0 -0
  92. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/util/__init__.py +0 -0
  93. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/util/call_with_mappings.py +0 -0
  94. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/util/package.py +0 -0
  95. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/version.py +0 -0
  96. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module.egg-info/SOURCES.txt +0 -0
  97. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module.egg-info/dependency_links.txt +0 -0
  98. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module.egg-info/requires.txt +0 -0
  99. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module.egg-info/top_level.txt +0 -0
  100. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/setup.cfg +0 -0
  101. {nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/tests/test_features.py +0 -0
{nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/PKG-INFO RENAMED
@@ -1,6 +1,6 @@
1
1
  Metadata-Version: 2.4
2
2
  Name: nerdd-module
3
- Version: 0.3.47
3
+ Version: 0.3.48
4
4
  Summary: Base package to create NERDD modules
5
5
  Author-email: Steffen Hirte <steffen.hirte@univie.ac.at>
6
6
  Maintainer-email: Steffen Hirte <steffen.hirte@univie.ac.at>
{nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module/input/smiles_reader.py RENAMED
@@ -28,6 +28,8 @@ class SmilesReader(StreamReader):
28
28
  if line.strip().startswith("#"):
29
29
  continue
30
30
 
31
+ line = line.strip("\n")
32
+
31
33
  # avoid long smiles strings, because they might take veeeeery long to parse
32
34
  if len(line) > self._max_length_smiles:
33
35
  errors = [
@@ -37,7 +39,7 @@ class SmilesReader(StreamReader):
37
39
  )
38
40
  ]
39
41
  yield MoleculeEntry(
40
- raw_input=line.strip("\n")[: self._max_length_smiles - 3] + "...",
42
+ raw_input=line[: self._max_length_smiles - 3] + "...",
41
43
  input_type="smiles",
42
44
  source=("raw_input",),
43
45
  mol=None,
@@ -66,7 +68,7 @@ class SmilesReader(StreamReader):
66
68
  errors = []
67
69
 
68
70
  yield MoleculeEntry(
69
- raw_input=line.strip("\n"),
71
+ raw_input=line,
70
72
  input_type="smiles",
71
73
  source=("raw_input",),
72
74
  mol=mol,
{nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/nerdd_module.egg-info/PKG-INFO RENAMED
@@ -1,6 +1,6 @@
1
1
  Metadata-Version: 2.4
2
2
  Name: nerdd-module
3
- Version: 0.3.47
3
+ Version: 0.3.48
4
4
  Summary: Base package to create NERDD modules
5
5
  Author-email: Steffen Hirte <steffen.hirte@univie.ac.at>
6
6
  Maintainer-email: Steffen Hirte <steffen.hirte@univie.ac.at>
{nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/pyproject.toml RENAMED
@@ -4,7 +4,7 @@ build-backend = "setuptools.build_meta"
4
4
 
5
5
  [project]
6
6
  name = "nerdd-module"
7
- version = "0.3.47"
7
+ version = "0.3.48"
8
8
  description = "Base package to create NERDD modules"
9
9
  readme = "README.md"
10
10
  license = "BSD-3-Clause"
{nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/LICENSE RENAMED
File without changes
{nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/README.md RENAMED
File without changes
{nerdd_module-0.3.47 → nerdd_module-0.3.48}/setup.cfg RENAMED
File without changes