nerdd-module 0.3.45__tar.gz → 0.3.46__tar.gz
This diff represents the content of publicly available package versions that have been released to one of the supported registries. The information contained in this diff is provided for informational purposes only and reflects changes between package versions as they appear in their respective public registries.
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/PKG-INFO +1 -1
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/input/list_reader.py +3 -3
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/input/string_reader.py +5 -2
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module.egg-info/PKG-INFO +1 -1
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/pyproject.toml +1 -1
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/LICENSE +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/README.md +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/__init__.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/cli.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/config/__init__.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/config/configuration.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/config/default_configuration.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/config/dict_configuration.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/config/merged_configuration.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/config/models.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/config/package_configuration.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/config/search_yaml_configuration.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/config/yaml_configuration.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/converters/__init__.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/converters/basic_type_converter.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/converters/converter.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/converters/converter_config.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/converters/mol_converter.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/converters/problem_list_converter.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/converters/representation_converter.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/converters/source_list_converter.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/converters/void_converter.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/input/__init__.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/input/depth_first_explorer.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/input/explorer.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/input/file_reader.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/input/gzip_reader.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/input/inchi_reader.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/input/mol_reader.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/input/reader.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/input/reader_config.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/input/sdf_reader.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/input/smiles_reader.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/input/stream_reader.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/input/tar_reader.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/input/zip_reader.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/model/__init__.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/model/assign_name_step.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/model/convert_representations_step.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/model/enforce_schema_step.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/model/model.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/model/prediction_step.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/model/read_input_step.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/model/write_output_step.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/output/__init__.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/output/csv_writer.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/output/file_writer.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/output/iterator_writer.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/output/pandas_writer.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/output/record_list_writer.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/output/sdf_writer.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/output/writer.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/output/writer_config.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/polyfills/__init__.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/polyfills/block_logs.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/polyfills/files.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/polyfills/get_entry_points.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/polyfills/literal.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/polyfills/typed_dict.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/polyfills/types.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/polyfills/version.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/preprocessing/__init__.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/preprocessing/check_valid_smiles.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/preprocessing/chembl_structure_pipeline.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/preprocessing/filter_by_element.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/preprocessing/filter_by_weight.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/preprocessing/preprocessing_step.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/preprocessing/remove_small_fragments.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/preprocessing/remove_stereochemistry.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/preprocessing/sanitize.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/problem.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/py.typed +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/steps/__init__.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/steps/map_step.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/steps/output_step.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/steps/step.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/tests/__init__.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/tests/checks.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/tests/files.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/tests/models/AtomicMassModel.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/tests/models/MolWeightModel.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/tests/models/__init__.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/tests/predictions.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/tests/preprocessing/DummyPreprocessingStep.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/tests/preprocessing/__init__.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/tests/representations.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/util/__init__.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/util/call_with_mappings.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/util/package.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/version.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module.egg-info/SOURCES.txt +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module.egg-info/dependency_links.txt +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module.egg-info/requires.txt +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module.egg-info/top_level.txt +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/setup.cfg +0 -0
- {nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/tests/test_features.py +0 -0
|
@@ -1,5 +1,5 @@
|
|
|
1
|
-
from io import
|
|
2
|
-
from typing import Any,
|
|
1
|
+
from io import IOBase
|
|
2
|
+
from typing import Any, Iterable, Iterator
|
|
3
3
|
|
|
4
4
|
from .reader import ExploreCallable, MoleculeEntry, Reader
|
|
5
5
|
|
|
@@ -12,7 +12,7 @@ class ListReader(Reader):
|
|
|
12
12
|
|
|
13
13
|
def read(self, input_iterable: Any, explore: ExploreCallable) -> Iterator[MoleculeEntry]:
|
|
14
14
|
assert isinstance(input_iterable, Iterable) and not isinstance(
|
|
15
|
-
input_iterable, (str, bytes,
|
|
15
|
+
input_iterable, (str, bytes, IOBase)
|
|
16
16
|
), f"input must be an iterable, but is {type(input_iterable)}"
|
|
17
17
|
|
|
18
18
|
for entry in input_iterable:
|
|
@@ -11,9 +11,12 @@ class StringReader(Reader):
|
|
|
11
11
|
super().__init__()
|
|
12
12
|
|
|
13
13
|
def read(self, input: Any, explore: ExploreCallable) -> Iterator[MoleculeEntry]:
|
|
14
|
-
assert isinstance(input, str)
|
|
14
|
+
assert isinstance(input, (str, bytes))
|
|
15
15
|
|
|
16
|
-
|
|
16
|
+
if isinstance(input, str):
|
|
17
|
+
input = input.encode("utf-8")
|
|
18
|
+
|
|
19
|
+
with BytesIO(input) as f:
|
|
17
20
|
yield from explore(f)
|
|
18
21
|
|
|
19
22
|
def __repr__(self) -> str:
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
{nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/config/search_yaml_configuration.py
RENAMED
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
{nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/converters/problem_list_converter.py
RENAMED
|
File without changes
|
{nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/converters/representation_converter.py
RENAMED
|
File without changes
|
{nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/converters/source_list_converter.py
RENAMED
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
{nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/model/convert_representations_step.py
RENAMED
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
{nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/preprocessing/check_valid_smiles.py
RENAMED
|
File without changes
|
{nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/preprocessing/chembl_structure_pipeline.py
RENAMED
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
{nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/preprocessing/preprocessing_step.py
RENAMED
|
File without changes
|
{nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/preprocessing/remove_small_fragments.py
RENAMED
|
File without changes
|
{nerdd_module-0.3.45 → nerdd_module-0.3.46}/nerdd_module/preprocessing/remove_stereochemistry.py
RENAMED
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|